FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KB6993, 221 aa 1>>>pF1KB6993 221 - 221 aa - 221 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.2271+/-0.000907; mu= 13.7605+/- 0.055 mean_var=69.6624+/-14.493, 0's: 0 Z-trim(106.2): 188 B-trim: 265 in 1/47 Lambda= 0.153665 statistics sampled from 8671 (8876) to 8671 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.66), E-opt: 0.2 (0.273), width: 16 Scan time: 1.830 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS10153.1 RAB27A gene_id:5873|Hs108|chr15 ( 221) 1476 336.2 9.9e-93 CCDS11958.1 RAB27B gene_id:5874|Hs108|chr18 ( 218) 1064 244.9 3.1e-65 CCDS12257.1 RAB3D gene_id:9545|Hs108|chr19 ( 219) 437 105.9 2.1e-23 CCDS12372.1 RAB3A gene_id:5864|Hs108|chr19 ( 220) 435 105.4 2.9e-23 CCDS8338.1 RAB39A gene_id:54734|Hs108|chr11 ( 217) 431 104.5 5.4e-23 CCDS3976.1 RAB3C gene_id:115827|Hs108|chr5 ( 227) 425 103.2 1.4e-22 CCDS560.1 RAB3B gene_id:5865|Hs108|chr1 ( 219) 422 102.5 2.2e-22 CCDS10183.1 RAB8B gene_id:51762|Hs108|chr15 ( 207) 403 98.3 3.8e-21 CCDS14766.1 RAB39B gene_id:116442|Hs108|chrX ( 213) 403 98.3 3.9e-21 CCDS12339.1 RAB8A gene_id:4218|Hs108|chr19 ( 207) 398 97.2 8.2e-21 CCDS54162.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 186) 379 92.9 1.4e-19 CCDS82198.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 196) 379 93.0 1.5e-19 CCDS11703.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 216) 379 93.0 1.6e-19 CCDS32722.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 223) 379 93.0 1.6e-19 CCDS54161.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 228) 379 93.0 1.6e-19 CCDS31613.1 RAB1B gene_id:81876|Hs108|chr11 ( 201) 374 91.9 3.2e-19 CCDS1058.1 RAB13 gene_id:5872|Hs108|chr1 ( 203) 371 91.2 5.1e-19 CCDS46306.1 RAB1A gene_id:5861|Hs108|chr2 ( 205) 364 89.7 1.5e-18 CCDS76806.1 RAB26 gene_id:25837|Hs108|chr16 ( 190) 362 89.2 1.9e-18 CCDS1720.1 RAB10 gene_id:10890|Hs108|chr2 ( 200) 361 89.0 2.4e-18 CCDS10460.1 RAB26 gene_id:25837|Hs108|chr16 ( 256) 362 89.3 2.5e-18 CCDS31050.1 RAB4A gene_id:5867|Hs108|chr1 ( 218) 342 84.8 4.7e-17 CCDS10212.1 RAB11A gene_id:8766|Hs108|chr15 ( 216) 341 84.6 5.4e-17 CCDS56537.1 RAB2A gene_id:5862|Hs108|chr8 ( 188) 338 83.9 7.7e-17 CCDS6175.1 RAB2A gene_id:5862|Hs108|chr8 ( 212) 338 83.9 8.5e-17 CCDS6662.1 RASEF gene_id:158158|Hs108|chr9 ( 740) 344 85.6 9.2e-17 CCDS41846.1 RAB35 gene_id:11021|Hs108|chr12 ( 201) 334 83.0 1.5e-16 CCDS12201.1 RAB11B gene_id:9230|Hs108|chr19 ( 218) 334 83.0 1.6e-16 CCDS41413.1 RAB25 gene_id:57111|Hs108|chr1 ( 213) 332 82.6 2.1e-16 CCDS6827.1 RAB14 gene_id:51552|Hs108|chr9 ( 215) 332 82.6 2.2e-16 CCDS33030.1 RAB4B gene_id:53916|Hs108|chr19 ( 213) 328 81.7 4e-16 CCDS81812.1 RAB15 gene_id:376267|Hs108|chr14 ( 166) 326 81.2 4.4e-16 CCDS9570.1 RAB2B gene_id:84932|Hs108|chr14 ( 216) 325 81.0 6.3e-16 CCDS9003.1 RAB21 gene_id:23011|Hs108|chr12 ( 225) 316 79.0 2.6e-15 CCDS33850.1 RAB43 gene_id:339122|Hs108|chr3 ( 212) 314 78.6 3.4e-15 CCDS42410.1 RAB12 gene_id:201475|Hs108|chr18 ( 244) 312 78.2 5.2e-15 CCDS14515.1 RAB9B gene_id:51209|Hs108|chrX ( 201) 310 77.7 6e-15 CCDS1716.1 DNAJC27 gene_id:51277|Hs108|chr2 ( 273) 309 77.5 8.9e-15 CCDS74493.1 DNAJC27 gene_id:51277|Hs108|chr2 ( 177) 306 76.8 1e-14 CCDS14156.1 RAB9A gene_id:9367|Hs108|chrX ( 201) 299 75.2 3.2e-14 CCDS7155.1 RAB18 gene_id:22931|Hs108|chr10 ( 206) 295 74.4 6.1e-14 CCDS34762.2 RAB19 gene_id:401409|Hs108|chr7 ( 217) 295 74.4 6.4e-14 CCDS11816.1 RAB40B gene_id:10966|Hs108|chr17 ( 278) 294 74.2 9.1e-14 CCDS8264.1 RAB30 gene_id:27314|Hs108|chr11 ( 203) 289 73.0 1.5e-13 CCDS44803.1 CRACR2A gene_id:84766|Hs108|chr12 ( 731) 295 74.7 1.7e-13 CCDS3082.1 RAB6B gene_id:51560|Hs108|chr3 ( 208) 288 72.8 1.8e-13 CCDS58155.1 RAB6A gene_id:5870|Hs108|chr11 ( 175) 286 72.3 2.1e-13 CCDS8223.1 RAB6A gene_id:5870|Hs108|chr11 ( 208) 286 72.4 2.5e-13 CCDS77710.1 RAB5A gene_id:5868|Hs108|chr3 ( 201) 285 72.1 2.8e-13 CCDS2633.1 RAB5A gene_id:5868|Hs108|chr3 ( 215) 285 72.2 2.9e-13 >>CCDS10153.1 RAB27A gene_id:5873|Hs108|chr15 (221 aa) initn: 1476 init1: 1476 opt: 1476 Z-score: 1778.3 bits: 336.2 E(32554): 9.9e-93 Smith-Waterman score: 1476; 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CCDS11 SSGKAFKVHLQLWDTAGQERFRSLTTAFFRDAMGFLLMFDLTSQQSFLNVRNWMSQLQAN 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KB6 AYCENPDIVLCGNKSDLEDQRVVKEEEAIALAEKYGIPYFETSAANGTNISQAIEMLLDL :::::::::: :::.:: ::: :.:..: ::.::::::::::::.: :. .:.: :::: CCDS11 AYCENPDIVLIGNKADLPDQREVNERQARELADKYGIPYFETSAATGQNVEKAVETLLDL 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 pF1KB6 IMKRMERCVDKSWIPEGVVRSNGHASTDQLSEEKEKGACGC ::::::.::.:. ::. : :: : . .:. . : : CCDS11 IMKRMEQCVEKTQIPDTV---NGGNSGNLDGEKPPEKKCIC 190 200 210 >>CCDS12257.1 RAB3D gene_id:9545|Hs108|chr19 (219 aa) initn: 585 init1: 246 opt: 437 Z-score: 533.5 bits: 105.9 E(32554): 2.1e-23 Smith-Waterman score: 593; 41.4% identity (74.5% similar) in 220 aa overlap (2-221:15-219) 10 20 30 40 pF1KB6 MSDGDYDYLIKFLALGDSGVGKTSVLYQYTDGKFNSKFITTVGIDFR .: ..::..:.: .:.:.::::: :..:.: .:. :..::::::. CCDS12 MASAGDTQAGPRDAADQNFDYMFKLLLIGNSSVGKTSFLFRYADDSFTPAFVSTVGIDFK 10 20 30 40 50 60 50 60 70 80 90 100 pF1KB6 EKRVVYRASGPDGATGRGQRIHLQLWDTAGQERFRSLTTAFFRDAMGFLLLFDLTNEQSF : .::: . .::.::.::::::::.:..:::..: ::::::..:..:..:: CCDS12 VK-TVYR---------HDKRIKLQIWDTAGQERYRTITTAYYRGAMGFLLMYDIANQESF 70 80 90 100 110 110 120 130 140 150 160 pF1KB6 LNVRNWISQLQMHAYCENPDIVLCGNKSDLEDQRVVKEEEAIALAEKYGIPYFETSAANG :..: .:.. ... .: ...: ::: ::::.::: :.. ::. :. .::.:: .. CCDS12 AAVQDWATQIKTYSW-DNAQVILVGNKCDLEDERVVPAEDGRRLADDLGFEFFEASAKEN 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 pF1KB6 TNISQAIEMLLDLIMKRMERCVDKSWIPEGVVRSNGHASTDQLSEEKEKGACGC :..:..: :.:.: ..: ..: : . :::.. . . . ..:.: CCDS12 INVKQVFERLVDVICEKM----NESLEPSSSSGSNGKGPAVGDAPAPQPSSCSC 170 180 190 200 210 >>CCDS12372.1 RAB3A gene_id:5864|Hs108|chr19 (220 aa) initn: 542 init1: 218 opt: 435 Z-score: 531.1 bits: 105.4 E(32554): 2.9e-23 Smith-Waterman score: 594; 41.7% identity (75.2% similar) in 218 aa overlap (2-219:15-220) 10 20 30 40 pF1KB6 MSDGDYDYLIKFLALGDSGVGKTSVLYQYTDGKFNSKFITTVGIDFR :: ..::..:.: .:.:.::::: :..:.: .:. :..::::::. CCDS12 MASATDSRYGQKESSDQNFDYMFKILIIGNSSVGKTSFLFRYADDSFTPAFVSTVGIDFK 10 20 30 40 50 60 50 60 70 80 90 100 pF1KB6 EKRVVYRASGPDGATGRGQRIHLQLWDTAGQERFRSLTTAFFRDAMGFLLLFDLTNEQSF : ..:: . .::.::.::::::::.:..:::..: ::::.:..:.:::.:: CCDS12 VK-TIYRND---------KRIKLQIWDTAGQERYRTITTAYYRGAMGFILMYDITNEESF 70 80 90 100 110 110 120 130 140 150 160 pF1KB6 LNVRNWISQLQMHAYCENPDIVLCGNKSDLEDQRVVKEEEAIALAEKYGIPYFETSAANG :..: .:.. ... .: ...: ::: :.::.:::. :.. ::.. :. .::.:: .. CCDS12 NAVQDWSTQIKTYSW-DNAQVLLVGNKCDMEDERVVSSERGRQLADHLGFEFFEASAKDN 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 pF1KB6 TNISQAIEMLLDLIMKRMERCVDKSWIPEGVVRSNGHASTDQLSEEKEKGACGC :..:..: :.:.: ..: . .: . : . ..: .:: .. :: CCDS12 INVKQTFERLVDVICEKMSESLDTA-DPAVTGAKQGPQLSDQQVPPHQDCAC 170 180 190 200 210 220 >>CCDS8338.1 RAB39A gene_id:54734|Hs108|chr11 (217 aa) initn: 430 init1: 344 opt: 431 Z-score: 526.3 bits: 104.5 E(32554): 5.4e-23 Smith-Waterman score: 463; 36.3% identity (67.7% similar) in 223 aa overlap (8-221:7-217) 10 20 30 40 50 pF1KB6 MSDGDYDYLIKFLALGDSGVGKTSVLYQYTDGKF----NSKFITTVGIDFREKRVVYRAS : ......::: :::. .:...:.:.: . :::.:: . . . CCDS83 METIWIYQFRLIVIGDSTVGKSCLLHRFTQGRFPGLRSPACDPTVGVDFFSRLLEIE-- 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KB6 GPDGATGRGQRIHLQLWDTAGQERFRSLTTAFFRDAMGFLLLFDLTNEQSFLNVRNWISQ : :.::.::::::::::::::.: ...:...: .:.::.::..:: .:..:. . CCDS83 -P------GKRIKLQLWDTAGQERFRSITRSYYRNSVGGFLVFDITNRRSFEHVKDWLEE 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KB6 LQMHAYCENPDIVLCGNKSDLEDQRVVKEEEAIALAEKYGIPYFETSAANGTNISQAIEM .:.. ..: :.: :: .:: : .::: :. :. :.:::: ..::. ... . CCDS83 AKMYVQPFRIVFLLVGHKCDLASQRQVTREEAEKLSADCGMKYIETSAKDATNVEESFTI 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 pF1KB6 LL-DL--IMKRMERCVDKSW--IPEGVVRSNGHASTDQLSEEKEKGACGC : :. ..:. : :.. .: . : : .. :.: . .. .:: : : CCDS83 LTRDIYELIKKGEICIQDGWEGVKSGFVPNTVHSSEEAVKPRKE---CFC 180 190 200 210 >>CCDS3976.1 RAB3C gene_id:115827|Hs108|chr5 (227 aa) initn: 548 init1: 218 opt: 425 Z-score: 518.9 bits: 103.2 E(32554): 1.4e-22 Smith-Waterman score: 583; 39.5% identity (74.1% similar) in 220 aa overlap (2-221:23-227) 10 20 30 pF1KB6 MSDGDYDYLIKFLALGDSGVGKTSVLYQYTDGKFNSKFI :: ..::..:.: .:.:.::::: :..:.: .:.: :. CCDS39 MRHEAPMQMASAQDARYGQKDSSDQNFDYMFKLLIIGNSSVGKTSFLFRYADDSFTSAFV 10 20 30 40 50 60 40 50 60 70 80 90 pF1KB6 TTVGIDFREKRVVYRASGPDGATGRGQRIHLQLWDTAGQERFRSLTTAFFRDAMGFLLLF .::::::. : .:.. .::.::.::::::::.:..:::..: ::::.:.. CCDS39 STVGIDFKVK-TVFKNE---------KRIKLQIWDTAGQERYRTITTAYYRGAMGFILMY 70 80 90 100 110 100 110 120 130 140 150 pF1KB6 DLTNEQSFLNVRNWISQLQMHAYCENPDIVLCGNKSDLEDQRVVKEEEAIALAEKYGIPY :.:::.:: :..: .:.. ... .: ...: ::: :.::.::.. :.. :.:. :. . CCDS39 DITNEESFNAVQDWSTQIKTYSW-DNAQVILVGNKCDMEDERVISTERGQHLGEQLGFEF 120 130 140 150 160 160 170 180 190 200 210 pF1KB6 FETSAANGTNISQAIEMLLDLIMKRMERCVDKSWIPEGVVRSNGHASTDQLSEEKEKGAC ::::: .. :..:..: :.:.: .: . .. . : .. . . . . . . : CCDS39 FETSAKDNINVKQTFERLVDIICDKMSESLETD--P--AITAAKQNTRLKETPPPPQPNC 170 180 190 200 210 220 220 pF1KB6 GC .: CCDS39 AC >>CCDS560.1 RAB3B gene_id:5865|Hs108|chr1 (219 aa) initn: 531 init1: 217 opt: 422 Z-score: 515.5 bits: 102.5 E(32554): 2.2e-22 Smith-Waterman score: 580; 40.9% identity (72.3% similar) in 220 aa overlap (2-221:15-219) 10 20 30 40 pF1KB6 MSDGDYDYLIKFLALGDSGVGKTSVLYQYTDGKFNSKFITTVGIDFR :: ..::..:.: .:.:.::::: :..:.: :. :..::::::. CCDS56 MASVTDGKTGVKDASDQNFDYMFKLLIIGNSSVGKTSFLFRYADDTFTPAFVSTVGIDFK 10 20 30 40 50 60 50 60 70 80 90 100 pF1KB6 EKRVVYRASGPDGATGRGQRIHLQLWDTAGQERFRSLTTAFFRDAMGFLLLFDLTNEQSF : .::: .:..::.::::::::.:..:::..: ::::.:..:.:::.:: CCDS56 VK-TVYRHE---------KRVKLQIWDTAGQERYRTITTAYYRGAMGFILMYDITNEESF 70 80 90 100 110 110 120 130 140 150 160 pF1KB6 LNVRNWISQLQMHAYCENPDIVLCGNKSDLEDQRVVKEEEAIALAEKYGIPYFETSAANG :..: .:.. ... .: ...: ::: :.:..::: :.. :::. :. .::.:: .. CCDS56 NAVQDWATQIKTYSW-DNAQVILVGNKCDMEEERVVPTEKGQLLAEQLGFDFFEASAKEN 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 pF1KB6 TNISQAIEMLLDLIMKRMERCVDKSWIPEGVVRSNGHASTDQLSEEKEKGACGC .. ::.: :.: : .: .: . : ... ..: : ... :.: CCDS56 ISVRQAFERLVDAICDKMSDSLDTDPSMLGSSKNTRLSDTPPLLQQN----CSC 170 180 190 200 210 >>CCDS10183.1 RAB8B gene_id:51762|Hs108|chr15 (207 aa) initn: 575 init1: 278 opt: 403 Z-score: 493.1 bits: 98.3 E(32554): 3.8e-21 Smith-Waterman score: 551; 44.9% identity (75.4% similar) in 187 aa overlap (6-192:5-180) 10 20 30 40 50 60 pF1KB6 MSDGDYDYLIKFLALGDSGVGKTSVLYQYTDGKFNSKFITTVGIDFREKRVVYRASGPDG ::::.:.: .:::::::: .:..... ::. ::.:.::::. . . :: CCDS10 MAKTYDYLFKLLLIGDSGVGKTCLLFRFSEDAFNTTFISTIGIDFKIRTIEL-----DG 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 pF1KB6 ATGRGQRIHLQLWDTAGQERFRSLTTAFFRDAMGFLLLFDLTNEQSFLNVRNWISQLQMH ..:.::.::::::::::..:::..: :::..:..:.:::.:: :..::: ... : CCDS10 -----KKIKLQIWDTAGQERFRTITTAYYRGAMGIMLVYDITNEKSFDNIKNWIRNIEEH 60 70 80 90 100 130 140 150 160 170 180 pF1KB6 AYCENPDIVLCGNKSDLEDQRVVKEEEAIALAEKYGIPYFETSAANGTNISQAIEMLLDL : . ..: ::: :..:.: :..:.. :: ::: ..:::: ...:. .:. : CCDS10 ASSDVERMIL-GNKCDMNDKRQVSKERGEKLAIDYGIKFLETSAKSSANVEEAFFTLARD 110 120 130 140 150 160 190 200 210 220 pF1KB6 IMKRMERCVDKSWIPEGVVRSNGHASTDQLSEEKEKGACGC :: ...: .. : CCDS10 IMTKLNRKMNDSNSAGAGGPVKITENRSKKTSFFRCSLL 170 180 190 200 >>CCDS14766.1 RAB39B gene_id:116442|Hs108|chrX (213 aa) initn: 454 init1: 369 opt: 403 Z-score: 492.9 bits: 98.3 E(32554): 3.9e-21 Smith-Waterman score: 484; 38.4% identity (68.5% similar) in 219 aa overlap (8-221:7-213) 10 20 30 40 50 60 pF1KB6 MSDGDYDYLIKFLALGDSGVGKTSVLYQYTDGKFNSKFITTVGIDFREKRVVYRASGPDG : ......::: :::. .. ..:.:.: . :::.:: . : . : CCDS14 MEAIWLYQFRLIVIGDSTVGKSCLIRRFTEGRFAQVSDPTVGVDFFSRLVEIE---P-- 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 pF1KB6 ATGRGQRIHLQLWDTAGQERFRSLTTAFFRDAMGFLLLFDLTNEQSFLNVRNWISQLQMH :.::.::.:::::::::::.: :..:...: :::::.::..:: ::..:. . ..: CCDS14 ----GKRIKLQIWDTAGQERFRSITRAYYRNSVGGLLLFDITNRRSFQNVHEWLEETKVH 60 70 80 90 100 110 130 140 150 160 170 pF1KB6 AYCENPDIVLCGNKSDLEDQRVVKEEEAIALAEKYGIPYFETSAANGTNISQAI-EMLLD . . .:: :.: ::. :: : ..:: :: ::. :.:::: .. :. .:. .. : CCDS14 VQPYQIVFVLVGHKCDLDTQRQVTRHEAEKLAAAYGMKYIETSARDAINVEKAFTDLTRD 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 pF1KB6 L--IMKRMERCVDKSW--IPEGVVRSNGHASTDQLSEEKEKGACGC . ..:: : ....: . : : . :.: . .. :.. : : CCDS14 IYELVKRGEITIQEGWEGVKSGFVPNVVHSSEEVVKSERR---CLC 180 190 200 210 >>CCDS12339.1 RAB8A gene_id:4218|Hs108|chr19 (207 aa) initn: 564 init1: 287 opt: 398 Z-score: 487.1 bits: 97.2 E(32554): 8.2e-21 Smith-Waterman score: 553; 45.8% identity (73.4% similar) in 192 aa overlap (6-197:5-184) 10 20 30 40 50 60 pF1KB6 MSDGDYDYLIKFLALGDSGVGKTSVLYQYTDGKFNSKFITTVGIDFREKRVVYRASGPDG ::::.:.: .:::::::: ::..... ::: ::.:.::::. . . :: CCDS12 MAKTYDYLFKLLLIGDSGVGKTCVLFRFSEDAFNSTFISTIGIDFKIRTIEL-----DG 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 pF1KB6 ATGRGQRIHLQLWDTAGQERFRSLTTAFFRDAMGFLLLFDLTNEQSFLNVRNWISQLQMH .::.::.::::::::::..:::..: :::..:..:.:::.:: :.:::: ... : CCDS12 -----KRIKLQIWDTAGQERFRTITTAYYRGAMGIMLVYDITNEKSFDNIRNWIRNIEEH 60 70 80 90 100 130 140 150 160 170 180 pF1KB6 AYCENPDIVLCGNKSDLEDQRVVKEEEAIALAEKYGIPYFETSAANGTNISQAIEMLLDL : . ..: ::: :..:.: :..:.. :: ::: ..:::: . :. .:. : CCDS12 ASADVEKMIL-GNKCDVNDKRQVSKERGEKLALDYGIKFMETSAKANINVENAFFTLARD 110 120 130 140 150 160 190 200 210 220 pF1KB6 IMKRMERCVDKSWIPEGVVRSNGHASTDQLSEEKEKGACGC : .:.. .. . :.: CCDS12 IKAKMDKKLEGN-SPQGSNQGVKITPDQQKRSSFFRCVLL 170 180 190 200 221 residues in 1 query sequences 18511270 residues in 32554 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Sun Nov 6 05:45:31 2016 done: Sun Nov 6 05:45:32 2016 Total Scan time: 1.830 Total Display time: 0.000 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]