FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE3178, 415 aa 1>>>pF1KE3178 415 - 415 aa - 415 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.3642+/-0.000916; mu= 16.7765+/- 0.055 mean_var=65.0101+/-12.958, 0's: 0 Z-trim(104.8): 18 B-trim: 2 in 1/49 Lambda= 0.159068 statistics sampled from 8078 (8091) to 8078 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.622), E-opt: 0.2 (0.249), width: 16 Scan time: 2.820 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS48088.1 PDK3 gene_id:5165|Hs108|chrX ( 415) 2778 646.5 1.4e-185 CCDS14212.1 PDK3 gene_id:5165|Hs108|chrX ( 406) 2721 633.4 1.2e-181 CCDS2250.1 PDK1 gene_id:5163|Hs108|chr2 ( 436) 1912 447.8 9.6e-126 CCDS11559.1 PDK2 gene_id:5164|Hs108|chr17 ( 407) 1876 439.5 2.8e-123 CCDS5643.1 PDK4 gene_id:5166|Hs108|chr7 ( 411) 1759 412.6 3.4e-115 CCDS56039.1 PDK2 gene_id:5164|Hs108|chr17 ( 343) 1615 379.5 2.6e-105 CCDS63059.1 PDK1 gene_id:5163|Hs108|chr2 ( 456) 1458 343.6 2.3e-94 >>CCDS48088.1 PDK3 gene_id:5165|Hs108|chrX (415 aa) initn: 2778 init1: 2778 opt: 2778 Z-score: 3445.4 bits: 646.5 E(32554): 1.4e-185 Smith-Waterman score: 2778; 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100.0% identity (100.0% similar) in 406 aa overlap (1-406:1-406) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 MRLFRWLLKQPVPKQIERYSRFSPSPLSIKQFLDFGRDNACEKTSYMFLRKELPVRLANT :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS14 MRLFRWLLKQPVPKQIERYSRFSPSPLSIKQFLDFGRDNACEKTSYMFLRKELPVRLANT 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE3 MREVNLLPDNLLNRPSVGLVQSWYMQSFLELLEYENKSPEDPQVLDNFLQVLIKVRNRHN :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS14 MREVNLLPDNLLNRPSVGLVQSWYMQSFLELLEYENKSPEDPQVLDNFLQVLIKVRNRHN 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KE3 DVVPTMAQGVIEYKEKFGFDPFISTNIQYFLDRFYTNRISFRMLINQHTLLFGGDTNPVH :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS14 DVVPTMAQGVIEYKEKFGFDPFISTNIQYFLDRFYTNRISFRMLINQHTLLFGGDTNPVH 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KE3 PKHIGSIDPTCNVADVVKDAYETAKMLCEQYYLVAPELEVEEFNAKAPDKPIQVVYVPSH :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS14 PKHIGSIDPTCNVADVVKDAYETAKMLCEQYYLVAPELEVEEFNAKAPDKPIQVVYVPSH 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 pF1KE3 LFHMLFELFKNSMRATVELYEDRKEGYPAVKTLVTLGKEDLSIKISDLGGGVPLRKIDRL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS14 LFHMLFELFKNSMRATVELYEDRKEGYPAVKTLVTLGKEDLSIKISDLGGGVPLRKIDRL 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 pF1KE3 FNYMYSTAPRPSLEPTRAAPLAGFGYGLPISRLYARYFQGDLKLYSMEGVGTDAVIYLKA :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS14 FNYMYSTAPRPSLEPTRAAPLAGFGYGLPISRLYARYFQGDLKLYSMEGVGTDAVIYLKA 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 pF1KE3 LSSESFERLPVFNKSAWRHYKTTPEADDWSNPSSEPRDASKYKAKQDKIKTNRTF :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS14 LSSESFERLPVFNKSAWRHYKTTPEADDWSNPSSEPRDASKYKAKQ 370 380 390 400 >>CCDS2250.1 PDK1 gene_id:5163|Hs108|chr2 (436 aa) initn: 1516 init1: 810 opt: 1912 Z-score: 2371.0 bits: 447.8 E(32554): 9.6e-126 Smith-Waterman score: 1912; 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CCDS22 AKAIYDFTDTVIRIRNRHNDVIPTMAQGVIEYKESFGVDPVTSQNVQYFLDRFYMSRISI 140 150 160 170 180 190 170 180 190 200 210 pF1KE3 RMLINQHTLLFGGDT--NPVHPKHIGSIDPTCNVADVVKDAYETAKMLCEQYYLVAPELE :::.:::.::::: .: : ::::::.:.::: .:.::.::.:. ::. ::. .:::: CCDS22 RMLLNQHSLLFGGKGKGSPSHRKHIGSINPNCNVLEVIKDGYENARRLCDLYYINSPELE 200 210 220 230 240 250 220 230 240 250 260 270 pF1KE3 VEEFNAKAPDKPIQVVYVPSHLFHMLFELFKNSMRATVELYEDRKEGYPAVKTLVTLGKE .::.:::.: .:::::::::::.::.::::::.::::.: . .: :: ... ::::.: CCDS22 LEELNAKSPGQPIQVVYVPSHLYHMVFELFKNAMRATMEHHANRGV-YPPIQVHVTLGNE 260 270 280 290 300 310 280 290 300 310 320 330 pF1KE3 DLSIKISDLGGGVPLRKIDRLFNYMYSTAPRPSLEPTRAAPLAGFGYGLPISRLYARYFQ ::..:.:: ::::::::::::::::::::::: .: .::.::::::::::::::::.::: CCDS22 DLTVKMSDRGGGVPLRKIDRLFNYMYSTAPRPRVETSRAVPLAGFGYGLPISRLYAQYFQ 320 330 340 350 360 370 340 350 360 370 380 390 pF1KE3 GDLKLYSMEGVGTDAVIYLKALSSESFERLPVFNKSAWRHYKTTPEADDWSNPSSEPRDA :::::::.:: :::::::.::::..:.:::::.::.::.::.:. ::::: :: ::.: CCDS22 GDLKLYSLEGYGTDAVIYIKALSTDSIERLPVYNKAAWKHYNTNHEADDWCVPSREPKDM 380 390 400 410 420 430 400 410 pF1KE3 SKYKAKQDKIKTNRTF . ... CCDS22 TTFRSA >>CCDS11559.1 PDK2 gene_id:5164|Hs108|chr17 (407 aa) initn: 1852 init1: 1217 opt: 1876 Z-score: 2326.8 bits: 439.5 E(32554): 2.8e-123 Smith-Waterman score: 1876; 67.1% identity (87.5% similar) in 407 aa overlap (5-403:2-405) 10 20 30 40 50 pF1KE3 MRLFRW---LLKQP----VPKQIERYSRFSPSPLSIKQFLDFGRDNACEKTSYMFLRKEL :: :::. .:: ::..:.:::::::.::::::: .:::::::. :::.:: CCDS11 MRWVWALLKNASLAGAPKYIEHFSKFSPSPLSMKQFLDFGSSNACEKTSFTFLRQEL 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KE3 PVRLANTMREVNLLPDNLLNRPSVGLVQSWYMQSFLELLEYENKSPEDPQVLDNFLQVLI :::::: :.:.::::: .:. ::: ::::::.::.:...:. .:.::: ..:..: ..:. CCDS11 PVRLANIMKEINLLPDRVLSTPSVQLVQSWYVQSLLDIMEFLDKDPEDHRTLSQFTDALV 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KE3 KVRNRHNDVVPTMAQGVIEYKEKFGFDPFISTNIQYFLDRFYTNRISFRMLINQHTLLFG .:::::::::::::::.:::. .: :: . :::::::::: .:::.:::::::::.: CCDS11 TIRNRHNDVVPTMAQGVLEYKDTYGDDPVSNQNIQYFLDRFYLSRISIRMLINQHTLIFD 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KE3 GDTNPVHPKHIGSIDPTCNVADVVKDAYETAKMLCEQYYLVAPELEVEEFNAKAPDKPIQ :.:::.::::::::::.:::..::::::. ::.::..::...:.::..:.:: .::. CCDS11 GSTNPAHPKHIGSIDPNCNVSEVVKDAYDMAKLLCDKYYMASPDLEIQEINAANSKQPIH 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 pF1KE3 VVYVPSHLFHMLFELFKNSMRATVELYEDRKEGYPAVKTLVTLGKEDLSIKISDLGGGVP .:::::::.:::::::::.:::::: .:. . : .:..:.::.::::::.:: ::::: CCDS11 MVYVPSHLYHMLFELFKNAMRATVESHES-SLILPPIKVMVALGEEDLSIKMSDRGGGVP 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 pF1KE3 LRKIDRLFNYMYSTAPRPSLEP-TRAAPLAGFGYGLPISRLYARYFQGDLKLYSMEGVGT ::::.:::.::::::: : .: : ..::::::::::::::::.::::::.:.:::: :: CCDS11 LRKIERLFSYMYSTAPTP--QPGTGGTPLAGFGYGLPISRLYAKYFQGDLQLFSMEGFGT 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 pF1KE3 DAVIYLKALSSESFERLPVFNKSAWRHYKTTPEADDWSNPSSEPRDASKYKAKQDKIKTN ::::::::::..: :::::.::::::::.: :: :: ::.::...: :. CCDS11 DAVIYLKALSTDSVERLPVYNKSAWRHYQTIQEAGDWCVPSTEPKNTSTYRVS 360 370 380 390 400 pF1KE3 RTF >>CCDS5643.1 PDK4 gene_id:5166|Hs108|chr7 (411 aa) initn: 1738 init1: 727 opt: 1759 Z-score: 2181.6 bits: 412.6 E(32554): 3.4e-115 Smith-Waterman score: 1759; 63.8% identity (87.2% similar) in 390 aa overlap (12-401:20-407) 10 20 30 40 50 pF1KE3 MRLFRWLLKQPVPKQIERYSRFSPSPLSIKQFLDFGRDNACEKTSYMFLRKE ::...:..::.::::::.::.:::: .::::.::. :::.: CCDS56 MKAARFVLRSAGSLNGAGLVPREVEHFSRYSPSPLSMKQLLDFGSENACERTSFAFLRQE 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 110 pF1KE3 LPVRLANTMREVNLLPDNLLNRPSVGLVQSWYMQSFLELLEYENKSPEDPQVLDNFLQVL ::::::: ..:...:: .:.: :: ::.:::.::...:.:...:::.: ..:..:...: CCDS56 LPVRLANILKEIDILPTQLVNTSSVQLVKSWYIQSLMDLVEFHEKSPDDQKALSDFVDTL 70 80 90 100 110 120 120 130 140 150 160 170 pF1KE3 IKVRNRHNDVVPTMAQGVIEYKEKFGFDPFISTNIQYFLDRFYTNRISFRMLINQHTLLF :::::::..::::::::.::::. :: . :.:::::::: :::: :::.::: :.: CCDS56 IKVRNRHHNVVPTMAQGIIEYKDACTVDPVTNQNLQYFLDRFYMNRISTRMLMNQHILIF 130 140 150 160 170 180 180 190 200 210 220 230 pF1KE3 GGDTNPVHPKHIGSIDPTCNVADVVKDAYETAKMLCEQYYLVAPELEVEEFNAKAPDKPI . :.. .:.:::::::.:.:. ::.::.: ..:::.:::: .:::.. . :.: ::.:: CCDS56 S-DSQTGNPSHIGSIDPNCDVVAVVQDAFECSRMLCDQYYLSSPELKLTQVNGKFPDQPI 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 pF1KE3 QVVYVPSHLFHMLFELFKNSMRATVELYEDRKEGYPAVKTLVTLGKEDLSIKISDLGGGV ..::::::: :::::::::.:::::: :.. : ....:.::::::.::::: :::: CCDS56 HIVYVPSHLHHMLFELFKNAMRATVEHQENQPSLTP-IEVIVVLGKEDLTIKISDRGGGV 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 pF1KE3 PLRKIDRLFNYMYSTAPRPSLEPTRAAPLAGFGYGLPISRLYARYFQGDLKLYSMEGVGT ::: :::::.: ::::: : .. .: :::::::::::::::::.::::::.:::. : :: CCDS56 PLRIIDRLFSYTYSTAPTPVMDNSRNAPLAGFGYGLPISRLYAKYFQGDLNLYSLSGYGT 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 pF1KE3 DAVIYLKALSSESFERLPVFNKSAWRHYKTTPEADDWSNPSSEPRDASKYKAKQDKIKTN ::.::::::::::.:.::::::::..::. . ::::: :: ::.. .: CCDS56 DAIIYLKALSSESIEKLPVFNKSAFKHYQMSSEADDWCIPSREPKNLAKEVAM 360 370 380 390 400 410 pF1KE3 RTF >>CCDS56039.1 PDK2 gene_id:5164|Hs108|chr17 (343 aa) initn: 1594 init1: 959 opt: 1615 Z-score: 2004.2 bits: 379.5 E(32554): 2.6e-105 Smith-Waterman score: 1615; 67.2% identity (88.7% similar) in 344 aa overlap (61-403:1-341) 40 50 60 70 80 90 pF1KE3 QFLDFGRDNACEKTSYMFLRKELPVRLANTMREVNLLPDNLLNRPSVGLVQSWYMQSFLE :.:.::::: .:. ::: ::::::.::.:. CCDS56 MKEINLLPDRVLSTPSVQLVQSWYVQSLLD 10 20 30 100 110 120 130 140 150 pF1KE3 LLEYENKSPEDPQVLDNFLQVLIKVRNRHNDVVPTMAQGVIEYKEKFGFDPFISTNIQYF ..:. .:.::: ..:..: ..:. .:::::::::::::::.:::. .: :: . ::::: CCDS56 IMEFLDKDPEDHRTLSQFTDALVTIRNRHNDVVPTMAQGVLEYKDTYGDDPVSNQNIQYF 40 50 60 70 80 90 160 170 180 190 200 210 pF1KE3 LDRFYTNRISFRMLINQHTLLFGGDTNPVHPKHIGSIDPTCNVADVVKDAYETAKMLCEQ ::::: .:::.:::::::::.: :.:::.::::::::::.:::..::::::. ::.::.. CCDS56 LDRFYLSRISIRMLINQHTLIFDGSTNPAHPKHIGSIDPNCNVSEVVKDAYDMAKLLCDK 100 110 120 130 140 150 220 230 240 250 260 270 pF1KE3 YYLVAPELEVEEFNAKAPDKPIQVVYVPSHLFHMLFELFKNSMRATVELYEDRKEGYPAV ::...:.::..:.:: .::..:::::::.:::::::::.:::::: .:. . : . 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CCDS56 CVPSTEPKNTSTYRVS 330 340 >>CCDS63059.1 PDK1 gene_id:5163|Hs108|chr2 (456 aa) initn: 1598 init1: 720 opt: 1458 Z-score: 1807.6 bits: 343.6 E(32554): 2.3e-94 Smith-Waterman score: 1862; 65.8% identity (84.3% similar) in 415 aa overlap (12-404:42-455) 10 20 30 40 pF1KE3 MRLFRWLLKQPVPKQIERYSRFSPSPLSIKQFLDFGRDNAC :: :.. :.::::::::.::::::: ::: CCDS63 LAGPGPGLRAAGFSRSFSSDSGSSPASERGVPGQVDFYARFSPSPLSMKQFLDFGSVNAC 20 30 40 50 60 70 50 60 70 80 90 100 pF1KE3 EKTSYMFLRKELPVRLANTMREVNLLPDNLLNRPSVGLVQSWYMQSFLELLEYENKSPED ::::.::::.:::::::: :.:..::::::: ::: ::::::.::. :::....:: :: CCDS63 EKTSFMFLRQELPVRLANIMKEISLLPDNLLRTPSVQLVQSWYIQSLQELLDFKDKSAED 80 90 100 110 120 130 110 120 130 140 pF1KE3 PQVL-----DNFLQV---------------LIKVRNRHNDVVPTMAQGVIEYKEKFGFDP ... ..::: .:..:::::::.::::::::::::.:: :: CCDS63 AKAIYERPRRTWLQVSSLCCMACKMIFTDTVIRIRNRHNDVIPTMAQGVIEYKESFGVDP 140 150 160 170 180 190 150 160 170 180 190 pF1KE3 FISTNIQYFLDRFYTNRISFRMLINQHTLLFGGDT--NPVHPKHIGSIDPTCNVADVVKD : :.:::::::: .:::.:::.:::.::::: .: : ::::::.:.::: .:.:: CCDS63 VTSQNVQYFLDRFYMSRISIRMLLNQHSLLFGGKGKGSPSHRKHIGSINPNCNVLEVIKD 200 210 220 230 240 250 200 210 220 230 240 250 pF1KE3 AYETAKMLCEQYYLVAPELEVEEFNAKAPDKPIQVVYVPSHLFHMLFELFKNSMRATVEL .::.:. ::. ::. .::::.::.:::.: .:::::::::::.::.::::::.::::.: CCDS63 GYENARRLCDLYYINSPELELEELNAKSPGQPIQVVYVPSHLYHMVFELFKNAMRATMEH 260 270 280 290 300 310 260 270 280 290 300 310 pF1KE3 YEDRKEGYPAVKTLVTLGKEDLSIKISDLGGGVPLRKIDRLFNYMYSTAPRPSLEPTRAA . .: :: ... ::::.:::..:.:: ::::::::::::::::::::::: .: .::. 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