FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KB0482, 1024 aa 1>>>pF1KB0482 1024 - 1024 aa - 1024 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.5946+/-0.00125; mu= 14.4427+/- 0.075 mean_var=83.3162+/-17.021, 0's: 0 Z-trim(101.0): 79 B-trim: 0 in 0/51 Lambda= 0.140511 statistics sampled from 6282 (6348) to 6282 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.541), E-opt: 0.2 (0.195), width: 16 Scan time: 3.280 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS33174.1 NLRC4 gene_id:58484|Hs108|chr2 (1024) 6709 1371.0 0 CCDS77400.1 NLRC4 gene_id:58484|Hs108|chr2 ( 359) 1763 368.3 1.6e-101 CCDS43327.1 NAIP gene_id:4671|Hs108|chr5 (1241) 648 142.4 5.7e-33 CCDS4009.1 NAIP gene_id:4671|Hs108|chr5 (1403) 648 142.4 6.4e-33 >>CCDS33174.1 NLRC4 gene_id:58484|Hs108|chr2 (1024 aa) initn: 6709 init1: 6709 opt: 6709 Z-score: 7346.9 bits: 1371.0 E(32554): 0 Smith-Waterman score: 6709; 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CCDS43 GDDPLDDHTRCFPNCPFLQNMKSSAEVTPDLQSRGELCEL-LETTSESNLEDSIAVGPIV 170 180 190 200 210 220 90 100 110 120 130 pF1KB0 QDL-NGQSLFHQTSEGDLDDLAQDLKDLYHTPSF--LNFYPLGEDIDIIFNLKSTFTEPV .. .:.. . : .. .: ..:. : . :: ... .. :. : .. CCDS43 PEMAQGEAQWFQEAK----NLNEQLRAAYTSASFRHMSLLDISSDLATDHLLGCDLS--- 230 240 250 260 270 140 150 160 170 180 190 pF1KB0 LWRKDQHHHRVEQLTLNGLLQALQSPCIIEGESGKGKSTLLQRIAMLWGSGKCKALTKFK . : . : :.: .. :.: .:::.:.::..::..::.::.:: : :..:. CCDS43 IASKHISKPVQEPLVLPEVFGNLNSVMCVEGEAGSGKTVLLKKIAFLWASGCCPLLNRFQ 280 290 300 310 320 330 200 210 220 230 240 250 pF1KB0 FVFFLRLS--RAQGGLFETLCDQLLDIPGTIRKQTFMAMLLKLRQRVLFLLDGYNEFKPQ .::.: :: : . :: .:::::. :.. .. .. .:...:::::: :.:. CCDS43 LVFYLSLSSTRPDEGLASIICDQLLEKEGSVTEMCVRNIIQQLKNQVLFLLDDYKEIC-- 340 350 360 370 380 390 260 270 280 290 300 310 pF1KB0 NCPE-IEALIKENHRFKNMVIVTTTTECLRHIRQFGALTAEVGDMTEDSAQALIREVLIK . :. : ::..:: .. ..... :. : ::.. :. . .. ..:... . CCDS43 SIPQVIGKLIQKNHLSRTCLLIAVRTNRARDIRRYLETILEIKAFPFYNTVCILRKLFSH 400 410 420 430 440 450 320 330 340 350 360 370 pF1KB0 ELAE--GLLLQIQKSRCLRNLMKTPLFVVITCAIQMGESEFHSHTQTTLFHTFYDLLIQK .... ... . :.. :....::::::. :: . : ....:..... : . CCDS43 NMTRLRKFMVYFGKNQSLQKIQKTPLFVAAICAHWFQYPFDPSFDDVAVFKSYMERLSLR 460 470 480 490 500 510 380 390 400 410 420 430 pF1KB0 NKHKHKGVAASDFIR-SLDHCGDLALEGVFSHKFDFELQDVS--SVNEDVLLTTGLLCKY :: :...... ... ::.:::.: :: :.:. .:.. .:.:: :: :. :. CCDS43 NK------ATAEILKATVSSCGELALKGFFSCCFEFNDDDLAEAGVDEDEDLTMCLMSKF 520 530 540 550 560 440 450 460 470 480 490 pF1KB0 TAQRFKPKYKFFHKSFQEYTAGRRLSSLLTSHEPEEVTKGNGYLQKMVSISDITSTYSSL ::::..: :.:. .:::. :: :: :: : . :. : .:... : .:.:... CCDS43 TAQRLRPFYRFLSPAFQEFLAGMRLIELLDSDRQEHQDLGLYHLKQINSPMMTVSAYNNF 570 580 590 600 610 620 500 510 520 530 pF1KB0 LRYTCGSSVEATRA---VMKHLAAVYQHG-CLLGLSIAKRPLWRQE--SLQ-----SVKN : :. ::. .:.: ...:: . .. : ..: : .: ::: .. . CCDS43 LNYV--SSLPSTKAGPKIVSHLLHLVDNKESLENISENDDYLKHQPEISLQMQLLRGLWQ 630 640 650 660 670 680 540 550 560 570 580 590 pF1KB0 TTEQEILKAININSFVECGIHLYQESTSKSALSQEFEAFFQGKSLYINSGNIPDYLFDFF : .. .. . .: :: :.. .: : :.::..: ... :. .:.:: CCDS43 ICPQAYFSMVSEHLLVLALKTAYQ-SNTVAACSPFVLQFLQGRTLTLGALNL-QYFFDHP 690 700 710 720 730 740 600 610 620 630 pF1KB0 E--------HLP----------------NC--ASALDFIKLDFYGG--AMASWEKA-AED : :.: .: : . : :. .. : ::. :: CCDS43 ESLSLLRSIHFPIRGNKTSPRAHFSVLETCFDKSQVPTIDQDYASAFEPMNEWERNLAEK 750 760 770 780 790 800 640 650 660 670 680 pF1KB0 TGGIH-MEEAPETYIPSRAVSLFFNWK---QEFRT--LEVTLRDFSKLNKQDIRYLGKIF ... . . . :. ... :: .... ::: . :.. .... .. : .: CCDS43 EDNVKSYMDMQRRASPDLSTGY---WKLSPKQYKIPCLEVDVNDIDVVGQDMLEILMTVF 810 820 830 840 850 860 690 700 710 720 730 740 pF1KB0 SSATSLRLQIKRCAGVAGSLSLVLSTCK-NIYSLMVEASPLTIEDERHITSVTNLKTLSI :.. ..:.... : :. .: : .. . . :. ... . .. .:..: . CCDS43 SASQRIELHLNHSRGFIESIRPALELSKASVTKCSISKLELSAAEQELLLTLPSLESLEV 870 880 890 900 910 920 750 760 770 pF1KB0 HDL---QNQRLPGGLTDSLGNLKNLTKLIMDNIKM----------------------NEE :.: .:. :.. ::.:. . ::.. : CCDS43 SGTIQSQDQIFPN--LDKFLCLKELSVDLEGNINVFSVIPEEFPNFHHMEKLLIQISAEY 930 940 950 960 970 980 780 790 800 810 820 830 pF1KB0 DAIKLAEGLKNLKKMCLFHL--THLSDIGEGMDYIVKSLSSEPCD-LEEIQLVSCCLSAN : ::.. ..: .. .::: . .::.: : ..:. : : ::.. . ..: CCDS43 DPSKLVKLIQNSPNLHVFHLKCNFFSDFGSLMTMLVS------CKKLTEIKFSDSFFQA- 990 1000 1010 1020 1030 840 850 860 870 880 890 pF1KB0 AVKILAQNLHNLVKLSILDL-SENYLEKDGNEALHELIDRMNVLEQLTALMLPWGCDVQG : ..: .: :...:.::.: .... ... .: . .. .. ::.: .:: : . CCDS43 -VPFVA-SLPNFISLKILNLEGQQFPDEETSEKFAYILGSLSNLEEL---ILPTGDGIYR 1040 1050 1060 1070 1080 900 910 920 930 940 950 pF1KB0 SLSSLLKHLEEVPQLVKLGLKNWRLTDTEIRILGAFFGKNPLKNFQQLNLAGN-RVSSDG . .... ... : :.. . :.: . .. .. ......:.:. : ... .: CCDS43 VAKLIIQQCQQLHCLRVLSFFK-TLNDDSVVEIAKVAISGGFQKLENLKLSINHKITEEG 1090 1100 1110 1120 1130 1140 960 970 980 990 1000 1010 pF1KB0 WLAFMGVFENLKQLVFFDFS---TKEFLPDPALVRKLSQVLSKLTFLQEARLVGWQFDDD . :. ...:. .: .:.: :. . . . :..::: . .: : CCDS43 YRNFFQALDNMPNLQELDISRHFTECIKAQATTVKSLSQCVLRLPRLIRLNMLSWLLDAD 1150 1160 1170 1180 1190 1200 1020 pF1KB0 DLSVITGAFKLVTA CCDS43 DIALLNVMKERHPQSKYLTILQKWILPFSPIIQK 1210 1220 1230 1240 >>CCDS4009.1 NAIP gene_id:4671|Hs108|chr5 (1403 aa) initn: 396 init1: 164 opt: 648 Z-score: 704.5 bits: 142.4 E(32554): 6.4e-33 Smith-Waterman score: 781; 24.5% identity (57.2% similar) in 1037 aa overlap (59-997:358-1356) 30 40 50 60 70 80 pF1KB0 VWNVLNREEVNIICCEKVEQDAARGIIHMILKKGSESCNLFLKSLKEWNY-------PLF :.. .: :.: :.. .: : :. 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CCDS40 SIPQVIGKLIQKNHLSRTCLLIAVRTNRARDIRRYLETILEIKAFPFYNTVCILRKLFSH 560 570 580 590 600 610 320 330 340 350 360 370 pF1KB0 ELAE--GLLLQIQKSRCLRNLMKTPLFVVITCAIQMGESEFHSHTQTTLFHTFYDLLIQK .... ... . :.. :....::::::. :: . : ....:..... : . CCDS40 NMTRLRKFMVYFGKNQSLQKIQKTPLFVAAICAHWFQYPFDPSFDDVAVFKSYMERLSLR 620 630 640 650 660 670 380 390 400 410 420 430 pF1KB0 NKHKHKGVAASDFIR-SLDHCGDLALEGVFSHKFDFELQDVS--SVNEDVLLTTGLLCKY :: :...... ... ::.:::.: :: :.:. .:.. .:.:: :: :. :. CCDS40 NK------ATAEILKATVSSCGELALKGFFSCCFEFNDDDLAEAGVDEDEDLTMCLMSKF 680 690 700 710 720 730 440 450 460 470 480 490 pF1KB0 TAQRFKPKYKFFHKSFQEYTAGRRLSSLLTSHEPEEVTKGNGYLQKMVSISDITSTYSSL ::::..: :.:. .:::. :: :: :: : . :. : .:... : .:.:... CCDS40 TAQRLRPFYRFLSPAFQEFLAGMRLIELLDSDRQEHQDLGLYHLKQINSPMMTVSAYNNF 740 750 760 770 780 790 500 510 520 530 pF1KB0 LRYTCGSSVEATRA---VMKHLAAVYQHG-CLLGLSIAKRPLWRQE--SLQ-----SVKN : :. ::. .:.: ...:: . .. : ..: : .: ::: .. . 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