FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE1966, 524 aa 1>>>pF1KE1966 524 - 524 aa - 524 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.2658+/-0.00157; mu= 1.2203+/- 0.094 mean_var=344.5112+/-69.961, 0's: 0 Z-trim(108.0): 194 B-trim: 0 in 0/50 Lambda= 0.069099 statistics sampled from 9791 (9961) to 9791 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.651), E-opt: 0.2 (0.306), width: 16 Scan time: 3.230 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS13265.1 RBM39 gene_id:9584|Hs108|chr20 ( 524) 3400 353.6 3.1e-97 CCDS13266.1 RBM39 gene_id:9584|Hs108|chr20 ( 530) 3378 351.5 1.4e-96 CCDS56186.1 RBM39 gene_id:9584|Hs108|chr20 ( 508) 2778 291.6 1.4e-78 CCDS41920.1 RBM23 gene_id:55147|Hs108|chr14 ( 423) 1553 169.4 7.3e-42 CCDS41921.1 RBM23 gene_id:55147|Hs108|chr14 ( 439) 1529 167.0 3.9e-41 CCDS41919.1 RBM23 gene_id:55147|Hs108|chr14 ( 405) 1393 153.4 4.5e-37 CCDS76658.1 RBM23 gene_id:55147|Hs108|chr14 ( 269) 1217 135.7 6.6e-32 >>CCDS13265.1 RBM39 gene_id:9584|Hs108|chr20 (524 aa) initn: 3400 init1: 3400 opt: 3400 Z-score: 1859.1 bits: 353.6 E(32554): 3.1e-97 Smith-Waterman score: 3400; 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CCDS41 MASDDFDIVIEAMLEAPYKKEEDEQQRKEVKKDYPSNTTSSTSNSGNETSGSSTIGETSN 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 110 pF1KE1 RSRDRERKKSKSRERKRSRSKERR-RSRSRSRDRRFRGRYRSPYSGPKFNSAIRGKIGLP :::::.: . :. .:::: :. : :::: ::: .. :: CCDS41 RSRDRDRYR---RRNSRSRSPGRQCRHRSRSWDRRHGSESRS------------------ 70 80 90 120 130 140 150 160 170 pF1KE1 HSIKLSRRRSRSKSPFRKDKSPVREPIDNLTPEERDARTVFCMQLAARIRPRDLEEFFST . ::..: . .:. . ::.:::.::::::::::::::::::::::::.:::. 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CCDS76 AGIQLPSTAAAAAAAAAQAAALQLNGAVPLGAL-----------NPAALTALSPALNLAS 210 220 230 240 250 420 430 440 450 460 470 pF1KE1 QCFQLSNMFNPQTEEEVGWDTEIKDDVIEECNKHGGVIHIYVDKNSAQGNVYVKCPSIAA ::::::..:.::: CCDS76 QCFQLSSLFTPQTM 260 524 residues in 1 query sequences 18511270 residues in 32554 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Sun Nov 6 13:04:34 2016 done: Sun Nov 6 13:04:35 2016 Total Scan time: 3.230 Total Display time: 0.070 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]