Result of FASTA (omim) for
pFN21AB3462
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB3462, 2033 aa
1>>>pF1KB3462 2033 - 2033 aa - 2033 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 13.5598+/-0.000632; mu= -14.4932+/- 0.039
mean_var=610.8783+/-125.395, 0's: 0 Z-trim(117.4): 417 B-trim: 0 in 0/59
Lambda= 0.051892
statistics sampled from 29024 (29459) to 29024 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.66), E-opt: 0.2 (0.345), width: 16
Scan time: 23.290
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_001979 (OMIM: 601590) envoplakin isoform 2 [Hom (2033) 13068 996.0 0
NP_001307676 (OMIM: 601590) envoplakin isoform 1 [ (2055) 9652 740.3 5e-212
XP_016878864 (OMIM: 602871) PREDICTED: periplakin (1772) 2820 228.8 4.2e-58
XP_016878863 (OMIM: 602871) PREDICTED: periplakin (1785) 2803 227.5 1e-57
XP_006720965 (OMIM: 602871) PREDICTED: periplakin (1769) 2214 183.4 1.9e-44
NP_002696 (OMIM: 602871) periplakin [Homo sapiens] (1756) 2212 183.2 2.1e-44
XP_011515434 (OMIM: 131950,226670,226730,601282,61 (3429) 881 83.9 3.3e-14
NP_958783 (OMIM: 131950,226670,226730,601282,61213 (4515) 881 84.0 4.1e-14
XP_005251041 (OMIM: 131950,226670,226730,601282,61 (4520) 881 84.0 4.1e-14
XP_011515433 (OMIM: 131950,226670,226730,601282,61 (4524) 881 84.0 4.1e-14
XP_005251040 (OMIM: 131950,226670,226730,601282,61 (4524) 881 84.0 4.1e-14
NP_958781 (OMIM: 131950,226670,226730,601282,61213 (4525) 881 84.0 4.1e-14
XP_006716652 (OMIM: 131950,226670,226730,601282,61 (4529) 881 84.0 4.1e-14
XP_006716653 (OMIM: 131950,226670,226730,601282,61 (4529) 881 84.0 4.1e-14
XP_005251039 (OMIM: 131950,226670,226730,601282,61 (4530) 881 84.0 4.1e-14
NP_958780 (OMIM: 131950,226670,226730,601282,61213 (4533) 881 84.0 4.1e-14
XP_005251038 (OMIM: 131950,226670,226730,601282,61 (4538) 881 84.0 4.1e-14
NP_958786 (OMIM: 131950,226670,226730,601282,61213 (4547) 881 84.0 4.1e-14
NP_958784 (OMIM: 131950,226670,226730,601282,61213 (4547) 881 84.0 4.1e-14
NP_958785 (OMIM: 131950,226670,226730,601282,61213 (4551) 881 84.0 4.1e-14
XP_011515432 (OMIM: 131950,226670,226730,601282,61 (4552) 881 84.0 4.1e-14
XP_005251036 (OMIM: 131950,226670,226730,601282,61 (4552) 881 84.0 4.1e-14
XP_005251037 (OMIM: 131950,226670,226730,601282,61 (4552) 881 84.0 4.1e-14
XP_005251035 (OMIM: 131950,226670,226730,601282,61 (4556) 881 84.0 4.1e-14
NP_000436 (OMIM: 131950,226670,226730,601282,61213 (4574) 881 84.0 4.1e-14
XP_006716651 (OMIM: 131950,226670,226730,601282,61 (4579) 881 84.0 4.1e-14
NP_958782 (OMIM: 131950,226670,226730,601282,61213 (4684) 881 84.0 4.2e-14
XP_005251033 (OMIM: 131950,226670,226730,601282,61 (4689) 881 84.0 4.2e-14
NP_001305963 (OMIM: 125647,605676,607450,607655,60 (2428) 624 64.5 1.6e-08
NP_001008844 (OMIM: 125647,605676,607450,607655,60 (2272) 567 60.2 3e-07
NP_004406 (OMIM: 125647,605676,607450,607655,60963 (2871) 569 60.4 3.2e-07
NP_009044 (OMIM: 190370) trichohyalin [Homo sapien (1943) 511 55.9 4.9e-06
NP_036222 (OMIM: 608271) microtubule-actin cross-l (5430) 515 56.7 8.2e-06
XP_016856370 (OMIM: 608271) PREDICTED: microtubule (5496) 515 56.7 8.3e-06
XP_016856371 (OMIM: 608271) PREDICTED: microtubule (5569) 515 56.7 8.3e-06
XP_016856369 (OMIM: 608271) PREDICTED: microtubule (5635) 515 56.7 8.4e-06
XP_006710599 (OMIM: 608271) PREDICTED: microtubule (5656) 515 56.7 8.4e-06
NP_001714 (OMIM: 113810,614653,615425) dystonin is (2649) 456 51.9 0.00011
XP_016866714 (OMIM: 113810,614653,615425) PREDICTE (3195) 456 52.0 0.00012
NP_001305148 (OMIM: 609689) centrosome-associated (1810) 441 50.7 0.00018
XP_016883108 (OMIM: 609689) PREDICTED: centrosome- (1976) 441 50.7 0.00019
XP_011520804 (OMIM: 132900,160745) PREDICTED: myos (1929) 426 49.6 0.0004
NP_074035 (OMIM: 132900,160745) myosin-11 isoform (1938) 426 49.6 0.0004
XP_016878739 (OMIM: 132900,160745) PREDICTED: myos (1945) 426 49.6 0.0004
NP_001035202 (OMIM: 132900,160745) myosin-11 isofo (1945) 426 49.6 0.0004
NP_002465 (OMIM: 132900,160745) myosin-11 isoform (1972) 426 49.6 0.00041
NP_001035203 (OMIM: 132900,160745) myosin-11 isofo (1979) 426 49.6 0.00041
NP_003793 (OMIM: 603487) myosin-13 [Homo sapiens] (1938) 414 48.7 0.00075
XP_011539444 (OMIM: 608271) PREDICTED: microtubule (5906) 429 50.3 0.00075
XP_016869381 (OMIM: 607553) PREDICTED: epiplakin i (4054) 419 49.4 0.00097
>>NP_001979 (OMIM: 601590) envoplakin isoform 2 [Homo sa (2033 aa)
initn: 13068 init1: 13068 opt: 13068 Z-score: 5309.6 bits: 996.0 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 13068; 100.0% identity (100.0% similar) in 2033 aa overlap (1-2033:1-2033)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MFKGLSKGSQGKGSPKGSPAKGSPKGSPSRHSRAATQELALLISRMQANADQVERDILET
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MFKGLSKGSQGKGSPKGSPAKGSPKGSPSRHSRAATQELALLISRMQANADQVERDILET
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 QKRLQQDRLNSEQSQALQHQQETGRSLKEAEVLLKDLFLDVDKARRLKHPQAEEIEKDIK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 QKRLQQDRLNSEQSQALQHQQETGRSLKEAEVLLKDLFLDVDKARRLKHPQAEEIEKDIK
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 QLHERVTQECAEYRALYEKMVLPPDVGPRVDWARVLEQKQKQVCAGQYGPGMAELEQQIA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 QLHERVTQECAEYRALYEKMVLPPDVGPRVDWARVLEQKQKQVCAGQYGPGMAELEQQIA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 EHNILQKEIDAYGQQLRSLVGPDAATIRSQYRDLLKAASWRGQSLGSLYTHLQGCTRQLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 EHNILQKEIDAYGQQLRSLVGPDAATIRSQYRDLLKAASWRGQSLGSLYTHLQGCTRQLS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 ALAEQQRRILQQDWSDLMADPAGVRREYEHFKQHELLSQEQSVNQLEDDGERMVELRHPA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ALAEQQRRILQQDWSDLMADPAGVRREYEHFKQHELLSQEQSVNQLEDDGERMVELRHPA
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 VGPIQAHQEALKMEWQNFLNLCICQETQLQHVEDYRRFQEEADSVSQTLAKLNSNLDAKY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VGPIQAHQEALKMEWQNFLNLCICQETQLQHVEDYRRFQEEADSVSQTLAKLNSNLDAKY
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 SPAPGGPPGAPTELLQQLEAEEKRLAVTERATGDLQRRSRDVAPLPQRRNPPQQPLHVDS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SPAPGGPPGAPTELLQQLEAEEKRLAVTERATGDLQRRSRDVAPLPQRRNPPQQPLHVDS
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430 440 450 460 470 480
pF1KB3 ICDWDSGEVQLLQGERYKLVDNTDPHAWVVQGPGGETKRAPAACFCIPAPDPDAVARASR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ICDWDSGEVQLLQGERYKLVDNTDPHAWVVQGPGGETKRAPAACFCIPAPDPDAVARASR
430 440 450 460 470 480
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pF1KB3 LASELQALKQKLATVQSRLKASAVESLRPSQQAPSGSDLANPQAQKLLTQMTRLDGDLGQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LASELQALKQKLATVQSRLKASAVESLRPSQQAPSGSDLANPQAQKLLTQMTRLDGDLGQ
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pF1KB3 IERQVLAWARAPLSRPTPLEDLEGRIHSHEGTAQRLQSLGTEKETAQKECEAFLSTRPVG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 IERQVLAWARAPLSRPTPLEDLEGRIHSHEGTAQRLQSLGTEKETAQKECEAFLSTRPVG
550 560 570 580 590 600
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pF1KB3 PAALQLPVALNSVKNKFSDVQVLCSLYGEKAKAALDLERQIQDADRVIRGFEATLVQEAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PAALQLPVALNSVKNKFSDVQVLCSLYGEKAKAALDLERQIQDADRVIRGFEATLVQEAP
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 IPAEPGALQERVSELQRQRRELLEQQTCVLRLHRALKASEHACAALQNNFQEFCQDLPRQ
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 QRQVRALTDRYHAVGDQLDLREKVVQDAALTYQQFKNCKDNLSSWLEHLPRSQVRPSDGP
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SQIAYKLQAQKRLTQEIQSRERDRATASHLSQALQAALQDYELQADTYRCSLEPTLAVSA
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pF1KB3 PKRPRVAPLQESIQAQEKNLAKAYTEVAAAQQQLLQQLEFARKMLEKKELSEDIRRTHDA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PKRPRVAPLQESIQAQEKNLAKAYTEVAAAQQQLLQQLEFARKMLEKKELSEDIRRTHDA
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pF1KB3 KQGSESPAQAGRESEALKAQLEEERKRVARVQHELEAQRSQLLQLRTQRPLERLEEKEVV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KQGSESPAQAGRESEALKAQLEEERKRVARVQHELEAQRSQLLQLRTQRPLERLEEKEVV
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pF1KB3 EFYRDPQLEGSLSRVKAQVEEEGKRRAGLQADLEVAAQKVVQLESKRKTMQPHLLTKEVT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 EFYRDPQLEGSLSRVKAQVEEEGKRRAGLQADLEVAAQKVVQLESKRKTMQPHLLTKEVT
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pF1KB3 QVERDPGLDSQAAQLRIQIQQLRGEDAVISARLEGLKKELLALEKREVDVKEKVVVKEVV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 QVERDPGLDSQAAQLRIQIQQLRGEDAVISARLEGLKKELLALEKREVDVKEKVVVKEVV
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pF1KB3 KVEKNLEMVKAAQALRLQMEEDAARRKQAEEAVAKLQARIEDLERAISSVEPKVIVKEVK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KVEKNLEMVKAAQALRLQMEEDAARRKQAEEAVAKLQARIEDLERAISSVEPKVIVKEVK
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pF1KB3 KVEQDPGLLQESSRLRSLLEEERTKNATLARELSDLHSKYSVVEKQRPKVQLQERVHEIF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KVEQDPGLLQESSRLRSLLEEERTKNATLARELSDLHSKYSVVEKQRPKVQLQERVHEIF
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 QVDPETEQEITRLKAKLQEMAGKRSGVEKEVEKLLPDLEVLRAQKPTVEYKEVTQEVVRH
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ERSPEVLREIDRLKAQLNELVNSHGRSQEQLIRLQGERDEWRRERAKVETKTVSKEVVRH
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 EKDPVLEKEAERLRQEVREAAQKRRAAEDAVYELQSKRLLLERRKPEEKVVVQEVVVTQK
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 DPKLREEHSRLSGSLDEEVGRRRQLELEVQQLRAGVEEQEGLLSFQEDRSKKLAVERELR
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 QLTLRIQELEKRPPTVQEKIIMEEVVKLEKDPDLEKSTEALRWDLDQEKTQVTELNRECK
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 NLQVQIDVLQKAKSQEKTIYKEVIRVQKDRVLEDERARVWEMLNRERTARQAREEEARRL
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pF1KB3 RERIDRAETLGRTWSREESELQRARDQADQECGRLQQELRALERQKQQQTLQLQEESKLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RERIDRAETLGRTWSREESELQRARDQADQECGRLQQELRALERQKQQQTLQLQEESKLL
1570 1580 1590 1600 1610 1620
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pF1KB3 SQKTESERQKAAQRGQELSRLEAAILREKDQIYEKERTLRDLHAKVSREELSQETQTRET
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SQKTESERQKAAQRGQELSRLEAAILREKDQIYEKERTLRDLHAKVSREELSQETQTRET
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 NLSTKISILEPETGKDMSPYEAYKRGIIDRGQYLQLQELECDWEEVTTSGPCGEESVLLD
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RKSGKQYSIEAALRCRRISKEEYHLYKDGHLPISEFALLVAGETKPSSSLSIGSIISKSP
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pF1KB3 LASPAPQSTSFFSPSFSLGLGDDSFPIAGIYDTTTDNKCSIKTAVAKNMLDPITGQKLLE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LASPAPQSTSFFSPSFSLGLGDDSFPIAGIYDTTTDNKCSIKTAVAKNMLDPITGQKLLE
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NP_001 RCYRSASPTVPRSLR
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::.: ::..:. .:: : : .. ::.:...:.:: ::. : .:. :
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:: . : :::... : . .. : . ..... :. . : .: ::. .: ::...
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. ::.. . . ..::: ..: : . ... ::: ... :: . .. :.. :...
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