FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE6748, 547 aa 1>>>pF1KE6748 547 - 547 aa - 547 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.7584+/-0.000995; mu= 15.3086+/- 0.060 mean_var=58.3519+/-11.472, 0's: 0 Z-trim(102.7): 25 B-trim: 5 in 1/48 Lambda= 0.167898 statistics sampled from 7073 (7085) to 7073 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.579), E-opt: 0.2 (0.218), width: 16 Scan time: 2.080 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS10934.1 BCO1 gene_id:53630|Hs108|chr16 ( 547) 3679 899.9 0 CCDS41716.1 BCO2 gene_id:83875|Hs108|chr11 ( 545) 1415 351.5 1.5e-96 CCDS8358.2 BCO2 gene_id:83875|Hs108|chr11 ( 579) 1415 351.5 1.6e-96 CCDS58182.1 BCO2 gene_id:83875|Hs108|chr11 ( 539) 1394 346.4 5.1e-95 CCDS643.1 RPE65 gene_id:6121|Hs108|chr1 ( 533) 1374 341.5 1.5e-93 CCDS58183.1 BCO2 gene_id:83875|Hs108|chr11 ( 474) 924 232.5 8.5e-61 CCDS58181.1 BCO2 gene_id:83875|Hs108|chr11 ( 506) 416 109.5 9.9e-24 >>CCDS10934.1 BCO1 gene_id:53630|Hs108|chr16 (547 aa) initn: 3679 init1: 3679 opt: 3679 Z-score: 4810.5 bits: 899.9 E(32554): 0 Smith-Waterman score: 3679; 99.8% identity (99.8% similar) in 547 aa overlap (1-547:1-547) 10 20 30 40 50 60 pF1KE6 MDIIFGRNRKEQLEPVRAKVTGKIPAWLQGTLLRNGPGMHTVGESRYNHWFDGLALLHSF :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS10 MDIIFGRNRKEQLEPVRAKVTGKIPAWLQGTLLRNGPGMHTVGESRYNHWFDGLALLHSF 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE6 TIRDGEVYYRSKYLRSDTYNTNIEANRIVVSEFGTMAYPDPCKNIFSKAFSYLSHTIPDF :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS10 TIRDGEVYYRSKYLRSDTYNTNIEANRIVVSEFGTMAYPDPCKNIFSKAFSYLSHTIPDF 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KE6 TDNCLINIMKCGEDFYATSETNYIRKINPQTLETLEKVDYRKYVAVNLATSHPHYDEAGN :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS10 TDNCLINIMKCGEDFYATSETNYIRKINPQTLETLEKVDYRKYVAVNLATSHPHYDEAGN 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KE6 VLNMGTSIVEKGKTKYVIFKIPATVPEGKKQGKSPWKHTEVFCSIPSRSLLSPSYYHSFG :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS10 VLNMGTSIVEKGKTKYVIFKIPATVPEGKKQGKSPWKHTEVFCSIPSRSLLSPSYYHSFG 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 pF1KE6 VTENYVIFLEQPFRLDILKMATAYIRSMSWASCLAFHREEKTYIHIIDQRTRQPVQTKFY :::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS10 VTENYVIFLEQPFRLDILKMATAYIRRMSWASCLAFHREEKTYIHIIDQRTRQPVQTKFY 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 pF1KE6 TDAMVVFHHVNAYEEDGCIVFDVIAYEDNSLYQLFYLANLNQDFKENSRLTSVPTLRRFA :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS10 TDAMVVFHHVNAYEEDGCIVFDVIAYEDNSLYQLFYLANLNQDFKENSRLTSVPTLRRFA 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 pF1KE6 VPLHVDKNAEVGTNLIKVASTTATALKEEDGQVYCQPEFLYEGLELPRVNYAHNGKQYRY :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS10 VPLHVDKNAEVGTNLIKVASTTATALKEEDGQVYCQPEFLYEGLELPRVNYAHNGKQYRY 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 pF1KE6 VFATGVQWSPIPTKIIKYDILTKSSLKWREDDCWPAEPLFVPAPGAKDEDDGVILSAIVS :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS10 VFATGVQWSPIPTKIIKYDILTKSSLKWREDDCWPAEPLFVPAPGAKDEDDGVILSAIVS 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 pF1KE6 TDPQKLPFLLILDAKSFTELARASVDVDMHMDLHGLFITDMDWDTKKQAASEEQRDRASD :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS10 TDPQKLPFLLILDAKSFTELARASVDVDMHMDLHGLFITDMDWDTKKQAASEEQRDRASD 490 500 510 520 530 540 pF1KE6 CHGAPLT ::::::: CCDS10 CHGAPLT >>CCDS41716.1 BCO2 gene_id:83875|Hs108|chr11 (545 aa) initn: 1263 init1: 416 opt: 1415 Z-score: 1846.7 bits: 351.5 E(32554): 1.5e-96 Smith-Waterman score: 1415; 41.5% identity (71.6% similar) in 518 aa overlap (16-518:34-543) 10 20 30 40 pF1KE6 MDIIFGRNRKEQLEPVRAKVTGKIPAWLQGTLLRNGPGMHTVGES . :.: :..: ::.:.::: ::: :.. 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CCDS83 FHVVEKRTGQLLPGRYYSKPFVTFHQINAFEDQGCVIIDLCCQDNGRTLEVYQLQNLRKA 340 350 360 370 380 390 350 360 370 380 390 pF1KE6 ----DFKENSRLTSVPTLRRFAVPLHVDKNAEVGTNLIKVASTTATALKEEDGQVYCQPE : .:: : : :::..::.:. :: : :: .. :.:.:.:. :: ..:. : CCDS83 GEGLDQVHNSAAKSFP--RRFVLPLNVSLNAPEGDNLSPLSYTSASAVKQADGTIWCSHE 400 410 420 430 440 450 400 410 420 430 440 450 pF1KE6 FLYE-------GLELPRVNYAH-NGKQYRYVFATGVQWSPIPTKIIKYDILTKSSLKWRE :.. :.:.:.. : . .::.:.. .. : . . ..:: :...:. ::: CCDS83 NLHQEDLEKEGGIEFPQIYYDRFSGKKYHFFYGCGFR-HLVGDSLIKVDVVNKTLKVWRE 460 470 480 490 500 460 470 480 490 500 510 pF1KE6 DDCWPAEPLFVPAPGAKDEDDGVILSAIVSTDPQKLPFLLILDAKSFTELARASVDVDMH : .:.::.::::::...:: :::::.... . .. :.:.::::.: ::.:: : :.: CCDS83 DGFYPSEPVFVPAPGTNEEDGGVILSVVITPNQNESNFILVLDAKNFEELGRAEVPVQMP 510 520 530 540 550 560 520 530 540 pF1KE6 MDLHGLFITDMDWDTKKQAASEEQRDRASDCHGAPLT . .:: :: CCDS83 YGFHGTFIPI 570 >>CCDS58182.1 BCO2 gene_id:83875|Hs108|chr11 (539 aa) initn: 1249 init1: 416 opt: 1394 Z-score: 1819.3 bits: 346.4 E(32554): 5.1e-95 Smith-Waterman score: 1394; 41.3% identity (71.0% similar) in 518 aa overlap (16-518:34-537) 10 20 30 40 pF1KE6 MDIIFGRNRKEQLEPVRAKVTGKIPAWLQGTLLRNGPGMHTVGES . :.: :..: ::.:.::: ::: :.. 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CCDS58 FHVVEKRTGQLLPGRYYSKPFVTFHQINAFEDQGCVIIDLCCQDNGRTLEVYQLQNLRKA 300 310 320 330 340 350 350 360 370 380 390 pF1KE6 ----DFKENSRLTSVPTLRRFAVPLHVDKNAEVGTNLIKVASTTATALKEEDGQVYCQPE : .:: : : :::..::.:. :: : :: .. :.:.:.:. :: ..:. : CCDS58 GEGLDQVHNSAAKSFP--RRFVLPLNVSLNAPEGDNLSPLSYTSASAVKQADGTIWCSHE 360 370 380 390 400 410 400 410 420 430 440 450 pF1KE6 FLYE-------GLELPRVNYAH-NGKQYRYVFATGVQWSPIPTKIIKYDILTKSSLKWRE :.. :.:.:.. : . .::.:.. .. : . . ..:: :.. ::: CCDS58 NLHQEDLEKEGGIEFPQIYYDRFSGKKYHFFYGCGFR-HLVGDSLIKVDVV------WRE 420 430 440 450 460 460 470 480 490 500 510 pF1KE6 DDCWPAEPLFVPAPGAKDEDDGVILSAIVSTDPQKLPFLLILDAKSFTELARASVDVDMH : .:.::.::::::...:: :::::.... . .. :.:.::::.: ::.:: : :.: CCDS58 DGFYPSEPVFVPAPGTNEEDGGVILSVVITPNQNESNFILVLDAKNFEELGRAEVPVQMP 470 480 490 500 510 520 520 530 540 pF1KE6 MDLHGLFITDMDWDTKKQAASEEQRDRASDCHGAPLT . .:: :: CCDS58 YGFHGTFIPI 530 >>CCDS643.1 RPE65 gene_id:6121|Hs108|chr1 (533 aa) initn: 1222 init1: 395 opt: 1374 Z-score: 1793.2 bits: 341.5 E(32554): 1.5e-93 Smith-Waterman score: 1374; 39.7% identity (72.1% similar) in 519 aa overlap (10-517:20-530) 10 20 30 40 50 pF1KE6 MDIIFGRNRKEQLEPVRAKVTGKIPAWLQGTLLRNGPGMHTVGESRYNHW .: :. :.:::.:: :: :.::: :::. :: . : CCDS64 MSIQVEHPAGGYKKLFETVEELSSPLTAHVTGRIPLWLTGSLLRCGPGLFEVGSEPFYHL 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 110 pF1KE6 FDGLALLHSFTIRDGEVYYRSKYLRSDTYNTNIEANRIVVSEFGTMAYPDPCKNIFSKAF ::: ::::.: ...:.: :. ...:.:.: . .:::..:::: :.:::::::::. : CCDS64 FDGQALLHKFDFKEGHVTYHRRFIRTDAYVRAMTEKRIVITEFGTCAFPDPCKNIFSRFF 70 80 90 100 110 120 120 130 140 150 160 170 pF1KE6 SYLSHTIPDFTDNCLINIMKCGEDFYATSETNYIRKINPQTLETLEKVDYRKYVAVNLAT ::. . . ::: :.:.. :::.:: .:::.: ::::.::::...:: .::.:: :: CCDS64 SYFRGV--EVTDNALVNVYPVGEDYYACTETNFITKINPETLETIKQVDLCNYVSVNGAT 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KE6 SHPHYDEAGNVLNMGTSIVEKGKTKYVIFKIPATVPEGKKQGKSPWKHTEVFCSIPSRSL .::: .. :.: :.:. . .. . : : ::: . . ..: ...:. ..: . CCDS64 AHPHIENDGTVYNIGNCFGKNFSIAYNIVKIPPL----QADKEDPISKSEIVVQFPCSDR 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 pF1KE6 LSPSYYHSFGVTENYVIFLEQPFRLDILKMATAY-IRSMSWASCLAFHREEKTYIHIIDQ ..::: ::::.: ::..:.: : .....:. ... . . .. .:. .. ...:: :. CCDS64 FKPSYVHSFGLTPNYIVFVETPVKINLFKFLSSWSLWGANYMDCFESNETMGVWLHIADK 240 250 260 270 280 290 290 300 310 320 330 340 pF1KE6 RTRQPVQTKFYTDAMVVFHHVNAYEEDGCIVFDVIAYED-NSLYQLFYLANLNQDFKE-- . .. ...:. :. . .:::.:.::..: .. :. .. . .:. .::::: ....: CCDS64 KRKKYLNNKYRTSPFNLFHHINTYEDNGFLIVDLCCWKGFEFVYNYLYLANLRENWEEVK 300 310 320 330 340 350 350 360 370 380 390 400 pF1KE6 -NSRLTSVPTLRRFAVPLHVDKNAEVGTNLIKVASTTATALKEEDGQVYCQPEFLYEG-- :.: . : .::...::..:: :..: ::. . .:::::. : .. .:: :. : CCDS64 KNARKAPQPEVRRYVLPLNIDK-ADTGKNLVTLPNTTATAILCSDETIWLEPEVLFSGPR 360 370 380 390 400 410 410 420 430 440 450 460 pF1KE6 --LELPRVNYA-HNGKQYRYVFATGVQWSPIPTKIIKYDILTKSSLKWREDDCWPAEPLF .:.:..:: . :: : :... :.. .: .. : .. :: . :.: : .:.::.: CCDS64 QAFEFPQINYQKYCGKPYTYAYGLGLN-HFVPDRLCKLNVKTKETWVWQEPDSYPSEPIF 420 430 440 450 460 470 470 480 490 500 510 pF1KE6 VPAPGAKDEDDGVILSAIVSTDP-QKLPFLLILDAKSFTELARASVDVDMHMDLHGLFIT : : : .:::::.::..:: :: .::::.::...:.::: :.... . .:::: CCDS64 VSHPDALEEDDGVVLSVVVSPGAGQKPAYLLILNAKDLSEVARAEVEINIPVTFHGLFKK 480 490 500 510 520 530 520 530 540 pF1KE6 DMDWDTKKQAASEEQRDRASDCHGAPLT CCDS64 S >>CCDS58183.1 BCO2 gene_id:83875|Hs108|chr11 (474 aa) initn: 1092 init1: 348 opt: 924 Z-score: 1205.0 bits: 232.5 E(32554): 8.5e-61 Smith-Waterman score: 1244; 40.4% identity (71.0% similar) in 480 aa overlap (54-518:1-472) 30 40 50 60 70 80 pF1KE6 IPAWLQGTLLRNGPGMHTVGESRYNHWFDGLALLHSFTIRDGEVYYRSKYLRSDTYNTNI .::::.: . : : ::::.:.::::..: CCDS58 MALLHQFRMAKGTVTYRSKFLQSDTYKANS 10 20 30 90 100 110 120 130 140 pF1KE6 EANRIVVSEFGTMAYPDPCKNIFSKAFSY--LSHTIPDFTDNCLINIMKCGEDFYATSET ::::.:::::.: ::::::.: . .: : .::: .: .. :.: .:: CCDS58 AKNRIVISEFGTLALPDPCKNVFERFMSRFELPGKAAAMTDNTNVNYVRYKGDYYLCTET 40 50 60 70 80 90 150 160 170 180 190 200 pF1KE6 NYIRKINPQTLETLEKVDYRKYVAVNLATSHPHYDEAGNVLNMGTSIVEKGKTKYVIFKI :.. :.. .::: ::::. :..::: ::.::::: :.. :::.:. : . : .... 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CCDS58 PLSYTSASAVKQADGTIWCSHENLHQEDLEKEGGIEFPQIYYDRFSGKKYHFFYGCGFR- 330 340 350 360 370 380 430 440 450 460 470 480 pF1KE6 SPIPTKIIKYDILTKSSLKWREDDCWPAEPLFVPAPGAKDEDDGVILSAIVSTDPQKLPF . ..:: :...:. :::: .:.::.::::::...:: :::::.... . .. : CCDS58 HLVGDSLIKVDVVNKTLKVWREDGFYPSEPVFVPAPGTNEEDGGVILSVVITPNQNESNF 390 400 410 420 430 440 490 500 510 520 530 540 pF1KE6 LLILDAKSFTELARASVDVDMHMDLHGLFITDMDWDTKKQAASEEQRDRASDCHGAPLT .:.::::.: ::.:: : :.: . .:: :: CCDS58 ILVLDAKNFEELGRAEVPVQMPYGFHGTFIPI 450 460 470 >>CCDS58181.1 BCO2 gene_id:83875|Hs108|chr11 (506 aa) initn: 1157 init1: 416 opt: 416 Z-score: 539.5 bits: 109.5 E(32554): 9.9e-24 Smith-Waterman score: 1071; 36.0% identity (63.4% similar) in 516 aa overlap (16-518:68-504) 10 20 30 40 pF1KE6 MDIIFGRNRKEQLEPVRAKVTGKIPAWLQGTLLRNGPGMHTVGES . :.: :..: ::.:.::: ::: :.. 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CCDS58 VVEKRTGQLLPGRYYSKPFVTFHQINAFEDQGCVIIDLCCQDNGRTLEVYQLQNLRKAGE 270 280 290 300 310 320 350 360 370 380 390 400 pF1KE6 --DFKENSRLTSVPTLRRFAVPLHVDKNAEVGTNLIKVASTTATALKEEDGQVYCQPEFL : .:: : : :::..::.:. :: : :: .. :.:.:.:. :: ..:. : : CCDS58 GLDQVHNSAAKSFP--RRFVLPLNVSLNAPEGDNLSPLSYTSASAVKQADGTIWCSHENL 330 340 350 360 370 410 420 430 440 450 pF1KE6 YE-------GLELPRVNYAH-NGKQYRYVFATGVQWSPIPTKIIKYDILTKSSLKWREDD .. :.:.:.. : . .::.:.. .. : . . ..:: :...:. :::: CCDS58 HQEDLEKEGGIEFPQIYYDRFSGKKYHFFYGCGFR-HLVGDSLIKVDVVNKTLKVWREDG 380 390 400 410 420 430 460 470 480 490 500 510 pF1KE6 CWPAEPLFVPAPGAKDEDDGVILSAIVSTDPQKLPFLLILDAKSFTELARASVDVDMHMD .:.::.::::::...:: :::::.... . .. :.:.::::.: ::.:: : :.: . 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