FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE3076, 237 aa 1>>>pF1KE3076 237 - 237 aa - 237 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.0447+/-0.000918; mu= 15.4692+/- 0.056 mean_var=75.2817+/-15.479, 0's: 0 Z-trim(106.7): 213 B-trim: 563 in 2/49 Lambda= 0.147819 statistics sampled from 8889 (9132) to 8889 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.667), E-opt: 0.2 (0.281), width: 16 Scan time: 2.160 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS14621.1 RAB33A gene_id:9363|Hs108|chrX ( 237) 1582 346.6 8.2e-96 CCDS3747.1 RAB33B gene_id:83452|Hs108|chr4 ( 229) 882 197.3 6.9e-51 CCDS8264.1 RAB30 gene_id:27314|Hs108|chr11 ( 203) 534 123.1 1.4e-28 CCDS41846.1 RAB35 gene_id:11021|Hs108|chr12 ( 201) 533 122.9 1.6e-28 CCDS46306.1 RAB1A gene_id:5861|Hs108|chr2 ( 205) 520 120.1 1.1e-27 CCDS34762.2 RAB19 gene_id:401409|Hs108|chr7 ( 217) 507 117.4 7.9e-27 CCDS31613.1 RAB1B gene_id:81876|Hs108|chr11 ( 201) 501 116.0 1.8e-26 CCDS12339.1 RAB8A gene_id:4218|Hs108|chr19 ( 207) 483 112.2 2.6e-25 CCDS10183.1 RAB8B gene_id:51762|Hs108|chr15 ( 207) 480 111.6 4.1e-25 CCDS1720.1 RAB10 gene_id:10890|Hs108|chr2 ( 200) 478 111.1 5.4e-25 CCDS1058.1 RAB13 gene_id:5872|Hs108|chr1 ( 203) 477 110.9 6.3e-25 CCDS14766.1 RAB39B gene_id:116442|Hs108|chrX ( 213) 473 110.1 1.2e-24 CCDS33850.1 RAB43 gene_id:339122|Hs108|chr3 ( 212) 464 108.2 4.5e-24 CCDS7155.1 RAB18 gene_id:22931|Hs108|chr10 ( 206) 447 104.5 5.4e-23 CCDS76691.1 RAB15 gene_id:376267|Hs108|chr14 ( 212) 445 104.1 7.4e-23 CCDS10212.1 RAB11A gene_id:8766|Hs108|chr15 ( 216) 440 103.1 1.6e-22 CCDS8338.1 RAB39A gene_id:54734|Hs108|chr11 ( 217) 438 102.6 2.1e-22 CCDS12201.1 RAB11B gene_id:9230|Hs108|chr19 ( 218) 437 102.4 2.5e-22 CCDS10460.1 RAB26 gene_id:25837|Hs108|chr16 ( 256) 432 101.4 5.8e-22 CCDS9570.1 RAB2B gene_id:84932|Hs108|chr14 ( 216) 422 99.2 2.3e-21 CCDS6827.1 RAB14 gene_id:51552|Hs108|chr9 ( 215) 421 99.0 2.6e-21 CCDS6175.1 RAB2A gene_id:5862|Hs108|chr8 ( 212) 420 98.8 3e-21 CCDS8900.1 RAB5B gene_id:5869|Hs108|chr12 ( 215) 420 98.8 3e-21 CCDS8223.1 RAB6A gene_id:5870|Hs108|chr11 ( 208) 419 98.6 3.4e-21 CCDS6662.1 RASEF gene_id:158158|Hs108|chr9 ( 740) 423 99.9 4.9e-21 CCDS2633.1 RAB5A gene_id:5868|Hs108|chr3 ( 215) 416 97.9 5.4e-21 CCDS8224.1 RAB6A gene_id:5870|Hs108|chr11 ( 208) 413 97.3 8.3e-21 CCDS82198.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 196) 412 97.1 9.2e-21 CCDS11419.1 RAB5C gene_id:5878|Hs108|chr17 ( 216) 412 97.1 9.9e-21 CCDS32722.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 223) 412 97.1 1e-20 CCDS54161.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 228) 412 97.1 1e-20 CCDS76806.1 RAB26 gene_id:25837|Hs108|chr16 ( 190) 411 96.8 1e-20 CCDS58551.1 RAB5C gene_id:5878|Hs108|chr17 ( 249) 412 97.1 1.1e-20 CCDS44803.1 CRACR2A gene_id:84766|Hs108|chr12 ( 731) 410 97.1 3.3e-20 CCDS3082.1 RAB6B gene_id:51560|Hs108|chr3 ( 208) 402 94.9 4.2e-20 CCDS12257.1 RAB3D gene_id:9545|Hs108|chr19 ( 219) 402 95.0 4.4e-20 CCDS41413.1 RAB25 gene_id:57111|Hs108|chr1 ( 213) 399 94.3 6.7e-20 CCDS33497.1 RAB22A gene_id:57403|Hs108|chr20 ( 194) 397 93.9 8.4e-20 CCDS11703.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 216) 395 93.5 1.2e-19 CCDS3976.1 RAB3C gene_id:115827|Hs108|chr5 ( 227) 394 93.3 1.5e-19 CCDS33030.1 RAB4B gene_id:53916|Hs108|chr19 ( 213) 393 93.0 1.6e-19 CCDS12372.1 RAB3A gene_id:5864|Hs108|chr19 ( 220) 392 92.8 1.9e-19 CCDS42410.1 RAB12 gene_id:201475|Hs108|chr18 ( 244) 392 92.9 2.1e-19 CCDS53836.1 RAB35 gene_id:11021|Hs108|chr12 ( 152) 386 91.4 3.5e-19 CCDS58373.1 RAB11A gene_id:8766|Hs108|chr15 ( 155) 384 91.0 4.8e-19 CCDS45826.1 RAB31 gene_id:11031|Hs108|chr18 ( 195) 382 90.7 7.7e-19 CCDS82514.1 WTH3DI gene_id:150786|Hs108|chr2 ( 254) 382 90.8 9.4e-19 CCDS31050.1 RAB4A gene_id:5867|Hs108|chr1 ( 218) 381 90.5 9.7e-19 CCDS56275.1 RAB43 gene_id:339122|Hs108|chr3 ( 155) 376 89.3 1.6e-18 CCDS46408.1 RAB6C gene_id:84084|Hs108|chr2 ( 254) 378 89.9 1.7e-18 >>CCDS14621.1 RAB33A gene_id:9363|Hs108|chrX (237 aa) initn: 1582 init1: 1582 opt: 1582 Z-score: 1833.6 bits: 346.6 E(32554): 8.2e-96 Smith-Waterman score: 1582; 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CCDS37 AEEMESSLEASFSSSGAVSGASGFLPPARSRIFKIIVIGDSNVGKTCLTYRFCAGRFPDR 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE3 TEATIGVDFREKTVEIEGEKIKVQVWDTAGQERFRKSMVEHYYRNVHAVVFVYDVTKMTS :::::::::::..:::.::.::.:.::::::::::::::.::::::::::::::.:.:.: CCDS37 TEATIGVDFRERAVEIDGERIKIQLWDTAGQERFRKSMVQHYYRNVHAVVFVYDMTNMAS 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KE3 FTNLKMWIQECNGHAVPPLVPKVLVGNKCDLREQIQVPSNLALKFADAHNMLLFETSAKD : .: ::.::. : . .:..::::::::: ::::..:: ::::.:.: :::::::. CCDS37 FHSLPSWIEECKQHLLANDIPRILVGNKCDLRSAIQVPTDLAQKFADTHSMPLFETSAKN 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KE3 PKESQNVESIFMCLACRLKAQKSLLYRDAERQQGKVQKLEFPQEANSKTSCPC :.....::.::: :: .::..: :. . ..: . : : :. : .: : CCDS37 PNDNDHVEAIFMTLAHKLKSHKPLMLSQPP-DNGIILKPE-PKPA---MTCWC 190 200 210 220 >>CCDS8264.1 RAB30 gene_id:27314|Hs108|chr11 (203 aa) initn: 470 init1: 296 opt: 534 Z-score: 626.6 bits: 123.1 E(32554): 1.4e-28 Smith-Waterman score: 534; 52.1% identity (77.2% similar) in 167 aa overlap (36-202:9-170) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 LGHGSLQPASAAGLASLELDSSLDQYVQIRIFKIIVIGDSNVGKTCLTFRFCGGTFPDKT .:::..::...::::::. :: : :: CCDS82 MSMEDYDFLFKIVLIGNAGVGKTCLVRRFTQGLFPPGQ 10 20 30 70 80 90 100 110 120 pF1KE3 EATIGVDFREKTVEIEGEKIKVQVWDTAGQERFRKSMVEHYYRNVHAVVFVYDVTKMTSF ::::::: :::::.:::.:.:.:::::::::: :... :::...:....::.: :: CCDS82 GATIGVDFMIKTVEINGEKVKLQIWDTAGQERFR-SITQSYYRSANALILTYDITCEESF 40 50 60 70 80 90 130 140 150 160 170 180 pF1KE3 TNLKMWIQECNGHAVPPLVPKVLVGNKCDLREQIQVPSNLALKFADAHNMLLFETSAKDP : :..: . .: .. :::::: :: :. .: .. : .:..:..: .::::: CCDS82 RCLPEWLREIEQYASNKVIT-VLVGNKIDLAERREVSQQRAEEFSEAQDMYYLETSAK-- 100 110 120 130 140 150 190 200 210 220 230 pF1KE3 KESQNVESIFMCLACRLKAQKSLLYRDAERQQGKVQKLEFPQEANSKTSCPC ::.:::..:. ::::: CCDS82 -ESDNVEKLFLDLACRLISEARQNTLVNNVSSPLPGEGKSISYLTCCNFN 160 170 180 190 200 >>CCDS41846.1 RAB35 gene_id:11021|Hs108|chr12 (201 aa) initn: 501 init1: 273 opt: 533 Z-score: 625.6 bits: 122.9 E(32554): 1.6e-28 Smith-Waterman score: 533; 46.3% identity (71.9% similar) in 203 aa overlap (36-237:8-201) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 LGHGSLQPASAAGLASLELDSSLDQYVQIRIFKIIVIGDSNVGKTCLTFRFCGGTFPDKT .::...::::.:::. : .:: .:: . CCDS41 MARDYDHLFKLLIIGDSGVGKSSLLLRFADNTFSGSY 10 20 30 70 80 90 100 110 120 pF1KE3 EATIGVDFREKTVEIEGEKIKVQVWDTAGQERFRKSMVEHYYRNVHAVVFVYDVTKMTSF .::::::. .::::.:::.:.:.:::::::::: ... :::..:.:. :::::. :: CCDS41 ITTIGVDFKIRTVEINGEKVKLQIWDTAGQERFR-TITSTYYRGTHGVIVVYDVTSAESF 40 50 60 70 80 90 130 140 150 160 170 180 pF1KE3 TNLKMWIQECNGHAVPPLVPKVLVGNKCDLREQIQVPSNLALKFADAHNMLLFETSAKDP .:.: :..: : . : ..::::: : :. : .. : ::: .. ::::::: CCDS41 VNVKRWLHEINQNC--DDVCRILVGNKNDDPERKVVETEDAYKFAGQMGIQLFETSAK-- 100 110 120 130 140 150 190 200 210 220 230 pF1KE3 KESQNVESIFMCLA-CRLKAQKSLLYRDAERQQGKVQKLEFPQEANSKTSCPC :. ::: .: :.. :.:.:. : .. ..::. : :: .... : : : CCDS41 -ENVNVEEMFNCITELVLRAKKDNLAKQQQQQQNDVVKLT--KNSKRKKRC-C 160 170 180 190 200 >>CCDS46306.1 RAB1A gene_id:5861|Hs108|chr2 (205 aa) initn: 505 init1: 270 opt: 520 Z-score: 610.5 bits: 120.1 E(32554): 1.1e-27 Smith-Waterman score: 520; 43.8% identity (72.7% similar) in 194 aa overlap (36-227:11-199) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 LGHGSLQPASAAGLASLELDSSLDQYVQIRIFKIIVIGDSNVGKTCLTFRFCGGTFPDKT .::...::::.:::.:: .:: :. .. CCDS46 MSSMNPEYDYLFKLLLIGDSGVGKSCLLLRFADDTYTESY 10 20 30 40 70 80 90 100 110 120 pF1KE3 EATIGVDFREKTVEIEGEKIKVQVWDTAGQERFRKSMVEHYYRNVHAVVFVYDVTKMTSF .::::::. .:.:..:. ::.:.:::::::::: ... :::..:... ::::: . :: CCDS46 ISTIGVDFKIRTIELDGKTIKLQIWDTAGQERFR-TITSSYYRGAHGIIVVYDVTDQESF 50 60 70 80 90 130 140 150 160 170 180 pF1KE3 TNLKMWIQECNGHAVPPLVPKVLVGNKCDLREQIQVPSNLALKFADAHNMLLFETSAKDP .:.:.:.:: . .: : :.:::::::: . : . : .:::. .. ..:::::. CCDS46 NNVKQWLQEIDRYASEN-VNKLLVGNKCDLTTKKVVDYTTAKEFADSLGIPFLETSAKN- 100 110 120 130 140 150 190 200 210 220 230 pF1KE3 KESQNVESIFMCLACRLKAQ--KSLLYRDAERQQGKVQKLEFPQEANSKTSCPC . :::. :: .: ..: . . ::... :.:. : CCDS46 --ATNVEQSFMTMAAEIKKRMGPGATAGGAEKSNVKIQSTPVKQSGGGCC 160 170 180 190 200 >>CCDS34762.2 RAB19 gene_id:401409|Hs108|chr7 (217 aa) initn: 331 init1: 275 opt: 507 Z-score: 595.1 bits: 117.4 E(32554): 7.9e-27 Smith-Waterman score: 507; 41.3% identity (74.8% similar) in 206 aa overlap (36-237:17-217) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 LGHGSLQPASAAGLASLELDSSLDQYVQIRIFKIIVIGDSNVGKTCLTFRFCGGTFPDKT .::::.::::::::::.. .: .:.. . CCDS34 MHFSSSARAADENFDYLFKIILIGDSNVGKTCVVQHFKSGVYTETQ 10 20 30 40 70 80 90 100 110 120 pF1KE3 EATIGVDFREKTVEIEGEKIKVQVWDTAGQERFRKSMVEHYYRNVHAVVFVYDVTKMTSF . :::::: ....:.:.:.:.:::::::::::: .... :::..::....::.:. ..: CCDS34 QNTIGVDFTVRSLDIDGKKVKMQVWDTAGQERFR-TITQSYYRSAHAAIIAYDLTRRSTF 50 60 70 80 90 100 130 140 150 160 170 180 pF1KE3 TNLKMWIQECNGHAVPPLVPKVLVGNKCDLREQIQVPSNLALKFADAHNML-LFETSAKD .. ::.: . ... .: .:.:::::: :. .: . : .:. ...: ..::::: CCDS34 ESIPHWIHEIEKYGAANVVI-MLIGNKCDLWEKRHVLFEDACTLAEKYGLLAVLETSAK- 110 120 130 140 150 160 190 200 210 220 230 pF1KE3 PKESQNVESIFMCLACRLKAQKSL-LYRDAERQQGKVQK--LEFPQEANSKTSCPC ::.:.: .:. .: .: :..:: :: .. . ... . . : . :: : : CCDS34 --ESKNIEEVFVLMAKELIARNSLHLYGESALNGLPLDSSPVLMAQGPSEKTHCTC 170 180 190 200 210 >>CCDS31613.1 RAB1B gene_id:81876|Hs108|chr11 (201 aa) initn: 492 init1: 270 opt: 501 Z-score: 588.7 bits: 116.0 E(32554): 1.8e-26 Smith-Waterman score: 501; 46.4% identity (76.8% similar) in 168 aa overlap (36-203:8-170) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 LGHGSLQPASAAGLASLELDSSLDQYVQIRIFKIIVIGDSNVGKTCLTFRFCGGTFPDKT .::...::::.:::.:: .:: :. .. CCDS31 MNPEYDYLFKLLLIGDSGVGKSCLLLRFADDTYTESY 10 20 30 70 80 90 100 110 120 pF1KE3 EATIGVDFREKTVEIEGEKIKVQVWDTAGQERFRKSMVEHYYRNVHAVVFVYDVTKMTSF .::::::. .:.:..:. ::.:.:::::::::: ... :::..:... ::::: . :. CCDS31 ISTIGVDFKIRTIELDGKTIKLQIWDTAGQERFR-TITSSYYRGAHGIIVVYDVTDQESY 40 50 60 70 80 90 130 140 150 160 170 180 pF1KE3 TNLKMWIQECNGHAVPPLVPKVLVGNKCDLREQIQVPSNLALKFADAHNMLLFETSAKDP .:.:.:.:: . .: : :.::::: :: . : .. : .:::. .. ..:::::. CCDS31 ANVKQWLQEIDRYASEN-VNKLLVGNKSDLTTKKVVDNTTAKEFADSLGIPFLETSAKN- 100 110 120 130 140 150 190 200 210 220 230 pF1KE3 KESQNVESIFMCLACRLKAQKSLLYRDAERQQGKVQKLEFPQEANSKTSCPC . :::. :: .: ..: CCDS31 --ATNVEQAFMTMAAEIKKRMGPGAASGGERPNLKIDSTPVKPAGGGCC 160 170 180 190 200 >>CCDS12339.1 RAB8A gene_id:4218|Hs108|chr19 (207 aa) initn: 401 init1: 272 opt: 483 Z-score: 567.8 bits: 112.2 E(32554): 2.6e-25 Smith-Waterman score: 483; 39.8% identity (73.6% similar) in 201 aa overlap (36-234:8-200) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 LGHGSLQPASAAGLASLELDSSLDQYVQIRIFKIIVIGDSNVGKTCLTFRFCGGTFPDKT .::...::::.:::::. ::: .: . CCDS12 MAKTYDYLFKLLLIGDSGVGKTCVLFRFSEDAFNSTF 10 20 30 70 80 90 100 110 120 pF1KE3 EATIGVDFREKTVEIEGEKIKVQVWDTAGQERFRKSMVEHYYRNVHAVVFVYDVTKMTSF .:::.::. .:.:..:..::.:.:::::::::: ... :::.. ....:::.:. :: CCDS12 ISTIGIDFKIRTIELDGKRIKLQIWDTAGQERFR-TITTAYYRGAMGIMLVYDITNEKSF 40 50 60 70 80 90 130 140 150 160 170 180 pF1KE3 TNLKMWIQECNGHAVPPLVPKVLVGNKCDLREQIQVPSNLALKFADAHNMLLFETSAKDP :.. ::.. . :: : :...:::::. .. :: .. . :.: ... ..::::: CCDS12 DNIRNWIRNIEEHASAD-VEKMILGNKCDVNDKRQVSKERGEKLALDYGIKFMETSAK-- 100 110 120 130 140 150 190 200 210 220 230 pF1KE3 KESQNVESIFMCLACRLKAQ--KSLLYRDAERQQGKVQKLEFPQEANSKTSCPC . :::. :. :: .::. :.: ... ::. : ... . ....: CCDS12 -ANINVENAFFTLARDIKAKMDKKL---EGNSPQGSNQGVKITPDQQKRSSFFRCVLL 160 170 180 190 200 >>CCDS10183.1 RAB8B gene_id:51762|Hs108|chr15 (207 aa) initn: 360 init1: 278 opt: 480 Z-score: 564.3 bits: 111.6 E(32554): 4.1e-25 Smith-Waterman score: 480; 40.2% identity (72.4% similar) in 199 aa overlap (36-234:8-200) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 LGHGSLQPASAAGLASLELDSSLDQYVQIRIFKIIVIGDSNVGKTCLTFRFCGGTFPDKT .::...::::.:::::: ::: .: CCDS10 MAKTYDYLFKLLLIGDSGVGKTCLLFRFSEDAFNTTF 10 20 30 70 80 90 100 110 120 pF1KE3 EATIGVDFREKTVEIEGEKIKVQVWDTAGQERFRKSMVEHYYRNVHAVVFVYDVTKMTSF .:::.::. .:.:..:.:::.:.:::::::::: ... :::.. ....:::.:. :: CCDS10 ISTIGIDFKIRTIELDGKKIKLQIWDTAGQERFR-TITTAYYRGAMGIMLVYDITNEKSF 40 50 60 70 80 90 130 140 150 160 170 180 pF1KE3 TNLKMWIQECNGHAVPPLVPKVLVGNKCDLREQIQVPSNLALKFADAHNMLLFETSAKDP :.: ::.. . :: : ....:::::. .. :: .. . :.: ... ..:::::. CCDS10 DNIKNWIRNIEEHASSD-VERMILGNKCDMNDKRQVSKERGEKLAIDYGIKFLETSAKS- 100 110 120 130 140 150 190 200 210 220 230 pF1KE3 KESQNVESIFMCLACRLKAQKSLLYRDAERQQGKVQKLEFPQEANSKTSCPC : ::: :. :: . .. . . :.. . : ... .. ..::: CCDS10 --SANVEEAFFTLARDIMTKLNRKMNDSN-SAGAGGPVKITENRSKKTSFFRCSLL 160 170 180 190 200 >>CCDS1720.1 RAB10 gene_id:10890|Hs108|chr2 (200 aa) initn: 462 init1: 273 opt: 478 Z-score: 562.2 bits: 111.1 E(32554): 5.4e-25 Smith-Waterman score: 478; 44.5% identity (75.6% similar) in 164 aa overlap (36-199:9-167) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 LGHGSLQPASAAGLASLELDSSLDQYVQIRIFKIIVIGDSNVGKTCLTFRFCGGTFPDKT .::...::::.:::::. ::: .: CCDS17 MAKKTYDLLFKLLLIGDSGVGKTCVLFRFSDDAFNTTF 10 20 30 70 80 90 100 110 120 pF1KE3 EATIGVDFREKTVEIEGEKIKVQVWDTAGQERFRKSMVEHYYRNVHAVVFVYDVTKMTSF .:::.::. ::::..:.:::.:.:::::::::. ... :::.. ....:::.:. :: CCDS17 ISTIGIDFKIKTVELQGKKIKLQIWDTAGQERFH-TITTSYYRGAMGIMLVYDITNGKSF 40 50 60 70 80 90 130 140 150 160 170 180 pF1KE3 TNLKMWIQECNGHAVPPLVPKVLVGNKCDLREQIQVPSNLALKFADAHNMLLFETSAKDP :.. :... . :: : ..:.:::::. .. ::.. . ..: :.. .:::::: CCDS17 ENISKWLRNIDEHANED-VERMLLGNKCDMDDKRVVPKGKGEQIAREHGIRFFETSAK-- 100 110 120 130 140 150 190 200 210 220 230 pF1KE3 KESQNVESIFMCLACRLKAQKSLLYRDAERQQGKVQKLEFPQEANSKTSCPC . :.:. :. :: CCDS17 -ANINIEKAFLTLAEDILRKTPVKEPNSENVDISSGGGVTGWKSKCC 160 170 180 190 200 237 residues in 1 query sequences 18511270 residues in 32554 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Sun Nov 6 05:17:53 2016 done: Sun Nov 6 05:17:54 2016 Total Scan time: 2.160 Total Display time: 0.010 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]