FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE4109, 479 aa 1>>>pF1KE4109 479 - 479 aa - 479 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.9126+/-0.000396; mu= -6.3324+/- 0.025 mean_var=343.8696+/-70.353, 0's: 0 Z-trim(122.6): 45 B-trim: 0 in 0/62 Lambda= 0.069164 statistics sampled from 41024 (41070) to 41024 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.771), E-opt: 0.2 (0.482), width: 16 Scan time: 8.910 The best scores are: opt bits E(85289) NP_699181 (OMIM: 609082) F-box/LRR-repeat protein ( 479) 3246 337.5 4.9e-92 NP_116264 (OMIM: 609086) F-box/LRR-repeat protein ( 436) 445 58.0 6.3e-08 XP_005257803 (OMIM: 609086) PREDICTED: F-box/LRR-r ( 473) 445 58.0 6.7e-08 NP_001171835 (OMIM: 609086) F-box/LRR-repeat prote ( 404) 413 54.8 5.4e-07 XP_005257804 (OMIM: 609086) PREDICTED: F-box/LRR-r ( 441) 413 54.8 5.8e-07 XP_016861583 (OMIM: 605652) PREDICTED: F-box/LRR-r ( 318) 362 49.6 1.5e-05 XP_005265074 (OMIM: 605652) PREDICTED: F-box/LRR-r ( 318) 362 49.6 1.5e-05 XP_016874365 (OMIM: 609081) PREDICTED: F-box/LRR-r ( 387) 357 49.2 2.5e-05 XP_016874364 (OMIM: 609081) PREDICTED: F-box/LRR-r ( 404) 357 49.2 2.6e-05 NP_689654 (OMIM: 609081) F-box/LRR-repeat protein ( 418) 357 49.2 2.7e-05 NP_036289 (OMIM: 605652) F-box/LRR-repeat protein ( 423) 349 48.4 4.7e-05 XP_005265071 (OMIM: 605652) PREDICTED: F-box/LRR-r ( 454) 349 48.4 5e-05 NP_001165184 (OMIM: 605652) F-box/LRR-repeat prote ( 355) 321 45.5 0.00029 XP_006715961 (OMIM: 609080) PREDICTED: F-box/LRR-r ( 584) 317 45.3 0.00055 XP_005250266 (OMIM: 609080) PREDICTED: F-box/LRR-r ( 735) 317 45.4 0.00065 XP_016867342 (OMIM: 609080) PREDICTED: F-box/LRR-r ( 735) 317 45.4 0.00065 XP_011514232 (OMIM: 609080) PREDICTED: F-box/LRR-r ( 735) 317 45.4 0.00065 NP_659469 (OMIM: 609080) F-box/LRR-repeat protein ( 735) 317 45.4 0.00065 XP_016867341 (OMIM: 609080) PREDICTED: F-box/LRR-r ( 780) 317 45.4 0.00068 XP_005250264 (OMIM: 609080) PREDICTED: F-box/LRR-r ( 792) 317 45.4 0.00069 XP_016867339 (OMIM: 609080) PREDICTED: F-box/LRR-r ( 822) 317 45.4 0.00071 XP_005250262 (OMIM: 609080) PREDICTED: F-box/LRR-r ( 825) 317 45.4 0.00071 XP_016867340 (OMIM: 609080) PREDICTED: F-box/LRR-r ( 809) 310 44.7 0.0011 XP_011514231 (OMIM: 609080) PREDICTED: F-box/LRR-r ( 783) 303 44.0 0.0018 >>NP_699181 (OMIM: 609082) F-box/LRR-repeat protein 16 [ (479 aa) initn: 3246 init1: 3246 opt: 3246 Z-score: 1773.3 bits: 337.5 E(85289): 4.9e-92 Smith-Waterman score: 3246; 100.0% identity (100.0% similar) in 479 aa overlap (1-479:1-479) 10 20 30 40 50 60 pF1KE4 MSSPGIDGDPKPPCLPRNGLVKLPGQPNGLGAASITKGTPATKNRPCQPPPPPTLPPPSL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_699 MSSPGIDGDPKPPCLPRNGLVKLPGQPNGLGAASITKGTPATKNRPCQPPPPPTLPPPSL 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE4 AAPLSRAALAGGPCTPAGGPASALAPGHPAERPPLATDEKILNGLFWYFSACEKCVLAQV :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_699 AAPLSRAALAGGPCTPAGGPASALAPGHPAERPPLATDEKILNGLFWYFSACEKCVLAQV 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KE4 CKAWRRVLYQPKFWAGLTPVLHAKELYNVLPGGEKEFVNLQGFAARGFEGFCLVGVSDLD :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_699 CKAWRRVLYQPKFWAGLTPVLHAKELYNVLPGGEKEFVNLQGFAARGFEGFCLVGVSDLD 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KE4 ICEFIDNYALSKKGVKAMSLKRSTITDAGLEVMLEQMQGVVRLELSGCNDFTEAGLWSSL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_699 ICEFIDNYALSKKGVKAMSLKRSTITDAGLEVMLEQMQGVVRLELSGCNDFTEAGLWSSL 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 pF1KE4 SARITSLSVSDCINVADDAIAAISQLLPNLAELSLQAYHVTDTALAYFTARQGHSTHTLR :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_699 SARITSLSVSDCINVADDAIAAISQLLPNLAELSLQAYHVTDTALAYFTARQGHSTHTLR 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 pF1KE4 LLSCWEITNHGVVNVVHSLPNLTALSLSGCSKVTDDGVELVAENLRKLRSLDLSWCPRIT :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_699 LLSCWEITNHGVVNVVHSLPNLTALSLSGCSKVTDDGVELVAENLRKLRSLDLSWCPRIT 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 pF1KE4 DMALEYVACDLHRLEELVLDRCVRITDTGLSYLSTMSSLRSLYLRWCCQVQDFGLKHLLA :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_699 DMALEYVACDLHRLEELVLDRCVRITDTGLSYLSTMSSLRSLYLRWCCQVQDFGLKHLLA 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 pF1KE4 LGSLRLLSLAGCPLLTTTGLSGLVQLQELEELELTNCPGATPELFKYFSQHLPRCLVIE ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_699 LGSLRLLSLAGCPLLTTTGLSGLVQLQELEELELTNCPGATPELFKYFSQHLPRCLVIE 430 440 450 460 470 >>NP_116264 (OMIM: 609086) F-box/LRR-repeat protein 20 i (436 aa) initn: 410 init1: 227 opt: 445 Z-score: 263.3 bits: 58.0 E(85289): 6.3e-08 Smith-Waterman score: 445; 28.4% identity (60.7% similar) in 387 aa overlap (99-473:30-405) 70 80 90 100 110 120 pF1KE4 LAGGPCTPAGGPASALAPGHPAERPPLATDEKILNGLFWYFSACEKCVLAQVCKAWRRVL ...: .: .... : ::: .:: . 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