FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE6474, 470 aa 1>>>pF1KE6474 470 - 470 aa - 470 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.9213+/-0.000515; mu= 19.8706+/- 0.032 mean_var=68.2984+/-14.531, 0's: 0 Z-trim(106.9): 60 B-trim: 728 in 1/50 Lambda= 0.155192 statistics sampled from 14902 (14962) to 14902 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.51), E-opt: 0.2 (0.175), width: 16 Scan time: 6.260 The best scores are: opt bits E(85289) XP_011521740 (OMIM: 605641) PREDICTED: Y+L amino a ( 515) 877 206.3 1.7e-52 XP_011521736 (OMIM: 605641) PREDICTED: Y+L amino a ( 515) 877 206.3 1.7e-52 XP_011521735 (OMIM: 605641) PREDICTED: Y+L amino a ( 515) 877 206.3 1.7e-52 NP_003974 (OMIM: 605641) Y+L amino acid transporte ( 515) 877 206.3 1.7e-52 NP_001070253 (OMIM: 605641) Y+L amino acid transpo ( 515) 877 206.3 1.7e-52 NP_055085 (OMIM: 220100,604144) B(0,+)-type amino ( 487) 863 203.1 1.4e-51 XP_011524704 (OMIM: 220100,604144) PREDICTED: B(0, ( 487) 863 203.1 1.4e-51 NP_001229965 (OMIM: 220100,604144) B(0,+)-type ami ( 487) 863 203.1 1.4e-51 NP_001119807 (OMIM: 220100,604144) B(0,+)-type ami ( 487) 863 203.1 1.4e-51 NP_062823 (OMIM: 607959) asc-type amino acid trans ( 523) 835 196.9 1.2e-49 XP_011535601 (OMIM: 222700,603593) PREDICTED: Y+L ( 511) 832 196.2 1.8e-49 NP_001119578 (OMIM: 222700,603593) Y+L amino acid ( 511) 832 196.2 1.8e-49 XP_006720365 (OMIM: 222700,603593) PREDICTED: Y+L ( 511) 832 196.2 1.8e-49 NP_001119577 (OMIM: 222700,603593) Y+L amino acid ( 511) 832 196.2 1.8e-49 XP_011535600 (OMIM: 222700,603593) PREDICTED: Y+L ( 511) 832 196.2 1.8e-49 NP_036376 (OMIM: 604235) large neutral amino acids ( 535) 808 190.8 7.7e-48 XP_016879224 (OMIM: 600182) PREDICTED: large neutr ( 509) 781 184.8 4.9e-46 NP_055146 (OMIM: 607933) cystine/glutamate transpo ( 501) 780 184.5 5.7e-46 NP_003477 (OMIM: 600182) large neutral amino acids ( 507) 772 182.7 2e-45 XP_011530104 (OMIM: 607933) PREDICTED: cystine/glu ( 506) 768 181.8 3.7e-45 XP_016881719 (OMIM: 220100,604144) PREDICTED: B(0, ( 399) 700 166.5 1.2e-40 XP_006723347 (OMIM: 607959) PREDICTED: asc-type am ( 444) 677 161.4 4.5e-39 XP_011525421 (OMIM: 607959) PREDICTED: asc-type am ( 660) 587 141.4 7.1e-33 XP_016879340 (OMIM: 605641) PREDICTED: Y+L amino a ( 382) 558 134.7 4.2e-31 XP_011521741 (OMIM: 605641) PREDICTED: Y+L amino a ( 307) 533 129.1 1.7e-29 NP_001253965 (OMIM: 604235) large neutral amino ac ( 430) 529 128.3 4.2e-29 NP_877392 (OMIM: 604235) large neutral amino acids ( 332) 495 120.6 6.7e-27 XP_006723055 (OMIM: 220100,604144) PREDICTED: B(0, ( 260) 478 116.7 7.8e-26 XP_016879226 (OMIM: 600182) PREDICTED: large neutr ( 332) 479 117.0 8e-26 XP_006721349 (OMIM: 600182) PREDICTED: large neutr ( 352) 470 115.0 3.4e-25 XP_016879225 (OMIM: 600182) PREDICTED: large neutr ( 467) 443 109.1 2.8e-23 NP_001253966 (OMIM: 604235) large neutral amino ac ( 311) 404 100.2 8.7e-21 XP_011525422 (OMIM: 607959) PREDICTED: asc-type am ( 633) 369 92.6 3.4e-18 NP_066000 (OMIM: 615720,615725) probable cationic ( 771) 234 62.4 5e-09 NP_004164 (OMIM: 603752) cationic amino acid trans ( 635) 203 55.4 5.3e-07 XP_005273667 (OMIM: 601872) PREDICTED: cationic am ( 658) 171 48.3 7.8e-05 NP_001008539 (OMIM: 601872) cationic amino acid tr ( 658) 171 48.3 7.8e-05 XP_005273669 (OMIM: 601872) PREDICTED: cationic am ( 658) 171 48.3 7.8e-05 XP_016869235 (OMIM: 601872) PREDICTED: cationic am ( 658) 171 48.3 7.8e-05 XP_005273668 (OMIM: 601872) PREDICTED: cationic am ( 658) 171 48.3 7.8e-05 NP_001158243 (OMIM: 601872) cationic amino acid tr ( 698) 171 48.3 8.1e-05 XP_011541890 (OMIM: 600840) PREDICTED: solute carr ( 628) 140 41.3 0.0092 >>XP_011521740 (OMIM: 605641) PREDICTED: Y+L amino acid (515 aa) initn: 505 init1: 390 opt: 877 Z-score: 1063.5 bits: 206.3 E(85289): 1.7e-52 Smith-Waterman score: 877; 35.2% identity (71.2% similar) in 437 aa overlap (5-436:37-465) 10 20 30 pF1KE6 MDRGEKIQLKRVFGYWWGTSFLLINIIGAGIFVS : .:::. .. :.:... :.::.::::: XP_011 GRPTPTYHLVPNTSQSQVEEDVSSPPQRSSETMQLKKEISLLNGVSLVVGNMIGSGIFVS 10 20 30 40 50 60 40 50 60 70 80 90 pF1KE6 PKGVLAYSCMNVGVSLCVWAGCAILAMTSTLCSAEISISFPCSGAQYYFLKRYFGSTVAF :::::... . :.:: ::: ........:: ::.. .. :::.: .. . ::. .:: XP_011 PKGVLVHTA-SYGMSLIVWAIGGLFSVVGALCYAELGTTITKSGASYAYILEAFGGFIAF 70 80 90 100 110 120 100 110 120 130 140 150 pF1KE6 LNLWTSLFL----GSGVVAGQALLLAEYSIQPFFPSCSVPKLPKKCLALAMLWIVGILTS . ::.::.. :....: . .:.: ::: ::::. : : . :: : . .. ... 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NP_003 IRLWVSLLVVEPTGQAIIA---ITFANYIIQPSFPSCDPPYLACRLLAAACICLLTFVNC 130 140 150 160 170 180 160 170 180 190 200 210 pF1KE6 RGVKEVTWLQIASSVLKVSILSFISLTGVVFLIRGKKENVERFQNAFDAELPDISHLIQA :: : .: . . :: : : . :.: : .:..:. ::.::.. :...: : NP_003 AYVKWGTRVQDTFTYAKVVALIAIIVMGLVKLCQGHSEH---FQDAFEGSSWDMGNLSLA 190 200 210 220 230 220 230 240 250 260 270 pF1KE6 IFQGYFAYSGGACFTLIAGELKKPRTTIPKCIFTALPLMTVVYLLVNISYLTVLTPREIL .... :.::: ..... :.:.:. ..: : ..:..:..:.:.:..: :::. ..: NP_003 LYSALFSYSGWDTLNFVTEEIKNPERNLPLAIGISMPIVTLIYILTNVAYYTVLNISDVL 240 250 260 270 280 290 280 290 300 310 320 330 pF1KE6 SSDAVAITWADRAFPSLAWIMPFAISTSLFSNLLISIFKSSRPIYLASQEGQLPLLFNTL ::::::.:.::..: ..: .:.:.. : :..: ::: ::: ....:.::.:: :.. . NP_003 SSDAVAVTFADQTFGMFSWTIPIAVALSCFGGLNASIFASSRLFFVGSREGHLPDLLSMI 300 310 320 330 340 350 340 350 360 370 380 pF1KE6 NSHS-SPFTAVLLLVTLGSLAIILTSLIDLINYIFFTGSLWSILLMIGILRRRYQEPNLS . . .:. :.:. :.. . .:. ....::::. :. .. : ..: : :..::. 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NP_001 HIERFTPIPALLFNCTMALIYLIVEDVFQLINYFSFSYWFFVGLSVVGQLYLRWKEPKRP 360 370 380 390 400 410 390 400 410 420 430 440 pF1KE6 IPYKVFLSFPLATIVIDVGLVVIPLVKSPNVHYVYVLLLVLSGLLFYIPLIHFKIRLAWF : :. . ::.. . .: ::..:: . ... . . ..:::. :: NP_001 RPLKLSVFFPIVFCICSVFLVIVPLF-TDTINSLIGIGIALSGVPFYFMGVYLPESRRPL 420 430 440 450 460 470 450 460 470 pF1KE6 EKMTCYLQLLFNICLPDVSEE NP_001 FIRNVLAAITRGTQQLCFCVLTELDVAEEKKDERKTD 480 490 500 510 >>NP_055085 (OMIM: 220100,604144) B(0,+)-type amino acid (487 aa) initn: 649 init1: 274 opt: 863 Z-score: 1046.9 bits: 203.1 E(85289): 1.4e-51 Smith-Waterman score: 863; 32.1% identity (69.4% similar) in 468 aa overlap (9-470:26-487) 10 20 30 40 pF1KE6 MDRGEKIQLKRVFGYWWGTSFLLINIIGAGIFVSPKGVLAYSC :.. .: : :... .:::.:::::::.::. . NP_055 MGDTGLRKRREDEKSIQSQEPKTTSLQKELGLISGISIIVGTIIGSGIFVSPKSVLS-NT 10 20 30 40 50 50 60 70 80 90 100 pF1KE6 MNVGVSLCVWAGCAILAMTSTLCSAEISISFPCSGAQYYFLKRYFGSTVAFLNLWTSLFL :: : .::.:..:: ..:: ::.. . ::..: .: . .: :.: :.::.. 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