FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE5723, 814 aa 1>>>pF1KE5723 814 - 814 aa - 814 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.9516+/-0.000452; mu= 12.9521+/- 0.028 mean_var=115.6079+/-23.964, 0's: 0 Z-trim(112.2): 122 B-trim: 585 in 1/50 Lambda= 0.119284 statistics sampled from 20935 (21071) to 20935 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.603), E-opt: 0.2 (0.247), width: 16 Scan time: 10.790 The best scores are: opt bits E(85289) XP_016883747 (OMIM: 604735) PREDICTED: ubiquitin c ( 822) 1479 266.5 3.5e-70 NP_001001992 (OMIM: 604735) ubiquitin carboxyl-ter ( 822) 1479 266.5 3.5e-70 XP_016883748 (OMIM: 604735) PREDICTED: ubiquitin c ( 822) 1479 266.5 3.5e-70 XP_016883746 (OMIM: 604735) PREDICTED: ubiquitin c ( 823) 1479 266.5 3.5e-70 NP_006438 (OMIM: 604735) ubiquitin carboxyl-termin ( 823) 1479 266.5 3.5e-70 NP_001027582 (OMIM: 604735) ubiquitin carboxyl-ter ( 823) 1479 266.5 3.5e-70 XP_016883750 (OMIM: 604735) PREDICTED: ubiquitin c ( 513) 1042 191.1 1e-47 XP_016883749 (OMIM: 604735) PREDICTED: ubiquitin c ( 513) 1042 191.1 1e-47 XP_016874028 (OMIM: 604725) PREDICTED: ubiquitin c ( 352) 236 52.3 4.3e-06 NP_001230688 (OMIM: 604725) ubiquitin carboxyl-ter ( 362) 236 52.4 4.4e-06 NP_741994 (OMIM: 604725) ubiquitin carboxyl-termin ( 396) 236 52.4 4.7e-06 XP_005271778 (OMIM: 604725) PREDICTED: ubiquitin c ( 605) 236 52.5 6.7e-06 XP_005271779 (OMIM: 604725) PREDICTED: ubiquitin c ( 605) 236 52.5 6.7e-06 NP_004196 (OMIM: 604725) ubiquitin carboxyl-termin ( 605) 236 52.5 6.7e-06 XP_006719781 (OMIM: 604731) PREDICTED: ubiquitin c ( 775) 215 48.9 0.0001 NP_955475 (OMIM: 603486) ubiquitin carboxyl-termin ( 916) 216 49.1 0.0001 NP_003354 (OMIM: 603486) ubiquitin carboxyl-termin ( 963) 216 49.2 0.00011 XP_016875774 (OMIM: 604731) PREDICTED: ubiquitin c ( 860) 215 49.0 0.00011 XP_016875773 (OMIM: 604731) PREDICTED: ubiquitin c ( 860) 215 49.0 0.00011 XP_005269318 (OMIM: 604731) PREDICTED: ubiquitin c ( 648) 213 48.5 0.00011 NP_006304 (OMIM: 604731) ubiquitin carboxyl-termin ( 952) 215 49.0 0.00012 NP_001239007 (OMIM: 604731) ubiquitin carboxyl-ter ( 981) 215 49.0 0.00012 XP_011522361 (OMIM: 604334) PREDICTED: ubiquitin c ( 786) 204 47.0 0.00038 XP_011522360 (OMIM: 604334) PREDICTED: ubiquitin c (1031) 201 46.6 0.00068 XP_016880723 (OMIM: 607740) PREDICTED: ubiquitin c (1288) 201 46.6 0.00081 XP_011523681 (OMIM: 607740) PREDICTED: ubiquitin c (1327) 201 46.7 0.00083 XP_011522359 (OMIM: 604334) PREDICTED: ubiquitin c (1384) 201 46.7 0.00086 XP_011522357 (OMIM: 604334) PREDICTED: ubiquitin c (1406) 201 46.7 0.00087 XP_016880779 (OMIM: 604334) PREDICTED: ubiquitin c (1406) 201 46.7 0.00087 XP_011522352 (OMIM: 604334) PREDICTED: ubiquitin c (1406) 201 46.7 0.00087 XP_011522356 (OMIM: 604334) PREDICTED: ubiquitin c (1406) 201 46.7 0.00087 XP_011522355 (OMIM: 604334) PREDICTED: ubiquitin c (1406) 201 46.7 0.00087 NP_001291213 (OMIM: 604334) ubiquitin carboxyl-ter (1406) 201 46.7 0.00087 XP_011522354 (OMIM: 604334) PREDICTED: ubiquitin c (1406) 201 46.7 0.00087 XP_011522358 (OMIM: 604334) PREDICTED: ubiquitin c (1406) 201 46.7 0.00087 XP_011522353 (OMIM: 604334) PREDICTED: ubiquitin c (1406) 201 46.7 0.00087 NP_004496 (OMIM: 604334) ubiquitin carboxyl-termin (1406) 201 46.7 0.00087 XP_016880722 (OMIM: 607740) PREDICTED: ubiquitin c (1558) 201 46.7 0.00095 XP_011523680 (OMIM: 607740) PREDICTED: ubiquitin c (1572) 201 46.7 0.00096 XP_011523678 (OMIM: 607740) PREDICTED: ubiquitin c (1601) 201 46.7 0.00097 NP_115971 (OMIM: 607740) ubiquitin carboxyl-termin (1604) 201 46.7 0.00098 XP_011523677 (OMIM: 607740) PREDICTED: ubiquitin c (1608) 201 46.7 0.00098 XP_011523676 (OMIM: 607740) PREDICTED: ubiquitin c (1615) 201 46.7 0.00098 XP_011523675 (OMIM: 607740) PREDICTED: ubiquitin c (1618) 201 46.7 0.00098 XP_011523674 (OMIM: 607740) PREDICTED: ubiquitin c (1620) 201 46.7 0.00098 XP_011523673 (OMIM: 607740) PREDICTED: ubiquitin c (1634) 201 46.7 0.00099 XP_016878210 (OMIM: 603158) PREDICTED: ubiquitin c ( 928) 196 45.7 0.0011 XP_016878211 (OMIM: 603158) PREDICTED: ubiquitin c ( 928) 196 45.7 0.0011 NP_001269978 (OMIM: 603158) ubiquitin carboxyl-ter (1012) 196 45.7 0.0012 XP_016878208 (OMIM: 603158) PREDICTED: ubiquitin c (1089) 196 45.7 0.0013 >>XP_016883747 (OMIM: 604735) PREDICTED: ubiquitin carbo (822 aa) initn: 1711 init1: 507 opt: 1479 Z-score: 1381.0 bits: 266.5 E(85289): 3.5e-70 Smith-Waterman score: 1906; 38.6% identity (69.4% similar) in 836 aa overlap (15-814:4-822) 10 20 30 40 50 60 pF1KE5 MRVKDPTKALPEKAKRSKRPTVPHDEDSSDDIAVGLTCQHVSHAISVNHVKRAIAENLWS ::.: ::: : :::. . .:.:. ... ...:.:... :. 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