FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE4201, 707 aa 1>>>pF1KE4201 707 - 707 aa - 707 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.5523+/-0.000817; mu= 10.5018+/- 0.050 mean_var=136.7117+/-27.447, 0's: 0 Z-trim(112.7): 36 B-trim: 67 in 1/50 Lambda= 0.109691 statistics sampled from 13380 (13415) to 13380 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.735), E-opt: 0.2 (0.412), width: 16 Scan time: 4.070 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS12560.1 SHKBP1 gene_id:92799|Hs108|chr19 ( 707) 4802 771.5 0 CCDS1515.1 KCTD3 gene_id:51133|Hs108|chr1 ( 815) 2795 453.9 4.4e-127 >>CCDS12560.1 SHKBP1 gene_id:92799|Hs108|chr19 (707 aa) initn: 4802 init1: 4802 opt: 4802 Z-score: 4112.5 bits: 771.5 E(32554): 0 Smith-Waterman score: 4802; 100.0% identity (100.0% similar) in 707 aa overlap (1-707:1-707) 10 20 30 40 50 60 pF1KE4 MAAAATAAEGVPSRGPPGEVIHLNVGGKRFSTSRQTLTWIPDSFFSSLLSGRISTLKDET :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS12 MAAAATAAEGVPSRGPPGEVIHLNVGGKRFSTSRQTLTWIPDSFFSSLLSGRISTLKDET 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE4 GAIFIDRDPTVFAPILNFLRTKELDPRGVHGSSLLHEAQFYGLTPLVRRLQLREELDRSS :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS12 GAIFIDRDPTVFAPILNFLRTKELDPRGVHGSSLLHEAQFYGLTPLVRRLQLREELDRSS 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KE4 CGNVLFNGYLPPPVFPVKRRNRHSLVGPQQLGGRPAPVRRSNTMPPNLGNAGLLGRMLDE :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS12 CGNVLFNGYLPPPVFPVKRRNRHSLVGPQQLGGRPAPVRRSNTMPPNLGNAGLLGRMLDE 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KE4 KTPPSPSGQPEEPGMVRLVCGHHNWIAVAYTQFLVCYRLKEASGWQLVFSSPRLDWPIER :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS12 KTPPSPSGQPEEPGMVRLVCGHHNWIAVAYTQFLVCYRLKEASGWQLVFSSPRLDWPIER 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 pF1KE4 LALTARVHGGALGEHDKMVAAATGSEILLWALQAEGGGSEIGVFHLGVPVEALFFVGNQL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS12 LALTARVHGGALGEHDKMVAAATGSEILLWALQAEGGGSEIGVFHLGVPVEALFFVGNQL 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 pF1KE4 IATSHTGRIGVWNAVTKHWQVQEVQPITSYDAAGSFLLLGCNNGSIYYVDVQKFPLRMKD :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS12 IATSHTGRIGVWNAVTKHWQVQEVQPITSYDAAGSFLLLGCNNGSIYYVDVQKFPLRMKD 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 pF1KE4 NDLLVSELYRDPAEDGVTALSVYLTPKTSDSGNWIEIAYGTSSGGVRVIVQHPETVGSGP :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS12 NDLLVSELYRDPAEDGVTALSVYLTPKTSDSGNWIEIAYGTSSGGVRVIVQHPETVGSGP 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 pF1KE4 QLFQTFTVHRSPVTKIMLSEKHLISVCADNNHVRTWSVTRFRGMISTQPGSTPLASFKIL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS12 QLFQTFTVHRSPVTKIMLSEKHLISVCADNNHVRTWSVTRFRGMISTQPGSTPLASFKIL 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 pF1KE4 ALESADGHGGCSAGNDIGPYGERDDQQVFIQKVVPSASQLFVRLSSTGQRVCSVRSVDGS :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS12 ALESADGHGGCSAGNDIGPYGERDDQQVFIQKVVPSASQLFVRLSSTGQRVCSVRSVDGS 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 pF1KE4 PTTAFTVLECEGSRRLGSRPRRYLLTGQANGSLAMWDLTTAMDGLGQAPAGGLTEQELME :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS12 PTTAFTVLECEGSRRLGSRPRRYLLTGQANGSLAMWDLTTAMDGLGQAPAGGLTEQELME 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 pF1KE4 QLEHCELAPPAPSAPSWGCLPSPSPRISLTSLHSASSNTSLSGHRGSPSPPQAEARRRGG :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS12 QLEHCELAPPAPSAPSWGCLPSPSPRISLTSLHSASSNTSLSGHRGSPSPPQAEARRRGG 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 pF1KE4 GSFVERCQELVRSGPDLRRPPTPAPWPSSGLGTPLTPPKMKLNETSF ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS12 GSFVERCQELVRSGPDLRRPPTPAPWPSSGLGTPLTPPKMKLNETSF 670 680 690 700 >>CCDS1515.1 KCTD3 gene_id:51133|Hs108|chr1 (815 aa) initn: 2817 init1: 2101 opt: 2795 Z-score: 2395.1 bits: 453.9 E(32554): 4.4e-127 Smith-Waterman score: 2810; 65.9% identity (83.3% similar) in 657 aa overlap (18-657:17-661) 10 20 30 40 50 60 pF1KE4 MAAAATAAEGVPSRGPPGEVIHLNVGGKRFSTSRQTLTWIPDSFFSSLLSGRISTLKDET ::...::::: ::::::::: ::::::::::::::::::.::: CCDS15 MAGGHCGSFPAAAAGSGEIVQLNVGGTRFSTSRQTLMWIPDSFFSSLLSGRISTLRDET 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 pF1KE4 GAIFIDRDPTVFAPILNFLRTKELDPRGVHGSSLLHEAQFYGLTPLVRRLQLREELDRSS :::::::::..:::::::::::::: ::: . : :::.:::.::::::: : :::.::: CCDS15 GAIFIDRDPAAFAPILNFLRTKELDLRGVSINVLRHEAEFYGITPLVRRLLLCEELERSS 60 70 80 90 100 110 130 140 150 160 170 pF1KE4 CGNVLFNGYLPPPVFPVKRRNR--HSLVGPQQLGGRPAPVRRSNTMPPNLGNAGLLGRML ::.:::.:::::: .: .. : .: . . :.. . .: ..:.: :.. :. 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CCDS15 EELLKLLDQCDLSTSRCATPNISPATSVVQHSHLRESNSSLQLQHHDTTHEAATYGSMRP 590 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 pF1KE4 HRGSPSPPQAEARRRGGGSFVERCQELVRSGPDLRRPPTPAPWPSSGLGTPLTPPKMKLN .: :: :.::: CCDS15 YR--ESPLLARARRTESFHSYRDFQTINLNRNVERAVPENGNLGPIQAEVKGATGECNIS 650 660 670 680 690 700 707 residues in 1 query sequences 18511270 residues in 32554 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Sun Nov 6 01:30:57 2016 done: Sun Nov 6 01:30:57 2016 Total Scan time: 4.070 Total Display time: 0.020 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]