FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE4210, 730 aa 1>>>pF1KE4210 730 - 730 aa - 730 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.3464+/-0.000348; mu= 5.8312+/- 0.022 mean_var=161.3301+/-32.884, 0's: 0 Z-trim(119.4): 91 B-trim: 156 in 1/55 Lambda= 0.100976 statistics sampled from 33213 (33305) to 33213 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.722), E-opt: 0.2 (0.39), width: 16 Scan time: 13.820 The best scores are: opt bits E(85289) NP_001139130 (OMIM: 600278) rap1 GTPase-activating ( 727) 2085 316.1 3.2e-85 XP_016857469 (OMIM: 600278) PREDICTED: rap1 GTPase ( 719) 2065 313.2 2.4e-84 XP_016857477 (OMIM: 600278) PREDICTED: rap1 GTPase ( 663) 1990 302.2 4.3e-81 NP_002876 (OMIM: 600278) rap1 GTPase-activating pr ( 663) 1990 302.2 4.3e-81 XP_016857462 (OMIM: 600278) PREDICTED: rap1 GTPase ( 663) 1990 302.2 4.3e-81 XP_016857476 (OMIM: 600278) PREDICTED: rap1 GTPase ( 663) 1990 302.2 4.3e-81 XP_016857475 (OMIM: 600278) PREDICTED: rap1 GTPase ( 663) 1990 302.2 4.3e-81 XP_016857478 (OMIM: 600278) PREDICTED: rap1 GTPase ( 655) 1970 299.3 3.2e-80 XP_016857479 (OMIM: 600278) PREDICTED: rap1 GTPase ( 655) 1970 299.3 3.2e-80 XP_016857464 (OMIM: 600278) PREDICTED: rap1 GTPase ( 655) 1970 299.3 3.2e-80 XP_016857461 (OMIM: 600278) PREDICTED: rap1 GTPase ( 655) 1970 299.3 3.2e-80 XP_016857474 (OMIM: 600278) PREDICTED: rap1 GTPase ( 681) 1885 286.9 1.8e-76 XP_016857460 (OMIM: 600278) PREDICTED: rap1 GTPase ( 804) 1877 285.8 4.6e-76 XP_016857463 (OMIM: 600278) PREDICTED: rap1 GTPase ( 651) 1791 273.2 2.3e-72 NP_001139129 (OMIM: 600278) rap1 GTPase-activating ( 681) 1791 273.2 2.4e-72 XP_016857459 (OMIM: 600278) PREDICTED: rap1 GTPase ( 681) 1791 273.2 2.4e-72 XP_016857473 (OMIM: 600278) PREDICTED: rap1 GTPase ( 681) 1791 273.2 2.4e-72 XP_005246012 (OMIM: 600278) PREDICTED: rap1 GTPase ( 681) 1791 273.2 2.4e-72 XP_016857471 (OMIM: 600278) PREDICTED: rap1 GTPase ( 689) 1791 273.2 2.4e-72 XP_016857457 (OMIM: 600278) PREDICTED: rap1 GTPase ( 689) 1791 273.2 2.4e-72 XP_016857458 (OMIM: 600278) PREDICTED: rap1 GTPase ( 689) 1791 273.2 2.4e-72 XP_016857472 (OMIM: 600278) PREDICTED: rap1 GTPase ( 689) 1791 273.2 2.4e-72 XP_016857470 (OMIM: 600278) PREDICTED: rap1 GTPase ( 689) 1791 273.2 2.4e-72 XP_016857466 (OMIM: 600278) PREDICTED: rap1 GTPase ( 617) 1790 273.1 2.4e-72 XP_016857480 (OMIM: 600278) PREDICTED: rap1 GTPase ( 625) 1790 273.1 2.4e-72 XP_016857465 (OMIM: 600278) PREDICTED: rap1 GTPase ( 625) 1790 273.1 2.4e-72 XP_016857455 (OMIM: 600278) PREDICTED: rap1 GTPase ( 740) 1782 271.9 6.3e-72 XP_016857468 (OMIM: 600278) PREDICTED: rap1 GTPase ( 740) 1782 271.9 6.3e-72 XP_006710868 (OMIM: 600278) PREDICTED: rap1 GTPase ( 740) 1782 271.9 6.3e-72 XP_006710867 (OMIM: 600278) PREDICTED: rap1 GTPase ( 748) 1782 271.9 6.4e-72 NP_001317312 (OMIM: 600278) rap1 GTPase-activating ( 748) 1782 271.9 6.4e-72 XP_016857454 (OMIM: 600278) PREDICTED: rap1 GTPase ( 748) 1782 271.9 6.4e-72 XP_016857456 (OMIM: 600278) PREDICTED: rap1 GTPase ( 710) 1777 271.2 1e-71 XP_016857387 (OMIM: 611609) PREDICTED: signal-indu (1704) 717 117.0 6.4e-25 XP_016857386 (OMIM: 611609) PREDICTED: signal-indu (1704) 717 117.0 6.4e-25 XP_005273270 (OMIM: 611609) PREDICTED: signal-indu (1722) 717 117.0 6.5e-25 XP_005273269 (OMIM: 611609) PREDICTED: signal-indu (1722) 717 117.0 6.5e-25 NP_065859 (OMIM: 611609) signal-induced proliferat (1722) 717 117.0 6.5e-25 XP_011542545 (OMIM: 611609) PREDICTED: signal-indu (1722) 717 117.0 6.5e-25 XP_016857385 (OMIM: 611609) PREDICTED: signal-indu (1722) 717 117.0 6.5e-25 XP_005273268 (OMIM: 611609) PREDICTED: signal-indu (1722) 717 117.0 6.5e-25 XP_016882007 (OMIM: 616655,616851) PREDICTED: sign (1780) 715 116.7 8.2e-25 XP_005258728 (OMIM: 616655,616851) PREDICTED: sign (1781) 715 116.7 8.2e-25 NP_055888 (OMIM: 616655,616851) signal-induced pro (1781) 715 116.7 8.2e-25 XP_011524959 (OMIM: 616655,616851) PREDICTED: sign (1781) 715 116.7 8.2e-25 XP_016882006 (OMIM: 616655,616851) PREDICTED: sign (1781) 715 116.7 8.2e-25 NP_006738 (OMIM: 602180) signal-induced proliferat (1042) 664 109.2 9e-23 NP_694985 (OMIM: 602180) signal-induced proliferat (1042) 664 109.2 9e-23 XP_005274246 (OMIM: 602180) PREDICTED: signal-indu (1042) 664 109.2 9e-23 XP_011543516 (OMIM: 602180) PREDICTED: signal-indu (1042) 664 109.2 9e-23 >>NP_001139130 (OMIM: 600278) rap1 GTPase-activating pro (727 aa) initn: 2058 init1: 1609 opt: 2085 Z-score: 1651.0 bits: 316.1 E(85289): 3.2e-85 Smith-Waterman score: 2276; 51.8% identity (74.2% similar) in 726 aa overlap (1-710:1-706) 10 20 30 40 50 pF1KE4 MFGRKRSVSFGGFGWIDKTMLASLKVKKQELANS---SDATLPDRPLSPPLTAPPTMKSS : ::::: .::..: .::.. . .: ... :. . : : : : :.. 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XP_016 MSGRKRSFTFGAYGGVDKSFTSRRSVWRSDGQNQHFPQALDLSRVNLVPSYTPSLYPKNT 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 110 pF1KE4 EFFEMLEKMQGIKLEEQK---PGPQKNKDDYIPYPSIDEVVEKGGPYPQVILPQFGGYWI ..:::.::::: ...::. : : :...:::::::. ::. . ::.: ..::::::::: XP_016 DLFEMIEKMQGSRMDEQRCSFPPPLKTEEDYIPYPSVHEVLGREGPFPLILLPQFGGYWI 70 80 90 100 110 120 120 130 140 150 160 170 pF1KE4 EDPENVGTPTSLGSSICEEEEEDNLSPNTFGYKLECKGEARAYRRHFLGKDHLNFYCTGS : :: . .:: : : ::.: ::::. :: ::.:::::.:.:.: . XP_016 E-----GTNHEI-TSI--PETEPLQSPTT-KVKLECNPTARIYRKHFLGKEHFNYYSLDA 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KE4 SLGNLILSVKCEEAEGIEYLRVILRSKLKTVHERIPLAGLSKLPSVPQIAKAFCDDAVGL .::.:..:.: . :.::..::.: .: :. ::.. :...:.: :.:: :.:. 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XP_016 PLPDPAVFRKGPEFQEFLLTKLINAEYACYKAEKFAKLEERTRAALLETLYEELHIHSQS 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 pF1KE4 MLGLGPEEDKFENG-GHGGFLESFKRAIRVRSHSMETMVGGQKKSHSGGIPGSLSGGISH :.::: .:::.::: : :::.:::::.:: ::.::..: ..:: .. . : ::... XP_016 MMGLGGDEDKMENGSGGGGFFESFKRVIRSRSQSMDAMGLSNKKPNT--VSTSHSGSFAP 480 490 500 510 520 540 550 560 570 580 590 pF1KE4 NSMEVTKTTFSPPVVAATVKNQSRSPIKRRSGLFPRLHT---GSEGQGDSRARCDSTSST :. ...:.. .: . .:: ...:: : .. : :. . . . .: . XP_016 NNPDLAKAAGISLIVPG------KSPTRKKSGPFGSRRSSAIGIENIQEVQEKRESPPAG 530 540 550 560 570 580 600 610 620 630 640 pF1KE4 PKTPDGGHSSQEIKSETSSNPSSPEI--CPNKEKPFMKLKENGRAISRSSSSTSSVSSTA ::::.:: ::: :::.::. ::::. :. . . : . .::::::.:: .:.. XP_016 QKTPDSGHVSQEPKSENSSTQSSPEMPTTKNRAETAAQRAEALKDFSRSSSSASSFASVV 590 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 pF1KE4 GEGEAMEEGDSG-GSQPSTTSPFKQEVFVYSPSPSSESPSLGAAATPIIMSRSPTDAKSR : :... :.: : :. .: :.. :.:: XP_016 EETEGVDGEDTGLESVSSSGTPHKRDSFIYSTWLEDSVSTTSGGSSPDAGKLGDPACPEI 650 660 670 680 690 700 710 720 730 pF1KE4 NSPRSNLKFRFDKLSHASSGAGH XP_016 KIQLEASEQHMPQLGC 710 >>XP_016857477 (OMIM: 600278) PREDICTED: rap1 GTPase-act (663 aa) initn: 1964 init1: 1609 opt: 1990 Z-score: 1576.8 bits: 302.2 E(85289): 4.3e-81 Smith-Waterman score: 2181; 53.8% identity (76.0% similar) in 662 aa overlap (62-710:1-642) 40 50 60 70 80 pF1KE4 ANSSDATLPDRPLSPPLTAPPTMKSSEFFEMLEKMQGIKLEEQK---PGPQKNKDDYIPY :.::::: ...::. : : :...::::: XP_016 MIEKMQGSRMDEQRCSFPPPLKTEEDYIPY 10 20 30 90 100 110 120 130 140 pF1KE4 PSIDEVVEKGGPYPQVILPQFGGYWIEDPENVGTPTSLGSSICEEEEEDNLSPNTFGYKL ::. ::. . ::.: ..:::::::::: :: . .:: : : . ::.: :: XP_016 PSVHEVLGREGPFPLILLPQFGGYWIE-----GTNHEI-TSIPETEPLQ--SPTT-KVKL 40 50 60 70 80 150 160 170 180 190 200 pF1KE4 ECKGEARAYRRHFLGKDHLNFYCTGSSLGNLILSVKCEEAEGIEYLRVILRSKLKTVHER ::. :: ::.:::::.:.:.: ..::.:..:.: . :.::..::.: .: :. XP_016 ECNPTARIYRKHFLGKEHFNYYSLDAALGHLVFSLKYDVIGDQEHLRLLLRTKCRTYHDV 90 100 110 120 130 140 210 220 230 240 250 260 pF1KE4 IPLAGLSKLPSVPQIAKAFCDDAVGLRFNPVLYPKASQMIVSYDEHEVNNTFKFGVIYQK ::.. :...:.: :.:: :.:. :: ::::::::..::..::: ..:.::::::::: XP_016 IPISCLTEFPNVVQMAKLVCEDVNVDRFYPVLYPKASRLIVTFDEHVISNNFKFGVIYQK 150 160 170 180 190 200 270 280 290 300 310 320 pF1KE4 ARQTLEEELFGNNEESPAFKEFLDLLGDTITLQDFKGFRGGLDVTHGQTGVESVYTTFRD :: :::::..::::::: :::..::. . :::::::::::::::::::.:::: .::. 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