FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KB8028, 1104 aa 1>>>pF1KB8028 1104 - 1104 aa - 1104 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 11.1333+/-0.0012; mu= -3.1461+/- 0.072 mean_var=354.5340+/-72.567, 0's: 0 Z-trim(113.5): 50 B-trim: 164 in 1/50 Lambda= 0.068115 statistics sampled from 14125 (14162) to 14125 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.746), E-opt: 0.2 (0.435), width: 16 Scan time: 4.140 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS42804.1 PARD3B gene_id:117583|Hs108|chr2 (1104) 7441 746.1 9.9e-215 CCDS77511.1 PARD3B gene_id:117583|Hs108|chr2 (1205) 6086 613.0 1.3e-174 CCDS42805.1 PARD3B gene_id:117583|Hs108|chr2 (1136) 4842 490.7 7.7e-138 CCDS42806.1 PARD3B gene_id:117583|Hs108|chr2 (1143) 3147 324.2 1.1e-87 CCDS53509.1 PARD3 gene_id:56288|Hs108|chr10 (1244) 1045 117.6 1.7e-25 CCDS53513.1 PARD3 gene_id:56288|Hs108|chr10 ( 988) 1021 115.2 7.5e-25 CCDS53510.1 PARD3 gene_id:56288|Hs108|chr10 (1266) 1021 115.3 9.1e-25 CCDS53512.1 PARD3 gene_id:56288|Hs108|chr10 (1310) 1021 115.3 9.3e-25 CCDS53511.1 PARD3 gene_id:56288|Hs108|chr10 (1340) 1021 115.3 9.5e-25 >>CCDS42804.1 PARD3B gene_id:117583|Hs108|chr2 (1104 aa) initn: 7441 init1: 7441 opt: 7441 Z-score: 3968.6 bits: 746.1 E(32554): 9.9e-215 Smith-Waterman score: 7441; 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CCDS53 MFRQAMRTPIIWFHVVPAANKEQYEQLSQSEKNNYYSSRFSPDSQYIDNRSVNSAGLHTV 300 310 320 330 340 350 340 350 360 370 380 pF1KB8 NLTG--TDSPET-DASASLQQNKSPRVPRLGGKPSSPSLSPLM--------GFGSNKNAK . . . :: :. . : .. : : ::.:. .: :....: .: CCDS53 QRAPRLNHPPEQIDSHSRLPHSAHPS----GKPPSAPASAPQNVFSTTVSSGYNTKKIGK 360 370 380 390 400 410 390 400 410 420 430 440 pF1KB8 KIKIDLKKGPEGLGFTVVTRDSSIHGPGPIFVKNILPKGAAIKDGRLQSGDRILEVNGRD ...:.:::: :::::....:: .: : .::.::::::.::::.::::..:::..:::: : CCDS53 RLNIQLKKGTEGLGFSITSRDVTIGGSAPIYVKNILPRGAAIQDGRLKAGDRLIEVNGVD 420 430 440 450 460 470 450 460 470 480 490 pF1KB8 VTGRTQEELVAMLRSTKQGETASLVIARQEGHFLPRELKGEPDCCALSLE-TSEQLTFEI ..:..:::.:..:::::. :.::.. ::: : :::::.: . .:. . : : ::::. CCDS53 LVGKSQEEVVSLLRSTKMEGTVSLLVFRQEDAFHPRELKAEDEDIVLTPDGTREFLTFEV 480 490 500 510 520 530 500 510 520 530 540 550 pF1KB8 PLNDSGSAGLGVSLKGNKSRETGTDLGIFIKSIIHGGAAFKDGRLRMNDQLIAVNGESLL :::::::::::::.:::.:.:. .:::::.::::.:::: ::::::.::::::::::::: CCDS53 PLNDSGSAGLGVSVKGNRSKENHADLGIFVKSIINGGAASKDGRLRVNDQLIAVNGESLL 540 550 560 570 580 590 560 570 580 590 600 pF1KB8 GKSNHEAMETLRRSMSMEGNIRGMIQLVILRR---------------PERPME---DPAE ::.:..:::::::::: ::: ::::::.. :: :: :.: : : CCDS53 GKTNQDAMETLRRSMSTEGNKRGMIQLIVARRISKCNELKSPGSPPGPELPIETALDDRE 600 610 620 630 640 650 610 620 630 640 650 pF1KB8 CGAFSKPCFENCQNAVTTSRRNDNSILHPLGTCS-------PQDKQKGLLLPNDGWAESE .:. . . .. . :: .. . .: . ::: ... .: CCDS53 -RRISHSLYSGIEGLDESPSRN-AALSRIMGKYQLSPTVNMPQDDT--VIIEDDRLPV-- 660 670 680 690 700 660 670 680 690 700 pF1KB8 VPP------SPTPHSALGLGLED---YSHSSGVDSA--VYFPDQH--INFRSVTPARQPE .:: : . :. .:. : ..... ::: :: . :. .:: CCDS53 LPPHLSDQSSSSSHDDVGFVTADAGTWAKAAISDSADCSLSPDVDPVLAFQREGFGRQ-- 710 720 730 740 750 760 710 720 730 740 750 pF1KB8 SINLKASKSMDLVPDESKVHSLAGQKSES------PSKDFGPTLGLKKSSSLESLQTAVA :.. : .:... : :.. . .::.: ::.: ::.::::::::::::::::: CCDS53 SMSEKRTKQFS---DASQLDFVKTRKSKSMDLGSSPSRDVGPSLGLKKSSSLESLQTAVA 770 780 790 800 810 820 760 770 780 790 800 pF1KB8 EVRKN-DLPFHRPRPHMVRGRGCNESFRAAIDKSYDGP---------EEIEADGLSDKSS :: : :.:::::::...:::::::::::::::::: : : .: : ...:: CCDS53 EVTLNGDIPFHRPRPRIIRGRGCNESFRAAIDKSYDKPAVDDDDEGMETLEED--TEESS 830 840 850 860 870 880 810 820 830 840 850 pF1KB8 HSGQGALNCES-APQ--------GNSELEDMENKAR-KVKKTKEKEKKKEKGKLKVKE-- .::. ... : :. ::.: : .. . :. : :.:.. ::: :.:.:. CCDS53 RSGRESVSTASDQPSHSLERQMNGNQEKGDKTDRKKDKTGKEKKKDRDKEKDKMKAKKGM 890 900 910 920 930 940 860 870 880 890 pF1KB8 --------KKRKEENEDPERKIKKKGFGAMLRFGKK--KEDK---GGKAEQKGTL----- . . . : ::. ... .. . : . .:. :: . .:.. CCDS53 LKGLGDMFRIQAKTREFRERQARERDYAEIQDFHRTFGCDDELMYGGVSSYEGSMALNAR 950 960 970 980 990 1000 900 910 920 930 940 pF1KB8 ----KHGGLREEELEKMKEER-------ESGRPTGGSTDRIQKLRKEYYQARREGFPLYE ..: . . ..:. : .:.: : .. ::::.::.:. ::... : CCDS53 PQSPREGHMMDALYAQVKKPRNSKPSPVDSNRSTPSNHDRIQRLRQEFQQAKQD-----E 1010 1020 1030 1040 1050 950 960 970 980 990 1000 pF1KB8 DDEGRARPSEYDLLWVPGRGP--DGNAHNLRFE-GMERQYASLPRGGPADPVDYLPAAPR : : : : .. : :. : ... :.. : :.:: CCDS53 DVEDRRRTYSFEQPW-PNARPATQSGRHSVSVEVQMQRQRQEERESSQQAQRQYSSLPRQ 1060 1070 1080 1090 1100 1110 1010 1020 1030 1040 1050 1060 pF1KB8 GLYKERELPYYPGAHPMHPPKGSYPRPTELRVADLRYPQHYPPPPAPQHKGPFRQDVPPS CCDS53 SRKNASSVSQDSWEQNYSPGEGFQSAKENPRYSSYQGSRNGYLGGHGFNARVMLETQELL 1120 1130 1140 1150 1160 1170 >>CCDS53513.1 PARD3 gene_id:56288|Hs108|chr10 (988 aa) initn: 1700 init1: 519 opt: 1021 Z-score: 559.6 bits: 115.2 E(32554): 7.5e-25 Smith-Waterman score: 1949; 41.2% identity (63.9% similar) in 969 aa overlap (48-885:48-987) 20 30 40 50 60 70 pF1KB8 EGQLRVGELTQQALQRYLKTREKGPGYWVKIHHLEYTDGGILDPDDVLADVVEDKDKLIA .:.::. :::::: ::.: ::..:::.:.: CCDS53 DGHMKVFSLIQQAVTRYRKAIAKDPNYWIQVHRLEHGDGGILDLDDILCDVADDKDRLVA 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 pF1KB8 VFEEQEPLHKIESPSGNPADRQSPDAFETEVAAQ-LAAFKPIGG--EIEVTPSALKLGTP ::.::.: : .. :.. . :::. : .:.... ..::.: . :::::::.:. . : CCDS53 VFDEQDPHHGGDGTSASSTGTQSPEIFGSELGTNNVSAFQPYQATSEIEVTPSVLRANMP 80 90 100 110 120 130 140 pF1KB8 LLVRRSSDPV-----------------PG---P--------------------------- : :::::::. :. : CCDS53 LHVRRSSDPALIGLSTSVSDSNFSSEEPSRKNPTRWSTTAGFLKQNTAGSPKTCDRKKDE 140 150 160 170 180 190 150 160 170 180 pF1KB8 -----PADTQP--------------SASHPG-GQSLKLVVPDSTQNLEDR---EVLNGVQ : ::. ::::: :. :. : . :: : .. .. CCDS53 NYRSLPRDTSNWSNQFQRDNARSSLSASHPMVGKWLEKQEQDEDGTEEDNSRVEPVGHAD 200 210 220 230 240 250 190 200 210 220 230 240 pF1KB8 TELLTSPRTKDTLSDMTRTVEISGEGGPLGIHVVPFFSSLSGRILGLFIRGIEDNSRSKR : : : .:.::.. ::. ..::::::::::: :. .:: :::... .: ...... CCDS53 TGLEHIPNF--SLDDMVKLVEVPNDGGPLGIHVVPF-SARGGRTLGLLVKRLEKGGKAEH 260 270 280 290 300 310 250 260 270 280 290 300 pF1KB8 EGLFHENECIVKINNVDLVDKTFAQAQDVFRQAMKSPSVLLHVLPPQNREQYEK-SVIGS :.::.::.:::.::. :: .. : ::: .:::::..: . .::.: :.::::. : . CCDS53 ENLFRENDCIVRINDGDLRNRRFEQAQHMFRQAMRTPIIWFHVVPAANKEQYEQLSQSEK 320 330 340 350 360 370 310 320 330 340 350 360 pF1KB8 LNIFGNNDGVLKTKVPPPVHGKSGLKTANLTG--TDSPET-DASASLQQNKSPRVPRLGG : ... . . . ...::.:.. . . :: :. . : .. : : CCDS53 NNYYSSRFSPDSQYIDNRSVNSAGLHTVQRAPRLNHPPEQIDSHSRLPHSAHPS----GK 380 390 400 410 420 430 370 380 390 400 410 pF1KB8 KPSSPSLSPLM--------GFGSNKNAKKIKIDLKKGPEGLGFTVVTRDSSIHGPGPIFV ::.:. .: :....: .:...:.:::: :::::....:: .: : .::.: CCDS53 PPSAPASAPQNVFSTTVSSGYNTKKIGKRLNIQLKKGTEGLGFSITSRDVTIGGSAPIYV 440 450 460 470 480 490 420 430 440 450 460 470 pF1KB8 KNILPKGAAIKDGRLQSGDRILEVNGRDVTGRTQEELVAMLRSTKQGETASLVIARQEGH :::::.::::.::::..:::..:::: :..:..:::.:..:::::. :.::.. ::: CCDS53 KNILPRGAAIQDGRLKAGDRLIEVNGVDLVGKSQEEVVSLLRSTKMEGTVSLLVFRQEDA 500 510 520 530 540 550 480 490 500 510 520 530 pF1KB8 FLPRELKGEPDCCALSLE-TSEQLTFEIPLNDSGSAGLGVSLKGNKSRETGTDLGIFIKS : :::::.: . .:. . : : ::::.:::::::::::::.:::.:.:. .:::::.:: CCDS53 FHPRELKAEDEDIVLTPDGTREFLTFEVPLNDSGSAGLGVSVKGNRSKENHADLGIFVKS 560 570 580 590 600 610 540 550 560 570 580 590 pF1KB8 IIHGGAAFKDGRLRMNDQLIAVNGESLLGKSNHEAMETLRRSMSMEGNIRGMIQLVILRR ::.:::: ::::::.:::::::::::::::.:..:::::::::: ::: ::::::.. :: CCDS53 IINGGAASKDGRLRVNDQLIAVNGESLLGKTNQDAMETLRRSMSTEGNKRGMIQLIVARR 620 630 640 650 660 670 600 610 620 630 pF1KB8 ---------------PERPME---DPAECGAFSKPCFENCQNAVTTSRRNDNSILHPLGT :: :.: : : .:. . . .. . :: .. . .: CCDS53 ISKCNELKSPGSPPGPELPIETALDDRE-RRISHSLYSGIEGLDESPSRN-AALSRIMGK 680 690 700 710 720 640 650 660 670 680 pF1KB8 --CSPQDKQKGLLLPNDGWA--ESEVPPSPTPHSALGLGLEDYSHSSGVDSAVYFPDQHI :: . .:.: . :.. : :: : : : ::. :.. . . CCDS53 YQLSPT-----VNMPQDDTVIIEDDRLPVLPPH------LSDQSSSSSHDDVGFVTADAG 730 740 750 760 770 690 700 710 720 730 pF1KB8 NFR----------SVTPARQPESINLKASKSMDLVPDESKVHSLAGQKSESPSKDFGPTL .. :..: .: . .. . ::.:.... ::. :::.: ::.: CCDS53 TWAKAAISDSADCSLSPDVDP-VLAFQREGFGRQIADETKLNTVDDQKAGSPSRDVGPSL 780 790 800 810 820 830 740 750 760 770 780 790 pF1KB8 GLKKSSSLESLQTAVAEVRKN-DLPFHRPRPHMVRGRGCNESFRAAIDKSYDGP------ :::::::::::::::::: : :.:::::::...:::::::::::::::::: : CCDS53 GLKKSSSLESLQTAVAEVTLNGDIPFHRPRPRIIRGRGCNESFRAAIDKSYDKPAVDDDD 840 850 860 870 880 890 800 810 820 830 840 pF1KB8 ---EEIEADGLSDKSSHSGQGALNCESAPQGNSELEDMENKARKVKKTKEKEKKKEKGKL : .: : ...::.::. ... : ..: ..:... .: :: ..::.: CCDS53 EGMETLEED--TEESSRSGRESVSTASDQPSHSLERQMNGNQEKGDKT---DRKKDKTG- 900 910 920 930 940 950 850 860 870 880 890 900 pF1KB8 KVKEKKRKEENEDPERKIKK---KGFGAMLRFGKKKEDKGGKAEQKGTLKHGGLREEELE ::::. ...: . : :: ::.: :. ..: : .: CCDS53 --KEKKKDRDKEKDKMKAKKGMLKGLGDMFSLAKLKPEKR 960 970 980 910 920 930 940 950 960 pF1KB8 KMKEERESGRPTGGSTDRIQKLRKEYYQARREGFPLYEDDEGRARPSEYDLLWVPGRGPD >>CCDS53510.1 PARD3 gene_id:56288|Hs108|chr10 (1266 aa) initn: 1590 init1: 519 opt: 1021 Z-score: 558.2 bits: 115.3 E(32554): 9.1e-25 Smith-Waterman score: 2281; 41.6% identity (65.7% similar) in 1096 aa overlap (4-1000:4-1058) 10 20 30 40 50 60 pF1KB8 MKVTVCFGRTGIVVPCKEGQLRVGELTQQALQRYLKTREKGPGYWVKIHHLEYTDGGILD ::::::: .:::: .:...: : :::. :: :. : :.::...:.::. :::::: CCDS53 MKVTVCFGRTRVVVPCGDGHMKVFSLIQQAVTRYRKAIAKDPNYWIQVHRLEHGDGGILD 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KB8 PDDVLADVVEDKDKLIAVFEEQEPLHKIESPSGNPADRQSPDAFETEVAAQ-LAAFKPIG ::.: ::..:::.:.:::.::.: : .. :.. . :::. : .:.... ..::.: CCDS53 LDDILCDVADDKDRLVAVFDEQDPHHGGDGTSASSTGTQSPEIFGSELGTNNVSAFQPYQ 70 80 90 100 110 120 120 130 140 150 160 pF1KB8 G--EIEVTPSALKLGTPLLVRRSSDP----VPGPPADT-----QPSASHPGGQS-----L . :::::::.:. . :: ::::::: . .:. .:: ..: : : CCDS53 ATSEIEVTPSVLRANMPLHVRRSSDPALIGLSTSVSDSNFSSEEPSRKNPTRWSTTAGFL 130 140 150 160 170 180 170 180 190 200 210 pF1KB8 KLVVPDSTQNLEDREVLNGVQTE-LLTSPRTK-DT---------LSDMTRTVEISGEGGP : . : .. ::. .:.. . . : . :: :.::.. ::. ..::: CCDS53 KQNTAGSPKTC-DRKDEDGTEEDNSRVEPVGHADTGLEHIPNFSLDDMVKLVEVPNDGGP 190 200 210 220 230 220 230 240 250 260 270 pF1KB8 LGIHVVPFFSSLSGRILGLFIRGIEDNSRSKREGLFHENECIVKINNVDLVDKTFAQAQD :::::::: :. .:: :::... .: ......:.::.::.:::.::. :: .. : ::: CCDS53 LGIHVVPF-SARGGRTLGLLVKRLEKGGKAEHENLFRENDCIVRINDGDLRNRRFEQAQH 240 250 260 270 280 290 280 290 300 310 320 330 pF1KB8 VFRQAMKSPSVLLHVLPPQNREQYEK-SVIGSLNIFGNNDGVLKTKVPPPVHGKSGLKTA .:::::..: . .::.: :.::::. : . : ... . . . ...::.:. CCDS53 MFRQAMRTPIIWFHVVPAANKEQYEQLSQSEKNNYYSSRFSPDSQYIDNRSVNSAGLHTV 300 310 320 330 340 350 340 350 360 370 380 pF1KB8 NLTG--TDSPET-DASASLQQNKSPRVPRLGGKPSSPSLSPLM--------GFGSNKNAK . . . :: :. . : .. : : ::.:. .: :....: .: CCDS53 QRAPRLNHPPEQIDSHSRLPHSAHPS----GKPPSAPASAPQNVFSTTVSSGYNTKKIGK 360 370 380 390 400 410 390 400 410 420 430 440 pF1KB8 KIKIDLKKGPEGLGFTVVTRDSSIHGPGPIFVKNILPKGAAIKDGRLQSGDRILEVNGRD ...:.:::: :::::....:: .: : .::.::::::.::::.::::..:::..:::: : CCDS53 RLNIQLKKGTEGLGFSITSRDVTIGGSAPIYVKNILPRGAAIQDGRLKAGDRLIEVNGVD 420 430 440 450 460 470 450 460 470 480 490 pF1KB8 VTGRTQEELVAMLRSTKQGETASLVIARQEGHFLPRELKGEPDCCALSLE-TSEQLTFEI ..:..:::.:..:::::. :.::.. ::: : :::::.: . .:. . : : ::::. CCDS53 LVGKSQEEVVSLLRSTKMEGTVSLLVFRQEDAFHPRELKAEDEDIVLTPDGTREFLTFEV 480 490 500 510 520 530 500 510 520 530 540 550 pF1KB8 PLNDSGSAGLGVSLKGNKSRETGTDLGIFIKSIIHGGAAFKDGRLRMNDQLIAVNGESLL :::::::::::::.:::.:.:. .:::::.::::.:::: ::::::.::::::::::::: CCDS53 PLNDSGSAGLGVSVKGNRSKENHADLGIFVKSIINGGAASKDGRLRVNDQLIAVNGESLL 540 550 560 570 580 590 560 570 580 590 600 pF1KB8 GKSNHEAMETLRRSMSMEGNIRGMIQLVILRR---------------PERPME---DPAE ::.:..:::::::::: ::: ::::::.. :: :: :.: : : CCDS53 GKTNQDAMETLRRSMSTEGNKRGMIQLIVARRISKCNELKSPGSPPGPELPIETALDDRE 600 610 620 630 640 650 610 620 630 640 650 pF1KB8 CGAFSKPCFENCQNAVTTSRRNDNSILHPLGT--CSPQDKQKGLLLPNDGWA--ESEVPP .:. . . .. . :: .. . .: :: . .:.: . :.. : CCDS53 -RRISHSLYSGIEGLDESPSRN-AALSRIMGKYQLSPT-----VNMPQDDTVIIEDDRLP 660 670 680 690 700 660 670 680 690 700 pF1KB8 SPTPHSALGLGLEDYSHSSGVDSAVYFPDQHINFR----------SVTPARQPESINLKA :: : : : ::. :.. . . .. :..: .: . .. CCDS53 VLPPH------LSDQSSSSSHDDVGFVTADAGTWAKAAISDSADCSLSPDVDP-VLAFQR 710 720 730 740 750 760 710 720 730 740 750 760 pF1KB8 SKSMDLVPDESKVHSLAGQKSESPSKDFGPTLGLKKSSSLESLQTAVAEVRKN-DLPFHR . ::.:.... ::. :::.: ::.::::::::::::::::::: : :.:::: CCDS53 EGFGRQIADETKLNTVDDQKAGSPSRDVGPSLGLKKSSSLESLQTAVAEVTLNGDIPFHR 770 780 790 800 810 820 770 780 790 800 810 pF1KB8 PRPHMVRGRGCNESFRAAIDKSYDGP---------EEIEADGLSDKSSHSGQGALNCESA :::...:::::::::::::::::: : : .: : ...::.::. ... : CCDS53 PRPRIIRGRGCNESFRAAIDKSYDKPAVDDDDEGMETLEED--TEESSRSGRESVSTASD 830 840 850 860 870 820 830 840 850 860 870 pF1KB8 PQGNSELEDMENKARKVKKTKEKEKKKEKGKLKVKEKKRKEENEDPERKIKK---KGFGA ..: ..:... .: :: ..::.: ::::. ...: . : :: ::.: CCDS53 QPSHSLERQMNGNQEKGDKT---DRKKDKTG---KEKKKDRDKEKDKMKAKKGMLKGLGD 880 890 900 910 920 930 880 890 900 910 920 930 pF1KB8 MLRFGKKKEDKGGKAEQKGTLK--HGGLREEELEKMKEERESGRPTGGSTDRIQKLRKEY :.::::...: : :. : .: .. ::: .::.:.: ::: .:. CCDS53 MFRFGKHRKD--DKIEKTGKIKIQESFTSEEERIRMKQEQE----------RIQAKTREF 940 950 960 970 980 940 950 960 970 980 pF1KB8 Y--QARREGFPLYEDDEGRARPSEYDLLWVPGRGPDGN-AHNLR----FEG--MERQYAS :::.. . .: :. . .:.. . .:. : : : :: :. ::. 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CCDS53 NYRSLPRDTSNWSNQFQRDNARSSLSASHPMVGKWLEKQEQDEDGTEEDNSRVEPVGHAD 200 210 220 230 240 250 190 200 210 220 230 240 pF1KB8 TELLTSPRTKDTLSDMTRTVEISGEGGPLGIHVVPFFSSLSGRILGLFIRGIEDNSRSKR : : : .:.::.. ::. ..::::::::::: :. .:: :::... .: ...... CCDS53 TGLEHIPNF--SLDDMVKLVEVPNDGGPLGIHVVPF-SARGGRTLGLLVKRLEKGGKAEH 260 270 280 290 300 310 250 260 270 280 290 300 pF1KB8 EGLFHENECIVKINNVDLVDKTFAQAQDVFRQAMKSPSVLLHVLPPQNREQYEK-SVIGS :.::.::.:::.::. :: .. : ::: .:::::..: . .::.: :.::::. : . 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