Result of FASTA (ccds) for pFN21AB9399
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB9399, 1791 aa
  1>>>pF1KB9399 1791 - 1791 aa - 1791 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.8082+/-0.00132; mu= 22.1839+/- 0.079
 mean_var=86.8064+/-17.757, 0's: 0 Z-trim(103.3): 115  B-trim: 320 in 2/48
 Lambda= 0.137657
 statistics sampled from 7218 (7337) to 7218 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.569), E-opt: 0.2 (0.225), width:  16
 Scan time:  6.250

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS33737.1 SCN11A gene_id:11280|Hs108|chr3        (1791) 12000 2394.7       0
CCDS46798.1 SCN5A gene_id:6331|Hs108|chr3          (1998) 3630 732.5 3.7e-210
CCDS45761.1 SCN4A gene_id:6329|Hs108|chr17         (1836) 3018 610.9 1.3e-173
CCDS54414.1 SCN1A gene_id:6323|Hs108|chr2          (1981) 2919 591.3 1.2e-167
CCDS33316.1 SCN1A gene_id:6323|Hs108|chr2          (1998) 2919 591.3 1.2e-167
CCDS54413.1 SCN1A gene_id:6323|Hs108|chr2          (2009) 2919 591.3 1.2e-167
CCDS54569.1 SCN5A gene_id:6331|Hs108|chr3          (1962) 2838 575.2 8.1e-163
CCDS46797.1 SCN5A gene_id:6331|Hs108|chr3          (2015) 2838 575.2 8.3e-163
CCDS46799.1 SCN5A gene_id:6331|Hs108|chr3          (2016) 2838 575.2 8.3e-163
CCDS46796.1 SCN5A gene_id:6331|Hs108|chr3          (2016) 2838 575.2 8.3e-163
CCDS46441.1 SCN9A gene_id:6335|Hs108|chr2          (1977) 2789 565.5 6.9e-160
CCDS33314.1 SCN2A gene_id:6326|Hs108|chr2          (2005) 2781 563.9 2.1e-159
CCDS33313.1 SCN2A gene_id:6326|Hs108|chr2          (2005) 2781 563.9 2.1e-159
CCDS33736.1 SCN10A gene_id:6336|Hs108|chr3         (1956) 2750 557.7 1.5e-157
CCDS81692.1 SCN8A gene_id:6334|Hs108|chr12         (1980) 2726 553.0  4e-156
CCDS44891.1 SCN8A gene_id:6334|Hs108|chr12         (1980) 2726 553.0  4e-156
CCDS46440.1 SCN3A gene_id:6328|Hs108|chr2          (1951) 2690 545.8 5.7e-154
CCDS33312.1 SCN3A gene_id:6328|Hs108|chr2          (2000) 2690 545.8 5.8e-154
CCDS53794.1 SCN8A gene_id:6334|Hs108|chr12         (1939) 2598 527.5 1.8e-148
CCDS46442.1 SCN7A gene_id:6332|Hs108|chr2          (1682) 2331 474.5 1.5e-132
CCDS54570.1 SCN5A gene_id:6331|Hs108|chr3          (1983) 1331 275.9   1e-72
CCDS46711.1 CACNA1I gene_id:8911|Hs108|chr22       (2188) 1151 240.2 6.3e-62
CCDS46710.1 CACNA1I gene_id:8911|Hs108|chr22       (2223) 1151 240.2 6.4e-62
CCDS54145.1 CACNA1G gene_id:8913|Hs108|chr17       (2243) 1111 232.3 1.6e-59
CCDS45733.1 CACNA1G gene_id:8913|Hs108|chr17       (2266) 1111 232.3 1.6e-59
CCDS58568.1 CACNA1G gene_id:8913|Hs108|chr17       (2314) 1111 232.3 1.6e-59
CCDS45376.1 CACNA1H gene_id:8912|Hs108|chr16       (2347) 1109 231.9 2.2e-59
CCDS58567.1 CACNA1G gene_id:8913|Hs108|chr17       (2259) 1069 223.9 5.2e-57
CCDS45736.1 CACNA1G gene_id:8913|Hs108|chr17       (2171) 1039 217.9 3.1e-55
CCDS58571.1 CACNA1G gene_id:8913|Hs108|chr17       (2194) 1039 218.0 3.1e-55
CCDS45735.1 CACNA1G gene_id:8913|Hs108|chr17       (2250) 1039 218.0 3.2e-55
CCDS54143.1 CACNA1G gene_id:8913|Hs108|chr17       (2273) 1039 218.0 3.2e-55
CCDS54146.1 CACNA1G gene_id:8913|Hs108|chr17       (2298) 1039 218.0 3.3e-55
CCDS54142.1 CACNA1G gene_id:8913|Hs108|chr17       (2321) 1039 218.0 3.3e-55
CCDS45734.1 CACNA1G gene_id:8913|Hs108|chr17       (2343) 1039 218.0 3.3e-55
CCDS58570.1 CACNA1G gene_id:8913|Hs108|chr17       (2366) 1039 218.0 3.3e-55
CCDS44801.1 CACNA1C gene_id:775|Hs108|chr12        (2146)  967 203.6 6.2e-51
CCDS44795.1 CACNA1C gene_id:775|Hs108|chr12        (2146)  967 203.6 6.2e-51
CCDS44796.1 CACNA1C gene_id:775|Hs108|chr12        (2144)  963 202.9 1.1e-50
CCDS45375.1 CACNA1H gene_id:8912|Hs108|chr16       (2353)  957 201.7 2.7e-50
CCDS44787.1 CACNA1C gene_id:775|Hs108|chr12        (2138)  804 171.3 3.4e-41
CCDS44794.1 CACNA1C gene_id:775|Hs108|chr12        (2138)  804 171.3 3.4e-41
CCDS44800.1 CACNA1C gene_id:775|Hs108|chr12        (2138)  804 171.3 3.4e-41
CCDS44799.1 CACNA1C gene_id:775|Hs108|chr12        (2157)  804 171.3 3.5e-41
CCDS44793.1 CACNA1C gene_id:775|Hs108|chr12        (2157)  804 171.3 3.5e-41
CCDS44789.1 CACNA1C gene_id:775|Hs108|chr12        (2158)  804 171.3 3.5e-41
CCDS53736.1 CACNA1C gene_id:775|Hs108|chr12        (2173)  804 171.3 3.5e-41
CCDS53734.1 CACNA1C gene_id:775|Hs108|chr12        (2138)  803 171.1   4e-41
CCDS44791.1 CACNA1C gene_id:775|Hs108|chr12        (2138)  803 171.1   4e-41
CCDS44798.1 CACNA1C gene_id:775|Hs108|chr12        (2138)  803 171.1   4e-41


>>CCDS33737.1 SCN11A gene_id:11280|Hs108|chr3             (1791 aa)
 initn: 12000 init1: 12000 opt: 12000  Z-score: 12870.8  bits: 2394.7 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 12000; 100.0% identity (100.0% similar) in 1791 aa overlap (1-1791:1-1791)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB9 MDDRCYPVIFPDERNFRPFTSDSLAAIEKRIAIQKEKKKSKDQTGEVPQPRPQLDLKASR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 MDDRCYPVIFPDERNFRPFTSDSLAAIEKRIAIQKEKKKSKDQTGEVPQPRPQLDLKASR
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB9 KLPKLYGDIPRELIGKPLEDLDPFYRNHKTFMVLNRKRTIYRFSAKHALFIFGPFNSIRS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 KLPKLYGDIPRELIGKPLEDLDPFYRNHKTFMVLNRKRTIYRFSAKHALFIFGPFNSIRS
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB9 LAIRVSVHSLFSMFIIGTVIINCVFMATGPAKNSNSNNTDIAECVFTGIYIFEALIKILA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 LAIRVSVHSLFSMFIIGTVIINCVFMATGPAKNSNSNNTDIAECVFTGIYIFEALIKILA
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB9 RGFILDEFSFLRDPWNWLDSIVIGIAIVSYIPGITIKLLPLRTFRVFRALKAISVVSRLK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 RGFILDEFSFLRDPWNWLDSIVIGIAIVSYIPGITIKLLPLRTFRVFRALKAISVVSRLK
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB9 VIVGALLRSVKKLVNVIILTFFCLSIFALVGQQLFMGSLNLKCISRDCKNISNPEAYDHC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 VIVGALLRSVKKLVNVIILTFFCLSIFALVGQQLFMGSLNLKCISRDCKNISNPEAYDHC
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB9 FEKKENSPEFKMCGIWMGNSACSIQYECKHTKINPDYNYTNFDNFGWSFLAMFRLMTQDS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 FEKKENSPEFKMCGIWMGNSACSIQYECKHTKINPDYNYTNFDNFGWSFLAMFRLMTQDS
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB9 WEKLYQQTLRTTGLYSVFFFIVVIFLGSFYLINLTLAVVTMAYEEQNKNVAAEIEAKEKM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 WEKLYQQTLRTTGLYSVFFFIVVIFLGSFYLINLTLAVVTMAYEEQNKNVAAEIEAKEKM
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB9 FQEAQQLLKEEKEALVAMGIDRSSLTSLETSYFTPKKRKLFGNKKRKSFFLRESGKDQPP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 FQEAQQLLKEEKEALVAMGIDRSSLTSLETSYFTPKKRKLFGNKKRKSFFLRESGKDQPP
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB9 GSDSDEDCQKKPQLLEQTKRLSQNLSLDHFDEHGDPLQRQRALSAVSILTITMKEQEKSQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 GSDSDEDCQKKPQLLEQTKRLSQNLSLDHFDEHGDPLQRQRALSAVSILTITMKEQEKSQ
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KB9 EPCLPCGENLASKYLVWNCCPQWLCVKKVLRTVMTDPFTELAITICIIINTVFLAMEHHK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 EPCLPCGENLASKYLVWNCCPQWLCVKKVLRTVMTDPFTELAITICIIINTVFLAMEHHK
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KB9 MEASFEKMLNIGNLVFTSIFIAEMCLKIIALDPYHYFRRGWNIFDSIVALLSFADVMNCV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 MEASFEKMLNIGNLVFTSIFIAEMCLKIIALDPYHYFRRGWNIFDSIVALLSFADVMNCV
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KB9 LQKRSWPFLRSFRVLRVFKLAKSWPTLNTLIKIIGNSVGALGSLTVVLVIVIFIFSVVGM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 LQKRSWPFLRSFRVLRVFKLAKSWPTLNTLIKIIGNSVGALGSLTVVLVIVIFIFSVVGM
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KB9 QLFGRSFNSQKSPKLCNPTGPTVSCLRHWHMGDFWHSFLVVFRILCGEWIENMWECMQEA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 QLFGRSFNSQKSPKLCNPTGPTVSCLRHWHMGDFWHSFLVVFRILCGEWIENMWECMQEA
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820       830       840
pF1KB9 NASSSLCVIVFILITVIGKLVVLNLFIALLLNSFSNEERNGNLEGEARKTKVQLALDRFR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 NASSSLCVIVFILITVIGKLVVLNLFIALLLNSFSNEERNGNLEGEARKTKVQLALDRFR
              790       800       810       820       830       840

              850       860       870       880       890       900
pF1KB9 RAFCFVRHTLEHFCHKWCRKQNLPQQKEVAGGCAAQSKDIIPLVMEMKRGSETQEELGIL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 RAFCFVRHTLEHFCHKWCRKQNLPQQKEVAGGCAAQSKDIIPLVMEMKRGSETQEELGIL
              850       860       870       880       890       900

              910       920       930       940       950       960
pF1KB9 TSVPKTLGVRHDWTWLAPLAEEEDDVEFSGEDNAQRITQPEPEQQAYELHQENKKPTSQR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 TSVPKTLGVRHDWTWLAPLAEEEDDVEFSGEDNAQRITQPEPEQQAYELHQENKKPTSQR
              910       920       930       940       950       960

              970       980       990      1000      1010      1020
pF1KB9 VQSVEIDMFSEDEPHLTIQDPRKKSDVTSILSECSTIDLQDGFGWLPEMVPKKQPERCLP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 VQSVEIDMFSEDEPHLTIQDPRKKSDVTSILSECSTIDLQDGFGWLPEMVPKKQPERCLP
              970       980       990      1000      1010      1020

             1030      1040      1050      1060      1070      1080
pF1KB9 KGFGCCFPCCSVDKRKPPWVIWWNLRKTCYQIVKHSWFESFIIFVILLSSGALIFEDVHL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 KGFGCCFPCCSVDKRKPPWVIWWNLRKTCYQIVKHSWFESFIIFVILLSSGALIFEDVHL
             1030      1040      1050      1060      1070      1080

             1090      1100      1110      1120      1130      1140
pF1KB9 ENQPKIQELLNCTDIIFTHIFILEMVLKWVAFGFGKYFTSAWCCLDFIIVIVSVTTLINL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 ENQPKIQELLNCTDIIFTHIFILEMVLKWVAFGFGKYFTSAWCCLDFIIVIVSVTTLINL
             1090      1100      1110      1120      1130      1140

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CCDS33 DIIYAAVDSTEKEQQPEFESNSLGYIYFVVFIIFGSFFTLNLFIGVIIDNFNQQQKKLGG
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CCDS33 QKAFRKYMMKVTKGDQGDQNDLENGPHSPLQTLCNGDLSSFGVAKGKVHCD
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CCDS46 LDPFYSTQKTFIVLNKGKTIFRFSATNALYVLSPFHPIRRAAVKILVHSLFNMLIMCTIL
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CCDS46 TNCVFMA----QHDPPPWTKYVEYTFTAIYTFESLVKILARGFCLHAFTFLRDPWNWLDF
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pF1KB9 IVIGIAIVSYIPGITI-KLLPLRTFRVFRALKAISVVSRLKVIVGALLRSVKKLVNVIIL
        :: .: ::   .: . .:  ::::::.::::.:::.  ::.:::::..:::::..:..:
CCDS46 SVIIMAYVS--ENIKLGNLSALRTFRVLRALKTISVIPGLKTIVGALIQSVKKLADVMVL
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CCDS46 TVFCLSVFALIGLQLFMGNLRHKCV-RNFTALNGTNGSVEADGLVWESLDLYLSDPENYL
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       .:::::::..:   ..::..:::::::::.:: ::::.:::::::. . :: : ::: ::
CCDS46 RLYQQTLRSAGKIYMIFFMLVIFLGSFYLVNLILAVVAMAYEEQNQATIAETEEKEKRFQ
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       ::...::.:.:::.  :.:  : .::: : ..:        :.:: ...           
CCDS46 EAMEMLKKEHEALTIRGVDTVSRSSLEMSPLAPVNSHERRSKRRKRMSSGTEECGEDRLP
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CCDS46 SHHTSLLVPWPLRRTSAQGQPSPGTSAPGHALHGKKNSTVDCNGVVSLLGAGDPEATSPG
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           .: .::.                  ::   .: :.: :    :::::::::.:: .
CCDS46 SHLLRPVMLEHPPDTTTPSEEPGGPQMLTSQAPCVDGFEEPG---ARQRALSAVSVLTSA
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       ..: :.:.. : :: . ::..::.:.::: :. .:. .. :. ::::.:.::.::..::.
CCDS46 LEELEESRHKCPPCWNRLAQRYLIWECCPLWMSIKQGVKLVVMDPFTDLTITMCIVLNTL
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pF1KB9 FLAMEHHKMEASFEKMLNIGNLVFTSIFIAEMCLKIIALDPYHYFRRGWNIFDSIVALLS
       :.:.::..: . ::.::..::::::.:: ::: .::::::::.::..::::::::...::
CCDS46 FMALEHYNMTSEFEEMLQVGNLVFTGIFTAEMTFKIIALDPYYYFQQGWNIFDSIIVILS
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pF1KB9 FADVMNCVLQKRSWPFLRSFRVLRVFKLAKSWPTLNTLIKIIGNSVGALGSLTVVLVIVI
       . ..    ... :   :::::.::::::::::::::::::::::::::::.::.::.:..
CCDS46 LMELGLSRMSNLS--VLRSFRLLRVFKLAKSWPTLNTLIKIIGNSVGALGNLTLVLAIIV
            800         810       820       830       840       850

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pF1KB9 FIFSVVGMQLFGRSFNSQKSPKLCNPTGPTVSCLRHWHMGDFWHSFLVVFRILCGEWIEN
       :::.::::::::....  ..    . .:     : .::: ::.:.::..::::::::::.
CCDS46 FIFAVVGMQLFGKNYSELRD----SDSG----LLPRWHMMDFFHAFLIIFRILCGEWIET
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pF1KB9 MWECMQEANASSSLCVIVFILITVIGKLVVLNLFIALLLNSFSNEERNGNLEGEARK-TK
       ::.::. .  ..:::..::.:. :::.:::::::.::::.::: .  : .   : :. ..
CCDS46 MWDCMEVS--GQSLCLLVFLLVMVIGNLVVLNLFLALLLSSFSAD--NLTAPDEDREMNN
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pF1KB9 VQLALDRFRRAFCFVRHTLEHFCHKWCRKQNLPQQKEV--AGG----CAAQSKDIIPLVM
       .:::: :..:.. ::..:   ::    :..  ::.  .  : :    : :   .  :   
CCDS46 LQLALARIQRGLRFVKRTTWDFCCGLLRQR--PQKPAALAAQGQLPSCIATPYSPPP--P
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pF1KB9 EMKRGSETQEELGILTSVPKTLGVRHDWTWL-APLAEEEDDVEFSGEDNAQRITQPEP--
       : ..   :..:  .  .     :.  :   . .:.:  :.:.. . ::. . .   :   
CCDS46 ETEKVPPTRKETRFEEGEQPGQGTPGDPEPVCVPIAVAESDTDDQEEDEENSLGTEEESS
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pF1KB9 -EQQAYELHQENKKPTSQRVQS-VEIDMFSEDEPHLTIQDPRKKSDVTSILSEC------
        .:..  .    . : ..:. : :     :: :   .  : :..  .      :      
CCDS46 KQQESQPVSGGPEAPPDSRTWSQVSATASSEAEASASQADWRQQWKAEPQAPGCGETPED
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pF1KB9 -----STIDLQDGFGWLPEMVPK-----KQPERCLPKGFGC---CFPCCSVDKRKPPWVI
            :: :. .  . : :..:      :.:: :. .:  :   : :::.::  . :  .
CCDS46 SCSEGSTADMTNT-AELLEQIPDLGQDVKDPEDCFTEG--CVRRC-PCCAVDTTQAPGKV
         1140       1150      1160      1170         1180      1190

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pF1KB9 WWNLRKTCYQIVKHSWFESFIIFVILLSSGALIFEDVHLENQPKIQELLNCTDIIFTHIF
       :: ::::::.::.:::::.::::.:::::::: :::..::..  :. ::. .: .::..:
CCDS46 WWRLRKTCYHIVEHSWFETFIIFMILLSSGALAFEDIYLEERKTIKVLLEYADKMFTYVF
             1200      1210      1220      1230      1240      1250

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pF1KB9 ILEMVLKWVAFGFGKYFTSAWCCLDFIIVIVSVTTLI-------NLMELKSFRTLRALRP
       .:::.:::::.:: ::::.::: :::.:: ::...:.       ..  .::.::::::::
CCDS46 VLEMLLKWVAYGFKKYFTNAWCWLDFLIVDVSLVSLVANTLGFAEMGPIKSLRTLRALRP
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pF1KB9 LRALSQFEGMKVVVNALIGAIPAILNVLLVCLIFWLVFCILGVYFFSGKFGKCINGT--D
       :::::.::::.::::::.::::.:.:::::::::::.: :.:: .:.::::.::: :  :
CCDS46 LRALSRFEGMRVVVNALVGAIPSIMNVLLVCLIFWLIFSIMGVNLFAGKFGRCINQTEGD
             1320      1330      1340      1350      1360      1370

           1220          1230      1240      1250      1260        
pF1KB9 SVINYTIITNKSQCES----GNFSWINQKVNFDNVGNAYLALLQVATFKGWMDIIYAAVD
         .::::..:::::::    :.. : . :::::::: .:::::::               
CCDS46 LPLNYTIVNNKSQCESLNLTGELYWTKVKVNFDNVGAGYLALLQVY--------------
             1380      1390      1400      1410                    

     1270      1280      1290      1300      1310      1320        
pF1KB9 STEKEQQPEFESNSLGYIYFVVFIIFGSFFTLNLFIGVIIDNFNQQQKKLGGQDIFMTEE
           :.::..: :   :::::.::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::
CCDS46 ----EEQPQWEYNLYMYIYFVIFIIFGSFFTLNLFIGVIIDNFNQQKKKLGGQDIFMTEE
           1420      1430      1440      1450      1460      1470  

     1330      1340      1350      1360      1370      1380        
pF1KB9 QKKYYNAMKKLGSKKPQKPIPRPLNKCQGLVFDIVTSQIFDIIIISLIILNMISMMAESY
       :::::::::::::::::::::::::: ::..:::::.: ::. :. :: :::..::.:. 
CCDS46 QKKYYNAMKKLGSKKPQKPIPRPLNKYQGFIFDIVTKQAFDVTIMFLICLNMVTMMVETD
           1480      1490      1500      1510      1520      1530  

     1390      1400      1410      1420      1430      1440        
pF1KB9 NQPKAMKSILDHLNWVFVVIFTLECLIKIFALRQYYFTNGWNLFDCVVVLLSIVSTMIST
       .:     .:: ..: .::.::: ::..:. :::.:::::.::.:: :::.::::.:..: 
CCDS46 DQSPEKINILAKINLLFVAIFTGECIVKLAALRHYYFTNSWNIFDFVVVILSIVGTVLSD
           1540      1550      1560      1570      1580      1590  

     1450      1460      1470      1480      1490      1500        
pF1KB9 LENQEHIPFPPTLFRIVRLARIGRILRLVRAARGIRTLLFALMMSLPSLFNIGLLLFLIM
       .  :... : :::::..:::::::::::.:.:.::::::::::::::.::::::::::.:
CCDS46 I-IQKYF-FSPTLFRVIRLARIGRILRLIRGAKGIRTLLFALMMSLPALFNIGLLLFLVM
             1600      1610      1620      1630      1640      1650

     1510      1520      1530      1540      1550      1560        
pF1KB9 FIYAILGMNWFSKVNPESGIDDIFNFKTFASSMLCLFQISTSAGWDSLLSPMLRSKES-C
       :::.:.::  :. :. :.::::.:::.:::.::::::::.::::::.::::.: .    :
CCDS46 FIYSIFGMANFAYVKWEAGIDDMFNFQTFANSMLCLFQITTSAGWDGLLSPILNTGPPYC
             1660      1670      1680      1690      1700      1710

             1570      1580      1590      1600      1610      1620
pF1KB9 -------NSSSENCHLPGIATSYFVSYIIISFLIVVNMYIAVILENFNTATEESEDPLGE
              :.:  .:  :...  .:..:::::::::::::::.:::::..::::: .::.:
CCDS46 DPTLPNSNGSRGDCGSPAVGILFFTTYIIISFLIVVNMYIAIILENFSVATEESTEPLSE
             1720      1730      1740      1750      1760      1770

             1630      1640      1650      1660      1670      1680
pF1KB9 DDFDIFYEVWEKFDPEATQFIKYSALSDFADALPEPLRVAKPNKYQFLVMDLPMVSEDRL
       ::::.:::.::::::::::::.::.:::::::: ::::.::::. ... ::::::: ::.
CCDS46 DDFDMFYEIWEKFDPEATQFIEYSVLSDFADALSEPLRIAKPNQISLINMDLPMVSGDRI
             1780      1790      1800      1810      1820      1830

             1690      1700      1710      1720      1730      1740
pF1KB9 HCMDILFAFTARVLGGSDGLDSMKAMMEEKFMEANPLKKLYEPIVTTTKRKEEERGAAII
       :::::::::: :::: :  .:..: .:::::: ::: :  ::::.:: .::.:: .: .:
CCDS46 HCMDILFAFTKRVLGESGEMDALKIQMEEKFMAANPSKISYEPITTTLRRKHEEVSAMVI
             1840      1850      1860      1870      1880      1890

             1750      1760      1770      1780      1790          
pF1KB9 QKAFRKYMMKVTKGDQGDQNDLENGPHSPLQTLCNGDLSSFGVAKGKVHCD         
       :.:::.....                                                  
CCDS46 QRAFRRHLLQRSLKHASFLFRQQAGSGLSEEDAPEREGLIAYVMSENFSRPLGPPSSSSI
             1900      1910      1920      1930      1940      1950

>--
 initn: 402 init1: 316 opt: 375  Z-score: 392.9  bits: 86.1 E(32554): 1.4e-15
Smith-Waterman score: 375; 57.4% identity (80.2% similar) in 101 aa overlap (15-110:12-112)

               10        20        30             40        50     
pF1KB9 MDDRCYPVIFPDERNFRPFTSDSLAAIEKRIAIQKEK-----KKSKDQTGEVPQPRPQLD
                     .:: :: .::::::::.: .. .     ..:..   :   ::::::
CCDS46    MANFLLPRGTSSFRRFTRESLAAIEKRMAEKQARGSTTLQESREGLPEEEAPRPQLD
                  10        20        30        40        50       

          60        70        80        90       100       110     
pF1KB9 LKASRKLPKLYGDIPRELIGKPLEDLDPFYRNHKTFMVLNRKRTIYRFSAKHALFIFGPF
       :.::.::: :::. :.::::.::::::::: ..:::.:::. .::.:::: .::.     
CCDS46 LQASKKLPDLYGNPPQELIGEPLEDLDPFYSTQKTFIVLNKGKTIFRFSATNALYVLSPF
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         120       130       140       150       160       170     
pF1KB9 NSIRSLAIRVSVHSLFSMFIIGTVIINCVFMATGPAKNSNSNNTDIAECVFTGIYIFEAL
                                                                   
CCDS46 HPIRRAAVKILVHSLFNMLIMCTILTNCVFMAQHDPPPWTKYVEYTFTAIYTFESLVKIL
       120       130       140       150       160       170       

>>CCDS45761.1 SCN4A gene_id:6329|Hs108|chr17              (1836 aa)
 initn: 4970 init1: 1037 opt: 3018  Z-score: 3230.2  bits: 610.9 E(32554): 1.3e-173
Smith-Waterman score: 5544; 50.7% identity (72.3% similar) in 1818 aa overlap (16-1750:17-1744)

                10        20        30        40        50         
pF1KB9  MDDRCYPVIFPDERNFRPFTSDSLAAIEKRIAIQKEKKKSKDQTGEVPQP--RPQLDLK
                       .:::: .::::::.: :...: . ....  :. .:  .:. ::.
CCDS45 MARPSLCTLVPLGPECLRPFTRESLAAIEQR-AVEEEARLQRNKQMEIEEPERKPRSDLE
               10        20        30         40        50         

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pF1KB9 ASRKLPKLYGDIPRELIGKPLEDLDPFYRNHKTFMVLNRKRTIYRFSAKHALFIFGPFNS
       :...:: .::: : :.:: :::::::.: :.:::.:::. ..:.::::  ::....::. 
CCDS45 AGKNLPMIYGDPPPEVIGIPLEDLDPYYSNKKTFIVLNKGKAIFRFSATPALYLLSPFSV
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pF1KB9 IRSLAIRVSVHSLFSMFIIGTVIINCVFMATGPAKNSNSNNTDIAECVFTGIYIFEALIK
       .:  ::.: .:.::::::. :.. :::::. .     ..:    .: .::::: ::.:::
CCDS45 VRRGAIKVLIHALFSMFIMITILTNCVFMTMSDPPPWSKN----VEYTFTGIYTFESLIK
     120       130       140       150           160       170     

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pF1KB9 ILARGFILDEFSFLRDPWNWLDSIVIGIAIVSYIPGITIKLLPLRTFRVFRALKAISVVS
       :::::: .:.:.::::::::::  :: .: .. .  .  ..  ::::::.::::.:.:. 
CCDS45 ILARGFCVDDFTFLRDPWNWLDFSVIMMAYLTEFVDLG-NISALRTFRVLRALKTITVIP
         180       190       200       210        220       230    

       240       250       260       270       280                 
pF1KB9 RLKVIVGALLRSVKKLVNVIILTFFCLSIFALVGQQLFMGSLNLKCI-------------
        ::.:::::..::::: .:.::: ::::.::::: :::::.:  ::.             
CCDS45 GLKTIVGALIQSVKKLSDVMILTVFCLSVFALVGLQLFMGNLRQKCVRWPPPFNDTNTTW
          240       250       260       270       280       290    

                                   290       300                   
pF1KB9 -------------------------SRDCKNISNPEAYDHCFEKK------------ENS
                                . :  :     : .  :.              :.:
CCDS45 YSNDTWYGNDTWYGNEMWYGNDSWYANDTWNSHASWATNDTFDWDAYISDEGNFYFLEGS
          300       310       320       330       340       350    

       310       320       330       340       350       360       
pF1KB9 PEFKMCGIWMGNSACSIQYECKHTKINPDYNYTNFDNFGWSFLAMFRLMTQDSWEKLYQQ
        .  .::     . :   ::: .:  ::.:.::..:.:.:.:::.::::::: ::.:.: 
CCDS45 NDALLCGNSSDAGHCPEGYECIKTGRNPNYGYTSYDTFSWAFLALFRLMTQDYWENLFQL
          360       370       380       390       400       410    

       370       380       390       400       410       420       
pF1KB9 TLRTTGLYSVFFFIVVIFLGSFYLINLTLAVVTMAYEEQNKNVAAEIEAKEKMFQEAQQL
       :::..:   ..::.:.::::::::::: ::::.::: :::. . :: . ::. ::.  . 
CCDS45 TLRAAGKTYMIFFVVIIFLGSFYLINLILAVVAMAYAEQNEATLAEDKEKEEEFQQMLEK
          420       430       440       450       460       470    

       430       440       450       460       470        480      
pF1KB9 LKEEKEALVAMGIDRSSLTSLETSYFTPKKRKLFGNKKRKSFFLRESGK-DQPPGSDSDE
       .:...: :                            .: :.    :.:. :  :.    .
CCDS45 FKKHQEEL----------------------------EKAKAAQALEGGEADGDPAHG--K
          480                                   490       500      

        490       500       510        520       530       540     
pF1KB9 DCQKKPQLLEQTKRLSQNLSLDHFD-EHGDPLQRQRALSAVSILTITMKEQEKSQEPCLP
       ::               : :::  . :.: : : . . :..:    .:.: :.... : :
CCDS45 DC---------------NGSLDTSQGEKGAPRQSSSGDSGIS---DAMEELEEAHQKCPP
                         510       520       530          540      

         550       560       570       580       590       600     
pF1KB9 CGENLASKYLVWNCCPQWLCVKKVLRTVMTDPFTELAITICIIINTVFLAMEHHKMEASF
          . : : :.::::  ::  :.... .. :::..:.:::::..::.:.::::. :   :
CCDS45 WWYKCAHKVLIWNCCAPWLKFKNIIHLIVMDPFVDLGITICIVLNTLFMAMEHYPMTEHF
        550       560       570       580       590       600      

         610       620       630       640       650       660     
pF1KB9 EKMLNIGNLVFTSIFIAEMCLKIIALDPYHYFRRGWNIFDSIVALLSFADVMNCVLQKRS
       ...:..::::::.:: ::: ::.::.:::.::..::::::::.. ::....    .:  :
CCDS45 DNVLTVGNLVFTGIFTAEMVLKLIAMDPYEYFQQGWNIFDSIIVTLSLVELGLANVQGLS
        610       620       630       640       650       660      

         670       680       690       700       710       720     
pF1KB9 WPFLRSFRVLRVFKLAKSWPTLNTLIKIIGNSVGALGSLTVVLVIVIFIFSVVGMQLFGR
          :::::.:::::::::::::: :::::::::::::.::.::.:..:::.::::::::.
CCDS45 --VLRSFRLLRVFKLAKSWPTLNMLIKIIGNSVGALGNLTLVLAIIVFIFAVVGMQLFGK
          670       680       690       700       710       720    

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pF1KB9 SFNSQKSPKLCNPTGPTVSC-LRHWHMGDFWHSFLVVFRILCGEWIENMWECMQEANASS
       :..      .:. .   ..: : .::: ::.::::.:::::::::::.::.::. :  ..
CCDS45 SYK----ECVCKIA---LDCNLPRWHMHDFFHSFLIVFRILCGEWIETMWDCMEVA--GQ
              730          740       750       760       770       

          790       800       810       820       830       840    
pF1KB9 SLCVIVFILITVIGKLVVLNLFIALLLNSFSNEERNGNLEGEARKTKVQLALDRFRRAFC
       ..:. ::... :::.:::::::.::::.::: .   .. : ... ...:.:. :.. .. 
CCDS45 AMCLTVFLMVMVIGNLVVLNLFLALLLSSFSADSLAASDE-DGEMNNLQIAIGRIKLGIG
         780       790       800       810        820       830    

          850         860       870        880       890       900 
pF1KB9 FVRHTLEHFCHK--WCRKQNLPQQKEVAG-GCAAQSKDIIPLVMEMKRGSETQEELGILT
       :..  :  . :      :. . .  :. : : :... .  :   : ..    .:.:   .
CCDS45 FAKAFLLGLLHGKILSPKDIMLSLGEADGAGEAGEAGETAP---EDEKKEPPEEDLKKDN
          840       850       860       870          880       890 

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pF1KB9 SVPKTLGVRHDWTWLAPLAEEEDDVEFSGEDNAQRITQPEPEQQAYELHQENKKPTSQRV
        . . .:.        : . : : ..:    :   .:   :   : : ... . :: .  
CCDS45 HILNHMGLADG----PPSSLELDHLNFI---NNPYLTIQVP--IASE-ESDLEMPTEE--
             900           910          920          930           

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pF1KB9 QSVEIDMFSEDEPHLTIQDPRKKSDVTSILSECSTIDLQ----DGFGWLPEMVPKKQPER
          : : ::  ::. . . :.   : .:  : ::: : .    :      :    .:::.
CCDS45 ---ETDTFS--EPEDSKKPPQPLYDGNS--SVCSTADYKPPEEDPEEQAEENPEGEQPEE
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pF1KB9 CLPKGFGCCFPCCSVDKRKPPWVIWWNLRKTCYQIVKHSWFESFIIFVILLSSGALIFED
       :. ..    .::  ::  .     ::.::..:..::.:.:::.::.:.:::::::: :::
CCDS45 CFTEACVQRWPCLYVDISQGRGKKWWTLRRACFKIVEHNWFETFIVFMILLSSGALAFED
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pF1KB9 VHLENQPKIQELLNCTDIIFTHIFILEMVLKWVAFGFGKYFTSAWCCLDFIIVIVSVTTL
       ...:..  :. .:. .: .::.:::.::.:::::.::  :::.::: :::.:: ::. .:
CCDS45 IYIEQRRVIRTILEYADKVFTYIFIMEMLLKWVAYGFKVYFTNAWCWLDFLIVDVSIISL
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       .       .:  .::.:::::::::::::.::::.::::::.::::.:.:::::::::::
CCDS45 VANWLGYSELGPIKSLRTLRALRPLRALSRFEGMRVVVNALLGAIPSIMNVLLVCLIFWL
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       .: :.:: .:.:::  ::: : :  .. . ..:::.:::    :.  :.: :::.:::: 
CCDS45 IFSIMGVNLFAGKFYYCINTTTSERFDISEVNNKSECESLMHTGQVRWLNVKVNYDNVGL
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       .::.:::::::::::::.:::::: :::.::..: :   :.:::.:::::::::::::::
CCDS45 GYLSLLQVATFKGWMDIMYAAVDSREKEEQPQYEVNLYMYLYFVIFIIFGSFFTLNLFIG
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       :::::::::.:::::.:::::::::::::::::::::::::::::: :: ::.:.:.::.
CCDS45 VIIDNFNQQKKKLGGKDIFMTEEQKKYYNAMKKLGSKKPQKPIPRPQNKIQGMVYDLVTK
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       : ::: :. :: :::..::.:. :: .   .:: ..: .:..::: ::..:..:::::::
CCDS45 QAFDITIMILICLNMVTMMVETDNQSQLKVDILYNINMIFIIIFTGECVLKMLALRQYYF
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       : :::.:: :::.::::.  .: : ..  .   :::::..:::::::.:::.:.:.::::
CCDS45 TVGWNIFDFVVVILSIVGLALSDLIQKYFV--SPTLFRVIRLARIGRVLRLIRGAKGIRT
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       ::::::::::.::::::::::.::::.:.::. :. :. ::::::.:::.::..:..:::
CCDS45 LLFALMMSLPALFNIGLLLFLVMFIYSIFGMSNFAYVKKESGIDDMFNFETFGNSIICLF
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       .:.::::::.::.:.: :   .:. . ::        :  :.:.  .: :::::::::::
CCDS45 EITTSAGWDGLLNPILNSGPPDCDPNLENPGTSVKGDCGNPSIGICFFCSYIIISFLIVV
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       :::::.::::::.::::: .:::::::..:::.::::::.::::: :: ::::.:.: ::
CCDS45 NMYIAIILENFNVATEESSEPLGEDDFEMFYETWEKFDPDATQFIAYSRLSDFVDTLQEP
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pF1KB9 LRVAKPNKYQFLVMDLPMVSEDRLHCMDILFAFTARVLGGSDGLDSMKAMMEEKFMEANP
       ::.::::: .....:::::  :..::.:::::.: .::: :  .:..:  :::::: :::
CCDS45 LRIAKPNKIKLITLDLPMVPGDKIHCLDILFALTKEVLGDSGEMDALKQTMEEKFMAANP
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        :  ::::.:: :::.::  :  ::.:.:.....                          
CCDS45 SKVSYEPITTTLKRKHEEVCAIKIQRAYRRHLLQRSMKQASYMYRHSHDGSGDDAPEKEG
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CCDS45 LLANTMSKMYGHENGNSSSPSPEEKGEAGDAGPTMGLMPISPSDTAWPPAPPPGQTVRPG
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CCDS54 MSNPPDWTKN----VEYTFTGIYTFESLIKIIARGFCLEDFTFLRDPWNWLDFTVITFAY
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       :. .  .  ..  ::::::.::::.:::.  ::.:::::..::::: .:.::: ::::.:
CCDS54 VTEFVDLG-NVSALRTFRVLRALKTISVIPGLKTIVGALIQSVKKLSDVMILTVFCLSVF
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       ::.: :::::.:  :::.    : :  :   : .::.           :.  ::      
CCDS54 ALIGLQLFMGNLRNKCIQWPPTNASLEE---HSIEKNITVNYNGTLINETVFEFDWKSYI
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                       .::     . :   : : ..  ::.:.::.::.:.:.::..:::
CCDS54 QDSRYHYFLEGFLDALLCGNSSDAGQCPEGYMCVKAGRNPNYGYTSFDTFSWAFLSLFRL
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       :::: ::.::: :::..:   ..::..:::::::::::: ::::.:::::::. .  : :
CCDS54 MTQDFWENLYQLTLRAAGKTYMIFFVLVIFLGSFYLINLILAVVAMAYEEQNQATLEEAE
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        ::  ::.  . ::...::     .: . ..:         : .: :.: .. :      
CCDS54 QKEAEFQQMIEQLKKQQEAAQQAATATASEHSREPSAAGRLSDSSSEASKLSSKSAKERR
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pF1KB9 -------------------------------KRKLF-----GNK----KRKS------FF
                                      .:: :     ::.    :: :      . 
CCDS54 NRRKKRKQKEQSGGEEKDEDEFQKSESEDSIRRKGFRFSIEGNRLTYEKRYSSPHQSLLS
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pF1KB9 LRES----------------GKDQPPGSDSD---------EDCQKK------PQL-----
       .: :                :. .  ::..:         :: ...      :.      
CCDS54 IRGSLFSPRRNSRTSLFSFRGRAKDVGSENDFADDEHSTFEDNESRRDSLFVPRRHGERR
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pF1KB9 ---LEQTKRLSQNLSL--------DHFDEHG----------------------------D
          : ::.: :. :..        .  : .:                            :
CCDS54 NSNLSQTSRSSRMLAVFPANGKMHSTVDCNGVVSLGTTTETEMRKRRSSSFHVSMDFLED
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pF1KB9 PLQRQRALSAVSILTITMKEQEKSQEPCLPCGENLASKYLVWNCCPQWLCVKKVLRTVMT
       : :::::.: .:::: :..: :.:.. : ::  .... .:.:.: : :: ::.:.  :. 
CCDS54 PSQRQRAMSIASILTNTVEELEESRQKCPPCWYKFSNIFLIWDCSPYWLKVKHVVNLVVM
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pF1KB9 DPFTELAITICIIINTVFLAMEHHKMEASFEKMLNIGNLVFTSIFIAEMCLKIIALDPYH
       :::..:::::::..::.:.::::. :   :...:..::::::.:: ::: :::::.:::.
CCDS54 DPFVDLAITICIVLNTLFMAMEHYPMTDHFNNVLTVGNLVFTGIFTAEMFLKIIAMDPYY
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pF1KB9 YFRRGWNIFDSIVALLSFADVMNCVLQKRSWPFLRSFRVLRVFKLAKSWPTLNTLIKIIG
       ::..::::::.... ::....    ..  :   :::::.:::::::::::::: ::::::
CCDS54 YFQEGWNIFDGFIVTLSLVELGLANVEGLS--VLRSFRLLRVFKLAKSWPTLNMLIKIIG
      800       810       820         830       840       850      

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pF1KB9 NSVGALGSLTVVLVIVIFIFSVVGMQLFGRSFNSQKSPKLCNPTGPTVSC-LRHWHMGDF
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CCDS54 NSVGALGNLTLVLAIIVFIFAVVGMQLFGKSYKDC----VCKIAS---DCQLPRWHMNDF
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pF1KB9 WHSFLVVFRILCGEWIENMWECMQEANASSSLCVIVFILITVIGKLVVLNLFIALLLNSF
       .::::.:::.:::::::.::.::. :.  ...:. ::... :::.:::::::.::::.::
CCDS54 FHSFLIVFRVLCGEWIETMWDCMEVAG--QAMCLTVFMMVMVIGNLVVLNLFLALLLSSF
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pF1KB9 SNEERNGNLEGEARKTKVQLALDRFRRAFCFVRHTLEHFCHK-WCRKQNLPQQKEVAGGC
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CCDS54 SADNLAAT-DDDNEMNNLQIAVDRMHKGVAYVKRKIYEFIQQSFIRKQKILDEIKPLDDL
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pF1KB9 AAQSKDIIPLVMEMKRGSETQEELGILTSVPKTL-GVRHDWTWLAPLAEEEDDVEFSGED
         .. . .      .. .:  ..:  : .:  :  :.    .    . .: : . : . .
CCDS54 NNKKDSCMS-----NHTAEIGKDLDYLKDVNGTTSGIGTGSSVEKYIIDESDYMSFIN-N
       1030           1040      1050      1060      1070       1080

            940       950       960       970       980       990  
pF1KB9 NAQRITQPEPEQQAYELHQENKKPTSQRVQSVEIDMFSEDEPHLTIQDPRKKSDVTSILS
        .  .: :    .. .... : .           :. ::..    ... ..: . .:  :
CCDS54 PSLTVTVPIAVGES-DFENLNTE-----------DFSSESD----LEESKEKLNESSSSS
             1090       1100                     1110      1120    

           1000      1010        1020      1030      1040      1050
pF1KB9 ECSTIDLQDGFGWLPEMVPKK--QPERCLPKGFGCCFPCCSVDKRKPPWVIWWNLRKTCY
       : ::.:.       : . :..  .:: :. .:    : ::... ..     :::::.::.
CCDS54 EGSTVDIGAPVEEQPVVEPEETLEPEACFTEGCVQRFKCCQINVEEGRGKQWWNLRRTCF
         1130      1140      1150      1160      1170      1180    

             1060      1070      1080      1090      1100      1110
pF1KB9 QIVKHSWFESFIIFVILLSSGALIFEDVHLENQPKIQELLNCTDIIFTHIFILEMVLKWV
       .::.:.:::.::.:.:::::::: :::......  :. .:. .: .::.::::::.::::
CCDS54 RIVEHNWFETFIVFMILLSSGALAFEDIYIDQRKTIKTMLEYADKVFTYIFILEMLLKWV
         1190      1200      1210      1220      1230      1240    

             1120      1130             1140      1150      1160   
pF1KB9 AFGFGKYFTSAWCCLDFIIVIVSVTTLI-------NLMELKSFRTLRALRPLRALSQFEG
       :.:.  :::.::: :::.:: ::...:        .:  .::.:::::::::::::.:::
CCDS54 AYGYQTYFTNAWCWLDFLIVDVSLVSLTANALGYSELGAIKSLRTLRALRPLRALSRFEG
         1250      1260      1270      1280      1290      1300    

          1170      1180      1190      1200      1210       1220  
pF1KB9 MKVVVNALIGAIPAILNVLLVCLIFWLVFCILGVYFFSGKFGKCINGTDS-VINYTIITN
       :.::::::.::::.:.:::::::::::.: :.:: .:.::: .::: : .  ..   ..:
CCDS54 MRVVVNALLGAIPSIMNVLLVCLIFWLIFSIMGVNLFAGKFYHCINTTTGDRFDIEDVNN
         1310      1320      1330      1340      1350      1360    

               1230       1240      1250      1260      1270       
pF1KB9 KSQC----ESGNFS-WINQKVNFDNVGNAYLALLQVATFKGWMDIIYAAVDSTEKEQQPE
       ...:    : .. . : : :::::::: .::.:::::::::::::.:::::: . : ::.
CCDS54 HTDCLKLIERNETARWKNVKVNFDNVGFGYLSLLQVATFKGWMDIMYAAVDSRNVELQPK
         1370      1380      1390      1400      1410      1420    

      1280      1290      1300      1310      1320      1330       
pF1KB9 FESNSLGYIYFVVFIIFGSFFTLNLFIGVIIDNFNQQQKKLGGQDIFMTEEQKKYYNAMK
       .: .   :.:::.::::::::::::::::::::::::.::.:::::::::::::::::::
CCDS54 YEESLYMYLYFVIFIIFGSFFTLNLFIGVIIDNFNQQKKKFGGQDIFMTEEQKKYYNAMK
         1430      1440      1450      1460      1470      1480    

      1340      1350      1360      1370      1380      1390       
pF1KB9 KLGSKKPQKPIPRPLNKCQGLVFDIVTSQIFDIIIISLIILNMISMMAESYNQPKAMKSI
       :::::::::::::: :: ::.:::.:: :.::: :. :: :::..::.:. .: . . .:
CCDS54 KLGSKKPQKPIPRPGNKFQGMVFDFVTRQVFDISIMILICLNMVTMMVETDDQSEYVTTI
         1490      1500      1510      1520      1530      1540    

      1400      1410      1420      1430      1440      1450       
pF1KB9 LDHLNWVFVVIFTLECLIKIFALRQYYFTNGWNLFDCVVVLLSIVSTMISTLENQEHIPF
       :...: ::.:.:: ::..:...::.:::: :::.:: :::.::::. ... : ..  .  
CCDS54 LSRINLVFIVLFTGECVLKLISLRHYYFTIGWNIFDFVVVILSIVGMFLAELIEKYFV--
         1550      1560      1570      1580      1590      1600    

      1460      1470      1480      1490      1500      1510       
pF1KB9 PPTLFRIVRLARIGRILRLVRAARGIRTLLFALMMSLPSLFNIGLLLFLIMFIYAILGMN
        :::::..:::::::::::...:.::::::::::::::.::::::::::.::::::.::.
CCDS54 SPTLFRVIRLARIGRILRLIKGAKGIRTLLFALMMSLPALFNIGLLLFLVMFIYAIFGMS
           1610      1620      1630      1640      1650      1660  

      1520      1530      1540      1550      1560       1570      
pF1KB9 WFSKVNPESGIDDIFNFKTFASSMLCLFQISTSAGWDSLLSPMLRSKE-SCNSSSEN---
        :. :. : ::::.:::.::..::.:::::.::::::.::.:.: ::  .:. .. :   
CCDS54 NFAYVKREVGIDDMFNFETFGNSMICLFQITTSAGWDGLLAPILNSKPPDCDPNKVNPGS
           1670      1680      1690      1700      1710      1720  

               1580      1590      1600      1610      1620        
pF1KB9 -----CHLPGIATSYFVSYIIISFLIVVNMYIAVILENFNTATEESEDPLGEDDFDIFYE
            :  :...  .::::::::::.:::::::::::::..::::: .::.::::..:::
CCDS54 SVKGDCGNPSVGIFFFVSYIIISFLVVVNMYIAVILENFSVATEESAEPLSEDDFEMFYE
           1730      1740      1750      1760      1770      1780  

     1630      1640      1650      1660      1670      1680        
pF1KB9 VWEKFDPEATQFIKYSALSDFADALPEPLRVAKPNKYQFLVMDLPMVSEDRLHCMDILFA
       :::::::.::::...  ::.:: ::  :: . .::: :...::::::: ::.::.:::::
CCDS54 VWEKFDPDATQFMEFEKLSQFAAALEPPLNLPQPNKLQLIAMDLPMVSGDRIHCLDILFA
           1790      1800      1810      1820      1830      1840  

     1690      1700      1710      1720      1730      1740        
pF1KB9 FTARVLGGSDGLDSMKAMMEEKFMEANPLKKLYEPIVTTTKRKEEERGAAIIQKAFRKYM
       :: :::: :  .:... .:::.:: .:: :  :.::.:: :::.:: .:.:::.:.:...
CCDS54 FTKRVLGESGEMDALRIQMEERFMASNPSKVSYQPITTTLKRKQEEVSAVIIQRAYRRHL
           1850      1860      1870      1880      1890      1900  

     1750      1760      1770      1780      1790                  
pF1KB9 MKVTKGDQGDQNDLENGPHSPLQTLCNGDLSSFGVAKGKVHCD                 
       .: :                                                        
CCDS54 LKRTVKQASFTYNKNKIKGGANLLIKEDMIIDRINENSITEKTDLTMSTAACPPSYDRVT
           1910      1920      1930      1940      1950      1960  

>--
 initn: 357 init1: 289 opt: 369  Z-score: 386.5  bits: 84.9 E(32554): 3.3e-15
Smith-Waterman score: 369; 53.3% identity (79.4% similar) in 107 aa overlap (11-116:11-115)

               10        20        30        40         50         
pF1KB9 MDDRCYPVIFPDERNFRPFTSDSLAAIEKRIAIQKEKKKSKDQTGEVPQ-PRPQLDLKAS
                 ::  ::  :: .::::::.::: .: :. . :.  .  . :.:. ::.:.
CCDS54 MEQTVLVPPGPDSFNF--FTRESLAAIERRIAEEKAKNPKPDKKDDDENGPKPNSDLEAG
               10          20        30        40        50        

      60        70        80        90       100       110         
pF1KB9 RKLPKLYGDIPRELIGKPLEDLDPFYRNHKTFMVLNRKRTIYRFSAKHALFIFGPFNSIR
       ..:: .::::: :....:::::::.: :.:::.:::. ..:.::::  ::.:. :::   
CCDS54 KNLPFIYGDIPPEMVSEPLEDLDPYYINKKTFIVLNKGKAIFRFSATSALYILTPFNPLR
       60        70        80        90       100       110        

     120       130       140       150       160       170         
pF1KB9 SLAIRVSVHSLFSMFIIGTVIINCVFMATGPAKNSNSNNTDIAECVFTGIYIFEALIKIL
                                                                   
CCDS54 KIAIKILVHSLFSMLIMCTILTNCVFMTMSNPPDWTKNVEYTFTGIYTFESLIKIIARGF
      120       130       140       150       160       170        

>>CCDS33316.1 SCN1A gene_id:6323|Hs108|chr2               (1998 aa)
 initn: 5081 init1: 1006 opt: 2919  Z-score: 3123.4  bits: 591.3 E(32554): 1.2e-167
Smith-Waterman score: 4985; 47.3% identity (69.5% similar) in 1838 aa overlap (134-1752:133-1923)

           110       120       130       140       150       160   
pF1KB9 SAKHALFIFGPFNSIRSLAIRVSVHSLFSMFIIGTVIINCVFMATGPAKNSNSNNTDIAE
                                     .:. :.. :::::. .   . ..:    .:
CCDS33 SATSALYILTPFNPLRKIAIKILVHSLFSMLIMCTILTNCVFMTMSNPPDWTKN----VE
            110       120       130       140       150            

           170       180       190       200       210       220   
pF1KB9 CVFTGIYIFEALIKILARGFILDEFSFLRDPWNWLDSIVIGIAIVSYIPGITIKLLPLRT
        .::::: ::.::::.:::: :..:.::::::::::  :: .: :. .  .  ..  :::
CCDS33 YTFTGIYTFESLIKIIARGFCLEDFTFLRDPWNWLDFTVITFAYVTEFVDLG-NVSALRT
      160       170       180       190       200       210        

           230       240       250       260       270       280   
pF1KB9 FRVFRALKAISVVSRLKVIVGALLRSVKKLVNVIILTFFCLSIFALVGQQLFMGSLNLKC
       :::.::::.:::.  ::.:::::..::::: .:.::: ::::.:::.: :::::.:  ::
CCDS33 FRVLRALKTISVIPGLKTIVGALIQSVKKLSDVMILTVFCLSVFALIGLQLFMGNLRNKC
       220       230       240       250       260       270       

           290       300                  310                      
pF1KB9 ISRDCKNISNPEAYDHCFEKK-----------ENSPEFK---------------------
       :.    : :  :   : .::.           :.  ::                      
CCDS33 IQWPPTNASLEE---HSIEKNITVNYNGTLINETVFEFDWKSYIQDSRYHYFLEGFLDAL
       280          290       300       310       320       330    

             320       330       340       350       360       370 
pF1KB9 MCGIWMGNSACSIQYECKHTKINPDYNYTNFDNFGWSFLAMFRLMTQDSWEKLYQQTLRT
       .::     . :   : : ..  ::.:.::.::.:.:.::..::::::: ::.::: :::.
CCDS33 LCGNSSDAGQCPEGYMCVKAGRNPNYGYTSFDTFSWAFLSLFRLMTQDFWENLYQLTLRA
          340       350       360       370       380       390    

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pF1KB9 TGLYSVFFFIVVIFLGSFYLINLTLAVVTMAYEEQNKNVAAEIEAKEKMFQEAQQLLKEE
       .:   ..::..:::::::::::: ::::.:::::::. .  : : ::  ::.  . ::..
CCDS33 AGKTYMIFFVLVIFLGSFYLINLILAVVAMAYEEQNQATLEEAEQKEAEFQQMIEQLKKQ
          400       410       420       430       440       450    

                                                                   
pF1KB9 KEAL---------------VAMG-------------------------------------
       .::                 : :                                     
CCDS33 QEAAQQAATATASEHSREPSAAGRLSDSSSEASKLSSKSAKERRNRRKKRKQKEQSGGEE
          460       470       480       490       500       510    

                   440                             450          460
pF1KB9 --------------IDRS----------------------SLTSLETSYFTPKKRK---L
                     : :.                      :: :.. : :.:.. .   :
CCDS33 KDEDEFQKSESEDSIRRKGFRFSIEGNRLTYEKRYSSPHQSLLSIRGSLFSPRRNSRTSL
          520       530       540       550       560       570    

                                       470              480        
pF1KB9 F---------GNK----------------KRKSFFL-------RESGKDQPPGSD-----
       :         :..                .: :.:.       :.:. .:   :.     
CCDS33 FSFRGRAKDVGSENDFADDEHSTFEDNESRRDSLFVPRRHGERRNSNLSQTSRSSRMLAV
          580       590       600       610       620       630    

                               490                 500         510 
pF1KB9 --------SDEDCQ------------KKP--QLL--------EQTKRLSQNL--SLDHFD
               :  ::.             .:  :::        :. :: :...  :.: ..
CCDS33 FPANGKMHSTVDCNGVVSLVGGPSVPTSPVGQLLPEGTTTETEMRKRRSSSFHVSMDFLE
          640       650       660       670       680       690    

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pF1KB9 EHGDPLQRQRALSAVSILTITMKEQEKSQEPCLPCGENLASKYLVWNCCPQWLCVKKVLR
          :: :::::.: .:::: :..: :.:.. : ::  .... .:.:.: : :: ::.:. 
CCDS33 ---DPSQRQRAMSIASILTNTVEELEESRQKCPPCWYKFSNIFLIWDCSPYWLKVKHVVN
             700       710       720       730       740       750 

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pF1KB9 TVMTDPFTELAITICIIINTVFLAMEHHKMEASFEKMLNIGNLVFTSIFIAEMCLKIIAL
        :. :::..:::::::..::.:.::::. :   :...:..::::::.:: ::: :::::.
CCDS33 LVVMDPFVDLAITICIVLNTLFMAMEHYPMTDHFNNVLTVGNLVFTGIFTAEMFLKIIAM
             760       770       780       790       800       810 

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pF1KB9 DPYHYFRRGWNIFDSIVALLSFADVMNCVLQKRSWPFLRSFRVLRVFKLAKSWPTLNTLI
       :::.::..::::::.... ::....    ..  :   :::::.:::::::::::::: ::
CCDS33 DPYYYFQEGWNIFDGFIVTLSLVELGLANVEGLS--VLRSFRLLRVFKLAKSWPTLNMLI
             820       830       840         850       860         

             700       710       720       730       740        750
pF1KB9 KIIGNSVGALGSLTVVLVIVIFIFSVVGMQLFGRSFNSQKSPKLCNPTGPTVSC-LRHWH
       :::::::::::.::.::.:..:::.::::::::.:...     .:. ..   .: : .::
CCDS33 KIIGNSVGALGNLTLVLAIIVFIFAVVGMQLFGKSYKDC----VCKIAS---DCQLPRWH
     870       880       890       900           910          920  

              760       770       780       790       800       810
pF1KB9 MGDFWHSFLVVFRILCGEWIENMWECMQEANASSSLCVIVFILITVIGKLVVLNLFIALL
       :.::.::::.:::.:::::::.::.::. :  ....:. ::... :::.:::::::.:::
CCDS33 MNDFFHSFLIVFRVLCGEWIETMWDCMEVA--GQAMCLTVFMMVMVIGNLVVLNLFLALL
            930       940       950         960       970       980

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pF1KB9 LNSFSNEERNGNLEGEARKTKVQLALDRFRRAFCFVRHTLEHFCHK-WCRKQNLPQQKEV
       :.::: ..  .. . . . ...:.:.::....  .:.. . .: .. . :::.. .. . 
CCDS33 LSSFSADNLAAT-DDDNEMNNLQIAVDRMHKGVAYVKRKIYEFIQQSFIRKQKILDEIKP
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     870       880       890       900        910       920        
pF1KB9 AGGCAAQSKDIIPLVMEMKRGSETQEELGILTSVPKTL-GVRHDWTWLAPLAEEEDDVEF
             .. . .      .. .:  ..:  : .:  :  :.    .    . .: : . :
CCDS33 LDDLNNKKDSCMS-----NHTAEIGKDLDYLKDVNGTTSGIGTGSSVEKYIIDESDYMSF
    1040      1050           1060      1070      1080      1090    

      930       940       950       960       970       980        
pF1KB9 SGEDNAQRITQPEPEQQAYELHQENKKPTSQRVQSVEIDMFSEDEPHLTIQDPRKKSDVT
        . . .  .: :    .. .... : .           :. ::..    ... ..: . .
CCDS33 IN-NPSLTVTVPIAVGES-DFENLNTE-----------DFSSESD----LEESKEKLNES
          1100      1110                  1120          1130       

      990      1000      1010        1020      1030      1040      
pF1KB9 SILSECSTIDLQDGFGWLPEMVPKK--QPERCLPKGFGCCFPCCSVDKRKPPWVIWWNLR
       :  :: ::.:.       : . :..  .:: :. .:    : ::... ..     :::::
CCDS33 SSSSEGSTVDIGAPVEEQPVVEPEETLEPEACFTEGCVQRFKCCQINVEEGRGKQWWNLR
      1140      1150      1160      1170      1180      1190       

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pF1KB9 KTCYQIVKHSWFESFIIFVILLSSGALIFEDVHLENQPKIQELLNCTDIIFTHIFILEMV
       .::..::.:.:::.::.:.:::::::: :::......  :. .:. .: .::.::::::.
CCDS33 RTCFRIVEHNWFETFIVFMILLSSGALAFEDIYIDQRKTIKTMLEYADKVFTYIFILEML
      1200      1210      1220      1230      1240      1250       

       1110      1120      1130             1140      1150         
pF1KB9 LKWVAFGFGKYFTSAWCCLDFIIVIVSVTTLI-------NLMELKSFRTLRALRPLRALS
       :::::.:.  :::.::: :::.:: ::...:        .:  .::.:::::::::::::
CCDS33 LKWVAYGYQTYFTNAWCWLDFLIVDVSLVSLTANALGYSELGAIKSLRTLRALRPLRALS
      1260      1270      1280      1290      1300      1310       

    1160      1170      1180      1190      1200      1210         
pF1KB9 QFEGMKVVVNALIGAIPAILNVLLVCLIFWLVFCILGVYFFSGKFGKCINGTDS-VINYT
       .::::.::::::.::::.:.:::::::::::.: :.:: .:.::: .::: : .  ..  
CCDS33 RFEGMRVVVNALLGAIPSIMNVLLVCLIFWLIFSIMGVNLFAGKFYHCINTTTGDRFDIE
      1320      1330      1340      1350      1360      1370       

     1220          1230       1240      1250      1260      1270   
pF1KB9 IITNKSQC----ESGNFS-WINQKVNFDNVGNAYLALLQVATFKGWMDIIYAAVDSTEKE
        ..:...:    : .. . : : :::::::: .::.:::::::::::::.:::::: . :
CCDS33 DVNNHTDCLKLIERNETARWKNVKVNFDNVGFGYLSLLQVATFKGWMDIMYAAVDSRNVE
      1380      1390      1400      1410      1420      1430       

          1280      1290      1300      1310      1320      1330   
pF1KB9 QQPEFESNSLGYIYFVVFIIFGSFFTLNLFIGVIIDNFNQQQKKLGGQDIFMTEEQKKYY
        ::..: .   :.:::.::::::::::::::::::::::::.::.:::::::::::::::
CCDS33 LQPKYEESLYMYLYFVIFIIFGSFFTLNLFIGVIIDNFNQQKKKFGGQDIFMTEEQKKYY
      1440      1450      1460      1470      1480      1490       

          1340      1350      1360      1370      1380      1390   
pF1KB9 NAMKKLGSKKPQKPIPRPLNKCQGLVFDIVTSQIFDIIIISLIILNMISMMAESYNQPKA
       :::::::::::::::::: :: ::.:::.:: :.::: :. :: :::..::.:. .: . 
CCDS33 NAMKKLGSKKPQKPIPRPGNKFQGMVFDFVTRQVFDISIMILICLNMVTMMVETDDQSEY
      1500      1510      1520      1530      1540      1550       

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pF1KB9 MKSILDHLNWVFVVIFTLECLIKIFALRQYYFTNGWNLFDCVVVLLSIVSTMISTLENQE
       . .::...: ::.:.:: ::..:...::.:::: :::.:: :::.::::. ... : .. 
CCDS33 VTTILSRINLVFIVLFTGECVLKLISLRHYYFTIGWNIFDFVVVILSIVGMFLAELIEKY
      1560      1570      1580      1590      1600      1610       

          1460      1470      1480      1490      1500      1510   
pF1KB9 HIPFPPTLFRIVRLARIGRILRLVRAARGIRTLLFALMMSLPSLFNIGLLLFLIMFIYAI
        .   :::::..:::::::::::...:.::::::::::::::.::::::::::.::::::
CCDS33 FV--SPTLFRVIRLARIGRILRLIKGAKGIRTLLFALMMSLPALFNIGLLLFLVMFIYAI
        1620      1630      1640      1650      1660      1670     

          1520      1530      1540      1550      1560       1570  
pF1KB9 LGMNWFSKVNPESGIDDIFNFKTFASSMLCLFQISTSAGWDSLLSPMLRSKE-SCNSSSE
       .::. :. :. : ::::.:::.::..::.:::::.::::::.::.:.: ::  .:. .. 
CCDS33 FGMSNFAYVKREVGIDDMFNFETFGNSMICLFQITTSAGWDGLLAPILNSKPPDCDPNKV
        1680      1690      1700      1710      1720      1730     

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pF1KB9 N--------CHLPGIATSYFVSYIIISFLIVVNMYIAVILENFNTATEESEDPLGEDDFD
       :        :  :...  .::::::::::.:::::::::::::..::::: .::.::::.
CCDS33 NPGSSVKGDCGNPSVGIFFFVSYIIISFLVVVNMYIAVILENFSVATEESAEPLSEDDFE
        1740      1750      1760      1770      1780      1790     

         1630      1640      1650      1660      1670      1680    
pF1KB9 IFYEVWEKFDPEATQFIKYSALSDFADALPEPLRVAKPNKYQFLVMDLPMVSEDRLHCMD
       .::::::::::.::::...  ::.:: ::  :: . .::: :...::::::: ::.::.:
CCDS33 MFYEVWEKFDPDATQFMEFEKLSQFAAALEPPLNLPQPNKLQLIAMDLPMVSGDRIHCLD
        1800      1810      1820      1830      1840      1850     

         1690      1700      1710      1720      1730      1740    
pF1KB9 ILFAFTARVLGGSDGLDSMKAMMEEKFMEANPLKKLYEPIVTTTKRKEEERGAAIIQKAF
       :::::: :::: :  .:... .:::.:: .:: :  :.::.:: :::.:: .:.:::.:.
CCDS33 ILFAFTKRVLGESGEMDALRIQMEERFMASNPSKVSYQPITTTLKRKQEEVSAVIIQRAY
        1860      1870      1880      1890      1900      1910     

         1750      1760      1770      1780      1790              
pF1KB9 RKYMMKVTKGDQGDQNDLENGPHSPLQTLCNGDLSSFGVAKGKVHCD             
       :....: :                                                    
CCDS33 RRHLLKRTVKQASFTYNKNKIKGGANLLIKEDMIIDRINENSITEKTDLTMSTAACPPSY
        1920      1930      1940      1950      1960      1970     

>--
 initn: 426 init1: 358 opt: 438  Z-score: 460.5  bits: 98.6 E(32554): 2.5e-19
Smith-Waterman score: 438; 54.0% identity (80.6% similar) in 124 aa overlap (11-133:11-132)

               10        20        30        40         50         
pF1KB9 MDDRCYPVIFPDERNFRPFTSDSLAAIEKRIAIQKEKKKSKDQTGEVPQ-PRPQLDLKAS
                 ::  ::  :: .::::::.::: .: :. . :.  .  . :.:. ::.:.
CCDS33 MEQTVLVPPGPDSFNF--FTRESLAAIERRIAEEKAKNPKPDKKDDDENGPKPNSDLEAG
               10          20        30        40        50        

      60        70        80        90       100       110         
pF1KB9 RKLPKLYGDIPRELIGKPLEDLDPFYRNHKTFMVLNRKRTIYRFSAKHALFIFGPFNSIR
       ..:: .::::: :....:::::::.: :.:::.:::. ..:.::::  ::.:. ::: .:
CCDS33 KNLPFIYGDIPPEMVSEPLEDLDPYYINKKTFIVLNKGKAIFRFSATSALYILTPFNPLR
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     120       130       140       150       160       170         
pF1KB9 SLAIRVSVHSLFSMFIIGTVIINCVFMATGPAKNSNSNNTDIAECVFTGIYIFEALIKIL
       ..::.. :::::::                                              
CCDS33 KIAIKILVHSLFSMLIMCTILTNCVFMTMSNPPDWTKNVEYTFTGIYTFESLIKIIARGF
      120       130       140       150       160       170        

>>CCDS54413.1 SCN1A gene_id:6323|Hs108|chr2               (2009 aa)
 initn: 5081 init1: 1006 opt: 2919  Z-score: 3123.4  bits: 591.3 E(32554): 1.2e-167
Smith-Waterman score: 4931; 47.4% identity (69.4% similar) in 1821 aa overlap (159-1752:154-1934)

      130       140       150       160       170       180        
pF1KB9 SLFSMFIIGTVIINCVFMATGPAKNSNSNNTDIAECVFTGIYIFEALIKILARGFILDEF
                                     :  .: .::::: ::.::::.:::: :..:
CCDS54 ILVHSLFSMLIMCTILTNCVFMTMSNPPDWTKNVEYTFTGIYTFESLIKIIARGFCLEDF
           130       140       150       160       170       180   

      190       200       210       220       230       240        
pF1KB9 SFLRDPWNWLDSIVIGIAIVSYIPGITIKLLPLRTFRVFRALKAISVVSRLKVIVGALLR
       .::::::::::  :: .: :. .  .  ..  ::::::.::::.:::.  ::.:::::..
CCDS54 TFLRDPWNWLDFTVITFAYVTEFVDLG-NVSALRTFRVLRALKTISVIPGLKTIVGALIQ
           190       200       210        220       230       240  

      250       260       270       280       290       300        
pF1KB9 SVKKLVNVIILTFFCLSIFALVGQQLFMGSLNLKCISRDCKNISNPEAYDHCFEKK----
       ::::: .:.::: ::::.:::.: :::::.:  :::.    : :  :   : .::.    
CCDS54 SVKKLSDVMILTVFCLSVFALIGLQLFMGNLRNKCIQWPPTNASLEE---HSIEKNITVN
            250       260       270       280          290         

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pF1KB9 -------ENSPEFK---------------------MCGIWMGNSACSIQYECKHTKINPD
              :.  ::                      .::     . :   : : ..  ::.
CCDS54 YNGTLINETVFEFDWKSYIQDSRYHYFLEGFLDALLCGNSSDAGQCPEGYMCVKAGRNPN
     300       310       320       330       340       350         

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pF1KB9 YNYTNFDNFGWSFLAMFRLMTQDSWEKLYQQTLRTTGLYSVFFFIVVIFLGSFYLINLTL
       :.::.::.:.:.::..::::::: ::.::: :::..:   ..::..:::::::::::: :
CCDS54 YGYTSFDTFSWAFLSLFRLMTQDFWENLYQLTLRAAGKTYMIFFVLVIFLGSFYLINLIL
     360       370       380       390       400       410         

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pF1KB9 AVVTMAYEEQNKNVAAEIEAKEKMFQEAQQLLKEEKEAL----VAMGIDRS---------
       :::.:::::::. .  : : ::  ::.  . ::...::     .: . ..:         
CCDS54 AVVAMAYEEQNQATLEEAEQKEAEFQQMIEQLKKQQEAAQQAATATASEHSREPSAAGRL
     420       430       440       450       460       470         

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pF1KB9 SLTSLETSYFTPK-------------------------------------KRKLF-----
       : .: :.: .. :                                     .:: :     
CCDS54 SDSSSEASKLSSKSAKERRNRRKKRKQKEQSGGEEKDEDEFQKSESEDSIRRKGFRFSIE
     480       490       500       510       520       530         

                       470                       480               
pF1KB9 GNK----KRKS------FFLRES----------------GKDQPPGSDSD---------E
       ::.    :: :      . .: :                :. .  ::..:         :
CCDS54 GNRLTYEKRYSSPHQSLLSIRGSLFSPRRNSRTSLFSFRGRAKDVGSENDFADDEHSTFE
     540       550       560       570       580       590         

        490                     500                                
pF1KB9 DCQKK------PQL--------LEQTKRLSQNLS--------------------------
       : ...      :.         : ::.: :. :.                          
CCDS54 DNESRRDSLFVPRRHGERRNSNLSQTSRSSRMLAVFPANGKMHSTVDCNGVVSLVGGPSV
     600       610       620       630       640       650         

                       510                              520        
pF1KB9 -------------LDH--FDEHG-----------------------DPLQRQRALSAVSI
                    .:.   :..:                       :: :::::.: .::
CCDS54 PTSPVGQLLPEVIIDKPATDDNGTTTETEMRKRRSSSFHVSMDFLEDPSQRQRAMSIASI
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pF1KB9 LTITMKEQEKSQEPCLPCGENLASKYLVWNCCPQWLCVKKVLRTVMTDPFTELAITICII
       :: :..: :.:.. : ::  .... .:.:.: : :: ::.:.  :. :::..:::::::.
CCDS54 LTNTVEELEESRQKCPPCWYKFSNIFLIWDCSPYWLKVKHVVNLVVMDPFVDLAITICIV
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      590       600       610       620       630       640        
pF1KB9 INTVFLAMEHHKMEASFEKMLNIGNLVFTSIFIAEMCLKIIALDPYHYFRRGWNIFDSIV
       .::.:.::::. :   :...:..::::::.:: ::: :::::.:::.::..::::::...
CCDS54 LNTLFMAMEHYPMTDHFNNVLTVGNLVFTGIFTAEMFLKIIAMDPYYYFQEGWNIFDGFI
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pF1KB9 ALLSFADVMNCVLQKRSWPFLRSFRVLRVFKLAKSWPTLNTLIKIIGNSVGALGSLTVVL
       . ::....    ..  :   :::::.:::::::::::::: :::::::::::::.::.::
CCDS54 VTLSLVELGLANVEGLS--VLRSFRLLRVFKLAKSWPTLNMLIKIIGNSVGALGNLTLVL
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pF1KB9 VIVIFIFSVVGMQLFGRSFNSQKSPKLCNPTGPTVSC-LRHWHMGDFWHSFLVVFRILCG
       .:..:::.::::::::.:...     .:. ..   .: : .:::.::.::::.:::.:::
CCDS54 AIIVFIFAVVGMQLFGKSYKDC----VCKIAS---DCQLPRWHMNDFFHSFLIVFRVLCG
       900       910           920          930       940       950

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pF1KB9 EWIENMWECMQEANASSSLCVIVFILITVIGKLVVLNLFIALLLNSFSNEERNGNLEGEA
       ::::.::.::. :.  ...:. ::... :::.:::::::.::::.::: ..  .. . . 
CCDS54 EWIETMWDCMEVAG--QAMCLTVFMMVMVIGNLVVLNLFLALLLSSFSADNLAAT-DDDN
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pF1KB9 RKTKVQLALDRFRRAFCFVRHTLEHFCHK-WCRKQNLPQQKEVAGGCAAQSKDIIPLVME
       . ...:.:.::....  .:.. . .: .. . :::.. .. .       .. . .     
CCDS54 EMNNLQIAVDRMHKGVAYVKRKIYEFIQQSFIRKQKILDEIKPLDDLNNKKDSCMS----
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pF1KB9 MKRGSETQEELGILTSVPKTL-GVRHDWTWLAPLAEEEDDVEFSGEDNAQRITQPEPEQQ
        .. .:  ..:  : .:  :  :.    .    . .: : . : . . .  .: :    .
CCDS54 -NHTAEIGKDLDYLKDVNGTTSGIGTGSSVEKYIIDESDYMSFIN-NPSLTVTVPIAVGE
           1070      1080      1090      1100       1110      1120 

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pF1KB9 AYELHQENKKPTSQRVQSVEIDMFSEDEPHLTIQDPRKKSDVTSILSECSTIDLQDGFGW
       . .... : .           :. ::..    ... ..: . .:  :: ::.:.      
CCDS54 S-DFENLNTE-----------DFSSESD----LEESKEKLNESSSSSEGSTVDIGAPVEE
             1130                     1140      1150      1160     

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pF1KB9 LPEMVPKK--QPERCLPKGFGCCFPCCSVDKRKPPWVIWWNLRKTCYQIVKHSWFESFII
        : . :..  .:: :. .:    : ::... ..     :::::.::..::.:.:::.::.
CCDS54 QPVVEPEETLEPEACFTEGCVQRFKCCQINVEEGRGKQWWNLRRTCFRIVEHNWFETFIV
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pF1KB9 FVILLSSGALIFEDVHLENQPKIQELLNCTDIIFTHIFILEMVLKWVAFGFGKYFTSAWC
       :.:::::::: :::......  :. .:. .: .::.::::::.:::::.:.  :::.:::
CCDS54 FMILLSSGALAFEDIYIDQRKTIKTMLEYADKVFTYIFILEMLLKWVAYGYQTYFTNAWC
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pF1KB9 CLDFIIVIVSVTTLI-------NLMELKSFRTLRALRPLRALSQFEGMKVVVNALIGAIP
        :::.:: ::...:        .:  .::.:::::::::::::.::::.::::::.::::
CCDS54 WLDFLIVDVSLVSLTANALGYSELGAIKSLRTLRALRPLRALSRFEGMRVVVNALLGAIP
        1290      1300      1310      1320      1330      1340     

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pF1KB9 AILNVLLVCLIFWLVFCILGVYFFSGKFGKCINGTDS-VINYTIITNKSQC----ESGNF
       .:.:::::::::::.: :.:: .:.::: .::: : .  ..   ..:...:    : .. 
CCDS54 SIMNVLLVCLIFWLIFSIMGVNLFAGKFYHCINTTTGDRFDIEDVNNHTDCLKLIERNET
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pF1KB9 S-WINQKVNFDNVGNAYLALLQVATFKGWMDIIYAAVDSTEKEQQPEFESNSLGYIYFVV
       . : : :::::::: .::.:::::::::::::.:::::: . : ::..: .   :.:::.
CCDS54 ARWKNVKVNFDNVGFGYLSLLQVATFKGWMDIMYAAVDSRNVELQPKYEESLYMYLYFVI
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pF1KB9 FIIFGSFFTLNLFIGVIIDNFNQQQKKLGGQDIFMTEEQKKYYNAMKKLGSKKPQKPIPR
       ::::::::::::::::::::::::.::.::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 FIIFGSFFTLNLFIGVIIDNFNQQKKKFGGQDIFMTEEQKKYYNAMKKLGSKKPQKPIPR
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pF1KB9 PLNKCQGLVFDIVTSQIFDIIIISLIILNMISMMAESYNQPKAMKSILDHLNWVFVVIFT
       : :: ::.:::.:: :.::: :. :: :::..::.:. .: . . .::...: ::.:.::
CCDS54 PGNKFQGMVFDFVTRQVFDISIMILICLNMVTMMVETDDQSEYVTTILSRINLVFIVLFT
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pF1KB9 LECLIKIFALRQYYFTNGWNLFDCVVVLLSIVSTMISTLENQEHIPFPPTLFRIVRLARI
        ::..:...::.:::: :::.:: :::.::::. ... : ..  .   :::::..:::::
CCDS54 GECVLKLISLRHYYFTIGWNIFDFVVVILSIVGMFLAELIEKYFVS--PTLFRVIRLARI
        1590      1600      1610      1620      1630        1640   

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pF1KB9 GRILRLVRAARGIRTLLFALMMSLPSLFNIGLLLFLIMFIYAILGMNWFSKVNPESGIDD
       ::::::...:.::::::::::::::.::::::::::.::::::.::. :. :. : ::::
CCDS54 GRILRLIKGAKGIRTLLFALMMSLPALFNIGLLLFLVMFIYAIFGMSNFAYVKREVGIDD
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pF1KB9 IFNFKTFASSMLCLFQISTSAGWDSLLSPMLRSKE-SCNSSSEN--------CHLPGIAT
       .:::.::..::.:::::.::::::.::.:.: ::  .:. .. :        :  :... 
CCDS54 MFNFETFGNSMICLFQITTSAGWDGLLAPILNSKPPDCDPNKVNPGSSVKGDCGNPSVGI
          1710      1720      1730      1740      1750      1760   

            1590      1600      1610      1620      1630      1640 
pF1KB9 SYFVSYIIISFLIVVNMYIAVILENFNTATEESEDPLGEDDFDIFYEVWEKFDPEATQFI
        .::::::::::.:::::::::::::..::::: .::.::::..::::::::::.::::.
CCDS54 FFFVSYIIISFLVVVNMYIAVILENFSVATEESAEPLSEDDFEMFYEVWEKFDPDATQFM
          1770      1780      1790      1800      1810      1820   

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pF1KB9 KYSALSDFADALPEPLRVAKPNKYQFLVMDLPMVSEDRLHCMDILFAFTARVLGGSDGLD
       ..  ::.:: ::  :: . .::: :...::::::: ::.::.::::::: :::: :  .:
CCDS54 EFEKLSQFAAALEPPLNLPQPNKLQLIAMDLPMVSGDRIHCLDILFAFTKRVLGESGEMD
          1830      1840      1850      1860      1870      1880   

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pF1KB9 SMKAMMEEKFMEANPLKKLYEPIVTTTKRKEEERGAAIIQKAFRKYMMKVTKGDQGDQND
       ... .:::.:: .:: :  :.::.:: :::.:: .:.:::.:.:....: :         
CCDS54 ALRIQMEERFMASNPSKVSYQPITTTLKRKQEEVSAVIIQRAYRRHLLKRTVKQASFTYN
          1890      1900      1910      1920      1930      1940   

            1770      1780      1790                               
pF1KB9 LENGPHSPLQTLCNGDLSSFGVAKGKVHCD                              
                                                                   
CCDS54 KNKIKGGANLLIKEDMIIDRINENSITEKTDLTMSTAACPPSYDRVTKPIVEKHEQEGKD
          1950      1960      1970      1980      1990      2000   

>--
 initn: 481 init1: 413 opt: 493  Z-score: 519.5  bits: 109.5 E(32554): 1.3e-22
Smith-Waterman score: 493; 54.0% identity (81.0% similar) in 137 aa overlap (11-146:11-145)

               10        20        30        40         50         
pF1KB9 MDDRCYPVIFPDERNFRPFTSDSLAAIEKRIAIQKEKKKSKDQTGEVPQ-PRPQLDLKAS
                 ::  ::  :: .::::::.::: .: :. . :.  .  . :.:. ::.:.
CCDS54 MEQTVLVPPGPDSFNF--FTRESLAAIERRIAEEKAKNPKPDKKDDDENGPKPNSDLEAG
               10          20        30        40        50        

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pF1KB9 RKLPKLYGDIPRELIGKPLEDLDPFYRNHKTFMVLNRKRTIYRFSAKHALFIFGPFNSIR
       ..:: .::::: :....:::::::.: :.:::.:::. ..:.::::  ::.:. ::: .:
CCDS54 KNLPFIYGDIPPEMVSEPLEDLDPYYINKKTFIVLNKGKAIFRFSATSALYILTPFNPLR
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pF1KB9 SLAIRVSVHSLFSMFIIGTVIINCVFMATGPAKNSNSNNTDIAECVFTGIYIFEALIKIL
       ..::.. :::::::.:. :.. :::::                                 
CCDS54 KIAIKILVHSLFSMLIMCTILTNCVFMTMSNPPDWTKNVEYTFTGIYTFESLIKIIARGF
      120       130       140       150       160       170        

>>CCDS54569.1 SCN5A gene_id:6331|Hs108|chr3               (1962 aa)
 initn: 5072 init1: 1032 opt: 2838  Z-score: 3036.6  bits: 575.2 E(32554): 8.1e-163
Smith-Waterman score: 5704; 51.9% identity (72.3% similar) in 1854 aa overlap (75-1750:77-1864)

           50        60        70        80        90       100    
pF1KB9 GEVPQPRPQLDLKASRKLPKLYGDIPRELIGKPLEDLDPFYRNHKTFMVLNRKRTIYRFS
                                     :.::::::::: ..:::.:::. .::.:::
CCDS54 PEEEAPRPQLDLQASKKLPDLYGNPPQELIGEPLEDLDPFYSTQKTFIVLNKGKTIFRFS
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pF1KB9 AKHALFIFGPFNSIRSLAIRVSVHSLFSMFIIGTVIINCVFMATGPAKNSNSNNTDIAEC
       : .::....::. ::  :... :::::.:.:. :.. ::::::    ...    :  .: 
CCDS54 ATNALYVLSPFHPIRRAAVKILVHSLFNMLIMCTILTNCVFMA----QHDPPPWTKYVEY
        110       120       130       140           150       160  

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pF1KB9 VFTGIYIFEALIKILARGFILDEFSFLRDPWNWLDSIVIGIAIVSYIPGITI-KLLPLRT
       .::.:: ::.:.::::::: :  :.::::::::::  :: .: ::   .: . .:  :::
CCDS54 TFTAIYTFESLVKILARGFCLHAFTFLRDPWNWLDFSVIIMAYVS--ENIKLGNLSALRT
            170       180       190       200         210       220

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pF1KB9 FRVFRALKAISVVSRLKVIVGALLRSVKKLVNVIILTFFCLSIFALVGQQLFMGSLNLKC
       :::.::::.:::.  ::.:::::..:::::..:..:: ::::.:::.: :::::.:  ::
CCDS54 FRVLRALKTISVIPGLKTIVGALIQSVKKLADVMVLTVFCLSVFALIGLQLFMGNLRHKC
              230       240       250       260       270       280

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pF1KB9 ISRDCKNISNP-----------EAYDHCFEKKEN------SPEFKMCGIWMGNSACSIQY
       . :.   ...            :. :  .   ::      . .  .::     ..:   :
CCDS54 V-RNFTALNGTNGSVEADGLVWESLDLYLSDPENYLLKNGTSDVLLCGNSSDAGTCPEGY
               290       300       310       320       330         

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pF1KB9 ECKHTKINPDYNYTNFDNFGWSFLAMFRLMTQDSWEKLYQQTLRTTGLYSVFFFIVVIFL
       .: ..  :::..::.::.:.:.:::.::::::: ::.:::::::..:   ..::..::::
CCDS54 RCLKAGENPDHGYTSFDSFAWAFLALFRLMTQDCWERLYQQTLRSAGKIYMIFFMLVIFL
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pF1KB9 GSFYLINLTLAVVTMAYEEQNKNVAAEIEAKEKMFQEAQQLLKEEKEALVAMGIDRSSLT
       :::::.:: ::::.:::::::. . :: : ::: ::::...::.:.:::.  :.:  : .
CCDS54 GSFYLVNLILAVVAMAYEEQNQATIAETEEKEKRFQEAMEMLKKEHEALTIRGVDTVSRS
     400       410       420       430       440       450         

        450               460                                      
pF1KB9 SLETSYFTP--------KKRKLFGN-----------------------------------
       ::: : ..:        :.:: ...                                   
CCDS54 SLEMSPLAPVNSHERRSKRRKRMSSGTEECGEDRLPKSDSEDGPRAMNHLSLTRGLSRTS
     460       470       480       490       500       510         

               470                                             480 
pF1KB9 ----KKRKSFFL-------------------------------------RESGKDQP-PG
           ..: :.:                                      : :.. :: ::
CCDS54 MKPRSSRGSIFTFRRRDLGSEADFADDENSTAGESESHHTSLLVPWPLRRTSAQGQPSPG
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pF1KB9 S-----------DSDEDCQK--------------------KPQLLEQTKRL---------
       .           .:  ::.                     .: .::.             
CCDS54 TSAPGHALHGKKNSTVDCNGVVSLLGAGDPEATSPGSHLLRPVMLEHPPDTTTPSEEPGG
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pF1KB9 -----SQNLSLDHFDEHGDPLQRQRALSAVSILTITMKEQEKSQEPCLPCGENLASKYLV
            ::   .: :.:   :  :::::::::.:: ...: :.:.. : :: . ::..::.
CCDS54 PQMLTSQAPCVDGFEE---PGARQRALSAVSVLTSALEELEESRHKCPPCWNRLAQRYLI
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       :.::: :. .:. .. :. ::::.:.::.::..::.:.:.::..: . ::.::..:::::
CCDS54 WECCPLWMSIKQGVKLVVMDPFTDLTITMCIVLNTLFMALEHYNMTSEFEEMLQVGNLVF
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       :.:: ::: .::::::::.::..::::::::...::. ..    ... :   :::::.::
CCDS54 TGIFTAEMTFKIIALDPYYYFQQGWNIFDSIIVILSLMELGLSRMSNLS--VLRSFRLLR
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       ::::::::::::::::::::::::::.::.::.:..:::.::::::::....  ..    
CCDS54 VFKLAKSWPTLNTLIKIIGNSVGALGNLTLVLAIIVFIFAVVGMQLFGKNYSELRD----
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       . .:     : .::: ::.:.::..::::::::::.::.::. ..  .:::..::.:. :
CCDS54 SDSG----LLPRWHMMDFFHAFLIIFRILCGEWIETMWDCMEVSG--QSLCLLVFLLVMV
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pF1KB9 IGKLVVLNLFIALLLNSFSNEERNGNLEGEARK-TKVQLALDRFRRAFCFVRHTLEHFCH
       ::.:::::::.::::.::: .  : .   : :. ...:::: :..:.. ::..:   :: 
CCDS54 IGNLVVLNLFLALLLSSFSAD--NLTAPDEDREMNNLQLALARIQRGLRFVKRTTWDFCC
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          :..  ::.    .. :::..  .:  .    .    :      .:: :   :..  .
CCDS54 GLLRQR--PQKP---AALAAQGQ--LPSCIATPYSPPPPET----EKVPPT---RKETRF
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pF1KB9 LAPLAEEEDDVEFSGEDNAQRITQPEPEQQAYELHQENKKPTSQRVQSVEIDMFSEDEPH
             ::      ::. .:  :  .::     .    .. :... .. : .. .:.:  
CCDS54 ------EE------GEQPGQG-TPGDPEPVCVPI-AVAESDTDDQEEDEENSLGTEEES-
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        . : :. .       :: :: :. .  . : :..:      :.:: :. .:  :   : 
CCDS54 -SKQTPEDSC------SEGSTADMTNT-AELLEQIPDLGQDVKDPEDCFTEG--CVRRC-
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pF1KB9 PCCSVDKRKPPWVIWWNLRKTCYQIVKHSWFESFIIFVILLSSGALIFEDVHLENQPKIQ
       :::.::  . :  .:: ::::::.::.:::::.::::.:::::::: :::..::..  :.
CCDS54 PCCAVDTTQAPGKVWWRLRKTCYHIVEHSWFETFIIFMILLSSGALAFEDIYLEERKTIK
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        ::. .: .::..:.:::.:::::.:: ::::.::: :::.:: ::...:.       ..
CCDS54 VLLEYADKMFTYVFVLEMLLKWVAYGFKKYFTNAWCWLDFLIVDVSLVSLVANTLGFAEM
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pF1KB9 MELKSFRTLRALRPLRALSQFEGMKVVVNALIGAIPAILNVLLVCLIFWLVFCILGVYFF
         .::.:::::::::::::.::::.::::::.::::.:.:::::::::::.: :.:: .:
CCDS54 GPIKSLRTLRALRPLRALSRFEGMRVVVNALVGAIPSIMNVLLVCLIFWLIFSIMGVNLF
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pF1KB9 SGKFGKCINGT--DSVINYTIITNKSQCES----GNFSWINQKVNFDNVGNAYLALLQVA
       .::::.::: :  :  .::::..:::::::    :.. : . :::::::: .::::::::
CCDS54 AGKFGRCINQTEGDLPLNYTIVNNKSQCESLNLTGELYWTKVKVNFDNVGAGYLALLQVA
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       ::::::::.::::::   :.::..: :   :::::.::::::::::::::::::::::::
CCDS54 TFKGWMDIMYAAVDSRGYEEQPQWEYNLYMYIYFVIFIIFGSFFTLNLFIGVIIDNFNQQ
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       .::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::..:::::.: ::. :. 
CCDS54 KKKLGGQDIFMTEEQKKYYNAMKKLGSKKPQKPIPRPLNKYQGFIFDIVTKQAFDVTIMF
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       :: :::..::.:. .:     .:: ..: .::.::: ::..:. :::.:::::.::.:: 
CCDS54 LICLNMVTMMVETDDQSPEKINILAKINLLFVAIFTGECIVKLAALRHYYFTNSWNIFDF
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       :::.::::.:..: .  :... : :::::..:::::::::::.:.:.:::::::::::::
CCDS54 VVVILSIVGTVLSDI-IQKYF-FSPTLFRVIRLARIGRILRLIRGAKGIRTLLFALMMSL
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       :.::::::::::.::::.:.::  :. :. :.::::.:::.:::.::::::::.::::::
CCDS54 PALFNIGLLLFLVMFIYSIFGMANFAYVKWEAGIDDMFNFQTFANSMLCLFQITTSAGWD
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pF1KB9 SLLSPMLRSKES-C-------NSSSENCHLPGIATSYFVSYIIISFLIVVNMYIAVILEN
       .::::.: .    :       :.:  .:  :...  .:..:::::::::::::::.::::
CCDS54 GLLSPILNTGPPYCDPTLPNSNGSRGDCGSPAVGILFFTTYIIISFLIVVNMYIAIILEN
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       :..::::: .::.:::::.:::.::::::::::::.::.:::::::: ::::.::::. .
CCDS54 FSVATEESTEPLSEDDFDMFYEIWEKFDPEATQFIEYSVLSDFADALSEPLRIAKPNQIS
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       .. ::::::: ::.:::::::::: :::: :  .:..: .:::::: ::: :  ::::.:
CCDS54 LINMDLPMVSGDRIHCMDILFAFTKRVLGESGEMDALKIQMEEKFMAANPSKISYEPITT
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       : .::.:: .: .::.:::.....                                    
CCDS54 TLRRKHEEVSAMVIQRAFRRHLLQRSLKHASFLFRQQAGSGLSEEDAPEREGLIAYVMSE
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>>CCDS46797.1 SCN5A gene_id:6331|Hs108|chr3               (2015 aa)
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CCDS46 WTKYVEYTFTAIYTFESLVKILARGFCLHAFTFLRDPWNWLDFSVIIMAYTTEFVDLG-N
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       .  ::::::.::::.:::.: ::.:::::..:::::..:..:: ::::.:::.: :::::
CCDS46 VSALRTFRVLRALKTISVISGLKTIVGALIQSVKKLADVMVLTVFCLSVFALIGLQLFMG
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       .:  ::. :.   ...            :. :  .   ::      . .  .::     .
CCDS46 NLRHKCV-RNFTALNGTNGSVEADGLVWESLDLYLSDPENYLLKNGTSDVLLCGNSSDAG
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CCDS46 TCPEGYRCLKAGENPDHGYTSFDSFAWAFLALFRLMTQDCWERLYQQTLRSAGKIYMIFF
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       ..:::::::::.:: ::::.:::::::. . :: : ::: ::::...::.:.:::.  :.
CCDS46 MLVIFLGSFYLVNLILAVVAMAYEEQNQATIAETEEKEKRFQEAMEMLKKEHEALTIRGV
           400       410       420       430       440       450   

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pF1KB9 DRSSLTSLETSYFTP--------KKRKLFGN-----------------------------
       :  : .::: : ..:        :.:: ...                             
CCDS46 DTVSRSSLEMSPLAPVNSHERRSKRRKRMSSGTEECGEDRLPKSDSEDGPRAMNHLSLTR
           460       470       480       490       500       510   

                     470                                           
pF1KB9 ----------KKRKSFFL-------------------------------------RESGK
                 ..: :.:                                      : :..
CCDS46 GLSRTSMKPRSSRGSIFTFRRRDLGSEADFADDENSTAGESESHHTSLLVPWPLRRTSAQ
           520       530       540       550       560       570   

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pF1KB9 DQP-PGS-----------DSDEDCQK--------------------KPQLLEQTKRL---
        :: ::.           .:  ::.                     .: .::.       
CCDS46 GQPSPGTSAPGHALHGKKNSTVDCNGVVSLLGAGDPEATSPGSHLLRPVMLEHPPDTTTP
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pF1KB9 -----------SQNLSLDHFDEHGDPLQRQRALSAVSILTITMKEQEKSQEPCLPCGENL
                  ::   .: :.:   :  :::::::::.:: ...: :.:.. : :: . :
CCDS46 SEEPGGPQMLTSQAPCVDGFEE---PGARQRALSAVSVLTSALEELEESRHKCPPCWNRL
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pF1KB9 ASKYLVWNCCPQWLCVKKVLRTVMTDPFTELAITICIIINTVFLAMEHHKMEASFEKMLN
       :..::.:.::: :. .:. .. :. ::::.:.::.::..::.:.:.::..: . ::.::.
CCDS46 AQRYLIWECCPLWMSIKQGVKLVVMDPFTDLTITMCIVLNTLFMALEHYNMTSEFEEMLQ
              700       710       720       730       740       750

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pF1KB9 IGNLVFTSIFIAEMCLKIIALDPYHYFRRGWNIFDSIVALLSFADVMNCVLQKRSWPFLR
       .::::::.:: ::: .::::::::.::..::::::::...::. ..    ... :   ::
CCDS46 VGNLVFTGIFTAEMTFKIIALDPYYYFQQGWNIFDSIIVILSLMELGLSRMSNLS--VLR
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pF1KB9 SFRVLRVFKLAKSWPTLNTLIKIIGNSVGALGSLTVVLVIVIFIFSVVGMQLFGRSFNSQ
       :::.::::::::::::::::::::::::::::.::.::.:..:::.::::::::....  
CCDS46 SFRLLRVFKLAKSWPTLNTLIKIIGNSVGALGNLTLVLAIIVFIFAVVGMQLFGKNYSEL
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pF1KB9 KSPKLCNPTGPTVSCLRHWHMGDFWHSFLVVFRILCGEWIENMWECMQEANASSSLCVIV
       ..    . .:     : .::: ::.:.::..::::::::::.::.::. .  ..:::..:
CCDS46 RD----SDSG----LLPRWHMMDFFHAFLIIFRILCGEWIETMWDCMEVS--GQSLCLLV
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pF1KB9 FILITVIGKLVVLNLFIALLLNSFSNEERNGNLEGEARK-TKVQLALDRFRRAFCFVRHT
       :.:. :::.:::::::.::::.::: .  : .   : :. ...:::: :..:.. ::..:
CCDS46 FLLVMVIGNLVVLNLFLALLLSSFSAD--NLTAPDEDREMNNLQLALARIQRGLRFVKRT
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pF1KB9 LEHFCHKWCRKQNLPQQKEVAGG----CAAQSKDIIPLVMEMKRGSETQEELGILTSVPK
          ::    :..       .: :    : :   .  :   : ..   :..:  .  .   
CCDS46 TWDFCCGLLRQRPQKPAALAAQGQLPSCIATPYSPPP--PETEKVPPTRKETRFEEGEQP
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pF1KB9 TLGVRHDWTWL-APLAEEEDDVEFSGEDNAQRITQPEP--EQQAYELHQENKKPTSQRVQ
         :.  :   . .:.:  :.:.. . ::. . .   :   .:..  .    . : ..:. 
CCDS46 GQGTPGDPEPVCVPIAVAESDTDDQEEDEENSLGTEEESSKQESQPVSGGPEAPPDSRTW
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pF1KB9 S-VEIDMFSEDEPHLTIQDPRKKSDVTSILSEC-----------STIDLQDGFGWLPEMV
       : :     :: :   .  : :..  .      :           :: :. .  . : :..
CCDS46 SQVSATASSEAEASASQADWRQQWKAEPQAPGCGETPEDSCSEGSTADMTNT-AELLEQI
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pF1KB9 PK-----KQPERCLPKGFGC---CFPCCSVDKRKPPWVIWWNLRKTCYQIVKHSWFESFI
       :      :.:: :. .:  :   : :::.::  . :  .:: ::::::.::.:::::.::
CCDS46 PDLGQDVKDPEDCFTEG--CVRRC-PCCAVDTTQAPGKVWWRLRKTCYHIVEHSWFETFI
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pF1KB9 IFVILLSSGALIFEDVHLENQPKIQELLNCTDIIFTHIFILEMVLKWVAFGFGKYFTSAW
       ::.:::::::: :::..::..  :. ::. .: .::..:.:::.:::::.:: ::::.::
CCDS46 IFMILLSSGALAFEDIYLEERKTIKVLLEYADKMFTYVFVLEMLLKWVAYGFKKYFTNAW
             1220      1230      1240      1250      1260      1270

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pF1KB9 CCLDFIIVIVSVTTLI-------NLMELKSFRTLRALRPLRALSQFEGMKVVVNALIGAI
       : :::.:: ::...:.       ..  .::.:::::::::::::.::::.::::::.:::
CCDS46 CWLDFLIVDVSLVSLVANTLGFAEMGPIKSLRTLRALRPLRALSRFEGMRVVVNALVGAI
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pF1KB9 PAILNVLLVCLIFWLVFCILGVYFFSGKFGKCINGT--DSVINYTIITNKSQCES----G
       :.:.:::::::::::.: :.:: .:.::::.::: :  :  .::::..:::::::    :
CCDS46 PSIMNVLLVCLIFWLIFSIMGVNLFAGKFGRCINQTEGDLPLNYTIVNNKSQCESLNLTG
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pF1KB9 NFSWINQKVNFDNVGNAYLALLQVATFKGWMDIIYAAVDSTEKEQQPEFESNSLGYIYFV
       .. : . :::::::: .::::::::::::::::.::::::   :.::..: :   :::::
CCDS46 ELYWTKVKVNFDNVGAGYLALLQVATFKGWMDIMYAAVDSRGYEEQPQWEYNLYMYIYFV
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       .::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 IFIIFGSFFTLNLFIGVIIDNFNQQKKKLGGQDIFMTEEQKKYYNAMKKLGSKKPQKPIP
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       ::::: ::..:::::.: ::. :. :: :::..::.:. .:     .:: ..: .::.::
CCDS46 RPLNKYQGFIFDIVTKQAFDVTIMFLICLNMVTMMVETDDQSPEKINILAKINLLFVAIF
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pF1KB9 TLECLIKIFALRQYYFTNGWNLFDCVVVLLSIVSTMISTLENQEHIPFPPTLFRIVRLAR
       : ::..:. :::.:::::.::.:: :::.::::.:..: .  :... : :::::..::::
CCDS46 TGECIVKLAALRHYYFTNSWNIFDFVVVILSIVGTVLSDI-IQKYF-FSPTLFRVIRLAR
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pF1KB9 IGRILRLVRAARGIRTLLFALMMSLPSLFNIGLLLFLIMFIYAILGMNWFSKVNPESGID
       :::::::.:.:.::::::::::::::.::::::::::.::::.:.::  :. :. :.:::
CCDS46 IGRILRLIRGAKGIRTLLFALMMSLPALFNIGLLLFLVMFIYSIFGMANFAYVKWEAGID
     1630      1640      1650      1660      1670      1680        

    1530      1540      1550      1560              1570      1580 
pF1KB9 DIFNFKTFASSMLCLFQISTSAGWDSLLSPMLRSKES-C-------NSSSENCHLPGIAT
       :.:::.:::.::::::::.::::::.::::.: .    :       :.:  .:  :... 
CCDS46 DMFNFQTFANSMLCLFQITTSAGWDGLLSPILNTGPPYCDPTLPNSNGSRGDCGSPAVGI
     1690      1700      1710      1720      1730      1740        

            1590      1600      1610      1620      1630      1640 
pF1KB9 SYFVSYIIISFLIVVNMYIAVILENFNTATEESEDPLGEDDFDIFYEVWEKFDPEATQFI
        .:..:::::::::::::::.:::::..::::: .::.:::::.:::.::::::::::::
CCDS46 LFFTTYIIISFLIVVNMYIAIILENFSVATEESTEPLSEDDFDMFYEIWEKFDPEATQFI
     1750      1760      1770      1780      1790      1800        

            1650      1660      1670      1680      1690      1700 
pF1KB9 KYSALSDFADALPEPLRVAKPNKYQFLVMDLPMVSEDRLHCMDILFAFTARVLGGSDGLD
       .::.:::::::: ::::.::::. ... ::::::: ::.:::::::::: :::: :  .:
CCDS46 EYSVLSDFADALSEPLRIAKPNQISLINMDLPMVSGDRIHCMDILFAFTKRVLGESGEMD
     1810      1820      1830      1840      1850      1860        

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pF1KB9 SMKAMMEEKFMEANPLKKLYEPIVTTTKRKEEERGAAIIQKAFRKYMMKVTKGDQGDQND
       ..: .:::::: ::: :  ::::.:: .::.:: .: .::.:::.....           
CCDS46 ALKIQMEEKFMAANPSKISYEPITTTLRRKHEEVSAMVIQRAFRRHLLQRSLKHASFLFR
     1870      1880      1890      1900      1910      1920        

            1770      1780      1790                               
pF1KB9 LENGPHSPLQTLCNGDLSSFGVAKGKVHCD                              
                                                                   
CCDS46 QQAGSGLSEEDAPEREGLIAYVMSENFSRPLGPPSSSSISSTSFPPSYDSVTRATSDNLQ
     1930      1940      1950      1960      1970      1980        

>--
 initn: 437 init1: 366 opt: 425  Z-score: 446.5  bits: 96.0 E(32554): 1.5e-18
Smith-Waterman score: 425; 54.2% identity (79.7% similar) in 118 aa overlap (15-127:12-129)

               10        20        30             40        50     
pF1KB9 MDDRCYPVIFPDERNFRPFTSDSLAAIEKRIAIQKEK-----KKSKDQTGEVPQPRPQLD
                     .:: :: .::::::::.: .. .     ..:..   :   ::::::
CCDS46    MANFLLPRGTSSFRRFTRESLAAIEKRMAEKQARGSTTLQESREGLPEEEAPRPQLD
                  10        20        30        40        50       

          60        70        80        90       100       110     
pF1KB9 LKASRKLPKLYGDIPRELIGKPLEDLDPFYRNHKTFMVLNRKRTIYRFSAKHALFIFGPF
       :.::.::: :::. :.::::.::::::::: ..:::.:::. .::.:::: .::....::
CCDS46 LQASKKLPDLYGNPPQELIGEPLEDLDPFYSTQKTFIVLNKGKTIFRFSATNALYVLSPF
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         120       130       140       150       160       170     
pF1KB9 NSIRSLAIRVSVHSLFSMFIIGTVIINCVFMATGPAKNSNSNNTDIAECVFTGIYIFEAL
       . ::  :... :                                                
CCDS46 HPIRRAAVKILVHSLFNMLIMCTILTNCVFMAQHDPPPWTKYVEYTFTAIYTFESLVKIL
       120       130       140       150       160       170       

>>CCDS46799.1 SCN5A gene_id:6331|Hs108|chr3               (2016 aa)
 initn: 5072 init1: 1032 opt: 2838  Z-score: 3036.4  bits: 575.2 E(32554): 8.3e-163
Smith-Waterman score: 5500; 51.3% identity (71.2% similar) in 1820 aa overlap (129-1750:131-1918)

      100       110       120       130       140       150        
pF1KB9 TIYRFSAKHALFIFGPFNSIRSLAIRVSVHSLFSMFIIGTVIINCVFMATGPAKNSNSNN
                                     :::.:.:. :.. ::::::    ...    
CCDS46 TIFRFSATNALYVLSPFHPIRRAAVKILVHSLFNMLIMCTILTNCVFMA----QHDPPPW
              110       120       130       140           150      

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pF1KB9 TDIAECVFTGIYIFEALIKILARGFILDEFSFLRDPWNWLDSIVIGIAIVSYIPGITI-K
       :  .: .::.:: ::.:.::::::: :  :.::::::::::  :: .: ::   .: . .
CCDS46 TKYVEYTFTAIYTFESLVKILARGFCLHAFTFLRDPWNWLDFSVIIMAYVS--ENIKLGN
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pF1KB9 LLPLRTFRVFRALKAISVVSRLKVIVGALLRSVKKLVNVIILTFFCLSIFALVGQQLFMG
       :  ::::::.::::.:::.  ::.:::::..:::::..:..:: ::::.:::.: :::::
CCDS46 LSALRTFRVLRALKTISVIPGLKTIVGALIQSVKKLADVMVLTVFCLSVFALIGLQLFMG
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       .:  ::. :.   ...            :. :  .   ::      . .  .::     .
CCDS46 NLRHKCV-RNFTALNGTNGSVEADGLVWESLDLYLSDPENYLLKNGTSDVLLCGNSSDAG
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pF1KB9 ACSIQYECKHTKINPDYNYTNFDNFGWSFLAMFRLMTQDSWEKLYQQTLRTTGLYSVFFF
       .:   :.: ..  :::..::.::.:.:.:::.::::::: ::.:::::::..:   ..::
CCDS46 TCPEGYRCLKAGENPDHGYTSFDSFAWAFLALFRLMTQDCWERLYQQTLRSAGKIYMIFF
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       ..:::::::::.:: ::::.:::::::. . :: : ::: ::::...::.:.:::.  :.
CCDS46 MLVIFLGSFYLVNLILAVVAMAYEEQNQATIAETEEKEKRFQEAMEMLKKEHEALTIRGV
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       :  : .::: : ..:        :.:: ...                             
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pF1KB9 ----------KKRKSFFL-------------------------------------RESGK
                 ..: :.:                                      : :..
CCDS46 GLSRTSMKPRSSRGSIFTFRRRDLGSEADFADDENSTAGESESHHTSLLVPWPLRRTSAQ
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        :: ::.           .:  ::.                     .: .::.       
CCDS46 GQPSPGTSAPGHALHGKKNSTVDCNGVVSLLGAGDPEATSPGSHLLRPVMLEHPPDTTTP
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pF1KB9 -----------SQNLSLDHFDEHGDPLQRQRALSAVSILTITMKEQEKSQEPCLPCGENL
                  ::   .: :.: :    :::::::::.:: ...: :.:.. : :: . :
CCDS46 SEEPGGPQMLTSQAPCVDGFEEPG---ARQRALSAVSVLTSALEELEESRHKCPPCWNRL
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pF1KB9 ASKYLVWNCCPQWLCVKKVLRTVMTDPFTELAITICIIINTVFLAMEHHKMEASFEKMLN
       :..::.:.::: :. .:. .. :. ::::.:.::.::..::.:.:.::..: . ::.::.
CCDS46 AQRYLIWECCPLWMSIKQGVKLVVMDPFTDLTITMCIVLNTLFMALEHYNMTSEFEEMLQ
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       .::::::.:: ::: .::::::::.::..::::::::...::. ..    ... :   ::
CCDS46 VGNLVFTGIFTAEMTFKIIALDPYYYFQQGWNIFDSIIVILSLMELGLSRMSNLS--VLR
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       :::.::::::::::::::::::::::::::::.::.::.:..:::.::::::::....  
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pF1KB9 KSPKLCNPTGPTVSCLRHWHMGDFWHSFLVVFRILCGEWIENMWECMQEANASSSLCVIV
       ..    . .:     : .::: ::.:.::..::::::::::.::.::. .  ..:::..:
CCDS46 RD----SDSG----LLPRWHMMDFFHAFLIIFRILCGEWIETMWDCMEVS--GQSLCLLV
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pF1KB9 FILITVIGKLVVLNLFIALLLNSFSNEERNGNLEGEARK-TKVQLALDRFRRAFCFVRHT
       :.:. :::.:::::::.::::.::: .  : .   : :. ...:::: :..:.. ::..:
CCDS46 FLLVMVIGNLVVLNLFLALLLSSFSAD--NLTAPDEDREMNNLQLALARIQRGLRFVKRT
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CCDS46 TWDFCCGLLRQRPQKPAALAAQGQLPSCIATPYSPPP--PETEKVPPTRKETRFEEGEQP
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pF1KB9 TLGVRHDWTWL-APLAEEEDDVEFSGEDNAQRITQPEP---EQQAYELHQENKKPTSQRV
         :.  :   . .:.:  :.:.. . ::. . .   :    .:..  .    . : ..:.
CCDS46 GQGTPGDPEPVCVPIAVAESDTDDQEEDEENSLGTEEESSKQQESQPVSGGPEAPPDSRT
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        : :     :: :   .  : :..  .      :           :: :. .  . : :.
CCDS46 WSQVSATASSEAEASASQADWRQQWKAEPQAPGCGETPEDSCSEGSTADMTNT-AELLEQ
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pF1KB9 VPK-----KQPERCLPKGFGC---CFPCCSVDKRKPPWVIWWNLRKTCYQIVKHSWFESF
       .:      :.:: :. .  ::   : :::.::  . :  .:: ::::::.::.:::::.:
CCDS46 IPDLGQDVKDPEDCFTE--GCVRRC-PCCAVDTTQAPGKVWWRLRKTCYHIVEHSWFETF
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pF1KB9 IIFVILLSSGALIFEDVHLENQPKIQELLNCTDIIFTHIFILEMVLKWVAFGFGKYFTSA
       :::.:::::::: :::..::..  :. ::. .: .::..:.:::.:::::.:: ::::.:
CCDS46 IIFMILLSSGALAFEDIYLEERKTIKVLLEYADKMFTYVFVLEMLLKWVAYGFKKYFTNA
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       :: :::.:: ::...:.       ..  .::.:::::::::::::.::::.::::::.::
CCDS46 WCWLDFLIVDVSLVSLVANTLGFAEMGPIKSLRTLRALRPLRALSRFEGMRVVVNALVGA
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       ::.:.:::::::::::.: :.:: .:.::::.::: :  :  .::::..:::::::    
CCDS46 IPSIMNVLLVCLIFWLIFSIMGVNLFAGKFGRCINQTEGDLPLNYTIVNNKSQCESLNLT
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       :.. : . :::::::: .::::::::::::::::.::::::   :.::..: :   ::::
CCDS46 GELYWTKVKVNFDNVGAGYLALLQVATFKGWMDIMYAAVDSRGYEEQPQWEYNLYMYIYF
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       :.::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 VIFIIFGSFFTLNLFIGVIIDNFNQQKKKLGGQDIFMTEEQKKYYNAMKKLGSKKPQKPI
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       :::::: ::..:::::.: ::. :. :: :::..::.:. .:     .:: ..: .::.:
CCDS46 PRPLNKYQGFIFDIVTKQAFDVTIMFLICLNMVTMMVETDDQSPEKINILAKINLLFVAI
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       :: ::..:. :::.:::::.::.:: :::.::::.:..: .  :... : :::::..:::
CCDS46 FTGECIVKLAALRHYYFTNSWNIFDFVVVILSIVGTVLSDI-IQKYF-FSPTLFRVIRLA
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       ::::::::.:.:.::::::::::::::.::::::::::.::::.:.::  :. :. :.::
CCDS46 RIGRILRLIRGAKGIRTLLFALMMSLPALFNIGLLLFLVMFIYSIFGMANFAYVKWEAGI
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       ::.:::.:::.::::::::.::::::.::::.: .    :       :.:  .:  :...
CCDS46 DDMFNFQTFANSMLCLFQITTSAGWDGLLSPILNTGPPYCDPTLPNSNGSRGDCGSPAVG
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         .:..:::::::::::::::.:::::..::::: .::.:::::.:::.:::::::::::
CCDS46 ILFFTTYIIISFLIVVNMYIAIILENFSVATEESTEPLSEDDFDMFYEIWEKFDPEATQF
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pF1KB9 IKYSALSDFADALPEPLRVAKPNKYQFLVMDLPMVSEDRLHCMDILFAFTARVLGGSDGL
       :.::.:::::::: ::::.::::. ... ::::::: ::.:::::::::: :::: :  .
CCDS46 IEYSVLSDFADALSEPLRIAKPNQISLINMDLPMVSGDRIHCMDILFAFTKRVLGESGEM
     1810      1820      1830      1840      1850      1860        

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       :..: .:::::: ::: :  ::::.:: .::.:: .: .::.:::.....          
CCDS46 DALKIQMEEKFMAANPSKISYEPITTTLRRKHEEVSAMVIQRAFRRHLLQRSLKHASFLF
     1870      1880      1890      1900      1910      1920        

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CCDS46 RQQAGSGLSEEDAPEREGLIAYVMSENFSRPLGPPSSSSISSTSFPPSYDSVTRATSDNL
     1930      1940      1950      1960      1970      1980        

>--
 initn: 376 init1: 376 opt: 435  Z-score: 457.3  bits: 98.0 E(32554): 3.8e-19
Smith-Waterman score: 435; 54.6% identity (79.8% similar) in 119 aa overlap (15-128:12-130)

               10        20        30             40        50     
pF1KB9 MDDRCYPVIFPDERNFRPFTSDSLAAIEKRIAIQKEK-----KKSKDQTGEVPQPRPQLD
                     .:: :: .::::::::.: .. .     ..:..   :   ::::::
CCDS46    MANFLLPRGTSSFRRFTRESLAAIEKRMAEKQARGSTTLQESREGLPEEEAPRPQLD
                  10        20        30        40        50       

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       :.::.::: :::. :.::::.::::::::: ..:::.:::. .::.:::: .::....::
CCDS46 LQASKKLPDLYGNPPQELIGEPLEDLDPFYSTQKTFIVLNKGKTIFRFSATNALYVLSPF
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       :   :.: ..  :::..::.::.:.:.:::.::::::: ::.:::::::..:   ..::.
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                ..: :.:                                      : :.. 
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CCDS46 PDLGQDVKDPEDCFTE--GCVRRC-PCCAVDTTQAPGKVWWRLRKTCYHIVEHSWFETFI
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CCDS46 IFMILLSSGALAFEDIYLEERKTIKVLLEYADKMFTYVFVLEMLLKWVAYGFKKYFTNAW
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CCDS46 ELYWTKVKVNFDNVGAGYLALLQVATFKGWMDIMYAAVDSRGYEEQPQWEYNLYMYIYFV
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       .::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 IFIIFGSFFTLNLFIGVIIDNFNQQKKKLGGQDIFMTEEQKKYYNAMKKLGSKKPQKPIP
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CCDS46 RPLNKYQGFIFDIVTKQAFDVTIMFLICLNMVTMMVETDDQSPEKINILAKINLLFVAIF
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CCDS46 TGECIVKLAALRHYYFTNSWNIFDFVVVILSIVGTVLSDI-IQKYF-FSPTLFRVIRLAR
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CCDS46 IGRILRLIRGAKGIRTLLFALMMSLPALFNIGLLLFLVMFIYSIFGMANFAYVKWEAGID
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CCDS46 DMFNFQTFANSMLCLFQITTSAGWDGLLSPILNTGPPYCDPTLPNSNGSRGDCGSPAVGI
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CCDS46 LFFTTYIIISFLIVVNMYIAIILENFSVATEESTEPLSEDDFDMFYEIWEKFDPEATQFI
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CCDS46 EYSVLSDFADALSEPLRIAKPNQISLINMDLPMVSGDRIHCMDILFAFTKRVLGESGEMD
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