FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE2481, 472 aa 1>>>pF1KE2481 472 - 472 aa - 472 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.8025+/-0.000837; mu= 3.2689+/- 0.051 mean_var=187.0480+/-37.328, 0's: 0 Z-trim(114.5): 20 B-trim: 0 in 0/52 Lambda= 0.093777 statistics sampled from 15079 (15097) to 15079 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.783), E-opt: 0.2 (0.464), width: 16 Scan time: 3.460 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS12666.1 RTN2 gene_id:6253|Hs108|chr19 ( 472) 3097 430.9 1.4e-120 CCDS12665.1 RTN2 gene_id:6253|Hs108|chr19 ( 545) 1850 262.3 9.4e-70 CCDS46114.1 RTN2 gene_id:6253|Hs108|chr19 ( 205) 1249 180.7 1.3e-45 CCDS9740.1 RTN1 gene_id:6252|Hs108|chr14 ( 776) 695 106.1 1.4e-22 CCDS42683.1 RTN4 gene_id:57142|Hs108|chr2 ( 392) 676 103.3 4.7e-22 CCDS9741.1 RTN1 gene_id:6252|Hs108|chr14 ( 208) 640 98.3 8.1e-21 CCDS1851.1 RTN4 gene_id:57142|Hs108|chr2 ( 373) 631 97.2 3.1e-20 CCDS1852.1 RTN4 gene_id:57142|Hs108|chr2 ( 986) 626 96.8 1.1e-19 CCDS42684.1 RTN4 gene_id:57142|Hs108|chr2 (1192) 626 96.9 1.3e-19 CCDS42685.1 RTN4 gene_id:57142|Hs108|chr2 ( 199) 606 93.7 1.9e-19 CCDS41664.1 RTN3 gene_id:10313|Hs108|chr11 ( 255) 563 87.9 1.3e-17 CCDS8049.1 RTN3 gene_id:10313|Hs108|chr11 ( 236) 558 87.3 2e-17 CCDS58142.1 RTN3 gene_id:10313|Hs108|chr11 ( 920) 569 89.1 2.2e-17 CCDS8050.1 RTN3 gene_id:10313|Hs108|chr11 (1013) 569 89.1 2.3e-17 CCDS58141.1 RTN3 gene_id:10313|Hs108|chr11 (1032) 569 89.1 2.4e-17 CCDS8048.1 RTN3 gene_id:10313|Hs108|chr11 ( 241) 464 74.5 1.4e-13 >>CCDS12666.1 RTN2 gene_id:6253|Hs108|chr19 (472 aa) initn: 3097 init1: 3097 opt: 3097 Z-score: 2278.4 bits: 430.9 E(32554): 1.4e-120 Smith-Waterman score: 3097; 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CCDS97 SEIELVSEDPMAAEDALPSGYVSFGHVGGPPPSPASPSIQYSILREEREAELDSELIIE- 420 430 440 450 460 160 170 180 190 200 pF1KE2 GTGSGEDSSTSSSTPL--EDEEPQEPN-----RLETG-EAGEELDLRLRLAQPSS----P : . ::.: .: .: :..:. : ::: .: :. : ::.:.: : CCDS97 ---SCDASSASEESPKREQDSPPMKPSALDAIREETGVRAEERAPSRRGLAEPGSFLDYP 470 480 490 500 510 520 210 220 230 240 250 pF1KE2 EVLT---PQLSPGSGTPQAGTPS-PSRSRDSNSGPEEPLLEEEEKQWGPLEREPVRGQCL . :.: ::.:. . :: : . ....:. . : . :: : CCDS97 STEPQPGPELPPGDGALEPETPMLPRKPEEDSSSNQSPAATKGPGPLGPGAPPP------ 530 540 550 560 570 580 260 270 280 290 300 310 pF1KE2 DSTDQLEFTVEPRLLVADLLYWKDTRTSGVVFTGLMVSLLCLLHFSIVSVAAHLALLLLC : : . . . :::::.: . .:.:: .... :. : .::.:::.:.::: : CCDS97 -----LLFLNKQKAI--DLLYWRDIKQTGIVFGSFLLLLFSLTQFSVVSVVAYLALAALS 590 600 610 620 630 320 330 340 350 360 370 pF1KE2 GTISLRVYRKVLQAVHRGDGANPFQAYLDVDLTLTREQTERLSHQITSRVVSAATQLRHF .:::.:.:..:::::.. : ..::.:::....::..:: .. . . : :. .::.. CCDS97 ATISFRIYKSVLQAVQKTDEGHPFKAYLELEITLSQEQIQKYTDCLQFYVNSTLKELRRL 640 650 660 670 680 690 380 390 400 410 420 430 pF1KE2 FLVEDLVDSLKLALLFYILTFVGAIFNGLTLLILGVIGLFTIPLLYRQHQAQIDQYVGLV :::.:::::::.:.:...::.:::.:::::::...:...::.:..: .::::::::.::: CCDS97 FLVQDLVDSLKFAVLMWLLTYVGALFNGLTLLLMAVVSMFTLPVVYVKHQAQIDQYLGLV 700 710 720 730 740 750 440 450 460 470 pF1KE2 TNQLSHIKAKIRAKIPGTGALASAAAAVSGSKAKAE .... . :::.::::: CCDS97 RTHINAVVAKIQAKIPGAKRHAE 760 770 >>CCDS42683.1 RTN4 gene_id:57142|Hs108|chr2 (392 aa) initn: 652 init1: 606 opt: 676 Z-score: 509.4 bits: 103.3 E(32554): 4.7e-22 Smith-Waterman score: 679; 35.5% identity (62.2% similar) in 394 aa overlap (81-453:12-386) 60 70 80 90 100 pF1KE2 TTSQDWGTPRELTFSYIAFDGVVGSGGRRDSTARRPRPQG----RSVSEPRDQHPQP--- :. :::: . : ::.:.. . CCDS42 MEDLDQSPLVSSSDSPPRPQPAFKYQFVREPEDEEEEEEEE 10 20 30 40 110 120 130 140 150 160 pF1KE2 --SLGDSLESIPSLSQSPEPGRRGDP-DTAPPSERPLEDLRLRLDHLGWVARGTGSGEDS . ..:: . : ..: : . : ::: . :: :. : . . :: CCDS42 EEDEDEDLEELEVLERKPAAGLSAAPVPTAPAAGAPLMDFG--NDFVPPAPRG------- 50 60 70 80 90 170 180 190 200 210 220 pF1KE2 STSSSTPLEDEEPQEPNRLETGEAGEELDLRLRLAQPSSPEVLTPQLSPGSGTPQAGTPS :: : :.: . . . .. . .: : ...:. : . : : : CCDS42 ------PLPAAPPVAPERQPSWDPSP-VSSTVPAPSPLSAAAVSPSKLPEDDEPPARPPP 100 110 120 130 140 230 240 250 260 270 pF1KE2 PSRSRDSNSGPEEPLLEEEEKQWGPLEREPV----RGQCLDSTDQLEFTV----EPRL-- : . : : ::. . :. ::. :.:. :.. :: . CCDS42 PPPA--SVSPQAEPVWTPPAPAPAAPPSTPAAPKRRGSS-GSVDETLFALPAASEPVIRS 150 160 170 180 190 200 280 290 300 310 320 pF1KE2 -LVADLLYWKDTRTSGVVFTGLMVSLLCLLHFSIVSVAAHLALLLLCGTISLRVYRKVLQ :.:::::.: . .:::: . . :: : ::::::.:..:: :: :::.:.:. :.: CCDS42 SAVVDLLYWRDIKKTGVVFGASLFLLLSLTVFSIVSVTAYIALALLSVTISFRIYKGVIQ 210 220 230 240 250 260 330 340 350 360 370 380 pF1KE2 AVHRGDGANPFQAYLDVDLTLTREQTERLSHQITSRVVSAATQLRHFFLVEDLVDSLKLA :....: ..::.:::. ......: ... :.. ..: . .::..:::.:::::::.: CCDS42 AIQKSDEGHPFRAYLESEVAISEELVQKYSNSALGHVNCTIKELRRLFLVDDLVDSLKFA 270 280 290 300 310 320 390 400 410 420 430 440 pF1KE2 LLFYILTFVGAIFNGLTLLILGVIGLFTIPLLYRQHQAQIDQYVGLVTNQLSHIKAKIRA .:....:.:::.:::::::::..:.::..:..:..::::::.:.::...... :::.: CCDS42 VLMWVFTYVGALFNGLTLLILALISLFSVPVIYERHQAQIDHYLGLANKNVKDAMAKIQA 330 340 350 360 370 380 450 460 470 pF1KE2 KIPGTGALASAAAAVSGSKAKAE :::: CCDS42 KIPGLKRKAE 390 >>CCDS9741.1 RTN1 gene_id:6252|Hs108|chr14 (208 aa) initn: 640 init1: 640 opt: 640 Z-score: 487.2 bits: 98.3 E(32554): 8.1e-21 Smith-Waterman score: 640; 51.7% identity (86.1% similar) in 180 aa overlap (274-453:23-202) 250 260 270 280 290 300 pF1KE2 GPLEREPVRGQCLDSTDQLEFTVEPRLLVADLLYWKDTRTSGVVFTGLMVSLLCLLHFSI :::::.: . .:.:: .... :. : .::. CCDS97 MQATADSTKMDCVWSNWKSQAIDLLYWRDIKQTGIVFGSFLLLLFSLTQFSV 10 20 30 40 50 310 320 330 340 350 360 pF1KE2 VSVAAHLALLLLCGTISLRVYRKVLQAVHRGDGANPFQAYLDVDLTLTREQTERLSHQIT :::.:.::: : .:::.:.:..:::::.. : ..::.:::....::..:: .. . . CCDS97 VSVVAYLALAALSATISFRIYKSVLQAVQKTDEGHPFKAYLELEITLSQEQIQKYTDCLQ 60 70 80 90 100 110 370 380 390 400 410 420 pF1KE2 SRVVSAATQLRHFFLVEDLVDSLKLALLFYILTFVGAIFNGLTLLILGVIGLFTIPLLYR : :. .::..:::.:::::::.:.:...::.:::.:::::::...:...::.:..: CCDS97 FYVNSTLKELRRLFLVQDLVDSLKFAVLMWLLTYVGALFNGLTLLLMAVVSMFTLPVVYV 120 130 140 150 160 170 430 440 450 460 470 pF1KE2 QHQAQIDQYVGLVTNQLSHIKAKIRAKIPGTGALASAAAAVSGSKAKAE .::::::::.::: .... . :::.::::: CCDS97 KHQAQIDQYLGLVRTHINAVVAKIQAKIPGAKRHAE 180 190 200 >>CCDS1851.1 RTN4 gene_id:57142|Hs108|chr2 (373 aa) initn: 653 init1: 607 opt: 631 Z-score: 476.9 bits: 97.2 E(32554): 3.1e-20 Smith-Waterman score: 677; 34.7% identity (61.9% similar) in 383 aa overlap (81-453:12-367) 60 70 80 90 100 pF1KE2 TTSQDWGTPRELTFSYIAFDGVVGSGGRRDSTARRPRPQG----RSVSEPRDQHPQP--- :. :::: . : ::.:.. . CCDS18 MEDLDQSPLVSSSDSPPRPQPAFKYQFVREPEDEEEEEEEE 10 20 30 40 110 120 130 140 150 160 pF1KE2 --SLGDSLESIPSLSQSPEPGRRGDP-DTAPPSERPLEDLRLRLDHLGWVARGTGSGEDS . ..:: . : ..: : . : ::: . :: :. : . . :: CCDS18 EEDEDEDLEELEVLERKPAAGLSAAPVPTAPAAGAPLMDFG--NDFVPPAPRG------- 50 60 70 80 90 170 180 190 200 210 220 pF1KE2 STSSSTPLEDEEPQEPNRLETGEAGEELDLRLRLAQPSSPEVLTPQLSPGSGTPQAGTPS :: : :.: . . . .. . .: : ...:. : . : : : CCDS18 ------PLPAAPPVAPERQPSWDPSP-VSSTVPAPSPLSAAAVSPSKLPEDDEPPARPPP 100 110 120 130 140 230 240 250 260 270 280 pF1KE2 PSRSRDSNSGPEEPLLEEEEKQWGPLEREPVRGQCLDSTDQLEFTVEPRLLVADLLYWKD : : . . : : : :. .. . . . .:.:::::.: CCDS18 P---------PPASVSPQAEPVWTPPAPAPAAPPSTPAAPKRRGSSGS--VVVDLLYWRD 150 160 170 180 190 290 300 310 320 330 340 pF1KE2 TRTSGVVFTGLMVSLLCLLHFSIVSVAAHLALLLLCGTISLRVYRKVLQAVHRGDGANPF . .:::: . . :: : ::::::.:..:: :: :::.:.:. :.::....: ..:: CCDS18 IKKTGVVFGASLFLLLSLTVFSIVSVTAYIALALLSVTISFRIYKGVIQAIQKSDEGHPF 200 210 220 230 240 250 350 360 370 380 390 400 pF1KE2 QAYLDVDLTLTREQTERLSHQITSRVVSAATQLRHFFLVEDLVDSLKLALLFYILTFVGA .:::. ......: ... :.. ..: . .::..:::.:::::::.:.:....:.::: CCDS18 RAYLESEVAISEELVQKYSNSALGHVNCTIKELRRLFLVDDLVDSLKFAVLMWVFTYVGA 260 270 280 290 300 310 410 420 430 440 450 460 pF1KE2 IFNGLTLLILGVIGLFTIPLLYRQHQAQIDQYVGLVTNQLSHIKAKIRAKIPGTGALASA .:::::::::..:.::..:..:..::::::.:.::...... :::.::::: CCDS18 LFNGLTLLILALISLFSVPVIYERHQAQIDHYLGLANKNVKDAMAKIQAKIPGLKRKAE 320 330 340 350 360 370 470 pF1KE2 AAAVSGSKAKAE >>CCDS1852.1 RTN4 gene_id:57142|Hs108|chr2 (986 aa) initn: 606 init1: 606 opt: 626 Z-score: 466.9 bits: 96.8 E(32554): 1.1e-19 Smith-Waterman score: 626; 40.1% identity (74.0% similar) in 269 aa overlap (189-453:712-980) 160 170 180 190 200 210 pF1KE2 DSSTSSSTPLEDEEPQEPNRLETGEAGEELDLRLRLAQPSSPEVLT--PQLSP-GSGTPQ :: :. ::. : .. ..: ::.: . 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