FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE3486, 1792 aa 1>>>pF1KE3486 1792 - 1792 aa - 1792 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 15.9149+/-0.000572; mu= -22.5973+/- 0.036 mean_var=725.5423+/-148.920, 0's: 0 Z-trim(123.6): 90 B-trim: 855 in 1/55 Lambda= 0.047615 statistics sampled from 43473 (43579) to 43473 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.768), E-opt: 0.2 (0.511), width: 16 Scan time: 19.910 The best scores are: opt bits E(85289) NP_008841 (OMIM: 600938) E3 ubiquitin-protein liga (1792) 11889 833.5 0 NP_061173 (OMIM: 600938) E3 ubiquitin-protein liga (1758) 7278 516.7 7.6e-145 NP_116015 (OMIM: 600938) E3 ubiquitin-protein liga ( 118) 654 60.8 9.3e-09 XP_016855518 (OMIM: 605975) PREDICTED: serine/argi ( 819) 409 44.6 0.0047 XP_016855517 (OMIM: 605975) PREDICTED: serine/argi ( 819) 409 44.6 0.0047 XP_016855504 (OMIM: 605975) PREDICTED: serine/argi ( 863) 409 44.6 0.0049 XP_016855516 (OMIM: 605975) PREDICTED: serine/argi ( 820) 408 44.5 0.0049 XP_005245778 (OMIM: 605975) PREDICTED: serine/argi ( 902) 409 44.6 0.005 XP_016855503 (OMIM: 605975) PREDICTED: serine/argi ( 864) 408 44.6 0.0051 XP_016855507 (OMIM: 605975) PREDICTED: serine/argi ( 903) 408 44.6 0.0053 XP_016855514 (OMIM: 605975) PREDICTED: serine/argi ( 821) 406 44.4 0.0054 XP_016855515 (OMIM: 605975) PREDICTED: serine/argi ( 821) 406 44.4 0.0054 XP_016855502 (OMIM: 605975) PREDICTED: serine/argi ( 865) 406 44.4 0.0056 NP_005830 (OMIM: 605975) serine/arginine repetitiv ( 904) 406 44.4 0.0058 XP_016855508 (OMIM: 605975) PREDICTED: serine/argi ( 901) 401 44.1 0.0074 >>NP_008841 (OMIM: 600938) E3 ubiquitin-protein ligase R (1792 aa) initn: 11889 init1: 11889 opt: 11889 Z-score: 4433.2 bits: 833.5 E(85289): 0 Smith-Waterman score: 11889; 100.0% identity (100.0% similar) in 1792 aa overlap (1-1792:1-1792) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 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