FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE1983, 559 aa 1>>>pF1KE1983 559 - 559 aa - 559 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 11.0173+/-0.00101; mu= -6.2771+/- 0.061 mean_var=278.9846+/-57.666, 0's: 0 Z-trim(114.3): 17 B-trim: 347 in 1/50 Lambda= 0.076786 statistics sampled from 14853 (14866) to 14853 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.771), E-opt: 0.2 (0.457), width: 16 Scan time: 4.340 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS13480.1 PHACTR3 gene_id:116154|Hs108|chr20 ( 559) 3633 415.7 7.6e-116 CCDS56202.1 PHACTR3 gene_id:116154|Hs108|chr20 ( 556) 3399 389.7 4.8e-108 CCDS42895.1 PHACTR3 gene_id:116154|Hs108|chr20 ( 518) 3370 386.5 4.2e-107 CCDS13481.1 PHACTR3 gene_id:116154|Hs108|chr20 ( 448) 1996 234.3 2.5e-61 CCDS75401.1 PHACTR1 gene_id:221692|Hs108|chr6 ( 580) 943 117.7 4e-26 CCDS47492.1 PHACTR2 gene_id:9749|Hs108|chr6 ( 634) 807 102.6 1.5e-21 CCDS47493.1 PHACTR2 gene_id:9749|Hs108|chr6 ( 645) 807 102.6 1.5e-21 CCDS43512.1 PHACTR2 gene_id:9749|Hs108|chr6 ( 554) 793 101.0 3.9e-21 CCDS47494.1 PHACTR2 gene_id:9749|Hs108|chr6 ( 565) 793 101.0 3.9e-21 CCDS41293.1 PHACTR4 gene_id:65979|Hs108|chr1 ( 702) 732 94.3 5.1e-19 CCDS41294.1 PHACTR4 gene_id:65979|Hs108|chr1 ( 712) 732 94.3 5.2e-19 >>CCDS13480.1 PHACTR3 gene_id:116154|Hs108|chr20 (559 aa) initn: 3633 init1: 3633 opt: 3633 Z-score: 2193.2 bits: 415.7 E(32554): 7.6e-116 Smith-Waterman score: 3633; 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CCDS75 RLLDVESAQRFFYSQGAQARRATLLLPPTLMAASSEDDIDRRPIRRVRSKSDTPYLAEAR 20 30 40 50 60 70 30 40 50 60 70 80 pF1KE1 ATSSADAGENPDEMDQTPPARPEYLVSGIRTPPVRRNSKLATLGRIFKPWKWRKKKNEKL . . :.: :... : . :: : .:::.:: ::.:.::::::::::::::.::. CCDS75 ISFNLGAAE---EVERLAAMRSDSLVPGTHTPPIRRRSKFANLGRIFKPWKWRKKKSEKF 80 90 100 110 120 130 90 100 110 120 130 140 pF1KE1 KQTTSALEKKMAGRQGREELIKKGLL-EMMEQDAESKTCNPDGGPRSVQSEPPTPKSETL :.:..:::.:.. ::.::::::.:.: :....:.: . : : ....: CCDS75 KHTSAALERKISMRQSREELIKRGVLKEIYDKDGELSISNE---------EDSLENGQSL 140 150 160 170 180 150 160 170 180 190 200 pF1KE1 TSEDAQPGSPLATGTDQVSLDKPLSSAAHLDDAAKMPSASSGEEADAGSLLPTTNELSQA .: .: . : . . : . . : :. . : .: . : :: : CCDS75 SS--SQLSLPALSEMEPVPMPRDPCSYEVLQPSDIM----DGPDPGAPVKLPC---LPVK 190 200 210 220 230 210 220 230 240 250 260 pF1KE1 LAGADSLDSPPRPLERSVGQLPSPPLLPTPPPKASSKTTKNVTGQATLFQASSMKSADPS : ::: : .. . .: . : . : :... .:: . :. ... :: CCDS75 L-------SPPLPPKKVMICMP----VGGPDLSLVSYTAQK-SGQQGV--AQHHHTVLPS 240 250 260 270 280 270 280 290 300 310 320 pF1KE1 -LRGQLSTPTGSPHL--TTVHRPLPPS--RVIEELHRALATKHRQDSFQGRESKGSPKKR .. ::. . . :: :: :. :: :.:.::...:: ..: ::. ..: CCDS75 QIQHQLQYGSHGQHLPSTTGSLPMHPSGCRMIDELNKTLAM-----TMQRLESS---EQR 290 300 310 320 330 330 340 350 360 370 pF1KE1 LDVRLSRTSS-VERGKEREEAWSFDGALENKR--TAAKESEENKENLIINSELKDDLLLY . : :: .. : .: . : : .. :.. : ..::::. .:. .:. :: CCDS75 VPCSTSYHSSGLHSGDGVTKAGPM-GLPEIRQVPTVVIECDDNKENVPHESDYEDSSCLY 340 350 360 370 380 390 380 390 400 410 420 430 pF1KE1 -----QDEEALND--SIISGTLPRK-CKKELLAVKLRNRPSKQELEDRNIFPRRTDEERQ ..:: .: :. ...: : :.:. ::.:: :::::.:::..::.::.::::: CCDS75 TREEEEEEEDEDDDSSLYTSSLAMKVCRKDSLAIKLSNRPSKRELEEKNILPRQTDEERL 400 410 420 430 440 450 440 450 460 470 480 490 pF1KE1 EIRQQIEMKLSKRLSQRPAVEELERRNILKQRNDQTEQEERREIKQRLTRKLNQRPTVDE :.:::: ::..::::::..::::.::::: ::.: ::::.::::.::::::.:::::.: CCDS75 ELRQQIGTKLTRRLSQRPTAEELEQRNILKPRNEQEEQEEKREIKRRLTRKLSQRPTVEE 460 470 480 490 500 510 500 510 520 530 540 550 pF1KE1 LRDRKILIRFSDYVEVAKAQDYDRRADKPWTRLSAADKAAIRKELNEYKSNEMEVHASSK ::.:::::::::::::: :::::::::::::::.:::::::::::::.::.::::: :. 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CCDS47 GATAGASHKGDEVPPIKKNTKAPGKQAPVPPPKPASRNTTREAAGSSHSKKTTGSKASAS 190 200 210 220 230 240 170 180 190 200 210 220 pF1KE1 KPLSSAAHLDDAAKMPSASSGEEADAGSL--------LPTTNELSQALAGADSLDSPPRP ::.. :.: . :.. . .:. : :..::. . . . : .: CCDS47 PSTSSTSSRPKASK--ETVSSKAGTVGTTKGKRKTDKQPITSHLSSDTTTSGTSDLKGEP 250 260 270 280 290 300 230 240 250 260 270 280 pF1KE1 LERSVGQLPSPPLLPTPPPKASSKTTKNVTGQATLFQASSMKSADPSLRGQLSTPTGSPH : : .. .: . ..: . : . : . : :. : : . .: CCDS47 AETRVESFKLEQTVPGAEEQNTGKFKSMVPPPPVAPAPSPLAPPLP-LEDQCITASDTPV 310 320 330 340 350 360 290 300 310 320 330 pF1KE1 -LTTVHRPLPPSRV-IEELHRALATKHRQDSFQGRESKGSPKKRLDVRLSRTSSVERGKE :..: :: : . .: : .: ..: : .: ... :.. : :: CCDS47 VLVSVGADLPVSALDPSQLLWAEEPTNRTTLYSGT---GLSVNRENAK-CFTTKEELGKT 370 380 390 400 410 420 340 350 360 370 380 390 pF1KE1 REEAWSFDGALENKRT-AAKESEENKENLIINSELKDDLLLYQDEEALNDSIISG--TLP . . :.... .:.:.: ..: .:. .: .::. .: :: .: CCDS47 VPQLLTPGLMGESSESFSASEDEGHREYQANDSDSDGPILYTDDEDEDEDEDGSGESALA 430 440 450 460 470 480 400 410 420 430 440 450 pF1KE1 RKCKK-ELLAVKLRNRPSKQELEDRNIFPRRTDEERQEIRQQIEMKLSKRLSQRPAVEEL : .. . ::.:: :::::.::::.::. : ..:::::::::: :: .::::::..::: CCDS47 SKIRRRDTLAIKLGNRPSKKELEDKNILQRTSEEERQEIRQQIGTKLVRRLSQRPTTEEL 490 500 510 520 530 540 460 470 480 490 500 510 pF1KE1 ERRNILKQRNDQTEQEERREIKQRLTRKLNQRPTVDELRDRKILIRFSDYVEVAKAQDYD :.::::::.:.. ::: . :.:.::.:::. :::: ::. :.:: ::..::::. . ::: CCDS47 EQRNILKQKNEEEEQEAKMELKRRLSRKLSLRPTVAELQARRIL-RFNEYVEVTDSPDYD 550 560 570 580 590 600 520 530 540 550 pF1KE1 RRADKPWTRLSAADKAAIRKELNEYKSNEMEVHASSKHLTRFHRP :::::::.::. ::::::::::::.::.::::: :...:::::: CCDS47 RRADKPWARLTPADKAAIRKELNEFKSTEMEVHEESRQFTRFHRP 610 620 630 640 >>CCDS43512.1 PHACTR2 gene_id:9749|Hs108|chr6 (554 aa) initn: 676 init1: 422 opt: 793 Z-score: 493.0 bits: 101.0 E(32554): 3.9e-21 Smith-Waterman score: 1026; 38.7% identity (63.1% similar) in 558 aa overlap (40-559:6-554) 10 20 30 40 50 60 pF1KE1 CLVSRGRSQSDPSVLTDSSATSSADAGENPDEMDQTPPARPEYLVSGIRTPPVRRNSKLA : .:.. : . ..: .::: .:..::. CCDS43 MDNAVDGLDKASIANSDGPTAGSQTPPFKRKGKLS 10 20 30 70 80 90 100 110 120 pF1KE1 TLGRIFKPWKWRKKK-NEKLKQTTSALEKKMAGRQGREELIKKGLL-EMMEQDAESKTC- :.:.::::::::::: ..:...:...::.:.. ::.:::::..:.: :. .::.. . CCDS43 TIGKIFKPWKWRKKKTSDKFRETSAVLERKISTRQSREELIRRGVLKELPDQDGDVTVNF 40 50 60 70 80 90 130 140 150 160 pF1KE1 -NPDG-----GPRS------VQSEP-------PTPKSETLTSEDAQPGSPLATGT--DQV : .: : .: :.:: :: : .:: . :: . : ... CCDS43 ENSNGHMIPIGEESTREENVVKSEEGNGSVSEKTPPLEE-QAEDKKAGSSHSKKTTGSKA 100 110 120 130 140 150 170 180 190 200 210 pF1KE1 SLDKPLSSAAHLDDAAKMPSASSGEEADAGSL--------LPTTNELSQALAGADSLDSP : . ::.. :.: . :.. . .:. : :..::. . . . : CCDS43 SASPSTSSTSSRPKASK--ETVSSKAGTVGTTKGKRKTDKQPITSHLSSDTTTSGTSDLK 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 pF1KE1 PRPLERSVGQLPSPPLLPTPPPKASSKTTKNVTGQATLFQASSMKSADPSLRGQLSTPTG .: : : .. .: . ..: . : . : . : :. : : . CCDS43 GEPAETRVESFKLEQTVPGAEEQNTGKFKSMVPPPPVAPAPSPLAPPLP-LEDQCITASD 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 pF1KE1 SPH-LTTVHRPLPPSRV-IEELHRALATKHRQDSFQGRESKGSPKKRLDVRLSRTSSVER .: :..: :: : . .: : .: ..: : .: ... :.. : CCDS43 TPVVLVSVGADLPVSALDPSQLLWAEEPTNRTTLYSG---TGLSVNRENAK-CFTTKEEL 280 290 300 310 320 340 350 360 370 380 390 pF1KE1 GKEREEAWSFDGALENKRT-AAKESEENKENLIINSELKDDLLLYQDEEALNDSIISG-- :: . . :.... .:.:.: ..: .:. .: .::. .: :: CCDS43 GKTVPQLLTPGLMGESSESFSASEDEGHREYQANDSDSDGPILYTDDEDEDEDEDGSGES 330 340 350 360 370 380 400 410 420 430 440 450 pF1KE1 TLPRKCKK-ELLAVKLRNRPSKQELEDRNIFPRRTDEERQEIRQQIEMKLSKRLSQRPAV .: : .. . ::.:: :::::.::::.::. : ..:::::::::: :: .::::::.. CCDS43 ALASKIRRRDTLAIKLGNRPSKKELEDKNILQRTSEEERQEIRQQIGTKLVRRLSQRPTT 390 400 410 420 430 440 460 470 480 490 500 510 pF1KE1 EELERRNILKQRNDQTEQEERREIKQRLTRKLNQRPTVDELRDRKILIRFSDYVEVAKAQ ::::.::::::.:.. ::: . :.:.::.:::. :::: ::. :.:: ::..::::. . CCDS43 EELEQRNILKQKNEEEEQEAKMELKRRLSRKLSLRPTVAELQARRIL-RFNEYVEVTDSP 450 460 470 480 490 500 520 530 540 550 pF1KE1 DYDRRADKPWTRLSAADKAAIRKELNEYKSNEMEVHASSKHLTRFHRP ::::::::::.::. ::::::::::::.::.::::: :...:::::: CCDS43 DYDRRADKPWARLTPADKAAIRKELNEFKSTEMEVHEESRQFTRFHRP 510 520 530 540 550 >>CCDS47494.1 PHACTR2 gene_id:9749|Hs108|chr6 (565 aa) initn: 676 init1: 422 opt: 793 Z-score: 492.8 bits: 101.0 E(32554): 3.9e-21 Smith-Waterman score: 1029; 38.5% identity (62.9% similar) in 571 aa overlap (27-559:5-565) 10 20 30 40 50 60 pF1KE1 MAASEDGSGCLVSRGRSQSDPSVLTDSSATSSADAGENPDEMDQTPPARPEYLVSGIRTP : .: : . : . : .:.. : . ..: .:: CCDS47 MGQTSVSTLSPQPG-SVDGLDKASIANSDGPTAGSQTP 10 20 30 70 80 90 100 110 pF1KE1 PVRRNSKLATLGRIFKPWKWRKKK-NEKLKQTTSALEKKMAGRQGREELIKKGLL-EMME : .:..::.:.:.::::::::::: ..:...:...::.:.. ::.:::::..:.: :. . CCDS47 PFKRKGKLSTIGKIFKPWKWRKKKTSDKFRETSAVLERKISTRQSREELIRRGVLKELPD 40 50 60 70 80 90 120 130 140 150 pF1KE1 QDAESKTC--NPDG-----GPRS------VQSEP-------PTPKSETLTSEDAQPGSPL ::.. . : .: : .: :.:: :: : .:: . :: CCDS47 QDGDVTVNFENSNGHMIPIGEESTREENVVKSEEGNGSVSEKTPPLEE-QAEDKKAGSSH 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 pF1KE1 ATGT--DQVSLDKPLSSAAHLDDAAKMPSASSGEEADAGSL--------LPTTNELSQAL . : ...: . ::.. :.: . :.. . .:. : :..::. CCDS47 SKKTTGSKASASPSTSSTSSRPKASK--ETVSSKAGTVGTTKGKRKTDKQPITSHLSSDT 160 170 180 190 200 210 210 220 230 240 250 260 pF1KE1 AGADSLDSPPRPLERSVGQLPSPPLLPTPPPKASSKTTKNVTGQATLFQASSMKSADPSL . . . : .: : : .. .: . ..: . : . : . : : CCDS47 TTSGTSDLKGEPAETRVESFKLEQTVPGAEEQNTGKFKSMVPPPPVAPAPSPLAPPLP-L 220 230 240 250 260 270 270 280 290 300 310 320 pF1KE1 RGQLSTPTGSPH-LTTVHRPLPPSRV-IEELHRALATKHRQDSFQGRESKGSPKKRLDVR . : : . .: :..: :: : . .: : .: ..: : .: ... CCDS47 EDQCITASDTPVVLVSVGADLPVSALDPSQLLWAEEPTNRTTLYSGT---GLSVNRENAK 280 290 300 310 320 330 330 340 350 360 370 380 pF1KE1 LSRTSSVERGKEREEAWSFDGALENKRT-AAKESEENKENLIINSELKDDLLLYQDEEAL :.. : :: . . :.... .:.:.: ..: .:. .: .::. CCDS47 -CFTTKEELGKTVPQLLTPGLMGESSESFSASEDEGHREYQANDSDSDGPILYTDDEDED 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 pF1KE1 NDSIISG--TLPRKCKK-ELLAVKLRNRPSKQELEDRNIFPRRTDEERQEIRQQIEMKLS .: :: .: : .. . ::.:: :::::.::::.::. : ..:::::::::: :: CCDS47 EDEDGSGESALASKIRRRDTLAIKLGNRPSKKELEDKNILQRTSEEERQEIRQQIGTKLV 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 pF1KE1 KRLSQRPAVEELERRNILKQRNDQTEQEERREIKQRLTRKLNQRPTVDELRDRKILIRFS .::::::..::::.::::::.:.. ::: . :.:.::.:::. :::: ::. :.:: ::. CCDS47 RRLSQRPTTEELEQRNILKQKNEEEEQEAKMELKRRLSRKLSLRPTVAELQARRIL-RFN 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 pF1KE1 DYVEVAKAQDYDRRADKPWTRLSAADKAAIRKELNEYKSNEMEVHASSKHLTRFHRP .::::. . ::::::::::.::. ::::::::::::.::.::::: :...:::::: CCDS47 EYVEVTDSPDYDRRADKPWARLTPADKAAIRKELNEFKSTEMEVHEESRQFTRFHRP 510 520 530 540 550 560 >>CCDS41293.1 PHACTR4 gene_id:65979|Hs108|chr1 (702 aa) initn: 602 init1: 337 opt: 732 Z-score: 454.9 bits: 94.3 E(32554): 5.1e-19 Smith-Waterman score: 753; 36.7% identity (60.3% similar) in 458 aa overlap (139-559:262-702) 110 120 130 140 150 160 pF1KE1 IKKGLLEMMEQDAESKTCNPDGGPRSVQSEPPTP---KSETLTSEDAQP---GSPLATGT :: : .:. . .: .: :. :. . CCDS41 RTLPAAPASTNTTATPSLTHMVPAKQPPIPPPKPAHRNSNPVIAELSQAINSGTLLSKPS 240 250 260 270 280 290 170 180 190 200 210 220 pF1KE1 DQVSLDK--PLSSAAHLDDAAKMPSASSGEEADAGSLLPTTNELSQALAGADSLDSPPRP . . : .:. :..:: . . . ..: . .: ... : : :: : CCDS41 PPLPPKRGIPSTSVPTLESAAAITTKTPSDEREK-----STCSMGSELLPMISPRSPSPP 300 310 320 330 340 230 240 250 260 270 pF1KE1 LERSVGQLPSPPLLPTPPPKASSKTTKNVTGQATL------FQASSMKSADPSLRGQLST : . : :: : : : . ... .. .: : ..:. : . :. CCDS41 LPTHIP--PEPPRTP-PFPAKTFQVVPEIEFPPSLDLHQEIPQQEDQKKEVP--KRILDQ 350 360 370 380 390 400 280 290 300 310 pF1KE1 PTGSPHLTT------VH--------RPLPPSRVIEELHRALATKHRQ-DSFQGRESKGSP : ::. . .: ::: . ..: ::: . .. :::. ..:. CCDS41 NFGEPHIPSRLPPLPLHIRIQQALTSPLPMTPILEGSHRAHSLLFENSDSFS-EDSSTLG 410 420 430 440 450 460 320 330 340 350 360 370 pF1KE1 KKR---LDVRLSRTSSVERGKEREEAWSFDGALENKRTAAK-----ESEENKENLIINSE . : . ... .. . :. .:. .:. . . : . ::.::. .:. CCDS41 RTRSLPITIEMLKVPDDEEEEEQTCPSTFSEEMTPTSVIPKLPQCLREEEEKES---DSD 470 480 490 500 510 380 390 400 410 420 430 pF1KE1 LKDDLLLYQDEEALNDSIISGTLPRKCKKELLAVKLRNRPSKQELEDRNIFPRRTDEERQ .. . :.::: ..: :. . .:. ::.:: .:::. :: . : .: .. :: . CCDS41 -SEGPIQYRDEEDEDESYQSALANKVKRKDTLAMKLNHRPSEPEL-NLNSWPCKSKEEWN 520 530 540 550 560 570 440 450 460 470 480 490 pF1KE1 EIRQQIEMKLSKRLSQRPAVEELERRNILKQRNDQTEQEERREIKQRLTRKLNQRPTVDE :::.:: : .::::::. ::::.::::. .:. .: :.::::.::::::.::::: : CCDS41 EIRHQIGNTLIRRLSQRPTPEELEQRNILQPKNEADRQAEKREIKRRLTRKLSQRPTVAE 580 590 600 610 620 630 500 510 520 530 540 550 pF1KE1 LRDRKILIRFSDYVEVAKAQDYDRRADKPWTRLSAADKAAIRKELNEYKSNEMEVHASSK : :::: ::..::::. :::::::::::::.:. ::::::::::::.::.::::: :: CCDS41 LLARKIL-RFNEYVEVTDAQDYDRRADKPWTKLTPADKAAIRKELNEFKSSEMEVHEESK 640 650 660 670 680 690 pF1KE1 HLTRFHRP :.::.::: CCDS41 HFTRYHRP 700 559 residues in 1 query sequences 18511270 residues in 32554 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Sun Nov 6 13:01:41 2016 done: Sun Nov 6 13:01:42 2016 Total Scan time: 4.340 Total Display time: 0.140 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]