FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE3962, 511 aa 1>>>pF1KE3962 511 - 511 aa - 511 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 14.1595+/-0.000474; mu= -17.7010+/- 0.030 mean_var=827.5183+/-176.823, 0's: 0 Z-trim(126.0): 953 B-trim: 0 in 0/61 Lambda= 0.044585 statistics sampled from 49512 (50932) to 49512 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.835), E-opt: 0.2 (0.597), width: 16 Scan time: 9.980 The best scores are: opt bits E(85289) NP_001157817 (OMIM: 259050,606025) zinc finger and ( 668) 550 50.5 1.8e-05 NP_001157819 (OMIM: 259050,606025) zinc finger and ( 668) 550 50.5 1.8e-05 NP_001157815 (OMIM: 259050,606025) zinc finger and ( 668) 550 50.5 1.8e-05 NP_001157818 (OMIM: 259050,606025) zinc finger and ( 668) 550 50.5 1.8e-05 NP_001157816 (OMIM: 259050,606025) zinc finger and ( 668) 550 50.5 1.8e-05 NP_056457 (OMIM: 259050,606025) zinc finger and BT ( 668) 550 50.5 1.8e-05 NP_001157814 (OMIM: 259050,606025) zinc finger and ( 741) 550 50.6 1.9e-05 >>NP_001157817 (OMIM: 259050,606025) zinc finger and BTB (668 aa) initn: 1127 init1: 543 opt: 550 Z-score: 219.4 bits: 50.5 E(85289): 1.8e-05 Smith-Waterman score: 760; 33.9% identity (53.2% similar) in 545 aa overlap (5-439:3-541) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 MAAAEAVHHIHLQNFSRSLLETLNGQRLGGHFCDVTVRIREASLRAHRCVLAAGSPFFQD : .: :.:.::: :.::::: :: ::::::::::. . ::::::::::::::::: NP_001 MTERIHSINLHNFSNSVLETLNEQRNRGHFCDVTVRIHGSMLRAHRCVLAAGSPFFQD 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 pF1KE3 KLLLGHSEIRVPPVVPAQTVRQLVEFLYSGSLVVAQGEALQVLTAASVLRIQTVIDECTQ :::::.:.:..: :: .:.:..:..:.::: : :.:.::::.:::::.:.:.:::::::. 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