FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE3338, 975 aa 1>>>pF1KE3338 975 - 975 aa - 975 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 14.6725+/-0.0016; mu= -20.1898+/- 0.095 mean_var=650.5649+/-135.863, 0's: 0 Z-trim(110.8): 136 B-trim: 0 in 0/53 Lambda= 0.050284 statistics sampled from 11786 (11872) to 11786 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.655), E-opt: 0.2 (0.365), width: 16 Scan time: 4.680 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS35084.1 RNF20 gene_id:56254|Hs108|chr9 ( 975) 6183 464.8 3.7e-130 CCDS55994.1 RNF40 gene_id:9810|Hs108|chr16 ( 901) 1825 148.6 5.1e-35 CCDS10691.1 RNF40 gene_id:9810|Hs108|chr16 (1001) 1804 147.2 1.6e-34 >>CCDS35084.1 RNF20 gene_id:56254|Hs108|chr9 (975 aa) initn: 6183 init1: 6183 opt: 6183 Z-score: 2450.3 bits: 464.8 E(32554): 3.7e-130 Smith-Waterman score: 6183; 100.0% identity (100.0% similar) in 975 aa overlap (1-975:1-975) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 MSGIGNKRAAGEPGTSMPPEKKAAVEDSGTTVETIKLGGVSSTEELDIRTLQTKNRKLAE :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS35 MSGIGNKRAAGEPGTSMPPEKKAAVEDSGTTVETIKLGGVSSTEELDIRTLQTKNRKLAE 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE3 MLDQRQAIEDELREHIEKLERRQATDDASLLIVNRYWSQFDENIRIILKRYDLEQGLGDL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS35 MLDQRQAIEDELREHIEKLERRQATDDASLLIVNRYWSQFDENIRIILKRYDLEQGLGDL 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KE3 LTERKALVVPEPEPDSDSNQERKDDRERGEGQEPAFSFLATLASSSSEEMESQLQERVES :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS35 LTERKALVVPEPEPDSDSNQERKDDRERGEGQEPAFSFLATLASSSSEEMESQLQERVES 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KE3 SRRAVSQIVTVYDKLQEKVELLSRKLNSGDNLIVEEAVQELNSFLAQENMRLQELTDLLQ :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS35 SRRAVSQIVTVYDKLQEKVELLSRKLNSGDNLIVEEAVQELNSFLAQENMRLQELTDLLQ 190 200 210 220 230 240 250 260 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NAAFGANDFHRIYIG 970 >>CCDS55994.1 RNF40 gene_id:9810|Hs108|chr16 (901 aa) initn: 2924 init1: 1767 opt: 1825 Z-score: 742.2 bits: 148.6 E(32554): 5.1e-35 Smith-Waterman score: 3013; 53.2% identity (72.5% similar) in 1005 aa overlap (1-974:1-900) 10 20 30 40 50 pF1KE3 MSGIGNKRAAGEPGTSMPPEKKAAVEDSGTT--VETIKLGGVSSTEELDIRTLQTKNRKL ::: :::::::. : : ::::: . :.. :: .: :.:::.:::::.:...:: ::.:: CCDS55 MSGPGNKRAAGD-GGSGPPEKKLSREEKTTTTLIEPIRLGGISSTEEMDLKVLQFKNKKL 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KE3 AEMLDQRQAIEDELREHIEKLERRQATDDASLLIVNRYWSQFDENIRIILKRYDLEQGLG :: :.:::: ::::::.:::::.:::::::.::::::::.:.::... .:. .. :: CCDS55 AERLEQRQACEDELRERIEKLEKRQATDDATLLIVNRYWAQLDETVEALLRCHE-SQGEL 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KE3 DLLTERKALV-------VPEPEPDSDSNQERKDDRERGEGQEPAFSFLATLASSSSEEME . : . .: ::: .. .. . : .:::..:...:..:::::.: CCDS55 SSAPEAPGTQEGPTCDGTPLPEPGTSELRDPLLMQLRPPLSEPALAFVVALGASSSEEVE 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KE3 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CCDS55 RLQDLATQLQEKHHRISLEYSELQDKVTSAETKVLEMETTVEDLQWDIEKLRKREQKLNK 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 pF1KE3 HLAEVLERVNSKGYKVYGAGSSLYGGTITINARKFEEMNAELEENKELAQNRLCELEKLR ::::.::..:: :: : :..:.. :: ::.. .: CCDS55 HLAEALEQLNS-GYYVSGSSSGFQGGQITLSMQK-------------------------- 300 310 320 330 360 370 380 390 400 410 pF1KE3 QDFEEVTTQNEKLKVELRSAVEQVVKETPEYRCMQSQFSVLYNESLQLKAHLDEARTLLH CCDS55 ------------------------------------------------------------ 420 430 440 450 460 470 pF1KE3 GTRGTHQHQVELIERDEVSLHKKLRTEVIQLEDTLAQVRKEYEMLRIEFEQTLAANEQAG ::..:.::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::: CCDS55 --------------SDELGLQKKLRTEVIQLEDTLAQVRKEYEMLRIEFEQNLAANEQAG 340 350 360 370 480 490 500 510 520 pF1KE3 PINREMRHLISSLQNHNHQLKGEVLRYKRKLREAQSDLNKTRLR-SGSALLQSQSSTEDP ::::::::::::::::::::::.. ::::::::.:....: : . :::: .: . : CCDS55 PINREMRHLISSLQNHNHQLKGDAQRYKRKLREVQAEIGKLRAQASGSA--HSTPNLGHP 380 390 400 410 420 430 530 540 550 560 570 pF1KE3 KDE----PAELK----------PDSEDLSSQ---SSASKASQEDANEIKSKRDEEE-RER .: :: : ::.. . .... .: . . . :..: . 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CCDS55 RALQGSLGGVEKELTLRSQALELNKRKAVEAAQLAEDLKVQLEHVQTRLREIQPCLAESR 740 750 760 770 780 790 870 880 890 900 910 920 pF1KE3 VTKEKDMFNFKRAQEDISRLRRKLETTKKPDNVPKCDEILMEEIKDYKARLTCPCCNMRK ...::. ::.::::::::::::::: .: . ::::.::::.::::::::::: :: CCDS55 AAREKESFNLKRAQEDISRLRRKLEKQRKVEVYADADEILQEEIKEYKARLTCPCCNTRK 800 810 820 830 840 850 930 940 950 960 970 pF1KE3 KDAVLTKCFHVFCFECVKTRYDTRQRKCPKCNAAFGANDFHRIYIG :::::::::::::::::. ::..::::::::::::::.::::::: CCDS55 KDAVLTKCFHVFCFECVRGRYEARQRKCPKCNAAFGAHDFHRIYIS 860 870 880 890 900 >>CCDS10691.1 RNF40 gene_id:9810|Hs108|chr16 (1001 aa) initn: 3082 init1: 1767 opt: 1804 Z-score: 733.3 bits: 147.2 E(32554): 1.6e-34 Smith-Waterman score: 3581; 58.9% identity (81.0% similar) in 1005 aa overlap (1-974:1-1000) 10 20 30 40 50 pF1KE3 MSGIGNKRAAGEPGTSMPPEKKAAVEDSGTT--VETIKLGGVSSTEELDIRTLQTKNRKL ::: :::::::. : : ::::: . :.. :: .: :.:::.:::::.:...:: ::.:: CCDS10 MSGPGNKRAAGD-GGSGPPEKKLSREEKTTTTLIEPIRLGGISSTEEMDLKVLQFKNKKL 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KE3 AEMLDQRQAIEDELREHIEKLERRQATDDASLLIVNRYWSQFDENIRIILKRYDLEQGLG :: :.:::: ::::::.:::::.:::::::.::::::::.:.::... .:. .. :: CCDS10 AERLEQRQACEDELRERIEKLEKRQATDDATLLIVNRYWAQLDETVEALLRCHE-SQGEL 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KE3 DLLTERKALV-------VPEPEPDSDSNQERKDDRERGEGQEPAFSFLATLASSSSEEME . : . .: ::: .. .. . : .:::..:...:..:::::.: CCDS10 SSAPEAPGTQEGPTCDGTPLPEPGTSELRDPLLMQLRPPLSEPALAFVVALGASSSEEVE 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KE3 SQLQERVESSRRAVSQIVTVYDKLQEKVELLSRKLNS-GDNLIVEEAVQELNSFLAQENM .:: :.: :. :::..: . :.::..:: : ... : ::. . ::.: . :..:: CCDS10 LELQGRMEFSKAAVSRVVEASDRLQRRVEELCQRVYSRGDSEPLSEAAQAHTRELGRENR 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 pF1KE3 RLQELTDLLQEKHRTMSQEFSKLQSKVETAESRVSVLESMIDDLQWDIDKIRKREQRLNR :::.:. :::::. .: :.:.::.:: .::..: .:. ..::::::.:.:::::.::. CCDS10 RLQDLATQLQEKHHRISLEYSELQDKVTSAETKVLEMETTVEDLQWDIEKLRKREQKLNK 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 pF1KE3 HLAEVLERVNSKGYKVYGAGSSLYGGTITINARKFEEMNAELEENKELAQNRLCELEKLR ::::.::..:: :: : :..:.. :: ::.. .::: .:::::::.:::..:. :::::. CCDS10 HLAEALEQLNS-GYYVSGSSSGFQGGQITLSMQKFEMLNAELEENQELANSRMAELEKLQ 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 pF1KE3 QDFEEVTTQNEKLKVELRSAVEQVVKETPEYRCMQSQFSVLYNESLQLKAHLDEARTLLH ... .. ::.::: ::: :.::.:: ::: .:.:::.:::::::.:..::::: :: CCDS10 AELQGAVRTNERLKVALRSLPEEVVRETGEYRMLQAQFSLLYNESLQVKTQLDEARGLLL 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 pF1KE3 GTRGTHQHQVELIERDEVSLHKKLRTEVIQLEDTLAQVRKEYEMLRIEFEQTLAANEQAG .:...: ...: .: ::..:.::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::: CCDS10 ATKNSHLRHIEHMESDELGLQKKLRTEVIQLEDTLAQVRKEYEMLRIEFEQNLAANEQAG 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 pF1KE3 PINREMRHLISSLQNHNHQLKGEVLRYKRKLREAQSDLNKTRLR-SGSALLQSQSSTEDP ::::::::::::::::::::::.. ::::::::.:....: : . :::: .: . : CCDS10 PINREMRHLISSLQNHNHQLKGDAQRYKRKLREVQAEIGKLRAQASGSA--HSTPNLGHP 480 490 500 510 520 530 530 540 550 560 570 pF1KE3 KDE----PAELK----------PDSEDLSSQ---SSASKASQEDANEIKSKRDEEE-RER .: :: : ::.. . .... .: . . . :..: . CCDS10 EDSGVSAPAPGKEEGGPGPVSTPDNRKEMAPVPGTTTTTTSVKKEELVPSEEDFQGITPG 540 550 560 570 580 590 580 590 600 610 620 pF1KE3 ERREKERERERE-REKEKEREREKQKLKESEKERD-SAKDKEKGKHDDGRKKEAEIIKQL . . : :: : : :.. :::: .: : :.::.: .. ..::.:..: : CCDS10 AQGPSSRGREPEARPKRELREREGPSLGPPPVASALSRADREKAKVEETKRKESELLKGL 600 610 620 630 640 650 630 640 650 660 670 680 pF1KE3 KIELKKAQESQKEMKLLLDMYRSAPKEQRDKVQLMAAEKKSKAELEDLRQRLKDLEDKEK . :::::::::::::::::::.::::::::::::::::.:.:::...::.:...::.... CCDS10 RAELKKAQESQKEMKLLLDMYKSAPKEQRDKVQLMAAERKAKAEVDELRSRIRELEERDR 660 670 680 690 700 710 690 700 710 720 730 740 pF1KE3 KENKKMADEDALRKIRAVEEQIEYLQKKLAMAKQEEEALLSEMDVTGQAFEDMQEQNIRL .:.::.:::::::.:: .:::::.::.::. .::::::::::::::::::::::::: :: CCDS10 RESKKIADEDALRRIRQAEEQIEHLQRKLGATKQEEEALLSEMDVTGQAFEDMQEQNGRL 720 730 740 750 760 770 750 760 770 780 790 800 pF1KE3 MQQLREKDDANFKLMSERIKSNQIHKLLKEEKEELADQVLTLKTQVDAQLQVVRKLEEKE .:::::::::::::::::::.:::::::.:::.::..::: ::.:::::: .:.:::::: CCDS10 LQQLREKDDANFKLMSERIKANQIHKLLREEKDELGEQVLGLKSQVDAQLLTVQKLEEKE 780 790 800 810 820 830 810 820 830 840 850 860 pF1KE3 HLLQSNIGTGEKELGLRTQALEMNKRKAMEAAQLADDLKAQLELAQKKLHDFQDEIVENS . ::...: :::: ::.::::.:::::.::::::.:::.::: .: .:...: ..:. CCDS10 RALQGSLGGVEKELTLRSQALELNKRKAVEAAQLAEDLKVQLEHVQTRLREIQPCLAESR 840 850 860 870 880 890 870 880 890 900 910 920 pF1KE3 VTKEKDMFNFKRAQEDISRLRRKLETTKKPDNVPKCDEILMEEIKDYKARLTCPCCNMRK ...::. ::.::::::::::::::: .: . ::::.::::.::::::::::: :: CCDS10 AAREKESFNLKRAQEDISRLRRKLEKQRKVEVYADADEILQEEIKEYKARLTCPCCNTRK 900 910 920 930 940 950 930 940 950 960 970 pF1KE3 KDAVLTKCFHVFCFECVKTRYDTRQRKCPKCNAAFGANDFHRIYIG :::::::::::::::::. ::..::::::::::::::.::::::: CCDS10 KDAVLTKCFHVFCFECVRGRYEARQRKCPKCNAAFGAHDFHRIYIS 960 970 980 990 1000 975 residues in 1 query sequences 18511270 residues in 32554 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Sun Nov 6 05:53:58 2016 done: Sun Nov 6 05:53:59 2016 Total Scan time: 4.680 Total Display time: 0.090 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]