FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE3100, 2035 aa 1>>>pF1KE3100 2035 - 2035 aa - 2035 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 12.9212+/-0.00115; mu= -11.6498+/- 0.069 mean_var=369.2195+/-77.109, 0's: 0 Z-trim(111.7): 65 B-trim: 0 in 0/53 Lambda= 0.066747 statistics sampled from 12528 (12580) to 12528 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.684), E-opt: 0.2 (0.386), width: 16 Scan time: 5.460 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS44020.1 HCFC1 gene_id:3054|Hs108|chrX (2035) 13220 1288.9 0 CCDS9097.1 HCFC2 gene_id:29915|Hs108|chr12 ( 792) 2005 208.7 7.8e-53 CCDS76369.1 MUC5AC gene_id:4586|Hs108|chr11 (5654) 640 77.7 1.6e-12 >>CCDS44020.1 HCFC1 gene_id:3054|Hs108|chrX (2035 aa) initn: 13220 init1: 13220 opt: 13220 Z-score: 6892.3 bits: 1288.9 E(32554): 0 Smith-Waterman score: 13220; 100.0% identity (100.0% similar) in 2035 aa 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:::::::::.::...::::::::.:::: CCDS90 MAAPSLLNWRRVSSFTGPVPRARHGHRAVAIRELMIIFGGGNEGIADELH 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 pF1KE3 VYNTATNQWFIPAVRGDIPPGCAAYGFVCDGTRLLVFGGMVEYGKYSNDLYELQASRWEW ::::::::::.:::::::::::::.::::::::.::::::::::.:::.::::::::: : CCDS90 VYNTATNQWFLPAVRGDIPPGCAAHGFVCDGTRILVFGGMVEYGRYSNELYELQASRWLW 60 70 80 90 100 110 130 140 150 160 170 180 pF1KE3 KRLKAKTPKNGPPPCPRLGHSFSLVGNKCYLFGGLANDSEDPKNNIPRYLNDLYILELRP :..: . : .: :::::::::::: ::::::::::::.::: .::.::::::.: :::. 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CCDS90 KALTDSNAILYPSLASNASNHNSHVVDMLRKNEGPHTSANVGVLSSCLDVRTVIPETSVS 460 470 480 490 500 510 540 550 560 570 580 590 pF1KE3 GTVIGSSPQMSGMAALAAAAAATQKIPPSSAPTVLSVPAGTTIVKTMAVTPGTTTLPATV .:: :: : . .. : : :. : . ..:: . ::. . 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