Result of FASTA (omim) for
pFN21AB9166
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB9166, 2003 aa
1>>>pF1KB9166 2003 - 2003 aa - 2003 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.6216+/-0.000515; mu= 12.6776+/- 0.032
mean_var=467.1372+/-93.847, 0's: 0 Z-trim(120.8): 872 B-trim: 119 in 1/56
Lambda= 0.059341
statistics sampled from 35500 (36639) to 35500 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.732), E-opt: 0.2 (0.43), width: 16
Scan time: 18.620
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_004548 (OMIM: 164951) neurogenic locus notch ho (2003) 15277 1325.2 0
NP_077719 (OMIM: 102500,600275,610205) neurogenic (2471) 3248 295.5 4.7e-78
XP_005270958 (OMIM: 102500,600275,610205) PREDICTE (2432) 3243 295.1 6.3e-78
XP_016856862 (OMIM: 102500,600275,610205) PREDICTE (2432) 3243 295.1 6.3e-78
XP_011539822 (OMIM: 102500,600275,610205) PREDICTE (2432) 3243 295.1 6.3e-78
XP_016856861 (OMIM: 102500,600275,610205) PREDICTE (2455) 3243 295.1 6.3e-78
XP_011539821 (OMIM: 102500,600275,610205) PREDICTE (2467) 3243 295.1 6.3e-78
NP_001186930 (OMIM: 102500,600275,610205) neurogen (1235) 3201 291.0 5.3e-77
XP_005259981 (OMIM: 125310,130720,600276,615293) P (2269) 2962 271.0 1.1e-70
NP_060087 (OMIM: 109730,190198,616028) neurogenic (2555) 2662 245.4 6e-63
XP_011517019 (OMIM: 109730,190198,616028) PREDICTE (2314) 2658 244.9 7.3e-63
NP_000426 (OMIM: 125310,130720,600276,615293) neur (2321) 2443 226.5 2.5e-57
NP_002217 (OMIM: 602570) protein jagged-2 isoform (1238) 1536 148.4 4.3e-34
NP_660142 (OMIM: 602570) protein jagged-2 isoform (1200) 1498 145.2 4.1e-33
NP_001244895 (OMIM: 172870,600105,604210,613835) p ( 870) 1372 134.2 6.1e-30
XP_011507669 (OMIM: 172870,600105,604210,613835) P (1297) 1307 128.9 3.5e-28
XP_011507667 (OMIM: 172870,600105,604210,613835) P (1349) 1307 128.9 3.6e-28
NP_957705 (OMIM: 172870,600105,604210,613835) prot (1406) 1307 128.9 3.7e-28
XP_016856341 (OMIM: 172870,600105,604210,613835) P (1451) 1307 129.0 3.8e-28
NP_001136272 (OMIM: 602772,612424) protein eyes sh (3144) 1263 125.7 7.6e-27
NP_001278938 (OMIM: 602772,612424) protein eyes sh (3165) 1263 125.7 7.6e-27
NP_001244894 (OMIM: 172870,600105,604210,613835) p (1382) 1243 123.4 1.6e-26
XP_016882866 (OMIM: 608529) PREDICTED: fibrillin-3 (1948) 1191 119.2 4.3e-25
XP_016882863 (OMIM: 608529) PREDICTED: fibrillin-3 (2777) 1191 119.5 5.1e-25
NP_001308360 (OMIM: 608529) fibrillin-3 precursor (2809) 1191 119.5 5.1e-25
NP_115823 (OMIM: 608529) fibrillin-3 precursor [Ho (2809) 1191 119.5 5.1e-25
XP_016882861 (OMIM: 608529) PREDICTED: fibrillin-3 (2809) 1191 119.5 5.1e-25
XP_016882868 (OMIM: 608529) PREDICTED: fibrillin-3 (2851) 1191 119.5 5.2e-25
XP_016882862 (OMIM: 608529) PREDICTED: fibrillin-3 (2789) 1168 117.5 2e-24
XP_016864717 (OMIM: 121050,612570,616118) PREDICTE (2861) 1151 116.1 5.6e-24
NP_001990 (OMIM: 121050,612570,616118) fibrillin-2 (2912) 1151 116.1 5.6e-24
XP_016882865 (OMIM: 608529) PREDICTED: fibrillin-3 (2766) 1141 115.2 9.9e-24
XP_016883196 (OMIM: 118450,187500,601920) PREDICTE (1059) 1076 109.0 2.9e-22
NP_000205 (OMIM: 118450,187500,601920) protein jag (1218) 1076 109.1 3.1e-22
XP_016882864 (OMIM: 608529) PREDICTED: fibrillin-3 (2768) 1041 106.6 3.7e-21
XP_016882867 (OMIM: 608529) PREDICTED: fibrillin-3 (1595) 985 101.5 7.8e-20
XP_016859267 (OMIM: 616634) PREDICTED: sushi, nido (1309) 975 100.5 1.3e-19
XP_016859270 (OMIM: 616634) PREDICTED: sushi, nido (1309) 975 100.5 1.3e-19
XP_016859269 (OMIM: 616634) PREDICTED: sushi, nido (1309) 975 100.5 1.3e-19
XP_016859268 (OMIM: 616634) PREDICTED: sushi, nido (1309) 975 100.5 1.3e-19
XP_011509236 (OMIM: 616634) PREDICTED: sushi, nido (1315) 975 100.5 1.3e-19
XP_011509235 (OMIM: 616634) PREDICTED: sushi, nido (1351) 975 100.5 1.3e-19
XP_011509234 (OMIM: 616634) PREDICTED: sushi, nido (1404) 975 100.5 1.3e-19
NP_001073906 (OMIM: 616634) sushi, nidogen and EGF (1413) 975 100.5 1.3e-19
XP_016859264 (OMIM: 616634) PREDICTED: sushi, nido (1425) 975 100.5 1.3e-19
XP_016859263 (OMIM: 616634) PREDICTED: sushi, nido (1434) 975 100.5 1.3e-19
XP_011509233 (OMIM: 616634) PREDICTED: sushi, nido (1437) 975 100.5 1.3e-19
XP_016859262 (OMIM: 616634) PREDICTED: sushi, nido (1458) 975 100.5 1.4e-19
NP_000129 (OMIM: 102370,129600,134797,154700,18490 (2871) 955 99.3 6.3e-19
NP_620711 (OMIM: 607299) delta and Notch-like epid ( 737) 939 97.0 8.1e-19
>>NP_004548 (OMIM: 164951) neurogenic locus notch homolo (2003 aa)
initn: 15277 init1: 15277 opt: 15277 Z-score: 7088.7 bits: 1325.2 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 15277; 99.9% identity (100.0% similar) in 2003 aa overlap (1-2003:1-2003)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MQPPSLLLLLLLLLLLCVSVVRPRGLLCGSFPEPCANGGTCLSLSLGQGTCQCAPGFLGE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 MQPPSLLLLLLLLLLLCVSVVRPRGLLCGSFPEPCANGGTCLSLSLGQGTCQCAPGFLGE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 TCQFPDPCQNAQLCQNGGSCQALLPAPLGLPSSPSPLTPSFLCTCLPGFTGERCQAQLED
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::
NP_004 TCQFPDPCQNAQLCQNGGSCQALLPAPLGLPSSPSPLTPSFLCTCLPGFTGERCQAKLED
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 PCPPSFCSKRGRCHIQASGRPQCSCMPGWTGEQCQLRDFCSANPCVNGGVCLATYPQIQC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 PCPPSFCSKRGRCHIQASGRPQCSCMPGWTGEQCQLRDFCSANPCVNGGVCLATYPQIQC
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB9 HCPPGFEGHACERDVNECFQDPGPCPKGTSCHNTLGSFQCLCPVGQEGPRCELRAGPCPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 HCPPGFEGHACERDVNECFQDPGPCPKGTSCHNTLGSFQCLCPVGQEGPRCELRAGPCPP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB9 RGCSNGGTCQLMPEKDSTFHLCLCPPGFIGPDCEVNPDNCVSHQCQNGGTCQDGLDTYTC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 RGCSNGGTCQLMPEKDSTFHLCLCPPGFIGPDCEVNPDNCVSHQCQNGGTCQDGLDTYTC
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB9 LCPETWTGWDCSEDVDECEAQGPPHCRNGGTCQNSAGSFHCVCVSGWGGTSCEENLDDCI
:::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 LCPETWTGWDCSEDVDECETQGPPHCRNGGTCQNSAGSFHCVCVSGWGGTSCEENLDDCI
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB9 AATCAPGSTCIDRVGSFSCLCPPGRTGLLCHLEDMCLSQPCHGDAQCSTNPLTGSTLCLC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 AATCAPGSTCIDRVGSFSCLCPPGRTGLLCHLEDMCLSQPCHGDAQCSTNPLTGSTLCLC
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB9 QPGYSGPTCHQDLDECLMAQQGPSPCEHGGSCLNTPGSFNCLCPPGYTGSRCEADHNECL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 QPGYSGPTCHQDLDECLMAQQGPSPCEHGGSCLNTPGSFNCLCPPGYTGSRCEADHNECL
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490 500 510 520 530 540
pF1KB9 SQPCHPGSTCLDLLATFHCLCPPGLEGQLCEVETNECASAPCLNHADCHDLLNGFQCICL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 SQPCHPGSTCLDLLATFHCLCPPGLEGQLCEVETNECASAPCLNHADCHDLLNGFQCICL
490 500 510 520 530 540
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pF1KB9 PGFSGTRCEEDIDECRSSPCANGGQCQDQPGAFHCKCLPGFEGPRCQTEVDECLSDPCPV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 PGFSGTRCEEDIDECRSSPCANGGQCQDQPGAFHCKCLPGFEGPRCQTEVDECLSDPCPV
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB9 GASCLDLPGAFFCLCPSGFTGQLCEVPLCAPNLCQPKQICKDQKDKANCLCPDGSPGCAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 GASCLDLPGAFFCLCPSGFTGQLCEVPLCAPNLCQPKQICKDQKDKANCLCPDGSPGCAP
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670 680 690 700 710 720
pF1KB9 PEDNCTCHHGHCQRSSCVCDVGWTGPECEAELGGCISAPCAHGGTCYPQPSGYNCTCPTG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 PEDNCTCHHGHCQRSSCVCDVGWTGPECEAELGGCISAPCAHGGTCYPQPSGYNCTCPTG
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 YTGPTCSEEMTACHSGPCLNGGSCNPSPGGYYCTCPPSHTGPQCQTSTDYCVSAPCFNGG
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 TCVNRPGTFSCLCAMGFQGPRCEGKLRPSCADSPCRNRATCQDSPQGPRCLCPTGYTGGS
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 CQTLMDLCAQKPCPRNSHCLQTGPSFHCLCLQGWTGPLCNLPLSSCQKAALSQGIDVSSL
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 CHNGGLCVDSGPSYFCHCPPGFQGSLCQDHVNPCESRPCQNGATCMAQPSGYLCQCAPGY
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 DGQNCSKELDACQSQPCHNHGTCTPKPGGFHCACPPGFVGLRCEGDVDECLDQPCHPTGT
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pF1KB9 AACHSLANAFYCQCLPGHTGQWCEVEIDPCHSQPCFHGGTCEATAGSPLGFICHCPKGFE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 AACHSLANAFYCQCLPGHTGQWCEVEIDPCHSQPCFHGGTCEATAGSPLGFICHCPKGFE
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 GPTCSHRAPSCGFHHCHHGGLCLPSPKPGFPPRCACLSGYGGPDCLTPPAPKGCGPPSPC
1090 1100 1110 1120 1130 1140
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NP_004 LYNGSCSETTGLGGPGFRCSCPHSSPGPRCQKPGAKGCEGRSGDGACDAGCSGPGGNWDG
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 GDCSLGVPDPWKGCPSHSRCWLLFRDGQCHPQCDSEECLFDGYDCETPPACTPAYDQYCH
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 DHFHNGHCEKGCNTAECGWDGGDCRPEDGDPEWGPSLALLVVLSPPALDQQLFALARVLS
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 LTLRVGLWVRKDRDGRDMVYPYPGARAEEKLGGTRDPTYQERAAPQTQPLGKETDSLSAG
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 FVVVMGVDLSRCGPDHPASRCPWDPGLLLRFLAAMAAVGALEPLLPGPLLAVHPHAGTAP
1390 1400 1410 1420 1430 1440
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 PANQLPWPVLCSPVAGVILLALGALLVLQLIRRRRREHGALWLPPGFTRRPRTQSAPHRR
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 RPPLGEDSIGLKALKPKAEVDEDGVVMCSGPEEGEEVGQAEETGPPSTCQLWSLSGGCGA
1510 1520 1530 1540 1550 1560
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pF1KB9 LPQAAMLTPPQESEMEAPDLDTRGPDGVTPLMSAVCCGEVQSGTFQGAWLGCPEPWEPLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 LPQAAMLTPPQESEMEAPDLDTRGPDGVTPLMSAVCCGEVQSGTFQGAWLGCPEPWEPLL
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pF1KB9 DGGACPQAHTVGTGETPLHLAARFSRPTAARRLLEAGANPNQPDRAGRTPLHAAVAADAR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 DGGACPQAHTVGTGETPLHLAARFSRPTAARRLLEAGANPNQPDRAGRTPLHAAVAADAR
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pF1KB9 EVCQLLLRSRQTAVDARTEDGTTPLMLAARLAVEDLVEELIAAQADVGARDKWGKTALHW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 EVCQLLLRSRQTAVDARTEDGTTPLMLAARLAVEDLVEELIAAQADVGARDKWGKTALHW
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 AAAVNNARAARSLLQAGADKDAQDNREQTPLFLAAREGAVEVAQLLLGLGAARELRDQAG
1750 1760 1770 1780 1790 1800
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pF1KB9 LAPADVAHQRNHWDLLTLLEGAGPPEARHKATPGREAGPFPRARTVSVSVPPHGGGALPR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 LAPADVAHQRNHWDLLTLLEGAGPPEARHKATPGREAGPFPRARTVSVSVPPHGGGALPR
1810 1820 1830 1840 1850 1860
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 CRTLSAGAGPRGGGACLQARTWSVDLAARGGGAYSHCRSLSGVGAGGGPTPRGRRFSAGM
1870 1880 1890 1900 1910 1920
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: . ::.: .::.:
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