FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE5821, 1041 aa 1>>>pF1KE5821 1041 - 1041 aa - 1041 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.3025+/-0.000645; mu= 16.8698+/- 0.040 mean_var=141.1000+/-30.059, 0's: 0 Z-trim(108.1): 330 B-trim: 1463 in 2/50 Lambda= 0.107972 statistics sampled from 15731 (16192) to 15731 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.508), E-opt: 0.2 (0.19), width: 16 Scan time: 12.540 The best scores are: opt bits E(85289) NP_619542 (OMIM: 300366) toll-like receptor 8 isof (1041) 6857 1081.9 0 XP_011543831 (OMIM: 300366) PREDICTED: toll-like r (1059) 6850 1080.9 0 NP_057694 (OMIM: 300366) toll-like receptor 8 isof (1059) 6850 1080.9 0 XP_011543832 (OMIM: 300366) PREDICTED: toll-like r (1059) 6850 1080.9 0 NP_057646 (OMIM: 300365) toll-like receptor 7 prec (1049) 2469 398.4 1.1e-109 NP_059138 (OMIM: 605474) toll-like receptor 9 prec (1032) 1935 315.2 1.2e-84 XP_006711569 (OMIM: 601744,603031,608556,615557) P ( 858) 650 115.0 1.8e-24 XP_006711568 (OMIM: 601744,603031,608556,615557) P ( 858) 650 115.0 1.8e-24 XP_016857697 (OMIM: 601744,603031,608556,615557) P ( 858) 650 115.0 1.8e-24 NP_003259 (OMIM: 601744,603031,608556,615557) toll ( 858) 650 115.0 1.8e-24 XP_011508239 (OMIM: 601744,603031,608556,615557) P ( 858) 650 115.0 1.8e-24 XP_005273298 (OMIM: 601744,603031,608556,615557) P ( 858) 650 115.0 1.8e-24 XP_006711567 (OMIM: 601744,603031,608556,615557) P ( 858) 650 115.0 1.8e-24 XP_005273300 (OMIM: 601744,603031,608556,615557) P ( 858) 650 115.0 1.8e-24 XP_005273299 (OMIM: 601744,603031,608556,615557) P ( 858) 650 115.0 1.8e-24 NP_003256 (OMIM: 603029,609423) toll-like receptor ( 904) 637 113.0 7.8e-24 XP_016864066 (OMIM: 603029,609423) PREDICTED: toll ( 627) 612 108.9 9e-23 XP_016864063 (OMIM: 246300,603028,607948) PREDICTE ( 784) 530 96.3 7.4e-19 NP_001305718 (OMIM: 246300,603028,607948) toll-lik ( 784) 530 96.3 7.4e-19 XP_011530518 (OMIM: 246300,603028,607948) PREDICTE ( 784) 530 96.3 7.4e-19 XP_011530517 (OMIM: 246300,603028,607948) PREDICTE ( 784) 530 96.3 7.4e-19 NP_001305719 (OMIM: 246300,603028,607948) toll-lik ( 784) 530 96.3 7.4e-19 NP_001305720 (OMIM: 246300,603028,607948) toll-lik ( 784) 530 96.3 7.4e-19 XP_016864064 (OMIM: 246300,603028,607948) PREDICTE ( 784) 530 96.3 7.4e-19 XP_016864062 (OMIM: 246300,603028,607948) PREDICTE ( 784) 530 96.3 7.4e-19 NP_001305722 (OMIM: 246300,603028,607948) toll-lik ( 784) 530 96.3 7.4e-19 NP_001305724 (OMIM: 246300,603028,607948) toll-lik ( 784) 530 96.3 7.4e-19 NP_001305725 (OMIM: 246300,603028,607948) toll-lik ( 784) 530 96.3 7.4e-19 XP_016864065 (OMIM: 246300,603028,607948) PREDICTE ( 784) 530 96.3 7.4e-19 NP_003255 (OMIM: 246300,603028,607948) toll-like r ( 784) 530 96.3 7.4e-19 NP_001305716 (OMIM: 246300,603028,607948) toll-lik ( 784) 530 96.3 7.4e-19 XP_016864061 (OMIM: 601194,613223) PREDICTED: toll ( 786) 514 93.8 4.1e-18 XP_011512046 (OMIM: 601194,613223) PREDICTED: toll ( 786) 514 93.8 4.1e-18 NP_003254 (OMIM: 601194,613223) toll-like receptor ( 786) 514 93.8 4.1e-18 XP_005262719 (OMIM: 601194,613223) PREDICTED: toll ( 786) 514 93.8 4.1e-18 XP_011512045 (OMIM: 601194,613223) PREDICTED: toll ( 786) 514 93.8 4.1e-18 XP_011512047 (OMIM: 601194,613223) PREDICTED: toll ( 786) 514 93.8 4.1e-18 XP_016864060 (OMIM: 601194,613223) PREDICTED: toll ( 786) 514 93.8 4.1e-18 XP_011512044 (OMIM: 601194,613223) PREDICTED: toll ( 786) 514 93.8 4.1e-18 NP_001182037 (OMIM: 606270) toll-like receptor 10 ( 797) 510 93.1 6.4e-18 XP_011512062 (OMIM: 606270) PREDICTED: toll-like r ( 797) 510 93.1 6.4e-18 NP_001017388 (OMIM: 606270) toll-like receptor 10 ( 811) 510 93.2 6.5e-18 XP_011512064 (OMIM: 606270) PREDICTED: toll-like r ( 811) 510 93.2 6.5e-18 NP_001182036 (OMIM: 606270) toll-like receptor 10 ( 811) 510 93.2 6.5e-18 NP_112218 (OMIM: 606270) toll-like receptor 10 iso ( 811) 510 93.2 6.5e-18 XP_011512063 (OMIM: 606270) PREDICTED: toll-like r ( 811) 510 93.2 6.5e-18 NP_001182035 (OMIM: 606270) toll-like receptor 10 ( 811) 510 93.2 6.5e-18 XP_005262694 (OMIM: 605403) PREDICTED: toll-like r ( 796) 486 89.4 8.6e-17 XP_011511915 (OMIM: 605403) PREDICTED: toll-like r ( 796) 486 89.4 8.6e-17 XP_011511916 (OMIM: 605403) PREDICTED: toll-like r ( 796) 486 89.4 8.6e-17 >>NP_619542 (OMIM: 300366) toll-like receptor 8 isoform (1041 aa) initn: 6857 init1: 6857 opt: 6857 Z-score: 5784.5 bits: 1081.9 E(85289): 0 Smith-Waterman score: 6857; 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NP_057 KQFKRLKVIDLSVNKISP-SGDSSEVGFCSNARTSVESYEPQVLEQLHY-FRYDKYARSC 420 430 440 450 460 470 470 480 490 500 510 520 pF1KE5 HFTRPL-----IKPQCAAYGKALDLSLNSIFFIGPNQFENLPDIACLNLSANSNAQVLSG .: .. .: ::..:::: :::::. ..:..: . :::::.: .:.:.: NP_057 RFKNKEASFMSVNESCYKYGQTLDLSKNSIFFVKSSDFQHLSFLKCLNLSGNLISQTLNG 480 490 500 510 520 530 530 540 550 560 570 580 pF1KE5 TEFSAIPHVKYLDLTNNRLDFDNASALTELSDLEVLDLSYNSHYFRIAGVTHHLEFIQNF .::. . ...:::..:::::. ...:. :: :::::.: :::::. :.:: :.: .:. NP_057 SEFQPLAELRYLDFSNNRLDLLHSTAFEELHKLEVLDISSNSHYFQSEGITHMLNFTKNL 540 550 560 570 580 590 590 600 610 620 630 640 pF1KE5 TNLKVLNLSHNNIYTLTDKYNLESKSLVELVFSGNRLDILWNDDDNRYISIFKGLKNLTR :. : .. :.: . :.. ..::.:: : : ::.::.:: . ::::...::.: .: . NP_057 KVLQKLMMNDNDISSSTSR-TMESESLRTLEFRGNHLDVLWREGDNRYLQLFKNLLKLEE 600 610 620 630 640 650 650 660 670 680 690 700 pF1KE5 LDLSLNRLKHIPNEAFLNLPASLTELHINDNMLKFFNWTLLQQFPRLELLDLRGNKLLFL ::.: : :. .:. .: ..: .: .: . : :: :.: :: . :: ::: :.: . NP_057 LDISKNSLSFLPSGVFDGMPPNLKNLSLAKNGLKSFSWKKLQCLKNLETLDLSHNQLTTV 660 670 680 690 700 710 710 720 730 740 750 760 pF1KE5 TDSLSDFTSSLRTLLLSHNRISHLPSGFLSEVSSLKHLDLSSNLLKTINKSALETKTTTK . ::. . ::..:.:..:.: : . ::... .:..:::::: .. :.:... .. .. NP_057 PERLSNCSRSLKNLILKNNQIRSLTKYFLQDAFQLRYLDLSSNKIQMIQKTSFPENVLNN 720 730 740 750 760 770 770 780 790 800 810 820 pF1KE5 LSMLELHGNPFECTCDIGDFRRWMDEHLNVKIPRLV-DVICASPGDQRGKSIVSLELTTC :.:: :: : : :::: : :.. : .: :: :. :: :..:: ..:.:..::.: :: NP_057 LKMLLLHHNRFLCTCDAVWFVWWVN-HTEVTIPYLATDVTCVGPGAHKGQSVISLDLYTC 780 790 800 810 820 830 830 840 850 860 870 880 pF1KE5 VSDVTAVILFFFTFFITTMVMLAALAHHLFYWDVWFIYNVCLAKVKGYRSLSTSQTFYDA :.: .::: ... .. ..:. : ::..::::.::. : ::.:::. : . . ::: NP_057 ELDLTNLILFSLSISVSLFLMVMMTASHLYFWDVWYIYHFCKAKIKGYQRLISPDCCYDA 840 850 860 870 880 890 890 900 910 920 930 940 pF1KE5 YVSYDTKDASVTDWVINELRYHLEESRDKNVLLCLEERDWDPGLAIIDNLMQSINQSKKT .. ::::: .::.::. :: .::. :.:. :::::::: :: ...:: :::. :::: NP_057 FIVYDTKDPAVTEWVLAELVAKLEDPREKHFNLCLEERDWLPGQPVLENLSQSIQLSKKT 900 910 920 930 940 950 950 960 970 980 990 1000 pF1KE5 VFVLTKKYAKSWNFKTAFYLALQRLMDENMDVIIFILLEPVLQHSQYLRLRQRICKSSIL :::.: ::::. ::: ::::. ::::::..::::.:.:: .:.:..:.::.:.: ::.: NP_057 VFVMTDKYAKTENFKIAFYLSHQRLMDEKVDVIILIFLEKPFQKSKFLQLRKRLCGSSVL 960 970 980 990 1000 1010 1010 1020 1030 1040 pF1KE5 QWPDNPKAEGLFWQTLRNVVLTENDSRYNNMYVDSIKQY .:: ::.:. ::: :.:.. :.: :.... ... NP_057 EWPTNPQAHPYFWQCLKNALATDNHVAYSQVFKETV 1020 1030 1040 >>NP_059138 (OMIM: 605474) toll-like receptor 9 precurso (1032 aa) initn: 1416 init1: 348 opt: 1935 Z-score: 1640.9 bits: 315.2 E(85289): 1.2e-84 Smith-Waterman score: 1986; 35.7% identity (66.5% similar) in 1016 aa overlap (35-1034:34-1025) 10 20 30 40 50 60 pF1KE5 FLQSSMLTCIFLLISGSCELCAEENFSRSYPCDEKKQNDSVIAECSNRRLQEVPQTV--- ::. . .. ...:. :. ::. NP_059 CRSALHPLSLLVQAIMLAMTLALGTLPAFLPCELQPHG---LVNCNWLFLKSVPHFSMAA 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KE5 --GKYVTELDLSDNFITHITNESFQGLQNLTKINLNHN-PNVQHQNGNPGIQSNGLNITD :. :: :.::.: : :. . .: : .: ..::. : : : . .: ..: NP_059 PRGN-VTSLSLSSNRIHHLHDSDFAHLPSLRHLNLKWNCPPV---GLSPMHFPCHMTIEP 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KE5 GAFLNLKNLRELLLEDNQLPQIPSGLPESLTELSLIQNNIYNITKEGISRLINLKNLYLA ..:: . .:.:: : :.. .:. ::.:: ::: ..:: . . ... : :. :.. 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