FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE4595, 1241 aa 1>>>pF1KE4595 1241 - 1241 aa - 1241 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.0469+/-0.000497; mu= 10.5291+/- 0.031 mean_var=308.8430+/-63.262, 0's: 0 Z-trim(116.4): 289 B-trim: 33 in 1/58 Lambda= 0.072980 statistics sampled from 27134 (27462) to 27134 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.661), E-opt: 0.2 (0.322), width: 16 Scan time: 17.950 The best scores are: opt bits E(85289) NP_004637 (OMIM: 256300,602716) nephrin precursor (1241) 8359 896.0 0 NP_002933 (OMIM: 602431,610878) roundabout homolog (1378) 461 64.5 5.7e-09 NP_001122401 (OMIM: 602431,610878) roundabout homo (1394) 461 64.5 5.7e-09 XP_016862492 (OMIM: 602431,610878) PREDICTED: roun (1401) 461 64.5 5.7e-09 XP_016862489 (OMIM: 602431,610878) PREDICTED: roun (1420) 461 64.5 5.8e-09 XP_016862482 (OMIM: 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overlap (450-1052:37-633) 420 430 440 450 460 470 pF1KE4 FSEAFTKETFKKSLILNVKYPAQKLWIEGPPEGQKLRAGTRVRLVCLAIGGNPEPSLMWY : . : . : : : : : :.. :: NP_002 TQLLLCGFLYVRVDGSRLRQEDFPPRIVEHPSDVIVSKGEPTTLNCKA-EGRPTPTIEWY 10 20 30 40 50 60 480 490 500 510 520 530 pF1KE4 KDSRTVTESRLPQESRRVHLGSVEKSGSTFSRELVLVTGPSDNQAKFTCKA----GQL-- ::.. : .. .:.:. : ::: : ..: . ......: : :. NP_002 KDGERVETDKDDPRSHRMLL----PSGSLFFLRIVHGRRSKPDEGSYVCVARNYLGEAVS 70 80 90 100 110 120 540 550 560 570 580 pF1KE4 -SASTQLAV---QF--PPTNVTILANASALRPGDALNLTCVSVSSNPPVNLSWDKEGERL .:: ..:. .: ::.:.. :. :. : : ..: .. : :. :. NP_002 RNASLEVALLRDDFRQNPTDVVVAAGEPAI-------LECQPPRGHPEPTIYWKKDKVRI 130 140 150 160 170 590 600 610 620 630 640 pF1KE4 EGVAAPPRRAPFKGSAAARSVLLQVSSRDHGQRVTCRAHSAELRETVSSFYRLNVLYRPE . .: ..:. ..... . .. . :: . . . : :. .:.:. :: NP_002 DD---KEERISIRGG----KLMISNTRKSDAGMYTC-VGTNMVGERDSDPAELTVFERPT 180 190 200 210 220 650 660 670 680 690 700 pF1KE4 FLGEQVLVVTAVEQGEALLPVSVSANPAPEAFNWTFRGYRLSPAGGPRHRILSSGALHLW :: . . :. .:. . . .:...: : . : : : : :. : .. .:.. NP_002 FLRRPINQVV-LEEEAVEFRCQVQGDPQPTV-RWKKDDADL-PRG--RYDIKDDYTLRIK 230 240 250 260 270 280 710 720 730 740 750 760 pF1KE4 NVTRADDGLYQLHCQNSEGTAEARLRLDVHYAPTIRALQDPTEVNVGGSVDIVCTVDANP .. .:.: :. .: : :: : :. : . . : : .: . : . .:: NP_002 KTMSTDEGTYMCIAENRVGKMEASATLTVRAPPQFVVRPRDQIVAQGRTVTFPCETKGNP 290 300 310 320 330 340 770 780 790 800 810 820 pF1KE4 ILPGMFNWERLGEDE---EDQSLDDMEKISRGPTGRLRIHHAKLAQAGAYQC----IVDN :..: :.. : .. .: . . : .::: : : . . ..:: : : .. . 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XP_016 FLRRPINQVV-LEEEAVEFRCQVQGDPQPTV-RWKKDDADL-PRG--RYDIKDDYTLRIK 250 260 270 280 290 300 710 720 730 740 750 760 pF1KE4 NVTRADDGLYQLHCQNSEGTAEARLRLDVHYAPTIRALQDPTEVNVGGSVDIVCTVDANP .. .:.: :. .: : :: : :. : . . : : .: . : . .:: XP_016 KTMSTDEGTYMCIAENRVGKMEASATLTVRAPPQFVVRPRDQIVAQGRTVTFPCETKGNP 310 320 330 340 350 360 770 780 790 800 810 820 pF1KE4 ILPGMFNWERLGEDE---EDQSLDDMEKISRGPTGRLRIHHAKLAQAGAYQC----IVDN :..: :.. : .. .: . . : .::: : : . . ..:: : : .. . XP_016 -QPAVF-WQKEGSQNLLFPNQPQQPNSRCSVSPTGDLTITNIQRSDAGYYICQALTVAGS 370 380 390 400 410 420 830 840 850 860 870 880 pF1KE4 GVAPPARRLLRLVVRFAPQVEHPTPLTKVAAAGDSTSSATLHCRARGVPNIVFTWTKNGV .: .. ... : . : ... :. :.: : :.:.: : : :..: :.: XP_016 ILAKAQLEVTDVLTDRPPPIILQGPANQTLAV-DGT--ALLKCKATGDPLPVISWLKEGF 430 440 450 460 470 890 900 910 920 930 pF1KE4 PLDLQDPRYTEHTYHQGGVHSSLLTIANVSAAQDYALFTCTATNALGSDQTNIQL----- . .::: : .:: : : :. . : . .::.::.. : . . : XP_016 TFPGRDPRAT--IQEQG-----TLQIKNLRIS-DTGTYTCVATSSSGETSWSAVLDVTES 480 490 500 510 520 530 940 950 960 970 980 pF1KE4 -VSISR-------PDPPSGLKVVSLTPHSVGLEWKPGFDGGLPQRFCIRYEALGTPGFHY ..::. : ::: .:...: .:: : :.:: : :: : ::.. . 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NP_115 DGATFH--QTLLKEGTPG---SVESTLTLTPFSHDDGATFVCRARSQALPTGRDTAITLS 170 180 190 200 210 220 240 250 260 270 280 290 pF1KE4 VLFPPGPPVIEWPGLDEGHVRAGQSLELPCVARGGNPLATLQWLKNGQPVSTAWGTEHTQ . .:: . : :. :... . : : . :.. .: :.:.:: : : . . NP_115 LQYPPEVTLSASPHT----VQEGEKVIFLCQATAQPPVTGYRWAKGGSPVLGARGPR-LE 230 240 250 260 270 300 310 320 330 340 350 pF1KE4 AVARSVLVMTVRPEDHGAQLSCEAHNSVSAGTQEHGITLQVTFPPSAIIILGSASQTENK .:: . .. ..: .:::. :.: :. ... .:.: : : .: .. 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