FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE6393, 438 aa 1>>>pF1KE6393 438 - 438 aa - 438 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.1119+/-0.000734; mu= 14.8947+/- 0.044 mean_var=106.5596+/-20.979, 0's: 0 Z-trim(112.7): 13 B-trim: 0 in 0/51 Lambda= 0.124245 statistics sampled from 13437 (13443) to 13437 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.759), E-opt: 0.2 (0.413), width: 16 Scan time: 2.320 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS61779.1 RHBDL1 gene_id:9028|Hs108|chr16 ( 373) 2484 455.5 4e-128 CCDS82103.1 RHBDL3 gene_id:162494|Hs108|chr17 ( 396) 1492 277.7 1.4e-74 CCDS32613.1 RHBDL3 gene_id:162494|Hs108|chr17 ( 404) 1491 277.6 1.6e-74 CCDS30680.1 RHBDL2 gene_id:54933|Hs108|chr1 ( 303) 632 123.5 2.9e-28 >>CCDS61779.1 RHBDL1 gene_id:9028|Hs108|chr16 (373 aa) initn: 2484 init1: 2484 opt: 2484 Z-score: 2413.7 bits: 455.5 E(32554): 4e-128 Smith-Waterman score: 2484; 100.0% identity (100.0% similar) in 361 aa overlap (78-438:13-373) 50 60 70 80 90 100 pF1KE6 PEPDAPSQPGPALWSRGRARTQALAGGSSLQQLDPENTGFIGADTFTGLVHSHELPLDPA :::::::::::::::::::::::::::::: CCDS61 MDRSSLLQLIQEQQLDPENTGFIGADTFTGLVHSHELPLDPA 10 20 30 40 110 120 130 140 150 160 pF1KE6 KLDMLVALAQSNEQGQVCYQELVDLISSKRSSSFKRAIANGQRALPRDGPLDEPGLGVYK :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS61 KLDMLVALAQSNEQGQVCYQELVDLISSKRSSSFKRAIANGQRALPRDGPLDEPGLGVYK 50 60 70 80 90 100 170 180 190 200 210 220 pF1KE6 RFVRYVAYEILPCEVDRRWYFYRHRSCPPPVFMASVTLAQIIVFLCYGARLNKWVLQTYH :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS61 RFVRYVAYEILPCEVDRRWYFYRHRSCPPPVFMASVTLAQIIVFLCYGARLNKWVLQTYH 110 120 130 140 150 160 230 240 250 260 270 280 pF1KE6 PEYMKSPLVYHPGHRARAWRFLTYMFMHVGLEQLGFNALLQLMIGVPLEMVHGLLRISLL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS61 PEYMKSPLVYHPGHRARAWRFLTYMFMHVGLEQLGFNALLQLMIGVPLEMVHGLLRISLL 170 180 190 200 210 220 290 300 310 320 330 340 pF1KE6 YLAGVLAGSLTVSITDMRAPVVGGSGGVYALCSAHLANVVMNWAGMRCPYKLLRMVLALV :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS61 YLAGVLAGSLTVSITDMRAPVVGGSGGVYALCSAHLANVVMNWAGMRCPYKLLRMVLALV 230 240 250 260 270 280 350 360 370 380 390 400 pF1KE6 CMSSEVGRAVWLRFSPPLPASGPQPSFMAHLAGAVVGVSMGLTILRSYEERLRDQCGWWV :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS61 CMSSEVGRAVWLRFSPPLPASGPQPSFMAHLAGAVVGVSMGLTILRSYEERLRDQCGWWV 290 300 310 320 330 340 410 420 430 pF1KE6 VLLAYGTFLLFAVFWNVFAYDLLGAHIPPPP ::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS61 VLLAYGTFLLFAVFWNVFAYDLLGAHIPPPP 350 360 370 >>CCDS82103.1 RHBDL3 gene_id:162494|Hs108|chr17 (396 aa) initn: 1485 init1: 1485 opt: 1492 Z-score: 1452.4 bits: 277.7 E(32554): 1.4e-74 Smith-Waterman score: 1492; 54.2% identity (80.7% similar) in 393 aa overlap (53-438:5-396) 30 40 50 60 70 pF1KE6 LPAPGIKQGPREQTGTGPLSQKCWEPEPDAPSQPGPALWSRGRA-RTQALAG------GS :: ::::. . ..: : . : . CCDS82 MGEHPS-PGPAVAACAEAERIEELEPEAEERLPA 10 20 30 80 90 100 110 120 130 pF1KE6 SLQQLDPENTGFIGADTFTGLVHSHELPLDPAKLDMLVALAQSNEQGQVCYQELVDLISS . ...:: :::.:.. : .:..:: ::: : ..:.:::.:. .::. ::..:.:.:. CCDS82 APEDFDPGNTGYISTGKFRSLLESHSSKLDPHKREVLLALADSHADGQIGYQDFVSLMSN 40 50 60 70 80 90 140 150 160 170 180 190 pF1KE6 KRSSSFKRAIANGQRALPRDGPLDEPGLGVYKRFVRYVAYEILPCEVDRRWYFYRHRSCP :::.::..:: .:.: : . :.: ::.. .:..:.:::: :: :.::.::. . :: CCDS82 KRSNSFRQAILQGNRRLSSKALLEEKGLSLSQRLIRHVAYETLPREIDRKWYYDSYTCCP 100 110 120 130 140 150 200 210 220 230 240 250 pF1KE6 PPVFMASVTLAQIIVFLCYGARLNKWVLQTYHPEYMKSPLVYHPGHRARAWRFLTYMFMH :: :: .::: .. :: :. :...:::. ::.:.:. ::::: ::..::.:::.::: CCDS82 PPWFMITVTLLEVAFFLYNGVSLGQFVLQVTHPRYLKNSLVYHPQLRAQVWRYLTYIFMH 160 170 180 190 200 210 260 270 280 290 300 310 pF1KE6 VGLEQLGFNALLQLMIGVPLEMVHGLLRISLLYLAGVLAGSLTVSITDMRAPVVGGSGGV .:.:.::.:..:::..::::::::: ::.:.:.:::.::::.::..:: :::::.:::: CCDS82 AGIEHLGLNVVLQLLVGVPLEMVHGATRIGLVYVAGVVAGSLAVSVADMTAPVVGSSGGV 220 230 240 250 260 270 320 330 340 350 360 370 pF1KE6 YALCSAHLANVVMNWAGMRCPYKLLRMVLALVCMSSEVGRAVWLRFSPPLPASGPQPSFM ::: ::::::.::::.::.: .:::::..::.::: : :::::::: : :.:::. CCDS82 YALVSAHLANIVMNWSGMKCQFKLLRMAVALICMSMEFGRAVWLRFHPSAYPPCPHPSFV 280 290 300 310 320 330 380 390 400 410 420 430 pF1KE6 AHLAGAVVGVSMGLTILRSYEERLRDQCGWWVVLLAYGTFLLFAVFWNVFAYDLLGAHIP :::.:..::...:...::.::.::.:: ::. . : .:.:::::::.::: :: ..: CCDS82 AHLGGVAVGITLGVVVLRNYEQRLQDQSLWWIFVAMYTVFVLFAVFWNIFAYTLLDLKLP 340 350 360 370 380 390 pF1KE6 PPP ::: CCDS82 PPP >>CCDS32613.1 RHBDL3 gene_id:162494|Hs108|chr17 (404 aa) initn: 1491 init1: 1491 opt: 1491 Z-score: 1451.3 bits: 277.6 E(32554): 1.6e-74 Smith-Waterman score: 1491; 56.6% identity (83.4% similar) in 362 aa overlap (77-438:43-404) 50 60 70 80 90 100 pF1KE6 EPEPDAPSQPGPALWSRGRARTQALAGGSSLQQLDPENTGFIGADTFTGLVHSHELPLDP ..:.:: :::.:.. : .:..:: ::: CCDS32 ACAEAERIEELEPEAEERLPAAPEDHWKVLFDQFDPGNTGYISTGKFRSLLESHSSKLDP 20 30 40 50 60 70 110 120 130 140 150 160 pF1KE6 AKLDMLVALAQSNEQGQVCYQELVDLISSKRSSSFKRAIANGQRALPRDGPLDEPGLGVY : ..:.:::.:. .::. ::..:.:.:.:::.::..:: .:.: : . :.: ::.. CCDS32 HKREVLLALADSHADGQIGYQDFVSLMSNKRSNSFRQAILQGNRRLSSKALLEEKGLSLS 80 90 100 110 120 130 170 180 190 200 210 220 pF1KE6 KRFVRYVAYEILPCEVDRRWYFYRHRSCPPPVFMASVTLAQIIVFLCYGARLNKWVLQTY .:..:.:::: :: :.::.::. . :::: :: .::: .. :: :. :...:::. CCDS32 QRLIRHVAYETLPREIDRKWYYDSYTCCPPPWFMITVTLLEVAFFLYNGVSLGQFVLQVT 140 150 160 170 180 190 230 240 250 260 270 280 pF1KE6 HPEYMKSPLVYHPGHRARAWRFLTYMFMHVGLEQLGFNALLQLMIGVPLEMVHGLLRISL ::.:.:. ::::: ::..::.:::.:::.:.:.::.:..:::..::::::::: ::.: CCDS32 HPRYLKNSLVYHPQLRAQVWRYLTYIFMHAGIEHLGLNVVLQLLVGVPLEMVHGATRIGL 200 210 220 230 240 250 290 300 310 320 330 340 pF1KE6 LYLAGVLAGSLTVSITDMRAPVVGGSGGVYALCSAHLANVVMNWAGMRCPYKLLRMVLAL .:.:::.::::.::..:: :::::.::::::: ::::::.::::.::.: .:::::..:: CCDS32 VYVAGVVAGSLAVSVADMTAPVVGSSGGVYALVSAHLANIVMNWSGMKCQFKLLRMAVAL 260 270 280 290 300 310 350 360 370 380 390 400 pF1KE6 VCMSSEVGRAVWLRFSPPLPASGPQPSFMAHLAGAVVGVSMGLTILRSYEERLRDQCGWW .::: : :::::::: : :.:::.:::.:..::...:...::.::.::.:: :: CCDS32 ICMSMEFGRAVWLRFHPSAYPPCPHPSFVAHLGGVAVGITLGVVVLRNYEQRLQDQSLWW 320 330 340 350 360 370 410 420 430 pF1KE6 VVLLAYGTFLLFAVFWNVFAYDLLGAHIPPPP . . : .:.:::::::.::: :: ..:::: CCDS32 IFVAMYTVFVLFAVFWNIFAYTLLDLKLPPPP 380 390 400 >>CCDS30680.1 RHBDL2 gene_id:54933|Hs108|chr1 (303 aa) initn: 589 init1: 453 opt: 632 Z-score: 620.9 bits: 123.5 E(32554): 2.9e-28 Smith-Waterman score: 632; 38.7% identity (70.5% similar) in 261 aa overlap (167-425:43-298) 140 150 160 170 180 190 pF1KE6 RSSSFKRAIANGQRALPRDGPLDEPGLGVYKRFVRYVAYEILPCEVDRRWYFYRHRSCPP :. : :. .:: : .: :. : :: CCDS30 NLNMGREMKEELEEEEKMREDGGGKDRAKSKKVHRIVSKWMLP-EKSRGTYLERANCFPP 20 30 40 50 60 70 200 210 220 230 240 250 pF1KE6 PVFMASVTLAQIIVFLCYGAR--LNKWVLQTYHPEYMKSPLVYHPGHRARAWRFLTYMFM :::. :..::.. ::. :.. ..:. : ..::..: : .: .::::..::.. CCDS30 PVFIISISLAELAVFIYYAVWKPQKQWI--TLDTGILESPFIYSPEKREEAWRFISYMLV 80 90 100 110 120 260 270 280 290 300 310 pF1KE6 HVGLEQLGFNALLQLMIGVPLEMVHGLLRISLLYLAGVLAGSLTVSITDMRAPVVGGSGG :.:.... : .::..:.:::::: ::..:.:::::.::::. :: : .::.::: CCDS30 HAGVQHILGNLCMQLVLGIPLEMVHKGLRVGLVYLAGVIAGSLASSIFDPLRYLVGASGG 130 140 150 160 170 180 320 330 340 350 360 370 pF1KE6 VYALCSAHLANVVMNWAGMRCPYKLLRMVLALVCMSSEVGRAVWLRFSPPLPASGPQPSF :::: .... ::..:. : . ..:... .. . ..: :.. :: .: .: :: CCDS30 VYALMGGYFMNVLVNFQEMIPAFGIFRLLIIILIIVLDMGFALYRRFF--VPEDGSPVSF 190 200 210 220 230 240 380 390 400 410 420 430 pF1KE6 MAHLAGAVVGVSMGLTILRSYEERLRDQCGWWVVLLAYGTFLLFAVFWNVFAYDLLGAHI ::.::. .:.:.: :.. ... : . .:... :: . .:::::.:.: CCDS30 AAHIAGGFAGMSIGYTVFSCFDKALLKDPRFWIAIAAYLACVLFAVFFNIFLSPAN 250 260 270 280 290 300 pF1KE6 PPPP 438 residues in 1 query sequences 18511270 residues in 32554 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Tue Nov 8 12:52:32 2016 done: Tue Nov 8 12:52:33 2016 Total Scan time: 2.320 Total Display time: 0.010 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]