Result of FASTA (omim) for
pFN21AE2065
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE2065, 719 aa
1>>>pF1KE2065 719 - 719 aa - 719 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
64704883 residues in 91410 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.0917+/-0.000352; mu= 22.1853+/- 0.022
mean_var=77.1103+/-15.791, 0's: 0 Z-trim(114.4): 48 B-trim: 1247 in 1/53
Lambda= 0.146056
statistics sampled from 24990 (25036) to 24990 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.65), E-opt: 0.2 (0.274), width: 16
Scan time: 5.690
The best scores are: opt bits E(91410)
NP_058197 (OMIM: 603350) 2'-5'-oligoadenylate synt ( 719) 4912 1045.0 0
NP_002526 (OMIM: 603350) 2'-5'-oligoadenylate synt ( 687) 4666 993.1 0
NP_001027581 (OMIM: 164350,222100) 2'-5'-oligoaden ( 414) 1299 283.5 1.3e-75
NP_002525 (OMIM: 164350,222100) 2'-5'-oligoadenyla ( 364) 1267 276.7 1.2e-73
NP_001307080 (OMIM: 164350,222100) 2'-5'-oligoaden ( 360) 1264 276.0 1.9e-73
XP_006719497 (OMIM: 164350,222100) 2'-5'-oligoaden ( 384) 1264 276.1 2e-73
NP_058132 (OMIM: 164350,222100) 2'-5'-oligoadenyla ( 400) 1264 276.1 2.1e-73
XP_016874852 (OMIM: 603351) 2'-5'-oligoadenylate s (1038) 1061 233.7 3.1e-60
NP_006178 (OMIM: 603351) 2'-5'-oligoadenylate synt (1087) 1061 233.7 3.3e-60
XP_005253946 (OMIM: 603351) 2'-5'-oligoadenylate s (1089) 1061 233.7 3.3e-60
NP_001027903 (OMIM: 603350) 2'-5'-oligoadenylate s ( 172) 996 219.3 1.1e-56
XP_016875629 (OMIM: 603281) 2'-5'-oligoadenylate s ( 366) 796 177.4 9.3e-44
NP_003724 (OMIM: 603281) 2'-5'-oligoadenylate synt ( 514) 796 177.6 1.2e-43
XP_016874851 (OMIM: 164350,222100) 2'-5'-oligoaden ( 237) 741 165.7 2.1e-40
XP_011536715 (OMIM: 164350,222100) 2'-5'-oligoaden ( 406) 580 132.0 5.1e-30
XP_016874850 (OMIM: 164350,222100) 2'-5'-oligoaden ( 392) 545 124.6 8.2e-28
NP_001248754 (OMIM: 603281) 2'-5'-oligoadenylate s ( 384) 436 101.6 6.6e-21
NP_937856 (OMIM: 603281) 2'-5'-oligoadenylate synt ( 255) 263 65.0 4.6e-10
XP_016875630 (OMIM: 603281) 2'-5'-oligoadenylate s ( 255) 263 65.0 4.6e-10
>>NP_058197 (OMIM: 603350) 2'-5'-oligoadenylate synthase (719 aa)
initn: 4912 init1: 4912 opt: 4912 Z-score: 5590.4 bits: 1045.0 E(91410): 0
Smith-Waterman score: 4912; 100.0% identity (100.0% similar) in 719 aa overlap (1-719:1-719)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MGNGESQLSSVPAQKLGWFIQEYLKPYEECQTLIDEMVNTICDVLQEPEQFPLVQGVAIG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_058 MGNGESQLSSVPAQKLGWFIQEYLKPYEECQTLIDEMVNTICDVLQEPEQFPLVQGVAIG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 GSYGRKTVLRGNSDGTLVLFFSDLKQFQDQKRSQRDILDKTGDKLKFCLFTKWLKNNFEI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_058 GSYGRKTVLRGNSDGTLVLFFSDLKQFQDQKRSQRDILDKTGDKLKFCLFTKWLKNNFEI
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 QKSLDGFTIQVFTKNQRISFEVLAAFNALSLNDNPSPWIYRELKRSLDKTNASPGEFAVC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_058 QKSLDGFTIQVFTKNQRISFEVLAAFNALSLNDNPSPWIYRELKRSLDKTNASPGEFAVC
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE2 FTELQQKFFDNRPGKLKDLILLIKHWHQQCQKKIKDLPSLSPYALELLTVYAWEQGCRKD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_058 FTELQQKFFDNRPGKLKDLILLIKHWHQQCQKKIKDLPSLSPYALELLTVYAWEQGCRKD
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE2 NFDIAEGVRTVLELIKCQEKLCIYWMVNYNFEDETIRNILLHQLQSARPVILDPVDPTNN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_058 NFDIAEGVRTVLELIKCQEKLCIYWMVNYNFEDETIRNILLHQLQSARPVILDPVDPTNN
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE2 VSGDKICWQWLKKEAQTWLTSPNLDNELPAPSWNVLPAPLFTTPGHLLDKFIKEFLQPNK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_058 VSGDKICWQWLKKEAQTWLTSPNLDNELPAPSWNVLPAPLFTTPGHLLDKFIKEFLQPNK
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE2 CFLEQIDSAVNIIRTFLKENCFRQSTAKIQIVRGGSTAKGTALKTGSDADLVVFHNSLKS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_058 CFLEQIDSAVNIIRTFLKENCFRQSTAKIQIVRGGSTAKGTALKTGSDADLVVFHNSLKS
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE2 YTSQKNERHKIVKEIHEQLKAFWREKEEELEVSFEPPKWKAPRVLSFSLKSKVLNESVSF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_058 YTSQKNERHKIVKEIHEQLKAFWREKEEELEVSFEPPKWKAPRVLSFSLKSKVLNESVSF
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE2 DVLPAFNALGQLSSGSTPSPEVYAGLIDLYKSSDLPGGEFSTCFTVLQRNFIRSRPTKLK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_058 DVLPAFNALGQLSSGSTPSPEVYAGLIDLYKSSDLPGGEFSTCFTVLQRNFIRSRPTKLK
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE2 DLIRLVKHWYKECERKLKPKGSLPPKYALELLTIYAWEQGSGVPDFDTAEGFRTVLELVT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_058 DLIRLVKHWYKECERKLKPKGSLPPKYALELLTIYAWEQGSGVPDFDTAEGFRTVLELVT
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KE2 QYQQLCIFWKVNYNFEDETVRKFLLSQLQKTRPVILDPAEPTGDVGGGDRWCWHLLAKEA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_058 QYQQLCIFWKVNYNFEDETVRKFLLSQLQKTRPVILDPAEPTGDVGGGDRWCWHLLAKEA
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710
pF1KE2 KEWLSSPCFKDGTGNPIPPWKVPTMQTPGSCGARIHPIVNEMFSSRSHRILNNNSKRNF
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_058 KEWLSSPCFKDGTGNPIPPWKVPTMQTPGSCGARIHPIVNEMFSSRSHRILNNNSKRNF
670 680 690 700 710
>>NP_002526 (OMIM: 603350) 2'-5'-oligoadenylate synthase (687 aa)
initn: 4666 init1: 4666 opt: 4666 Z-score: 5310.6 bits: 993.1 E(91410): 0
Smith-Waterman score: 4666; 100.0% identity (100.0% similar) in 683 aa overlap (1-683:1-683)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MGNGESQLSSVPAQKLGWFIQEYLKPYEECQTLIDEMVNTICDVLQEPEQFPLVQGVAIG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 MGNGESQLSSVPAQKLGWFIQEYLKPYEECQTLIDEMVNTICDVLQEPEQFPLVQGVAIG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 GSYGRKTVLRGNSDGTLVLFFSDLKQFQDQKRSQRDILDKTGDKLKFCLFTKWLKNNFEI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 GSYGRKTVLRGNSDGTLVLFFSDLKQFQDQKRSQRDILDKTGDKLKFCLFTKWLKNNFEI
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 QKSLDGFTIQVFTKNQRISFEVLAAFNALSLNDNPSPWIYRELKRSLDKTNASPGEFAVC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 QKSLDGFTIQVFTKNQRISFEVLAAFNALSLNDNPSPWIYRELKRSLDKTNASPGEFAVC
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE2 FTELQQKFFDNRPGKLKDLILLIKHWHQQCQKKIKDLPSLSPYALELLTVYAWEQGCRKD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 FTELQQKFFDNRPGKLKDLILLIKHWHQQCQKKIKDLPSLSPYALELLTVYAWEQGCRKD
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE2 NFDIAEGVRTVLELIKCQEKLCIYWMVNYNFEDETIRNILLHQLQSARPVILDPVDPTNN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 NFDIAEGVRTVLELIKCQEKLCIYWMVNYNFEDETIRNILLHQLQSARPVILDPVDPTNN
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE2 VSGDKICWQWLKKEAQTWLTSPNLDNELPAPSWNVLPAPLFTTPGHLLDKFIKEFLQPNK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 VSGDKICWQWLKKEAQTWLTSPNLDNELPAPSWNVLPAPLFTTPGHLLDKFIKEFLQPNK
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE2 CFLEQIDSAVNIIRTFLKENCFRQSTAKIQIVRGGSTAKGTALKTGSDADLVVFHNSLKS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 CFLEQIDSAVNIIRTFLKENCFRQSTAKIQIVRGGSTAKGTALKTGSDADLVVFHNSLKS
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE2 YTSQKNERHKIVKEIHEQLKAFWREKEEELEVSFEPPKWKAPRVLSFSLKSKVLNESVSF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 YTSQKNERHKIVKEIHEQLKAFWREKEEELEVSFEPPKWKAPRVLSFSLKSKVLNESVSF
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE2 DVLPAFNALGQLSSGSTPSPEVYAGLIDLYKSSDLPGGEFSTCFTVLQRNFIRSRPTKLK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 DVLPAFNALGQLSSGSTPSPEVYAGLIDLYKSSDLPGGEFSTCFTVLQRNFIRSRPTKLK
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE2 DLIRLVKHWYKECERKLKPKGSLPPKYALELLTIYAWEQGSGVPDFDTAEGFRTVLELVT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 DLIRLVKHWYKECERKLKPKGSLPPKYALELLTIYAWEQGSGVPDFDTAEGFRTVLELVT
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KE2 QYQQLCIFWKVNYNFEDETVRKFLLSQLQKTRPVILDPAEPTGDVGGGDRWCWHLLAKEA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 QYQQLCIFWKVNYNFEDETVRKFLLSQLQKTRPVILDPAEPTGDVGGGDRWCWHLLAKEA
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710
pF1KE2 KEWLSSPCFKDGTGNPIPPWKVPTMQTPGSCGARIHPIVNEMFSSRSHRILNNNSKRNF
:::::::::::::::::::::::
NP_002 KEWLSSPCFKDGTGNPIPPWKVPVKVI
670 680
>>NP_001027581 (OMIM: 164350,222100) 2'-5'-oligoadenylat (414 aa)
initn: 1144 init1: 563 opt: 1299 Z-score: 1479.2 bits: 283.5 E(91410): 1.3e-75
Smith-Waterman score: 1299; 53.6% identity (77.3% similar) in 362 aa overlap (340-697:4-356)
310 320 330 340 350 360
pF1KE2 WLKKEAQTWLTSPNLDNELPAPSWNVLPAPLFTTPGHLLDKFIKEFLQPNKCFLEQIDSA
: .::.. :::::...: :. :: ::. :
NP_001 MMDLRNTPAKSLDKFIEDYLLPDTCFRMQINHA
10 20 30
370 380 390 400 410 420
pF1KE2 VNIIRTFLKENCFRQSTAKI---QIVRGGSTAKGTALKTGSDADLVVFHNSLKSYTSQKN
..:: :::: ::: :. . ..:.:::..:::.:. :::::::: . : .. .: :
NP_001 IDIICGFLKERCFRGSSYPVCVSKVVKGGSSGKGTTLRGRSDADLVVFLSPLTTFQDQLN
40 50 60 70 80 90
430 440 450 460 470 480
pF1KE2 ERHKIVKEIHEQLKAFWREKEEELEVSFEPPKWKAPRVLSFSLKSKVLNESVSFDVLPAF
.: ....::..::.: ::. .. . :.: ::.::: :.: :.:.: :::::::
NP_001 RRGEFIQEIRRQLEACQRERAFSVKFEVQAPRWGNPRALSFVLSSLQLGEGVEFDVLPAF
100 110 120 130 140 150
490 500 510 520 530 540
pF1KE2 NALGQLSSGSTPSPEVYAGLIDLYKSSDLPG-GEFSTCFTVLQRNFIRSRPTKLKDLIRL
.:::::..: :.:..:. ::. . .:: :::::::: :::.:...::::::.::::
NP_001 DALGQLTGGYKPNPQIYVKLIE--ECTDLQKEGEFSTCFTELQRDFLKQRPTKLKSLIRL
160 170 180 190 200 210
550 560 570 580 590 600
pF1KE2 VKHWYKECERKLKPKGSLPPKYALELLTIYAWEQGSGVPDFDTAEGFRTVLELVTQYQQL
:::::..:..:: :.:::.:::::::.::::.:: :.::.::::::::: .::::
NP_001 VKHWYQNCKKKL---GKLPPQYALELLTVYAWERGSMKTHFNTAQGFRTVLELVINYQQL
220 230 240 250 260
610 620 630 640 650 660
pF1KE2 CIFWKVNYNFEDETVRKFLLSQLQKTRPVILDPAEPTGDVGGGDRWCWHLLAKEAKEWLS
::.: :.:.. ..:.: :: : ::::::::.:::..:::: :. ::.::. ::.
NP_001 CIYWTKYYDFKNPIIEKYLRRQLTKPRPVILDPADPTGNLGGGDPKGWRQLAQEAEAWLN
270 280 290 300 310 320
670 680 690 700 710
pF1KE2 SPCFKDGTGNPIPPWKVPTMQTPGSCGARIHPIVNEMFSSRSHRILNNNSKRNF
::::. :.:. : . :..:::: :::
NP_001 YPCFKNWDGSPVSSWILLTQHTPGS----IHPTGRRGLDLHHPLNASASWGKGLQCYLDQ
330 340 350 360 370 380
NP_001 FLHFQVGLLIQRGQSSSVSWCIIQDRTQVS
390 400 410
>>NP_002525 (OMIM: 164350,222100) 2'-5'-oligoadenylate s (364 aa)
initn: 1316 init1: 525 opt: 1267 Z-score: 1443.5 bits: 276.7 E(91410): 1.2e-73
Smith-Waterman score: 1267; 53.0% identity (77.5% similar) in 355 aa overlap (340-690:4-352)
310 320 330 340 350 360
pF1KE2 WLKKEAQTWLTSPNLDNELPAPSWNVLPAPLFTTPGHLLDKFIKEFLQPNKCFLEQIDSA
: .::.. :::::...: :. :: ::. :
NP_002 MMDLRNTPAKSLDKFIEDYLLPDTCFRMQINHA
10 20 30
370 380 390 400 410 420
pF1KE2 VNIIRTFLKENCFRQSTAKI---QIVRGGSTAKGTALKTGSDADLVVFHNSLKSYTSQKN
..:: :::: ::: :. . ..:.:::..:::.:. :::::::: . : .. .: :
NP_002 IDIICGFLKERCFRGSSYPVCVSKVVKGGSSGKGTTLRGRSDADLVVFLSPLTTFQDQLN
40 50 60 70 80 90
430 440 450 460 470 480
pF1KE2 ERHKIVKEIHEQLKAFWREKEEELEVSFEPPKWKAPRVLSFSLKSKVLNESVSFDVLPAF
.: ....::..::.: ::. .. . :.: ::.::: :.: :.:.: :::::::
NP_002 RRGEFIQEIRRQLEACQRERAFSVKFEVQAPRWGNPRALSFVLSSLQLGEGVEFDVLPAF
100 110 120 130 140 150
490 500 510 520 530 540
pF1KE2 NALGQLSSGSTPSPEVYAGLIDLYKSSDLPG-GEFSTCFTVLQRNFIRSRPTKLKDLIRL
.:::::..: :.:..:. ::. . .:: :::::::: :::.:...::::::.::::
NP_002 DALGQLTGGYKPNPQIYVKLIE--ECTDLQKEGEFSTCFTELQRDFLKQRPTKLKSLIRL
160 170 180 190 200 210
550 560 570 580 590 600
pF1KE2 VKHWYKECERKLKPKGSLPPKYALELLTIYAWEQGSGVPDFDTAEGFRTVLELVTQYQQL
:::::..:..:: :.:::.:::::::.::::.:: :.::.::::::::: .::::
NP_002 VKHWYQNCKKKL---GKLPPQYALELLTVYAWERGSMKTHFNTAQGFRTVLELVINYQQL
220 230 240 250 260
610 620 630 640 650 660
pF1KE2 CIFWKVNYNFEDETVRKFLLSQLQKTRPVILDPAEPTGDVGGGDRWCWHLLAKEAKEWLS
::.: :.:.. ..:.: :: : ::::::::.:::..:::: :. ::.::. ::.
NP_002 CIYWTKYYDFKNPIIEKYLRRQLTKPRPVILDPADPTGNLGGGDPKGWRQLAQEAEAWLN
270 280 290 300 310 320
670 680 690 700 710
pF1KE2 SPCFKDGTGNPIPPWKVPTMQTPGSCGARIHPIVNEMFSSRSHRILNNNSKRNF
::::. :.:. : . .. :.:
NP_002 YPCFKNWDGSPVSSW-ILLVRPPASSLPFIPAPLHEA
330 340 350 360
>>NP_001307080 (OMIM: 164350,222100) 2'-5'-oligoadenylat (360 aa)
initn: 1316 init1: 525 opt: 1264 Z-score: 1440.1 bits: 276.0 E(91410): 1.9e-73
Smith-Waterman score: 1264; 53.9% identity (78.0% similar) in 345 aa overlap (340-680:4-343)
310 320 330 340 350 360
pF1KE2 WLKKEAQTWLTSPNLDNELPAPSWNVLPAPLFTTPGHLLDKFIKEFLQPNKCFLEQIDSA
: .::.. :::::...: :. :: ::. :
NP_001 MMDLRNTPAKSLDKFIEDYLLPDTCFRMQINHA
10 20 30
370 380 390 400 410 420
pF1KE2 VNIIRTFLKENCFRQSTAKI---QIVRGGSTAKGTALKTGSDADLVVFHNSLKSYTSQKN
..:: :::: ::: :. . ..:.:::..:::.:. :::::::: . : .. .: :
NP_001 IDIICGFLKERCFRGSSYPVCVSKVVKGGSSGKGTTLRGRSDADLVVFLSPLTTFQDQLN
40 50 60 70 80 90
430 440 450 460 470 480
pF1KE2 ERHKIVKEIHEQLKAFWREKEEELEVSFEPPKWKAPRVLSFSLKSKVLNESVSFDVLPAF
.: ....::..::.: ::. .. . :.: ::.::: :.: :.:.: :::::::
NP_001 RRGEFIQEIRRQLEACQRERAFSVKFEVQAPRWGNPRALSFVLSSLQLGEGVEFDVLPAF
100 110 120 130 140 150
490 500 510 520 530 540
pF1KE2 NALGQLSSGSTPSPEVYAGLIDLYKSSDLPG-GEFSTCFTVLQRNFIRSRPTKLKDLIRL
.:::::..: :.:..:. ::. . .:: :::::::: :::.:...::::::.::::
NP_001 DALGQLTGGYKPNPQIYVKLIE--ECTDLQKEGEFSTCFTELQRDFLKQRPTKLKSLIRL
160 170 180 190 200 210
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pF1KE2 VKHWYKECERKLKPKGSLPPKYALELLTIYAWEQGSGVPDFDTAEGFRTVLELVTQYQQL
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