Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE4308
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE4308, 318 aa
1>>>pF1KE4308 318 - 318 aa - 318 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.3543+/-0.000755; mu= 15.3556+/- 0.045
mean_var=63.1905+/-12.967, 0's: 0 Z-trim(108.2): 70 B-trim: 37 in 2/47
Lambda= 0.161342
statistics sampled from 9997 (10068) to 9997 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.688), E-opt: 0.2 (0.309), width: 16
Scan time: 2.780
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS31829.1 RDH5 gene_id:5959|Hs108|chr12 ( 318) 2133 504.9 3.4e-143
CCDS41797.1 RDH16 gene_id:8608|Hs108|chr12 ( 317) 1121 269.3 2.8e-72
CCDS8925.1 HSD17B6 gene_id:8630|Hs108|chr12 ( 317) 1059 254.9 6.1e-68
CCDS8926.1 SDR9C7 gene_id:121214|Hs108|chr12 ( 313) 999 240.9 9.6e-64
CCDS2231.1 DHRS9 gene_id:10170|Hs108|chr2 ( 319) 923 223.2 2.1e-58
CCDS74600.1 DHRS9 gene_id:10170|Hs108|chr2 ( 379) 923 223.3 2.4e-58
CCDS3328.1 BDH1 gene_id:622|Hs108|chr3 ( 343) 604 149.0 5e-36
CCDS10837.1 HSD11B2 gene_id:3291|Hs108|chr16 ( 405) 534 132.7 4.6e-31
CCDS10936.1 HSD17B2 gene_id:3294|Hs108|chr16 ( 387) 520 129.5 4.2e-30
CCDS12223.2 RDH8 gene_id:50700|Hs108|chr19 ( 331) 304 79.2 5.1e-15
CCDS11428.1 HSD17B1 gene_id:3292|Hs108|chr17 ( 328) 278 73.1 3.3e-13
CCDS82092.1 DHRS7B gene_id:25979|Hs108|chr17 ( 310) 266 70.3 2.2e-12
CCDS11215.1 DHRS7B gene_id:25979|Hs108|chr17 ( 325) 266 70.3 2.3e-12
CCDS82126.1 HSD17B1 gene_id:3292|Hs108|chr17 ( 329) 266 70.3 2.3e-12
CCDS9743.1 DHRS7 gene_id:51635|Hs108|chr14 ( 339) 257 68.2 1e-11
CCDS6167.1 SDR16C5 gene_id:195814|Hs108|chr8 ( 309) 254 67.5 1.5e-11
CCDS83296.1 SDR16C5 gene_id:195814|Hs108|chr8 ( 318) 254 67.5 1.6e-11
>>CCDS31829.1 RDH5 gene_id:5959|Hs108|chr12 (318 aa)
initn: 2133 init1: 2133 opt: 2133 Z-score: 2684.3 bits: 504.9 E(32554): 3.4e-143
Smith-Waterman score: 2133; 99.7% identity (100.0% similar) in 318 aa overlap (1-318:1-318)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MWLPLLLGALLWAVLWLLRDRQSLPASNALVFITGCDSGFGRLLALQLDQRGFRVLASCL
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CCDS31 MWLPLLLGALLWAVLWLLRDRQSLPASNAFVFITGCDSGFGRLLALQLDQRGFRVLASCL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 TPSGAEDLQRVASSRLHTTLLDITDPQSVQQAAKWVEMHVKEAGLFGLVNNAGVAGIIGP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 TPSGAEDLQRVASSRLHTTLLDITDPQSVQQAAKWVEMHVKEAGLFGLVNNAGVAGIIGP
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 TPWLTRDDFQRVLNVNTMGPIGVTLALLPLLQQARGRVINITSVLGRLAANGGGYCVSKF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 TPWLTRDDFQRVLNVNTMGPIGVTLALLPLLQQARGRVINITSVLGRLAANGGGYCVSKF
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 GLEAFSDSLRRDVAHFGIRVSIVEPGFFRTPVTNLESLEKTLQACWARLPPATQAHYGGA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 GLEAFSDSLRRDVAHFGIRVSIVEPGFFRTPVTNLESLEKTLQACWARLPPATQAHYGGA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 FLTKYLKMQQRIMNLICDPDLTKVSRCLEHALTARHPRTRYSPGWDAKLLWLPASYLPAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 FLTKYLKMQQRIMNLICDPDLTKVSRCLEHALTARHPRTRYSPGWDAKLLWLPASYLPAS
250 260 270 280 290 300
310
pF1KE4 LVDAVLTWVLPKPAQAVY
::::::::::::::::::
CCDS31 LVDAVLTWVLPKPAQAVY
310
>>CCDS41797.1 RDH16 gene_id:8608|Hs108|chr12 (317 aa)
initn: 1134 init1: 807 opt: 1121 Z-score: 1411.2 bits: 269.3 E(32554): 2.8e-72
Smith-Waterman score: 1121; 52.5% identity (77.0% similar) in 318 aa overlap (1-317:1-317)
10 20 30 40 50
pF1KE4 MWLPLLLGALLWAVLWLLRDRQSLPA-SNALVFITGCDSGFGRLLALQLDQRGFRVLASC
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CCDS41 MWLYLAVFVGLYYLLHWYRERQVLSHLRDKYVFITGCDSGFGKLLARQLDARGLRVLAAC
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE4 LTPSGAEDLQRVASSRLHTTLLDITDPQSVQQAAKWVEMHVKEAGLFGLVNNAGVAGIIG
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CCDS41 LTEKGAEQLRGQTSDRLETVTLDVTKTESVAAAAQWVKECVRDKGLWGLVNNAGISLPTA
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE4 PTPWLTRDDFQRVLNVNTMGPIGVTLALLPLLQQARGRVINITSVLGRLAANGGGYCVSK
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CCDS41 PNELLTKQDFVTILDVNLLGVIDVTLSLLPLVRRARGRVVNVSSVMGRVSLFGGGYCISK
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KE4 FGLEAFSDSLRRDVAHFGIRVSIVEPGFFRTPVTNLESLEKTLQACWARLPPATQAHYGG
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CCDS41 YGVEAFSDSLRRELSYFGVKVAMIEPGYFKTAVTSKERFLKSFLEIWDRSSPEVKEAYGE
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KE4 AFLTKYLKMQQRIMNLICDPDLTKVSRCLEHALTARHPRTRYSPGWDAKLLWLPASYLPA
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CCDS41 KFVADYKKSAEQ-MEQKCTQDLSLVTNCMEHALIACHPRTRYSAGWDAKLLYLPMSYMPT
250 260 270 280 290
300 310
pF1KE4 SLVDAVLTWVLPKPAQAVY
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CCDS41 FLVDAIMYWVSPSPAKAL
300 310
>>CCDS8925.1 HSD17B6 gene_id:8630|Hs108|chr12 (317 aa)
initn: 1085 init1: 761 opt: 1059 Z-score: 1333.2 bits: 254.9 E(32554): 6.1e-68
Smith-Waterman score: 1059; 51.6% identity (75.3% similar) in 320 aa overlap (1-317:1-317)
10 20 30 40 50
pF1KE4 MWLPLLLGALLWAVLWLLRDRQSLPA-SNALVFITGCDSGFGRLLALQLDQRGFRVLASC
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CCDS89 MWLYLAAFVGLYYLLHWYRERQVVSHLQDKYVFITGCDSGFGNLLARQLDARGLRVLAAC
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE4 LTPSGAEDLQRVASSRLHTTLLDITDPQSVQQAAKWVEMHVKEAGLFGLVNNAGVAGIIG
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CCDS89 LTEKGAEQLRGQTSDRLETVTLDVTKMESIAAATQWVKEHVGDRGLWGLVNNAGILTPIT
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE4 PTPWLTRDDFQRVLNVNTMGPIGVTLALLPLLQQARGRVINITSVLGRLAANGGGYCVSK
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CCDS89 LCEWLNTEDSMNMLKVNLIGVIQVTLSMLPLVRRARGRIVNVSSILGRVAFFVGGYCVSK
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KE4 FGLEAFSDSLRRDVAHFGIRVSIVEPGFFRTPVTNL-ESLEKTLQACWARLPPATQAHYG
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CCDS89 YGVEAFSDILRREIQHFGVKISIVEPGYFRTGMTNMTQSLERMKQS-WKEAPKHIKETYG
190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE4 GAFLTK-YLKMQQRIMNLICDPDLTKVSRCLEHALTARHPRTRYSPGWDAKLLWLPASYL
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CCDS89 QQYFDALYNIMKEGLLN--CSTNLNLVTDCMEHALTSVHPRTRYSAGWDAKFFFIPLSYL
240 250 260 270 280 290
300 310
pF1KE4 PASLVDAVLTWVLPKPAQAVY
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CCDS89 PTSLADYILTRSWPKPAQAV
300 310
>>CCDS8926.1 SDR9C7 gene_id:121214|Hs108|chr12 (313 aa)
initn: 980 init1: 810 opt: 999 Z-score: 1257.9 bits: 240.9 E(32554): 9.6e-64
Smith-Waterman score: 999; 51.2% identity (76.6% similar) in 291 aa overlap (27-317:24-313)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MWLPLLLGALLWAVLWLLRDRQSLPASNALVFITGCDSGFGRLLALQLDQRGFRVLASCL
:. ::::::::::: ::: :: .::..:::.:.
CCDS89 MAALTDLSFMYRWFKNCNLVGNLSEKYVFITGCDSGFGNLLAKQLVDRGMQVLAACF
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 TPSGAEDLQRVASSRLHTTLLDITDPQSVQQAAKWVEMHVKEAGLFGLVNNAGVAGIIGP
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CCDS89 TEEGSQKLQRDTSYRLQTTLLDVTKSESIKAAAQWVRDKVGEQGLWALVNNAGVGLPSGP
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 TPWLTRDDFQRVLNVNTMGPIGVTLALLPLLQQARGRVINITSVLGRLAANGGGYCVSKF
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CCDS89 NEWLTKDDFVKVINVNLVGLIEVTLHMLPMVKRARGRVVNMSSSGGRVAVIGGGYCVSKF
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 GLEAFSDSLRRDVAHFGIRVSIVEPGFFRTPVTNLESLEKTLQACWARLPPATQAHYGGA
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CCDS89 GVEAFSDSIRRELYYFGVKVCIIEPGNYRTAILGKENLESRMRKLWERLPQETRDSYGED
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 FLTKYLKMQQRIMNLICDPDLTKVSRCLEHALTARHPRTRYSPGWDAKLLWLPASYLPAS
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CCDS89 YFRIYTDKLKNIMQ-VAEPRVRDVINSMEHAIVSRSPRIRYNPGLDAKLLYIPLAKLPTP
240 250 260 270 280 290
310
pF1KE4 LVDAVLTWVLPKPAQAVY
..: .:. ::.::..:
CCDS89 VTDFILSRYLPRPADSV
300 310
>>CCDS2231.1 DHRS9 gene_id:10170|Hs108|chr2 (319 aa)
initn: 926 init1: 742 opt: 923 Z-score: 1162.1 bits: 223.2 E(32554): 2.1e-58
Smith-Waterman score: 923; 45.6% identity (75.6% similar) in 307 aa overlap (2-306:4-306)
10 20 30 40 50
pF1KE4 MWLPLLLGALLWAVLWLLRDRQSLP-ASNALVFITGCDSGFGRLLALQLDQRGFRVLA
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CCDS22 MLFWVLGLL--ILCGFLWTRKGKLKIEDITDKYIFITGCDSGFGNLAARTFDKKGFHVIA
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE4 SCLTPSGAEDLQRVASSRLHTTLLDITDPQSVQQAAKWVEMHVKEAGLFGLVNNAGVAGI
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CCDS22 ACLTESGSTALKAETSERLRTVLLDVTDPENVKRTAQWVKNQVGEKGLWGLINNAGVPGV
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE4 IGPTPWLTRDDFQRVLNVNTMGPIGVTLALLPLLQQARGRVINITSVLGRLAANGGGYCV
..:: ::: .:... ..:: .: :.::: .:::...:.:::::..:: :::: ::::
CCDS22 LAPTDWLTLEDYREPIEVNLFGLISVTLNMLPLVKKAQGRVINVSSVGGRLAIVGGGYTP
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE4 SKFGLEAFSDSLRRDVAHFGIRVSIVEPGFFRTPVTN-LESLEKTLQACWARLPPATQAH
::...:.:.::::::. ::..:: .:::.:.: ... .. .:: : : : .: : . .
CCDS22 SKYAVEGFNDSLRRDMKAFGVHVSCIEPGLFKTNLADPVKVIEKKL-AIWEQLSPDIKQQ
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE4 YGGAFLTKYLKMQQRIMNLICDPDLTKVSRCLEHALTARHPRTRYSPGWDAKLLWLPASY
:: ... : : . . . . ::. : .:..::::. :.:.:. : :::..:.: :.
CCDS22 YGEGYIEKSLDKLKGNKSYV-NMDLSPVVECMDHALTSLFPKTHYAAGKDAKIFWIPLSH
240 250 260 270 280 290
300 310
pF1KE4 LPASLVDAVLTWVLPKPAQAVY
.::.: : .:
CCDS22 MPAALQDFLLLKQKAELANPKAV
300 310
>>CCDS74600.1 DHRS9 gene_id:10170|Hs108|chr2 (379 aa)
initn: 926 init1: 742 opt: 923 Z-score: 1161.0 bits: 223.3 E(32554): 2.4e-58
Smith-Waterman score: 923; 45.6% identity (75.6% similar) in 307 aa overlap (2-306:64-366)
10 20 30
pF1KE4 MWLPLLLGALLWAVLWLLRDRQSLP-ASNAL
:. :: .: . :: . . .. ..
CCDS74 PPQPAHWRHHLLVLYKKGVYLSHTGGKMLFWVLGLL--ILCGFLWTRKGKLKIEDITDKY
40 50 60 70 80 90
40 50 60 70 80 90
pF1KE4 VFITGCDSGFGRLLALQLDQRGFRVLASCLTPSGAEDLQRVASSRLHTTLLDITDPQSVQ
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CCDS74 IFITGCDSGFGNLAARTFDKKGFHVIAACLTESGSTALKAETSERLRTVLLDVTDPENVK
100 110 120 130 140 150
100 110 120 130 140 150
pF1KE4 QAAKWVEMHVKEAGLFGLVNNAGVAGIIGPTPWLTRDDFQRVLNVNTMGPIGVTLALLPL
..:.::. .: : ::.::.::::: :...:: ::: .:... ..:: .: :.::: .:::
CCDS74 RTAQWVKNQVGEKGLWGLINNAGVPGVLAPTDWLTLEDYREPIEVNLFGLISVTLNMLPL
160 170 180 190 200 210
160 170 180 190 200 210
pF1KE4 LQQARGRVINITSVLGRLAANGGGYCVSKFGLEAFSDSLRRDVAHFGIRVSIVEPGFFRT
...:.:::::..:: :::: :::: ::...:.:.::::::. ::..:: .:::.:.:
CCDS74 VKKAQGRVINVSSVGGRLAIVGGGYTPSKYAVEGFNDSLRRDMKAFGVHVSCIEPGLFKT
220 230 240 250 260 270
220 230 240 250 260
pF1KE4 PVTN-LESLEKTLQACWARLPPATQAHYGGAFLTKYLKMQQRIMNLICDPDLTKVSRCLE
... .. .:: : : : .: : . .:: ... : : . . . . ::. : .:..
CCDS74 NLADPVKVIEKKL-AIWEQLSPDIKQQYGEGYIEKSLDKLKGNKSYV-NMDLSPVVECMD
280 290 300 310 320
270 280 290 300 310
pF1KE4 HALTARHPRTRYSPGWDAKLLWLPASYLPASLVDAVLTWVLPKPAQAVY
::::. :.:.:. : :::..:.: :..::.: : .:
CCDS74 HALTSLFPKTHYAAGKDAKIFWIPLSHMPAALQDFLLLKQKAELANPKAV
330 340 350 360 370
>>CCDS3328.1 BDH1 gene_id:622|Hs108|chr3 (343 aa)
initn: 479 init1: 154 opt: 604 Z-score: 760.3 bits: 149.0 E(32554): 5e-36
Smith-Waterman score: 604; 35.4% identity (64.6% similar) in 319 aa overlap (4-305:30-340)
10 20 30
pF1KE4 MWLPLLLGALLWAVLWLLRDRQSL--PASNALVF
:::::. . . : : :... :.
CCDS33 MLATRLSRPLSRLPGKTLSACDRENGARRPLLLGSTSFIPIGR-RTYASAAEPVGSKAVL
10 20 30 40 50
40 50 60 70 80
pF1KE4 ITGCDSGFGRLLALQLDQRGFRVLASCLTPS----GAEDLQRVASSRLHTTLLDITDPQS
.:::::::: :: .: ..:: :.:.:: . :...:. . :.::.:. :.. . .
CCDS33 VTGCDSGFGFSLAKHLHSKGFLVFAGCLMKDKGHDGVKELDSLNSDRLRTVQLNVCSSEE
60 70 80 90 100 110
90 100 110 120 130 140
pF1KE4 VQQAAKWVEMHVK--EAGLFGLVNNAGVAGIIGPTPWLTRDDFQRVLNVNTMGPIGVTLA
:..... :. .: : :..:::::::.. .: . . . . ...: .:: : . .: .
CCDS33 VEKVVEIVRSSLKDPEKGMWGLVNNAGIS-TFGEVEFTSLETYKQVAEVNLWGTVRMTKS
120 130 140 150 160 170
150 160 170 180 190 200
pF1KE4 LLPLLQQARGRVINITSVLGRLAANG-GGYCVSKFGLEAFSDSLRRDVAHFGIRVSIVEP
.:::...:.:::.::.:.:::.: . . ::..:::.::::: :: .. .:..::.:::
CCDS33 FLPLIRRAKGRVVNISSMLGRMANPARSPYCITKFGVEAFSDCLRYEMYPLGVKVSVVEP
180 190 200 210 220 230
210 220 230 240 250 260
pF1KE4 GFF--RTPVTNLESLEKTLQACWARLPPATQAHYGGAFLTKYLKMQQRIMNLICDP---D
: : : . . ::.. . : .:: ... :: ::. . :. :. :
CCDS33 GNFIAATSLYSPESIQAIAKKMWEELPEVVRKDYG----KKYFDEKIAKMETYCSSGSTD
240 250 260 270 280 290
270 280 290 300 310
pF1KE4 LTKVSRCLEHALTARHPRTRYSPG---WDAKLLWLPASYLPASLVDAVLTWVLPKPAQAV
. : . ::::: : ::: : : .. . ..::... : .
CCDS33 TSPVIDAVTHALTATTPYTRYHPMDYYWWLRMQIM--THLPGAISDMIYIR
300 310 320 330 340
pF1KE4 Y
>>CCDS10837.1 HSD11B2 gene_id:3291|Hs108|chr16 (405 aa)
initn: 479 init1: 207 opt: 534 Z-score: 671.2 bits: 132.7 E(32554): 4.6e-31
Smith-Waterman score: 534; 35.1% identity (61.3% similar) in 302 aa overlap (6-301:60-358)
10 20 30
pF1KE4 MWLPLLLGALLWAVLWLLRDRQSLPASNALVFITG
.:.: : .: : : ::... :.:::
CCDS10 LGRPLLAALALLAALDWLCQRLLPPPAALAVLAAAGWIALSRLARPQRLPVATRAVLITG
30 40 50 60 70 80
40 50 60 70 80 90
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160 170 180 190 200 210
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..:::.... : : . :.: .:: .. . :.. .. .:..:::..:: :.:
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: :. . :: : : :: :: .. ..:. : . .: . ::: : .
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