FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE2033, 624 aa 1>>>pF1KE2033 624 - 624 aa - 624 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.8554+/-0.000428; mu= -4.0836+/- 0.027 mean_var=398.3942+/-82.368, 0's: 0 Z-trim(122.2): 52 B-trim: 0 in 0/61 Lambda= 0.064257 statistics sampled from 39906 (39962) to 39906 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.757), E-opt: 0.2 (0.469), width: 16 Scan time: 11.710 The best scores are: opt bits E(85289) NP_038472 (OMIM: 300264,300857) ubiquilin-2 [Homo ( 624) 4079 392.5 2.3e-108 NP_038466 (OMIM: 605046) ubiquilin-1 isoform 1 [Ho ( 589) 2617 257.0 1.4e-67 NP_444295 (OMIM: 605046) ubiquilin-1 isoform 2 [Ho ( 561) 2174 215.9 3.1e-55 XP_005252005 (OMIM: 605046) PREDICTED: ubiquilin-1 ( 449) 2157 214.2 7.8e-55 NP_001291271 (OMIM: 605440) ubiquilin-4 isoform 2 ( 581) 1624 164.9 7e-40 NP_064516 (OMIM: 605440) ubiquilin-4 isoform 1 [Ho ( 601) 1614 164.0 1.4e-39 XP_005245405 (OMIM: 605440) PREDICTED: ubiquilin-4 ( 427) 1233 128.5 4.6e-29 NP_059509 (OMIM: 605473) ubiquilin-3 [Homo sapiens ( 655) 1146 120.7 1.7e-26 XP_011518446 (OMIM: 605473) PREDICTED: ubiquilin-3 ( 655) 1146 120.7 1.7e-26 XP_011518447 (OMIM: 605473) PREDICTED: ubiquilin-3 ( 502) 1135 119.5 2.8e-26 >>NP_038472 (OMIM: 300264,300857) ubiquilin-2 [Homo sapi (624 aa) initn: 4079 init1: 4079 opt: 4079 Z-score: 2066.6 bits: 392.5 E(85289): 2.3e-108 Smith-Waterman score: 4079; 100.0% identity (100.0% similar) in 624 aa overlap (1-624:1-624) 10 20 30 40 50 60 pF1KE2 MAENGESSGPPRPSRGPAAAQGSAAAPAEPKIIKVTVKTPKEKEEFAVPENSSVQQFKEA :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_038 MAENGESSGPPRPSRGPAAAQGSAAAPAEPKIIKVTVKTPKEKEEFAVPENSSVQQFKEA 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE2 ISKRFKSQTDQLVLIFAGKILKDQDTLIQHGIHDGLTVHLVIKSQNRPQGQSTQPSNAAG :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_038 ISKRFKSQTDQLVLIFAGKILKDQDTLIQHGIHDGLTVHLVIKSQNRPQGQSTQPSNAAG 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KE2 TNTTSASTPRSNSTPISTNSNPFGLGSLGGLAGLSSLGLSSTNFSELQSQMQQQLMASPE :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_038 TNTTSASTPRSNSTPISTNSNPFGLGSLGGLAGLSSLGLSSTNFSELQSQMQQQLMASPE 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KE2 MMIQIMENPFVQSMLSNPDLMRQLIMANPQMQQLIQRNPEISHLLNNPDIMRQTLEIARN :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_038 MMIQIMENPFVQSMLSNPDLMRQLIMANPQMQQLIQRNPEISHLLNNPDIMRQTLEIARN 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 pF1KE2 PAMMQEMMRNQDLALSNLESIPGGYNALRRMYTDIQEPMLNAAQEQFGGNPFASVGSSSS :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_038 PAMMQEMMRNQDLALSNLESIPGGYNALRRMYTDIQEPMLNAAQEQFGGNPFASVGSSSS 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 pF1KE2 SGEGTQPSRTENRDPLPNPWAPPPATQSSATTSTTTSTGSGSGNSSSNATGNTVAAANYV :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_038 SGEGTQPSRTENRDPLPNPWAPPPATQSSATTSTTTSTGSGSGNSSSNATGNTVAAANYV 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 pF1KE2 ASIFSTPGMQSLLQQITENPQLIQNMLSAPYMRSMMQSLSQNPDLAAQMMLNSPLFTANP :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_038 ASIFSTPGMQSLLQQITENPQLIQNMLSAPYMRSMMQSLSQNPDLAAQMMLNSPLFTANP 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 pF1KE2 QLQEQMRPQLPAFLQQMQNPDTLSAMSNPRAMQALMQIQQGLQTLATEAPGLIPSFTPGV :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_038 QLQEQMRPQLPAFLQQMQNPDTLSAMSNPRAMQALMQIQQGLQTLATEAPGLIPSFTPGV 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 pF1KE2 GVGVLGTAIGPVGPVTPIGPIGPIVPFTPIGPIGPIGPTGPAAPPGSTGSGGPTGPTVSS :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_038 GVGVLGTAIGPVGPVTPIGPIGPIVPFTPIGPIGPIGPTGPAAPPGSTGSGGPTGPTVSS 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 pF1KE2 AAPSETTSPTSESGPNQQFIQQMVQALAGANAPQLPNPEVRFQQQLEQLNAMGFLNREAN :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_038 AAPSETTSPTSESGPNQQFIQQMVQALAGANAPQLPNPEVRFQQQLEQLNAMGFLNREAN 550 560 570 580 590 600 610 620 pF1KE2 LQALIATGGDINAAIERLLGSQPS :::::::::::::::::::::::: NP_038 LQALIATGGDINAAIERLLGSQPS 610 620 >>NP_038466 (OMIM: 605046) ubiquilin-1 isoform 1 [Homo s (589 aa) initn: 3022 init1: 1826 opt: 2617 Z-score: 1334.4 bits: 257.0 E(85289): 1.4e-67 Smith-Waterman score: 2976; 74.8% identity (87.2% similar) in 635 aa overlap (1-624:1-589) 10 20 30 40 50 pF1KE2 MAENGESSGPPRPSRGPAAAQGS----AAAPAEPKIIKVTVKTPKEKEEFAVPENSSVQQ :::.:::.::: . . :.:.:. ::: :::::.::::::::::::::::::::::: NP_038 MAESGESGGPPGSQDSAAGAEGAGAPAAAASAEPKIMKVTVKTPKEKEEFAVPENSSVQQ 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 110 pF1KE2 FKEAISKRFKSQTDQLVLIFAGKILKDQDTLIQHGIHDGLTVHLVIKSQNRPQGQSTQPS ::: :::::::.::::::::::::::::::: :::::::::::::::.::::: .:.: . 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XP_005 FKEEISKRFKSHTDQLVLIFAGKILKDQDTLSQHGIHDGLTVHLVIKTQNRPQDHSAQQT 70 80 90 100 110 120 120 130 140 150 160 170 pF1KE2 NAAGTNTTSASTPRSNSTPISTNSNPFGLGSLGGLAGLSSLGLSSTNFSELQSQMQQQLM :.::.:.:..::: :::: :..:::::::.::::::::::::..:::::::::::.::. XP_005 NTAGSNVTTSSTPNSNSTSGSATSNPFGLGGLGGLAGLSSLGLNTTNFSELQSQMQRQLL 130 140 150 160 170 180 180 190 200 210 220 230 pF1KE2 ASPEMMIQIMENPFVQSMLSNPDLMRQLIMANPQMQQLIQRNPEISHLLNNPDIMRQTLE ..::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::: XP_005 SNPEMMVQIMENPFVQSMLSNPDLMRQLIMANPQMQQLIQRNPEISHMLNNPDIMRQTLE 190 200 210 220 230 240 240 250 260 270 280 290 pF1KE2 IARNPAMMQEMMRNQDLALSNLESIPGGYNALRRMYTDIQEPMLNAAQEQFGGNPFASVG .::::::::::::::: :::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::. XP_005 LARNPAMMQEMMRNQDRALSNLESIPGGYNALRRMYTDIQEPMLSAAQEQFGGNPFASLV 250 260 270 280 290 300 300 310 320 330 340 350 pF1KE2 SSSSSGEGTQPSRTENRDPLPNPWAPPPATQSSATTSTTTSTGSGSGNSSSNATGNTVAA :..:::::.::::::::::::::::: . .:::...:....:. .:...:...:....: XP_005 SNTSSGEGSQPSRTENRDPLPNPWAPQTSQSSSASSGTASTVGGTTGSTASGTSGQSTTA 310 320 330 340 350 360 360 370 380 390 400 410 pF1KE2 ANYV----ASIFSTPGMQSLLQQITENPQLIQNMLSAPYMRSMMQSLSQNPDLAAQMMLN : : ::.:.:::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::: XP_005 PNLVPGVGASMFNTPGMQSLLQQITENPQLMQNMLSAPYMRSMMQSLSQNPDLAAQRPQL 370 380 390 400 410 420 420 430 440 450 460 470 pF1KE2 SPLFTANPQLQEQMRPQLPAFLQQMQNPDTLSAMSNPRAMQALMQIQQGLQTLATEAPGL XP_005 RKLGILMLAEHSGSLGKLYRQYRWLGPHP 430 440 >>NP_001291271 (OMIM: 605440) ubiquilin-4 isoform 2 [Hom (581 aa) initn: 2169 init1: 1429 opt: 1624 Z-score: 837.0 bits: 164.9 E(85289): 7e-40 Smith-Waterman score: 2287; 60.4% identity (80.4% similar) in 623 aa overlap (20-624:2-581) 10 20 30 40 50 60 pF1KE2 MAENGESSGPPRPSRGPAAAQGSAAAPAEPKIIKVTVKTPKEKEEFAVPENSSVQQFKEA :. :.: : :.:::::::.:::... . .::..::: NP_001 MAEPSGAETRPP--IRVTVKTPKDKEEIVICDRASVKEFKEE 10 20 30 40 70 80 90 100 110 pF1KE2 ISKRFKSQTDQLVLIFAGKILKDQDTLIQHGIHDGLTVHLVIKSQNRPQG---------Q ::.:::.: :::::::::::::: ::: ::::.::::::::::. .. : . NP_001 ISRRFKAQQDQLVLIFAGKILKDGDTLNQHGIKDGLTVHLVIKTPQKAQDPAAATASSPS 50 60 70 80 90 100 120 130 140 150 160 pF1KE2 STQPSNAAGTNTTSASTPRSNSTPISTNSNPFGLGS------LGGLAGLSSLGLSSTNFS . .:..: .:. .: .:: . :: :..:. : :: .::. ::.::::.:.:: NP_001 TPDPASAPSTTPASPATPAQPSTSGSASSDA-GSGSRRSSAGFGGILGLGSLGLGSANFM 110 120 130 140 150 170 180 190 200 210 220 pF1KE2 ELQSQMQQQLMASPEMMIQIMENPFVQSMLSNPDLMRQLIMANPQMQQLIQRNPEISHLL :::.:::.:::..:::. ::::::.::.:.:::::::..::::::::::..:::::::.: NP_001 ELQQQMQRQLMSNPEMLSQIMENPLVQDMMSNPDLMRHMIMANPQMQQLMERNPEISHML 160 170 180 190 200 210 230 240 250 260 270 280 pF1KE2 NNPDIMRQTLEIARNPAMMQEMMRNQDLALSNLESIPGGYNALRRMYTDIQEPMLNAAQE :::..::::.:.::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::..::.: NP_001 NNPELMRQTMELARNPAMMQEMMRNQDRALSNLESIPGGYNALRRMYTDIQEPMFSAARE 220 230 240 250 260 270 290 300 310 320 330 340 pF1KE2 QFGGNPFASVGSSSSSGEGTQPSRTENRDPLPNPWAPPPATQSSATTSTTTSTGSGSGNS :::.:::.:....:.:. ..:: :::::.::::::.: : : :.: : .:: :::.: NP_001 QFGNNPFSSLAGNSDSS-SSQPLRTENREPLPNPWSPSPPT-SQAPGSGGEGTG-GSGTS 280 290 300 310 320 330 350 360 370 380 390 400 pF1KE2 SSNATGNT---VAAANYVASIFSTPGMQSLLQQITENPQLIQNMLSAPYMRSMMQSLSQN . . : .. . ::. ...:..: ::.:::::.:::::.::..::::::::::.:.:: NP_001 QVHPTVSNPFGINAASLGSGMFNSPEMQALLQQISENPQLMQNVISAPYMRSMMQTLAQN 340 350 360 370 380 390 410 420 430 440 450 460 pF1KE2 PDLAAQMMLNSPLFTANPQLQEQMRPQLPAFLQQMQNPDTLSAMSNPRAMQALMQIQQGL ::.:::::.: :::..:::::::.: :::.::::::::..:: ..::::::::.:::::: NP_001 PDFAAQMMVNVPLFAGNPQLQEQLRLQLPVFLQQMQNPESLSILTNPRAMQALLQIQQGL 400 410 420 430 440 450 470 480 490 500 510 520 pF1KE2 QTLATEAPGLIPSFTPGVGVGVLGTAIGPVGPVTPIGPIGPIVPFTPIGPIGPIGPTGPA ::: ::::::.:: .: .: . :: .:. NP_001 QTLQTEAPGLVPS----------------------LGSFG--ISRTP----------APS 460 470 480 530 540 550 560 570 580 pF1KE2 APPGSTGSGGPTGPTVSSAAPSETTSPTSESGPNQQFIQQMVQALAGANAPQLPNPEVRF : ::.... : .:: : :.:. :.:::. :. .::..:::.: :::.. :. .::::: NP_001 A--GSNAGSTPEAPTSSPATPA-TSSPTGASSAQQQLMQQMIQLLAGSGNSQVQTPEVRF 490 500 510 520 530 590 600 610 620 pF1KE2 QQQLEQLNAMGFLNREANLQALIATGGDINAAIERLLGSQPS ::::::::.:::.::::::::::::::::::::::::::: : NP_001 QQQLEQLNSMGFINREANLQALIATGGDINAAIERLLGSQLS 540 550 560 570 580 >>NP_064516 (OMIM: 605440) ubiquilin-4 isoform 1 [Homo s (601 aa) initn: 2174 init1: 1434 opt: 1614 Z-score: 831.8 bits: 164.0 E(85289): 1.4e-39 Smith-Waterman score: 2249; 58.7% identity (78.2% similar) in 642 aa overlap (20-624:2-601) 10 20 30 40 50 60 pF1KE2 MAENGESSGPPRPSRGPAAAQGSAAAPAEPKIIKVTVKTPKEKEEFAVPENSSVQQFKEA :. :.: : :.:::::::.:::... . .::..::: NP_064 MAEPSGAETRPP--IRVTVKTPKDKEEIVICDRASVKEFKEE 10 20 30 40 70 80 90 100 110 pF1KE2 ISKRFKSQTDQLVLIFAGKILKDQDTLIQHGIHDGLTVHLVIKSQNRPQG---------Q ::.:::.: :::::::::::::: ::: ::::.::::::::::. .. : . NP_064 ISRRFKAQQDQLVLIFAGKILKDGDTLNQHGIKDGLTVHLVIKTPQKAQDPAAATASSPS 50 60 70 80 90 100 120 130 140 pF1KE2 STQPSNAAGTNTTSASTPRSNSTPISTNSN------------PF---GLGS--------- . .:..: .:. .: .:: . :: :..:. : : :: NP_064 TPDPASAPSTTPASPATPAQPSTSGSASSDAGSGSRRSSGGGPSPGAGEGSPSATASILS 110 120 130 140 150 160 150 160 170 180 190 200 pF1KE2 -LGGLAGLSSLGLSSTNFSELQSQMQQQLMASPEMMIQIMENPFVQSMLSNPDLMRQLIM .::. ::.::::.:.:: :::.:::.:::..:::. ::::::.::.:.:::::::..:: NP_064 GFGGILGLGSLGLGSANFMELQQQMQRQLMSNPEMLSQIMENPLVQDMMSNPDLMRHMIM 170 180 190 200 210 220 210 220 230 240 250 260 pF1KE2 ANPQMQQLIQRNPEISHLLNNPDIMRQTLEIARNPAMMQEMMRNQDLALSNLESIPGGYN ::::::::..:::::::.::::..::::.:.::::::::::::::: ::::::::::::: NP_064 ANPQMQQLMERNPEISHMLNNPELMRQTMELARNPAMMQEMMRNQDRALSNLESIPGGYN 230 240 250 260 270 280 270 280 290 300 310 320 pF1KE2 ALRRMYTDIQEPMLNAAQEQFGGNPFASVGSSSSSGEGTQPSRTENRDPLPNPWAPPPAT :::::::::::::..::.::::.:::.:....:.:. ..:: :::::.::::::.: : : NP_064 ALRRMYTDIQEPMFSAAREQFGNNPFSSLAGNSDSS-SSQPLRTENREPLPNPWSPSPPT 290 300 310 320 330 330 340 350 360 370 380 pF1KE2 QSSATTSTTTSTGSGSGNSSSNATGNT---VAAANYVASIFSTPGMQSLLQQITENPQLI :.: : .:: :::.:. . : .. . ::. ...:..: ::.:::::.:::::. NP_064 -SQAPGSGGEGTG-GSGTSQVHPTVSNPFGINAASLGSGMFNSPEMQALLQQISENPQLM 340 350 360 370 380 390 390 400 410 420 430 440 pF1KE2 QNMLSAPYMRSMMQSLSQNPDLAAQMMLNSPLFTANPQLQEQMRPQLPAFLQQMQNPDTL ::..::::::::::.:.::::.:::::.: :::..:::::::.: :::.::::::::..: NP_064 QNVISAPYMRSMMQTLAQNPDFAAQMMVNVPLFAGNPQLQEQLRLQLPVFLQQMQNPESL 400 410 420 430 440 450 450 460 470 480 490 500 pF1KE2 SAMSNPRAMQALMQIQQGLQTLATEAPGLIPSFTPGVGVGVLGTAIGPVGPVTPIGPIGP : ..::::::::.::::::::: ::::::.:: .: .: NP_064 SILTNPRAMQALLQIQQGLQTLQTEAPGLVPS----------------------LGSFG- 460 470 480 490 510 520 530 540 550 560 pF1KE2 IVPFTPIGPIGPIGPTGPAAPPGSTGSGGPTGPTVSSAAPSETTSPTSESGPNQQFIQQM . :: .:.: ::.... : .:: : :.:. :.:::. :. .::..::: NP_064 -ISRTP----------APSA--GSNAGSTPEAPTSSPATPA-TSSPTGASSAQQQLMQQM 500 510 520 530 540 570 580 590 600 610 620 pF1KE2 VQALAGANAPQLPNPEVRFQQQLEQLNAMGFLNREANLQALIATGGDINAAIERLLGSQP .: :::.. :. .:::::::::::::.:::.::::::::::::::::::::::::::: NP_064 IQLLAGSGNSQVQTPEVRFQQQLEQLNSMGFINREANLQALIATGGDINAAIERLLGSQL 550 560 570 580 590 600 pF1KE2 S : NP_064 S >>XP_005245405 (OMIM: 605440) PREDICTED: ubiquilin-4 iso (427 aa) initn: 1415 init1: 1068 opt: 1233 Z-score: 642.8 bits: 128.5 E(85289): 4.6e-29 Smith-Waterman score: 1529; 59.2% identity (80.0% similar) in 426 aa overlap (20-408:2-422) 10 20 30 40 50 60 pF1KE2 MAENGESSGPPRPSRGPAAAQGSAAAPAEPKIIKVTVKTPKEKEEFAVPENSSVQQFKEA :. :.: : :.:::::::.:::... . .::..::: XP_005 MAEPSGAETRPP--IRVTVKTPKDKEEIVICDRASVKEFKEE 10 20 30 40 70 80 90 100 110 pF1KE2 ISKRFKSQTDQLVLIFAGKILKDQDTLIQHGIHDGLTVHLVIKSQNRPQG---------Q ::.:::.: :::::::::::::: ::: ::::.::::::::::. .. : . XP_005 ISRRFKAQQDQLVLIFAGKILKDGDTLNQHGIKDGLTVHLVIKTPQKAQDPAAATASSPS 50 60 70 80 90 100 120 130 140 pF1KE2 STQPSNAAGTNTTSASTPRSNSTPISTNSN------------PF---GLGS--------- . .:..: .:. .: .:: . :: :..:. : : :: XP_005 TPDPASAPSTTPASPATPAQPSTSGSASSDAGSGSRRSSGGGPSPGAGEGSPSATASILS 110 120 130 140 150 160 150 160 170 180 190 200 pF1KE2 -LGGLAGLSSLGLSSTNFSELQSQMQQQLMASPEMMIQIMENPFVQSMLSNPDLMRQLIM .::. ::.::::.:.:: :::.:::.:::..:::. ::::::.::.:.:::::::..:: XP_005 GFGGILGLGSLGLGSANFMELQQQMQRQLMSNPEMLSQIMENPLVQDMMSNPDLMRHMIM 170 180 190 200 210 220 210 220 230 240 250 260 pF1KE2 ANPQMQQLIQRNPEISHLLNNPDIMRQTLEIARNPAMMQEMMRNQDLALSNLESIPGGYN ::::::::..:::::::.::::..::::.:.::::::::::::::: ::::::::::::: XP_005 ANPQMQQLMERNPEISHMLNNPELMRQTMELARNPAMMQEMMRNQDRALSNLESIPGGYN 230 240 250 260 270 280 270 280 290 300 310 320 pF1KE2 ALRRMYTDIQEPMLNAAQEQFGGNPFASVGSSSSSGEGTQPSRTENRDPLPNPWAPPPAT :::::::::::::..::.::::.:::.:....:.:. ..:: :::::.::::::.: : : XP_005 ALRRMYTDIQEPMFSAAREQFGNNPFSSLAGNSDSS-SSQPLRTENREPLPNPWSPSPPT 290 300 310 320 330 330 340 350 360 370 380 pF1KE2 QSSATTSTTTSTGSGSGNSSSNATGNT---VAAANYVASIFSTPGMQSLLQQITENPQLI :.: : .:: :::.:. . : .. . ::. ...:..: ::.:::::.:::::. XP_005 -SQAPGSGGEGTG-GSGTSQVHPTVSNPFGINAASLGSGMFNSPEMQALLQQISENPQLM 340 350 360 370 380 390 390 400 410 420 430 440 pF1KE2 QNMLSAPYMRSMMQSLSQNPDLAAQMMLNSPLFTANPQLQEQMRPQLPAFLQQMQNPDTL ::..::::::::::.:.::::.::: XP_005 QNVISAPYMRSMMQTLAQNPDFAAQAFRIL 400 410 420 >>NP_059509 (OMIM: 605473) ubiquilin-3 [Homo sapiens] (655 aa) initn: 1206 init1: 750 opt: 1146 Z-score: 596.8 bits: 120.7 E(85289): 1.7e-26 Smith-Waterman score: 1348; 40.0% identity (60.7% similar) in 682 aa overlap (16-608:5-642) 10 20 30 40 50 60 pF1KE2 MAENGESSGPPRPSRGPAAAQGSAAAPAEPKIIKVTVKTPKEKEEFAVPENSSVQQFKEA : : ::: : .:..:::::::::.::.:.: .. ..::.:: NP_059 MAKGGEALPQGSPAPVQDPHLIKVTVKTPKDKEDFSVTDTCTIQQLKEE 10 20 30 40 70 80 90 100 110 120 pF1KE2 ISKRFKSQTDQLVLIFAGKILKDQDTLIQHGIHDGLTVHLVIKSQNRPQGQSTQPSNAAG ::.:::.. :::::::::::::: :.: : :..:::::::::: :.: .:. ... NP_059 ISQRFKAHPDQLVLIFAGKILKDPDSLAQCGVRDGLTVHLVIKRQHRAMGNECPAASVPT 50 60 70 80 90 100 130 140 150 160 170 180 pF1KE2 TNTTSASTPRSNSTPISTNSNPFGLGSLGGLAGLSSLGLSSTNFSELQSQMQQQLMASPE . . .: :. .: : ..: .. ::: :.::: :::. .: . :....: .. :: NP_059 QGPSPGSLPQPSS--IYPADGPPAF-SLGLLTGLSRLGLAYRGFPDQPSSLMRQHVSVPE 110 120 130 140 150 160 190 200 210 220 230 240 pF1KE2 MMIQIMENPFVQSMLSNPDLMRQLIMANPQMQQLIQRNPEISHLLNNPDIMRQTLEIARN .. :....::. ..::: :.:::.. ::.::::::.::::.:.::::.:::::::. :: NP_059 FVTQLIDDPFIPGLLSNTGLVRQLVLDNPHMQQLIQHNPEIGHILNNPEIMRQTLEFLRN 170 180 190 200 210 220 250 260 270 280 290 300 pF1KE2 PAMMQEMMRNQDLALSNLESIPGGYNALRRMYTDIQEPMLNAAQEQFGGNPFASVGSSSS :::::::.:.:: .::::::::::::.: :::::..:::::.::::::::::.. .... NP_059 PAMMQEMIRSQDRVLSNLESIPGGYNVLCTMYTDIMDPMLNAVQEQFGGNPFATATTDNA 230 240 250 260 270 280 310 320 pF1KE2 SGEGTQPSRTENRDPLPNPW-------------------AP------------------- . .:::: :: ::::::: :: NP_059 TTTTSQPSRMENCDPLPNPWTSTHGGSGSRQGRQDGDQDAPDIRNRFPNFLGIIRLYDYL 290 300 310 320 330 340 330 340 350 pF1KE2 --------------------------PPATQSSATTSTTTSTGSGSGNS----SSNATGN :: . . . :. .: :::. : : NP_059 QQLHENPQSLGTYLQGTASALSQSQEPPPSVNRVPPSSPSSQEPGSGQPLPEESVAIKGR 350 360 370 380 390 400 360 370 380 390 400 pF1KE2 TVAAANYVASIFSTPGM--------QSLLQQITENPQLIQNMLSA----PYMRSMMQSLS . : .. :. .: . :. :.:.... .. :. .. . NP_059 SSCPAFLRYPTENSTGQGGDQDGAGKSSTGHSTNLPDLVSGLGDSANRVPFAPLSFSPTA 410 420 430 440 450 460 410 420 430 440 450 pF1KE2 QNPDLAAQMMLNSPLFTAN---------PQLQEQMRPQLPAFLQQMQNPDTLSAMSNPRA : . : :: . . ::::....:::: .:...: .::.:::: NP_059 AIPGIPEPPWLPSPAYPRSLRPDGMNPAPQLQDEIQPQLP-LLMHLQ-----AAMANPRA 470 480 490 500 510 520 460 470 480 490 500 510 pF1KE2 MQALMQIQQGLQTLATEAPGLIPSFTPGVGVGVLGTAIGPVGPVTPIGPIGPIVPFTPIG .::: ::.::::.:::::: :. : : .. :. :.. : . :.. :. NP_059 LQALRQIEQGLQVLATEAPRLLLWFMPCLA-GT-GSVAGGIESRED-----PLMSEDPL- 530 540 550 560 570 520 530 540 550 560 570 pF1KE2 PIGPIGPTGPAAPPGSTGSGGPTGPTVSSAAPSETTSPTSESGPNQQFIQQMVQALAGAN : :: . :...:: . . : :.. :.: :...: NP_059 ---------PNPPP-------EVFPALDSAELGFLSPP---------FLH-MLQDLVSTN 580 590 600 580 590 600 610 620 pF1KE2 APQLPNPEVRFQQQLEQLNAMGFLNREANLQALIATGGDINAAIERLLGSQPS :: .::..:: ::::: .::::::::::::::::: NP_059 -PQQLQPEAHFQVQLEQLRSMGFLNREANLQALIATGGDVDAAVEKLRQS 610 620 630 640 650 >>XP_011518446 (OMIM: 605473) PREDICTED: ubiquilin-3 iso (655 aa) initn: 1206 init1: 750 opt: 1146 Z-score: 596.8 bits: 120.7 E(85289): 1.7e-26 Smith-Waterman score: 1348; 40.0% identity (60.7% similar) in 682 aa overlap (16-608:5-642) 10 20 30 40 50 60 pF1KE2 MAENGESSGPPRPSRGPAAAQGSAAAPAEPKIIKVTVKTPKEKEEFAVPENSSVQQFKEA : : ::: : .:..:::::::::.::.:.: .. ..::.:: XP_011 MAKGGEALPQGSPAPVQDPHLIKVTVKTPKDKEDFSVTDTCTIQQLKEE 10 20 30 40 70 80 90 100 110 120 pF1KE2 ISKRFKSQTDQLVLIFAGKILKDQDTLIQHGIHDGLTVHLVIKSQNRPQGQSTQPSNAAG ::.:::.. :::::::::::::: :.: : :..:::::::::: :.: .:. ... XP_011 ISQRFKAHPDQLVLIFAGKILKDPDSLAQCGVRDGLTVHLVIKRQHRAMGNECPAASVPT 50 60 70 80 90 100 130 140 150 160 170 180 pF1KE2 TNTTSASTPRSNSTPISTNSNPFGLGSLGGLAGLSSLGLSSTNFSELQSQMQQQLMASPE . . .: :. .: : ..: .. ::: :.::: :::. .: . :....: .. :: XP_011 QGPSPGSLPQPSS--IYPADGPPAF-SLGLLTGLSRLGLAYRGFPDQPSSLMRQHVSVPE 110 120 130 140 150 160 190 200 210 220 230 240 pF1KE2 MMIQIMENPFVQSMLSNPDLMRQLIMANPQMQQLIQRNPEISHLLNNPDIMRQTLEIARN .. :....::. ..::: :.:::.. ::.::::::.::::.:.::::.:::::::. :: XP_011 FVTQLIDDPFIPGLLSNTGLVRQLVLDNPHMQQLIQHNPEIGHILNNPEIMRQTLEFLRN 170 180 190 200 210 220 250 260 270 280 290 300 pF1KE2 PAMMQEMMRNQDLALSNLESIPGGYNALRRMYTDIQEPMLNAAQEQFGGNPFASVGSSSS :::::::.:.:: .::::::::::::.: :::::..:::::.::::::::::.. .... 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