FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE2440, 3075 aa 1>>>pF1KE2440 3075 - 3075 aa - 3075 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.8376+/-0.000713; mu= 5.8702+/- 0.044 mean_var=388.5710+/-82.083, 0's: 0 Z-trim(112.1): 360 B-trim: 52 in 1/56 Lambda= 0.065064 statistics sampled from 20528 (20888) to 20528 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.559), E-opt: 0.2 (0.245), width: 16 Scan time: 23.000 The best scores are: opt bits E(85289) NP_005550 (OMIM: 150320,615960) laminin subunit al (3075) 21241 2011.9 0 XP_011523957 (OMIM: 150320,615960) PREDICTED: lami (3085) 18747 1777.8 0 XP_011523959 (OMIM: 150320,615960) PREDICTED: lami (2489) 17330 1644.7 0 XP_011523958 (OMIM: 150320,615960) PREDICTED: lami (2561) 14900 1416.6 0 NP_001073291 (OMIM: 156225,607855) laminin subunit (3118) 7174 691.5 5.7e-197 NP_000417 (OMIM: 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NP_001 SLNEVCVKDEKHA--RRGLAPGSCHCKTGFGGVSCDRCARGYTGYPDCKACNCSGLGSKN 430 440 450 460 470 470 480 490 500 510 520 pF1KE2 DEPCTGPCVCKENVEGKACDRCKPGFYNLKEKNPRGCSECFCFGVSDVCSSLSWPVGQVN ..:: :::.::::::: :.::: ::.::.: : .::.:::: :::. :.: : :... NP_001 EDPCFGPCICKENVEGGDCSRCKSGFFNLQEDNWKGCDECFCSGVSNRCQSSYWTYGKIQ 480 490 500 510 520 530 530 540 550 560 570 580 pF1KE2 SMSGWLVTDLISPRKIPSQQDALGGRHQVSINNTAVMQRLAPKYYWAAPEAYLGNKLTAF .:::: .::: . .. ::: : . .:.::.:. . : : .:::.:: :::::: : NP_001 DMSGWYLTDLPGRIRVAPQQDDLDSPQQISISNAEARQALPHSYYWSAPAPYLGNKLPAV 540 550 560 570 580 590 590 600 610 620 630 640 pF1KE2 GGFLKYTVSYDIPVETVDSNLMSHADVIIKGNGLTLSTQAEGLSLQPYEEYLNVVRLVPE :: : .:.:::. : :.. . . .:..:: :..:: . . :.: ::. ::. : : NP_001 GGQLTFTISYDLEEEEEDTERVLQLMIILEGNDLSISTAQDEVYLHPSEEHTNVLLLKEE 600 610 620 630 640 650 650 660 670 680 690 700 pF1KE2 NFQDFHSKRQIDRDQLMTVLANVTHLLIRANYNSAKMALYRLESVSLDIASSNAIDLVVA .: .. . : ..::::::. ..:.. .:. . :..:: ::.:. : : : .: NP_001 SFTIHGTHFPVRRKEFMTVLANLKRVLLQITYSFGMDAIFRLSSVNLESAVSYPTDGSIA 660 670 680 690 700 710 710 720 730 740 750 760 pF1KE2 ADVEHCECPQGYTGTSCESCLSGYYRVDGILFGGICQPCECHGHAAECN-VHGVCIACAH : :: :.:: ::::.::::: . ::.: .:::::.::.: ::: :. : : :. : NP_001 AAVEVCQCPPGYTGSSCESCWPRHRRVNGTIFGGICEPCQCFGHAESCDDVTGECLNCKD 720 730 740 750 760 770 770 780 790 800 810 820 pF1KE2 NTTGVHCEQCLPGFYGEPSRGTPGDCQPCACPLTIASNNFSPTCHLNDGDEVVCDWCAPG .: : .:..:::::::::..:: :::::::::.: ::::::::::. . ..:: : : NP_001 HTGGPYCDKCLPGFYGEPTKGTSEDCQPCACPLNIPSNNFSPTCHLDRSLGLICDGCPVG 780 790 800 810 820 830 830 840 850 860 870 880 pF1KE2 YSGAWCERCADGYYGNPTVPGESCVPCDCSGNVDPSEAGHCDSVTGECLKCLGNTDGAHC :.: :::::.::.:.:.::: :: ::.:. :.: : : :::..: :: : .: : .: NP_001 YTGPRCERCAEGYFGQPSVPGGSCQPCQCNDNLDFSIPGSCDSLSGSCLICKPGTTGRYC 840 850 860 870 880 890 890 900 910 920 930 940 pF1KE2 ERCADGFYGDAVTAKNCRACECHVKGSHSAVCHLETGLCDCKPNVTGQQCDQCLHGYYGL : ::::..:::: ::::. :.:.. :: : ::: .:: :.:. :: ::.::.: : .:: NP_001 ELCADGYFGDAVDAKNCQPCRCNAGGSFSEVCHSQTGQCECRANVQGQRCDKCKAGTFGL 900 910 920 930 940 950 950 960 970 980 990 1000 pF1KE2 DSGHGCRPCNCSVAGSVSDGCTDEGQCHCVPGVAGKRCDRCAHGFYAYQDGSCTPCDCPH .:..:: ::::. :: : : . ::: : :::.::.:::::::.. .:.:.:: :.: : NP_001 QSARGCVPCNCNSFGSKSFDCEESGQCWCQPGVTGKKCDRCAHGYFNFQEGGCTACECSH 960 970 980 990 1000 1010 1010 1020 1030 1040 1050 1060 pF1KE2 TQNTCDPETGECVCPPHTQGVKCEECEDGHWGYDAEVGCQACNCSLVGSTHHRCDVVTGH :.:::.::.:.:::.: : :: .: . ::.. .::.::::: ::: .:.: ::. NP_001 LGNNCDPKTGRCICPPNTIGEKCSKCAPNTWGHSITTGCKACNCSTVGSLDFQCNVNTGQ 1020 1030 1040 1050 1060 1070 1070 1080 1090 1100 1110 1120 pF1KE2 CQCKSKFGGRACDQCSLGYRDFPDCVPCDCDLRGTSGDACNLEQGLCGCVEETGACPCKE :.:. ::.: : .:: :. ..: : ::: : ::.. .:. : :.: ..:: : :: NP_001 CNCHPKFSGAKCTECSRGHWNYPRCNLCDCFLPGTDATTCDSETKKCSCSDQTGQCTCKV 1080 1090 1100 1110 1120 1130 1130 1140 1150 1160 1170 1180 pF1KE2 NVFGPQCNECREGTFALRADNPLGCSPCFCSGLSHLCSELEDYVRTPVTLGSDQPLLRVV :: : .:..:: : :.: : :::::: :.: : . ::: . .:: ::: ..: .: .: NP_001 NVEGIHCDRCRPGKFGLDAKNPLGCSSCYCFGTTTQCSEAKGLIRTWVTLKAEQTILPLV 1140 1150 1160 1170 1180 1190 1190 1200 1210 1220 1230 1240 pF1KE2 SQSNLRGTTEGVYYQAPDFLLDAATVRQHIRAEPFYWRLPQQFQGDQLMAYGGKLKYSVA ... . ::.:. .: :... .:. .. :::::.::.::.: .::::::::::.. NP_001 DEALQHTTTKGIVFQHPEIVAHMDLMREDLHLEPFYWKLPEQFEGKKLMAYGGKLKYAIY 1200 1210 1220 1230 1240 1250 1250 1260 1270 1280 1290 pF1KE2 FYSLDGVGTSNFEPQVLIKGGR-IRKQVIYMDAPAPENGVRQEQEVAMRENFWKYF--NS : . . .: :...:::.:.:: . ..: :: : ..:. : :. :::. . NP_001 FEAREETGFSTYNPQVIIRGGTPTHARIIVRHMAAPLIGQLTRHEIEMTEKEWKYYGDDP 1260 1270 1280 1290 1300 1310 1300 1310 1320 1330 1340 1350 pF1KE2 VSEKPVTREDFMSVLSDIEYILIKASYGQGLQQSRISDISMEV---GRKAEKLHPEEEVA .. ::::::...: ::.::::::.::. ..:::::.::::: :: . : : NP_001 RVHRTVTREDFLDILYDIHYILIKATYGNFMRQSRISEISMEVAEQGRGTTMTPP----A 1320 1330 1340 1350 1360 1370 1360 1370 1380 1390 1400 1410 pF1KE2 SLLENCVCPPGTVGFSCQDCAPGYHRGKLPAGSDRGPRPLVAPCVPCSCNNHSDTCDPNT .:.:.: :: : :.::. : ::..: . :. : : : .. ::::.::.::. :::.: NP_001 DLIEKCDCPLGYSGLSCEACLPGFYRLRSQPGG-RTPGPTLGTCVPCQCNGHSSLCDPET 1380 1390 1400 1410 1420 1430 1420 1430 1440 1450 1460 1470 pF1KE2 GKCLNCGDNTAGDHCDVCTSGYYGKVTGSASDCALCACPH-SPPASFSPTCVLEGDHDFR . : :: .:::: :. :. :::: : : .:: :::: : .:::.:: :: :.: NP_001 SICQNCQHHTAGDFCERCALGYYGIVKGLPNDCQQCACPLISSSNNFSPSCVAEGLDDYR 1440 1450 1460 1470 1480 1490 1480 1490 1500 1510 1520 1530 pF1KE2 CDACLLGYEGKHCERCSSSYYGNPQTPGGSCQKCDCNPHGSVHGDCDRTSGQCVCRLGAS : :: ::::..::::. .: :.: .::::::.:.:.:.::. :: ..: :.:: ::. NP_001 CTACPRGYEGQYCERCAPGYTGSPGNPGGSCQECECDPYGSLPVPCDPVTGFCTCRPGAT 1500 1510 1520 1530 1540 1550 1540 1550 1560 1570 1580 1590 pF1KE2 GLRCDECEPRHILMETDCVSCDDECVGVLLNDLDEIGDAVLSLNLTGIIPVPYGILSNLE : .:: :. : .:: : :::.:.::.:: .. . :.:.:::: .:.:: .: .:: NP_001 GRKCDGCKHWHAREGWECVFCGDECTGLLLGDLARLEQMVMSINLTGPLPAPYKMLYGLE 1560 1570 1580 1590 1600 1610 1600 1610 1620 1630 1640 1650 pF1KE2 NTTKYLQESLLKENMQKDLGKI---KLEGVAEETDNLQKKLTRMLASTQKVNRATERIFK : :. :.. : . . : .. .:. .. : ..: . :.. :. ..... .:: NP_001 NMTQELKHLLSPQRAPERLIQLAEGNLNTLVTEMNELLTRATKVTADGEQTGQDAERTNT 1620 1630 1640 1650 1660 1670 1660 1670 1680 1690 1700 1710 pF1KE2 ESQDLAIAIERLQMSITEIMEKTT-LNQTL-VEDFLLPNSTLQNMQQNGTSLLEIMQIRD ....:. :..: . . ::. ::.:: ..: . . .:...:.. .... .. .. NP_001 RAKSLGEFIKELARDAEAVNEKAIKLNETLGTRDEAF-ERNLEGLQKEIDQMIKELRRKN 1680 1690 1700 1710 1720 1730 1720 1730 1740 1750 1760 1770 pF1KE2 FTQLHQNATLELKAAEDLLSQIQENYQKPLEELEVLKEAASHVLSKHNNELKAAEALVRE . .. : :: ::: ::..... . . : : ... . :. ..:.. : :.:: NP_001 LETQKEIAEDELVAAEALLKKVKKLFGESRGENEEMEKDLREKLADYKNKVDDAWDLLRE 1740 1750 1760 1770 1780 1790 1780 1790 1800 1810 1820 1830 pF1KE2 AEAKMQESNHLLLMVNANLREFSDKKLHVQEEQNLTSELIVQGRGLIDAAAAQTDAVQDA : :..:.:.:. . . :. . :: :. . . . .: ..: : .: ... NP_001 ATDKIREANRLFAVNQKNMTALEKKKEAVESGKRQIENTLKEGNDILDEANRLADEINSI 1800 1810 1820 1830 1840 1850 1840 1850 1860 1870 1880 1890 pF1KE2 LEHLEDHQDKLLLWSAKIRHHIDDLVMHMSQRNAVDLVYRAEDHAAEFQRLADVLYSGLE ....:: : :: : .. .:::: .....:. .. : .::.:::... . :: . :. 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NP_001 QVEDSEGTIQFDGEGYALVSRPIRWYP-NISTVMFKFRTFSSSALLMYLATRDLRDFMSV 2340 2350 2360 2370 2380 2390 2360 2370 2380 2390 2400 2410 pF1KE2 ELFRGRVKVMTDLGSGPITLLTDRRYNNGTWYKIAFQRNRKQGVLAVIDAYNTSNKETKQ :: :..:: ::::: ...... .:.: : .....: .::. ....: .:...:. NP_001 ELTDGHIKVSYDLGSGMASVVSNQNHNDGKWKSFTLSRIQKQANISIVDI-DTNQEENIA 2400 2410 2420 2430 2440 2450 2420 2430 2440 2450 2460 2470 pF1KE2 GETPGASSDLNRLDKDPIYVGGLPRSRVVRRGVTTKSFVGCIKNLEISRSTFDLLRNS-- . : . :. : :: :::: : .: :. :.. ::.:..::::. ...: . NP_001 TSSSGNNFGLDLKADDKIYFGGLPTLRNLRPEVNLKKYSGCLKDIEISRTPYNILSSPDY 2460 2470 2480 2490 2500 2510 2480 2490 2500 2510 2520 2530 pF1KE2 YGVRKGCLLEPIRSVSFLKGGYIELPPKSLSPESEWLVTFATTNSSGIILAALGGD-VEK :: ::: :: . .::: : :..:: : .. .: ..:.: : ::::: . :: . 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NP_001 AQSPNPASTSADTNDPVFVGGFPDDLKQFGLTTSIPFRGCIRSLKLTKGTGKPLEVNFAK 3050 3060 3070 3080 3090 3100 3060 3070 pF1KE2 AFELHGVFLHSCPGTES :.::.:: ::: NP_001 ALELRGVQPVSCPAN 3110 >>NP_000417 (OMIM: 156225,607855) laminin subunit alpha- (3122 aa) initn: 6677 init1: 2247 opt: 7174 Z-score: 3657.2 bits: 691.5 E(85289): 5.7e-197 Smith-Waterman score: 9925; 46.0% identity (72.1% similar) in 3132 aa overlap (4-3071:6-3120) 10 20 30 40 pF1KE2 MRGGVLLVLLLC-----VAAQ----------CRQRGLFPAILNLASNAHISTNATCGE ::::.::: : :: .:::::::.::::::: :.::::::: NP_000 MPGAAGVLLLLLLSGGLGGVQAQRPQQQRQSQAHQQRGLFPAVLNLASNALITTNATCGE 10 20 30 40 50 60 50 60 70 80 90 100 pF1KE2 KGPEMFCKLVEHVPGRPVRNPQCRICDGNSANPRERHPISHAIDGTNNWWQSPSIQNGRE :::::.:::::::::.::::::::::. ::.:: .::::..:::: :.:::::::.:: : NP_000 KGPEMYCKLVEHVPGQPVRNPQCRICNQNSSNPNQRHPITNAIDGKNTWWQSPSIKNGIE 70 80 90 100 110 120 110 120 130 140 150 160 pF1KE2 YHWVTITLDLRQVFQVAYVIIKAANAPRPGNWILERSLDGTTFSPWQYYAVSDSECLSRY ::.:::::::.::::.::::.::::.::::::::::::: . ..::::.::.:.:::. : NP_000 YHYVTITLDLQQVFQIAYVIVKAANSPRPGNWILERSLDDVEYKPWQYHAVTDTECLTLY 130 140 150 160 170 180 170 180 190 200 210 220 pF1KE2 NITPRRGPPTYRADDEVICTSYYSRLVPLEHGEIHTSLINGRPSADDLSPKLLEFTSARY :: :: :::.: ::::::::.::.. :::.:::: ::::::::::: ::.::::::::: NP_000 NIYPRTGPPSYAKDDEVICTSFYSKIHPLENGEIHISLINGRPSADDPSPELLEFTSARY 190 200 210 220 230 240 230 240 250 260 270 280 pF1KE2 IRLRLQRIRTLNADLMTLSHREPKELDPIVTRRYYYSIKDISVGGMCICYGHASSCPWDE ::::.::::::::::: ..:..:.:.:::::::::::.::::::::::::::: .:: : NP_000 IRLRFQRIRTLNADLMMFAHKDPREIDPIVTRRYYYSVKDISVGGMCICYGHARACPLDP 250 260 270 280 290 300 290 300 310 320 330 340 pF1KE2 TTKKLQCQCEHNTCGESCNRCCPGYHQQPWRPGTVSSGNTCEACNCHNKAKDCYYDESVA .:.: .:.:::::::.::..::::.::.::: :: . . :::::::.::..:::::.:: NP_000 ATNKSRCECEHNTCGDSCDQCCPGFHQKPWRAGTFLTKTECEACNCHGKAEECYYDENVA 310 320 330 340 350 360 350 360 370 380 390 400 pF1KE2 KQKKSLNTAGQFRGGGVCINCLQNTMGINCETCIDGYYRPHKVSPYEDEPCRPCNCDPVG ... ::: :.. :::::::: ::: ::::::: ::..::. ::: .::.::.:::.: NP_000 RRNLSLNIRGKYIGGGVCINCTQNTAGINCETCTDGFFRPKGVSPNYPRPCQPCHCDPIG 370 380 390 400 410 420 410 420 430 440 450 460 pF1KE2 SLSSVCIKDDLHSDLHNGKQPGQCPCKEGYTGEKCDRCQLGYKDYPTCVSCGCNPVGSAS ::. ::.::. :. . : ::.: :: :. : .:::: :: :: : .:.:. .:: . 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NP_000 LGNNCDPKTGRCICPPNTIGEKCSKCAPNTWGHSITTGCKACNCSTVGSLDFQCNVNTGQ 1020 1030 1040 1050 1060 1070 1070 1080 1090 1100 1110 1120 pF1KE2 CQCKSKFGGRACDQCSLGYRDFPDCVPCDCDLRGTSGDACNLEQGLCGCVEETGACPCKE :.:. ::.: : .:: :. ..: : ::: : ::.. .:. : :.: ..:: : :: NP_000 CNCHPKFSGAKCTECSRGHWNYPRCNLCDCFLPGTDATTCDSETKKCSCSDQTGQCTCKV 1080 1090 1100 1110 1120 1130 1130 1140 1150 1160 1170 1180 pF1KE2 NVFGPQCNECREGTFALRADNPLGCSPCFCSGLSHLCSELEDYVRTPVTLGSDQPLLRVV :: : .:..:: : :.: : :::::: :.: : . ::: . .:: ::: ..: .: .: NP_000 NVEGIHCDRCRPGKFGLDAKNPLGCSSCYCFGTTTQCSEAKGLIRTWVTLKAEQTILPLV 1140 1150 1160 1170 1180 1190 1190 1200 1210 1220 1230 1240 pF1KE2 SQSNLRGTTEGVYYQAPDFLLDAATVRQHIRAEPFYWRLPQQFQGDQLMAYGGKLKYSVA ... . ::.:. .: :... .:. .. :::::.::.::.: .::::::::::.. NP_000 DEALQHTTTKGIVFQHPEIVAHMDLMREDLHLEPFYWKLPEQFEGKKLMAYGGKLKYAIY 1200 1210 1220 1230 1240 1250 1250 1260 1270 1280 1290 pF1KE2 FYSLDGVGTSNFEPQVLIKGGR-IRKQVIYMDAPAPENGVRQEQEVAMRENFWKYF--NS : . . .: :...:::.:.:: . ..: :: : ..:. : :. :::. . 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