FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE2033, 624 aa 1>>>pF1KE2033 624 - 624 aa - 624 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.2964+/-0.00102; mu= 4.7395+/- 0.062 mean_var=319.7868+/-65.207, 0's: 0 Z-trim(114.2): 34 B-trim: 33 in 1/53 Lambda= 0.071721 statistics sampled from 14726 (14754) to 14726 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.753), E-opt: 0.2 (0.453), width: 16 Scan time: 3.820 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS14374.1 UBQLN2 gene_id:29978|Hs108|chrX ( 624) 4079 435.9 7.5e-122 CCDS6663.1 UBQLN1 gene_id:29979|Hs108|chr9 ( 589) 2617 284.6 2.5e-76 CCDS6664.1 UBQLN1 gene_id:29979|Hs108|chr9 ( 561) 2174 238.8 1.5e-62 CCDS1127.1 UBQLN4 gene_id:56893|Hs108|chr1 ( 601) 1614 180.8 4.4e-45 CCDS7758.1 UBQLN3 gene_id:50613|Hs108|chr11 ( 655) 1146 132.5 1.8e-30 CCDS31385.1 UBQLNL gene_id:143630|Hs108|chr11 ( 475) 651 81.1 3.7e-15 >>CCDS14374.1 UBQLN2 gene_id:29978|Hs108|chrX (624 aa) initn: 4079 init1: 4079 opt: 4079 Z-score: 2301.1 bits: 435.9 E(32554): 7.5e-122 Smith-Waterman score: 4079; 100.0% identity (100.0% similar) in 624 aa overlap (1-624:1-624) 10 20 30 40 50 60 pF1KE2 MAENGESSGPPRPSRGPAAAQGSAAAPAEPKIIKVTVKTPKEKEEFAVPENSSVQQFKEA :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS14 MAENGESSGPPRPSRGPAAAQGSAAAPAEPKIIKVTVKTPKEKEEFAVPENSSVQQFKEA 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE2 ISKRFKSQTDQLVLIFAGKILKDQDTLIQHGIHDGLTVHLVIKSQNRPQGQSTQPSNAAG :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS14 ISKRFKSQTDQLVLIFAGKILKDQDTLIQHGIHDGLTVHLVIKSQNRPQGQSTQPSNAAG 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KE2 TNTTSASTPRSNSTPISTNSNPFGLGSLGGLAGLSSLGLSSTNFSELQSQMQQQLMASPE :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS14 TNTTSASTPRSNSTPISTNSNPFGLGSLGGLAGLSSLGLSSTNFSELQSQMQQQLMASPE 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KE2 MMIQIMENPFVQSMLSNPDLMRQLIMANPQMQQLIQRNPEISHLLNNPDIMRQTLEIARN :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS14 MMIQIMENPFVQSMLSNPDLMRQLIMANPQMQQLIQRNPEISHLLNNPDIMRQTLEIARN 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 pF1KE2 PAMMQEMMRNQDLALSNLESIPGGYNALRRMYTDIQEPMLNAAQEQFGGNPFASVGSSSS :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS14 PAMMQEMMRNQDLALSNLESIPGGYNALRRMYTDIQEPMLNAAQEQFGGNPFASVGSSSS 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 pF1KE2 SGEGTQPSRTENRDPLPNPWAPPPATQSSATTSTTTSTGSGSGNSSSNATGNTVAAANYV :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS14 SGEGTQPSRTENRDPLPNPWAPPPATQSSATTSTTTSTGSGSGNSSSNATGNTVAAANYV 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 pF1KE2 ASIFSTPGMQSLLQQITENPQLIQNMLSAPYMRSMMQSLSQNPDLAAQMMLNSPLFTANP :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS14 ASIFSTPGMQSLLQQITENPQLIQNMLSAPYMRSMMQSLSQNPDLAAQMMLNSPLFTANP 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 pF1KE2 QLQEQMRPQLPAFLQQMQNPDTLSAMSNPRAMQALMQIQQGLQTLATEAPGLIPSFTPGV :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS14 QLQEQMRPQLPAFLQQMQNPDTLSAMSNPRAMQALMQIQQGLQTLATEAPGLIPSFTPGV 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 pF1KE2 GVGVLGTAIGPVGPVTPIGPIGPIVPFTPIGPIGPIGPTGPAAPPGSTGSGGPTGPTVSS :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS14 GVGVLGTAIGPVGPVTPIGPIGPIVPFTPIGPIGPIGPTGPAAPPGSTGSGGPTGPTVSS 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 pF1KE2 AAPSETTSPTSESGPNQQFIQQMVQALAGANAPQLPNPEVRFQQQLEQLNAMGFLNREAN :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS14 AAPSETTSPTSESGPNQQFIQQMVQALAGANAPQLPNPEVRFQQQLEQLNAMGFLNREAN 550 560 570 580 590 600 610 620 pF1KE2 LQALIATGGDINAAIERLLGSQPS :::::::::::::::::::::::: CCDS14 LQALIATGGDINAAIERLLGSQPS 610 620 >>CCDS6663.1 UBQLN1 gene_id:29979|Hs108|chr9 (589 aa) initn: 3022 init1: 1826 opt: 2617 Z-score: 1483.8 bits: 284.6 E(32554): 2.5e-76 Smith-Waterman score: 2976; 74.8% identity (87.2% similar) in 635 aa overlap (1-624:1-589) 10 20 30 40 50 pF1KE2 MAENGESSGPPRPSRGPAAAQGS----AAAPAEPKIIKVTVKTPKEKEEFAVPENSSVQQ :::.:::.::: . . :.:.:. ::: :::::.::::::::::::::::::::::: CCDS66 MAESGESGGPPGSQDSAAGAEGAGAPAAAASAEPKIMKVTVKTPKEKEEFAVPENSSVQQ 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 110 pF1KE2 FKEAISKRFKSQTDQLVLIFAGKILKDQDTLIQHGIHDGLTVHLVIKSQNRPQGQSTQPS ::: :::::::.::::::::::::::::::: :::::::::::::::.::::: .:.: . CCDS66 FKEEISKRFKSHTDQLVLIFAGKILKDQDTLSQHGIHDGLTVHLVIKTQNRPQDHSAQQT 70 80 90 100 110 120 120 130 140 150 160 170 pF1KE2 NAAGTNTTSASTPRSNSTPISTNSNPFGLGSLGGLAGLSSLGLSSTNFSELQSQMQQQLM :.::.:.:..::: :::: :..:::::::.::::::::::::..:::::::::::.::. CCDS66 NTAGSNVTTSSTPNSNSTSGSATSNPFGLGGLGGLAGLSSLGLNTTNFSELQSQMQRQLL 130 140 150 160 170 180 180 190 200 210 220 230 pF1KE2 ASPEMMIQIMENPFVQSMLSNPDLMRQLIMANPQMQQLIQRNPEISHLLNNPDIMRQTLE ..::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::: CCDS66 SNPEMMVQIMENPFVQSMLSNPDLMRQLIMANPQMQQLIQRNPEISHMLNNPDIMRQTLE 190 200 210 220 230 240 240 250 260 270 280 290 pF1KE2 IARNPAMMQEMMRNQDLALSNLESIPGGYNALRRMYTDIQEPMLNAAQEQFGGNPFASVG .::::::::::::::: :::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::. 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CCDS66 FKEEISKRFKSHTDQLVLIFAGKILKDQDTLSQHGIHDGLTVHLVIKTQNRPQDHSAQQT 70 80 90 100 110 120 120 130 140 150 160 170 pF1KE2 NAAGTNTTSASTPRSNSTPISTNSNPFGLGSLGGLAGLSSLGLSSTNFSELQSQMQQQLM :.::.:.:..::: :::: :..:::::::.::::::::::::..:::::::::::.::. CCDS66 NTAGSNVTTSSTPNSNSTSGSATSNPFGLGGLGGLAGLSSLGLNTTNFSELQSQMQRQLL 130 140 150 160 170 180 180 190 200 210 220 230 pF1KE2 ASPEMMIQIMENPFVQSMLSNPDLMRQLIMANPQMQQLIQRNPEISHLLNNPDIMRQTLE ..::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::: CCDS66 SNPEMMVQIMENPFVQSMLSNPDLMRQLIMANPQMQQLIQRNPEISHMLNNPDIMRQTLE 190 200 210 220 230 240 240 250 260 270 280 290 pF1KE2 IARNPAMMQEMMRNQDLALSNLESIPGGYNALRRMYTDIQEPMLNAAQEQFGGNPFASVG .::::::::::::::: :::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::. CCDS66 LARNPAMMQEMMRNQDRALSNLESIPGGYNALRRMYTDIQEPMLSAAQEQFGGNPFASLV 250 260 270 280 290 300 300 310 320 330 340 350 pF1KE2 SSSSSGEGTQPSRTENRDPLPNPWAPPPATQSSATTSTTTSTGSGSGNSSSNATGNTVAA :..:::::.::::::::::::::::: . .:::...:....:. .:...:...:....: CCDS66 SNTSSGEGSQPSRTENRDPLPNPWAPQTSQSSSASSGTASTVGGTTGSTASGTSGQSTTA 310 320 330 340 350 360 360 370 380 390 400 410 pF1KE2 ANYV----ASIFSTPGMQSLLQQITENPQLIQNMLSAPYMRSMMQSLSQNPDLAAQMMLN : : ::.:.:::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::: CCDS66 PNLVPGVGASMFNTPGMQSLLQQITENPQLMQNMLSAPYMRSMMQSLSQNPDLAAQM--- 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 pF1KE2 SPLFTANPQLQEQMRPQLPAFLQQMQNPDTLSAMSNPRAMQALMQIQQGLQTLATEAPGL ::::::::::::::::::.:::::::::::::::: CCDS66 -------------------------QNPDTLSAMSNPRAMQALLQIQQGLQTLATEAPGL 420 430 440 450 480 490 500 510 520 530 pF1KE2 IPSFTPGVGVGVLGTAIGPVGPVTPIGPIGPIVPFTPIGPIGPIGPTGPAAPPGSTGSGG ::.::::.: :.: .: ::.:..: CCDS66 IPGFTPGLG------ALGSTG--------------------------------GSSGTNG 460 470 540 550 560 570 580 pF1KE2 PTGPTVSSAAPSETTSPT---SESGPNQQFIQQMVQALAGANAPQLPNPEVRFQQQLEQL :.:.:::.:::: .: : .:::::::.:::::.: ::: ::::::::::::: CCDS66 ------SNATPSENTSPTAGTTEPG-HQQFIQQMLQALAGVN-PQLQNPEVRFQQQLEQL 480 490 500 510 520 590 600 610 620 pF1KE2 NAMGFLNREANLQALIATGGDINAAIERLLGSQPS .:::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS66 SAMGFLNREANLQALIATGGDINAAIERLLGSQPS 530 540 550 560 >>CCDS1127.1 UBQLN4 gene_id:56893|Hs108|chr1 (601 aa) initn: 2174 init1: 1434 opt: 1614 Z-score: 922.8 bits: 180.8 E(32554): 4.4e-45 Smith-Waterman score: 2249; 58.7% identity (78.2% similar) in 642 aa overlap (20-624:2-601) 10 20 30 40 50 60 pF1KE2 MAENGESSGPPRPSRGPAAAQGSAAAPAEPKIIKVTVKTPKEKEEFAVPENSSVQQFKEA :. :.: : :.:::::::.:::... . .::..::: CCDS11 MAEPSGAETRPP--IRVTVKTPKDKEEIVICDRASVKEFKEE 10 20 30 40 70 80 90 100 110 pF1KE2 ISKRFKSQTDQLVLIFAGKILKDQDTLIQHGIHDGLTVHLVIKSQNRPQG---------Q ::.:::.: :::::::::::::: ::: ::::.::::::::::. .. : . CCDS11 ISRRFKAQQDQLVLIFAGKILKDGDTLNQHGIKDGLTVHLVIKTPQKAQDPAAATASSPS 50 60 70 80 90 100 120 130 140 pF1KE2 STQPSNAAGTNTTSASTPRSNSTPISTNSN------------PF---GLGS--------- . .:..: .:. .: .:: . :: :..:. : : :: CCDS11 TPDPASAPSTTPASPATPAQPSTSGSASSDAGSGSRRSSGGGPSPGAGEGSPSATASILS 110 120 130 140 150 160 150 160 170 180 190 200 pF1KE2 -LGGLAGLSSLGLSSTNFSELQSQMQQQLMASPEMMIQIMENPFVQSMLSNPDLMRQLIM .::. ::.::::.:.:: :::.:::.:::..:::. ::::::.::.:.:::::::..:: CCDS11 GFGGILGLGSLGLGSANFMELQQQMQRQLMSNPEMLSQIMENPLVQDMMSNPDLMRHMIM 170 180 190 200 210 220 210 220 230 240 250 260 pF1KE2 ANPQMQQLIQRNPEISHLLNNPDIMRQTLEIARNPAMMQEMMRNQDLALSNLESIPGGYN ::::::::..:::::::.::::..::::.:.::::::::::::::: ::::::::::::: CCDS11 ANPQMQQLMERNPEISHMLNNPELMRQTMELARNPAMMQEMMRNQDRALSNLESIPGGYN 230 240 250 260 270 280 270 280 290 300 310 320 pF1KE2 ALRRMYTDIQEPMLNAAQEQFGGNPFASVGSSSSSGEGTQPSRTENRDPLPNPWAPPPAT :::::::::::::..::.::::.:::.:....:.:. ..:: :::::.::::::.: : : CCDS11 ALRRMYTDIQEPMFSAAREQFGNNPFSSLAGNSDSS-SSQPLRTENREPLPNPWSPSPPT 290 300 310 320 330 330 340 350 360 370 380 pF1KE2 QSSATTSTTTSTGSGSGNSSSNATGNT---VAAANYVASIFSTPGMQSLLQQITENPQLI :.: : .:: :::.:. . : .. . ::. ...:..: ::.:::::.:::::. CCDS11 -SQAPGSGGEGTG-GSGTSQVHPTVSNPFGINAASLGSGMFNSPEMQALLQQISENPQLM 340 350 360 370 380 390 390 400 410 420 430 440 pF1KE2 QNMLSAPYMRSMMQSLSQNPDLAAQMMLNSPLFTANPQLQEQMRPQLPAFLQQMQNPDTL ::..::::::::::.:.::::.:::::.: :::..:::::::.: :::.::::::::..: CCDS11 QNVISAPYMRSMMQTLAQNPDFAAQMMVNVPLFAGNPQLQEQLRLQLPVFLQQMQNPESL 400 410 420 430 440 450 450 460 470 480 490 500 pF1KE2 SAMSNPRAMQALMQIQQGLQTLATEAPGLIPSFTPGVGVGVLGTAIGPVGPVTPIGPIGP : ..::::::::.::::::::: ::::::.:: .: .: CCDS11 SILTNPRAMQALLQIQQGLQTLQTEAPGLVPS----------------------LGSFG- 460 470 480 490 510 520 530 540 550 560 pF1KE2 IVPFTPIGPIGPIGPTGPAAPPGSTGSGGPTGPTVSSAAPSETTSPTSESGPNQQFIQQM . :: .:.: ::.... : .:: : :.:. :.:::. :. .::..::: CCDS11 -ISRTP----------APSA--GSNAGSTPEAPTSSPATPA-TSSPTGASSAQQQLMQQM 500 510 520 530 540 570 580 590 600 610 620 pF1KE2 VQALAGANAPQLPNPEVRFQQQLEQLNAMGFLNREANLQALIATGGDINAAIERLLGSQP .: :::.. :. .:::::::::::::.:::.::::::::::::::::::::::::::: CCDS11 IQLLAGSGNSQVQTPEVRFQQQLEQLNSMGFINREANLQALIATGGDINAAIERLLGSQL 550 560 570 580 590 600 pF1KE2 S : CCDS11 S >>CCDS7758.1 UBQLN3 gene_id:50613|Hs108|chr11 (655 aa) initn: 1206 init1: 750 opt: 1146 Z-score: 660.7 bits: 132.5 E(32554): 1.8e-30 Smith-Waterman score: 1348; 40.0% identity (60.7% similar) in 682 aa overlap (16-608:5-642) 10 20 30 40 50 60 pF1KE2 MAENGESSGPPRPSRGPAAAQGSAAAPAEPKIIKVTVKTPKEKEEFAVPENSSVQQFKEA : : ::: : .:..:::::::::.::.:.: .. ..::.:: CCDS77 MAKGGEALPQGSPAPVQDPHLIKVTVKTPKDKEDFSVTDTCTIQQLKEE 10 20 30 40 70 80 90 100 110 120 pF1KE2 ISKRFKSQTDQLVLIFAGKILKDQDTLIQHGIHDGLTVHLVIKSQNRPQGQSTQPSNAAG ::.:::.. :::::::::::::: :.: : :..:::::::::: :.: .:. ... CCDS77 ISQRFKAHPDQLVLIFAGKILKDPDSLAQCGVRDGLTVHLVIKRQHRAMGNECPAASVPT 50 60 70 80 90 100 130 140 150 160 170 180 pF1KE2 TNTTSASTPRSNSTPISTNSNPFGLGSLGGLAGLSSLGLSSTNFSELQSQMQQQLMASPE . . .: :. .: : ..: .. ::: :.::: :::. .: . :....: .. :: CCDS77 QGPSPGSLPQPSS--IYPADGPPAF-SLGLLTGLSRLGLAYRGFPDQPSSLMRQHVSVPE 110 120 130 140 150 160 190 200 210 220 230 240 pF1KE2 MMIQIMENPFVQSMLSNPDLMRQLIMANPQMQQLIQRNPEISHLLNNPDIMRQTLEIARN .. :....::. ..::: :.:::.. ::.::::::.::::.:.::::.:::::::. :: CCDS77 FVTQLIDDPFIPGLLSNTGLVRQLVLDNPHMQQLIQHNPEIGHILNNPEIMRQTLEFLRN 170 180 190 200 210 220 250 260 270 280 290 300 pF1KE2 PAMMQEMMRNQDLALSNLESIPGGYNALRRMYTDIQEPMLNAAQEQFGGNPFASVGSSSS :::::::.:.:: .::::::::::::.: :::::..:::::.::::::::::.. .... 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