FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE3109, 278 aa 1>>>pF1KE3109 278 - 278 aa - 278 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.7209+/-0.000785; mu= 18.3076+/- 0.048 mean_var=72.9597+/-14.724, 0's: 0 Z-trim(109.3): 188 B-trim: 336 in 1/49 Lambda= 0.150153 statistics sampled from 10597 (10807) to 10597 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.716), E-opt: 0.2 (0.332), width: 16 Scan time: 2.480 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS11816.1 RAB40B gene_id:10966|Hs108|chr17 ( 278) 1869 413.8 6.8e-116 CCDS35353.1 RAB40AL gene_id:282808|Hs108|chrX ( 278) 1641 364.4 5e-101 CCDS35357.1 RAB40A gene_id:142684|Hs108|chrX ( 277) 1613 358.4 3.3e-99 CCDS10413.1 RAB40C gene_id:57799|Hs108|chr16 ( 281) 1571 349.3 1.8e-96 CCDS76691.1 RAB15 gene_id:376267|Hs108|chr14 ( 212) 511 119.5 2e-27 CCDS1058.1 RAB13 gene_id:5872|Hs108|chr1 ( 203) 509 119.1 2.6e-27 CCDS12339.1 RAB8A gene_id:4218|Hs108|chr19 ( 207) 503 117.8 6.6e-27 CCDS1720.1 RAB10 gene_id:10890|Hs108|chr2 ( 200) 497 116.5 1.6e-26 CCDS10183.1 RAB8B gene_id:51762|Hs108|chr15 ( 207) 493 115.6 2.9e-26 CCDS46306.1 RAB1A gene_id:5861|Hs108|chr2 ( 205) 482 113.2 1.5e-25 CCDS31613.1 RAB1B gene_id:81876|Hs108|chr11 ( 201) 471 110.8 7.9e-25 CCDS41846.1 RAB35 gene_id:11021|Hs108|chr12 ( 201) 455 107.4 8.7e-24 CCDS10212.1 RAB11A gene_id:8766|Hs108|chr15 ( 216) 451 106.5 1.7e-23 CCDS12201.1 RAB11B gene_id:9230|Hs108|chr19 ( 218) 450 106.3 1.9e-23 CCDS33850.1 RAB43 gene_id:339122|Hs108|chr3 ( 212) 442 104.6 6.4e-23 CCDS42410.1 RAB12 gene_id:201475|Hs108|chr18 ( 244) 428 101.6 5.7e-22 CCDS10460.1 RAB26 gene_id:25837|Hs108|chr16 ( 256) 418 99.5 2.7e-21 CCDS3976.1 RAB3C gene_id:115827|Hs108|chr5 ( 227) 416 99.0 3.3e-21 CCDS560.1 RAB3B gene_id:5865|Hs108|chr1 ( 219) 415 98.7 3.7e-21 CCDS12257.1 RAB3D gene_id:9545|Hs108|chr19 ( 219) 410 97.7 7.9e-21 CCDS32722.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 223) 409 97.4 9.3e-21 CCDS81812.1 RAB15 gene_id:376267|Hs108|chr14 ( 166) 400 95.4 2.9e-20 CCDS34762.2 RAB19 gene_id:401409|Hs108|chr7 ( 217) 399 95.3 4.1e-20 CCDS12372.1 RAB3A gene_id:5864|Hs108|chr19 ( 220) 399 95.3 4.2e-20 CCDS6175.1 RAB2A gene_id:5862|Hs108|chr8 ( 212) 397 94.8 5.5e-20 CCDS82198.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 196) 395 94.4 7e-20 CCDS54161.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 228) 395 94.4 7.8e-20 CCDS33030.1 RAB4B gene_id:53916|Hs108|chr19 ( 213) 392 93.7 1.2e-19 CCDS58373.1 RAB11A gene_id:8766|Hs108|chr15 ( 155) 389 93.0 1.5e-19 CCDS9570.1 RAB2B gene_id:84932|Hs108|chr14 ( 216) 389 93.1 1.8e-19 CCDS76806.1 RAB26 gene_id:25837|Hs108|chr16 ( 190) 387 92.6 2.3e-19 CCDS8264.1 RAB30 gene_id:27314|Hs108|chr11 ( 203) 387 92.6 2.4e-19 CCDS6827.1 RAB14 gene_id:51552|Hs108|chr9 ( 215) 385 92.2 3.3e-19 CCDS11703.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 216) 381 91.4 6.1e-19 CCDS31050.1 RAB4A gene_id:5867|Hs108|chr1 ( 218) 381 91.4 6.2e-19 CCDS41413.1 RAB25 gene_id:57111|Hs108|chr1 ( 213) 371 89.2 2.7e-18 CCDS75442.1 RAB44 gene_id:401258|Hs108|chr6 (1021) 376 90.9 3.9e-18 CCDS3082.1 RAB6B gene_id:51560|Hs108|chr3 ( 208) 367 88.3 4.9e-18 CCDS53836.1 RAB35 gene_id:11021|Hs108|chr12 ( 152) 365 87.8 5.3e-18 CCDS7155.1 RAB18 gene_id:22931|Hs108|chr10 ( 206) 362 87.2 1e-17 CCDS8223.1 RAB6A gene_id:5870|Hs108|chr11 ( 208) 360 86.8 1.4e-17 CCDS8338.1 RAB39A gene_id:54734|Hs108|chr11 ( 217) 359 86.6 1.7e-17 CCDS8224.1 RAB6A gene_id:5870|Hs108|chr11 ( 208) 357 86.2 2.2e-17 CCDS3747.1 RAB33B gene_id:83452|Hs108|chr4 ( 229) 357 86.2 2.3e-17 CCDS14766.1 RAB39B gene_id:116442|Hs108|chrX ( 213) 350 84.6 6.4e-17 CCDS56275.1 RAB43 gene_id:339122|Hs108|chr3 ( 155) 348 84.1 6.9e-17 CCDS44803.1 CRACR2A gene_id:84766|Hs108|chr12 ( 731) 352 85.6 1.1e-16 CCDS8900.1 RAB5B gene_id:5869|Hs108|chr12 ( 215) 345 83.6 1.4e-16 CCDS2633.1 RAB5A gene_id:5868|Hs108|chr3 ( 215) 340 82.5 2.9e-16 CCDS11419.1 RAB5C gene_id:5878|Hs108|chr17 ( 216) 340 82.5 2.9e-16 >>CCDS11816.1 RAB40B gene_id:10966|Hs108|chr17 (278 aa) initn: 1869 init1: 1869 opt: 1869 Z-score: 2194.2 bits: 413.8 E(32554): 6.8e-116 Smith-Waterman score: 1869; 100.0% identity (100.0% similar) in 278 aa overlap (1-278:1-278) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 MSALGSPVRAYDFLLKFLLVGDSDVGKGEILASLQDGAAESPYGHPAGIDYKTTTILLDG :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS11 MSALGSPVRAYDFLLKFLLVGDSDVGKGEILASLQDGAAESPYGHPAGIDYKTTTILLDG 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE3 RRVKLQLWDTSGQGRFCTIFRSYSRGAQGVILVYDIANRWSFDGIDRWIKEIDEHAPGVP :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS11 RRVKLQLWDTSGQGRFCTIFRSYSRGAQGVILVYDIANRWSFDGIDRWIKEIDEHAPGVP 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KE3 KILVGNRLHLAFKRQVPTEQAQAYAERLGVTFFEVSPLCNFNITESFTELARIVLLRHGM :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS11 KILVGNRLHLAFKRQVPTEQAQAYAERLGVTFFEVSPLCNFNITESFTELARIVLLRHGM 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KE3 DRLWRPSKVLSLQDLCCRAVVSCTPVHLVDKLPLPIALRSHLKSFSMANGLNARMMHGGS :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS11 DRLWRPSKVLSLQDLCCRAVVSCTPVHLVDKLPLPIALRSHLKSFSMANGLNARMMHGGS 190 200 210 220 230 240 250 260 270 pF1KE3 YSLTTSSTHKRSSLRKVKLVRPPQSPPKNCTRNSCKIS :::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS11 YSLTTSSTHKRSSLRKVKLVRPPQSPPKNCTRNSCKIS 250 260 270 >>CCDS35353.1 RAB40AL gene_id:282808|Hs108|chrX (278 aa) initn: 1641 init1: 1641 opt: 1641 Z-score: 1927.2 bits: 364.4 E(32554): 5e-101 Smith-Waterman score: 1641; 88.8% identity (95.3% similar) in 278 aa overlap (1-278:1-278) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 MSALGSPVRAYDFLLKFLLVGDSDVGKGEILASLQDGAAESPYGHPAGIDYKTTTILLDG ::: ::: .::::::::::::: ::::.::: :::::.:::::.: .::::::::::::: CCDS35 MSAPGSPDQAYDFLLKFLLVGDRDVGKSEILESLQDGTAESPYSHLGGIDYKTTTILLDG 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE3 RRVKLQLWDTSGQGRFCTIFRSYSRGAQGVILVYDIANRWSFDGIDRWIKEIDEHAPGVP .::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:.:::::.:.::::::: CCDS35 QRVKLKLWDTSGQGRFCTIFRSYSRGAQGVILVYDIANRWSFEGMDRWIKKIEEHAPGVP 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KE3 KILVGNRLHLAFKRQVPTEQAQAYAERLGVTFFEVSPLCNFNITESFTELARIVLLRHGM ::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::: :::::::::::::: . CCDS35 KILVGNRLHLAFKRQVPREQAQAYAERLGVTFFEVSPLCNFNIIESFTELARIVLLRHRL 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KE3 DRLWRPSKVLSLQDLCCRAVVSCTPVHLVDKLPLPIALRSHLKSFSMANGLNARMMHGGS . : ::::::::::::::..::::::::::::::::::::::::::::.:::::::.: : CCDS35 NWLGRPSKVLSLQDLCCRTIVSCTPVHLVDKLPLPIALRSHLKSFSMAKGLNARMMRGLS 190 200 210 220 230 240 250 260 270 pF1KE3 YSLTTSSTHKRSSLRKVKLVRPPQSPPKNCTRNSCKIS :::::::::::::: :::.: ::::::::::::::::: CCDS35 YSLTTSSTHKRSSLCKVKIVCPPQSPPKNCTRNSCKIS 250 260 270 >>CCDS35357.1 RAB40A gene_id:142684|Hs108|chrX (277 aa) initn: 1472 init1: 1472 opt: 1613 Z-score: 1894.5 bits: 358.4 E(32554): 3.3e-99 Smith-Waterman score: 1613; 88.1% identity (94.6% similar) in 278 aa overlap (1-278:1-277) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 MSALGSPVRAYDFLLKFLLVGDSDVGKGEILASLQDGAAESPYGHPAGIDYKTTTILLDG ::: ::: .::::::::::::: ::::.::: :::::::::::.: .::::::::::::: CCDS35 MSAPGSPDQAYDFLLKFLLVGDRDVGKSEILESLQDGAAESPYSHLGGIDYKTTTILLDG 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE3 RRVKLQLWDTSGQGRFCTIFRSYSRGAQGVILVYDIANRWSFDGIDRWIKEIDEHAPGVP .::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:.:::::.:.::::::: CCDS35 QRVKLKLWDTSGQGRFCTIFRSYSRGAQGVILVYDIANRWSFEGMDRWIKKIEEHAPGVP 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KE3 KILVGNRLHLAFKRQVPTEQAQAYAERLGVTFFEVSPLCNFNITESFTELARIVLLRHGM ::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::: :::::::::::::: : CCDS35 KILVGNRLHLAFKRQVPREQAQAYAERLGVTFFEVSPLCNFNIIESFTELARIVLLRHRM 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KE3 DRLWRPSKVLSLQDLCCRAVVSCTPVHLVDKLPLPIALRSHLKSFSMANGLNARMMHGGS . : ::::::::::::::..::::::::::::::: .:::::::::::.:::::::.: : CCDS35 NWLGRPSKVLSLQDLCCRTIVSCTPVHLVDKLPLPSTLRSHLKSFSMAKGLNARMMRGLS 190 200 210 220 230 240 250 260 270 pF1KE3 YSLTTSSTHKRSSLRKVKLVRPPQSPPKNCTRNSCKIS :::::::::: ::: ::..: ::::::::::::::::: CCDS35 YSLTTSSTHK-SSLCKVEIVCPPQSPPKNCTRNSCKIS 250 260 270 >>CCDS10413.1 RAB40C gene_id:57799|Hs108|chr16 (281 aa) initn: 1570 init1: 1438 opt: 1571 Z-score: 1845.2 bits: 349.3 E(32554): 1.8e-96 Smith-Waterman score: 1571; 78.6% identity (94.0% similar) in 281 aa overlap (1-278:1-281) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 MSALGSPVRAYDFLLKFLLVGDSDVGKGEILASLQDGAAESPYGHPAGIDYKTTTILLDG :.. ::::..::.:::::::::::::::::: :::::::::::.. ::::::::::::: CCDS10 MGSQGSPVKSYDYLLKFLLVGDSDVGKGEILESLQDGAAESPYAYSNGIDYKTTTILLDG 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE3 RRVKLQLWDTSGQGRFCTIFRSYSRGAQGVILVYDIANRWSFDGIDRWIKEIDEHAPGVP :::::.:::::::::::::::::::::::..:::::.::::::::::::::::::::::: CCDS10 RRVKLELWDTSGQGRFCTIFRSYSRGAQGILLVYDITNRWSFDGIDRWIKEIDEHAPGVP 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KE3 KILVGNRLHLAFKRQVPTEQAQAYAERLGVTFFEVSPLCNFNITESFTELARIVLLRHGM .::::::::::::::::::::.::::. .::::::::::::. ::::::.::::.:::: CCDS10 RILVGNRLHLAFKRQVPTEQARAYAEKNCMTFFEVSPLCNFNVIESFTELSRIVLMRHGM 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KE3 DRLWRPSKVLSLQDLCCRAVVSCTPVHLVDKLPLPIALRSHLKSFSMANGLNARMMHGGS ...:::..:.:::::::::.::::::::.::::::....:::::::::::.:: :::: : CCDS10 EKIWRPNRVFSLQDLCCRAIVSCTPVHLIDKLPLPVTIKSHLKSFSMANGMNAVMMHGRS 190 200 210 220 230 240 250 260 270 pF1KE3 YSLTTSST---HKRSSLRKVKLVRPPQSPPKNCTRNSCKIS :::.... : .::.. : .:::::::.::.:..:::: CCDS10 YSLASGAGGGGSKGNSLKRSKSIRPPQSPPQNCSRSNCKIS 250 260 270 280 >>CCDS76691.1 RAB15 gene_id:376267|Hs108|chr14 (212 aa) initn: 507 init1: 344 opt: 511 Z-score: 605.8 bits: 119.5 E(32554): 2e-27 Smith-Waterman score: 511; 44.0% identity (71.0% similar) in 193 aa overlap (9-195:3-193) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 MSALGSPVRAYDFLLKFLLVGDSDVGKGEILASLQDGAAESPYGHPAGIDYKTTTILLDG . :: :...::.::: ::: .: . :. .: . :.:.: :: .:: CCDS76 MAKQYDVLFRLLLIGDSGVGKTCLLCRFTDNEFHSSHISTIGVDFKMKTIEVDG 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 pF1KE3 RRVKLQLWDTSGQGRFCTIFRSYSRGAQGVILVYDIANRWSFDGIDRWIKEIDEHAP-GV .:..:.:::.:: :. :: ..: : :::..:::::... :.. : .:....::.:: :: CCDS76 IKVRIQIWDTAGQERYQTITKQYYRRAQGIFLVYDISSERSYQHIMKWVSDVDEYAPEGV 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KE3 PKILVGNRLHLAFKRQVPTEQAQAYAERLGVTFFEVSPLCNFNITESFTELARIVLLRH- :::.::. :::: ::.: :.. :. :.:.: :.:: ::::.:...:: : CCDS76 QKILIGNKADEEQKRQVGREQGQQLAKEYGMDFYETSACTNLNIKESFTRLTELVLQAHR 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KE3 ----GMDRLWRPSKVLSLQDLCCRAVVSCTPVHLVDKLPLPIALRSHLKSFSMANGLNAR :. :. : :. :.: .: CCDS76 KELEGL-RM-RASNELALAELEEEEGKPEGPANSSKTCWC 180 190 200 210 >>CCDS1058.1 RAB13 gene_id:5872|Hs108|chr1 (203 aa) initn: 506 init1: 350 opt: 509 Z-score: 603.7 bits: 119.1 E(32554): 2.6e-27 Smith-Waterman score: 509; 44.6% identity (72.0% similar) in 175 aa overlap (9-182:3-177) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 MSALGSPVRAYDFLLKFLLVGDSDVGKGEILASLQDGAAESPYGHPAGIDYKTTTILLDG .::: :.:.::.::: ::: .. . . .. : :::.: :. ..: CCDS10 MAKAYDHLFKLLLIGDSGVGKTCLIIRFAEDNFNNTYISTIGIDFKIRTVDIEG 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 pF1KE3 RRVKLQLWDTSGQGRFCTIFRSYSRGAQGVILVYDIANRWSFDGIDRWIKEIDEHAP-GV ...:::.:::.:: :: :: .: :::.:.::::::... ::..:. :.: : :.: :: CCDS10 KKIKLQVWDTAGQERFKTITTAYYRGAMGIILVYDITDEKSFENIQNWMKSIKENASAGV 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KE3 PKILVGNRLHLAFKRQVPTEQAQAYAERLGVTFFEVSPLCNFNITESFTELARIVLLRHG ..:.::. . ::.: :::. :.. :. :::.: ..:. :.:. ::: .::. : CCDS10 ERLLLGNKCDMEAKRKVQKEQADKLAREHGIRFFETSAKSSMNVDEAFSSLARDILLKSG 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KE3 MDRLWRPSKVLSLQDLCCRAVVSCTPVHLVDKLPLPIALRSHLKSFSMANGLNARMMHGG : CCDS10 GRRSGNGNKPPSTDLKTCDKKNTNKCSLG 180 190 200 >>CCDS12339.1 RAB8A gene_id:4218|Hs108|chr19 (207 aa) initn: 499 init1: 394 opt: 503 Z-score: 596.6 bits: 117.8 E(32554): 6.6e-27 Smith-Waterman score: 503; 45.7% identity (72.0% similar) in 175 aa overlap (9-182:3-175) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 MSALGSPVRAYDFLLKFLLVGDSDVGKGEILASLQDGAAESPYGHPAGIDYKTTTILLDG ..::.:.:.::.::: ::: .: ... : .: . :::.: :: ::: CCDS12 MAKTYDYLFKLLLIGDSGVGKTCVLFRFSEDAFNSTFISTIGIDFKIRTIELDG 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 pF1KE3 RRVKLQLWDTSGQGRFCTIFRSYSRGAQGVILVYDIANRWSFDGIDRWIKEIDEHAPG-V .:.:::.:::.:: :: :: .: :::.:..:::::.:. :::.: ::..:.::: . : CCDS12 KRIKLQIWDTAGQERFRTITTAYYRGAMGIMLVYDITNEKSFDNIRNWIRNIEEHASADV 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KE3 PKILVGNRLHLAFKRQVPTEQAQAYAERLGVTFFEVSPLCNFNITESFTELARIVLLRHG :...::. . :::: :... : :. :.:.: :.:. ..: ::: . . CCDS12 EKMILGNKCDVNDKRQVSKERGEKLALDYGIKFMETSAKANINVENAFFTLARDI--KAK 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KE3 MDRLWRPSKVLSLQDLCCRAVVSCTPVHLVDKLPLPIALRSHLKSFSMANGLNARMMHGG ::. CCDS12 MDKKLEGNSPQGSNQGVKITPDQQKRSSFFRCVLL 180 190 200 >>CCDS1720.1 RAB10 gene_id:10890|Hs108|chr2 (200 aa) initn: 482 init1: 386 opt: 497 Z-score: 589.7 bits: 116.5 E(32554): 1.6e-26 Smith-Waterman score: 497; 45.2% identity (73.8% similar) in 168 aa overlap (9-175:4-171) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 MSALGSPVRAYDFLLKFLLVGDSDVGKGEILASLQDGAAESPYGHPAGIDYKTTTILLDG ..::.:.:.::.::: ::: .: ..: : .. . :::.: :. :.: CCDS17 MAKKTYDLLFKLLLIGDSGVGKTCVLFRFSDDAFNTTFISTIGIDFKIKTVELQG 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 pF1KE3 RRVKLQLWDTSGQGRFCTIFRSYSRGAQGVILVYDIANRWSFDGIDRWIKEIDEHA-PGV ...:::.:::.:: :: :: :: :::.:..:::::.: ::..:..:...::::: : CCDS17 KKIKLQIWDTAGQERFHTITTSYYRGAMGIMLVYDITNGKSFENISKWLRNIDEHANEDV 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KE3 PKILVGNRLHLAFKRQVPTEQAQAYAERLGVTFFEVSPLCNFNITESFTELARIVLLRHG ..:.::. . :: :: ... :.. :. :::.: :.:: ..: ::. .: CCDS17 ERMLLGNKCDMDDKRVVPKGKGEQIAREHGIRFFETSAKANINIEKAFLTLAEDILRKTP 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KE3 MDRLWRPSKVLSLQDLCCRAVVSCTPVHLVDKLPLPIALRSHLKSFSMANGLNARMMHGG CCDS17 VKEPNSENVDISSGGGVTGWKSKCC 180 190 200 >>CCDS10183.1 RAB8B gene_id:51762|Hs108|chr15 (207 aa) initn: 480 init1: 386 opt: 493 Z-score: 584.9 bits: 115.6 E(32554): 2.9e-26 Smith-Waterman score: 493; 44.1% identity (72.4% similar) in 170 aa overlap (9-177:3-172) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 MSALGSPVRAYDFLLKFLLVGDSDVGKGEILASLQDGAAESPYGHPAGIDYKTTTILLDG ..::.:.:.::.::: ::: .: ... : .. . :::.: :: ::: CCDS10 MAKTYDYLFKLLLIGDSGVGKTCLLFRFSEDAFNTTFISTIGIDFKIRTIELDG 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 pF1KE3 RRVKLQLWDTSGQGRFCTIFRSYSRGAQGVILVYDIANRWSFDGIDRWIKEIDEHAPG-V ...:::.:::.:: :: :: .: :::.:..:::::.:. :::.: ::..:.::: . : CCDS10 KKIKLQIWDTAGQERFRTITTAYYRGAMGIMLVYDITNEKSFDNIKNWIRNIEEHASSDV 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KE3 PKILVGNRLHLAFKRQVPTEQAQAYAERLGVTFFEVSPLCNFNITESFTELARIVLLRHG ....::. . :::: :... : :. :.:.: . :. :.: ::: .. . CCDS10 ERMILGNKCDMNDKRQVSKERGEKLAIDYGIKFLETSAKSSANVEEAFFTLARDIMTKLN 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KE3 MDRLWRPSKVLSLQDLCCRAVVSCTPVHLVDKLPLPIALRSHLKSFSMANGLNARMMHGG CCDS10 RKMNDSNSAGAGGPVKITENRSKKTSFFRCSLL 180 190 200 >>CCDS46306.1 RAB1A gene_id:5861|Hs108|chr2 (205 aa) initn: 499 init1: 370 opt: 482 Z-score: 572.0 bits: 113.2 E(32554): 1.5e-25 Smith-Waterman score: 482; 43.5% identity (69.4% similar) in 170 aa overlap (11-179:8-177) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 MSALGSPVRAYDFLLKFLLVGDSDVGKGEILASLQDGAAESPYGHPAGIDYKTTTILLDG ::.:.:.::.::: :::. .: . : . : :.:.: :: ::: CCDS46 MSSMNPEYDYLFKLLLIGDSGVGKSCLLLRFADDTYTESYISTIGVDFKIRTIELDG 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 pF1KE3 RRVKLQLWDTSGQGRFCTIFRSYSRGAQGVILVYDIANRWSFDGIDRWIKEIDEHAP-GV . .:::.:::.:: :: :: :: :::.:.:.:::.... ::... .:..:::..: .: CCDS46 KTIKLQIWDTAGQERFRTITSSYYRGAHGIIVVYDVTDQESFNNVKQWLQEIDRYASENV 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KE3 PKILVGNRLHLAFKRQVPTEQAQAYAERLGVTFFEVSPLCNFNITESFTELARIVLLRHG :.::::. :. :. : :. .:. ::. :.:.: :. .:: .: . : : CCDS46 NKLLVGNKCDLTTKKVVDYTTAKEFADSLGIPFLETSAKNATNVEQSFMTMAAEIKKRMG 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KE3 MDRLWRPSKVLSLQDLCCRAVVSCTPVHLVDKLPLPIALRSHLKSFSMANGLNARMMHGG CCDS46 PGATAGGAEKSNVKIQSTPVKQSGGGCC 180 190 200 278 residues in 1 query sequences 18511270 residues in 32554 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Sun Nov 6 13:44:46 2016 done: Sun Nov 6 13:44:47 2016 Total Scan time: 2.480 Total Display time: 0.000 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]