FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE5792, 656 aa 1>>>pF1KE5792 656 - 656 aa - 656 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.0124+/-0.00038; mu= 16.7884+/- 0.024 mean_var=88.8198+/-17.504, 0's: 0 Z-trim(115.0): 17 B-trim: 201 in 1/50 Lambda= 0.136088 statistics sampled from 25096 (25109) to 25096 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.653), E-opt: 0.2 (0.294), width: 16 Scan time: 8.530 The best scores are: opt bits E(85289) NP_001812 (OMIM: 118825) rab proteins geranylgeran ( 656) 4366 867.6 0 NP_000381 (OMIM: 300390,303100) rab proteins geran ( 653) 3143 627.4 4.9e-179 XP_016884731 (OMIM: 300390,303100) PREDICTED: rab ( 602) 2901 579.9 9.1e-165 NP_001307888 (OMIM: 300390,303100) rab proteins ge ( 505) 2471 495.4 2e-139 XP_016884734 (OMIM: 300390,303100) PREDICTED: rab ( 505) 2471 495.4 2e-139 XP_016884732 (OMIM: 300390,303100) PREDICTED: rab ( 505) 2471 495.4 2e-139 XP_016884733 (OMIM: 300390,303100) PREDICTED: rab ( 505) 2471 495.4 2e-139 XP_016884735 (OMIM: 300390,303100) PREDICTED: rab ( 505) 2471 495.4 2e-139 NP_001138886 (OMIM: 300390,303100) rab proteins ge ( 110) 566 121.0 2.3e-27 XP_016871560 (OMIM: 600767) PREDICTED: rab GDP dis ( 423) 438 96.2 2.5e-19 NP_001485 (OMIM: 600767) rab GDP dissociation inhi ( 445) 438 96.3 2.6e-19 NP_001484 (OMIM: 300104,300849) rab GDP dissociati ( 447) 435 95.7 4e-19 >>NP_001812 (OMIM: 118825) rab proteins geranylgeranyltr (656 aa) initn: 4366 init1: 4366 opt: 4366 Z-score: 4633.0 bits: 867.6 E(85289): 0 Smith-Waterman score: 4366; 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XP_016 ICPNEDFCPPPPNPEDIILDGDSLQPEASESSAIPEANSETFKESTNLGNLEESSE 450 460 470 480 490 500 >>XP_016884732 (OMIM: 300390,303100) PREDICTED: rab prot (505 aa) initn: 2469 init1: 2359 opt: 2471 Z-score: 2623.9 bits: 495.4 E(85289): 2e-139 Smith-Waterman score: 2471; 72.8% identity (89.5% similar) in 503 aa overlap (150-652:2-502) 120 130 140 150 160 170 pF1KE5 QKNPSLGVSNTFTEVLDSALPEESQLSYFNSDEMPAKHTQKSDTEISLEVTDVEESVEKE : :: ...: .:: : .:::. .: . ::: XP_016 MSCEMLTEQTPSSDPENALEVNGAEVTGEKE 10 20 30 180 190 200 210 220 230 pF1KE5 KYCGDKTCMHTVSDKDGDKDESKSTVEDKADEPIRNRITYSQIVKEGRRFNIDLVSKLLY ..: ::::. ..: .: .:. .:: ...: .::::::::.:::::::::::::::: XP_016 NHCDDKTCVPSTSAED--MSENVPIAEDTTEQPKKNRITYSQIIKEGRRFNIDLVSKLLY 40 50 60 70 80 240 250 260 270 280 290 pF1KE5 SQGLLIDLLIKSDVSRYVEFKNVTRILAFREGKVEQVPCSRADVFNSKELTMVEKRMLMK :.::::::::::.::::.::::.:::::::::.:::::::::::::::.::::::::::: XP_016 SRGLLIDLLIKSNVSRYAEFKNITRILAFREGRVEQVPCSRADVFNSKQLTMVEKRMLMK 90 100 110 120 130 140 300 310 320 330 340 350 pF1KE5 FLTFCLEYEQHPDEYQAFRQCSFSEYLKTKKLTPNLQHFVLHSIAMTSESSCTTIDGLNA :::::.:::..::::..... .: :::::.:::::::..:.::::::::.. .:::::.: XP_016 FLTFCMEYEKYPDEYKGYEEITFYEYLKTQKLTPNLQYIVMHSIAMTSETASSTIDGLKA 150 160 170 180 190 200 360 370 380 390 400 410 pF1KE5 TKNFLQCLGRFGNTPFLFPLYGQGEIPQGFCRMCAVFGGIYCLRHKVQCFVVDKESGRCK :::::.::::.::::::::::::::.:: ::::::::::::::::.:::.:::::: .:: XP_016 TKNFLHCLGRYGNTPFLFPLYGQGELPQCFCRMCAVFGGIYCLRHSVQCLVVDKESRKCK 210 220 230 240 250 260 420 430 440 450 460 470 pF1KE5 AIIDHFGQRINAKYFIVEDSYLSEETCSNVQYKQISRAVLITDQSILKTDLDQQTSILIV ::::.::::: ...:.:::::. :. :: :::.::::::::::.:.:::: ::: ::: : XP_016 AIIDQFGQRIISEHFLVEDSYFPENMCSRVQYRQISRAVLITDRSVLKTDSDQQISILTV 270 280 290 300 310 320 480 490 500 510 520 530 pF1KE5 PPAEPGACAVRVTELCSSTMTCMKDTYLVHLTCSSSKTAREDLESVVKKLFTPYTETEIN : :::. :::: ::::::::::: ::::::::.:::::::::::::.:::.:::: ::. 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XP_016 ICPNEDFCPPPPNPEDIILDGDSLQPEASESSAIPEANSETFKESTNLGNLEESSE 450 460 470 480 490 500 >>XP_016884733 (OMIM: 300390,303100) PREDICTED: rab prot (505 aa) initn: 2469 init1: 2359 opt: 2471 Z-score: 2623.9 bits: 495.4 E(85289): 2e-139 Smith-Waterman score: 2471; 72.8% identity (89.5% similar) in 503 aa overlap (150-652:2-502) 120 130 140 150 160 170 pF1KE5 QKNPSLGVSNTFTEVLDSALPEESQLSYFNSDEMPAKHTQKSDTEISLEVTDVEESVEKE : :: ...: .:: : .:::. .: . ::: XP_016 MSCEMLTEQTPSSDPENALEVNGAEVTGEKE 10 20 30 180 190 200 210 220 230 pF1KE5 KYCGDKTCMHTVSDKDGDKDESKSTVEDKADEPIRNRITYSQIVKEGRRFNIDLVSKLLY ..: ::::. ..: .: .:. .:: ...: .::::::::.:::::::::::::::: XP_016 NHCDDKTCVPSTSAED--MSENVPIAEDTTEQPKKNRITYSQIIKEGRRFNIDLVSKLLY 40 50 60 70 80 240 250 260 270 280 290 pF1KE5 SQGLLIDLLIKSDVSRYVEFKNVTRILAFREGKVEQVPCSRADVFNSKELTMVEKRMLMK :.::::::::::.::::.::::.:::::::::.:::::::::::::::.::::::::::: XP_016 SRGLLIDLLIKSNVSRYAEFKNITRILAFREGRVEQVPCSRADVFNSKQLTMVEKRMLMK 90 100 110 120 130 140 300 310 320 330 340 350 pF1KE5 FLTFCLEYEQHPDEYQAFRQCSFSEYLKTKKLTPNLQHFVLHSIAMTSESSCTTIDGLNA :::::.:::..::::..... .: :::::.:::::::..:.::::::::.. .:::::.: XP_016 FLTFCMEYEKYPDEYKGYEEITFYEYLKTQKLTPNLQYIVMHSIAMTSETASSTIDGLKA 150 160 170 180 190 200 360 370 380 390 400 410 pF1KE5 TKNFLQCLGRFGNTPFLFPLYGQGEIPQGFCRMCAVFGGIYCLRHKVQCFVVDKESGRCK :::::.::::.::::::::::::::.:: ::::::::::::::::.:::.:::::: .:: XP_016 TKNFLHCLGRYGNTPFLFPLYGQGELPQCFCRMCAVFGGIYCLRHSVQCLVVDKESRKCK 210 220 230 240 250 260 420 430 440 450 460 470 pF1KE5 AIIDHFGQRINAKYFIVEDSYLSEETCSNVQYKQISRAVLITDQSILKTDLDQQTSILIV ::::.::::: ...:.:::::. :. :: :::.::::::::::.:.:::: ::: ::: : XP_016 AIIDQFGQRIISEHFLVEDSYFPENMCSRVQYRQISRAVLITDRSVLKTDSDQQISILTV 270 280 290 300 310 320 480 490 500 510 520 530 pF1KE5 PPAEPGACAVRVTELCSSTMTCMKDTYLVHLTCSSSKTAREDLESVVKKLFTPYTETEIN : :::. :::: ::::::::::: ::::::::.:::::::::::::.:::.:::: ::. 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XP_016 ICPNEDFCPPPPNPEDIILDGDSLQPEASESSAIPEANSETFKESTNLGNLEESSE 450 460 470 480 490 500 >>XP_016884735 (OMIM: 300390,303100) PREDICTED: rab prot (505 aa) initn: 2469 init1: 2359 opt: 2471 Z-score: 2623.9 bits: 495.4 E(85289): 2e-139 Smith-Waterman score: 2471; 72.8% identity (89.5% similar) in 503 aa overlap (150-652:2-502) 120 130 140 150 160 170 pF1KE5 QKNPSLGVSNTFTEVLDSALPEESQLSYFNSDEMPAKHTQKSDTEISLEVTDVEESVEKE : :: ...: .:: : .:::. .: . ::: XP_016 MSCEMLTEQTPSSDPENALEVNGAEVTGEKE 10 20 30 180 190 200 210 220 230 pF1KE5 KYCGDKTCMHTVSDKDGDKDESKSTVEDKADEPIRNRITYSQIVKEGRRFNIDLVSKLLY ..: ::::. ..: .: .:. .:: ...: .::::::::.:::::::::::::::: XP_016 NHCDDKTCVPSTSAED--MSENVPIAEDTTEQPKKNRITYSQIIKEGRRFNIDLVSKLLY 40 50 60 70 80 240 250 260 270 280 290 pF1KE5 SQGLLIDLLIKSDVSRYVEFKNVTRILAFREGKVEQVPCSRADVFNSKELTMVEKRMLMK :.::::::::::.::::.::::.:::::::::.:::::::::::::::.::::::::::: XP_016 SRGLLIDLLIKSNVSRYAEFKNITRILAFREGRVEQVPCSRADVFNSKQLTMVEKRMLMK 90 100 110 120 130 140 300 310 320 330 340 350 pF1KE5 FLTFCLEYEQHPDEYQAFRQCSFSEYLKTKKLTPNLQHFVLHSIAMTSESSCTTIDGLNA :::::.:::..::::..... .: :::::.:::::::..:.::::::::.. .:::::.: XP_016 FLTFCMEYEKYPDEYKGYEEITFYEYLKTQKLTPNLQYIVMHSIAMTSETASSTIDGLKA 150 160 170 180 190 200 360 370 380 390 400 410 pF1KE5 TKNFLQCLGRFGNTPFLFPLYGQGEIPQGFCRMCAVFGGIYCLRHKVQCFVVDKESGRCK :::::.::::.::::::::::::::.:: ::::::::::::::::.:::.:::::: .:: XP_016 TKNFLHCLGRYGNTPFLFPLYGQGELPQCFCRMCAVFGGIYCLRHSVQCLVVDKESRKCK 210 220 230 240 250 260 420 430 440 450 460 470 pF1KE5 AIIDHFGQRINAKYFIVEDSYLSEETCSNVQYKQISRAVLITDQSILKTDLDQQTSILIV ::::.::::: ...:.:::::. :. :: :::.::::::::::.:.:::: ::: ::: : XP_016 AIIDQFGQRIISEHFLVEDSYFPENMCSRVQYRQISRAVLITDRSVLKTDSDQQISILTV 270 280 290 300 310 320 480 490 500 510 520 530 pF1KE5 PPAEPGACAVRVTELCSSTMTCMKDTYLVHLTCSSSKTAREDLESVVKKLFTPYTETEIN : :::. :::: ::::::::::: ::::::::.:::::::::::::.:::.:::: ::. XP_016 PAEEPGTFAVRVIELCSSTMTCMKGTYLVHLTCTSSKTAREDLESVVQKLFVPYTEMEIE 330 340 350 360 370 380 540 550 560 570 580 590 pF1KE5 EEELTKPRLLWALYFNMRDSSGISRSSYNGLPSNVYVCSGPDCGLGNEHAVKQAETLFQE .:.. :::.:::::::::::: :::: :: :::::::::::::::::..::::::::::: XP_016 NEQVEKPRILWALYFNMRDSSDISRSCYNDLPSNVYVCSGPDCGLGNDNAVKQAETLFQE 390 400 410 420 430 440 600 610 620 630 640 650 pF1KE5 IFPTEEFCPPPPNPEDIIFDGDDKQPEAPGTNNVVMAKLESSEESKNLESPEKHLQN : :.:.::::::::::::.:::. :::: .. . :. :. .:: :: . :. XP_016 ICPNEDFCPPPPNPEDIILDGDSLQPEASESSAIPEANSETFKESTNLGNLEESSE 450 460 470 480 490 500 >>NP_001138886 (OMIM: 300390,303100) rab proteins gerany (110 aa) initn: 580 init1: 441 opt: 566 Z-score: 612.3 bits: 121.0 E(85289): 2.3e-27 Smith-Waterman score: 566; 75.2% identity (91.7% similar) in 109 aa overlap (1-109:1-108) 10 20 30 40 50 60 pF1KE5 MADNLPTEFDVVIIGTGLPESILAAACSRSGQRVLHIDSRSYYGGNWASFSFSGLLSWLK :::.::.::::..:::::::::.::::::::.::::.::::::::::::::::::::::: NP_001 MADTLPSEFDVIVIGTGLPESIIAAACSRSGRRVLHVDSRSYYGGNWASFSFSGLLSWLK 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE5 EYQQNNDIGEESTVVWQDLIHETEEAITLRKKDETIQHTEAFCYASQDMEDNVEEIGALQ :::.:.:: .: : ::: : :.::::.: .::.::::.:.:::: . . NP_001 EYQENSDIVSDSPV-WQDQILENEEAIALSRKDKTIQHVEVFCYARSTLLL 70 80 90 100 110 130 140 150 160 170 180 pF1KE5 KNPSLGVSNTFTEVLDSALPEESQLSYFNSDEMPAKHTQKSDTEISLEVTDVEESVEKEK >>XP_016871560 (OMIM: 600767) PREDICTED: rab GDP dissoci (423 aa) initn: 378 init1: 204 opt: 438 Z-score: 467.9 bits: 96.2 E(85289): 2.5e-19 Smith-Waterman score: 438; 24.3% identity (62.3% similar) in 334 aa overlap (226-549:47-370) 200 210 220 230 240 250 pF1KE5 GDKDESKSTVEDKADEPIRNRITYSQIVKEGRRFNIDLVSKLLYSQGLLIDLLIKSDVSR :: .:.::. :.:...: :. .:. ..:.: XP_016 YGGESASITPLEDLYKRFKIPGSPPESMGRGRDWNVDLIPKFLMANGQLVKMLLYTEVTR 20 30 40 50 60 70 260 270 280 290 300 310 pF1KE5 YVEFKNVTRILAFREGKVEQVPCSRADVFNSKELTMVEKRMLMKFLTFCLEY-EQHPDEY :..:: . .... ::. .:: ..:... :. . . ::: . :::.. .. :. : . XP_016 YLDFKVTEGSFVYKGGKIYKVPSTEAEALASSLMGLFEKRRFRKFLVYVANFDEKDPRTF 80 90 100 110 120 130 320 330 340 350 360 pF1KE5 QAF--RQCSFSEYLKTKKLTPNLQHFVLHSIAMTS-----ESSCTTIDGLNATKNFLQCL ... .. .. . : : .. :. :..:. .. : . .: : . . : XP_016 EGIDPKKTTMRDVYKKFDLGQDVIDFTGHALALYRTDDYLDQPC--YETINRIKLYSESL 140 150 160 170 180 190 370 380 390 400 410 420 pF1KE5 GRFGNTPFLFPLYGQGEIPQGFCRMCAVFGGIYCLRHKVQCFVVDKESGRCKAIIDHFGQ .:.:..:.:.:::: ::.:::: :. :..:: : : . .. ..: ..:. .. .. :. XP_016 ARYGKSPYLYPLYGLGELPQGFARLSAIYGGTYMLNKPIEEIIV--QNGKVIGVKSE-GE 200 210 220 230 240 250 430 440 450 460 470 480 pF1KE5 RINAKYFIVEDSYLSEETCSNVQYKQISRAVLITDQSILKTDLDQQTSILIVPPAEPGAC : .: . ::..... . :. :.. : .. : .:. : .. .:.: . . XP_016 IARCKQLICDPSYVKDRVE---KVGQVIRVICILSHPIKNTN-DANSCQIIIPQNQVNRK 260 270 280 290 300 490 500 510 520 530 540 pF1KE5 A-VRVTELCSSTMTCMKDTYLVHLTCS-SSKTAREDLESVVKKLFTPYTETEINEEELTK . . : . . . . :.. .. . .: ..... ... :. : . .. .: XP_016 SDIYVCMISFAHNVAAQGKYIAIVSTTVETKEPEKEIRPALE-LLEPIEQKFVSISDLLV 310 320 330 340 350 360 550 560 570 580 590 600 pF1KE5 PRLLWALYFNMRDSSGISRSSYNGLPSNVYVCSGPDCGLGNEHAVKQAETLFQEIFPTEE :. : XP_016 PKDLGTESQIFISRTYDATTHFETTCDDIKNIYKRMTGSEFDFEEMKRKKNDIYGED 370 380 390 400 410 420 656 residues in 1 query sequences 60827320 residues in 85289 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Tue Nov 8 06:41:40 2016 done: Tue Nov 8 06:41:41 2016 Total Scan time: 8.530 Total Display time: 0.080 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]