FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE4136, 547 aa 1>>>pF1KE4136 547 - 547 aa - 547 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.4630+/-0.000878; mu= 13.3603+/- 0.053 mean_var=92.1829+/-18.213, 0's: 0 Z-trim(108.3): 95 B-trim: 0 in 0/50 Lambda= 0.133582 statistics sampled from 10041 (10137) to 10041 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.678), E-opt: 0.2 (0.311), width: 16 Scan time: 3.720 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS14628.1 ARHGAP36 gene_id:158763|Hs108|chrX ( 547) 3583 700.8 1.1e-201 CCDS65320.1 ARHGAP36 gene_id:158763|Hs108|chrX ( 535) 3368 659.4 3.1e-189 CCDS83489.1 ARHGAP36 gene_id:158763|Hs108|chrX ( 411) 2684 527.5 1.2e-149 CCDS14142.1 ARHGAP6 gene_id:395|Hs108|chrX ( 765) 908 185.3 2.2e-46 CCDS14141.1 ARHGAP6 gene_id:395|Hs108|chrX ( 771) 908 185.3 2.2e-46 CCDS14140.1 ARHGAP6 gene_id:395|Hs108|chrX ( 974) 908 185.4 2.7e-46 CCDS54364.1 ARHGAP25 gene_id:9938|Hs108|chr2 ( 639) 296 67.4 6e-11 CCDS33214.2 ARHGAP25 gene_id:9938|Hs108|chr2 ( 646) 296 67.4 6.1e-11 >>CCDS14628.1 ARHGAP36 gene_id:158763|Hs108|chrX (547 aa) initn: 3583 init1: 3583 opt: 3583 Z-score: 3734.6 bits: 700.8 E(32554): 1.1e-201 Smith-Waterman score: 3583; 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CCDS14 DLSC---QITIPKDGQKRKKSLRKKLDSLGKEKNKDKEFIPQAFGMPLSQVIANDRAYKL 240 250 260 270 280 290 130 140 150 160 170 180 pF1KE4 HLELTATMQVEEATGQAA----GRRRGNVVRRVFGRIRRFFSRRRNE---PTLPREFTRR . .: : . . :. : .: : . :. :: :. :. : CCDS14 KQDLQRDEQKDASDFVASLLPFGNKRQNKELSSSNSSLSSTSETPNESTSPNTPEPAPRA 300 310 320 330 340 350 190 200 210 220 230 240 pF1KE4 GRRGAVSVDSLAELEDG-ALLLQTLQLSKISFPIGQRLLGSKRKMSLNPIAKQIPQVVEA ::::.::::...:.:. . ::..:::: . ... . .:.::::: .:.:..:.. CCDS14 RRRGAMSVDSITDLDDNQSRLLEALQLSLPAEAQSKKEKARDKKLSLNPIYRQVPRLVDS 360 370 380 390 400 410 250 260 270 280 290 300 pF1KE4 CCQFIEKHGLSAVGIFTLEYSVQRVRQLREEFDQGLDVVLDDNQNVHDVAALLKEFFRDM ::: .:::::..:::: . : .::::::::::.:.:: :.....:::::::::::.::: CCDS14 CCQHLEKHGLQTVGIFRVGSSKKRVRQLREEFDRGIDVSLEEEHSVHDVAALLKEFLRDM 420 430 440 450 460 470 310 320 330 340 350 360 pF1KE4 KDSLLPDDLYMSFLLTATLKPQDQLSALQLLVYLMPPCHSDTLERLLKALHKITENCEDS : :: .:: .:. : :.:..::..::::.::.:::. :::.:::. : .... .:. 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CCDS14 DSNKASSGDISPYDNNSPVLSERSLLAMQEDAAPGGSEKLYRVPGQFMLVGHLSSSKSRE 660 670 680 690 700 710 540 pF1KE4 RVPREKEAKTGVSYFFP CCDS14 SSPGPRLGKGNWSLASRRWPKQATLLLLHVAWCGALRTFSSSLPYLMFL 720 730 740 750 760 >>CCDS14141.1 ARHGAP6 gene_id:395|Hs108|chrX (771 aa) initn: 934 init1: 691 opt: 908 Z-score: 946.1 bits: 185.3 E(32554): 2.2e-46 Smith-Waterman score: 974; 37.8% identity (66.9% similar) in 489 aa overlap (46-509:7-492) 20 30 40 50 60 70 pF1KE4 PRIMPPLLLLSAFIFLVSVLGGAPGHNPDRRTKMVSIHSLSELERLKLQETAYHELVARH : . : :.::::::: .:::.:...: CCDS14 MSGRSVRLRSVPIQSLSELERARLQEVAFYQLQQDC 10 20 30 80 90 100 110 120 pF1KE4 FLSEFKPDRALPID---RPNTLDKWFLIL---RGQQRAVSHKTFGISLEEVLVNEFTRRK :: . ..: : : ..: : . : ..... ..::. : .:..:. . . CCDS14 DLSC---QITIPKDGQKRKKSLRKKLDSLGKEKNKDKEFIPQAFGMPLSQVIANDRAYKL 40 50 60 70 80 90 130 140 150 160 170 180 pF1KE4 HLELTATMQVEEATGQAA----GRRRGNVVRRVFGRIRRFFSRRRNE---PTLPREFTRR . .: : . . :. : .: : . :. :: :. :. : CCDS14 KQDLQRDEQKDASDFVASLLPFGNKRQNKELSSSNSSLSSTSETPNESTSPNTPEPAPRA 100 110 120 130 140 150 190 200 210 220 230 240 pF1KE4 GRRGAVSVDSLAELEDG-ALLLQTLQLSKISFPIGQRLLGSKRKMSLNPIAKQIPQVVEA ::::.::::...:.:. . ::..:::: . ... . .:.::::: .:.:..:.. CCDS14 RRRGAMSVDSITDLDDNQSRLLEALQLSLPAEAQSKKEKARDKKLSLNPIYRQVPRLVDS 160 170 180 190 200 210 250 260 270 280 290 300 pF1KE4 CCQFIEKHGLSAVGIFTLEYSVQRVRQLREEFDQGLDVVLDDNQNVHDVAALLKEFFRDM ::: .:::::..:::: . : .::::::::::.:.:: :.....:::::::::::.::: CCDS14 CCQHLEKHGLQTVGIFRVGSSKKRVRQLREEFDRGIDVSLEEEHSVHDVAALLKEFLRDM 220 230 240 250 260 270 310 320 330 340 350 360 pF1KE4 KDSLLPDDLYMSFLLTATLKPQDQLSALQLLVYLMPPCHSDTLERLLKALHKITENCEDS : :: .:: .:. : :.:..::..::::.::.:::. :::.:::. : .... .:. CCDS14 PDPLLTRELYTAFINTLLLEPEEQLGTLQLLIYLLPPCNCDTLHRLLQFLSIVARHADDN 280 290 300 310 320 330 370 380 390 400 410 420 pF1KE4 IGIDGQLVPGNRMTSTNLALVFGSALLKKGKFGKRE-SRKTKLGIDHYVASVNVVRAMID :. ::: : ::.::: ::: .:: ::.: : . .: : ... .. .: . ::. ::. CCDS14 ISKDGQEVTGNKMTSLNLATIFGPNLLHKQKSSDKEFSVQSSARAEESTAIIAVVQKMIE 340 350 360 370 380 390 430 440 450 460 470 480 pF1KE4 NWDVLFQVPPHIQRQVAKRVWKSSPEALDFIRRRNLRKIQSARIKMEEDALLSDPVETSA :...::.::: .: .: . ...:...:.. ::. . .: . . : .. ..:. CCDS14 NYEALFMVPPDLQNEVLISLLETDPDVVDYLLRRKASQSSSPDMLQSEVSFSVGGRHSST 400 410 420 430 440 450 490 500 510 520 530 pF1KE4 EARAAVLAQSKPSDEGS---SE-------EPAVPSGTARSHDDEEGAGNPPIPEQDRPLL .. : .. .: :..: :: : :.:.:. . CCDS14 DSNKASSGDISPYDNNSPVLSERSLLAMQEDAAPGGSEKLYRVPGQFMLVGHLSSSKSRE 460 470 480 490 500 510 540 pF1KE4 RVPREKEAKTGVSYFFP CCDS14 SSPGPRLGKDLSEEPFDIWGTWHSTLKSGSKDPGMTGSSGDIFESSSLRAGPCSLSQGNL 520 530 540 550 560 570 >>CCDS14140.1 ARHGAP6 gene_id:395|Hs108|chrX (974 aa) initn: 934 init1: 691 opt: 908 Z-score: 944.6 bits: 185.4 E(32554): 2.7e-46 Smith-Waterman score: 974; 37.8% identity (66.9% similar) in 489 aa overlap (46-509:210-695) 20 30 40 50 60 70 pF1KE4 PRIMPPLLLLSAFIFLVSVLGGAPGHNPDRRTKMVSIHSLSELERLKLQETAYHELVARH : . : :.::::::: .:::.:...: CCDS14 QSPPDSRGHPYVVWKSEGDFTWNSMSGRSVRLRSVPIQSLSELERARLQEVAFYQLQQDC 180 190 200 210 220 230 80 90 100 110 120 pF1KE4 FLSEFKPDRALPID---RPNTLDKWFLIL---RGQQRAVSHKTFGISLEEVLVNEFTRRK :: . ..: : : ..: : . : ..... ..::. : .:..:. . . CCDS14 DLSC---QITIPKDGQKRKKSLRKKLDSLGKEKNKDKEFIPQAFGMPLSQVIANDRAYKL 240 250 260 270 280 290 130 140 150 160 170 180 pF1KE4 HLELTATMQVEEATGQAA----GRRRGNVVRRVFGRIRRFFSRRRNE---PTLPREFTRR . .: : . . :. : .: : . :. :: :. :. : CCDS14 KQDLQRDEQKDASDFVASLLPFGNKRQNKELSSSNSSLSSTSETPNESTSPNTPEPAPRA 300 310 320 330 340 350 190 200 210 220 230 240 pF1KE4 GRRGAVSVDSLAELEDG-ALLLQTLQLSKISFPIGQRLLGSKRKMSLNPIAKQIPQVVEA ::::.::::...:.:. . ::..:::: . ... . .:.::::: .:.:..:.. CCDS14 RRRGAMSVDSITDLDDNQSRLLEALQLSLPAEAQSKKEKARDKKLSLNPIYRQVPRLVDS 360 370 380 390 400 410 250 260 270 280 290 300 pF1KE4 CCQFIEKHGLSAVGIFTLEYSVQRVRQLREEFDQGLDVVLDDNQNVHDVAALLKEFFRDM ::: .:::::..:::: . : .::::::::::.:.:: :.....:::::::::::.::: CCDS14 CCQHLEKHGLQTVGIFRVGSSKKRVRQLREEFDRGIDVSLEEEHSVHDVAALLKEFLRDM 420 430 440 450 460 470 310 320 330 340 350 360 pF1KE4 KDSLLPDDLYMSFLLTATLKPQDQLSALQLLVYLMPPCHSDTLERLLKALHKITENCEDS : :: .:: .:. : :.:..::..::::.::.:::. :::.:::. : .... .:. 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CCDS14 DSNKASSGDISPYDNNSPVLSERSLLAMQEDAAPGGSEKLYRVPGQFMLVGHLSSSKSRE 660 670 680 690 700 710 540 pF1KE4 RVPREKEAKTGVSYFFP CCDS14 SSPGPRLGKDLSEEPFDIWGTWHSTLKSGSKDPGMTGSSGDIFESSSLRAGPCSLSQGNL 720 730 740 750 760 770 >>CCDS54364.1 ARHGAP25 gene_id:9938|Hs108|chr2 (639 aa) initn: 260 init1: 234 opt: 296 Z-score: 310.0 bits: 67.4 E(32554): 6e-11 Smith-Waterman score: 303; 26.9% identity (51.5% similar) in 361 aa overlap (181-536:116-422) 160 170 180 190 200 pF1KE4 RGNVVRRVFGRIRRFFSRRRNEPTLPREFTRRGRRGAVSV-DSLAELEDGALLLQTLQLS : :. . : . .: ::.:. . .:. . . 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