FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE4221, 767 aa 1>>>pF1KE4221 767 - 767 aa - 767 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.7413+/-0.00093; mu= 8.9598+/- 0.056 mean_var=139.9897+/-27.697, 0's: 0 Z-trim(110.7): 69 B-trim: 0 in 0/51 Lambda= 0.108399 statistics sampled from 11754 (11823) to 11754 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.722), E-opt: 0.2 (0.363), width: 16 Scan time: 4.500 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS11766.1 TBC1D16 gene_id:125058|Hs108|chr17 ( 767) 5254 833.7 0 CCDS62351.1 TBC1D16 gene_id:125058|Hs108|chr17 ( 405) 2796 449.1 6.4e-126 CCDS62353.1 TBC1D16 gene_id:125058|Hs108|chr17 ( 392) 2331 376.4 4.8e-104 CCDS62352.1 TBC1D16 gene_id:125058|Hs108|chr17 ( 278) 1863 303.1 3.9e-82 CCDS53814.1 TBC1D15 gene_id:64786|Hs108|chr12 ( 674) 690 119.9 1.4e-26 CCDS55849.1 TBC1D15 gene_id:64786|Hs108|chr12 ( 682) 690 119.9 1.4e-26 CCDS31858.1 TBC1D15 gene_id:64786|Hs108|chr12 ( 691) 690 119.9 1.4e-26 CCDS54294.1 TBC1D17 gene_id:79735|Hs108|chr19 ( 615) 689 119.7 1.4e-26 CCDS12785.1 TBC1D17 gene_id:79735|Hs108|chr19 ( 648) 689 119.7 1.5e-26 CCDS35242.1 TBC1D25 gene_id:4943|Hs108|chrX ( 688) 521 93.5 1.3e-18 CCDS46674.1 SGSM1 gene_id:129049|Hs108|chr22 (1148) 428 79.0 4.6e-14 CCDS45570.1 SGSM2 gene_id:9905|Hs108|chr17 (1006) 402 74.9 6.9e-13 CCDS32526.1 SGSM2 gene_id:9905|Hs108|chr17 (1051) 402 75.0 7.2e-13 >>CCDS11766.1 TBC1D16 gene_id:125058|Hs108|chr17 (767 aa) initn: 5254 init1: 5254 opt: 5254 Z-score: 4447.5 bits: 833.7 E(32554): 0 Smith-Waterman score: 5254; 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CCDS55 QEEPGFEVITRIDLGERPVVQRREPVSLEEWTKNIDSEGRILNVDNMKQMIFRGGLSHAL 290 300 310 320 330 340 440 450 460 470 480 pF1KE4 RGEVWPFLLRYYSHESTSEEREALRLQKRKEY--SEIQQKRLSMTPEEHRAFWRNVQFTV : ..: ::: :. .::.::: :. :: :: ..: : .:. :.. . :. . . 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CCDS31 QEEPGFEVITRIDLGERPVVQRREPVSLEEWTKNIDSEGRILNVDNMKQMIFRGGLSHAL 300 310 320 330 340 350 440 450 460 470 480 pF1KE4 RGEVWPFLLRYYSHESTSEEREALRLQKRKEY--SEIQQKRLSMTPEEHRAFWRNVQFTV : ..: ::: :. .::.::: :. :: :: ..: : .:. :.. . :. . . CCDS31 RKQAWKFLLGYFPWDSTKEERTQLQKQKTDEYFRMKLQWKSISQEQEKRNSRLRDYRSLI 360 370 380 390 400 410 490 500 510 520 530 540 pF1KE4 DKDVVRTDRNNQFFRGEDNPNVESMRRILLNYAVYNPAVGYSQGMSDLVAPILAEVLDES .::: ::::.:.:..:.:::.. .. ::..: .:. .:: ::::::..:.: . .: CCDS31 EKDVNRTDRTNKFYEGQDNPGLILLHDILMTYCMYDFDLGYVQGMSDLLSPLLYVMENEV 420 430 440 450 460 470 550 560 570 580 590 600 pF1KE4 DTFWCFVGLMQNTIFVSSPRDEDMEKQLLYLRELLRLTHVRFYQHLVSLGEDGLQMLFCH :.::::.. :.. . . :. ::. : :::: : ..: : .:. . :: CCDS31 DAFWCFASYMDQMHQNFEEQMQGMKTQLIQLSTLLRLLDSGFCSYLES--QDSGYLYFCF 480 490 500 510 520 610 620 630 640 650 660 pF1KE4 RWLLLCFKREFPEAEALRIWEACWAHYQTDYFHLFICVAIVAIYGDDVIEQQLATDQMLL ::::. ::::: . ::.::. :.. :::..: ::. ....:.. . ...: CCDS31 RWLLIRFKREFSFLDILRLWEVMWTELPCTNFHLLLCCAILESEKQQIMEKHYGFNEILK 530 540 550 560 570 580 670 680 690 700 710 720 pF1KE4 HFGNLAMHMNGELVLRKARSLLYQFRLLPRIPCSLHDLCKLCGSGMWDSGSMPAVECTGH :...:.:... : .: ::... :. ..: .. .. : :: CCDS31 HINELSMKIDVEDILCKAEAISLQMVKCKELPQAVCEILGLQGSEVTTPDSDVGEDENVV 590 600 610 620 630 640 730 740 750 760 pF1KE4 HPGSESCPYGGTVEMPSPKSLREGKKGPKTPQDGFGFRR CCDS31 MTPCPTSAFQSNALPTLSASGARNDSPTQIPVSSDVCRLTPA 650 660 670 680 690 >>CCDS54294.1 TBC1D17 gene_id:79735|Hs108|chr19 (615 aa) initn: 531 init1: 284 opt: 689 Z-score: 590.6 bits: 119.7 E(32554): 1.4e-26 Smith-Waterman score: 692; 31.7% identity (61.6% similar) in 391 aa overlap (370-758:232-600) 340 350 360 370 380 390 pF1KE4 GGLDKLSDVFQQWKYCTEMQLKDQQVAPDKTCMQFSIRRPKLPSSETHPEESMYKRLGVS .:.... : :. : : . . 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CCDS12 SSLEILPEEEDEGADS 640 >>CCDS35242.1 TBC1D25 gene_id:4943|Hs108|chrX (688 aa) initn: 551 init1: 236 opt: 521 Z-score: 447.9 bits: 93.5 E(32554): 1.3e-18 Smith-Waterman score: 521; 38.6% identity (63.1% similar) in 236 aa overlap (404-638:207-437) 380 390 400 410 420 430 pF1KE4 FSIRRPKLPSSETHPEESMYKRLGVSAWLNHLNELGQVEEEYKLRKAIFFGGIDVSIRGE .::. ::. . .:: :. ::.. :.: CCDS35 LSKVQQVLSWSYGEDVKPFKPPLSDAEFHTYLNHEGQLSRPEELRLRIYHGGVEPSLRKV 180 190 200 210 220 230 440 450 460 470 480 490 pF1KE4 VWPFLLRYYSHESTSEEREALRLQKRKEYSEIQQKRLSMTPEEHRAFWRNVQFTVDKDVV :: .:: : :..:: .: .:: ..... . . : : :. :: :::. 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