Result of FASTA (ccds) for pFN21AE3217
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KE3217, 494 aa
  1>>>pF1KE3217 494 - 494 aa - 494 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.6762+/-0.00122; mu= 7.6700+/- 0.071
 mean_var=204.7807+/-42.075, 0's: 0 Z-trim(108.8): 943  B-trim: 0 in 0/52
 Lambda= 0.089625
 statistics sampled from 9412 (10436) to 9412 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.664), E-opt: 0.2 (0.321), width:  16
 Scan time:  3.040

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS42427.1 ZSCAN30 gene_id:100101467|Hs108|chr18  ( 494) 3360 447.7 1.4e-125
CCDS74207.1 ZSCAN30 gene_id:100101467|Hs108|chr18  ( 307) 2108 285.6 5.3e-77
CCDS5681.1 ZSCAN21 gene_id:7589|Hs108|chr7         ( 473) 1368 190.1 4.6e-48
CCDS12975.1 ZSCAN22 gene_id:342945|Hs108|chr19     ( 491) 1280 178.7 1.2e-44
CCDS56407.1 ZSCAN9 gene_id:7746|Hs108|chr6         ( 445) 1106 156.2 6.9e-38
CCDS43619.1 ZNF3 gene_id:7551|Hs108|chr7           ( 446) 1093 154.5 2.2e-37
CCDS45852.1 ZNF397 gene_id:84307|Hs108|chr18       ( 534) 1054 149.5 8.3e-36
CCDS74472.1 ZNF135 gene_id:7694|Hs108|chr19        ( 616) 1043 148.2 2.4e-35
CCDS74471.1 ZNF135 gene_id:7694|Hs108|chr19        ( 658) 1043 148.2 2.6e-35
CCDS12970.2 ZNF135 gene_id:7694|Hs108|chr19        ( 670) 1043 148.2 2.6e-35
CCDS54329.1 ZNF135 gene_id:7694|Hs108|chr19        ( 682) 1043 148.2 2.6e-35
CCDS12497.1 ZNF345 gene_id:25850|Hs108|chr19       ( 488) 1036 147.2 3.9e-35
CCDS12501.1 ZNF383 gene_id:163087|Hs108|chr19      ( 475) 1032 146.6 5.5e-35
CCDS12959.2 ZNF551 gene_id:90233|Hs108|chr19       ( 670) 1026 146.0 1.2e-34
CCDS69664.1 ZNF79 gene_id:7633|Hs108|chr9          ( 474) 1022 145.4 1.3e-34
CCDS6871.1 ZNF79 gene_id:7633|Hs108|chr9           ( 498) 1022 145.4 1.4e-34
CCDS75904.1 ZNF79 gene_id:7633|Hs108|chr9          ( 364) 1018 144.7 1.6e-34
CCDS4645.1 ZKSCAN8 gene_id:7745|Hs108|chr6         ( 578) 1016 144.7 2.6e-34
CCDS12504.1 ZNF570 gene_id:148268|Hs108|chr19      ( 536) 1013 144.2 3.3e-34
CCDS74355.1 ZNF570 gene_id:148268|Hs108|chr19      ( 592) 1013 144.3 3.5e-34
CCDS12980.1 ZNF132 gene_id:7691|Hs108|chr19        ( 706) 1013 144.4   4e-34
CCDS6755.1 ZNF189 gene_id:7743|Hs108|chr9          ( 584) 1011 144.0 4.1e-34
CCDS65096.1 ZNF189 gene_id:7743|Hs108|chr9         ( 612) 1011 144.0 4.3e-34
CCDS6754.1 ZNF189 gene_id:7743|Hs108|chr9          ( 626) 1011 144.1 4.4e-34
CCDS42639.1 ZNF154 gene_id:7710|Hs108|chr19        ( 437) 1008 143.5 4.4e-34
CCDS62707.1 ZNF180 gene_id:7733|Hs108|chr19        ( 665) 1011 144.1 4.5e-34
CCDS62708.1 ZNF180 gene_id:7733|Hs108|chr19        ( 667) 1011 144.1 4.5e-34
CCDS46801.1 ZNF619 gene_id:285267|Hs108|chr3       ( 532) 1009 143.7 4.7e-34
CCDS12639.1 ZNF180 gene_id:7733|Hs108|chr19        ( 692) 1011 144.1 4.7e-34
CCDS11067.1 ZFP3 gene_id:124961|Hs108|chr17        ( 502) 1008 143.6 4.9e-34
CCDS46803.1 ZNF619 gene_id:285267|Hs108|chr3       ( 576) 1009 143.8 4.9e-34
CCDS46802.1 ZNF619 gene_id:285267|Hs108|chr3       ( 616) 1009 143.8 5.1e-34
CCDS2715.1 ZKSCAN7 gene_id:55888|Hs108|chr3        ( 754) 1010 144.0 5.4e-34
CCDS12498.1 ZNF420 gene_id:147923|Hs108|chr19      ( 688) 1009 143.8 5.6e-34
CCDS69562.1 ZNF34 gene_id:80778|Hs108|chr8         ( 539) 1006 143.3 6.1e-34
CCDS47945.1 ZNF34 gene_id:80778|Hs108|chr8         ( 560) 1006 143.4 6.3e-34
CCDS82341.1 ZNF569 gene_id:148266|Hs108|chr19      ( 527) 1003 142.9 7.9e-34
CCDS233.1 ZNF436 gene_id:80818|Hs108|chr1          ( 470) 1002 142.8   8e-34
CCDS12503.1 ZNF569 gene_id:148266|Hs108|chr19      ( 686) 1003 143.1 9.5e-34
CCDS76895.1 ZNF23 gene_id:7571|Hs108|chr16         ( 585) 1001 142.7   1e-33
CCDS74346.1 ZNF566 gene_id:84924|Hs108|chr19       ( 314)  996 141.8   1e-33
CCDS82413.1 ZNF544 gene_id:27300|Hs108|chr19       ( 687) 1002 142.9   1e-33
CCDS12973.1 ZNF544 gene_id:27300|Hs108|chr19       ( 715) 1002 142.9 1.1e-33
CCDS10900.1 ZNF23 gene_id:7571|Hs108|chr16         ( 643) 1001 142.8 1.1e-33
CCDS12491.1 ZNF565 gene_id:147929|Hs108|chr19      ( 499)  999 142.4 1.1e-33
CCDS82335.1 ZNF529 gene_id:57711|Hs108|chr19       ( 458)  998 142.2 1.1e-33
CCDS12494.1 ZNF566 gene_id:84924|Hs108|chr19       ( 418)  996 141.9 1.3e-33
CCDS46061.1 ZNF566 gene_id:84924|Hs108|chr19       ( 419)  996 141.9 1.3e-33
CCDS54256.1 ZNF529 gene_id:57711|Hs108|chr19       ( 563)  998 142.3 1.3e-33
CCDS73997.1 ZNF286A gene_id:57335|Hs108|chr17      ( 511)  997 142.2 1.3e-33


>>CCDS42427.1 ZSCAN30 gene_id:100101467|Hs108|chr18       (494 aa)
 initn: 3360 init1: 3360 opt: 3360  Z-score: 2368.2  bits: 447.7 E(32554): 1.4e-125
Smith-Waterman score: 3360; 99.8% identity (99.8% similar) in 494 aa overlap (1-494:1-494)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE3 MSGEATVLAYHAPEEQEGLLVVKVEEENYVLDQDFGLQENPWSQEVFRQKFRQFSYSDST
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 MSGEATVLAYHAPEEQEGLLVVKVEEENYVLDQDFGLQENPWSQEVFRQKFRQFSYSDST
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KE3 GPREALSRLRELCCQWLRPEVHSKEQILELLMLEQFLAILPEELQAWLREHRPENGEEAV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 GPREALSRLRELCCQWLRPEVHSKEQILELLMLEQFLAILPEELQAWLREHRPENGEEAV
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KE3 TMLEELEKELEEPRQQDTTHGQEMFWQEMTSTGALKSLSLNSPVQPLENQCKTETQESQA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 TMLEELEKELEEPRQQDTTHGQEMFWQEMTSTGALKSLSLNSPVQPLENQCKTETQESQA
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KE3 FQERDGRMVAGKVLMAKQEIVECVASAAMISPGKLPGETHSQRIAEEALGGLDNSKKPKG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::
CCDS42 FQERDGRMVAGKVLMAKQEIVECVASAAMISPGKLPGETHSQRIAEEALGGLDNSKKQKG
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KE3 NAAGNKISQLPSQDRHFSLATFNRRIPTEHSVLESHESEGSFSMNSNDITQQSVDTREKL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 NAAGNKISQLPSQDRHFSLATFNRRIPTEHSVLESHESEGSFSMNSNDITQQSVDTREKL
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KE3 YECFDCGKAFCQSSKLIRHQRIHTGERPYACKECGKAFSLSSDLVRHQRIHSGEKPYECC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 YECFDCGKAFCQSSKLIRHQRIHTGERPYACKECGKAFSLSSDLVRHQRIHSGEKPYECC
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KE3 ECGKAFRGSSELIRHRRIHTGEKPYECGECGKAFSRSSALIQHKKIHTGDKSYECIACGK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 ECGKAFRGSSELIRHRRIHTGEKPYECGECGKAFSRSSALIQHKKIHTGDKSYECIACGK
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KE3 AFGRSSILIEHQRIHTGEKPYECNECGKSFNQSSALTQHQRIHTGEKPYECSECRKTFRH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 AFGRSSILIEHQRIHTGEKPYECNECGKSFNQSSALTQHQRIHTGEKPYECSECRKTFRH
              430       440       450       460       470       480

              490    
pF1KE3 RSGLMQHQRTHTRV
       ::::::::::::::
CCDS42 RSGLMQHQRTHTRV
              490    

>>CCDS74207.1 ZSCAN30 gene_id:100101467|Hs108|chr18       (307 aa)
 initn: 2108 init1: 2108 opt: 2108  Z-score: 1495.9  bits: 285.6 E(32554): 5.3e-77
Smith-Waterman score: 2108; 99.7% identity (99.7% similar) in 307 aa overlap (188-494:1-307)

       160       170       180       190       200       210       
pF1KE3 LSLNSPVQPLENQCKTETQESQAFQERDGRMVAGKVLMAKQEIVECVASAAMISPGKLPG
                                     ::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74                               MVAGKVLMAKQEIVECVASAAMISPGKLPG
                                             10        20        30

       220       230       240       250       260       270       
pF1KE3 ETHSQRIAEEALGGLDNSKKPKGNAAGNKISQLPSQDRHFSLATFNRRIPTEHSVLESHE
       :::::::::::::::::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 ETHSQRIAEEALGGLDNSKKQKGNAAGNKISQLPSQDRHFSLATFNRRIPTEHSVLESHE
               40        50        60        70        80        90

       280       290       300       310       320       330       
pF1KE3 SEGSFSMNSNDITQQSVDTREKLYECFDCGKAFCQSSKLIRHQRIHTGERPYACKECGKA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 SEGSFSMNSNDITQQSVDTREKLYECFDCGKAFCQSSKLIRHQRIHTGERPYACKECGKA
              100       110       120       130       140       150

       340       350       360       370       380       390       
pF1KE3 FSLSSDLVRHQRIHSGEKPYECCECGKAFRGSSELIRHRRIHTGEKPYECGECGKAFSRS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 FSLSSDLVRHQRIHSGEKPYECCECGKAFRGSSELIRHRRIHTGEKPYECGECGKAFSRS
              160       170       180       190       200       210

       400       410       420       430       440       450       
pF1KE3 SALIQHKKIHTGDKSYECIACGKAFGRSSILIEHQRIHTGEKPYECNECGKSFNQSSALT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 SALIQHKKIHTGDKSYECIACGKAFGRSSILIEHQRIHTGEKPYECNECGKSFNQSSALT
              220       230       240       250       260       270

       460       470       480       490    
pF1KE3 QHQRIHTGEKPYECSECRKTFRHRSGLMQHQRTHTRV
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 QHQRIHTGEKPYECSECRKTFRHRSGLMQHQRTHTRV
              280       290       300       

>>CCDS5681.1 ZSCAN21 gene_id:7589|Hs108|chr7              (473 aa)
 initn: 1218 init1: 643 opt: 1368  Z-score: 976.4  bits: 190.1 E(32554): 4.6e-48
Smith-Waterman score: 1407; 45.9% identity (71.3% similar) in 492 aa overlap (3-492:7-467)

                   10        20        30        40        50      
pF1KE3     MSGEATVLAYHAPEEQEGLLVVKVEEENYVLDQDFGLQENPWSQEVFRQKFRQFSY
             : : ::. . :.:: : :.:::::.     .. : .  : : :.:::.::::.:
CCDS56 MMTKVLGMAPVLGPRPPQEQVGPLMVKVEEK-----EEKG-KYLP-SLEMFRQRFRQFGY
               10        20        30               40        50   

         60        70        80        90       100       110      
pF1KE3 SDSTGPREALSRLRELCCQWLRPEVHSKEQILELLMLEQFLAILPEELQAWLREHRPENG
        :. :::::::.:: :::.:::::.:.::::::::.:::::.:::.:::::..:: ::..
CCDS56 HDTPGPREALSQLRVLCCEWLRPEIHTKEQILELLVLEQFLTILPQELQAWVQEHCPESA
            60        70        80        90       100       110   

        120       130         140       150       160       170    
pF1KE3 EEAVTMLEELEKELEEPRQQDTT--HGQEMFWQEMTSTGALKSLSLNSPVQPLENQCKTE
       :::::.::.::.::.:: .: .:  . :.  :....:.:. :    .   ::::.. : :
CCDS56 EEAVTLLEDLERELDEPGHQVSTPPNEQKPVWEKISSSGTAKESPSSMQPQPLETSHKYE
           120       130       140       150       160       170   

          180       190       200       210       220       230    
pF1KE3 TQESQAFQERDGRMVAGKVLMAKQEIVECVASAAMISPGKLPGETHSQRIAEEALGGLDN
       .     .:: .:.    .  .  ... .:  :            :. .. :.:  :  ..
CCDS56 SWGPLYIQE-SGE--EQEFAQDPRKVRDCRLS------------TQHEESADEQKG--SE
           180          190       200                   210        

          240       250       260       270       280       290    
pF1KE3 SKKPKGNAAGNKISQLPSQDRHFSLATFNRRIPTEHSVLESHESEGSFSMNSNDITQQSV
       ..  ::.  .  :.. :  . . . .... .  :.  . :.  ..:  :. ..       
CCDS56 AEGLKGDIISVIIANKPEASLERQCVNLENEKGTKPPLQEAGSKKGRESVPTKPTPG---
        220       230       240       250       260       270      

          300       310       320       330       340       350    
pF1KE3 DTREKLYECFDCGKAFCQSSKLIRHQRIHTGERPYACKECGKAFSLSSDLVRHQRIHSGE
          :. : : .::::: .::.: .:.: ::::.::.: .:::::: ::.:. : : :  .
CCDS56 ---ERRYICAECGKAFSNSSNLTKHRRTHTGEKPYVCTKCGKAFSHSSNLTLHYRTHLVD
              280       290       300       310       320       330

          360       370       380       390       400       410    
pF1KE3 KPYECCECGKAFRGSSELIRHRRIHTGEKPYECGECGKAFSRSSALIQHKKIHTGDKSYE
       .::.: .:::::  ::.:..:.:.:: : ::.: .:::::: ...::.: .::::.: :.
CCDS56 RPYDC-KCGKAFGQSSDLLKHQRMHTEEAPYQCKDCGKAFSGKGSLIRHYRIHTGEKPYQ
               340       350       360       370       380         

          420       430       440       450       460       470    
pF1KE3 CIACGKAFGRSSILIEHQRIHTGEKPYECNECGKSFNQSSALTQHQRIHTGEKPYECSEC
       :  :::.:.. . :  :::.:::::::.:.::::.::.:: ...:.::::::::: : .:
CCDS56 CNECGKSFSQHAGLSSHQRLHTGEKPYKCKECGKAFNHSSNFNKHHRIHTGEKPYWCHHC
     390       400       410       420       430       440         

          480       490        
pF1KE3 RKTFRHRSGLMQHQRTHTRV    
        :::  .:.: .:::.::      
CCDS56 GKTFCSKSNLSKHQRVHTGEGEAP
     450       460       470   

>>CCDS12975.1 ZSCAN22 gene_id:342945|Hs108|chr19          (491 aa)
 initn: 2057 init1: 886 opt: 1280  Z-score: 914.7  bits: 178.7 E(32554): 1.2e-44
Smith-Waterman score: 1289; 42.7% identity (69.6% similar) in 494 aa overlap (13-494:12-489)

               10        20        30          40        50        
pF1KE3 MSGEATVLAYHAPEEQEGLLVVKVEEENYV-LDQD-FGLQENPWSQEVFRQKFRQFSYSD
                   : :....: ::::::. . :.:   . ...   .:. : .::.: : .
CCDS12  MAIPKHSLSPVPWEEDSFLQVKVEEEEEASLSQGGESSHDHIAHSEAARLRFRHFRYEE
                10        20        30        40        50         

       60        70        80        90       100       110        
pF1KE3 STGPREALSRLRELCCQWLRPEVHSKEQILELLMLEQFLAILPEELQAWLREHRPENGEE
       ..::.:::..:: ::::::.::.::::::::::.:::::. :: :.:::.  . :..:::
CCDS12 ASGPHEALAHLRALCCQWLQPEAHSKEQILELLVLEQFLGALPPEIQAWVGAQSPKSGEE
      60        70        80        90       100       110         

      120       130           140        150       160        170  
pF1KE3 AVTMLEELEKELE----EPRQQDTTHG-QEMFWQEMTSTGALKSLSLNSPVQP-LENQCK
       :....:.: . :.    .:  . :  . ..    :   ... ..:  .  . : . . : 
CCDS12 AAVLVEDLTQVLDKRGWDPGAEPTEASCKQSDLGESEPSNVTETLMGGVSLGPAFVKAC-
     120       130       140       150       160       170         

            180       190       200       210        220       230 
pF1KE3 TETQESQAFQERDGRMVAGKVLMAKQEIVECVASAAMISPGK-LPGETHSQRIAEEALGG
           : .. .::.:  ..:..    . ... .      .: : .: .   ::  :   :.
CCDS12 ----EPEGSSERSG--LSGEIWT--KSVTQQIHFKKTSGPYKDVPTD---QRGRES--GA
          180         190         200       210          220       

             240       250       260       270          280        
pF1KE3 LDNSKKPKGNAAGNKISQLPSQDRHFSLATFNRRIPTEHSVLES---HESEGSFSMNSND
         ::..   : ....  . ::.:.   . ... . :  .:  .:   .: .  :.  :  
CCDS12 SRNSSSAWPNLTSQE--KPPSEDKFDLVDAYGTEPPYTYSGKRSSKCRECRKMFQSASAL
         230       240         250       260       270       280   

      290       300       310       320       330       340        
pF1KE3 ITQQSVDTREKLYECFDCGKAFCQSSKLIRHQRIHTGERPYACKECGKAFSLSSDLVRHQ
        ..:.. .:.  : : .::::: .:..: .:: .::: .:. :::::::::  . :..::
CCDS12 EAHQKTHSRKTPYACSECGKAFSRSTHLAQHQVVHTGAKPHECKECGKAFSRVTHLTQHQ
           290       300       310       320       330       340   

      350       360       370       380       390       400        
pF1KE3 RIHSGEKPYECCECGKAFRGSSELIRHRRIHTGEKPYECGECGKAFSRSSALIQHKKIHT
       :::.:::::.: ::::.:  :..: .:.:.::::.::::  ::::::.:. : ::..:::
CCDS12 RIHTGEKPYKCGECGKTFSRSTHLTQHQRVHTGERPYECDACGKAFSQSTHLTQHQRIHT
           350       360       370       380       390       400   

      410       420       430       440       450       460        
pF1KE3 GDKSYECIACGKAFGRSSILIEHQRIHTGEKPYECNECGKSFNQSSALTQHQRIHTGEKP
       :.: :.: :::.::.  : ::.: :::.:::::.:. : :.: :::.: .::::::::::
CCDS12 GEKPYKCDACGRAFSDCSALIRHLRIHSGEKPYQCKVCPKAFAQSSSLIEHQRIHTGEKP
           410       420       430       440       450       460   

      470       480       490      
pF1KE3 YECSECRKTFRHRSGLMQHQRTHTRV  
       :.::.: :.: . :.:: : : :  :  
CCDS12 YKCSDCGKAFSRSSALMVHLRIHITVLQ
           470       480       490 

>>CCDS56407.1 ZSCAN9 gene_id:7746|Hs108|chr6              (445 aa)
 initn: 929 init1: 929 opt: 1106  Z-score: 793.7  bits: 156.2 E(32554): 6.9e-38
Smith-Waterman score: 1144; 41.5% identity (69.2% similar) in 467 aa overlap (2-464:5-440)

                  10        20        30         40        50      
pF1KE3    MSGEATVLAYHAPEEQEGLLVVKVEEENYVLDQDFGLQE-NPWSQEVFRQKFRQFSY
           : :.  :. ..::  : ::..::: ....  :.  :.. :: ..:.::..:::. :
CCDS56 MNTNSKEVLSLGVQVPEAWEELLTMKVEAKSHLQWQESRLKRSNPLAREIFRRHFRQLCY
               10        20        30        40        50        60

         60        70        80        90       100       110      
pF1KE3 SDSTGPREALSRLRELCCQWLRPEVHSKEQILELLMLEQFLAILPEELQAWLREHRPENG
       ... ::::::.::.::: :::::.: .:::::.::.:::::.:::.:::.:.::: ::.:
CCDS56 QETPGPREALTRLQELCYQWLRPHVSTKEQILDLLVLEQFLSILPKELQGWVREHCPESG
               70        80        90       100       110       120

        120       130       140         150       160       170    
pF1KE3 EEAVTMLEELEKELEEPRQQDTTHG--QEMFWQEMTSTGALKSLSLNSPVQPLENQCKTE
       :::: .::.::.::.::... ..:   ::.. .::.  .    :.:.:  :: : :   .
CCDS56 EEAVILLEDLERELDEPQHEMVAHRHRQEVLCKEMVPLAEQTPLTLQS--QPKEPQLTCD
              130       140       150       160         170        

           180       190       200       210       220       230   
pF1KE3 T-QESQAFQERDGRMVAGKVLMAKQEIVECVASAAMISPGKLPGETHSQRIAEEALGGLD
       . :. ... : :       .   ... :    .: ..:   .     :. ..   : :  
CCDS56 SAQKCHSIGETD------LIRSLRRRAVLIPLGAHLFSTDTF---LFSKPVVIPQLKGGG
      180       190             200       210          220         

           240       250       260       270       280       290   
pF1KE3 NSKKPKGNAAGNKISQLPSQDRHFSLATFNRRIPTEHSVLESHESEGSFSMNSNDITQQS
       ..   . ..  .....  ..::.. :    .  :   ...: : .   :. .. ...:: 
CCDS56 ETWPNNRGVLRDEVTK--TEDRELVL---RKDCP---KIVEPHGKM--FNEQTWEVSQQ-
     230       240         250             260         270         

           300       310       320       330       340       350   
pF1KE3 VDTREKLYECFDCGKAFCQSSKLIRHQRIHTGERPYACKECGKAFSLSSDLVRHQRIHSG
        :  .        :..  ..... :.     ::  . : ::::.:. :: :.::::::.:
CCDS56 -DPSH--------GEVGEHKDRIERQWGNLLGEGQHKCDECGKSFTQSSGLIRHQRIHTG
       280               290       300       310       320         

           360       370       380       390       400       410   
pF1KE3 EKPYECCECGKAFRGSSELIRHRRIHTGEKPYECGECGKAFSRSSALIQHKKIHTGDKSY
       :.:::: ::::::  :: :. :: ::. .: :.: ::::.::.:..::::..:: :.: :
CCDS56 ERPYECNECGKAFSRSSGLFNHRGIHNIQKRYHCKECGKVFSQSAGLIQHQRIHKGEKPY
     330       340       350       360       370       380         

           420       430       440       450       460       470   
pF1KE3 ECIACGKAFGRSSILIEHQRIHTGEKPYECNECGKSFNQSSALTQHQRIHTGEKPYECSE
       .:  :.:...: :.:::::: ::::.:..: :::::::.   : .::.:::         
CCDS56 QCSQCSKSYSRRSFLIEHQRSHTGERPHQCIECGKSFNRHCNLIRHQKIHTVAELV    
     390       400       410       420       430       440         

           480       490    
pF1KE3 CRKTFRHRSGLMQHQRTHTRV

>>CCDS43619.1 ZNF3 gene_id:7551|Hs108|chr7                (446 aa)
 initn: 1057 init1: 1057 opt: 1093  Z-score: 784.6  bits: 154.5 E(32554): 2.2e-37
Smith-Waterman score: 1093; 54.5% identity (76.8% similar) in 297 aa overlap (198-492:100-391)

       170       180       190       200       210       220       
pF1KE3 ENQCKTETQESQAFQERDGRMVAGKVLMAKQEIVECVASAAMISPGKLPGETHSQRIAEE
                                     ::: : . : ...  :..  .  .    .:
CCDS43 PAQRDLYRDVMLENYGNVFSLDRETRTENDQEISEDTRSHGVLL-GRFQKDISQGLKFKE
      70        80        90       100       110        120        

       230       240        250       260       270       280      
pF1KE3 ALGGLDNSKKPKGNAAGNKIS-QLPSQDRHFSLATFNRRIPTEHSVLESHESEG-SFSMN
       :     . :.: ::. :.... ..:.    :. .: ....  .    :.... : ::..:
CCDS43 AYEREVSLKRPLGNSPGERLNRKMPD----FGQVTVEEKLTPRGERSEKYNDFGNSFTVN
      130       140       150           160       170       180    

         290       300       310       320       330       340     
pF1KE3 SNDITQQSVDTREKLYECFDCGKAFCQSSKLIRHQRIHTGERPYACKECGKAFSLSSDLV
       :: :..: . . .. ..: .:.:.: ..: ::.::::::::.:: :.::::::: :: :.
CCDS43 SNLISHQRLPVGDRPHKCDECSKSFNRTSDLIQHQRIHTGEKPYECNECGKAFSQSSHLI
          190       200       210       220       230       240    

         350       360       370       380       390       400     
pF1KE3 RHQRIHSGEKPYECCECGKAFRGSSELIRHRRIHTGEKPYECGECGKAFSRSSALIQHKK
       .:::::.::::::: .:::.:  :: :: :::::::::::::.::::.:: ::.: .:..
CCDS43 QHQRIHTGEKPYECSDCGKTFSCSSALILHRRIHTGEKPYECNECGKTFSWSSTLTHHQR
          250       260       270       280       290       300    

         410       420       430       440       450       460     
pF1KE3 IHTGDKSYECIACGKAFGRSSILIEHQRIHTGEKPYECNECGKSFNQSSALTQHQRIHTG
       ::::.: : :  :::::.::: ::.::::::::::::::::::.:.::: : ::::::::
CCDS43 IHTGEKPYACNECGKAFSRSSTLIHHQRIHTGEKPYECNECGKAFSQSSHLYQHQRIHTG
          310       320       330       340       350       360    

         470       480       490                                   
pF1KE3 EKPYECSECRKTFRHRSGLMQHQRTHTRV                               
       :::::: ::   : . :::.:::: ::                                 
CCDS43 EKPYECMECGGKFTYSSGLIQHQRIHTGENPYECSECGKAFRYSSALVRHQRIHTGEKPL
          370       380       390       400       410       420    

>>CCDS45852.1 ZNF397 gene_id:84307|Hs108|chr18            (534 aa)
 initn: 3198 init1: 1048 opt: 1054  Z-score: 756.4  bits: 149.5 E(32554): 8.3e-36
Smith-Waterman score: 1549; 50.6% identity (73.1% similar) in 490 aa overlap (6-492:9-476)

                  10        20        30        40         50      
pF1KE3    MSGEATVLAYHAPEEQEGLLVVKVEEENYVLDQDFGLQENPWS-QEVFRQKFRQFSY
               ..:  . : ::: :..::::. :.  :. :  . .  : ::.:::.::.: :
CCDS45 MAVESGVISTLIPQDPPEQE-LILVKVED-NFSWDEKFKQNGSTQSCQELFRQQFRKFCY
               10        20          30        40        50        

         60        70        80        90       100       110      
pF1KE3 SDSTGPREALSRLRELCCQWLRPEVHSKEQILELLMLEQFLAILPEELQAWLREHRPENG
       ... :::::::::.::: ::: ::.:.::::::::.:::::.::::::: :...: ::.:
CCDS45 QETPGPREALSRLQELCYQWLMPELHTKEQILELLVLEQFLSILPEELQIWVQQHNPESG
       60        70        80        90       100       110        

        120       130         140       150       160       170    
pF1KE3 EEAVTMLEELEKELEEPRQQ--DTTHGQEMFWQEMTSTGALKSLSLNSPVQPLENQCKTE
       :::::.::.::.:...: ::   . .:  . :...:   : .  : .  .:::..: :. 
CCDS45 EEAVTLLEDLEREFDDPGQQVPASPQGPAVPWKDLTCLRASQE-STDIHLQPLKTQLKSW
      120       130       140       150       160        170       

          180       190       200       210       220       230    
pF1KE3 TQESQAFQERDGRMVAGKVLMAKQEIVECVASAAMISPGKLPGETHSQRIAEEALGGLDN
           .  .. ..  .: :  .....           : : :: :   . :.:.     .:
CCDS45 KPCLSPKSDCENSETATKEGISEEK-----------SQG-LPQEPSFRGISEHE----SN
       180       190       200                   210           220 

          240       250       260       270       280       290    
pF1KE3 SKKPKGNAAGNKISQLPSQDRHFSLATFNRRIPTEHSVLESHESEGSFSMNSNDITQQSV
           .:.:.:.:. . :::   :: . :. .   .... .  :.:  . .....:  :.:
CCDS45 LVWKQGSATGEKLRS-PSQGGSFSQVIFTNKSLGKRDLYD--EAERCLILTTDSIMCQKV
             230        240       250       260         270        

          300       310       320       330       340       350    
pF1KE3 DTREKLYECFDCGKAFCQSSKLIRHQRIHTGERPYACKECGKAFSLSSDLVRHQRIHSGE
         .:. :.:  ::..: : :.: .::::::::.:: :..::::::: : :. ::::::::
CCDS45 PPEERPYRCDVCGHSFKQHSSLTQHQRIHTGEKPYKCNQCGKAFSLRSYLIIHQRIHSGE
      280       290       300       310       320       330        

          360       370       380       390       400       410    
pF1KE3 KPYECCECGKAFRGSSELIRHRRIHTGEKPYECGECGKAFSRSSALIQHKKIHTGDKSYE
       : ::: ::::::  :: :::::.::::::  .:.:::::::.:: :: :..::::.: ::
CCDS45 KAYECSECGKAFNQSSALIRHRKIHTGEKACKCNECGKAFSQSSYLIIHQRIHTGEKPYE
      340       350       360       370       380       390        

          420       430       440       450       460       470    
pF1KE3 CIACGKAFGRSSILIEHQRIHTGEKPYECNECGKSFNQSSALTQHQRIHTGEKPYECSEC
       :  :::.:..:: ::.::::::::.:::::::::.: ::: :  :::::.::::::::::
CCDS45 CNECGKTFSQSSKLIRHQRIHTGERPYECNECGKAFRQSSELITHQRIHSGEKPYECSEC
      400       410       420       430       440       450        

          480       490                                            
pF1KE3 RKTFRHRSGLMQHQRTHTRV                                        
        :.:   :.:..::: :.                                          
CCDS45 GKAFSLSSNLIRHQRIHSGEEPYQCNECGKTFKRSSALVQHQRIHSGDEAYICNECGKAF
      460       470       480       490       500       510        

>>CCDS74472.1 ZNF135 gene_id:7694|Hs108|chr19             (616 aa)
 initn: 1998 init1: 1036 opt: 1043  Z-score: 747.9  bits: 148.2 E(32554): 2.4e-35
Smith-Waterman score: 1047; 47.5% identity (68.6% similar) in 360 aa overlap (146-492:118-475)

         120       130       140       150       160       170     
pF1KE3 GEEAVTMLEELEKELEEPRQQDTTHGQEMFWQEMTSTGALKSLSLNSPVQPLENQCKT-E
                                     ::. .. :   ::. . : ::.  . .. .
CCDS74 EGHWEWSCESLESLAVPVAFTPVKTPVLEQWQR-NGFGENISLNPDLPHQPMTPERQSPH
        90       100       110       120        130       140      

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pF1KE3 TQESQAFQERDGRMVAGKVLMAKQEIVECVASAAMISPGKLPGETHSQRIAE------EA
       :  ... .:.    :  :. . :..  .:   .  .: ..   : :  . .:      : 
CCDS74 TWGTRGKREKPDLNVLQKTCV-KEKPYKCQECGKAFSHSSALIEHHRTHTGERPYECHEC
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pF1KE3 LGGLDNSK---KPKGNAAGNKISQLPSQDRHFS-LATF--NRRIPTEHSVLESHESEGSF
       : :. ::.   : .   .:.:  .  .  : :. .: .  ..:  : ..  :  :   ::
CCDS74 LKGFRNSSALTKHQRIHTGEKPYKCTQCGRTFNQIAPLIQHQRTHTGEKPYECSECGKSF
         210       220       230       240       250       260     

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pF1KE3 SMNSNDITQQSVDTREKLYECFDCGKAFCQSSKLIRHQRIHTGERPYACKECGKAFSLSS
       :. :.   .. . : :: ::: .::::: :: .: .: ::::::.:: : ::::::: ::
CCDS74 SFRSSFSQHERTHTGEKPYECSECGKAFRQSIHLTQHLRIHTGEKPYQCGECGKAFSHSS
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pF1KE3 DLVRHQRIHSGEKPYECCECGKAFRGSSELIRHRRIHTGEKPYECGECGKAFSRSSALIQ
       .:..:::::.::::::: ::::::   . ::.:.: :::::::::::::::::.:. : .
CCDS74 SLTKHQRIHTGEKPYECHECGKAFTQITPLIQHQRTHTGEKPYECGECGKAFSQSTLLTE
         330       340       350       360       370       380     

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pF1KE3 HKKIHTGDKSYECIACGKAFGRSSILIEHQRIHTGEKPYECNECGKSFNQSSALTQHQRI
       :..::::.: : :  :::.:..:: : .:.: :::::::::..:::.: ::. :::::::
CCDS74 HRRIHTGEKPYGCNECGKTFSHSSSLSQHERTHTGEKPYECSQCGKAFRQSTHLTQHQRI
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pF1KE3 HTGEKPYECSECRKTFRHRSGLMQHQRTHTRV                            
       :::::::::..: :.: : :.: .::: ::                              
CCDS74 HTGEKPYECNDCGKAFSHSSSLTKHQRIHTGEKPYECNQCGRAFSQLAPLIQHQRIHTGE
         450       460       470       480       490       500     

>--
 initn: 697 init1: 697 opt: 697  Z-score: 506.1  bits: 103.4 E(32554): 7.2e-22
Smith-Waterman score: 697; 65.7% identity (84.3% similar) in 140 aa overlap (353-492:476-615)

            330       340       350       360       370       380  
pF1KE3 HTGERPYACKECGKAFSLSSDLVRHQRIHSGEKPYECCECGKAFRGSSELIRHRRIHTGE
                                     ::::::: .::.::   . ::.:.::::::
CCDS74 HTGEKPYECNDCGKAFSHSSSLTKHQRIHTGEKPYECNQCGRAFSQLAPLIQHQRIHTGE
         450       460       470       480       490       500     

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pF1KE3 KPYECGECGKAFSRSSALIQHKKIHTGDKSYECIACGKAFGRSSILIEHQRIHTGEKPYE
       :::::..::.:::.:: ::.:..::: .: : :  :::.:..:: : .:.: ::::::::
CCDS74 KPYECNQCGRAFSQSSLLIEHQRIHTKEKPYGCNECGKSFSHSSSLSQHERTHTGEKPYE
         510       520       530       540       550       560     

            450       460       470       480       490    
pF1KE3 CNECGKSFNQSSALTQHQRIHTGEKPYECSECRKTFRHRSGLMQHQRTHTRV
       :..::::: ::. ::::.::::::::: : .: :.: : :.: .::::::  
CCDS74 CHDCGKSFRQSTHLTQHRRIHTGEKPYACRDCGKAFTHSSSLTKHQRTHTG 
         570       580       590       600       610       

>>CCDS74471.1 ZNF135 gene_id:7694|Hs108|chr19             (658 aa)
 initn: 1998 init1: 1036 opt: 1043  Z-score: 747.6  bits: 148.2 E(32554): 2.6e-35
Smith-Waterman score: 1047; 47.5% identity (68.6% similar) in 360 aa overlap (146-492:160-517)

         120       130       140       150       160       170     
pF1KE3 GEEAVTMLEELEKELEEPRQQDTTHGQEMFWQEMTSTGALKSLSLNSPVQPLENQCKT-E
                                     ::. .. :   ::. . : ::.  . .. .
CCDS74 EGHWEWSCESLESLAVPVAFTPVKTPVLEQWQR-NGFGENISLNPDLPHQPMTPERQSPH
     130       140       150       160        170       180        

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pF1KE3 TQESQAFQERDGRMVAGKVLMAKQEIVECVASAAMISPGKLPGETHSQRIAE------EA
       :  ... .:.    :  :. . :..  .:   .  .: ..   : :  . .:      : 
CCDS74 TWGTRGKREKPDLNVLQKTCV-KEKPYKCQECGKAFSHSSALIEHHRTHTGERPYECHEC
      190       200        210       220       230       240       

      230          240       250        260         270       280  
pF1KE3 LGGLDNSK---KPKGNAAGNKISQLPSQDRHFS-LATF--NRRIPTEHSVLESHESEGSF
       : :. ::.   : .   .:.:  .  .  : :. .: .  ..:  : ..  :  :   ::
CCDS74 LKGFRNSSALTKHQRIHTGEKPYKCTQCGRTFNQIAPLIQHQRTHTGEKPYECSECGKSF
       250       260       270       280       290       300       

            290       300       310       320       330       340  
pF1KE3 SMNSNDITQQSVDTREKLYECFDCGKAFCQSSKLIRHQRIHTGERPYACKECGKAFSLSS
       :. :.   .. . : :: ::: .::::: :: .: .: ::::::.:: : ::::::: ::
CCDS74 SFRSSFSQHERTHTGEKPYECSECGKAFRQSIHLTQHLRIHTGEKPYQCGECGKAFSHSS
       310       320       330       340       350       360       

            350       360       370       380       390       400  
pF1KE3 DLVRHQRIHSGEKPYECCECGKAFRGSSELIRHRRIHTGEKPYECGECGKAFSRSSALIQ
       .:..:::::.::::::: ::::::   . ::.:.: :::::::::::::::::.:. : .
CCDS74 SLTKHQRIHTGEKPYECHECGKAFTQITPLIQHQRTHTGEKPYECGECGKAFSQSTLLTE
       370       380       390       400       410       420       

            410       420       430       440       450       460  
pF1KE3 HKKIHTGDKSYECIACGKAFGRSSILIEHQRIHTGEKPYECNECGKSFNQSSALTQHQRI
       :..::::.: : :  :::.:..:: : .:.: :::::::::..:::.: ::. :::::::
CCDS74 HRRIHTGEKPYGCNECGKTFSHSSSLSQHERTHTGEKPYECSQCGKAFRQSTHLTQHQRI
       430       440       450       460       470       480       

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pF1KE3 HTGEKPYECSECRKTFRHRSGLMQHQRTHTRV                            
       :::::::::..: :.: : :.: .::: ::                              
CCDS74 HTGEKPYECNDCGKAFSHSSSLTKHQRIHTGEKPYECNQCGRAFSQLAPLIQHQRIHTGE
       490       500       510       520       530       540       

>--
 initn: 697 init1: 697 opt: 697  Z-score: 505.8  bits: 103.5 E(32554): 7.5e-22
Smith-Waterman score: 697; 65.7% identity (84.3% similar) in 140 aa overlap (353-492:518-657)

            330       340       350       360       370       380  
pF1KE3 HTGERPYACKECGKAFSLSSDLVRHQRIHSGEKPYECCECGKAFRGSSELIRHRRIHTGE
                                     ::::::: .::.::   . ::.:.::::::
CCDS74 HTGEKPYECNDCGKAFSHSSSLTKHQRIHTGEKPYECNQCGRAFSQLAPLIQHQRIHTGE
       490       500       510       520       530       540       

            390       400       410       420       430       440  
pF1KE3 KPYECGECGKAFSRSSALIQHKKIHTGDKSYECIACGKAFGRSSILIEHQRIHTGEKPYE
       :::::..::.:::.:: ::.:..::: .: : :  :::.:..:: : .:.: ::::::::
CCDS74 KPYECNQCGRAFSQSSLLIEHQRIHTKEKPYGCNECGKSFSHSSSLSQHERTHTGEKPYE
       550       560       570       580       590       600       

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pF1KE3 CNECGKSFNQSSALTQHQRIHTGEKPYECSECRKTFRHRSGLMQHQRTHTRV
       :..::::: ::. ::::.::::::::: : .: :.: : :.: .::::::  
CCDS74 CHDCGKSFRQSTHLTQHRRIHTGEKPYACRDCGKAFTHSSSLTKHQRTHTG 
       610       620       630       640       650         

>>CCDS12970.2 ZNF135 gene_id:7694|Hs108|chr19             (670 aa)
 initn: 1998 init1: 1036 opt: 1043  Z-score: 747.5  bits: 148.2 E(32554): 2.6e-35
Smith-Waterman score: 1047; 47.5% identity (68.6% similar) in 360 aa overlap (146-492:172-529)

         120       130       140       150       160       170     
pF1KE3 GEEAVTMLEELEKELEEPRQQDTTHGQEMFWQEMTSTGALKSLSLNSPVQPLENQCKT-E
                                     ::. .. :   ::. . : ::.  . .. .
CCDS12 EGHWEWSCESLESLAVPVAFTPVKTPVLEQWQR-NGFGENISLNPDLPHQPMTPERQSPH
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       :. :.   .. . : :: ::: .::::: :: .: .: ::::::.:: : ::::::: ::
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>--
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18511270 residues in 32554 library sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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