FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE3412, 333 aa 1>>>pF1KE3412 333 - 333 aa - 333 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.8819+/-0.00127; mu= -1.0092+/- 0.072 mean_var=374.8470+/-88.180, 0's: 0 Z-trim(109.8): 639 B-trim: 0 in 0/51 Lambda= 0.066244 statistics sampled from 10369 (11138) to 10369 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.712), E-opt: 0.2 (0.342), width: 16 Scan time: 2.600 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS11913.1 ZNF396 gene_id:252884|Hs108|chr18 ( 333) 2258 230.1 1.9e-60 CCDS82247.1 ZNF396 gene_id:252884|Hs108|chr18 ( 335) 2058 211.0 1.1e-54 CCDS82246.1 ZNF396 gene_id:252884|Hs108|chr18 ( 210) 1272 135.6 3.5e-32 CCDS11912.1 ZNF24 gene_id:7572|Hs108|chr18 ( 368) 1066 116.2 4.1e-26 CCDS47393.1 ZSCAN23 gene_id:222696|Hs108|chr6 ( 389) 873 97.8 1.5e-20 CCDS4649.1 ZSCAN31 gene_id:64288|Hs108|chr6 ( 406) 820 92.8 5.1e-19 CCDS4646.1 ZSCAN9 gene_id:7746|Hs108|chr6 ( 394) 809 91.7 1e-18 CCDS4644.1 ZSCAN16 gene_id:80345|Hs108|chr6 ( 348) 806 91.4 1.2e-18 CCDS77175.1 ZNF24 gene_id:7572|Hs108|chr18 ( 193) 673 78.3 5.6e-15 CCDS45852.1 ZNF397 gene_id:84307|Hs108|chr18 ( 534) 651 76.8 4.4e-14 CCDS11068.1 ZNF232 gene_id:7775|Hs108|chr17 ( 444) 607 72.5 7.3e-13 CCDS5681.1 ZSCAN21 gene_id:7589|Hs108|chr7 ( 473) 600 71.9 1.2e-12 CCDS42427.1 ZSCAN30 gene_id:100101467|Hs108|chr18 ( 494) 586 70.5 3.1e-12 CCDS34355.1 ZBED9 gene_id:114821|Hs108|chr6 (1325) 552 67.9 5.3e-11 CCDS32814.1 ZNF397 gene_id:84307|Hs108|chr18 ( 275) 535 65.3 6.5e-11 >>CCDS11913.1 ZNF396 gene_id:252884|Hs108|chr18 (333 aa) initn: 2258 init1: 2258 opt: 2258 Z-score: 1198.5 bits: 230.1 E(32554): 1.9e-60 Smith-Waterman score: 2258; 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99.5% identity (99.5% similar) in 189 aa overlap (1-189:1-189) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 MSAKLGKSSSLLTQTSEECNGILTEKMEEEEQTCDPDSSLHWSSSYSPETFRQQFRQFGY :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS82 MSAKLGKSSSLLTQTSEECNGILTEKMEEEEQTCDPDSSLHWSSSYSPETFRQQFRQFGY 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE3 QDSPGPHEALSRLWELCHLWLRPEVHTKEQILELLVLEQFLAILPKELQAWVQKHHPENG :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS82 QDSPGPHEALSRLWELCHLWLRPEVHTKEQILELLVLEQFLAILPKELQAWVQKHHPENG 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KE3 EETVTMLEDVERELDGPKQIFFGRRKDMIAEKLAPSEITEELPSSQLMPVKKQLQGASWE :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS82 EETVTMLEDVERELDGPKQIFFGRRKDMIAEKLAPSEITEELPSSQLMPVKKQLQGASWE 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KE3 LQSLRPHDEDIKTTNVKSASRQKTSLGIELHCNVSNILHMNGSQSSTYRGTYEQDGRFEK ::::::: : CCDS82 LQSLRPHGEGAGFSSCWKVWGPSAHHTHLS 190 200 210 >>CCDS11912.1 ZNF24 gene_id:7572|Hs108|chr18 (368 aa) initn: 1445 init1: 788 opt: 1066 Z-score: 582.4 bits: 116.2 E(32554): 4.1e-26 Smith-Waterman score: 1066; 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45.6% identity (74.3% similar) in 307 aa overlap (10-310:4-309) 10 20 30 40 50 pF1KE3 MSAKLGKSSSLLTQTSEECNGILTEKM--EEEEQTCDPDSSLHWSSSYSPETFRQQFRQF .: ::.: .:.:. :. ::::..: :.:.: .. .. : ::..:::: CCDS47 MAITLTLQTAEMQEGLLAVKVKEEEEEHSCGPESGLSRNNPHTREIFRRRFRQF 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KE3 GYQDSPGPHEALSRLWELCHLWLRPEVHTKEQILELLVLEQFLAILPKELQAWVQKHHPE ::.::::.:::.:: :::: :::::.::::::::::::::::.:::.::::::..:.: CCDS47 CYQESPGPREALQRLQELCHQWLRPEMHTKEQILELLVLEQFLTILPEELQAWVRQHRPV 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KE3 NGEETVTMLEDVERELDGP-KQIFFG--RRKDMIAEKLAPSEITEELPSSQLMPVKKQLQ .:::.::.:::.::::: : .:.. ...... :: .:. ..: ..:.. ...:: CCDS47 SGEEAVTVLEDLERELDDPGEQVLSHAHEQEEFVKEKATPGA-AQESSNDQFQTLEEQLG 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KE3 GASWELQSLRPHDEDIKTTNVKSASRQKTSLGIELHCNVSNILHMNGSQSSTYRGTYEQD :. .. : : ::. : ... : .. .: . . : .: : : ... CCDS47 YNLREVCPVQEIDGKAGTWNVELAPKREISQEVKSLIQVLGKQNGNITQIPEYGDTCDRE 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 pF1KE3 GRFEKRQGNPSWKKQQKCDECGKIFSQSSALILHQRIHSGKKPYACDECAKAFSRSAILI ::.::.. . : .. :.:::: :.:.: :: ::: :.:.::: ::::..:::. . :. CCDS47 GRLEKQRVSSSVERPYICSECGKSFTQNSILIEHQRTHTGEKPYECDECGRAFSQRSGLF 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 pF1KE3 QHRRTHT-DSKYEHAIAEAQKNMYFKTRLKCPRSLSGGR ::.: :: ...:. .. CCDS47 QHQRLHTGEKRYQCSVCGKAFSQNAGLFHHLRIHTGEKPYQCNQCNKSFSRRSVLIKHQR 300 310 320 330 340 350 >>CCDS4649.1 ZSCAN31 gene_id:64288|Hs108|chr6 (406 aa) initn: 1531 init1: 479 opt: 820 Z-score: 454.9 bits: 92.8 E(32554): 5.1e-19 Smith-Waterman score: 820; 46.8% identity (75.0% similar) in 280 aa overlap (29-305:16-293) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 MSAKLGKSSSLLTQTSEECNGILTEKMEEEEQTCDPDSSLHWSSSYSPETFRQQFRQFGY ::. : .. :. .. . :. :: :::: : CCDS46 MASTEEQYDLKIVKVEEDPIWDQETHLRGNNFSGQEASRQLFRQFCY 10 20 30 40 70 80 90 100 110 120 pF1KE3 QDSPGPHEALSRLWELCHLWLRPEVHTKEQILELLVLEQFLAILPKELQAWVQKHHPENG :..:::.:::::: :::: :::::.::::::::::::::::.:::.::::::..::::.: CCDS46 QETPGPREALSRLRELCHQWLRPEIHTKEQILELLVLEQFLTILPEELQAWVREHHPESG 50 60 70 80 90 100 130 140 150 160 170 pF1KE3 EETVTMLEDVERELDGPKQIFFGRRK---DMIAEKLAPSEITEELPSSQLMPVKKQLQGA ::.:...::.:.::. : . ... ... : . .. .: . ::.:. ::. CCDS46 EEAVAVVEDLEQELSEPGNQAPDHEHGHSEVLLEDVEHLKVKQEPTDIQLQPMVTQLRYE 110 120 130 140 150 160 180 190 200 210 220 230 pF1KE3 SWELQSLRPHDEDIKTTNVKSASRQKTSLGIELHCNVSNILHMNGSQSSTYRGTYEQDGR :. :.... .: . : . ::.:. .: : . :. :. . : .: :: : ..:.. CCDS46 SFCLHQFQEQDGESIPENQELASKQEILKEME-HLGDSK-LQRDVSLDSKYRETCKRDSK 170 180 190 200 210 220 240 250 260 270 280 290 pF1KE3 FEKRQGNPSWKKQQKCDECGKIFSQSSALILHQRIHSGKKPYACDECAKAFSRSAILIQH ::.:.. . .....:.:::: :..::.:: :::::.:.::: :.::.::::: . : .: CCDS46 AEKQQAHSTGERRHRCNECGKSFTKSSVLIEHQRIHTGEKPYECEECGKAFSRRSSLNEH 230 240 250 260 270 280 300 310 320 330 pF1KE3 RRTHTDSKYEHAIAEAQKNMYFKTRLKCPRSLSGGR ::.:: : CCDS46 RRSHTGEKPYQCKECGKAFSASNGLTRHRRIHTGEKPYECKVCGKAFLLSSCLVQHQRIH 290 300 310 320 330 340 >>CCDS4646.1 ZSCAN9 gene_id:7746|Hs108|chr6 (394 aa) initn: 1062 init1: 479 opt: 809 Z-score: 449.3 bits: 91.7 E(32554): 1e-18 Smith-Waterman score: 809; 44.7% identity (71.4% similar) in 304 aa overlap (10-308:10-311) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 MSAKLGKSSSLLTQTSEECNGILTEKMEEEEQTCDPDSSLHWSSSYSPETFRQQFRQFGY :: .:. : . .:: :.: . . .: :. :. . : ::..:::. : CCDS46 MNTNSKEVLSLGVQVPEAWEELLTMKVEAKSHLQWQESRLKRSNPLAREIFRRHFRQLCY 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE3 QDSPGPHEALSRLWELCHLWLRPEVHTKEQILELLVLEQFLAILPKELQAWVQKHHPENG :..:::.:::.:: :::. ::::.: ::::::.::::::::.:::::::.::..: ::.: CCDS46 QETPGPREALTRLQELCYQWLRPHVSTKEQILDLLVLEQFLSILPKELQGWVREHCPESG 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KE3 EETVTMLEDVERELDGPKQ--IFFGRRKDMIAEKLAPSEITEELPSS-QLMPVKKQLQ-G ::.: .:::.::::: :.. . .:.... ....: ..:. : . : .: . :: CCDS46 EEAVILLEDLERELDEPQHEMVAHRHRQEVLCKEMVP--LAEQTPLTLQSQPKEPQLTCD 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KE3 ASWELQSLRPHDEDIKTTNVKSASRQKTSLGIELHCNVSNILHMNGSQSSTYRGTY-EQD .. . .:. :: :: . . . :. .: : .. : . ::.. .: :. CCDS46 SAQKCHSIGETDEVTKTEDRELVLRKDCPKIVEPHGKMFNEQTWEVSQQDPSHGEVGEHK 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 pF1KE3 GRFEKRQGNPSWKKQQKCDECGKIFSQSSALILHQRIHSGKKPYACDECAKAFSRSAILI :.:.. :: . :.::::::: :.:::.:: :::::.:..:: :.::.::::::. :. CCDS46 DRIERQWGNLLGEGQHKCDECGKSFTQSSGLIRHQRIHTGERPYECNECGKAFSRSSGLF 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 pF1KE3 QHRRTHTDSKYEHAIAEAQKNMYFKTRLKCPRSLSGGR .:: :. .: : CCDS46 NHRGIHNIQKRYHCKECGKVFSQSAGLIQHQRIHKGEKPYQCSQCSKSYSRRSFLIEHQR 300 310 320 330 340 350 >>CCDS4644.1 ZSCAN16 gene_id:80345|Hs108|chr6 (348 aa) initn: 1318 init1: 492 opt: 806 Z-score: 448.3 bits: 91.4 E(32554): 1.2e-18 Smith-Waterman score: 806; 46.4% identity (68.4% similar) in 291 aa overlap (17-305:8-290) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 MSAKLGKSSSLLTQTSEECNGILTEKMEEEEQTCDPDSSLHWSSSYSPETFRQQFRQFGY :. .:.: : :.. ::: . : . : .::.::.. : CCDS46 MTTALEPEDQKGLLIIKAEDHYW--GQDSSSQKCSPHRRELYRQHFRKLCY 10 20 30 40 70 80 90 100 110 120 pF1KE3 QDSPGPHEALSRLWELCHLWLRPEVHTKEQILELLVLEQFLAILPKELQAWVQKHHPENG ::.:::.:::..:::::. ::::: :::::::.::::::::.::::.:::::. ::::.: CCDS46 QDAPGPREALTQLWELCRQWLRPECHTKEQILDLLVLEQFLSILPKDLQAWVRAHHPETG 50 60 70 80 90 100 130 140 150 160 170 pF1KE3 EETVTMLEDVERELDGPKQIFFG--RRKDMIAEKLAPSEITEELPSSQLMPVKKQLQGAS ::.::.:::.::::: : . : .:.:.. .:::: : . :: : : ::. . CCDS46 EEAVTVLEDLERELDEPGKQVPGNSERRDILMDKLAPLGRPYESLTVQLHPKKTQLEQEA 110 120 130 140 150 160 180 190 200 210 220 230 pF1KE3 WELQSLRPHDEDIKTTNVKSASRQKTSLGIELHCNVSNILHMNGSQSSTYRGTYEQDGRF . : : :. .: : . ... :. .... :. . : . :..:: CCDS46 GKPQ--RNGDKT-RTKNEELFQKEDMPKDKEFLGEINDRLNKDTPQHPKSKDIIENEGRS 170 180 190 200 210 220 240 250 260 270 280 290 pF1KE3 EKRQGNPSWKKQQKCDECGKIFSQSSALILHQRIHSGKKPYACDECAKAFSRSAILIQHR : .: . ... ::::::: ::.:: : :.: :.:.::: ::::.::: . . :: :. 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