FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE3217, 494 aa 1>>>pF1KE3217 494 - 494 aa - 494 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.1315+/-0.000497; mu= 11.3448+/- 0.031 mean_var=243.3969+/-51.181, 0's: 0 Z-trim(115.9): 2051 B-trim: 103 in 1/55 Lambda= 0.082209 statistics sampled from 24362 (26671) to 24362 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.659), E-opt: 0.2 (0.313), width: 16 Scan time: 9.140 The best scores are: opt bits E(85289) XP_005250625 (OMIM: 601261) PREDICTED: zinc finger ( 473) 1368 176.0 2e-43 NP_666019 (OMIM: 601261) zinc finger and SCAN doma ( 473) 1368 176.0 2e-43 XP_006716176 (OMIM: 601261) PREDICTED: zinc finger ( 473) 1368 176.0 2e-43 XP_016868073 (OMIM: 601261) PREDICTED: zinc finger ( 473) 1368 176.0 2e-43 NP_001308045 (OMIM: 165260) zinc finger and SCAN d ( 491) 1280 165.6 2.9e-40 XP_011525219 (OMIM: 165260) PREDICTED: zinc finger ( 491) 1280 165.6 2.9e-40 NP_862829 (OMIM: 165260) zinc finger and SCAN doma ( 491) 1280 165.6 2.9e-40 XP_006723255 (OMIM: 165260) PREDICTED: zinc finger ( 491) 1280 165.6 2.9e-40 NP_001186408 (OMIM: 602246) zinc finger and SCAN d ( 445) 1106 144.9 4.4e-34 XP_011513178 (OMIM: 602246) PREDICTED: zinc finger ( 577) 1106 145.1 5.2e-34 XP_016868071 (OMIM: 194510) PREDICTED: zinc finger ( 410) 1093 143.3 1.2e-33 XP_006716174 (OMIM: 194510) PREDICTED: zinc finger ( 410) 1093 143.3 1.2e-33 NP_001265220 (OMIM: 194510) zinc finger protein 3 ( 410) 1093 143.3 1.2e-33 NP_001265221 (OMIM: 194510) zinc finger protein 3 ( 410) 1093 143.3 1.2e-33 XP_016868072 (OMIM: 194510) PREDICTED: zinc finger ( 410) 1093 143.3 1.2e-33 NP_116313 (OMIM: 194510) zinc finger protein 3 iso ( 446) 1093 143.4 1.3e-33 NP_001305064 (OMIM: 194510) zinc finger protein 3 ( 446) 1093 143.4 1.3e-33 NP_001265216 (OMIM: 194510) zinc finger protein 3 ( 446) 1093 143.4 1.3e-33 NP_001265219 (OMIM: 194510) zinc finger protein 3 ( 446) 1093 143.4 1.3e-33 NP_001265213 (OMIM: 194510) zinc finger protein 3 ( 446) 1093 143.4 1.3e-33 NP_001305065 (OMIM: 194510) zinc finger protein 3 ( 453) 1093 143.4 1.3e-33 XP_016881531 (OMIM: 609601) PREDICTED: zinc finger ( 534) 1054 138.9 3.5e-32 XP_011524533 (OMIM: 609601) PREDICTED: zinc finger ( 534) 1054 138.9 3.5e-32 NP_001128650 (OMIM: 609601) zinc finger protein 39 ( 534) 1054 138.9 3.5e-32 XP_011524532 (OMIM: 609601) PREDICTED: zinc finger ( 553) 1054 138.9 3.6e-32 XP_011524531 (OMIM: 609601) PREDICTED: zinc finger ( 553) 1054 138.9 3.6e-32 XP_006722621 (OMIM: 609601) PREDICTED: zinc finger ( 553) 1054 138.9 3.6e-32 XP_006720896 (OMIM: 604191) PREDICTED: zinc finger ( 598) 1045 137.9 7.9e-32 NP_001276331 (OMIM: 604077) zinc finger protein 13 ( 616) 1043 137.6 9.5e-32 XP_016882731 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 621) 1043 137.7 9.5e-32 XP_016882730 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 628) 1043 137.7 9.6e-32 XP_016882729 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 658) 1043 137.7 9.9e-32 NP_001276330 (OMIM: 604077) zinc finger protein 13 ( 658) 1043 137.7 9.9e-32 NP_003427 (OMIM: 604077) zinc finger protein 135 i ( 670) 1043 137.7 1e-31 XP_006723426 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 1043 137.7 1e-31 XP_006723425 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 1043 137.7 1e-31 XP_005259268 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 1043 137.7 1e-31 NP_009065 (OMIM: 604077) zinc finger protein 135 i ( 682) 1043 137.7 1e-31 NP_001309189 (OMIM: 194552) zinc finger protein 79 ( 474) 1022 135.0 4.6e-31 NP_001273625 (OMIM: 194552) zinc finger protein 79 ( 474) 1022 135.0 4.6e-31 NP_001273626 (OMIM: 194552) zinc finger protein 79 ( 474) 1022 135.0 4.6e-31 XP_006717342 (OMIM: 194552) PREDICTED: zinc finger ( 474) 1022 135.0 4.6e-31 NP_009066 (OMIM: 194552) zinc finger protein 79 is ( 498) 1022 135.0 4.7e-31 NP_001273627 (OMIM: 194552) zinc finger protein 79 ( 364) 1018 134.4 5.5e-31 NP_001265051 (OMIM: 602240) zinc finger protein wi ( 391) 1016 134.2 6.7e-31 XP_011513175 (OMIM: 602240) PREDICTED: zinc finger ( 391) 1016 134.2 6.7e-31 XP_011513176 (OMIM: 602240) PREDICTED: zinc finger ( 391) 1016 134.2 6.7e-31 NP_001265050 (OMIM: 602240) zinc finger protein wi ( 391) 1016 134.2 6.7e-31 NP_001265048 (OMIM: 602240) zinc finger protein wi ( 578) 1016 134.4 8.4e-31 XP_011513172 (OMIM: 602240) PREDICTED: zinc finger ( 578) 1016 134.4 8.4e-31 >>XP_005250625 (OMIM: 601261) PREDICTED: zinc finger and (473 aa) initn: 1218 init1: 643 opt: 1368 Z-score: 900.5 bits: 176.0 E(85289): 2e-43 Smith-Waterman score: 1407; 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XP_016 RPYDC-KCGKAFGQSSDLLKHQRMHTEEAPYQCKDCGKAFSGKGSLIRHYRIHTGEKPYQ 340 350 360 370 380 420 430 440 450 460 470 pF1KE3 CIACGKAFGRSSILIEHQRIHTGEKPYECNECGKSFNQSSALTQHQRIHTGEKPYECSEC : :::.:.. . : :::.:::::::.:.::::.::.:: ...:.::::::::: : .: XP_016 CNECGKSFSQHAGLSSHQRLHTGEKPYKCKECGKAFNHSSNFNKHHRIHTGEKPYWCHHC 390 400 410 420 430 440 480 490 pF1KE3 RKTFRHRSGLMQHQRTHTRV ::: .:.: .:::.:: XP_016 GKTFCSKSNLSKHQRVHTGEGEAP 450 460 470 >>NP_001308045 (OMIM: 165260) zinc finger and SCAN domai (491 aa) initn: 2057 init1: 886 opt: 1280 Z-score: 843.9 bits: 165.6 E(85289): 2.9e-40 Smith-Waterman score: 1289; 42.7% identity (69.6% similar) in 494 aa overlap (13-494:12-489) 10 20 30 40 50 pF1KE3 MSGEATVLAYHAPEEQEGLLVVKVEEENYV-LDQD-FGLQENPWSQEVFRQKFRQFSYSD : :....: ::::::. . :.: . ... .:. : .::.: : . 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