FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE9253, 3114 aa 1>>>pF1KE9253 3114 - 3114 aa - 3114 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 14.7612+/-0.000875; mu= -16.3355+/- 0.054 mean_var=711.7102+/-151.198, 0's: 0 Z-trim(115.0): 712 B-trim: 1338 in 1/52 Lambda= 0.048075 statistics sampled from 24381 (25121) to 24381 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.59), E-opt: 0.2 (0.295), width: 16 Scan time: 21.970 The best scores are: opt bits E(85289) NP_057427 (OMIM: 243605,600236,616369) centromere (3114) 19598 1378.0 0 XP_016855575 (OMIM: 243605,600236,616369) PREDICTE (3114) 19598 1378.0 0 XP_011507384 (OMIM: 243605,600236,616369) PREDICTE (3055) 16780 1182.5 0 NP_001243417 (OMIM: 602500) golgin subfamily B mem (3184) 969 85.9 1.2e-14 XP_016861683 (OMIM: 602500) PREDICTED: golgin subf (3189) 969 85.9 1.2e-14 XP_006713653 (OMIM: 602500) 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NP_001 YGKLRSTEANKKETEKQLQEAEQEMEEMKEKMRKFAKSKQQKILELE-EENDRLRAEVHP 1580 1590 1600 1610 1620 1630 1640 1650 1660 1670 1680 1690 pF1KE9 TEQLSLELEVARLQLQGLDLSSRSLLGIDTEDAIQGRNESCDISKEHTSETTERTPKHDV . ..:. .. : ::: . . . : . . : .::. : .:. NP_001 AG------DTAKECMETL-LSSNASMKEELERV---KMEYETLSKKFQSLMSEKDSL--- 1640 1650 1660 1670 1700 1710 1720 1730 1740 1750 pF1KE9 HQICDKDAQQDLNLDIEKITETGAVKPTGECSGEQSPDTNYEPPGEDKTQGSSECISELS .. :::. .:: :. : ..: : . .: ..... : . NP_001 -----SEEVQDLKHQIE---------------GNVSKQANLE--ATEKHDNQTNVTEEGT 1680 1690 1700 1710 1760 1770 1780 1790 1800 1810 pF1KE9 FSGPNALVPMDFLGNQEDIHNLQLRVKETSNENLRLLHVIEDRDRKVESLLNEMKELDSK : : :. :. .:.. .. : .:. . .. . : . .. :... 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NP_004 VETLQQTIEEKDQQVTEISFSMTEKMVQLNEEKFSLGVEIKTLKEQLNLLSRAEEAKKEQ 890 900 910 920 930 940 960 970 980 990 1000 pF1KE9 -----EMSSIISLNKREI--------EELTQENGTLKEINASLNQE-KMNLIQKSESFAN :.:: .. : :. ::: .: ::. : . ... . ::...: . . NP_004 VEEDNEVSSGLKQNYDEMSPAGQISKEELQHEFDLLKKENEQRKRKLQAALINRKE-LLQ 950 960 970 980 990 1000 1010 1020 1030 1040 1050 pF1KE9 YIDEREKSISELSDQYKQEKLILLQRCEETGNAYEDLSQKY---KAAQEKNSKLECLLNE ... :. ...:.:. :.: : :.. :. :.. :: .: : . : ...: :.. NP_004 RVSRLEEELANLKDESKKE--IPLSETER-GEVEEDKENKEYSEKCVTSKCQEIEIYLKQ 1010 1020 1030 1040 1050 1060 1060 1070 1080 1090 1100 1110 pF1KE9 CTSLCENRKNELEQ-LKEAFAKEHQ-EFLTKL---AFAEERNQNLMLELETV--QQALRS : : . ..... :.: .: :.: . :.: .. .. :: .:. : : ... 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