FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KB7802, 590 aa 1>>>pF1KB7802 590 - 590 aa - 590 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.5946+/-0.000824; mu= 6.2239+/- 0.050 mean_var=212.9657+/-42.808, 0's: 0 Z-trim(116.1): 53 B-trim: 298 in 2/51 Lambda= 0.087886 statistics sampled from 16586 (16640) to 16586 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.793), E-opt: 0.2 (0.511), width: 16 Scan time: 4.570 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS12694.1 NPAS1 gene_id:4861|Hs108|chr19 ( 590) 4026 522.9 4.3e-148 CCDS82371.1 NPAS1 gene_id:4861|Hs108|chr19 ( 234) 1186 162.5 5.4e-40 CCDS9645.1 NPAS3 gene_id:64067|Hs108|chr14 ( 901) 579 86.0 2.2e-16 CCDS55912.1 NPAS3 gene_id:64067|Hs108|chr14 ( 903) 579 86.0 2.2e-16 CCDS53892.1 NPAS3 gene_id:64067|Hs108|chr14 ( 920) 579 86.0 2.2e-16 CCDS53891.1 NPAS3 gene_id:64067|Hs108|chr14 ( 933) 579 86.0 2.2e-16 >>CCDS12694.1 NPAS1 gene_id:4861|Hs108|chr19 (590 aa) initn: 4026 init1: 4026 opt: 4026 Z-score: 2772.2 bits: 522.9 E(32554): 4.3e-148 Smith-Waterman score: 4026; 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CCDS96 PGDHVEMAEQLGMKLP-PGRGLLSQGTAEDGASSASSSSQSETPEPVESTSPSLLTTDNT 170 180 190 200 210 220 250 260 270 280 290 pF1KB7 QERSFFVRMKSTLTKRGLHVKASGYKVIHVTGRLR-----AHA-------LGLVALGHTL :::::.::::::::::.:.:.:::::::.::::: .:. .:::...:.: CCDS96 LERSFFIRMKSTLTKRGVHIKSSGYKVIHITGRLRLRVSLSHGRTVPSQIMGLVVVAHAL 230 240 250 260 270 280 300 310 320 330 340 350 pF1KB7 PPAPLAELPLHGHMIVFRLSLGLTILACESRVSDHMDLGPSELVGRSCYQFVHGQDATRI :: . :. . ::.: :... :.:. ::.:.::.::: : ..::. ::.:.:..:. : CCDS96 PPPTINEVRIDCHMFVTRVNMDLNIIYCENRISDYMDLTPVDIVGKRCYHFIHAEDVEGI 290 300 310 320 330 340 360 370 380 390 400 410 pF1KB7 RQSHVDLLDKGQVMTGYYRWLQRAGGFVWLQSVATVAGSGKSPGEHHVLWVSHVLSQAEG :.::.:::.::: .: ::::.:. ::..:.:: ::.: ..:. .:....::...::. : CCDS96 RHSHLDLLNKGQCVTKYYRWMQKNGGYIWIQSSATIAINAKNANEKNIIWVNYLLSNPEY 350 360 370 380 390 400 420 430 440 450 460 470 pF1KB7 GQTPLDAFQLPASVACEEASSPGPEPTEPEPPTEGKQAAPAENEAPQTQGKRIKVEPGPR .::.: ::: :: .:..... .:... .:.: : . CCDS96 KDTPMDIAQLPHL---------------PEKTSESSETSDSESDSKDTSGITEDNENSKS 410 420 430 440 450 480 490 500 510 520 530 pF1KB7 ETKGSEDSGDEDPSSHPATPRPEFTSVIRAGVLKQDPVRPWGLAPPGDPPPTLLHAGFLP . ::... ..::: CCDS96 DEKGNQSENSEDPEPDRKKSGNACDNDMNCNDDGHSSSNPDSRDSDDSFEHSDFENPKAG 460 470 480 490 500 510 >>CCDS55912.1 NPAS3 gene_id:64067|Hs108|chr14 (903 aa) initn: 1443 init1: 528 opt: 579 Z-score: 407.6 bits: 86.0 E(32554): 2.2e-16 Smith-Waterman score: 1568; 52.7% identity (76.3% similar) in 465 aa overlap (42-483:18-466) 20 30 40 50 60 70 pF1KB7 SEVKCVGGRGASVPWDFLPGLMVKAPSGPCLQAQRKEKSRNAARSRRGKENLEFFELAKL ::: ::::::.::::::::::.::.::::: CCDS55 MAPTKPSFQQDPSRRERLQALRKEKSRDAARSRRGKENFEFYELAKL 10 20 30 40 80 90 100 110 120 pF1KB7 LPLPGAISSQLDKASIVRLSVTYLRLRRFAALGAPPWGLRAAGPPAGL------APGRRG ::::.::.::::::::.::...::..: :: : :::.:: ::: . : ::. CCDS55 LPLPAAITSQLDKASIIRLTISYLKMRDFANQGDPPWNLRMEGPPPNTSVKVIGAQRRRS 50 60 70 80 90 100 130 140 150 160 170 180 pF1KB7 PAALVSEVFEQHLGGHILQSLDGFVFALNQEGKFLYISETVSIYLGLSQVEMTGSSVFDY :.::. :::: :::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::: CCDS55 PSALAIEVFEAHLGSHILQSLDGFVFALNQEGKFLYISETVSIYLGLSQVELTGSSVFDY 110 120 130 140 150 160 190 200 210 220 230 240 pF1KB7 IHPGDHSEVLEQLGLRTPTPG----PPTPPSVSSSSSSSSSLADTPE-IEASLTKVPPSS .::::: :. ::::.. : :: ..::.:::: ..::: .:.. .. .. CCDS55 VHPGDHVEMAEQLGMKLP-PGRGLLSQGTAEDGASSASSSSQSETPEPVESTSPSLLTTD 170 180 190 200 210 220 250 260 270 280 pF1KB7 LVQERSFFVRMKSTLTKRGLHVKASGYKVIHVTGRLR-----AHA-------LGLVALGH . :::::.::::::::::.:.:.:::::::.::::: .:. .:::...: CCDS55 NTLERSFFIRMKSTLTKRGVHIKSSGYKVIHITGRLRLRVSLSHGRTVPSQIMGLVVVAH 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 pF1KB7 TLPPAPLAELPLHGHMIVFRLSLGLTILACESRVSDHMDLGPSELVGRSCYQFVHGQDAT .::: . :. . ::.: :... :.:. ::.:.::.::: : ..::. ::.:.:..:. CCDS55 ALPPPTINEVRIDCHMFVTRVNMDLNIIYCENRISDYMDLTPVDIVGKRCYHFIHAEDVE 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 pF1KB7 RIRQSHVDLLDKGQVMTGYYRWLQRAGGFVWLQSVATVAGSGKSPGEHHVLWVSHVLSQA ::.::.:::.::: .: ::::.:. ::..:.:: ::.: ..:. .:....::...::. CCDS55 GIRHSHLDLLNKGQCVTKYYRWMQKNGGYIWIQSSATIAINAKNANEKNIIWVNYLLSNP 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 pF1KB7 EGGQTPLDAFQLPASVACEEASSPGPEPTEPEPPTEGKQAAPAENEAPQTQGKRIKVEPG : .::.: ::: :: .:..... .:... .:.: : . CCDS55 EYKDTPMDIAQLPHL---------------PEKTSESSETSDSESDSKDTSGITEDNENS 410 420 430 440 450 470 480 490 500 510 520 pF1KB7 PRETKGSEDSGDEDPSSHPATPRPEFTSVIRAGVLKQDPVRPWGLAPPGDPPPTLLHAGF . ::... ..::: CCDS55 KSDEKGNQSENSEDPEPDRKKSGNACDNDMNCNDDGHSSSNPDSRDSDDSFEHSDFENPK 460 470 480 490 500 510 >>CCDS53892.1 NPAS3 gene_id:64067|Hs108|chr14 (920 aa) initn: 1443 init1: 528 opt: 579 Z-score: 407.5 bits: 86.0 E(32554): 2.2e-16 Smith-Waterman score: 1535; 51.0% identity (73.9% similar) in 482 aa overlap (42-483:18-483) 20 30 40 50 60 70 pF1KB7 SEVKCVGGRGASVPWDFLPGLMVKAPSGPCLQAQRKEKSRNAARSRRGKENLEFFELAKL ::: ::::::.::::::::::.::.::::: CCDS53 MAPTKPSFQQDPSRRERLQALRKEKSRDAARSRRGKENFEFYELAKL 10 20 30 40 80 90 100 110 pF1KB7 LPLPGAISSQLDKASIVRLSVTYLRLRRFAALGAPPWGLRAAGPPA-----GL------- ::::.::.::::::::.::...::..: :: : :::.:: ::: :. CCDS53 LPLPAAITSQLDKASIIRLTISYLKMRDFANQGDPPWNLRMEGPPPNTSVKGIQMWKSEL 50 60 70 80 90 100 120 130 140 150 160 pF1KB7 -----------APGRRGPAALVSEVFEQHLGGHILQSLDGFVFALNQEGKFLYISETVSI : ::.:.::. :::: :::.:::::::::::::::::::::::::::: CCDS53 CMRKTPCEVIGAQRRRSPSALAIEVFEAHLGSHILQSLDGFVFALNQEGKFLYISETVSI 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 pF1KB7 YLGLSQVEMTGSSVFDYIHPGDHSEVLEQLGLRTPTPG----PPTPPSVSSSSSSSSSLA ::::::::.::::::::.::::: :. ::::.. : :: ..::.:::: . CCDS53 YLGLSQVELTGSSVFDYVHPGDHVEMAEQLGMKLP-PGRGLLSQGTAEDGASSASSSSQS 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 pF1KB7 DTPE-IEASLTKVPPSSLVQERSFFVRMKSTLTKRGLHVKASGYKVIHVTGRLR-----A .::: .:.. .. .. . :::::.::::::::::.:.:.:::::::.::::: . CCDS53 ETPEPVESTSPSLLTTDNTLERSFFIRMKSTLTKRGVHIKSSGYKVIHITGRLRLRVSLS 230 240 250 260 270 280 280 290 300 310 320 330 pF1KB7 HA-------LGLVALGHTLPPAPLAELPLHGHMIVFRLSLGLTILACESRVSDHMDLGPS :. .:::...:.::: . :. . ::.: :... :.:. ::.:.::.::: : CCDS53 HGRTVPSQIMGLVVVAHALPPPTINEVRIDCHMFVTRVNMDLNIIYCENRISDYMDLTPV 290 300 310 320 330 340 340 350 360 370 380 390 pF1KB7 ELVGRSCYQFVHGQDATRIRQSHVDLLDKGQVMTGYYRWLQRAGGFVWLQSVATVAGSGK ..::. ::.:.:..:. ::.::.:::.::: .: ::::.:. ::..:.:: ::.: ..: CCDS53 DIVGKRCYHFIHAEDVEGIRHSHLDLLNKGQCVTKYYRWMQKNGGYIWIQSSATIAINAK 350 360 370 380 390 400 400 410 420 430 440 450 pF1KB7 SPGEHHVLWVSHVLSQAEGGQTPLDAFQLPASVACEEASSPGPEPTEPEPPTEGKQAAPA . .:....::...::. : .::.: ::: :: .:..... . CCDS53 NANEKNIIWVNYLLSNPEYKDTPMDIAQLPHL---------------PEKTSESSETSDS 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 pF1KB7 ENEAPQTQGKRIKVEPGPRETKGSEDSGDEDPSSHPATPRPEFTSVIRAGVLKQDPVRPW :... .:.: : . . ::... ..::: CCDS53 ESDSKDTSGITEDNENSKSDEKGNQSENSEDPEPDRKKSGNACDNDMNCNDDGHSSSNPD 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 pF1KB7 GLAPPGDPPPTLLHAGFLPPVVRGLCTPGTIRYGPAELGLVYPHLQRLGPGPALPEAFYP CCDS53 SRDSDDSFEHSDFENPKAGEDGFGALGAMQIKVERYVESESDLRLQNCESLTSDSAKDSD 520 530 540 550 560 570 >>CCDS53891.1 NPAS3 gene_id:64067|Hs108|chr14 (933 aa) initn: 1443 init1: 528 opt: 579 Z-score: 407.4 bits: 86.0 E(32554): 2.2e-16 Smith-Waterman score: 1568; 52.7% identity (76.3% similar) in 465 aa overlap (42-483:48-496) 20 30 40 50 60 70 pF1KB7 SEVKCVGGRGASVPWDFLPGLMVKAPSGPCLQAQRKEKSRNAARSRRGKENLEFFELAKL ::: ::::::.::::::::::.::.::::: CCDS53 ITAQHPLPNQSECRKIYRYDGIYCESTYQNLQALRKEKSRDAARSRRGKENFEFYELAKL 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KB7 LPLPGAISSQLDKASIVRLSVTYLRLRRFAALGAPPWGLRAAGPPAGL------APGRRG ::::.::.::::::::.::...::..: :: : :::.:: ::: . : ::. CCDS53 LPLPAAITSQLDKASIIRLTISYLKMRDFANQGDPPWNLRMEGPPPNTSVKVIGAQRRRS 80 90 100 110 120 130 130 140 150 160 170 180 pF1KB7 PAALVSEVFEQHLGGHILQSLDGFVFALNQEGKFLYISETVSIYLGLSQVEMTGSSVFDY :.::. :::: :::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::: CCDS53 PSALAIEVFEAHLGSHILQSLDGFVFALNQEGKFLYISETVSIYLGLSQVELTGSSVFDY 140 150 160 170 180 190 190 200 210 220 230 240 pF1KB7 IHPGDHSEVLEQLGLRTPTPG----PPTPPSVSSSSSSSSSLADTPE-IEASLTKVPPSS .::::: :. ::::.. : :: ..::.:::: ..::: .:.. .. .. CCDS53 VHPGDHVEMAEQLGMKLP-PGRGLLSQGTAEDGASSASSSSQSETPEPVESTSPSLLTTD 200 210 220 230 240 250 250 260 270 280 pF1KB7 LVQERSFFVRMKSTLTKRGLHVKASGYKVIHVTGRLR-----AHA-------LGLVALGH . :::::.::::::::::.:.:.:::::::.::::: .:. .:::...: CCDS53 NTLERSFFIRMKSTLTKRGVHIKSSGYKVIHITGRLRLRVSLSHGRTVPSQIMGLVVVAH 260 270 280 290 300 310 290 300 310 320 330 340 pF1KB7 TLPPAPLAELPLHGHMIVFRLSLGLTILACESRVSDHMDLGPSELVGRSCYQFVHGQDAT .::: . :. . ::.: :... :.:. ::.:.::.::: : ..::. ::.:.:..:. CCDS53 ALPPPTINEVRIDCHMFVTRVNMDLNIIYCENRISDYMDLTPVDIVGKRCYHFIHAEDVE 320 330 340 350 360 370 350 360 370 380 390 400 pF1KB7 RIRQSHVDLLDKGQVMTGYYRWLQRAGGFVWLQSVATVAGSGKSPGEHHVLWVSHVLSQA ::.::.:::.::: .: ::::.:. ::..:.:: ::.: ..:. .:....::...::. CCDS53 GIRHSHLDLLNKGQCVTKYYRWMQKNGGYIWIQSSATIAINAKNANEKNIIWVNYLLSNP 380 390 400 410 420 430 410 420 430 440 450 460 pF1KB7 EGGQTPLDAFQLPASVACEEASSPGPEPTEPEPPTEGKQAAPAENEAPQTQGKRIKVEPG : .::.: ::: :: .:..... .:... .:.: : . CCDS53 EYKDTPMDIAQLPHL---------------PEKTSESSETSDSESDSKDTSGITEDNENS 440 450 460 470 480 470 480 490 500 510 520 pF1KB7 PRETKGSEDSGDEDPSSHPATPRPEFTSVIRAGVLKQDPVRPWGLAPPGDPPPTLLHAGF . ::... ..::: CCDS53 KSDEKGNQSENSEDPEPDRKKSGNACDNDMNCNDDGHSSSNPDSRDSDDSFEHSDFENPK 490 500 510 520 530 540 590 residues in 1 query sequences 18511270 residues in 32554 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Sun Nov 6 04:40:18 2016 done: Sun Nov 6 04:40:19 2016 Total Scan time: 4.570 Total Display time: 0.060 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]