Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE1937
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE1937, 476 aa
1>>>pF1KE1937 476 - 476 aa - 476 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.7070+/-0.00088; mu= 6.8727+/- 0.053
mean_var=115.8077+/-23.106, 0's: 0 Z-trim(110.1): 24 B-trim: 0 in 0/51
Lambda= 0.119181
statistics sampled from 11369 (11390) to 11369 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.704), E-opt: 0.2 (0.35), width: 16
Scan time: 3.470
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS11582.1 TOM1L1 gene_id:10040|Hs108|chr17 ( 476) 3106 544.8 7.2e-155
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CCDS82160.1 TOM1L1 gene_id:10040|Hs108|chr17 ( 346) 2227 393.7 1.7e-109
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CCDS32584.1 TOM1L2 gene_id:146691|Hs108|chr17 ( 457) 406 80.6 3.9e-15
CCDS74002.1 TOM1L2 gene_id:146691|Hs108|chr17 ( 462) 405 80.4 4.4e-15
CCDS74001.1 TOM1L2 gene_id:146691|Hs108|chr17 ( 389) 403 80.1 4.8e-15
CCDS46697.1 TOM1 gene_id:10043|Hs108|chr22 ( 447) 389 77.7 2.9e-14
CCDS74000.1 TOM1L2 gene_id:146691|Hs108|chr17 ( 388) 345 70.1 4.8e-12
>>CCDS11582.1 TOM1L1 gene_id:10040|Hs108|chr17 (476 aa)
initn: 3106 init1: 3106 opt: 3106 Z-score: 2893.9 bits: 544.8 E(32554): 7.2e-155
Smith-Waterman score: 3106; 100.0% identity (100.0% similar) in 476 aa overlap (1-476:1-476)
10 20 30 40 50 60
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CCDS11 MAFGKSHRDPYATSVGHLIEKATFAGVQTEDWGQFMHICDIINTTQDGPKDAVKALKKRI
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CCDS11 SKNYNHKEIQLTLSLIDMCVQNCGPSFQSLIVKKEFVKENLVKLLNPRYNLPLDIQNRIL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
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CCDS11 NFIKTWSQGFPGGVDVSEVKEVYLDLVKKGVQFPPSEAEAETARQETAQISSNPPTSVPT
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
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CCDS11 APALSSVIAPKNSTVTLVPEQIGKLHSELDMVKMNVRVMSAILMENTPGSENHEDIELLQ
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
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CCDS11 KLYKTGREMQERIMDLLVVVENEDVTVELIQVNEDLNNAILGYERFTRNQQRILEQNKNQ
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
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CCDS11 LHPQMNLLALENTEIPPFAQRTSQNLTSSHAYDNFLEHSNSVFLQPVSLQTIAAAPSNQS
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CCDS11 LPPLPSNHPAMTKSDLQPPNYYEVMEFDPLAPAVTTEAIYEEIDAHQHKGAQNDGD
430 440 450 460 470
>>CCDS82161.1 TOM1L1 gene_id:10040|Hs108|chr17 (399 aa)
initn: 2592 init1: 2592 opt: 2592 Z-score: 2417.5 bits: 456.4 E(32554): 2.5e-128
Smith-Waterman score: 2592; 100.0% identity (100.0% similar) in 399 aa overlap (78-476:1-399)
50 60 70 80 90 100
pF1KE1 GPKDAVKALKKRISKNYNHKEIQLTLSLIDMCVQNCGPSFQSLIVKKEFVKENLVKLLNP
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CCDS82 MCVQNCGPSFQSLIVKKEFVKENLVKLLNP
10 20 30
110 120 130 140 150 160
pF1KE1 RYNLPLDIQNRILNFIKTWSQGFPGGVDVSEVKEVYLDLVKKGVQFPPSEAEAETARQET
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CCDS82 RYNLPLDIQNRILNFIKTWSQGFPGGVDVSEVKEVYLDLVKKGVQFPPSEAEAETARQET
40 50 60 70 80 90
170 180 190 200 210 220
pF1KE1 AQISSNPPTSVPTAPALSSVIAPKNSTVTLVPEQIGKLHSELDMVKMNVRVMSAILMENT
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CCDS82 AQISSNPPTSVPTAPALSSVIAPKNSTVTLVPEQIGKLHSELDMVKMNVRVMSAILMENT
100 110 120 130 140 150
230 240 250 260 270 280
pF1KE1 PGSENHEDIELLQKLYKTGREMQERIMDLLVVVENEDVTVELIQVNEDLNNAILGYERFT
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CCDS82 PGSENHEDIELLQKLYKTGREMQERIMDLLVVVENEDVTVELIQVNEDLNNAILGYERFT
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pF1KE1 RNQQRILEQNKNQKEATNTTSEPSAPSQDLLDLSPSPRMPRATLGELNTMNNQLSGLNFS
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CCDS82 RNQQRILEQNKNQKEATNTTSEPSAPSQDLLDLSPSPRMPRATLGELNTMNNQLSGLNFS
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pF1KE1 LPSSDVTNNLKPSLHPQMNLLALENTEIPPFAQRTSQNLTSSHAYDNFLEHSNSVFLQPV
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CCDS82 LPSSDVTNNLKPSLHPQMNLLALENTEIPPFAQRTSQNLTSSHAYDNFLEHSNSVFLQPV
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410 420 430 440 450 460
pF1KE1 SLQTIAAAPSNQSLPPLPSNHPAMTKSDLQPPNYYEVMEFDPLAPAVTTEAIYEEIDAHQ
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470
pF1KE1 HKGAQNDGD
:::::::::
CCDS82 HKGAQNDGD
>>CCDS82160.1 TOM1L1 gene_id:10040|Hs108|chr17 (346 aa)
initn: 2251 init1: 2227 opt: 2227 Z-score: 2079.4 bits: 393.7 E(32554): 1.7e-109
Smith-Waterman score: 2227; 99.7% identity (100.0% similar) in 345 aa overlap (1-345:1-345)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MAFGKSHRDPYATSVGHLIEKATFAGVQTEDWGQFMHICDIINTTQDGPKDAVKALKKRI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 MAFGKSHRDPYATSVGHLIEKATFAGVQTEDWGQFMHICDIINTTQDGPKDAVKALKKRI
10 20 30 40 50 60
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pF1KE1 SKNYNHKEIQLTLSLIDMCVQNCGPSFQSLIVKKEFVKENLVKLLNPRYNLPLDIQNRIL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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pF1KE1 NFIKTWSQGFPGGVDVSEVKEVYLDLVKKGVQFPPSEAEAETARQETAQISSNPPTSVPT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 NFIKTWSQGFPGGVDVSEVKEVYLDLVKKGVQFPPSEAEAETARQETAQISSNPPTSVPT
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190 200 210 220 230 240
pF1KE1 APALSSVIAPKNSTVTLVPEQIGKLHSELDMVKMNVRVMSAILMENTPGSENHEDIELLQ
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CCDS82 APALSSVIAPKNSTVTLVPEQIGKLHSELDMVKMNVRVMSAILMENTPGSENHEDIELLQ
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pF1KE1 KLYKTGREMQERIMDLLVVVENEDVTVELIQVNEDLNNAILGYERFTRNQQRILEQNKNQ
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CCDS82 KLYKTGREMQERIMDLLVVVENEDVTVELIQVNEDLNNAILGYERFTRNQQRILEQNKNQ
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310 320 330 340 350 360
pF1KE1 KEATNTTSEPSAPSQDLLDLSPSPRMPRATLGELNTMNNQLSGLNFSLPSSDVTNNLKPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.
CCDS82 KEATNTTSEPSAPSQDLLDLSPSPRMPRATLGELNTMNNQLSGLSK
310 320 330 340
370 380 390 400 410 420
pF1KE1 LHPQMNLLALENTEIPPFAQRTSQNLTSSHAYDNFLEHSNSVFLQPVSLQTIAAAPSNQS
>>CCDS13913.1 TOM1 gene_id:10043|Hs108|chr22 (492 aa)
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10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MAFGKSHRDPYATSVGHLIEKATFAGVQTEDWGQFMHICDIINTTQDGPKDAVKALKKRI
.:... ::. ::::: ...:.:::. :.:::::: :..:::::..:.::::
CCDS13 MDFLLGNPFSSPVGQRIEKATDGSLQSEDWALNMEICDIINETEEGPKDALRAVKKRI
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70 80 90 100 110 120
pF1KE1 SKNYNHKEIQLTLSLIDMCVQNCGPSFQSLIVKKEFVKENLVKLLNPRYNLPLDIQNRIL
: : .:..:.:.... ::.::: :. :.....::. ::. . :. : : .....:
CCDS13 VGNKNFHEVMLALTVLETCVKNCGHRFHVLVASQDFVESVLVRTILPKNNPPTIVHDKVL
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130 140 150 160
pF1KE1 NFIKTWSQGFPGGVDVSEVKEVYLDLVKKGVQFPPSE----------------AEAETAR
:.:..:...: .. :.. : .: :: .::..:: .. .:.....
CCDS13 NLIQSWADAFRSSPDLTGVVTIYEDLRRKGLEFPMTDLDMLSPIHTPQRTVFNSETQSGQ
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KE1 QETAQISSNPPTSVP-TAPALSSVIAPKNSTVTLVPEQIGKLHSELDMVKMNVRVMSAIL
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CCDS13 DSVGTDSSQQEDSGQHAAPLPAPPILSGDTPIAPTPEQIGKLRSELEMVSGNVRVMSEML
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KE1 MENTPGSENHEDIELLQKLYKTGREMQERIMDLLVVVENEDVTVELIQVNEDLNNAILGY
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CCDS13 TELVPTQAEPADLELLQELNRTCRAMQQRVLELIPQIANEQLTEELLIVNDNLNNVFLRH
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KE1 ERFTRNQQRILEQNKNQKEATNTTSEPSAPSQDLLDLSPSPRMPRATLGELNTMNNQLSG
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CCDS13 MN--LGSSSVRAGLQSLEASGRLEDEFDMFALTRGSSLADQRKEVKYEAPQATDGLAGAL
350 360 370 380 390
>>CCDS46696.1 TOM1 gene_id:10043|Hs108|chr22 (493 aa)
initn: 821 init1: 471 opt: 511 Z-score: 482.2 bits: 98.7 E(32554): 1.5e-20
Smith-Waterman score: 794; 38.7% identity (69.8% similar) in 367 aa overlap (9-358:7-354)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MAFGKSHRDPYATSVGHLIEKATFAGVQTEDWGQFMHICDIINTTQDGPKDAVKALKKRI
.:... ::. ::::: ...:.:::. :.:::::: :..:::::..:.::::
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pF1KE1 SKNYNHKEIQLTLSLIDMCVQNCGPSFQSLIVKKEFVKENLVKLLNPRYNLPLDIQNRIL
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pF1KE1 NFIKTWSQGFPGGVDVSEVKEVYLDLVKKGVQFPPSE----------------AEAETAR
:.:..:...: .. :.. : .: :: .::..:: .. .:.....
CCDS46 NLIQSWADAFRSSPDLTGVVTIYEDLRRKGLEFPMTDLDMLSPIHTPQRTVFNSETQSGQ
120 130 140 150 160 170
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pF1KE1 QETAQISSNPPTSVP-TAPALSSVIAPKNSTVTLVPEQIGKLHSELDMVKMNVRVMSAIL
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CCDS46 DSVGTDSSQQEDSGQHAAPLPAPPILSGDTPIAPTPEQIGKLRSELEMVSGNVRVMSEML
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pF1KE1 MENTPGSENHEDIELLQKLYKTGREMQERIMDLLVVVENEDVTVELIQVNEDLNNAILGY
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CCDS46 TELVPTQAEPADLELLQELNRTCRAMQQRVLELIPQIANEQLTEELLIVNDNLNNVFLRH
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pF1KE1 ERFTRNQQRILEQNKNQKEATNTTSEPSAPSQDLLDLSPSPRMPRATLGELNTMNNQLSG
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CCDS46 ERFERF--RTGQTTKAPSEA-----EPAA---DLIDMGPDP----AATGNLSS---QLAG
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.: : ::.: .:.
CCDS46 MN--LGSSSVRAGLQSLEASGRLEDEFDMFALTRGSSLADQRKEVKYEAPQATDGLAGAL
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>>CCDS42270.1 TOM1L2 gene_id:146691|Hs108|chr17 (507 aa)
initn: 826 init1: 470 opt: 497 Z-score: 469.0 bits: 96.2 E(32554): 8.4e-20
Smith-Waterman score: 842; 35.0% identity (66.0% similar) in 497 aa overlap (9-472:7-472)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MAFGKSHRDPYATSVGHLIEKATFAGVQTEDWGQFMHICDIINTTQDGPKDAVKALKKRI
.:..: ::. .:::: ...:.::: :.:::::: :..:::::..:::::.
CCDS42 MEFLLGNPFSTPVGQCLEKATDGSLQSEDWTLNMEICDIINETEEGPKDAIRALKKRL
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pF1KE1 SKNYNHKEIQLTLSLIDMCVQNCGPSFQSLIVKKEFVKENLVKLLNPRYNLPLDIQNRIL
. : :..:..:.:.... ::.::: :. :.....:. :::...:. : : .:...:
CCDS42 NGNRNYREVMLALTVLETCVKNCGHRFHILVANRDFIDSVLVKIISPKNNPPTIVQDKVL
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pF1KE1 NFIKTWSQGFPGGVDVSEVKEVYLDLVKKGVQFPPSEAEAETA-----------------
.:..:...: .. :.. : ..: .: .:::.:: .. .: .
CCDS42 ALIQAWADAFRSSPDLTGVVHIYEELKRKGVEFPMADLDALSPIHTPQRSVPEVDPAATM
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210
pF1KE1 -RQETAQ------ISSNPPT--SVPTAPALSSVIAPKNSTVTLVPEQIGKLHSELDMVKM
:... : :: ::. :.: ::::: : .: .: :::..:.::::.:.
CCDS42 PRSQSQQRTSAGSYSSPPPAPYSAPQAPALS-VTGP----ITANSEQIARLRSELDVVRG
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pF1KE1 NVRVMSAILMENTPGSENHEDIELLQKLYKTGREMQERIMDLLVVVENEDVTVELIQVNE
:..::: .: : .::.:. :.::::.: .: : ::.::..:. : ::.:: ::..::.
CCDS42 NTKVMSEMLTEMVPGQEDSSDLELLQELNRTCRAMQQRIVELISRVSNEEVTEELLHVND
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280 290 300 310 320 330
pF1KE1 DLNNAILGYERFTRNQQRILEQNKNQKEATNTTSEPSAPSQDLLDLSP-SPRMPRATLGE
::::..: :::: : .. :: .. . : ..: ..:.::.: :: . .:.
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pF1KE1 L---NTMNNQLSGLNFSLPSSDVTNNLKPSLHPQMNLLALENTEIPPFAQRTSQNLTSSH
.....::.::. : . .:...:. ::. : : . ::: ...:.
CCDS42 TAPPSSLSSQLAGLD--LGTESVSGTLS-SLQ-QCN----PRDGFDMFAQTRGNSLA---
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pF1KE1 AYDNFLEHSNSV-FLQPVSLQTIAAAPSN--QSLPPLPSNHPAMTKSDLQPPNYYEVMEF
:. ..: . .: .. .:.: .: :: .: .:.. .:.. . ..
CCDS42 ------EQRKTVTYEDPQAVGGLASALDNRKQSSEGIPVAQPSVM-DDIEVWLRTD-LKG
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pF1KE1 DPLAPAVTTEAIYEEIDAHQHKGAQNDGD
: : .::.: .... .. :.:.
CCDS42 DDLEEGVTSEE-FDKFLEERAKAAEMVPDLPSPPMEAPAPASNPSGRKKPERSEDALFAL
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>>CCDS74003.1 TOM1L2 gene_id:146691|Hs108|chr17 (483 aa)
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10 20 30 40 50 60
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. : :..:..:.:.... ::.::: :. :.....:. :::...:. : : .:...:
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. : ..: ..:.::.: :: . .:. .....::.::... : . : .
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. .:. .. . .:. .: :: . . . .: :: . :...::
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.
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]