FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE3411, 315 aa 1>>>pF1KE3411 315 - 315 aa - 315 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 11.1117+/-0.000673; mu= -13.5724+/- 0.039 mean_var=714.3608+/-164.009, 0's: 0 Z-trim(113.6): 1645 B-trim: 355 in 1/54 Lambda= 0.047986 statistics sampled from 20826 (23043) to 20826 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.638), E-opt: 0.2 (0.27), width: 16 Scan time: 7.130 The best scores are: opt bits E(85289) NP_004187 (OMIM: 603441) cyclin-dependent kinase-l ( 358) 1534 122.1 1.7e-27 XP_016877218 (OMIM: 603441) PREDICTED: cyclin-depe ( 358) 1534 122.1 1.7e-27 XP_005268214 (OMIM: 603441) PREDICTED: cyclin-depe ( 358) 1534 122.1 1.7e-27 NP_001269165 (OMIM: 603441) cyclin-dependent kinas ( 276) 1423 114.3 3e-25 XP_016877220 (OMIM: 603441) PREDICTED: cyclin-depe ( 301) 1420 114.1 3.6e-25 XP_016877219 (OMIM: 603441) PREDICTED: cyclin-depe ( 301) 1420 114.1 3.6e-25 XP_005268216 (OMIM: 603441) PREDICTED: cyclin-depe ( 301) 1420 114.1 3.6e-25 XP_016877221 (OMIM: 603441) PREDICTED: cyclin-depe ( 279) 1415 113.7 4.4e-25 XP_011535578 (OMIM: 603441) PREDICTED: cyclin-depe ( 308) 1218 100.1 5.9e-21 XP_016864300 (OMIM: 603442) PREDICTED: cyclin-depe ( 479) 1212 100.0 1e-20 XP_016864299 (OMIM: 603442) PREDICTED: cyclin-depe ( 493) 1212 100.0 1e-20 NP_003939 (OMIM: 603442) cyclin-dependent kinase-l ( 493) 1212 100.0 1e-20 XP_006714469 (OMIM: 603442) PREDICTED: cyclin-depe ( 530) 1212 100.1 1.1e-20 XP_016864298 (OMIM: 603442) PREDICTED: cyclin-depe ( 570) 1212 100.1 1.1e-20 NP_001317653 (OMIM: 603442) cyclin-dependent kinas ( 570) 1212 100.1 1.1e-20 NP_057592 (OMIM: 608459) cyclin-dependent kinase-l ( 455) 1012 86.1 1.4e-16 NP_001107047 (OMIM: 608459) cyclin-dependent kinas ( 592) 1012 86.3 1.6e-16 XP_016865024 (OMIM: 608459) PREDICTED: cyclin-depe ( 592) 1012 86.3 1.6e-16 XP_016865021 (OMIM: 608459) PREDICTED: cyclin-depe ( 607) 1012 86.3 1.7e-16 NP_001310218 (OMIM: 300203,300672) cyclin-dependen ( 960) 947 82.1 4.8e-15 NP_001032420 (OMIM: 300203,300672) cyclin-dependen (1030) 947 82.2 5e-15 NP_003150 (OMIM: 300203,300672) cyclin-dependent k (1030) 947 82.2 5e-15 XP_016865016 (OMIM: 608459) PREDICTED: cyclin-depe ( 622) 939 81.3 5.6e-15 XP_005268217 (OMIM: 603441) PREDICTED: cyclin-depe ( 244) 864 75.5 1.2e-13 NP_001249 (OMIM: 123828) cyclin-dependent kinase 3 ( 305) 751 67.8 3.2e-11 XP_016865037 (OMIM: 608459) PREDICTED: cyclin-depe ( 307) 733 66.6 7.6e-11 XP_016865025 (OMIM: 608459) PREDICTED: cyclin-depe ( 538) 733 66.9 1e-10 XP_016865023 (OMIM: 608459) PREDICTED: cyclin-depe ( 602) 733 67.0 1.1e-10 XP_016865022 (OMIM: 608459) PREDICTED: cyclin-depe ( 604) 733 67.0 1.1e-10 XP_016865019 (OMIM: 608459) PREDICTED: cyclin-depe ( 617) 733 67.0 1.1e-10 XP_016865020 (OMIM: 608459) PREDICTED: cyclin-depe ( 617) 733 67.0 1.1e-10 XP_011541731 (OMIM: 608459) PREDICTED: cyclin-depe ( 619) 733 67.0 1.1e-10 XP_016865017 (OMIM: 608459) PREDICTED: cyclin-depe ( 619) 733 67.0 1.1e-10 XP_016865018 (OMIM: 608459) PREDICTED: cyclin-depe ( 619) 733 67.0 1.1e-10 XP_016865014 (OMIM: 608459) PREDICTED: cyclin-depe ( 634) 733 67.0 1.1e-10 XP_016865013 (OMIM: 608459) PREDICTED: cyclin-depe ( 634) 733 67.0 1.1e-10 XP_016865015 (OMIM: 608459) PREDICTED: cyclin-depe ( 634) 733 67.0 1.1e-10 NP_001307847 (OMIM: 116940) cyclin-dependent kinas ( 297) 723 65.8 1.2e-10 NP_001777 (OMIM: 116940) cyclin-dependent kinase 1 ( 297) 723 65.8 1.2e-10 XP_005270360 (OMIM: 116940) PREDICTED: cyclin-depe ( 297) 723 65.8 1.2e-10 NP_001789 (OMIM: 116953) cyclin-dependent kinase 2 ( 298) 723 65.8 1.2e-10 NP_004926 (OMIM: 123831,616342) cyclin-dependent-l ( 292) 713 65.1 1.9e-10 NP_001790 (OMIM: 601955) cyclin-dependent kinase 7 ( 346) 675 62.6 1.3e-09 NP_001034892 (OMIM: 610076) cyclin-dependent kinas ( 346) 671 62.3 1.6e-09 XP_016870050 (OMIM: 610076) PREDICTED: cyclin-depe ( 351) 651 61.0 4.2e-09 XP_016870051 (OMIM: 610076) PREDICTED: cyclin-depe ( 329) 639 60.1 7.2e-09 XP_016866355 (OMIM: 154235,614181) PREDICTED: seri ( 439) 635 60.0 1e-08 XP_011512924 (OMIM: 154235,614181) PREDICTED: seri ( 583) 635 60.2 1.2e-08 NP_001229314 (OMIM: 154235,614181) serine/threonin ( 583) 635 60.2 1.2e-08 XP_011536034 (OMIM: 116953) PREDICTED: cyclin-depe ( 346) 629 59.4 1.2e-08 >>NP_004187 (OMIM: 603441) cyclin-dependent kinase-like (358 aa) initn: 1514 init1: 849 opt: 1534 Z-score: 614.8 bits: 122.1 E(85289): 1.7e-27 Smith-Waterman score: 1534; 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XP_005 HNKPTRKTLRKSRKHHCFTETSKLQYLPQLTGSSILPALDNKKYYCDTKKLNYRFPNI 310 320 330 340 350 >>NP_001269165 (OMIM: 603441) cyclin-dependent kinase-li (276 aa) initn: 849 init1: 849 opt: 1423 Z-score: 574.3 bits: 114.3 E(85289): 3e-25 Smith-Waterman score: 1423; 74.1% identity (90.6% similar) in 266 aa overlap (1-265:2-267) 10 20 30 40 50 pF1KE3 MEKYEKLAKTGEGSYGVVFKCRNKTSGQVVAVKKFVESEDDPVVKKIALREIRMLKQLK ::::::..: :::::::::::::. .::.::.:::.:::::::.::::::::::::::: NP_001 MMEKYEKIGKIGEGSYGVVFKCRNRDTGQIVAIKKFLESEDDPVIKKIALREIRMLKQLK 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 110 pF1KE3 HPNLVNLIEVFRRKRKMHLVFEYCDHTLLNELERNPNGVADGVIKSVLWQTLQALNFCHI :::::::.:::::::..::::::::::.:.::.: :: . ..::. ::::::.:::: NP_001 HPNLVNLLEVFRRKRRLHLVFEYCDHTVLHELDRYQRGVPEHLVKSITWQTLQAVNFCHK 70 80 90 100 110 120 120 130 140 150 160 170 pF1KE3 HNCIHRDIKPENILITKQGIIKICDFGFAQILI-PGDAYTDYVATRWYRAPELLVGDTQY :::::::.:::::::::...::.::::::..: :.: :::::::::::.:::::::::: NP_001 HNCIHRDVKPENILITKHSVIKLCDFGFARLLTGPSDYYTDYVATRWYRSPELLVGDTQY 130 140 150 160 170 180 180 190 200 210 220 230 pF1KE3 GSSVDIWAIGCVFAELLTGQPLWPGKSDVDQLYLIIRTLGKLIPRHQSIFKSNGFFHGIS : ::.:::::::::::.: ::::::::::::::: .::: ::::::..:..: .: :.. NP_001 GPPVDVWAIGCVFAELLSGVPLWPGKSDVDQLYLIRKTLGDLIPRHQQVFSTNQYFSGVK 190 200 210 220 230 240 240 250 260 270 280 290 pF1KE3 IPEPEDMETLEEKFSDVHPVALNFMKGCLKMNPDDRLTCSQLLESSYFDSFQEAQIKRKA ::.::::: :: :: .. ::...:: NP_001 IPDPEDMEPLELKFPNISYPALGLLKGRVPIASRTE 250 260 270 >>XP_016877220 (OMIM: 603441) PREDICTED: cyclin-dependen (301 aa) initn: 1399 init1: 849 opt: 1420 Z-score: 572.8 bits: 114.1 E(85289): 3.6e-25 Smith-Waterman score: 1420; 71.6% identity (89.0% similar) in 282 aa overlap (1-281:2-279) 10 20 30 40 50 pF1KE3 MEKYEKLAKTGEGSYGVVFKCRNKTSGQVVAVKKFVESEDDPVVKKIALREIRMLKQLK ::::::..: :::::::::::::. .::.::.:::.:::::::.::::::::::::::: XP_016 MMEKYEKIGKIGEGSYGVVFKCRNRDTGQIVAIKKFLESEDDPVIKKIALREIRMLKQLK 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 110 pF1KE3 HPNLVNLIEVFRRKRKMHLVFEYCDHTLLNELERNPNGVADGVIKSVLWQTLQALNFCHI :::::::.:::::::..::::::::::.:.::.: :: . ..::. ::::::.:::: XP_016 HPNLVNLLEVFRRKRRLHLVFEYCDHTVLHELDRYQRGVPEHLVKSITWQTLQAVNFCHK 70 80 90 100 110 120 120 130 140 150 160 170 pF1KE3 HNCIHRDIKPENILITKQGIIKICDFGFAQILI-PGDAYTDYVATRWYRAPELLVGDTQY :::::::.:::::::::...::.::::::..: :.: :::::::::::.:::::::::: XP_016 HNCIHRDVKPENILITKHSVIKLCDFGFARLLTGPSDYYTDYVATRWYRSPELLVGDTQY 130 140 150 160 170 180 180 190 200 210 220 230 pF1KE3 GSSVDIWAIGCVFAELLTGQPLWPGKSDVDQLYLIIRTLGKLIPRHQSIFKSNGFFHGIS : ::.:::::::::::.: ::::::::::::::: .::: ::::::..:..: .: :.. XP_016 GPPVDVWAIGCVFAELLSGVPLWPGKSDVDQLYLIRKTLGDLIPRHQQVFSTNQYFSGVK 190 200 210 220 230 240 240 250 260 270 280 290 pF1KE3 IPEPEDMETLEEKFSDVHPVALNFMKGCLKMNPDDRLTCSQLLESSYFDSFQEAQIKRKA ::.::::: :: :: .. ::...: :.. : .:: :..: XP_016 IPDPEDMEPLELKFPNISYPALGLLK--LQYLP--QLTGSSILPALDNKKYYCDTKKLNY 250 260 270 280 290 300 310 pF1KE3 RNEGRNRRRQQVLPLKS XP_016 RFPNI 300 >>XP_016877219 (OMIM: 603441) PREDICTED: cyclin-dependen (301 aa) initn: 1399 init1: 849 opt: 1420 Z-score: 572.8 bits: 114.1 E(85289): 3.6e-25 Smith-Waterman score: 1420; 71.6% identity (89.0% similar) in 282 aa overlap (1-281:2-279) 10 20 30 40 50 pF1KE3 MEKYEKLAKTGEGSYGVVFKCRNKTSGQVVAVKKFVESEDDPVVKKIALREIRMLKQLK ::::::..: :::::::::::::. .::.::.:::.:::::::.::::::::::::::: XP_016 MMEKYEKIGKIGEGSYGVVFKCRNRDTGQIVAIKKFLESEDDPVIKKIALREIRMLKQLK 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 110 pF1KE3 HPNLVNLIEVFRRKRKMHLVFEYCDHTLLNELERNPNGVADGVIKSVLWQTLQALNFCHI :::::::.:::::::..::::::::::.:.::.: :: . ..::. ::::::.:::: XP_016 HPNLVNLLEVFRRKRRLHLVFEYCDHTVLHELDRYQRGVPEHLVKSITWQTLQAVNFCHK 70 80 90 100 110 120 120 130 140 150 160 170 pF1KE3 HNCIHRDIKPENILITKQGIIKICDFGFAQILI-PGDAYTDYVATRWYRAPELLVGDTQY :::::::.:::::::::...::.::::::..: :.: :::::::::::.:::::::::: XP_016 HNCIHRDVKPENILITKHSVIKLCDFGFARLLTGPSDYYTDYVATRWYRSPELLVGDTQY 130 140 150 160 170 180 180 190 200 210 220 230 pF1KE3 GSSVDIWAIGCVFAELLTGQPLWPGKSDVDQLYLIIRTLGKLIPRHQSIFKSNGFFHGIS : ::.:::::::::::.: ::::::::::::::: .::: ::::::..:..: .: :.. XP_016 GPPVDVWAIGCVFAELLSGVPLWPGKSDVDQLYLIRKTLGDLIPRHQQVFSTNQYFSGVK 190 200 210 220 230 240 240 250 260 270 280 290 pF1KE3 IPEPEDMETLEEKFSDVHPVALNFMKGCLKMNPDDRLTCSQLLESSYFDSFQEAQIKRKA ::.::::: :: :: .. ::...: :.. : .:: :..: XP_016 IPDPEDMEPLELKFPNISYPALGLLK--LQYLP--QLTGSSILPALDNKKYYCDTKKLNY 250 260 270 280 290 300 310 pF1KE3 RNEGRNRRRQQVLPLKS XP_016 RFPNI 300 >>XP_005268216 (OMIM: 603441) PREDICTED: cyclin-dependen (301 aa) initn: 1399 init1: 849 opt: 1420 Z-score: 572.8 bits: 114.1 E(85289): 3.6e-25 Smith-Waterman score: 1420; 71.6% identity (89.0% similar) in 282 aa overlap (1-281:2-279) 10 20 30 40 50 pF1KE3 MEKYEKLAKTGEGSYGVVFKCRNKTSGQVVAVKKFVESEDDPVVKKIALREIRMLKQLK ::::::..: :::::::::::::. .::.::.:::.:::::::.::::::::::::::: XP_005 MMEKYEKIGKIGEGSYGVVFKCRNRDTGQIVAIKKFLESEDDPVIKKIALREIRMLKQLK 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 110 pF1KE3 HPNLVNLIEVFRRKRKMHLVFEYCDHTLLNELERNPNGVADGVIKSVLWQTLQALNFCHI :::::::.:::::::..::::::::::.:.::.: :: . ..::. ::::::.:::: XP_005 HPNLVNLLEVFRRKRRLHLVFEYCDHTVLHELDRYQRGVPEHLVKSITWQTLQAVNFCHK 70 80 90 100 110 120 120 130 140 150 160 170 pF1KE3 HNCIHRDIKPENILITKQGIIKICDFGFAQILI-PGDAYTDYVATRWYRAPELLVGDTQY :::::::.:::::::::...::.::::::..: :.: :::::::::::.:::::::::: XP_005 HNCIHRDVKPENILITKHSVIKLCDFGFARLLTGPSDYYTDYVATRWYRSPELLVGDTQY 130 140 150 160 170 180 180 190 200 210 220 230 pF1KE3 GSSVDIWAIGCVFAELLTGQPLWPGKSDVDQLYLIIRTLGKLIPRHQSIFKSNGFFHGIS : ::.:::::::::::.: ::::::::::::::: .::: ::::::..:..: .: :.. 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XP_016 GPPVDVWAIGCVFAELLSGVPLWPGKSDVDQLYLIRKTLGDLIPRHQQVFSTNQYFSGVK 190 200 210 220 230 240 240 250 260 270 280 290 pF1KE3 IPEPEDMETLEEKFSDVHPVALNFMKGCLKMNPDDRLTCSQLLESSYFDSFQEAQIKRKA ::.::::: :: :: .. ::...: XP_016 IPDPEDMEPLELKFPNISYPALGLLKFHLSKKKKMTLIS 250 260 270 >>XP_011535578 (OMIM: 603441) PREDICTED: cyclin-dependen (308 aa) initn: 1198 init1: 679 opt: 1218 Z-score: 497.2 bits: 100.1 E(85289): 5.9e-21 Smith-Waterman score: 1218; 67.7% identity (86.7% similar) in 248 aa overlap (55-301:6-253) 30 40 50 60 70 80 pF1KE3 TSGQVVAVKKFVESEDDPVVKKIALREIRMLKQLKHPNLVNLIEVFRRKRKMHLVFEYCD : ::::::::::.:::::::..:::::::: XP_011 MKPQTLAQLKHPNLVNLLEVFRRKRRLHLVFEYCD 10 20 30 90 100 110 120 130 140 pF1KE3 HTLLNELERNPNGVADGVIKSVLWQTLQALNFCHIHNCIHRDIKPENILITKQGIIKICD ::.:.::.: :: . ..::. ::::::.:::: :::::::.:::::::::...::.:: XP_011 HTVLHELDRYQRGVPEHLVKSITWQTLQAVNFCHKHNCIHRDVKPENILITKHSVIKLCD 40 50 60 70 80 90 150 160 170 180 190 200 pF1KE3 FGFAQILI-PGDAYTDYVATRWYRAPELLVGDTQYGSSVDIWAIGCVFAELLTGQPLWPG ::::..: :.: :::::::::::.::::::::::: ::.:::::::::::.: ::::: XP_011 FGFARLLTGPSDYYTDYVATRWYRSPELLVGDTQYGPPVDVWAIGCVFAELLSGVPLWPG 100 110 120 130 140 150 210 220 230 240 250 260 pF1KE3 KSDVDQLYLIIRTLGKLIPRHQSIFKSNGFFHGISIPEPEDMETLEEKFSDVHPVALNFM :::::::::: .::: ::::::..:..: .: :..::.::::: :: :: .. ::... XP_011 KSDVDQLYLIRKTLGDLIPRHQQVFSTNQYFSGVKIPDPEDMEPLELKFPNISYPALGLL 160 170 180 190 200 210 270 280 290 300 310 pF1KE3 KGCLKMNPDDRLTCSQLLESSYFDSFQEAQIKRKARNEGRNRRRQQVLPLKS ::::.:.: .:::: :::. ::....: . : .:. 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XP_016 KAVDVWAIGCLVTEMFMGEPLFPGDSDIDQLYHIMMCLGNLIPRHQELFNKNPVFAGVRL 190 200 210 220 230 240 240 250 260 270 280 290 pF1KE3 PEPEDMETLEEKFSDVHPVALNFMKGCLKMNPDDRLTCSQLLESSYF--DSF-----QEA :: .. : ::... . :.... : ::...:: : :..::. ..: :.: :: XP_016 PEIKEREPLERRYPKLSEVVIDLAKKCLHIDPDKRPFCAELLHHDFFQMDGFAERFSQEL 250 260 270 280 290 300 300 310 pF1KE3 QIK--RKARNEGRNRRRQQVLPLKS :.: . ::: . ... : XP_016 QLKVQKDARNVSLSKKSQNRKKEKEKDDSLVEERKTLVVQDTNADPKIKDYKLFKIKGSK 310 320 330 340 350 360 315 residues in 1 query sequences 60827320 residues in 85289 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Sun Nov 6 04:42:47 2016 done: Sun Nov 6 04:42:48 2016 Total Scan time: 7.130 Total Display time: 0.020 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]