FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE2625, 446 aa 1>>>pF1KE2625 446 - 446 aa - 446 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.6252+/-0.000419; mu= 16.0242+/- 0.026 mean_var=76.9561+/-15.142, 0's: 0 Z-trim(111.3): 62 B-trim: 0 in 0/54 Lambda= 0.146202 statistics sampled from 19860 (19916) to 19860 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.603), E-opt: 0.2 (0.234), width: 16 Scan time: 8.560 The best scores are: opt bits E(85289) NP_060453 (OMIM: 609224) WD repeat domain phosphoi ( 446) 2904 622.4 7.2e-178 NP_001307701 (OMIM: 609224) WD repeat domain phosp ( 364) 2382 512.3 8.5e-145 XP_016880297 (OMIM: 609224) PREDICTED: WD repeat d ( 318) 2079 448.3 1.3e-125 NP_057087 (OMIM: 609225) WD repeat domain phosphoi ( 436) 1612 349.9 7.6e-96 NP_056425 (OMIM: 609225) WD repeat domain phosphoi ( 454) 1578 342.8 1.1e-93 NP_001028691 (OMIM: 609225) WD repeat domain phosp ( 425) 1566 340.2 6.2e-93 NP_001028690 (OMIM: 609225) WD repeat domain phosp ( 443) 1532 333.0 9.3e-91 NP_001028692 (OMIM: 609225) WD repeat domain phosp ( 384) 1424 310.2 6e-84 XP_006715748 (OMIM: 609225) PREDICTED: WD repeat d ( 310) 1115 245.0 2.1e-64 NP_001265228 (OMIM: 609225) WD repeat domain phosp ( 310) 1115 245.0 2.1e-64 XP_016867441 (OMIM: 609225) PREDICTED: WD repeat d ( 299) 1069 235.3 1.7e-61 NP_062559 (OMIM: 609226) WD repeat domain phosphoi ( 344) 428 100.1 9.5e-21 XP_005256434 (OMIM: 609226) PREDICTED: WD repeat d ( 310) 391 92.3 1.9e-18 NP_001025067 (OMIM: 300526,300894) WD repeat domai ( 360) 356 84.9 3.7e-16 NP_009006 (OMIM: 300526,300894) WD repeat domain p ( 361) 356 85.0 3.7e-16 XP_016880352 (OMIM: 609226) PREDICTED: WD repeat d ( 226) 342 81.9 1.9e-15 XP_016880351 (OMIM: 609226) PREDICTED: WD repeat d ( 226) 342 81.9 1.9e-15 >>NP_060453 (OMIM: 609224) WD repeat domain phosphoinosi (446 aa) initn: 2904 init1: 2904 opt: 2904 Z-score: 3314.3 bits: 622.4 E(85289): 7.2e-178 Smith-Waterman score: 2904; 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NP_057 GSLETTNEILDSASHDCPLVTQTYGAAAGKGTYVPSSPTRLAYTDDLGAVGGACLEDEAS 360 370 380 390 400 410 420 430 440 pF1KE2 ATGPVCLDDENEFPPIILCRGNQKGKTKQS : . ::...: ::.:: NP_057 A---LRLDEDSEHPPMILRTD 420 430 >>NP_056425 (OMIM: 609225) WD repeat domain phosphoinosi (454 aa) initn: 1544 init1: 1503 opt: 1578 Z-score: 1802.7 bits: 342.8 E(85289): 1.1e-93 Smith-Waterman score: 1578; 58.9% identity (84.9% similar) in 411 aa overlap (28-434:44-451) 10 20 30 40 50 pF1KE2 MEAEAADAPPGGVESALSCFSFNQDCTSLAIGTKAGYKLFSLSSVEQLDQVHGSNEI :::.:.:.:::.::::::..:.:.. .. NP_056 QLLFANFNQDNTEVKGASRAAGLGRRAVVWSLAVGSKSGYKFFSLSSVDKLEQIYECTDT 20 30 40 50 60 70 60 70 80 90 100 110 pF1KE2 PDVYIVERLFSSSLVVVVSHTKPRQMNVYHFKKGTEICNYSYSSNILSIRLNRQRLLVCL :: :::::::::::..:: ::...: ::::::::::::::..::...::::::.::: NP_056 EDVCIVERLFSSSLVAIVSLKAPRKLKVCHFKKGTEICNYSYSNTILAVKLNRQRLIVCL 80 90 100 110 120 130 120 130 140 150 160 170 pF1KE2 EESIYIHNIKDMKLLKTLLDIPANPTGLCALSINHSNSYLAYPGSLTSGEIVLYDGNSLK :::.:::::.:::.:.:. . : ::.::::::::..: ::::::: : ::. ..: .:. 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NP_056 RLDGSLETTNEILDSASHDCPLVTQTYGAAAGKGTYVPSSPTRLAYTDDLGAVGGACLED 380 390 400 410 420 430 420 430 440 pF1KE2 HEFATGPVCLDDENEFPPIILCRGNQKGKTKQS . : . ::...: ::.:: NP_056 EASA---LRLDEDSEHPPMILRTD 440 450 >>NP_001028691 (OMIM: 609225) WD repeat domain phosphoin (425 aa) initn: 1578 init1: 1537 opt: 1566 Z-score: 1789.4 bits: 340.2 E(85289): 6.2e-93 Smith-Waterman score: 1592; 58.8% identity (83.9% similar) in 417 aa overlap (21-434:19-422) 10 20 30 40 50 60 pF1KE2 MEAEAADAPPGGVESALSCFSFNQDCTSLAIGTKAGYKLFSLSSVEQLDQVHGSNEIPDV .:::: ::::.:.:.:::.::::::..:.:.. .. :: NP_001 MNLASQSGEAGAGQLLFANFNQDNTSLAVGSKSGYKFFSLSSVDKLEQIYECTDTEDV 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 pF1KE2 YIVERLFSSSLVVVVSHTKPRQMNVYHFKKGTEICNYSYSSNILSIRLNRQRLLVCLEES :::::::::::..:: ::...: ::::::::::::::..::...::::::.:::::: NP_001 CIVERLFSSSLVAIVSLKAPRKLKVCHFKKGTEICNYSYSNTILAVKLNRQRLIVCLEES 60 70 80 90 100 110 130 140 150 160 170 180 pF1KE2 IYIHNIKDMKLLKTLLDIPANPTGLCALSINHSNSYLAYPGSLTSGEIVLYDGNSLKTVC .:::::.:::.:.:. . : ::.::::::::..: ::::::: : ::. ..: .:... NP_001 LYIHNIRDMKVLHTIRETPPNPAGLCALSINNDNCYLAYPGSATIGEVQVFDTINLRAAN 120 130 140 150 160 170 190 200 210 220 230 240 pF1KE2 TIAAHEGTLAAITFNASGSKLASASEKGTVIRVFSVPDGQKLYEFRRGMKRYVTISSLVF : ::.. :::..:.:::.:::.::::::::::::.:.::::.:::::.:: :.: ::.: NP_001 MIPAHDSPLAALAFDASGTKLATASEKGTVIRVFSIPEGQKLFEFRRGVKRCVSICSLAF 180 190 200 210 220 230 250 260 270 280 290 300 pF1KE2 SMDSQFLCASSNTETVHIFKLEQVTNSRPEEPSTWSGYMGKMFMAATNYLPTQVSDMMHQ :::..:: :::::::::::::: : .. ::::.::.::.::..::.:.:::.::..:..: NP_001 SMDGMFLSASSNTETVHIFKLETVKEKPPEEPTTWTGYFGKVLMASTSYLPSQVTEMFNQ 240 250 260 270 280 290 310 320 330 340 350 360 pF1KE2 DRAFATARLNFSGQRNICTLSTIQKLPRLLVASSSGHLYMYNLDPQDGGECVLIKTHSLL :::::.:: : :..:::.:.::::.:::::....:.:::::::::.::::.:.: : : NP_001 GRAFATVRLPFCGHKNICSLATIQKIPRLLVGAADGYLYMYNLDPQEGGECALMKQHRLD 300 310 320 330 340 350 370 380 390 400 410 pF1KE2 GS-GTTEE--NKENDLRPSLPQSYAATVARPSASSASTVPGYSEDGGALRGEVIPEHEFA :: ::.: .. . : . :.:.:.... .:..: ::. : . .. : NP_001 GSLETTNEILDSASHDCPLVTQTYGAAAGK----------AYTDDLGAVGGACLEDEASA 360 370 380 390 400 420 430 440 pF1KE2 TGPVCLDDENEFPPIILCRGNQKGKTKQS . ::...: ::.:: NP_001 ---LRLDEDSEHPPMILRTD 410 420 >>NP_001028690 (OMIM: 609225) WD repeat domain phosphoin (443 aa) initn: 1544 init1: 1503 opt: 1532 Z-score: 1750.4 bits: 333.0 E(85289): 9.3e-91 Smith-Waterman score: 1558; 58.5% identity (83.9% similar) in 410 aa overlap (28-434:44-440) 10 20 30 40 50 pF1KE2 MEAEAADAPPGGVESALSCFSFNQDCTSLAIGTKAGYKLFSLSSVEQLDQVHGSNEI :::.:.:.:::.::::::..:.:.. .. NP_001 QLLFANFNQDNTEVKGASRAAGLGRRAVVWSLAVGSKSGYKFFSLSSVDKLEQIYECTDT 20 30 40 50 60 70 60 70 80 90 100 110 pF1KE2 PDVYIVERLFSSSLVVVVSHTKPRQMNVYHFKKGTEICNYSYSSNILSIRLNRQRLLVCL :: :::::::::::..:: ::...: ::::::::::::::..::...::::::.::: NP_001 EDVCIVERLFSSSLVAIVSLKAPRKLKVCHFKKGTEICNYSYSNTILAVKLNRQRLIVCL 80 90 100 110 120 130 120 130 140 150 160 170 pF1KE2 EESIYIHNIKDMKLLKTLLDIPANPTGLCALSINHSNSYLAYPGSLTSGEIVLYDGNSLK :::.:::::.:::.:.:. . : ::.::::::::..: ::::::: : ::. ..: .:. NP_001 EESLYIHNIRDMKVLHTIRETPPNPAGLCALSINNDNCYLAYPGSATIGEVQVFDTINLR 140 150 160 170 180 190 180 190 200 210 220 230 pF1KE2 TVCTIAAHEGTLAAITFNASGSKLASASEKGTVIRVFSVPDGQKLYEFRRGMKRYVTISS .. : ::.. :::..:.:::.:::.::::::::::::.:.::::.:::::.:: :.: : NP_001 AANMIPAHDSPLAALAFDASGTKLATASEKGTVIRVFSIPEGQKLFEFRRGVKRCVSICS 200 210 220 230 240 250 240 250 260 270 280 290 pF1KE2 LVFSMDSQFLCASSNTETVHIFKLEQVTNSRPEEPSTWSGYMGKMFMAATNYLPTQVSDM :.::::..:: :::::::::::::: : .. ::::.::.::.::..::.:.:::.::..: NP_001 LAFSMDGMFLSASSNTETVHIFKLETVKEKPPEEPTTWTGYFGKVLMASTSYLPSQVTEM 260 270 280 290 300 310 300 310 320 330 340 350 pF1KE2 MHQDRAFATARLNFSGQRNICTLSTIQKLPRLLVASSSGHLYMYNLDPQDGGECVLIKTH ..: :::::.:: : :..:::.:.::::.:::::....:.:::::::::.::::.:.: : NP_001 FNQGRAFATVRLPFCGHKNICSLATIQKIPRLLVGAADGYLYMYNLDPQEGGECALMKQH 320 330 340 350 360 370 360 370 380 390 400 410 pF1KE2 SLLGS-GTTEE--NKENDLRPSLPQSYAATVARPSASSASTVPGYSEDGGALRGEVIPEH : :: ::.: .. . : . :.:.:.... .:..: ::. : . .. NP_001 RLDGSLETTNEILDSASHDCPLVTQTYGAAAGK----------AYTDDLGAVGGACLEDE 380 390 400 410 420 420 430 440 pF1KE2 EFATGPVCLDDENEFPPIILCRGNQKGKTKQS : . ::...: ::.:: NP_001 ASA---LRLDEDSEHPPMILRTD 430 440 >>NP_001028692 (OMIM: 609225) WD repeat domain phosphoin (384 aa) initn: 1436 init1: 1395 opt: 1424 Z-score: 1628.2 bits: 310.2 E(85289): 6e-84 Smith-Waterman score: 1450; 58.6% identity (83.1% similar) in 384 aa overlap (54-434:11-381) 30 40 50 60 70 80 pF1KE2 QDCTSLAIGTKAGYKLFSLSSVEQLDQVHGSNEIPDVYIVERLFSSSLVVVVSHTKPRQM : . :: :::::::::::..:: ::.. NP_001 MFTHVLPFVISADTEDVCIVERLFSSSLVAIVSLKAPRKL 10 20 30 40 90 100 110 120 130 140 pF1KE2 NVYHFKKGTEICNYSYSSNILSIRLNRQRLLVCLEESIYIHNIKDMKLLKTLLDIPANPT .: ::::::::::::::..::...::::::.::::::.:::::.:::.:.:. . : ::. NP_001 KVCHFKKGTEICNYSYSNTILAVKLNRQRLIVCLEESLYIHNIRDMKVLHTIRETPPNPA 50 60 70 80 90 100 150 160 170 180 190 200 pF1KE2 GLCALSINHSNSYLAYPGSLTSGEIVLYDGNSLKTVCTIAAHEGTLAAITFNASGSKLAS ::::::::..: ::::::: : ::. ..: .:... : ::.. :::..:.:::.:::. 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NP_001 QKIPRLLVGAADGYLYMYNLDPQEGGECALMKQHRLDGSLETTNEILDSASHDCPLVTQT 290 300 310 320 330 340 390 400 410 420 430 440 pF1KE2 YAATVARPSASSASTVPGYSEDGGALRGEVIPEHEFATGPVCLDDENEFPPIILCRGNQK :.:.... .:..: ::. : . .. : . ::...: ::.:: NP_001 YGAAAGK----------AYTDDLGAVGGACLEDEASA---LRLDEDSEHPPMILRTD 350 360 370 380 pF1KE2 GKTKQS >>XP_006715748 (OMIM: 609225) PREDICTED: WD repeat domai (310 aa) initn: 1081 init1: 1040 opt: 1115 Z-score: 1277.3 bits: 245.0 E(85289): 2.1e-64 Smith-Waterman score: 1115; 56.1% identity (82.9% similar) in 310 aa overlap (129-434:1-307) 100 110 120 130 140 150 pF1KE2 YSSNILSIRLNRQRLLVCLEESIYIHNIKDMKLLKTLLDIPANPTGLCALSINHSNSYLA ::.:.:. . : ::.::::::::..: ::: XP_006 MKVLHTIRETPPNPAGLCALSINNDNCYLA 10 20 30 160 170 180 190 200 210 pF1KE2 YPGSLTSGEIVLYDGNSLKTVCTIAAHEGTLAAITFNASGSKLASASEKGTVIRVFSVPD :::: : ::. ..: .:... : ::.. :::..:.:::.:::.::::::::::::.:. XP_006 YPGSATIGEVQVFDTINLRAANMIPAHDSPLAALAFDASGTKLATASEKGTVIRVFSIPE 40 50 60 70 80 90 220 230 240 250 260 270 pF1KE2 GQKLYEFRRGMKRYVTISSLVFSMDSQFLCASSNTETVHIFKLEQVTNSRPEEPSTWSGY ::::.:::::.:: :.: ::.::::..:: :::::::::::::: : .. ::::.::.:: XP_006 GQKLFEFRRGVKRCVSICSLAFSMDGMFLSASSNTETVHIFKLETVKEKPPEEPTTWTGY 100 110 120 130 140 150 280 290 300 310 320 330 pF1KE2 MGKMFMAATNYLPTQVSDMMHQDRAFATARLNFSGQRNICTLSTIQKLPRLLVASSSGHL .::..::.:.:::.::..:..: :::::.:: : :..:::.:.::::.:::::....:.: XP_006 FGKVLMASTSYLPSQVTEMFNQGRAFATVRLPFCGHKNICSLATIQKIPRLLVGAADGYL 160 170 180 190 200 210 340 350 360 370 380 390 pF1KE2 YMYNLDPQDGGECVLIKTHSLLGS-GTTEE--NKENDLRPSLPQSYAATVARPS-ASSAS ::::::::.::::.:.: : : :: ::.: .. . : . :.:.:.... . . :. XP_006 YMYNLDPQEGGECALMKQHRLDGSLETTNEILDSASHDCPLVTQTYGAAAGKGTYVPSSP 220 230 240 250 260 270 400 410 420 430 440 pF1KE2 TVPGYSEDGGALRGEVIPEHEFATGPVCLDDENEFPPIILCRGNQKGKTKQS : .:..: ::. : . .. : . ::...: ::.:: XP_006 TRLAYTDDLGAVGGACLEDEASA---LRLDEDSEHPPMILRTD 280 290 300 310 >>NP_001265228 (OMIM: 609225) WD repeat domain phosphoin (310 aa) initn: 1081 init1: 1040 opt: 1115 Z-score: 1277.3 bits: 245.0 E(85289): 2.1e-64 Smith-Waterman score: 1115; 56.1% identity (82.9% similar) in 310 aa overlap (129-434:1-307) 100 110 120 130 140 150 pF1KE2 YSSNILSIRLNRQRLLVCLEESIYIHNIKDMKLLKTLLDIPANPTGLCALSINHSNSYLA ::.:.:. . : ::.::::::::..: ::: NP_001 MKVLHTIRETPPNPAGLCALSINNDNCYLA 10 20 30 160 170 180 190 200 210 pF1KE2 YPGSLTSGEIVLYDGNSLKTVCTIAAHEGTLAAITFNASGSKLASASEKGTVIRVFSVPD :::: : ::. ..: .:... : ::.. :::..:.:::.:::.::::::::::::.:. NP_001 YPGSATIGEVQVFDTINLRAANMIPAHDSPLAALAFDASGTKLATASEKGTVIRVFSIPE 40 50 60 70 80 90 220 230 240 250 260 270 pF1KE2 GQKLYEFRRGMKRYVTISSLVFSMDSQFLCASSNTETVHIFKLEQVTNSRPEEPSTWSGY ::::.:::::.:: :.: ::.::::..:: :::::::::::::: : .. ::::.::.:: NP_001 GQKLFEFRRGVKRCVSICSLAFSMDGMFLSASSNTETVHIFKLETVKEKPPEEPTTWTGY 100 110 120 130 140 150 280 290 300 310 320 330 pF1KE2 MGKMFMAATNYLPTQVSDMMHQDRAFATARLNFSGQRNICTLSTIQKLPRLLVASSSGHL .::..::.:.:::.::..:..: :::::.:: : :..:::.:.::::.:::::....:.: NP_001 FGKVLMASTSYLPSQVTEMFNQGRAFATVRLPFCGHKNICSLATIQKIPRLLVGAADGYL 160 170 180 190 200 210 340 350 360 370 380 390 pF1KE2 YMYNLDPQDGGECVLIKTHSLLGS-GTTEE--NKENDLRPSLPQSYAATVARPS-ASSAS ::::::::.::::.:.: : : :: ::.: .. . : . :.:.:.... . . :. NP_001 YMYNLDPQEGGECALMKQHRLDGSLETTNEILDSASHDCPLVTQTYGAAAGKGTYVPSSP 220 230 240 250 260 270 400 410 420 430 440 pF1KE2 TVPGYSEDGGALRGEVIPEHEFATGPVCLDDENEFPPIILCRGNQKGKTKQS : .:..: ::. : . .. : . ::...: ::.:: NP_001 TRLAYTDDLGAVGGACLEDEASA---LRLDEDSEHPPMILRTD 280 290 300 310 446 residues in 1 query sequences 60827320 residues in 85289 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Tue Nov 8 17:19:18 2016 done: Tue Nov 8 17:19:19 2016 Total Scan time: 8.560 Total Display time: 0.070 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]