FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KB9713, 374 aa 1>>>pF1KB9713 374 - 374 aa - 374 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.1930+/-0.000712; mu= 15.7092+/- 0.044 mean_var=150.9820+/-31.913, 0's: 0 Z-trim(115.1): 82 B-trim: 651 in 1/52 Lambda= 0.104379 statistics sampled from 15545 (15641) to 15545 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.792), E-opt: 0.2 (0.48), width: 16 Scan time: 3.270 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS12406.1 PBX4 gene_id:80714|Hs108|chr19 ( 374) 2504 388.2 6.5e-108 CCDS6865.1 PBX3 gene_id:5090|Hs108|chr9 ( 434) 1589 250.5 2.1e-66 CCDS1246.1 PBX1 gene_id:5087|Hs108|chr1 ( 430) 1580 249.1 5.4e-66 CCDS55653.1 PBX1 gene_id:5087|Hs108|chr1 ( 420) 1578 248.8 6.6e-66 CCDS55654.1 PBX1 gene_id:5087|Hs108|chr1 ( 347) 1526 240.9 1.3e-63 CCDS83416.1 PBX3 gene_id:5090|Hs108|chr9 ( 351) 1508 238.1 8.7e-63 CCDS4748.1 PBX2 gene_id:5089|Hs108|chr6 ( 430) 1497 236.6 3.1e-62 CCDS48021.1 PBX3 gene_id:5090|Hs108|chr9 ( 359) 1388 220.1 2.4e-57 >>CCDS12406.1 PBX4 gene_id:80714|Hs108|chr19 (374 aa) initn: 2504 init1: 2504 opt: 2504 Z-score: 2050.9 bits: 388.2 E(32554): 6.5e-108 Smith-Waterman score: 2504; 100.0% identity (100.0% similar) in 374 aa overlap (1-374:1-374) 10 20 30 40 50 60 pF1KB9 MAAPPRPAPSPPAPRRLDTSDVLQQIMAITDQSLDEAQARKHALNCHRMKPALFSVLCEI :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS12 MAAPPRPAPSPPAPRRLDTSDVLQQIMAITDQSLDEAQARKHALNCHRMKPALFSVLCEI 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KB9 KEKTVVSIRGIQDEDPPDAQLLRLDNMLLAEGVCRPEKRGRGGAVARAGTATPGGCPNDN :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS12 KEKTVVSIRGIQDEDPPDAQLLRLDNMLLAEGVCRPEKRGRGGAVARAGTATPGGCPNDN 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KB9 SIEHSDYRAKLSQIRQIYHSELEKYEQACREFTTHVTNLLQEQSRMRPVSPKEIERMVGA :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS12 SIEHSDYRAKLSQIRQIYHSELEKYEQACREFTTHVTNLLQEQSRMRPVSPKEIERMVGA 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KB9 IHGKFSAIQMQLKQSTCEAVMTLRSRLLDARRKRRNFSKQATEVLNEYFYSHLNNPYPSE :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS12 IHGKFSAIQMQLKQSTCEAVMTLRSRLLDARRKRRNFSKQATEVLNEYFYSHLNNPYPSE 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 pF1KB9 EAKEELARKGGLTISQVSNWFGNKRIRYKKNMGKFQEEATIYTGKTAVDTTEVGVPGNHA :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS12 EAKEELARKGGLTISQVSNWFGNKRIRYKKNMGKFQEEATIYTGKTAVDTTEVGVPGNHA 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 pF1KB9 SCLSTPSSGSSGPFPLPSAGDAFLTLRTLASLQPPPGGGCLQSQAQGSWQGATPQPATAS :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS12 SCLSTPSSGSSGPFPLPSAGDAFLTLRTLASLQPPPGGGCLQSQAQGSWQGATPQPATAS 310 320 330 340 350 360 370 pF1KB9 PAGDPGSINSSTSN :::::::::::::: CCDS12 PAGDPGSINSSTSN 370 >>CCDS6865.1 PBX3 gene_id:5090|Hs108|chr9 (434 aa) initn: 1251 init1: 1029 opt: 1589 Z-score: 1305.5 bits: 250.5 E(32554): 2.1e-66 Smith-Waterman score: 1605; 64.2% identity (78.9% similar) in 408 aa overlap (1-370:25-430) 10 20 30 pF1KB9 MAAPPRPAPSPPAP---RRLDTSDVLQQIMAITDQS :: :: : : :. : .:.:.:::.::::: CCDS68 MDDQSRMLQTLAGVNLAGHSVQGGMALPPPPHGHEGADGDGRKQDIGDILHQIMTITDQS 10 20 30 40 50 60 40 50 60 70 80 90 pF1KB9 LDEAQARKHALNCHRMKPALFSVLCEIKEKTVVSIRGIQDEDPPDAQLLRLDNMLLAEGV ::::::.:::::::::::::::::::::::: .:::: :.::::: ::.::::::::::: CCDS68 LDEAQAKKHALNCHRMKPALFSVLCEIKEKTGLSIRGAQEEDPPDPQLMRLDNMLLAEGV 70 80 90 100 110 120 100 110 120 130 140 150 pF1KB9 CRPEKRGRGGAVARAGTATPGGCPNDNSIEHSDYRAKLSQIRQIYHSELEKYEQACREFT ::: : :.:.: :..:. :: .:::::::::::::.:::::::.::::::::: ::: CCDS68 SGPEKGG-GSAAAAAAAAASGGS-SDNSIEHSDYRAKLTQIRQIYHTELEKYEQACNEFT 130 140 150 160 170 160 170 180 190 200 210 pF1KB9 THVTNLLQEQSRMRPVSPKEIERMVGAIHGKFSAIQMQLKQSTCEAVMTLRSRLLDARRK ::: :::.:::: ::.:::::::::: :: :::.:::::::::::::: ::::.:::::: CCDS68 THVMNLLREQSRTRPISPKEIERMVGIIHRKFSSIQMQLKQSTCEAVMILRSRFLDARRK 180 190 200 210 220 230 220 230 240 250 260 270 pF1KB9 RRNFSKQATEVLNEYFYSHLNNPYPSEEAKEELARKGGLTISQVSNWFGNKRIRYKKNMG ::::::::::.:::::::::.:::::::::::::.: ..:.:::::::::::::::::.: CCDS68 RRNFSKQATEILNEYFYSHLSNPYPSEEAKEELAKKCSITVSQVSNWFGNKRIRYKKNIG 240 250 260 270 280 290 280 290 300 310 320 330 pF1KB9 KFQEEATIYTGKTAVDTTEV---GVPGNHASCLSTPSSGSSGPFPLPSAGDAFLTLRTLA ::::::..:..:::: .... .: .:... .::.::::: : ::..:: :.....: CCDS68 KFQEEANLYAAKTAVTAAHAVAAAVQNNQTNSPTTPNSGSSGSFNLPNSGDMFMNMQSLN 300 310 320 330 340 350 340 350 pF1KB9 --SLQPPPGGGCLQSQ------------------------------AQGSWQGATPQPAT : : :. .::: :.:.:: :: .. 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CCDS55 QSQVDTLRHVISQTGGYSDGLAASQMYSPQGISHLPRHPRQAHYHFRLPTWHP 370 380 390 400 410 420 >>CCDS55654.1 PBX1 gene_id:5087|Hs108|chr1 (347 aa) initn: 1496 init1: 1051 opt: 1526 Z-score: 1255.4 bits: 240.9 E(32554): 1.3e-63 Smith-Waterman score: 1526; 77.1% identity (91.4% similar) in 301 aa overlap (15-315:39-338) 10 20 30 40 pF1KB9 MAAPPRPAPSPPAPRRLDTSDVLQQIMAITDQSLDEAQARKHAL :. : .:.:::::.:::::::::::::::: CCDS55 HSHAGVGMAGHPGLSQHLQDGAGGTEGEGGRKQDIGDILQQIMTITDQSLDEAQARKHAL 10 20 30 40 50 60 50 60 70 80 90 100 pF1KB9 NCHRMKPALFSVLCEIKEKTVVSIRGIQDEDPPDAQLLRLDNMLLAEGVCRPEKRGRGGA ::::::::::.::::::::::.:::: :.:.: : ::.::::::::::: ::: : :.: CCDS55 NCHRMKPALFNVLCEIKEKTVLSIRGAQEEEPTDPQLMRLDNMLLAEGVAGPEKGG-GSA 70 80 90 100 110 120 110 120 130 140 150 160 pF1KB9 VARAGTATPGGCPNDNSIEHSDYRAKLSQIRQIYHSELEKYEQACREFTTHVTNLLQEQS .: :..:. :: .:::.:::::::::::::::::.::::::::: :::::: :::.::: CCDS55 AAAAAAAASGGAGSDNSVEHSDYRAKLSQIRQIYHTELEKYEQACNEFTTHVMNLLREQS 130 140 150 160 170 180 170 180 190 200 210 220 pF1KB9 RMRPVSPKEIERMVGAIHGKFSAIQMQLKQSTCEAVMTLRSRLLDARRKRRNFSKQATEV : ::.:::::::::. :: :::.:::::::::::::: ::::.::::::::::.:::::. 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