Result of FASTA (omim) for
pFN21AB0488
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB0488, 1032 aa
1>>>pF1KB0488 1032 - 1032 aa - 1032 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.3256+/-0.000395; mu= 3.7482+/- 0.024
mean_var=300.3610+/-61.358, 0's: 0 Z-trim(120.7): 89 B-trim: 408 in 1/57
Lambda= 0.074004
statistics sampled from 36185 (36302) to 36185 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.748), E-opt: 0.2 (0.426), width: 16
Scan time: 12.970
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_055365 (OMIM: 607209) caspase recruitment domai (1032) 6929 754.5 6.5e-217
XP_011513889 (OMIM: 606445,607210,615206,616452) P (1153) 855 106.1 1.2e-21
NP_115791 (OMIM: 606445,607210,615206,616452) casp (1154) 855 106.1 1.2e-21
NP_001311210 (OMIM: 606445,607210,615206,616452) c (1154) 855 106.1 1.2e-21
XP_011513888 (OMIM: 606445,607210,615206,616452) P (1154) 855 106.1 1.2e-21
NP_434700 (OMIM: 212050,607212) caspase recruitmen ( 536) 678 86.9 3.3e-16
NP_434701 (OMIM: 212050,607212) caspase recruitmen ( 492) 675 86.5 3.9e-16
XP_016880547 (OMIM: 173200,602723,607211) PREDICTE ( 544) 468 64.5 1.9e-09
NP_001244899 (OMIM: 173200,602723,607211) caspase ( 740) 468 64.6 2.3e-09
XP_016880546 (OMIM: 173200,602723,607211) PREDICTE (1003) 468 64.7 2.9e-09
XP_011523515 (OMIM: 173200,602723,607211) PREDICTE (1004) 468 64.7 2.9e-09
XP_011523520 (OMIM: 173200,602723,607211) PREDICTE (1004) 468 64.7 2.9e-09
XP_011523517 (OMIM: 173200,602723,607211) PREDICTE (1004) 468 64.7 2.9e-09
XP_011523514 (OMIM: 173200,602723,607211) PREDICTE (1004) 468 64.7 2.9e-09
XP_011523518 (OMIM: 173200,602723,607211) PREDICTE (1004) 468 64.7 2.9e-09
NP_077015 (OMIM: 173200,602723,607211) caspase rec (1004) 468 64.7 2.9e-09
XP_011523519 (OMIM: 173200,602723,607211) PREDICTE (1004) 468 64.7 2.9e-09
NP_438170 (OMIM: 173200,602723,607211) caspase rec ( 434) 301 46.5 0.00038
>>NP_055365 (OMIM: 607209) caspase recruitment domain-co (1032 aa)
initn: 6929 init1: 6929 opt: 6929 Z-score: 4015.2 bits: 754.5 E(85289): 6.5e-217
Smith-Waterman score: 6929; 100.0% identity (100.0% similar) in 1032 aa overlap (1-1032:1-1032)
10 20 30 40 50 60
pF1KB0 MPGRAEAGEAEEEAGAGSGSEAEEDALWERIEGVRHRLARALNPAKLTPYLRQCRVIDEQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 MPGRAEAGEAEEEAGAGSGSEAEEDALWERIEGVRHRLARALNPAKLTPYLRQCRVIDEQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB0 DEEEVLSTYRFPCRVNRTGRLMDILRCRGKRGYEAFLEALEFYYPEHFTLLTGQEPAQRC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 DEEEVLSTYRFPCRVNRTGRLMDILRCRGKRGYEAFLEALEFYYPEHFTLLTGQEPAQRC
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB0 SMILDEEGPEGLTQFLMTEVRRLREARKSQLQREQQLQARGRVLEEERAGLEQRLRDQQQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 SMILDEEGPEGLTQFLMTEVRRLREARKSQLQREQQLQARGRVLEEERAGLEQRLRDQQQ
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB0 AQERCQRLREDWEAGSLELLRLKDENYMIAMRLAQLSEEKNSAVLRSRDLQLAVDQLKLK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 AQERCQRLREDWEAGSLELLRLKDENYMIAMRLAQLSEEKNSAVLRSRDLQLAVDQLKLK
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB0 VSRLEEECALLRRARGPPPGAEEKEKEKEKEKEPDNVDLVSELRAENQRLTASLRELQEG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 VSRLEEECALLRRARGPPPGAEEKEKEKEKEKEPDNVDLVSELRAENQRLTASLRELQEG
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB0 LQQEASRPGAPGSERILLDILEHDWREAQDSRQELCQKLHAVQGELQWAEELRDQYLQEM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 LQQEASRPGAPGSERILLDILEHDWREAQDSRQELCQKLHAVQGELQWAEELRDQYLQEM
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB0 EDLRLKHRTLQKDCDLYKHRMATVLAQLEEIEKERDQAIQSRDRIQLQYSQSLIEKDQYR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 EDLRLKHRTLQKDCDLYKHRMATVLAQLEEIEKERDQAIQSRDRIQLQYSQSLIEKDQYR
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB0 KQVRGLEAERDELLTTLTSLEGTKALLEVQLQRAQGGTCLKACASSHSLCSNLSSTWSLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 KQVRGLEAERDELLTTLTSLEGTKALLEVQLQRAQGGTCLKACASSHSLCSNLSSTWSLS
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB0 EFPSPLGGPEATGEAAVMGGPEPHNSEEATDSEKEINRLSILPFPPSAGSILRRQREEDP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 EFPSPLGGPEATGEAAVMGGPEPHNSEEATDSEKEINRLSILPFPPSAGSILRRQREEDP
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB0 APPKRSFSSMSDITGSVTLKPWSPGLSSSSSSDSVWPLGKPEGLLARGCGLDFLNRSLAI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 APPKRSFSSMSDITGSVTLKPWSPGLSSSSSSDSVWPLGKPEGLLARGCGLDFLNRSLAI
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB0 RVSGRSPPGGPEPQDKGPDGLSFYGDRWSGAVVRRVLSGPGSARMEPREQRVEAAGLEGA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 RVSGRSPPGGPEPQDKGPDGLSFYGDRWSGAVVRRVLSGPGSARMEPREQRVEAAGLEGA
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB0 CLEAEAQQRTLLWNQGSTLPSLMDSKACQSFHEALEAWAKGPGAEPFYIRANLTLPERAD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 CLEAEAQQRTLLWNQGSTLPSLMDSKACQSFHEALEAWAKGPGAEPFYIRANLTLPERAD
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB0 PHALCVKAQEILRLVDSAYKRRQEWFCTRVDPLTLRDLDRGTVPNYQRAQQLLEVQEKCL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 PHALCVKAQEILRLVDSAYKRRQEWFCTRVDPLTLRDLDRGTVPNYQRAQQLLEVQEKCL
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB0 PSSRHRGPRSNLKKRALDQLRLVRPKPVGAPAGDSPDQLLLEPCAEPERSLRPYSLVRPL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 PSSRHRGPRSNLKKRALDQLRLVRPKPVGAPAGDSPDQLLLEPCAEPERSLRPYSLVRPL
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KB0 LVSALRPVVLLPECLAPRLIRNLLDLPSSRLDFQVCPAESLSGEELCPSSAPGAPKAQPA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 LVSALRPVVLLPECLAPRLIRNLLDLPSSRLDFQVCPAESLSGEELCPSSAPGAPKAQPA
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KB0 TPGLGSRIRAIQESVGKKHCLLELGARGVRELVQNEIYPIVIHVEVTEKNVREVRGLLGR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 TPGLGSRIRAIQESVGKKHCLLELGARGVRELVQNEIYPIVIHVEVTEKNVREVRGLLGR
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KB0 PGWRDSELLRQCRGSEQVLWGLPCSWVQVPAHEWGHAEELAKVVRGRILQEQARLVWVEC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 PGWRDSELLRQCRGSEQVLWGLPCSWVQVPAHEWGHAEELAKVVRGRILQEQARLVWVEC
970 980 990 1000 1010 1020
1030
pF1KB0 GSSRGCPSSSEA
::::::::::::
NP_055 GSSRGCPSSSEA
1030
>>XP_011513889 (OMIM: 606445,607210,615206,616452) PREDI (1153 aa)
initn: 1992 init1: 829 opt: 855 Z-score: 509.9 bits: 106.1 E(85289): 1.2e-21
Smith-Waterman score: 1621; 36.2% identity (58.1% similar) in 1059 aa overlap (23-925:18-1056)
10 20 30 40 50 60
pF1KB0 MPGRAEAGEAEEEAGAGSGSEAEEDALWERIEGVRHRLARALNPAKLTPYLRQCRVIDEQ
::::::: .: :: :.: .::::::::::::.:::::
XP_011 MPGGGPEMDDYMETLKDEEDALWENVECNRHMLSRYINPAKLTPYLRQCKVIDEQ
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB0 DEEEVLSTYRFPCRVNRTGRLMDILRCRGKRGYEAFLEALEFYYPEHFTLLTGQEPAQRC
::.:::.. .: ..::.:::.:::. .:.::: .:::.::::::: . :.::.::..:
XP_011 DEDEVLNAPMLPSKINRAGRLLDILHTKGQRGYVVFLESLEFYYPELYKLVTGKEPTRRF
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170
pF1KB0 SMILDEEGPEGLTQFLMTEVRRLREARKSQ-LQREQQLQARGRVLEEERAGLEQRLRDQQ
: :. ::: ::::.:::.:: .:.. :.. ::: . : :: : ::.:. . .
XP_011 STIVVEEGHEGLTHFLMNEVIKLQQQMKAKDLQRCE-LLARLRQLEDEKKQMTLTRVELL
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB0 QAQERCQRLREDWEAGSLELLRLKDENYMIAMRLAQLSEEKNSAVLRSRDLQLAVDQLKL
::: ...:. .. . ::...::.:: .::: :::::::: ::.::::::: .::::
XP_011 TFQERYYKMKEERDSYNDELVKVKDDNYNLAMRYAQLSEEKNMAVMRSRDLQLEIDQLKH
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB0 KVSRLEEECALLRRARGPPPGAEEKEKEKEKEKEPDNVDLVSELRAENQRLTASLRELQE
.....:::: : : . :.. .::. : ::. ::. : .. .:::
XP_011 RLNKMEEECKLERNQSLKLKNDIENRPKKEQ---------VLELERENEMLKTKNQELQS
240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KB0 GLQQEASRPGAPGSERILLDILEHDWREAQDSRQELCQKLHAVQGELQWAEELRDQYLQE
.: :.. . : :.. .::::::: .:: ..:::: .... .: : . ::::::.::.:
XP_011 IIQ--AGKRSLPDSDKAILDILEHDRKEALEDRQELVNRIYNLQEEARQAEELRDKYLEE
290 300 310 320 330 340
360 370 380 390 400 410
pF1KB0 MEDLRLKHRTLQKDCDLYKHRMATVLAQLEEIEKERDQAIQSRDRIQLQYSQSLIEKDQY
:::.:: :: :::..::::: ::. ::::.:.:::::..:::. : :::: :::::.:
XP_011 KEDLELKCSTLGKDCEMYKHRMNTVMLQLEEVERERDQAFHSRDEAQTQYSQCLIEKDKY
350 360 370 380 390 400
420 430 440 450 460
pF1KB0 RKQVRGLEAERDELLTTLTSLEGTKALLEVQLQR-AQGGTCL------------------
:::.: :: . ::. .. :. . :: .:.: .. .. :
XP_011 RKQIRELEEKNDEMRIEMVRREACIVNLESKLRRLSKDSNNLDQSLPRNLPVTIISQDFG
410 420 430 440 450 460
470 480 490
pF1KB0 ---------KACASSHSLCSNLSSTWSLSEFP----------------SPLGGP-----E
.: :: : : .: . : : ::.. .
XP_011 DASPRTNGQEADDSSTSEESPEDSKYFLPYHPPQRRMNLKGIQLQRAKSPISLKRTSDFQ
470 480 490 500 510 520
500 510 520 530 540
pF1KB0 ATG--EAAVMGGPEPHNSEEATDSEKEI---NRLSILPF---PPSAGSILRRQREEDPAP
: : : .. ..: .: :.: .. .: ::. . ::. ::.:: .:. ::
XP_011 AKGHEEEGTDASPSSCGSLPITNSFTKMPPRSRSSIMSITAEPPGNDSIVRRYKED--AP
530 540 550 560 570 580
550 560 570 580 590
pF1KB0 PKRSFSSMSDITGSVTL-------KPWSPGLSSSSSSDSVWPLGKPEGLLARG---CGLD
. . .: : .: . .: : :: ::.: . ::: : .:
XP_011 HRSTVEEDNDSGGFDALDLDDDSHERYSFGPSSIHSSSSS---HQSEGLDAYDLEQVNLM
590 600 610 620 630
600 610 620 630 640
pF1KB0 F----LNRSLAIRVSGRSPPGGPEPQ--------DKGPDGLSFYGDRWSGAVVRRVLSGP
: :.: . :.. . :: :. :. . :.. : :. :. : :
XP_011 FRKFSLERPFRPSVTSVGHVRGPGPSVQHTTLNGDSLTSQLTLLGGNARGSFVHSVKPGS
640 650 660 670 680 690
650 660 670 680 690
pF1KB0 GSARMEPREQRVEAAGLEGACLEAEAQQRTL--------LWN-QGSTLPSLMDSKAC-QS
. . :: . . ::: :...: :. : :. : . : . :. ..
XP_011 LAEKAGLREGH-QLLLLEG-CIRGERQSVPLDTCTKEEAHWTIQRCSGPVTLHYKVNHEG
700 710 720 730 740 750
700 710 720 730 740
pF1KB0 FHEALEAWAKG--PGAEPFYIRANLTLPERADPHALCVKAQEILRLVDSAYKRRQEWFCT
... .. : ... :::: ::.. . : .. .: ...... :. :. :.::.:.
XP_011 YRKLVKDMEDGLITSGDSFYIRLNLNISSQLDACTMSLKCDDVVHVRDTMYQDRHEWLCA
760 770 780 790 800 810
750 760 770
pF1KB0 RVDPLTLRDLDRGTVPNYQRAQQLLEVQ-----------------------------EKC
::::.: .::: ::.:.:.:::::: :. :.
XP_011 RVDPFTDHDLDMGTIPSYSRAQQLLLVKLQRLMHRGSREEVDGTHHTLRALRNTLQPEEA
820 830 840 850 860 870
780 790 800 810
pF1KB0 LPSSRHR-GPR------------------SNLKKR--ALDQLRLVRPKPVGAPAGDSPD-
: .: : .:: : :: . ...:.. .:.:. : .: :
XP_011 LSTSDPRVSPRLSRASFLFGQLLQFVSRSENKYKRMNSNERVRIISGSPLGSLARSSLDA
880 890 900 910 920 930
820 830 840 850 860
pF1KB0 -QLLLEPCAE--PER------SLRPYSLVRPLLVSALRPVVLLPECLAPRLIRNLLDLPS
.:: : : :: :: :::::: . :::.. : :: :.. ::. .
XP_011 TKLLTEKQEELDPESELGKNLSLIPYSLVRAFYCERRRPVLFTPTVLAKTLVQRLLN-SG
940 950 960 970 980 990
870 880 890 900 910 920
pF1KB0 SRLDFQVCPAESLSGEE-LCPSSAPGAPKAQPATPGLGSRIR-AIQESVG--KKHCLLEL
. ..: .: .. .. .: : ... .. .:. : : :.:. .::::::
XP_011 GAMEFTICKSDIVTRDEFLRRQKTETIIYSREKNPNAFECIAPANIEAVAAKNKHCLLEA
1000 1010 1020 1030 1040 1050
930 940 950 960 970 980
pF1KB0 GARGVRELVQNEIYPIVIHVEVTEKNVREVRGLLGRPGWRDSELLRQCRGSEQVLWGLPC
:
XP_011 GIGCTRDLIKSNIYPIVLFIRVCEKNIKRFRKLLPRPETEEEFLRVCRLKEKELEALPCL
1060 1070 1080 1090 1100 1110
>>NP_115791 (OMIM: 606445,607210,615206,616452) caspase (1154 aa)
initn: 1989 init1: 829 opt: 855 Z-score: 509.9 bits: 106.1 E(85289): 1.2e-21
Smith-Waterman score: 1619; 36.1% identity (58.0% similar) in 1060 aa overlap (23-925:18-1057)
10 20 30 40 50 60
pF1KB0 MPGRAEAGEAEEEAGAGSGSEAEEDALWERIEGVRHRLARALNPAKLTPYLRQCRVIDEQ
::::::: .: :: :.: .::::::::::::.:::::
NP_115 MPGGGPEMDDYMETLKDEEDALWENVECNRHMLSRYINPAKLTPYLRQCKVIDEQ
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB0 DEEEVLSTYRFPCRVNRTGRLMDILRCRGKRGYEAFLEALEFYYPEHFTLLTGQEPAQRC
::.:::.. .: ..::.:::.:::. .:.::: .:::.::::::: . :.::.::..:
NP_115 DEDEVLNAPMLPSKINRAGRLLDILHTKGQRGYVVFLESLEFYYPELYKLVTGKEPTRRF
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170
pF1KB0 SMILDEEGPEGLTQFLMTEVRRLREARKSQ-LQREQQLQARGRVLEEERAGLEQRLRDQQ
: :. ::: ::::.:::.:: .:.. :.. ::: . : :: : ::.:. . .
NP_115 STIVVEEGHEGLTHFLMNEVIKLQQQMKAKDLQRCE-LLARLRQLEDEKKQMTLTRVELL
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB0 QAQERCQRLREDWEAGSLELLRLKDENYMIAMRLAQLSEEKNSAVLRSRDLQLAVDQLKL
::: ...:. .. . ::...::.:: .::: :::::::: ::.::::::: .::::
NP_115 TFQERYYKMKEERDSYNDELVKVKDDNYNLAMRYAQLSEEKNMAVMRSRDLQLEIDQLKH
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB0 KVSRLEEECALLRRARGPPPGAEEKEKEKEKEKEPDNVDLVSELRAENQRLTASLRELQE
.....:::: : : . :.. .::. : ::. ::. : .. .:::
NP_115 RLNKMEEECKLERNQSLKLKNDIENRPKKEQ---------VLELERENEMLKTKNQELQS
240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KB0 GLQQEASRPGAPGSERILLDILEHDWREAQDSRQELCQKLHAVQGELQWAEELRDQYLQE
.: :.. . : :.. .::::::: .:: ..:::: .... .: : . ::::::.::.:
NP_115 IIQ--AGKRSLPDSDKAILDILEHDRKEALEDRQELVNRIYNLQEEARQAEELRDKYLEE
290 300 310 320 330 340
360 370 380 390 400 410
pF1KB0 MEDLRLKHRTLQKDCDLYKHRMATVLAQLEEIEKERDQAIQSRDRIQLQYSQSLIEKDQY
:::.:: :: :::..::::: ::. ::::.:.:::::..:::. : :::: :::::.:
NP_115 KEDLELKCSTLGKDCEMYKHRMNTVMLQLEEVERERDQAFHSRDEAQTQYSQCLIEKDKY
350 360 370 380 390 400
420 430 440 450 460
pF1KB0 RKQVRGLEAERDELLTTLTSLEGTKALLEVQLQR-AQGGTCL------------------
:::.: :: . ::. .. :. . :: .:.: .. .. :
NP_115 RKQIRELEEKNDEMRIEMVRREACIVNLESKLRRLSKDSNNLDQSLPRNLPVTIISQDFG
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NP_434 SMIIDASGESGLTQLLMTEVMKLQ--KKVQ-DLTALLSSKDDFIKELRVK-DSLLRKHQ-
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NP_434 --ERVQRLKEECEAGSRELKRCKEENYDLAMRLAHQSEEKGAALMRNRDLQLEIDQLKHS
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. . :..: . :. . . .. :..:.. .:. ::. :. : : ..::. .
NP_434 LMKAEDDCKVERK--------HTLKLRHAMEQRPSQ-ELLWELQQEKALLQARVQELEAS
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NP_434 VQEGKLDRSSP-----YIQVLEEDWRQALRDHQEQANTIFSLRKDLRQGEARRLRCMEEK
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: ..:. .:.:: .:: :. ..: :.::. :::::: .:.... :....: ::: :
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:::: : . ::: . . :. .: .:.: : :.. . : .: .. .
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.:. : . . .. . :: :.. : .:. .: : .:: . :..
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pF1KB0 AQERCQRLREDWEAGSLELLRLKDENYMIAMRLAQLSEEKNSAVLRSRDLQLAVDQLKLK
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XP_016 LEADHSRMKREVSAHFHEVLRLKDEMLSLSLHYSNALQEKELAASRCRSLQEELYLLKQE
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..: . : : .:. . ...: . .: ..:. ::..: : :
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XP_016 ASPLRLSFDRGQLDPSRMEGSSTCFWAESCLTLVPYTLVRPHRPARPRPVLLVPRAVGKI
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