FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE3338, 975 aa 1>>>pF1KE3338 975 - 975 aa - 975 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 17.5117+/-0.000691; mu= -36.9926+/- 0.043 mean_var=826.5225+/-168.889, 0's: 0 Z-trim(118.7): 200 B-trim: 0 in 0/55 Lambda= 0.044612 statistics sampled from 31704 (31896) to 31704 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.662), E-opt: 0.2 (0.374), width: 16 Scan time: 15.200 The best scores are: opt bits E(85289) NP_062538 (OMIM: 607699) E3 ubiquitin-protein liga ( 975) 6183 414.7 1.2e-114 XP_011517164 (OMIM: 607699) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 975) 6183 414.7 1.2e-114 NP_001193963 (OMIM: 607700) E3 ubiquitin-protein l ( 901) 1825 134.2 3.1e-30 NP_001273501 (OMIM: 607700) E3 ubiquitin-protein l (1001) 1804 132.8 8.5e-30 NP_055586 (OMIM: 607700) E3 ubiquitin-protein liga (1001) 1804 132.8 8.5e-30 NP_001193962 (OMIM: 607700) E3 ubiquitin-protein l (1000) 1786 131.7 1.9e-29 XP_011544299 (OMIM: 607700) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 991) 1408 107.4 4e-22 >>NP_062538 (OMIM: 607699) E3 ubiquitin-protein ligase B (975 aa) initn: 6183 init1: 6183 opt: 6183 Z-score: 2179.3 bits: 414.7 E(85289): 1.2e-114 Smith-Waterman score: 6183; 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100.0% identity (100.0% similar) in 975 aa overlap (1-975:1-975) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 MSGIGNKRAAGEPGTSMPPEKKAAVEDSGTTVETIKLGGVSSTEELDIRTLQTKNRKLAE :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_011 MSGIGNKRAAGEPGTSMPPEKKAAVEDSGTTVETIKLGGVSSTEELDIRTLQTKNRKLAE 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE3 MLDQRQAIEDELREHIEKLERRQATDDASLLIVNRYWSQFDENIRIILKRYDLEQGLGDL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_011 MLDQRQAIEDELREHIEKLERRQATDDASLLIVNRYWSQFDENIRIILKRYDLEQGLGDL 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KE3 LTERKALVVPEPEPDSDSNQERKDDRERGEGQEPAFSFLATLASSSSEEMESQLQERVES :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_011 LTERKALVVPEPEPDSDSNQERKDDRERGEGQEPAFSFLATLASSSSEEMESQLQERVES 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KE3 SRRAVSQIVTVYDKLQEKVELLSRKLNSGDNLIVEEAVQELNSFLAQENMRLQELTDLLQ :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_011 SRRAVSQIVTVYDKLQEKVELLSRKLNSGDNLIVEEAVQELNSFLAQENMRLQELTDLLQ 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 pF1KE3 EKHRTMSQEFSKLQSKVETAESRVSVLESMIDDLQWDIDKIRKREQRLNRHLAEVLERVN :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_011 EKHRTMSQEFSKLQSKVETAESRVSVLESMIDDLQWDIDKIRKREQRLNRHLAEVLERVN 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 pF1KE3 SKGYKVYGAGSSLYGGTITINARKFEEMNAELEENKELAQNRLCELEKLRQDFEEVTTQN :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_011 SKGYKVYGAGSSLYGGTITINARKFEEMNAELEENKELAQNRLCELEKLRQDFEEVTTQN 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 pF1KE3 EKLKVELRSAVEQVVKETPEYRCMQSQFSVLYNESLQLKAHLDEARTLLHGTRGTHQHQV :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_011 EKLKVELRSAVEQVVKETPEYRCMQSQFSVLYNESLQLKAHLDEARTLLHGTRGTHQHQV 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 pF1KE3 ELIERDEVSLHKKLRTEVIQLEDTLAQVRKEYEMLRIEFEQTLAANEQAGPINREMRHLI :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_011 ELIERDEVSLHKKLRTEVIQLEDTLAQVRKEYEMLRIEFEQTLAANEQAGPINREMRHLI 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 pF1KE3 SSLQNHNHQLKGEVLRYKRKLREAQSDLNKTRLRSGSALLQSQSSTEDPKDEPAELKPDS :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_011 SSLQNHNHQLKGEVLRYKRKLREAQSDLNKTRLRSGSALLQSQSSTEDPKDEPAELKPDS 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 pF1KE3 EDLSSQSSASKASQEDANEIKSKRDEEERERERREKEREREREREKEKEREREKQKLKES :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_011 EDLSSQSSASKASQEDANEIKSKRDEEERERERREKEREREREREKEKEREREKQKLKES 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 pF1KE3 EKERDSAKDKEKGKHDDGRKKEAEIIKQLKIELKKAQESQKEMKLLLDMYRSAPKEQRDK :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_011 EKERDSAKDKEKGKHDDGRKKEAEIIKQLKIELKKAQESQKEMKLLLDMYRSAPKEQRDK 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 720 pF1KE3 VQLMAAEKKSKAELEDLRQRLKDLEDKEKKENKKMADEDALRKIRAVEEQIEYLQKKLAM :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_011 VQLMAAEKKSKAELEDLRQRLKDLEDKEKKENKKMADEDALRKIRAVEEQIEYLQKKLAM 670 680 690 700 710 720 730 740 750 760 770 780 pF1KE3 AKQEEEALLSEMDVTGQAFEDMQEQNIRLMQQLREKDDANFKLMSERIKSNQIHKLLKEE :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_011 AKQEEEALLSEMDVTGQAFEDMQEQNIRLMQQLREKDDANFKLMSERIKSNQIHKLLKEE 730 740 750 760 770 780 790 800 810 820 830 840 pF1KE3 KEELADQVLTLKTQVDAQLQVVRKLEEKEHLLQSNIGTGEKELGLRTQALEMNKRKAMEA :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_011 KEELADQVLTLKTQVDAQLQVVRKLEEKEHLLQSNIGTGEKELGLRTQALEMNKRKAMEA 790 800 810 820 830 840 850 860 870 880 890 900 pF1KE3 AQLADDLKAQLELAQKKLHDFQDEIVENSVTKEKDMFNFKRAQEDISRLRRKLETTKKPD :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_011 AQLADDLKAQLELAQKKLHDFQDEIVENSVTKEKDMFNFKRAQEDISRLRRKLETTKKPD 850 860 870 880 890 900 910 920 930 940 950 960 pF1KE3 NVPKCDEILMEEIKDYKARLTCPCCNMRKKDAVLTKCFHVFCFECVKTRYDTRQRKCPKC :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_011 NVPKCDEILMEEIKDYKARLTCPCCNMRKKDAVLTKCFHVFCFECVKTRYDTRQRKCPKC 910 920 930 940 950 960 970 pF1KE3 NAAFGANDFHRIYIG ::::::::::::::: XP_011 NAAFGANDFHRIYIG 970 >>NP_001193963 (OMIM: 607700) E3 ubiquitin-protein ligas (901 aa) initn: 2924 init1: 1767 opt: 1825 Z-score: 663.9 bits: 134.2 E(85289): 3.1e-30 Smith-Waterman score: 3013; 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NP_001 RLQDLATQLQEKHHRISLEYSELQDKVTSAETKVLEMETTVEDLQWDIEKLRKREQKLNK 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 pF1KE3 HLAEVLERVNSKGYKVYGAGSSLYGGTITINARKFEEMNAELEENKELAQNRLCELEKLR ::::.::..:: :: : :..:.. :: ::.. .: NP_001 HLAEALEQLNS-GYYVSGSSSGFQGGQITLSMQK-------------------------- 300 310 320 330 360 370 380 390 400 410 pF1KE3 QDFEEVTTQNEKLKVELRSAVEQVVKETPEYRCMQSQFSVLYNESLQLKAHLDEARTLLH NP_001 ------------------------------------------------------------ 420 430 440 450 460 470 pF1KE3 GTRGTHQHQVELIERDEVSLHKKLRTEVIQLEDTLAQVRKEYEMLRIEFEQTLAANEQAG ::..:.::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::: NP_001 --------------SDELGLQKKLRTEVIQLEDTLAQVRKEYEMLRIEFEQNLAANEQAG 340 350 360 370 480 490 500 510 520 pF1KE3 PINREMRHLISSLQNHNHQLKGEVLRYKRKLREAQSDLNKTRLR-SGSALLQSQSSTEDP ::::::::::::::::::::::.. ::::::::.:....: : . :::: .: . : NP_001 PINREMRHLISSLQNHNHQLKGDAQRYKRKLREVQAEIGKLRAQASGSA--HSTPNLGHP 380 390 400 410 420 430 530 540 550 560 570 pF1KE3 KDE----PAELK----------PDSEDLSSQ---SSASKASQEDANEIKSKRDEEE-RER .: :: : ::.. . .... .: . . . :..: . NP_001 EDSGVSAPAPGKEEGGPGPVSTPDNRKEMAPVPGTTTTTTSVKKEELVPSEEDFQGITPG 440 450 460 470 480 490 580 590 600 610 620 pF1KE3 ERREKERERERE-REKEKEREREKQKLKESEKERD-SAKDKEKGKHDDGRKKEAEIIKQL . . : :: : : :.. :::: .: : :.::.: .. ..::.:..: : NP_001 AQGPSSRGREPEARPKRELREREGPSLGPPPVASALSRADREKAKVEETKRKESELLKGL 500 510 520 530 540 550 630 640 650 660 670 680 pF1KE3 KIELKKAQESQKEMKLLLDMYRSAPKEQRDKVQLMAAEKKSKAELEDLRQRLKDLEDKEK . :::::::::::::::::::.::::::::::::::::.:.:::...::.:...::.... 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NP_001 RALQGSLGGVEKELTLRSQALELNKRKAVEAAQLAEDLKVQLEHVQTRLREIQPCLAESR 740 750 760 770 780 790 870 880 890 900 910 920 pF1KE3 VTKEKDMFNFKRAQEDISRLRRKLETTKKPDNVPKCDEILMEEIKDYKARLTCPCCNMRK ...::. ::.::::::::::::::: .: . ::::.::::.::::::::::: :: NP_001 AAREKESFNLKRAQEDISRLRRKLEKQRKVEVYADADEILQEEIKEYKARLTCPCCNTRK 800 810 820 830 840 850 930 940 950 960 970 pF1KE3 KDAVLTKCFHVFCFECVKTRYDTRQRKCPKCNAAFGANDFHRIYIG :::::::::::::::::. ::..::::::::::::::.::::::: NP_001 KDAVLTKCFHVFCFECVRGRYEARQRKCPKCNAAFGAHDFHRIYIS 860 870 880 890 900 >>NP_001273501 (OMIM: 607700) E3 ubiquitin-protein ligas (1001 aa) initn: 3082 init1: 1767 opt: 1804 Z-score: 655.9 bits: 132.8 E(85289): 8.5e-30 Smith-Waterman score: 3581; 58.9% identity (81.0% similar) in 1005 aa overlap (1-974:1-1000) 10 20 30 40 50 pF1KE3 MSGIGNKRAAGEPGTSMPPEKKAAVEDSGTT--VETIKLGGVSSTEELDIRTLQTKNRKL ::: :::::::. : : ::::: . :.. :: .: :.:::.:::::.:...:: ::.:: NP_001 MSGPGNKRAAGD-GGSGPPEKKLSREEKTTTTLIEPIRLGGISSTEEMDLKVLQFKNKKL 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KE3 AEMLDQRQAIEDELREHIEKLERRQATDDASLLIVNRYWSQFDENIRIILKRYDLEQGLG :: :.:::: ::::::.:::::.:::::::.::::::::.:.::... .:. .. :: NP_001 AERLEQRQACEDELRERIEKLEKRQATDDATLLIVNRYWAQLDETVEALLRCHE-SQGEL 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KE3 DLLTERKALV-------VPEPEPDSDSNQERKDDRERGEGQEPAFSFLATLASSSSEEME . : . .: ::: .. .. . : .:::..:...:..:::::.: NP_001 SSAPEAPGTQEGPTCDGTPLPEPGTSELRDPLLMQLRPPLSEPALAFVVALGASSSEEVE 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KE3 SQLQERVESSRRAVSQIVTVYDKLQEKVELLSRKLNS-GDNLIVEEAVQELNSFLAQENM .:: :.: :. :::..: . :.::..:: : ... : ::. . ::.: . :..:: NP_001 LELQGRMEFSKAAVSRVVEASDRLQRRVEELCQRVYSRGDSEPLSEAAQAHTRELGRENR 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 pF1KE3 RLQELTDLLQEKHRTMSQEFSKLQSKVETAESRVSVLESMIDDLQWDIDKIRKREQRLNR :::.:. :::::. .: :.:.::.:: .::..: .:. ..::::::.:.:::::.::. 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NP_055 RLQDLATQLQEKHHRISLEYSELQDKVTSAETKVLEMETTVEDLQWDIEKLRKREQKLNK 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 pF1KE3 HLAEVLERVNSKGYKVYGAGSSLYGGTITINARKFEEMNAELEENKELAQNRLCELEKLR ::::.::..:: :: : :..:.. :: ::.. .::: .:::::::.:::..:. :::::. 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NP_055 EDSGVSAPAPGKEEGGPGPVSTPDNRKEMAPVPGTTTTTTSVKKEELVPSEEDFQGITPG 540 550 560 570 580 590 580 590 600 610 620 pF1KE3 ERREKERERERE-REKEKEREREKQKLKESEKERD-SAKDKEKGKHDDGRKKEAEIIKQL . . : :: : : :.. :::: .: : :.::.: .. ..::.:..: : NP_055 AQGPSSRGREPEARPKRELREREGPSLGPPPVASALSRADREKAKVEETKRKESELLKGL 600 610 620 630 640 650 630 640 650 660 670 680 pF1KE3 KIELKKAQESQKEMKLLLDMYRSAPKEQRDKVQLMAAEKKSKAELEDLRQRLKDLEDKEK . :::::::::::::::::::.::::::::::::::::.:.:::...::.:...::.... 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NP_055 RALQGSLGGVEKELTLRSQALELNKRKAVEAAQLAEDLKVQLEHVQTRLREIQPCLAESR 840 850 860 870 880 890 870 880 890 900 910 920 pF1KE3 VTKEKDMFNFKRAQEDISRLRRKLETTKKPDNVPKCDEILMEEIKDYKARLTCPCCNMRK ...::. ::.::::::::::::::: .: . ::::.::::.::::::::::: :: NP_055 AAREKESFNLKRAQEDISRLRRKLEKQRKVEVYADADEILQEEIKEYKARLTCPCCNTRK 900 910 920 930 940 950 930 940 950 960 970 pF1KE3 KDAVLTKCFHVFCFECVKTRYDTRQRKCPKCNAAFGANDFHRIYIG :::::::::::::::::. ::..::::::::::::::.::::::: NP_055 KDAVLTKCFHVFCFECVRGRYEARQRKCPKCNAAFGAHDFHRIYIS 960 970 980 990 1000 >>NP_001193962 (OMIM: 607700) E3 ubiquitin-protein ligas (1000 aa) initn: 2546 init1: 1231 opt: 1786 Z-score: 649.7 bits: 131.7 E(85289): 1.9e-29 Smith-Waterman score: 3563; 58.8% identity (80.9% similar) in 1005 aa overlap (1-974:1-999) 10 20 30 40 50 pF1KE3 MSGIGNKRAAGEPGTSMPPEKKAAVEDSGTT--VETIKLGGVSSTEELDIRTLQTKNRKL ::: :::::::. : : ::::: . :.. :: .: :.:::.:::::.:...:: ::.:: NP_001 MSGPGNKRAAGD-GGSGPPEKKLSREEKTTTTLIEPIRLGGISSTEEMDLKVLQFKNKKL 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KE3 AEMLDQRQAIEDELREHIEKLERRQATDDASLLIVNRYWSQFDENIRIILKRYDLEQGLG :: :.:::: ::::::.:::::.:::::::.::::::::.:.::... .:. .. :: NP_001 AERLEQRQACEDELRERIEKLEKRQATDDATLLIVNRYWAQLDETVEALLRCHE-SQGEL 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KE3 DLLTERKALV-------VPEPEPDSDSNQERKDDRERGEGQEPAFSFLATLASSSSEEME . : . .: ::: .. .. . : .:::..:...:..:::::.: NP_001 SSAPEAPGTQEGPTCDGTPLPEPGTSELRDPLLMQLRPPLSEPALAFVVALGASSSEEVE 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KE3 SQLQERVESSRRAVSQIVTVYDKLQEKVELLSRKLNS-GDNLIVEEAVQELNSFLAQENM .:: :.: :. :::..: . :.::..:: : ... : ::. . ::.: . :..:: NP_001 LELQGRMEFSKAAVSRVVEASDRLQRRVEELCQRVYSRGDSEPLSEAAQAHTRELGRENR 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 pF1KE3 RLQELTDLLQEKHRTMSQEFSKLQSKVETAESRVSVLESMIDDLQWDIDKIRKREQRLNR :::.:. :::::. .: :.:.::.:: .::..: .:. ..::::::.:.:::::.::. NP_001 RLQDLATQLQEKHHRISLEYSELQDKVTSAETKVLEMETTVEDLQWDIEKLRKREQKLNK 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 pF1KE3 HLAEVLERVNSKGYKVYGAGSSLYGGTITINARKFEEMNAELEENKELAQNRLCELEKLR ::::.::..:: :: : :..:.. :: ::.. .::: .:::::::.:::..:. :::::. NP_001 HLAEALEQLNS-GYYVSGSSSGFQGGQITLSMQKFEMLNAELEENQELANSRMAELEKLQ 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 pF1KE3 QDFEEVTTQNEKLKVELRSAVEQVVKETPEYRCMQSQFSVLYNESLQLKAHLDEARTLLH ... .. ::.::: ::: :.::.:: ::: .:.:::.:::::::.:..::::: :: NP_001 AELQGAVRTNERLKVALRSLPEEVVRETGEYRMLQAQFSLLYNESLQVKTQLDEARGLLL 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 pF1KE3 GTRGTHQHQVELIERDEVSLHKKLRTEVIQLEDTLAQVRKEYEMLRIEFEQTLAANEQAG .:...: ...: .: ::..:.::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::: NP_001 ATKNSHLRHIEHMESDELGLQKKLRTEVIQLEDTLAQVRKEYEMLRIEFEQNLAANEQAG 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 pF1KE3 PINREMRHLISSLQNHNHQLKGEVLRYKRKLREAQSDLNKTRLR-SGSALLQSQSSTEDP ::::::::::::::::::::::.. ::::::::.:....: : . :::: .: . : NP_001 PINREMRHLISSLQNHNHQLKGDAQRYKRKLREVQAEIGKLRAQASGSA--HSTPNLGHP 480 490 500 510 520 530 530 540 550 560 570 pF1KE3 KDE----PAELK----------PDSEDLSSQ---SSASKASQEDANEIKSKRDEEE-RER .: :: : ::.. . .... .: . . . :..: . 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