FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE6784, 628 aa 1>>>pF1KE6784 628 - 628 aa - 628 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.1840+/-0.000909; mu= 11.0701+/- 0.054 mean_var=116.7645+/-23.006, 0's: 0 Z-trim(109.4): 25 B-trim: 36 in 1/50 Lambda= 0.118691 statistics sampled from 10874 (10891) to 10874 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.685), E-opt: 0.2 (0.335), width: 16 Scan time: 3.140 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS14336.1 GSPT2 gene_id:23708|Hs108|chrX ( 628) 4166 724.5 1e-208 CCDS45412.1 GSPT1 gene_id:2935|Hs108|chr16 ( 637) 3646 635.5 6.4e-182 CCDS45413.1 GSPT1 gene_id:2935|Hs108|chr16 ( 636) 3375 589.1 6e-168 CCDS45414.1 GSPT1 gene_id:2935|Hs108|chr16 ( 499) 3132 547.4 1.6e-155 CCDS47479.1 HBS1L gene_id:10767|Hs108|chr6 ( 642) 1175 212.4 1.5e-54 CCDS5173.1 HBS1L gene_id:10767|Hs108|chr6 ( 684) 1175 212.4 1.6e-54 CCDS4980.1 EEF1A1 gene_id:1915|Hs108|chr6 ( 462) 691 129.4 1e-29 CCDS13522.1 EEF1A2 gene_id:1917|Hs108|chr20 ( 463) 687 128.8 1.6e-29 >>CCDS14336.1 GSPT2 gene_id:23708|Hs108|chrX (628 aa) initn: 4166 init1: 4166 opt: 4166 Z-score: 3860.8 bits: 724.5 E(32554): 1e-208 Smith-Waterman score: 4166; 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37.9% identity (67.9% similar) in 546 aa overlap (103-623:98-640) 80 90 100 110 120 pF1KE6 LRGPTQPPTLPAGSGSNDETCTGAGYPQGKRMGRGAPVEP--SREE----PLVS-LEGSN ....: ::. :: : : :. . :. CCDS47 FDVQKALSGVLEQDRVQSLKDKNEATVSTGKIAKGKPVDSQTSRSESEIVPKVAKMTVSG 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KE6 SAVTMELSEPVV---ENGEVEMALEESWEHSKEVSEAEPGGGSSGDSGPPE--ESGQEMM . :: . : : :::. . ... .. .. .: ...::. ....:. CCDS47 KKQTMGFEVPGVSSEENGHSFHTPQKGPPIEDAIASSDVLETASKSANPPHTIQASEEQS 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KE6 EEKEEIRKS----KSVIVPSGAPK----KEHVNVVFIGHVDAGKSTIGGQIMFLTGMVDK ..:: ... : . : :. .:.: ::::::::::. :....: : ..: CCDS47 STPAPVKKSGKLRQQIDVKAELEKRQGGKQLLNLVVIGHVDAGKSTLMGHMLYLLGNINK 190 200 210 220 230 240 240 250 260 270 280 290 pF1KE6 RTLEKYEREAKEKNRETWYLSWALDTNQEERDKGKTVEVGRAYFETERKHFTILDAPGHK ::..:::.:.:. .. .. .:.:: . :::..: :..:: . ::: : .:..:::::: CCDS47 RTMHKYEQESKKAGKASFAYAWVLDETGEERERGVTMDVGMTKFETTTKVITLMDAPGHK 250 260 270 280 290 300 300 310 320 330 340 350 pF1KE6 SFVPNMIGGASQADLAVLVISARKGEFETGFEKGGQTREHAMLAKTAGVKHLIVLINKMD .:.:::: ::.:::.::::..: .::::.::: :::::::..:... :: .: : .:::: CCDS47 DFIPNMITGAAQADVAVLVVDASRGEFEAGFETGGQTREHGLLVRSLGVTQLAVAVNKMD 310 320 330 340 350 360 360 370 380 390 400 pF1KE6 DHTVNWSIERYEECKEKLVPFLKKVGFSPKKDIHFMPCSGLTGANI---KEQSDFCPWYT . :::. ::..: :: :::..::. ..:. :.: :::.: :. ...:.. :: CCDS47 Q--VNWQQERFQEITGKLGHFLKQAGFK-ESDVGFIPTSGLSGENLITRSQSSELTKWYK 370 380 390 400 410 420 410 420 430 440 450 460 pF1KE6 GLPFIPYLDNLPNFNRSIDGPIRLPIVDKYKDMGT--VVLGKLESGSIFKGQQLVMMPNK :: .. .:.. .:::: :.:: . : .::.:. . ::.:.: : :..:. :: . CCDS47 GLCLLEQIDSFKPPQRSIDKPFRLCVSDVFKDQGSGFCITGKIEAGYIQTGDRLLAMPPN 430 440 450 460 470 480 470 480 490 500 510 520 pF1KE6 HNVEVLGILSDDTETDFVAPGENLKIRLKGIEEEEILPGFILCDPSNLCHSGRTFDVQIV .. : :: : .:..: :..... : :.. .: : :.: :. .. : ..:. CCDS47 ETCTVKGITLHDEPVDWAAAGDHVSLTLVGMDIIKINVGCIFCGPKVPIKACTRFRARIL 490 500 510 520 530 540 530 540 550 560 570 580 pF1KE6 IIEHKSIICPGYNAVLHIHTCIEEVEITALISLVDKKSGEKSKTRPRFVKQDQVCIARLR :.. . : :. ..:: .: : . : :::...:..:: .: .:.:. . : ...:. CCDS47 IFNIEIPITKGFPVLLHYQTVSEPAVIKRLISVLNKSTGEVTKKKPKFLTKGQNALVELQ 550 560 570 580 590 600 590 600 610 620 pF1KE6 TAGTICLETFKDFPQMGRFTLRDEGKTIAIGKVLKLVQEKD : : :: .::: ..::: :: :.::: : : .. CCDS47 TQRPIALELYKDFKELGRFMLRYGGSTIAAGVVTEIKE 610 620 630 640 >>CCDS5173.1 HBS1L gene_id:10767|Hs108|chr6 (684 aa) initn: 899 init1: 635 opt: 1175 Z-score: 1092.3 bits: 212.4 E(32554): 1.6e-54 Smith-Waterman score: 1179; 37.9% identity (67.9% similar) in 546 aa overlap (103-623:140-682) 80 90 100 110 120 pF1KE6 LRGPTQPPTLPAGSGSNDETCTGAGYPQGKRMGRGAPVEP--SREE----PLVS-LEGSN ....: ::. :: : : :. . :. CCDS51 FDVQKALSGVLEQDRVQSLKDKNEATVSTGKIAKGKPVDSQTSRSESEIVPKVAKMTVSG 110 120 130 140 150 160 130 140 150 160 170 180 pF1KE6 SAVTMELSEPVV---ENGEVEMALEESWEHSKEVSEAEPGGGSSGDSGPPE--ESGQEMM . :: . : : :::. . ... .. .. .: ...::. ....:. CCDS51 KKQTMGFEVPGVSSEENGHSFHTPQKGPPIEDAIASSDVLETASKSANPPHTIQASEEQS 170 180 190 200 210 220 190 200 210 220 230 pF1KE6 EEKEEIRKS----KSVIVPSGAPK----KEHVNVVFIGHVDAGKSTIGGQIMFLTGMVDK ..:: ... : . : :. .:.: ::::::::::. :....: : ..: CCDS51 STPAPVKKSGKLRQQIDVKAELEKRQGGKQLLNLVVIGHVDAGKSTLMGHMLYLLGNINK 230 240 250 260 270 280 240 250 260 270 280 290 pF1KE6 RTLEKYEREAKEKNRETWYLSWALDTNQEERDKGKTVEVGRAYFETERKHFTILDAPGHK ::..:::.:.:. .. .. .:.:: . :::..: :..:: . ::: : .:..:::::: CCDS51 RTMHKYEQESKKAGKASFAYAWVLDETGEERERGVTMDVGMTKFETTTKVITLMDAPGHK 290 300 310 320 330 340 300 310 320 330 340 350 pF1KE6 SFVPNMIGGASQADLAVLVISARKGEFETGFEKGGQTREHAMLAKTAGVKHLIVLINKMD .:.:::: ::.:::.::::..: .::::.::: :::::::..:... :: .: : .:::: CCDS51 DFIPNMITGAAQADVAVLVVDASRGEFEAGFETGGQTREHGLLVRSLGVTQLAVAVNKMD 350 360 370 380 390 400 360 370 380 390 400 pF1KE6 DHTVNWSIERYEECKEKLVPFLKKVGFSPKKDIHFMPCSGLTGANI---KEQSDFCPWYT . :::. ::..: :: :::..::. ..:. :.: :::.: :. ...:.. :: CCDS51 Q--VNWQQERFQEITGKLGHFLKQAGFK-ESDVGFIPTSGLSGENLITRSQSSELTKWYK 410 420 430 440 450 460 410 420 430 440 450 460 pF1KE6 GLPFIPYLDNLPNFNRSIDGPIRLPIVDKYKDMGT--VVLGKLESGSIFKGQQLVMMPNK :: .. .:.. .:::: :.:: . : .::.:. . ::.:.: : :..:. :: . CCDS51 GLCLLEQIDSFKPPQRSIDKPFRLCVSDVFKDQGSGFCITGKIEAGYIQTGDRLLAMPPN 470 480 490 500 510 520 470 480 490 500 510 520 pF1KE6 HNVEVLGILSDDTETDFVAPGENLKIRLKGIEEEEILPGFILCDPSNLCHSGRTFDVQIV .. : :: : .:..: :..... : :.. .: : :.: :. .. : ..:. CCDS51 ETCTVKGITLHDEPVDWAAAGDHVSLTLVGMDIIKINVGCIFCGPKVPIKACTRFRARIL 530 540 550 560 570 580 530 540 550 560 570 580 pF1KE6 IIEHKSIICPGYNAVLHIHTCIEEVEITALISLVDKKSGEKSKTRPRFVKQDQVCIARLR :.. . : :. ..:: .: : . : :::...:..:: .: .:.:. . : ...:. CCDS51 IFNIEIPITKGFPVLLHYQTVSEPAVIKRLISVLNKSTGEVTKKKPKFLTKGQNALVELQ 590 600 610 620 630 640 590 600 610 620 pF1KE6 TAGTICLETFKDFPQMGRFTLRDEGKTIAIGKVLKLVQEKD : : :: .::: ..::: :: :.::: : : .. CCDS51 TQRPIALELYKDFKELGRFMLRYGGSTIAAGVVTEIKE 650 660 670 680 >>CCDS4980.1 EEF1A1 gene_id:1915|Hs108|chr6 (462 aa) initn: 855 init1: 590 opt: 691 Z-score: 647.0 bits: 129.4 E(32554): 1e-29 Smith-Waterman score: 1029; 37.5% identity (66.7% similar) in 445 aa overlap (200-627:4-444) 170 180 190 200 210 220 pF1KE6 GPPEESGQEMMEEKEEIRKSKSVIVPSGAPKKEHVNVVFIGHVDAGKSTIGGQIMFLTGM .: :.:.: :::::.:::: :.... : CCDS49 MGKEKTHINIVVIGHVDSGKSTTTGHLIYKCGG 10 20 30 230 240 250 260 270 280 pF1KE6 VDKRTLEKYEREAKEKNRETWYLSWALDTNQEERDKGKTVEVGRAYFETERKHFTILDAP .::::.::.:.:: : .. .. .:.:: . ::..: :.... ::: . . ::.::: CCDS49 IDKRTIEKFEKEAAEMGKGSFKYAWVLDKLKAERERGITIDISLWKFETSKYYVTIIDAP 40 50 60 70 80 90 290 300 310 320 330 340 pF1KE6 GHKSFVPNMIGGASQADLAVLVISARKGEFETGFEKGGQTREHAMLAKTAGVKHLIVLIN ::..:. ::: :.:::: :::...: ::::.:. :.:::::::.:: : :::.::: .: CCDS49 GHRDFIKNMITGTSQADCAVLIVAAGVGEFEAGISKNGQTREHALLAYTLGVKQLIVGVN 100 110 120 130 140 150 350 360 370 380 390 400 pF1KE6 KMDDHTVNWSIERYEECKEKLVPFLKKVGFSPKKDIHFMPCSGLTGANIKEQSDFCPWY- :::. .: .:::: ... ..::.:..: . :.: :: .: :. : : ::. 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CCDS49 PPMEAAG--FTAQVIILNHPGQISAGYAPVLDCHTAHIACKFAELKEKIDRRSGKKLEDG 340 350 360 370 380 390 580 590 600 610 620 pF1KE6 PRFVKQDQVCIARLRTAGTICLETFKDFPQMGRFTLRDEGKTIAIGKVLKLVQEKD :.:.:. .. :. . . .:.:.:.:.: .:::..:: .:.:.: :.: :..: CCDS49 PKFLKSGDAAIVDMVPGKPMCVESFSDYPPLGRFAVRDMRQTVAVG-VIKAVDKKAAGAG 400 410 420 430 440 CCDS49 KVTKSAQKAQKAK 450 460 >>CCDS13522.1 EEF1A2 gene_id:1917|Hs108|chr20 (463 aa) initn: 833 init1: 587 opt: 687 Z-score: 643.3 bits: 128.8 E(32554): 1.6e-29 Smith-Waterman score: 1012; 36.8% identity (67.3% similar) in 443 aa overlap (200-627:4-444) 170 180 190 200 210 220 pF1KE6 GPPEESGQEMMEEKEEIRKSKSVIVPSGAPKKEHVNVVFIGHVDAGKSTIGGQIMFLTGM .: :.:.: :::::.:::: :.... : CCDS13 MGKEKTHINIVVIGHVDSGKSTTTGHLIYKCGG 10 20 30 230 240 250 260 270 280 pF1KE6 VDKRTLEKYEREAKEKNRETWYLSWALDTNQEERDKGKTVEVGRAYFETERKHFTILDAP .::::.::.:.:: : .. .. .:.:: . ::..: :.... ::: . ..::.::: CCDS13 IDKRTIEKFEKEAAEMGKGSFKYAWVLDKLKAERERGITIDISLWKFETTKYYITIIDAP 40 50 60 70 80 90 290 300 310 320 330 340 pF1KE6 GHKSFVPNMIGGASQADLAVLVISARKGEFETGFEKGGQTREHAMLAKTAGVKHLIVLIN ::..:. ::: :.:::: :::...: ::::.:. :.:::::::.:: : :::.::: .: CCDS13 GHRDFIKNMITGTSQADCAVLIVAAGVGEFEAGISKNGQTREHALLAYTLGVKQLIVGVN 100 110 120 130 140 150 350 360 370 380 390 400 pF1KE6 KMDDHTVNWSIERYEECKEKLVPFLKKVGFSPKKDIHFMPCSGLTGANIKEQSDFCPWY- :::. .: .::.: ... ..::.:..: . :.: :: : :. : : ::. CCDS13 KMDSTEPAYSEKRYDEIVKEVSAYIKKIGYNPAT-VPFVPISGWHGDNMLEPSPNMPWFK 160 170 180 190 200 210 410 420 430 440 450 pF1KE6 -----------TGLPFIPYLDNLPNFNRSIDGPIRLPIVDKYK--DMGTVVLGKLESGSI .:. .. ::.. .: : :.:::. : :: .::: .:..:.: . CCDS13 GWKVERKEGNASGVSLLEALDTILPPTRPTDKPLRLPLQDVYKIGGIGTVPVGRVETGIL 220 230 240 250 260 270 460 470 480 490 500 510 pF1KE6 FKGQQLVMMPNKHNVEVLGILSDDTETDFVAPGENLKIRLKGIEEEEILPGFILCDP-SN :. ... : . ..:: .. . . ::.:. . .:.. ..: : . : :. CCDS13 RPGMVVTFAPVNITTEVKSVEMHHEALSEALPGDNVGFNVKNVSVKDIRRGNVCGDSKSD 280 290 300 310 320 330 520 530 540 550 560 570 pF1KE6 LCHSGRTFDVQIVIIEHKSIICPGYNAVLHIHTCIEEVEITALISLVDKKSGEKSKTRPR . . : :..:..: . : ::. :. :: ... : .:..::.: . :. 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