Result of FASTA (omim) for
pFN21AE4080
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE4080, 425 aa
1>>>pF1KE4080 425 - 425 aa - 425 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.6261+/-0.000366; mu= -5.9961+/- 0.023
mean_var=305.7862+/-62.947, 0's: 0 Z-trim(123.4): 19 B-trim: 542 in 1/59
Lambda= 0.073344
statistics sampled from 43237 (43259) to 43237 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.799), E-opt: 0.2 (0.507), width: 16
Scan time: 9.160
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_001271220 (OMIM: 606872) E3 ubiquitin-protein l ( 490) 1319 152.7 1.9e-36
XP_016868133 (OMIM: 606872) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 440) 1317 152.5 2e-36
NP_079090 (OMIM: 606872) E3 ubiquitin-protein liga ( 491) 1316 152.4 2.4e-36
XP_016868132 (OMIM: 606872) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 531) 1316 152.4 2.5e-36
XP_016868134 (OMIM: 606872) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 370) 1043 123.4 9.4e-28
XP_011514882 (OMIM: 606872) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 370) 1043 123.4 9.4e-28
>>NP_001271220 (OMIM: 606872) E3 ubiquitin-protein ligas (490 aa)
initn: 1571 init1: 917 opt: 1319 Z-score: 775.4 bits: 152.7 E(85289): 1.9e-36
Smith-Waterman score: 1562; 52.7% identity (71.7% similar) in 446 aa overlap (1-425:48-488)
10 20
pF1KE4 MNKMPA----GEQECEYNKEGKYYSKGVKL
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NP_001 GGLDVRRRIPIKLISKQANKAKPAPRTQRTINRMPAKAPPGDEGFDYNEEERYDCKGGEL
20 30 40 50 60 70
30 40 50 60 70 80
pF1KE4 VRKKKKIPGYRWGDIKINIIGEKDDLPIHFCDKCDLPIKIYGRIIPCKHAFCYHCANLYD
.....::. . :..:::.::::: :.:::::: ::::::::.:::::.::: :: :..
NP_001 FANQRRFPGHLFWDFQINILGEKDDTPVHFCDKCGLPIKIYGRMIPCKHVFCYDCAILHE
80 90 100 110 120 130
90 100 110 120 130 140
pF1KE4 KVGYKVCPRCRYPVLRIEAHKRGSVFMCSIVQQCKRTYLSQKSLQAHIKRRHKRARKQVT
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NP_001 KKGDKMCPGCSDPVQRIEQCTRGSLFMCSIVQGCKRTYLSQRDLQAHINHRHMRAGKPVT
140 150 160 170 180 190
150 160 170 180 190 200
pF1KE4 SASLEKVRPHIAPPQTEISDIPKRL---QDRDHLSYIPPEQHTMVSLPSVQHMLQEQHNQ
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NP_001 RASLENVHPPIAPPPTEI---PERFIMPPDKHHMSHIPPKQHIMMPPPPLQHVPHEHYNQ
200 210 220 230 240 250
210 220 230 240 250
pF1KE4 PHKDIQAPPPELSLSLPFP--IQWETVSIFTRKHGNLTVDHIQNNSDSGVKKPTPP----
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NP_001 PHEDIRAPPAELSMAPPPPRSVSQETFRISTRKHSNLITVPIQDDSNSGAREPPPPAPAP
260 270 280 290 300 310
260 270 280 290 300 310
pF1KE4 -DYYPECQSQPAVSSPHHIIPQKQHYAPPPSPSSPVNHQMPYPPQDVVTPNSVRSQVPA-
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NP_001 AHHHPEYQGQPVVSHPHHIMPPQQHYAPPPPPPPPISHPMPHPPQAAGTPHLVYSQAPPP
320 330 340 350 360 370
320 330 340 350 360 370
pF1KE4 -LTTT---YDPSSGYIIVKVPPDMNSPPLRAPQSQNGNPSASEFASHHYNLNILPQFTEN
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NP_001 PMTSAPPPITPPPGHIIAQMPPYMNHPPPGPPPPQHGGPPVTAPPPHHYNPNSLPQFTED
380 390 400 410 420 430
380 390 400 410 420
pF1KE4 QETLSPQFTQTDAMDHRRWPAWKRLSPCPPTRSPPPST--LHGRSHHSHQRRHRRY
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NP_001 QGTLSPPFTQPGGMSPGIWPA-PRGPPPPPRLQGPPSQTPLPG-PHHPDQTRYRPYYQ
440 450 460 470 480 490
>>XP_016868133 (OMIM: 606872) PREDICTED: E3 ubiquitin-pr (440 aa)
initn: 1571 init1: 917 opt: 1317 Z-score: 774.9 bits: 152.5 E(85289): 2e-36
Smith-Waterman score: 1560; 53.0% identity (71.8% similar) in 440 aa overlap (3-425:4-438)
10 20 30 40 50
pF1KE4 MNKMPAGEQECEYNKEGKYYSKGVKLVRKKKKIPGYRWGDIKINIIGEKDDLPIHFCDK
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XP_016 MPAKAPPGDEGFDYNEEERYDCKGGELFANQRRFPGHLFWDFQINILGEKDDTPVHFCDK
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE4 CDLPIKIYGRIIPCKHAFCYHCANLYDKVGYKVCPRCRYPVLRIEAHKRGSVFMCSIVQQ
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XP_016 CGLPIKIYGRMIPCKHVFCYDCAILHEKKGDKMCPGCSDPVQRIEQCTRGSLFMCSIVQG
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE4 CKRTYLSQKSLQAHIKRRHKRARKQVTSASLEKVRPHIAPPQTEISDIPKRL---QDRDH
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XP_016 CKRTYLSQRDLQAHINHRHMRAGKPVTRASLENVHPPIAPPPTE---IPERFIMPPDKHH
130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE4 LSYIPPEQHTMVSLPSVQHMLQEQHNQPHKDIQAPPPELSLSLPFP--IQWETVSIFTRK
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XP_016 MSHIPPKQHIMMPPPPLQHVPHEHYNQPHEDIRAPPAELSMAPPPPRSVSQETFRISTRK
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280
pF1KE4 HGNLTVDHIQNNSDSGVKKPTPP-----DYYPECQSQPAVSSPHHIIPQKQHYAPPPSPS
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XP_016 HSNLITVPIQDDSNSGAREPPPPAPAPAHHHPEYQGQPVVSHPHHIMPPQQHYAPPPPPP
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KE4 SPVNHQMPYPPQDVVTPNSVRSQVPA--LTTT---YDPSSGYIIVKVPPDMNSPPLRAPQ
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XP_016 PPISHPMPHPPQAAGTPHLVYSQAPPPPMTSAPPPITPPPGHIIAQMPPYMNHPPPGPPP
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KE4 SQNGNPSASEFASHHYNLNILPQFTENQETLSPQFTQTDAMDHRRWPAWKRLSPCPPTRS
:.:.: .. :::: : ::::::.: :::: ::: .:. ::: : : :: .
XP_016 PQHGGPPVTAPPPHHYNPNSLPQFTEDQGTLSPPFTQPGGMSPGIWPA-PRGPPPPPRLQ
360 370 380 390 400 410
410 420
pF1KE4 PPPST--LHGRSHHSHQRRHRRY
::: : : :: : :.: :
XP_016 GPPSQTPLPG-PHHPDQTRYRPYYQ
420 430 440
>>NP_079090 (OMIM: 606872) E3 ubiquitin-protein ligase H (491 aa)
initn: 1571 init1: 917 opt: 1316 Z-score: 773.6 bits: 152.4 E(85289): 2.4e-36
Smith-Waterman score: 1559; 52.8% identity (71.8% similar) in 447 aa overlap (1-425:48-489)
10 20
pF1KE4 MNKMPA----GEQE-CEYNKEGKYYSKGVK
.:.::: :..: .::.: .: :: .
NP_079 GGLDVRRRIPIKLISKQANKAKPAPRTQRTINRMPAKAPPGDEEGFDYNEEERYDCKGGE
20 30 40 50 60 70
30 40 50 60 70 80
pF1KE4 LVRKKKKIPGYRWGDIKINIIGEKDDLPIHFCDKCDLPIKIYGRIIPCKHAFCYHCANLY
: .....::. . :..:::.::::: :.:::::: ::::::::.:::::.::: :: :.
NP_079 LFANQRRFPGHLFWDFQINILGEKDDTPVHFCDKCGLPIKIYGRMIPCKHVFCYDCAILH
80 90 100 110 120 130
90 100 110 120 130 140
pF1KE4 DKVGYKVCPRCRYPVLRIEAHKRGSVFMCSIVQQCKRTYLSQKSLQAHIKRRHKRARKQV
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NP_079 EKKGDKMCPGCSDPVQRIEQCTRGSLFMCSIVQGCKRTYLSQRDLQAHINHRHMRAGKPV
140 150 160 170 180 190
150 160 170 180 190 200
pF1KE4 TSASLEKVRPHIAPPQTEISDIPKRL---QDRDHLSYIPPEQHTMVSLPSVQHMLQEQHN
: ::::.:.: :::: ::: :.:. :. :.:.:::.:: :. : .::. .:..:
NP_079 TRASLENVHPPIAPPPTEI---PERFIMPPDKHHMSHIPPKQHIMMPPPPLQHVPHEHYN
200 210 220 230 240 250
210 220 230 240 250
pF1KE4 QPHKDIQAPPPELSLSLPFP--IQWETVSIFTRKHGNLTVDHIQNNSDSGVKKPTPP---
:::.::.::: :::.. : : .. :: : ::::.:: . ::..:.::...: ::
NP_079 QPHEDIRAPPAELSMAPPPPRSVSQETFRISTRKHSNLITVPIQDDSNSGAREPPPPAPA
260 270 280 290 300 310
260 270 280 290 300 310
pF1KE4 --DYYPECQSQPAVSSPHHIIPQKQHYAPPPSPSSPVNHQMPYPPQDVVTPNSVRSQVPA
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NP_079 PAHHHPEYQGQPVVSHPHHIMPPQQHYAPPPPPPPPISHPMPHPPQAAGTPHLVYSQAPP
320 330 340 350 360 370
320 330 340 350 360 370
pF1KE4 --LTTT---YDPSSGYIIVKVPPDMNSPPLRAPQSQNGNPSASEFASHHYNLNILPQFTE
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NP_079 PPMTSAPPPITPPPGHIIAQMPPYMNHPPPGPPPPQHGGPPVTAPPPHHYNPNSLPQFTE
380 390 400 410 420 430
380 390 400 410 420
pF1KE4 NQETLSPQFTQTDAMDHRRWPAWKRLSPCPPTRSPPPST--LHGRSHHSHQRRHRRY
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NP_079 DQGTLSPPFTQPGGMSPGIWPA-PRGPPPPPRLQGPPSQTPLPG-PHHPDQTRYRPYYQ
440 450 460 470 480 490
>>XP_016868132 (OMIM: 606872) PREDICTED: E3 ubiquitin-pr (531 aa)
initn: 1571 init1: 917 opt: 1316 Z-score: 773.2 bits: 152.4 E(85289): 2.5e-36
Smith-Waterman score: 1559; 52.8% identity (71.8% similar) in 447 aa overlap (1-425:88-529)
10 20
pF1KE4 MNKMPA----GEQE-CEYNKEGKYYSKGVK
.:.::: :..: .::.: .: :: .
XP_016 GGLDVRRRIPIKLISKQANKAKPAPRTQRTINRMPAKAPPGDEEGFDYNEEERYDCKGGE
60 70 80 90 100 110
30 40 50 60 70 80
pF1KE4 LVRKKKKIPGYRWGDIKINIIGEKDDLPIHFCDKCDLPIKIYGRIIPCKHAFCYHCANLY
: .....::. . :..:::.::::: :.:::::: ::::::::.:::::.::: :: :.
XP_016 LFANQRRFPGHLFWDFQINILGEKDDTPVHFCDKCGLPIKIYGRMIPCKHVFCYDCAILH
120 130 140 150 160 170
90 100 110 120 130 140
pF1KE4 DKVGYKVCPRCRYPVLRIEAHKRGSVFMCSIVQQCKRTYLSQKSLQAHIKRRHKRARKQV
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XP_016 EKKGDKMCPGCSDPVQRIEQCTRGSLFMCSIVQGCKRTYLSQRDLQAHINHRHMRAGKPV
180 190 200 210 220 230
150 160 170 180 190 200
pF1KE4 TSASLEKVRPHIAPPQTEISDIPKRL---QDRDHLSYIPPEQHTMVSLPSVQHMLQEQHN
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XP_016 TRASLENVHPPIAPPPTEI---PERFIMPPDKHHMSHIPPKQHIMMPPPPLQHVPHEHYN
240 250 260 270 280 290
210 220 230 240 250
pF1KE4 QPHKDIQAPPPELSLSLPFP--IQWETVSIFTRKHGNLTVDHIQNNSDSGVKKPTPP---
:::.::.::: :::.. : : .. :: : ::::.:: . ::..:.::...: ::
XP_016 QPHEDIRAPPAELSMAPPPPRSVSQETFRISTRKHSNLITVPIQDDSNSGAREPPPPAPA
300 310 320 330 340 350
260 270 280 290 300 310
pF1KE4 --DYYPECQSQPAVSSPHHIIPQKQHYAPPPSPSSPVNHQMPYPPQDVVTPNSVRSQVPA
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XP_016 PAHHHPEYQGQPVVSHPHHIMPPQQHYAPPPPPPPPISHPMPHPPQAAGTPHLVYSQAPP
360 370 380 390 400 410
320 330 340 350 360 370
pF1KE4 --LTTT---YDPSSGYIIVKVPPDMNSPPLRAPQSQNGNPSASEFASHHYNLNILPQFTE
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XP_016 PPMTSAPPPITPPPGHIIAQMPPYMNHPPPGPPPPQHGGPPVTAPPPHHYNPNSLPQFTE
420 430 440 450 460 470
380 390 400 410 420
pF1KE4 NQETLSPQFTQTDAMDHRRWPAWKRLSPCPPTRSPPPST--LHGRSHHSHQRRHRRY
.: :::: ::: .:. ::: : : :: . ::: : : :: : :.: :
XP_016 DQGTLSPPFTQPGGMSPGIWPA-PRGPPPPPRLQGPPSQTPLPG-PHHPDQTRYRPYYQ
480 490 500 510 520 530
>>XP_016868134 (OMIM: 606872) PREDICTED: E3 ubiquitin-pr (370 aa)
initn: 1318 init1: 664 opt: 1043 Z-score: 619.2 bits: 123.4 E(85289): 9.4e-28
Smith-Waterman score: 1286; 52.8% identity (70.5% similar) in 373 aa overlap (70-425:1-368)
40 50 60 70 80 90
pF1KE4 DIKINIIGEKDDLPIHFCDKCDLPIKIYGRIIPCKHAFCYHCANLYDKVGYKVCPRCRYP
.:::::.::: :: :..: : :.:: : :
XP_016 MIPCKHVFCYDCAILHEKKGDKMCPGCSDP
10 20 30
100 110 120 130 140 150
pF1KE4 VLRIEAHKRGSVFMCSIVQQCKRTYLSQKSLQAHIKRRHKRARKQVTSASLEKVRPHIAP
: ::: :::.::::::: ::::::::..:::::..:: :: : :: ::::.:.: :::
XP_016 VQRIEQCTRGSLFMCSIVQGCKRTYLSQRDLQAHINHRHMRAGKPVTRASLENVHPPIAP
40 50 60 70 80 90
160 170 180 190 200 210
pF1KE4 PQTEISDIPKRL---QDRDHLSYIPPEQHTMVSLPSVQHMLQEQHNQPHKDIQAPPPELS
: :: ::.:. :. :.:.:::.:: :. : .::. .:..::::.::.::: :::
XP_016 PPTE---IPERFIMPPDKHHMSHIPPKQHIMMPPPPLQHVPHEHYNQPHEDIRAPPAELS
100 110 120 130 140
220 230 240 250 260
pF1KE4 LSLPFP--IQWETVSIFTRKHGNLTVDHIQNNSDSGVKKPTPP-----DYYPECQSQPAV
.. : : .. :: : ::::.:: . ::..:.::...: :: ..:: :.::.:
XP_016 MAPPPPRSVSQETFRISTRKHSNLITVPIQDDSNSGAREPPPPAPAPAHHHPEYQGQPVV
150 160 170 180 190 200
270 280 290 300 310 320
pF1KE4 SSPHHIIPQKQHYAPPPSPSSPVNHQMPYPPQDVVTPNSVRSQVPA--LTTT---YDPSS
: ::::.: .::::::: : :..: ::.::: . ::. : ::.: .:.. :
XP_016 SHPHHIMPPQQHYAPPPPPPPPISHPMPHPPQAAGTPHLVYSQAPPPPMTSAPPPITPPP
210 220 230 240 250 260
330 340 350 360 370 380
pF1KE4 GYIIVKVPPDMNSPPLRAPQSQNGNPSASEFASHHYNLNILPQFTENQETLSPQFTQTDA
:.::...:: :: :: : :.:.: .. :::: : ::::::.: :::: ::: .
XP_016 GHIIAQMPPYMNHPPPGPPPPQHGGPPVTAPPPHHYNPNSLPQFTEDQGTLSPPFTQPGG
270 280 290 300 310 320
390 400 410 420
pF1KE4 MDHRRWPAWKRLSPCPPTRSPPPST--LHGRSHHSHQRRHRRY
:. ::: : : :: . ::: : : :: : :.: :
XP_016 MSPGIWPA-PRGPPPPPRLQGPPSQTPLPG-PHHPDQTRYRPYYQ
330 340 350 360 370
>>XP_011514882 (OMIM: 606872) PREDICTED: E3 ubiquitin-pr (370 aa)
initn: 1318 init1: 664 opt: 1043 Z-score: 619.2 bits: 123.4 E(85289): 9.4e-28
Smith-Waterman score: 1286; 52.8% identity (70.5% similar) in 373 aa overlap (70-425:1-368)
40 50 60 70 80 90
pF1KE4 DIKINIIGEKDDLPIHFCDKCDLPIKIYGRIIPCKHAFCYHCANLYDKVGYKVCPRCRYP
.:::::.::: :: :..: : :.:: : :
XP_011 MIPCKHVFCYDCAILHEKKGDKMCPGCSDP
10 20 30
100 110 120 130 140 150
pF1KE4 VLRIEAHKRGSVFMCSIVQQCKRTYLSQKSLQAHIKRRHKRARKQVTSASLEKVRPHIAP
: ::: :::.::::::: ::::::::..:::::..:: :: : :: ::::.:.: :::
XP_011 VQRIEQCTRGSLFMCSIVQGCKRTYLSQRDLQAHINHRHMRAGKPVTRASLENVHPPIAP
40 50 60 70 80 90
160 170 180 190 200 210
pF1KE4 PQTEISDIPKRL---QDRDHLSYIPPEQHTMVSLPSVQHMLQEQHNQPHKDIQAPPPELS
: :: ::.:. :. :.:.:::.:: :. : .::. .:..::::.::.::: :::
XP_011 PPTE---IPERFIMPPDKHHMSHIPPKQHIMMPPPPLQHVPHEHYNQPHEDIRAPPAELS
100 110 120 130 140
220 230 240 250 260
pF1KE4 LSLPFP--IQWETVSIFTRKHGNLTVDHIQNNSDSGVKKPTPP-----DYYPECQSQPAV
.. : : .. :: : ::::.:: . ::..:.::...: :: ..:: :.::.:
XP_011 MAPPPPRSVSQETFRISTRKHSNLITVPIQDDSNSGAREPPPPAPAPAHHHPEYQGQPVV
150 160 170 180 190 200
270 280 290 300 310 320
pF1KE4 SSPHHIIPQKQHYAPPPSPSSPVNHQMPYPPQDVVTPNSVRSQVPA--LTTT---YDPSS
: ::::.: .::::::: : :..: ::.::: . ::. : ::.: .:.. :
XP_011 SHPHHIMPPQQHYAPPPPPPPPISHPMPHPPQAAGTPHLVYSQAPPPPMTSAPPPITPPP
210 220 230 240 250 260
330 340 350 360 370 380
pF1KE4 GYIIVKVPPDMNSPPLRAPQSQNGNPSASEFASHHYNLNILPQFTENQETLSPQFTQTDA
:.::...:: :: :: : :.:.: .. :::: : ::::::.: :::: ::: .
XP_011 GHIIAQMPPYMNHPPPGPPPPQHGGPPVTAPPPHHYNPNSLPQFTEDQGTLSPPFTQPGG
270 280 290 300 310 320
390 400 410 420
pF1KE4 MDHRRWPAWKRLSPCPPTRSPPPST--LHGRSHHSHQRRHRRY
:. ::: : : :: . ::: : : :: : :.: :
XP_011 MSPGIWPA-PRGPPPPPRLQGPPSQTPLPG-PHHPDQTRYRPYYQ
330 340 350 360 370
425 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
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