FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE3205, 476 aa 1>>>pF1KE3205 476 - 476 aa - 476 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.2613+/-0.000341; mu= 18.8989+/- 0.021 mean_var=72.6473+/-14.647, 0's: 0 Z-trim(115.3): 23 B-trim: 774 in 1/54 Lambda= 0.150475 statistics sampled from 25672 (25690) to 25672 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.663), E-opt: 0.2 (0.301), width: 16 Scan time: 9.940 The best scores are: opt bits E(85289) NP_071938 (OMIM: 611118) cytosolic Fe-S cluster as ( 476) 3222 708.7 9e-204 NP_001291728 (OMIM: 611118) cytosolic Fe-S cluster ( 374) 2556 564.0 2.5e-160 NP_036468 (OMIM: 605349) nuclear prelamin A recogn ( 456) 1465 327.2 5.8e-89 XP_011521843 (OMIM: 605349) PREDICTED: nuclear pre ( 397) 1372 307.0 6.2e-83 XP_005256397 (OMIM: 605349) PREDICTED: nuclear pre ( 397) 1372 307.0 6.2e-83 NP_001033707 (OMIM: 605349) nuclear prelamin A rec ( 397) 1372 307.0 6.2e-83 NP_001077077 (OMIM: 605349) nuclear prelamin A rec ( 408) 1322 296.2 1.2e-79 XP_006722341 (OMIM: 605349) PREDICTED: nuclear pre ( 411) 1011 228.6 2.5e-59 XP_011521845 (OMIM: 605349) PREDICTED: nuclear pre ( 256) 905 205.5 1.4e-52 XP_016879939 (OMIM: 605349) PREDICTED: nuclear pre ( 256) 905 205.5 1.4e-52 XP_016879938 (OMIM: 605349) PREDICTED: nuclear pre ( 285) 829 189.0 1.5e-47 NP_114174 (OMIM: 605349) nuclear prelamin A recogn ( 502) 802 183.3 1.3e-45 XP_011521846 (OMIM: 605349) PREDICTED: nuclear pre ( 249) 649 149.9 7.6e-36 >>NP_071938 (OMIM: 611118) cytosolic Fe-S cluster assemb (476 aa) initn: 3222 init1: 3222 opt: 3222 Z-score: 3779.3 bits: 708.7 E(85289): 9e-204 Smith-Waterman score: 3222; 100.0% identity (100.0% similar) in 476 aa overlap (1-476:1-476) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 MASPFSGALQLTDLDDFIGPSQECIKPVKVEKRAGSGVAKIRIEDDGSYFQINQDGGTRR :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_071 MASPFSGALQLTDLDDFIGPSQECIKPVKVEKRAGSGVAKIRIEDDGSYFQINQDGGTRR 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE3 LEKAKVSLNDCLACSGCITSAETVLITQQSHEELKKVLDANKMAAPSQQRLVVVSVSPQS :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_071 LEKAKVSLNDCLACSGCITSAETVLITQQSHEELKKVLDANKMAAPSQQRLVVVSVSPQS 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KE3 RASLAARFQLNPTDTARKLTSFFKKIGVHFVFDTAFSRHFSLLESQREFVRRFRGQADCR :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_071 RASLAARFQLNPTDTARKLTSFFKKIGVHFVFDTAFSRHFSLLESQREFVRRFRGQADCR 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KE3 QALPLLASACPGWICYAEKTHGSFILPHISTARSPQQVMGSLVKDFFAQQQHLTPDKIYH :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_071 QALPLLASACPGWICYAEKTHGSFILPHISTARSPQQVMGSLVKDFFAQQQHLTPDKIYH 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 pF1KE3 VTVMPCYDKKLEASRPDFFNQEHQTRDVDCVLTTGEVFRLLEEEGVSLPDLEPAPLDSLC :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_071 VTVMPCYDKKLEASRPDFFNQEHQTRDVDCVLTTGEVFRLLEEEGVSLPDLEPAPLDSLC 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 pF1KE3 SGASAEEPTSHRGGGSGGYLEHVFRHAARELFGIHVAEVTYKPLRNKDFQEVTLEKEGQV :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_071 SGASAEEPTSHRGGGSGGYLEHVFRHAARELFGIHVAEVTYKPLRNKDFQEVTLEKEGQV 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 pF1KE3 LLHFAMAYGFRNIQNLVQRLKRGRCPYHYVEVMACPSGCLNGGGQLQAPDRPSRELLQHV :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_071 LLHFAMAYGFRNIQNLVQRLKRGRCPYHYVEVMACPSGCLNGGGQLQAPDRPSRELLQHV 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 pF1KE3 ERLYGMVRAEAPEDAPGVQELYTHWLQGTDSECAGRLLHTQYHAVEKASTGLGIRW :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_071 ERLYGMVRAEAPEDAPGVQELYTHWLQGTDSECAGRLLHTQYHAVEKASTGLGIRW 430 440 450 460 470 >>NP_001291728 (OMIM: 611118) cytosolic Fe-S cluster ass (374 aa) initn: 2556 init1: 2556 opt: 2556 Z-score: 2999.4 bits: 564.0 E(85289): 2.5e-160 Smith-Waterman score: 2556; 100.0% identity (100.0% similar) in 374 aa overlap (103-476:1-374) 80 90 100 110 120 130 pF1KE3 ACSGCITSAETVLITQQSHEELKKVLDANKMAAPSQQRLVVVSVSPQSRASLAARFQLNP :::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 MAAPSQQRLVVVSVSPQSRASLAARFQLNP 10 20 30 140 150 160 170 180 190 pF1KE3 TDTARKLTSFFKKIGVHFVFDTAFSRHFSLLESQREFVRRFRGQADCRQALPLLASACPG :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 TDTARKLTSFFKKIGVHFVFDTAFSRHFSLLESQREFVRRFRGQADCRQALPLLASACPG 40 50 60 70 80 90 200 210 220 230 240 250 pF1KE3 WICYAEKTHGSFILPHISTARSPQQVMGSLVKDFFAQQQHLTPDKIYHVTVMPCYDKKLE :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 WICYAEKTHGSFILPHISTARSPQQVMGSLVKDFFAQQQHLTPDKIYHVTVMPCYDKKLE 100 110 120 130 140 150 260 270 280 290 300 310 pF1KE3 ASRPDFFNQEHQTRDVDCVLTTGEVFRLLEEEGVSLPDLEPAPLDSLCSGASAEEPTSHR :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 ASRPDFFNQEHQTRDVDCVLTTGEVFRLLEEEGVSLPDLEPAPLDSLCSGASAEEPTSHR 160 170 180 190 200 210 320 330 340 350 360 370 pF1KE3 GGGSGGYLEHVFRHAARELFGIHVAEVTYKPLRNKDFQEVTLEKEGQVLLHFAMAYGFRN :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 GGGSGGYLEHVFRHAARELFGIHVAEVTYKPLRNKDFQEVTLEKEGQVLLHFAMAYGFRN 220 230 240 250 260 270 380 390 400 410 420 430 pF1KE3 IQNLVQRLKRGRCPYHYVEVMACPSGCLNGGGQLQAPDRPSRELLQHVERLYGMVRAEAP :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 IQNLVQRLKRGRCPYHYVEVMACPSGCLNGGGQLQAPDRPSRELLQHVERLYGMVRAEAP 280 290 300 310 320 330 440 450 460 470 pF1KE3 EDAPGVQELYTHWLQGTDSECAGRLLHTQYHAVEKASTGLGIRW :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 EDAPGVQELYTHWLQGTDSECAGRLLHTQYHAVEKASTGLGIRW 340 350 360 370 >>NP_036468 (OMIM: 605349) nuclear prelamin A recognitio (456 aa) initn: 1438 init1: 823 opt: 1465 Z-score: 1718.2 bits: 327.2 E(85289): 5.8e-89 Smith-Waterman score: 1465; 48.1% identity (77.0% similar) in 457 aa overlap (22-476:9-456) 10 20 30 40 50 pF1KE3 MASPFSGALQLTDLDDFIGPSQECIKPVKVEKRAGSGVAKIRIEDDGSYFQINQDGGT-R .:: : .:.. . . .. : : : : . : . NP_036 MKCEHCTRKECSKKTKTDDQENVSA------DAPSPAQENGEKGEFH 10 20 30 40 60 70 80 90 100 110 pF1KE3 RLEKAKVSLNDCLACSGCITSAETVLITQQSHEELKKVLDANKMAAPSQQRLVVVSVSPQ .: ::. :.:::::..:.:. : : ..::. ... .::. :: :.....:::: :: NP_036 KLADAKIFLSDCLACDSCMTAEEGVQLSQQNAKDFFRVLNLNKKCDTSKHKVLVVSVCPQ 50 60 70 80 90 100 120 130 140 150 160 170 pF1KE3 SRASLAARFQLNPTDTARKLTSFFKKIGVHFVFDTAFSRHFSLLESQREFVRRFRGQADC : .::.:.:. ::..:.: .:.:..:::.::::... ::.::::.:::::.: ... NP_036 SLPYFAAKFNLSVTDASRRLCGFLKSLGVHYVFDTTIAADFSILESQKEFVRRYRQHSEE 110 120 130 140 150 160 180 190 200 210 220 230 pF1KE3 RQALPLLASACPGWICYAEKTHGSFILPHISTARSPQQVMGSLVKDFFAQQQHLTPDKIY ...::.:.::::::. :::.. : : :. ::.::::::::::::.::.::.:.:.::. NP_036 ERTLPMLTSACPGWVRYAERVLGRPITAHLCTAKSPQQVMGSLVKDYFARQQNLSPEKIF 170 180 190 200 210 220 240 250 260 270 280 290 pF1KE3 HVTVMPCYDKKLEASRPDFFNQEHQTRDVDCVLTTGEVFRLLEEEGVSLPDLEPAPLDSL :: : ::::::::: . .. : .: .:::::.::. ...:. .:. : : .:.: NP_036 HVIVAPCYDKKLEALQESLPPALHGSRGADCVLTSGEIAQIMEQGDLSVRD---AAVDTL 230 240 250 260 270 300 310 320 330 340 350 pF1KE3 CSGASAEEPTSHRGGGSGGYLEHVFRHAARELFGIHVAEVTYKPLRNKDFQEVTLEKEGQ . . .. : : :..: :.: :.:::::.:::. : ::::. :::::::::::::.:. NP_036 FGDLKEDKVTRHDGASSDGHLAHIFRHAAKELFNEDVEEVTYRALRNKDFQEVTLEKNGE 280 290 300 310 320 330 360 370 380 390 400 410 pF1KE3 VLLHFAMAYGFRNIQNLVQRLKRGRCPYHYVEVMACPSGCLNGGGQLQAPD-RPSRELLQ :.:.:: :::::::::.. .::.:. :.:.:::.:: .::::: :: :.:: . .. ::. NP_036 VVLRFAAAYGFRNIQNMILKLKKGKFPFHFVEVLACAGGCLNGRGQAQTPDGHADKALLR 340 350 360 370 380 390 420 430 440 450 460 470 pF1KE3 HVERLYGMVRAEAPEDAPGVQELYTHWLQGTDSECAGRLLHTQYHAVEKASTGLGIRW ..: .:. . .. ::.. ::::: .::.: .: : ..::: :.. :... .: :.: NP_036 QMEGIYADIPVRRPESSAHVQELYQEWLEGINSPKAREVLHTTYQSQERGTHSLDIKW 400 410 420 430 440 450 >>XP_011521843 (OMIM: 605349) PREDICTED: nuclear prelami (397 aa) initn: 1357 init1: 742 opt: 1372 Z-score: 1609.9 bits: 307.0 E(85289): 6.2e-83 Smith-Waterman score: 1372; 50.2% identity (79.5% similar) in 400 aa overlap (78-476:1-397) 50 60 70 80 90 100 pF1KE3 SYFQINQDGGTRRLEKAKVSLNDCLACSGCITSAETVLITQQSHEELKKVLDANKMAAPS .:. : : ..::. ... .::. :: : XP_011 MTAEEGVQLSQQNAKDFFRVLNLNKKCDTS 10 20 30 110 120 130 140 150 160 pF1KE3 QQRLVVVSVSPQSRASLAARFQLNPTDTARKLTSFFKKIGVHFVFDTAFSRHFSLLESQR .....:::: ::: .::.:.:. ::..:.: .:.:..:::.::::... ::.::::. XP_011 KHKVLVVSVCPQSLPYFAAKFNLSVTDASRRLCGFLKSLGVHYVFDTTIAADFSILESQK 40 50 60 70 80 90 170 180 190 200 210 220 pF1KE3 EFVRRFRGQADCRQALPLLASACPGWICYAEKTHGSFILPHISTARSPQQVMGSLVKDFF :::::.: ... ...::.:.::::::. :::.. : : :. ::.::::::::::::.: XP_011 EFVRRYRQHSEEERTLPMLTSACPGWVRYAERVLGRPITAHLCTAKSPQQVMGSLVKDYF 100 110 120 130 140 150 230 240 250 260 270 280 pF1KE3 AQQQHLTPDKIYHVTVMPCYDKKLEASRPDFFNQEHQTRDVDCVLTTGEVFRLLEEEGVS :.::.:.:.::.:: : ::::::::: . .. : .: .:::::.::. ...:. .: XP_011 ARQQNLSPEKIFHVIVAPCYDKKLEALQESLPPALHGSRGADCVLTSGEIAQIMEQGDLS 160 170 180 190 200 210 290 300 310 320 330 340 pF1KE3 LPDLEPAPLDSLCSGASAEEPTSHRGGGSGGYLEHVFRHAARELFGIHVAEVTYKPLRNK . : : .:.: . . .. : : :..: :.: :.:::::.:::. : ::::. :::: XP_011 VRD---AAVDTLFGDLKEDKVTRHDGASSDGHLAHIFRHAAKELFNEDVEEVTYRALRNK 220 230 240 250 260 350 360 370 380 390 400 pF1KE3 DFQEVTLEKEGQVLLHFAMAYGFRNIQNLVQRLKRGRCPYHYVEVMACPSGCLNGGGQLQ :::::::::.:.:.:.:: :::::::::.. .::.:. :.:.:::.:: .::::: :: : XP_011 DFQEVTLEKNGEVVLRFAAAYGFRNIQNMILKLKKGKFPFHFVEVLACAGGCLNGRGQAQ 270 280 290 300 310 320 410 420 430 440 450 460 pF1KE3 APD-RPSRELLQHVERLYGMVRAEAPEDAPGVQELYTHWLQGTDSECAGRLLHTQYHAVE .:: . .. ::...: .:. . .. ::.. ::::: .::.: .: : ..::: :.. : XP_011 TPDGHADKALLRQMEGIYADIPVRRPESSAHVQELYQEWLEGINSPKAREVLHTTYQSQE 330 340 350 360 370 380 470 pF1KE3 KASTGLGIRW ... .: :.: XP_011 RGTHSLDIKW 390 >>XP_005256397 (OMIM: 605349) PREDICTED: nuclear prelami (397 aa) initn: 1357 init1: 742 opt: 1372 Z-score: 1609.9 bits: 307.0 E(85289): 6.2e-83 Smith-Waterman score: 1372; 50.2% identity (79.5% similar) in 400 aa overlap (78-476:1-397) 50 60 70 80 90 100 pF1KE3 SYFQINQDGGTRRLEKAKVSLNDCLACSGCITSAETVLITQQSHEELKKVLDANKMAAPS .:. : : ..::. ... .::. :: : XP_005 MTAEEGVQLSQQNAKDFFRVLNLNKKCDTS 10 20 30 110 120 130 140 150 160 pF1KE3 QQRLVVVSVSPQSRASLAARFQLNPTDTARKLTSFFKKIGVHFVFDTAFSRHFSLLESQR .....:::: ::: .::.:.:. ::..:.: .:.:..:::.::::... ::.::::. XP_005 KHKVLVVSVCPQSLPYFAAKFNLSVTDASRRLCGFLKSLGVHYVFDTTIAADFSILESQK 40 50 60 70 80 90 170 180 190 200 210 220 pF1KE3 EFVRRFRGQADCRQALPLLASACPGWICYAEKTHGSFILPHISTARSPQQVMGSLVKDFF :::::.: ... ...::.:.::::::. :::.. : : :. ::.::::::::::::.: XP_005 EFVRRYRQHSEEERTLPMLTSACPGWVRYAERVLGRPITAHLCTAKSPQQVMGSLVKDYF 100 110 120 130 140 150 230 240 250 260 270 280 pF1KE3 AQQQHLTPDKIYHVTVMPCYDKKLEASRPDFFNQEHQTRDVDCVLTTGEVFRLLEEEGVS :.::.:.:.::.:: : ::::::::: . .. : .: .:::::.::. ...:. .: XP_005 ARQQNLSPEKIFHVIVAPCYDKKLEALQESLPPALHGSRGADCVLTSGEIAQIMEQGDLS 160 170 180 190 200 210 290 300 310 320 330 340 pF1KE3 LPDLEPAPLDSLCSGASAEEPTSHRGGGSGGYLEHVFRHAARELFGIHVAEVTYKPLRNK . : : .:.: . . .. : : :..: :.: :.:::::.:::. : ::::. :::: XP_005 VRD---AAVDTLFGDLKEDKVTRHDGASSDGHLAHIFRHAAKELFNEDVEEVTYRALRNK 220 230 240 250 260 350 360 370 380 390 400 pF1KE3 DFQEVTLEKEGQVLLHFAMAYGFRNIQNLVQRLKRGRCPYHYVEVMACPSGCLNGGGQLQ :::::::::.:.:.:.:: :::::::::.. .::.:. :.:.:::.:: .::::: :: : XP_005 DFQEVTLEKNGEVVLRFAAAYGFRNIQNMILKLKKGKFPFHFVEVLACAGGCLNGRGQAQ 270 280 290 300 310 320 410 420 430 440 450 460 pF1KE3 APD-RPSRELLQHVERLYGMVRAEAPEDAPGVQELYTHWLQGTDSECAGRLLHTQYHAVE .:: . .. ::...: .:. . .. ::.. ::::: .::.: .: : ..::: :.. : XP_005 TPDGHADKALLRQMEGIYADIPVRRPESSAHVQELYQEWLEGINSPKAREVLHTTYQSQE 330 340 350 360 370 380 470 pF1KE3 KASTGLGIRW ... .: :.: XP_005 RGTHSLDIKW 390 >>NP_001033707 (OMIM: 605349) nuclear prelamin A recogni (397 aa) initn: 1357 init1: 742 opt: 1372 Z-score: 1609.9 bits: 307.0 E(85289): 6.2e-83 Smith-Waterman score: 1372; 50.2% identity (79.5% similar) in 400 aa overlap (78-476:1-397) 50 60 70 80 90 100 pF1KE3 SYFQINQDGGTRRLEKAKVSLNDCLACSGCITSAETVLITQQSHEELKKVLDANKMAAPS .:. : : ..::. ... .::. :: : NP_001 MTAEEGVQLSQQNAKDFFRVLNLNKKCDTS 10 20 30 110 120 130 140 150 160 pF1KE3 QQRLVVVSVSPQSRASLAARFQLNPTDTARKLTSFFKKIGVHFVFDTAFSRHFSLLESQR .....:::: ::: .::.:.:. ::..:.: .:.:..:::.::::... ::.::::. NP_001 KHKVLVVSVCPQSLPYFAAKFNLSVTDASRRLCGFLKSLGVHYVFDTTIAADFSILESQK 40 50 60 70 80 90 170 180 190 200 210 220 pF1KE3 EFVRRFRGQADCRQALPLLASACPGWICYAEKTHGSFILPHISTARSPQQVMGSLVKDFF :::::.: ... ...::.:.::::::. :::.. : : :. ::.::::::::::::.: NP_001 EFVRRYRQHSEEERTLPMLTSACPGWVRYAERVLGRPITAHLCTAKSPQQVMGSLVKDYF 100 110 120 130 140 150 230 240 250 260 270 280 pF1KE3 AQQQHLTPDKIYHVTVMPCYDKKLEASRPDFFNQEHQTRDVDCVLTTGEVFRLLEEEGVS :.::.:.:.::.:: : ::::::::: . .. : .: .:::::.::. ...:. .: NP_001 ARQQNLSPEKIFHVIVAPCYDKKLEALQESLPPALHGSRGADCVLTSGEIAQIMEQGDLS 160 170 180 190 200 210 290 300 310 320 330 340 pF1KE3 LPDLEPAPLDSLCSGASAEEPTSHRGGGSGGYLEHVFRHAARELFGIHVAEVTYKPLRNK . : : .:.: . . .. : : :..: :.: :.:::::.:::. : ::::. :::: NP_001 VRD---AAVDTLFGDLKEDKVTRHDGASSDGHLAHIFRHAAKELFNEDVEEVTYRALRNK 220 230 240 250 260 350 360 370 380 390 400 pF1KE3 DFQEVTLEKEGQVLLHFAMAYGFRNIQNLVQRLKRGRCPYHYVEVMACPSGCLNGGGQLQ :::::::::.:.:.:.:: :::::::::.. .::.:. :.:.:::.:: .::::: :: : NP_001 DFQEVTLEKNGEVVLRFAAAYGFRNIQNMILKLKKGKFPFHFVEVLACAGGCLNGRGQAQ 270 280 290 300 310 320 410 420 430 440 450 460 pF1KE3 APD-RPSRELLQHVERLYGMVRAEAPEDAPGVQELYTHWLQGTDSECAGRLLHTQYHAVE .:: . .. ::...: .:. . .. ::.. ::::: .::.: .: : ..::: :.. : NP_001 TPDGHADKALLRQMEGIYADIPVRRPESSAHVQELYQEWLEGINSPKAREVLHTTYQSQE 330 340 350 360 370 380 470 pF1KE3 KASTGLGIRW ... .: :.: NP_001 RGTHSLDIKW 390 >>NP_001077077 (OMIM: 605349) nuclear prelamin A recogni (408 aa) initn: 1306 init1: 691 opt: 1322 Z-score: 1551.1 bits: 296.2 E(85289): 1.2e-79 Smith-Waterman score: 1322; 48.4% identity (76.8% similar) in 409 aa overlap (71-476:3-408) 50 60 70 80 90 pF1KE3 IRIEDDGSYFQINQDGGTRRLEKAKVSLNDCLACSGCITSAETVLITQQ--SHEELKKVL : :. : .: :. : . . . NP_001 MKCEHCTRKECSKKTKTDDQENVSADAPSPAQ 10 20 30 100 110 120 130 140 150 pF1KE3 DANKMAAPSQQRLVVVSVSPQSRASLAARFQLNPTDTARKLTSFFKKIGVHFVFDTAFSR . .. :.....:::: ::: .::.:.:. ::..:.: .:.:..:::.::::... NP_001 ENGEKCDTSKHKVLVVSVCPQSLPYFAAKFNLSVTDASRRLCGFLKSLGVHYVFDTTIAA 40 50 60 70 80 90 160 170 180 190 200 210 pF1KE3 HFSLLESQREFVRRFRGQADCRQALPLLASACPGWICYAEKTHGSFILPHISTARSPQQV ::.::::.:::::.: ... ...::.:.::::::. :::.. : : :. ::.::::: NP_001 DFSILESQKEFVRRYRQHSEEERTLPMLTSACPGWVRYAERVLGRPITAHLCTAKSPQQV 100 110 120 130 140 150 220 230 240 250 260 270 pF1KE3 MGSLVKDFFAQQQHLTPDKIYHVTVMPCYDKKLEASRPDFFNQEHQTRDVDCVLTTGEVF :::::::.::.::.:.:.::.:: : ::::::::: . .. : .: .:::::.::. NP_001 MGSLVKDYFARQQNLSPEKIFHVIVAPCYDKKLEALQESLPPALHGSRGADCVLTSGEIA 160 170 180 190 200 210 280 290 300 310 320 330 pF1KE3 RLLEEEGVSLPDLEPAPLDSLCSGASAEEPTSHRGGGSGGYLEHVFRHAARELFGIHVAE ...:. .:. : : .:.: . . .. : : :..: :.: :.:::::.:::. : : NP_001 QIMEQGDLSVRD---AAVDTLFGDLKEDKVTRHDGASSDGHLAHIFRHAAKELFNEDVEE 220 230 240 250 260 340 350 360 370 380 390 pF1KE3 VTYKPLRNKDFQEVTLEKEGQVLLHFAMAYGFRNIQNLVQRLKRGRCPYHYVEVMACPSG :::. :::::::::::::.:.:.:.:: :::::::::.. .::.:. :.:.:::.:: .: NP_001 VTYRALRNKDFQEVTLEKNGEVVLRFAAAYGFRNIQNMILKLKKGKFPFHFVEVLACAGG 270 280 290 300 310 320 400 410 420 430 440 450 pF1KE3 CLNGGGQLQAPD-RPSRELLQHVERLYGMVRAEAPEDAPGVQELYTHWLQGTDSECAGRL :::: :: :.:: . .. ::...: .:. . .. ::.. ::::: .::.: .: : .. NP_001 CLNGRGQAQTPDGHADKALLRQMEGIYADIPVRRPESSAHVQELYQEWLEGINSPKAREV 330 340 350 360 370 380 460 470 pF1KE3 LHTQYHAVEKASTGLGIRW ::: :.. :... .: :.: NP_001 LHTTYQSQERGTHSLDIKW 390 400 >>XP_006722341 (OMIM: 605349) PREDICTED: nuclear prelami (411 aa) initn: 1234 init1: 481 opt: 1011 Z-score: 1186.2 bits: 228.6 E(85289): 2.5e-59 Smith-Waterman score: 1173; 42.5% identity (68.1% similar) in 457 aa overlap (22-476:9-411) 10 20 30 40 50 pF1KE3 MASPFSGALQLTDLDDFIGPSQECIKPVKVEKRAGSGVAKIRIEDDGSYFQINQDGGT-R .:: : .:.. . . .. : : : : . : . XP_006 MKCEHCTRKECSKKTKTDDQENVSA------DAPSPAQENGEKGEFH 10 20 30 40 60 70 80 90 100 110 pF1KE3 RLEKAKVSLNDCLACSGCITSAETVLITQQSHEELKKVLDANKMAAPSQQRLVVVSVSPQ .: ::. :.:::::..:.:. : : ..::. ... .::. :: :.....:::: :: XP_006 KLADAKIFLSDCLACDSCMTAEEGVQLSQQNAKDFFRVLNLNKKCDTSKHKVLVVSVCPQ 50 60 70 80 90 100 120 130 140 150 160 170 pF1KE3 SRASLAARFQLNPTDTARKLTSFFKKIGVHFVFDTAFSRHFSLLESQREFVRRFRGQADC : .::.:.:. ::..:.: .:.:.. XP_006 SLPYFAAKFNLSVTDASRRLCGFLKSL--------------------------------- 110 120 180 190 200 210 220 230 pF1KE3 RQALPLLASACPGWICYAEKTHGSFILPHISTARSPQQVMGSLVKDFFAQQQHLTPDKIY ::. :::.. : : :. ::.::::::::::::.::.::.:.:.::. XP_006 ------------GWVRYAERVLGRPITAHLCTAKSPQQVMGSLVKDYFARQQNLSPEKIF 130 140 150 160 170 240 250 260 270 280 290 pF1KE3 HVTVMPCYDKKLEASRPDFFNQEHQTRDVDCVLTTGEVFRLLEEEGVSLPDLEPAPLDSL :: : ::::::::: . .. : .: .:::::.::. ...:. .:. : : .:.: XP_006 HVIVAPCYDKKLEALQESLPPALHGSRGADCVLTSGEIAQIMEQGDLSVRD---AAVDTL 180 190 200 210 220 230 300 310 320 330 340 350 pF1KE3 CSGASAEEPTSHRGGGSGGYLEHVFRHAARELFGIHVAEVTYKPLRNKDFQEVTLEKEGQ . . .. : : :..: :.: :.:::::.:::. : ::::. :::::::::::::.:. XP_006 FGDLKEDKVTRHDGASSDGHLAHIFRHAAKELFNEDVEEVTYRALRNKDFQEVTLEKNGE 240 250 260 270 280 290 360 370 380 390 400 410 pF1KE3 VLLHFAMAYGFRNIQNLVQRLKRGRCPYHYVEVMACPSGCLNGGGQLQAPD-RPSRELLQ :.:.:: :::::::::.. .::.:. :.:.:::.:: .::::: :: :.:: . .. ::. XP_006 VVLRFAAAYGFRNIQNMILKLKKGKFPFHFVEVLACAGGCLNGRGQAQTPDGHADKALLR 300 310 320 330 340 350 420 430 440 450 460 470 pF1KE3 HVERLYGMVRAEAPEDAPGVQELYTHWLQGTDSECAGRLLHTQYHAVEKASTGLGIRW ..: .:. . .. ::.. ::::: .::.: .: : ..::: :.. :... .: :.: XP_006 QMEGIYADIPVRRPESSAHVQELYQEWLEGINSPKAREVLHTTYQSQERGTHSLDIKW 360 370 380 390 400 410 >>XP_011521845 (OMIM: 605349) PREDICTED: nuclear prelami (256 aa) initn: 890 init1: 481 opt: 905 Z-score: 1064.7 bits: 205.5 E(85289): 1.4e-52 Smith-Waterman score: 905; 51.4% identity (78.8% similar) in 259 aa overlap (219-476:1-256) 190 200 210 220 230 240 pF1KE3 ACPGWICYAEKTHGSFILPHISTARSPQQVMGSLVKDFFAQQQHLTPDKIYHVTVMPCYD :::::::.::.::.:.:.::.:: : :::: XP_011 MGSLVKDYFARQQNLSPEKIFHVIVAPCYD 10 20 30 250 260 270 280 290 300 pF1KE3 KKLEASRPDFFNQEHQTRDVDCVLTTGEVFRLLEEEGVSLPDLEPAPLDSLCSGASAEEP ::::: . .. : .: .:::::.::. ...:. .:. : : .:.: . . .. XP_011 KKLEALQESLPPALHGSRGADCVLTSGEIAQIMEQGDLSVRD---AAVDTLFGDLKEDKV 40 50 60 70 80 310 320 330 340 350 360 pF1KE3 TSHRGGGSGGYLEHVFRHAARELFGIHVAEVTYKPLRNKDFQEVTLEKEGQVLLHFAMAY : : :..: :.: :.:::::.:::. : ::::. :::::::::::::.:.:.:.:: :: XP_011 TRHDGASSDGHLAHIFRHAAKELFNEDVEEVTYRALRNKDFQEVTLEKNGEVVLRFAAAY 90 100 110 120 130 140 370 380 390 400 410 420 pF1KE3 GFRNIQNLVQRLKRGRCPYHYVEVMACPSGCLNGGGQLQAPD-RPSRELLQHVERLYGMV :::::::.. .::.:. :.:.:::.:: .::::: :: :.:: . .. ::...: .:. . XP_011 GFRNIQNMILKLKKGKFPFHFVEVLACAGGCLNGRGQAQTPDGHADKALLRQMEGIYADI 150 160 170 180 190 200 430 440 450 460 470 pF1KE3 RAEAPEDAPGVQELYTHWLQGTDSECAGRLLHTQYHAVEKASTGLGIRW .. ::.. ::::: .::.: .: : ..::: :.. :... .: :.: XP_011 PVRRPESSAHVQELYQEWLEGINSPKAREVLHTTYQSQERGTHSLDIKW 210 220 230 240 250 >>XP_016879939 (OMIM: 605349) PREDICTED: nuclear prelami (256 aa) initn: 890 init1: 481 opt: 905 Z-score: 1064.7 bits: 205.5 E(85289): 1.4e-52 Smith-Waterman score: 905; 51.4% identity (78.8% similar) in 259 aa overlap (219-476:1-256) 190 200 210 220 230 240 pF1KE3 ACPGWICYAEKTHGSFILPHISTARSPQQVMGSLVKDFFAQQQHLTPDKIYHVTVMPCYD :::::::.::.::.:.:.::.:: : :::: XP_016 MGSLVKDYFARQQNLSPEKIFHVIVAPCYD 10 20 30 250 260 270 280 290 300 pF1KE3 KKLEASRPDFFNQEHQTRDVDCVLTTGEVFRLLEEEGVSLPDLEPAPLDSLCSGASAEEP ::::: . .. : .: .:::::.::. ...:. .:. : : .:.: . . .. XP_016 KKLEALQESLPPALHGSRGADCVLTSGEIAQIMEQGDLSVRD---AAVDTLFGDLKEDKV 40 50 60 70 80 310 320 330 340 350 360 pF1KE3 TSHRGGGSGGYLEHVFRHAARELFGIHVAEVTYKPLRNKDFQEVTLEKEGQVLLHFAMAY : : :..: :.: :.:::::.:::. : ::::. :::::::::::::.:.:.:.:: :: XP_016 TRHDGASSDGHLAHIFRHAAKELFNEDVEEVTYRALRNKDFQEVTLEKNGEVVLRFAAAY 90 100 110 120 130 140 370 380 390 400 410 420 pF1KE3 GFRNIQNLVQRLKRGRCPYHYVEVMACPSGCLNGGGQLQAPD-RPSRELLQHVERLYGMV :::::::.. .::.:. :.:.:::.:: .::::: :: :.:: . .. ::...: .:. . XP_016 GFRNIQNMILKLKKGKFPFHFVEVLACAGGCLNGRGQAQTPDGHADKALLRQMEGIYADI 150 160 170 180 190 200 430 440 450 460 470 pF1KE3 RAEAPEDAPGVQELYTHWLQGTDSECAGRLLHTQYHAVEKASTGLGIRW .. ::.. ::::: .::.: .: : ..::: :.. :... .: :.: XP_016 PVRRPESSAHVQELYQEWLEGINSPKAREVLHTTYQSQERGTHSLDIKW 210 220 230 240 250 476 residues in 1 query sequences 60827320 residues in 85289 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Sat Nov 5 23:39:04 2016 done: Sat Nov 5 23:39:06 2016 Total Scan time: 9.940 Total Display time: 0.070 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]