FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE3141, 351 aa 1>>>pF1KE3141 351 - 351 aa - 351 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.7074+/-0.000374; mu= 10.1281+/- 0.023 mean_var=100.5038+/-20.308, 0's: 0 Z-trim(115.1): 73 B-trim: 0 in 0/57 Lambda= 0.127933 statistics sampled from 25225 (25311) to 25225 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.655), E-opt: 0.2 (0.297), width: 16 Scan time: 6.350 The best scores are: opt bits E(85289) NP_055363 (OMIM: 602928) tropomodulin-2 isoform a ( 351) 2226 421.2 1.7e-117 XP_016877578 (OMIM: 602928) PREDICTED: tropomoduli ( 306) 1857 353.1 4.7e-97 XP_016877576 (OMIM: 605112) PREDICTED: tropomoduli ( 352) 1739 331.3 1.9e-90 NP_055362 (OMIM: 605112) tropomodulin-3 [Homo sapi ( 352) 1739 331.3 1.9e-90 XP_016877577 (OMIM: 605112) PREDICTED: tropomoduli ( 352) 1739 331.3 1.9e-90 NP_001136357 (OMIM: 602928) tropomodulin-2 isoform ( 315) 1397 268.2 1.7e-71 NP_001159588 (OMIM: 190930) tropomodulin-1 [Homo s ( 359) 1362 261.8 1.7e-69 NP_003266 (OMIM: 190930) tropomodulin-1 [Homo sapi ( 359) 1362 261.8 1.7e-69 XP_011507751 (OMIM: 605834) PREDICTED: tropomoduli ( 345) 1254 241.8 1.7e-63 XP_016856578 (OMIM: 605834) PREDICTED: tropomoduli ( 345) 1254 241.8 1.7e-63 NP_037485 (OMIM: 605834) tropomodulin-4 [Homo sapi ( 345) 1254 241.8 1.7e-63 XP_016856579 (OMIM: 605834) PREDICTED: tropomoduli ( 261) 736 146.2 7.9e-35 NP_997046 (OMIM: 608006) leiomodin-2 [Homo sapiens ( 547) 607 122.5 2.2e-27 NP_001291347 (OMIM: 616112,616165) leiomodin-3 [Ho ( 560) 538 109.8 1.5e-23 NP_938012 (OMIM: 616112,616165) leiomodin-3 [Homo ( 560) 538 109.8 1.5e-23 NP_036266 (OMIM: 602715) leiomodin-1 [Homo sapiens ( 600) 536 109.4 2.1e-23 XP_005249633 (OMIM: 605980) PREDICTED: nucleotide- ( 705) 192 46.0 0.00031 XP_011513385 (OMIM: 605980) PREDICTED: nucleotide- ( 937) 193 46.2 0.00035 XP_011513381 (OMIM: 605980) PREDICTED: nucleotide- ( 953) 192 46.0 0.0004 XP_011513382 (OMIM: 605980) PREDICTED: nucleotide- ( 953) 192 46.0 0.0004 XP_005249629 (OMIM: 605980) PREDICTED: nucleotide- ( 953) 192 46.0 0.0004 XP_005249625 (OMIM: 605980) PREDICTED: nucleotide- ( 953) 192 46.0 0.0004 XP_011513383 (OMIM: 605980) PREDICTED: nucleotide- ( 953) 192 46.0 0.0004 XP_006715696 (OMIM: 605980) PREDICTED: nucleotide- ( 953) 192 46.0 0.0004 NP_006083 (OMIM: 605980) nucleotide-binding oligom ( 953) 192 46.0 0.0004 XP_016867164 (OMIM: 605980) PREDICTED: nucleotide- ( 925) 190 45.6 0.00051 XP_011513386 (OMIM: 605980) PREDICTED: nucleotide- ( 925) 190 45.6 0.00051 XP_016867163 (OMIM: 605980) PREDICTED: nucleotide- ( 929) 169 41.8 0.0075 >>NP_055363 (OMIM: 602928) tropomodulin-2 isoform a [Hom (351 aa) initn: 2226 init1: 2226 opt: 2226 Z-score: 2230.6 bits: 421.2 E(85289): 1.7e-117 Smith-Waterman score: 2226; 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NP_003 DPVAYALAEMLKENKVLKTLNVESNFISGAGILRLVEALPYNTSLVEMKIDNQSQPLGNK 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 pF1KE3 VEMEIAQMLEENSRILKFGYQFTKQGPRTRVAAAITKNNDLVRKKRVEADRR :::::..:::.:. .:::::.::.:::: :.. :. .:::::::.:. :: NP_003 VEMEIVSMLEKNATLLKFGYHFTQQGPRLRASNAMMNNNDLVRKRRL-ADLTGPIIPKCR 300 310 320 330 340 350 NP_003 SGV >>XP_011507751 (OMIM: 605834) PREDICTED: tropomodulin-4 (345 aa) initn: 1258 init1: 706 opt: 1254 Z-score: 1261.1 bits: 241.8 E(85289): 1.7e-63 Smith-Waterman score: 1254; 54.6% identity (83.5% similar) in 346 aa overlap (5-345:4-343) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 MALPFQKELEKYKNIDEDELLGKLSEEELKQLENVLDDLDPESAMLPAGFRQKDQTQKAA .:::::::..:::::.: :: :::.::. :...:::. .::::.::.:::.:. XP_011 MSSYQKELEKYRDIDEDEILRTLSPEELEQLDCELQEMDPENMLLPAGLRQRDQTKKSP 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 pF1KE3 TGPFDREHLLMYLEKEALEQKDREDFVPFTGEKKGRVFIPKEKPIETRKEEKVTLDPELE :::.::: ::.:::..::: :.:.:.:::::::::. .: .. : . ::..::.:::: XP_011 TGPLDREALLQYLEQQALEVKERDDLVPFTGEKKGKPYIQPKREIPA--EEQITLEPELE 60 70 80 90 100 110 130 140 150 160 170 pF1KE3 EALASASDTELYDLAAVLGVHNLLNNPKFDE-----ETANNKGGKGPVRNVVKGEKVKPV :::: :.:.:. :.::.: ...:..: .. . : :..: . .::. .: ::: XP_011 EALAHATDAEMCDIAAILDMYTLMSNKQYYDALCSGEICNTEG----ISSVVQPDKYKPV 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KE3 FEEPPNPTNVEISLQQMKANDPSLQEVNLNNIKNIPIPTLREFAKALETNTHVKKFSLAA .:::::::.: :.....:: :.:::::::..:::: : :. .:...::.:..:::.: XP_011 PDEPPNPTNIEEILKRVRSNDKELEEVNLNNIQDIPIPMLSELCEAMKANTYVRSFSLVA 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 pF1KE3 TRSNDPVAIAFADMLKVNKTLTSLNIESNFITGTGILALVEALKENDTLTEIKIDNQRQQ :::.::.: : ::::. :..: :::::::::..::..:...:..:: ::::...::::: XP_011 TRSGDPIANAVADMLRENRSLQSLNIESNFISSTGLMAVLKAVRENATLTELRVDNQRQW 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 pF1KE3 LGTAVEMEIAQMLEENSRILKFGYQFTKQGPRTRVAAAITKNNDLVRKKRVEADRR : :::::.: .::. :..:::.::.::::.:.: :.:.::.: :... XP_011 PGDAVEMEMATVLEQCPSIVRFGYHFTQQGPRARAAQAMTRNNELRRQQKKR 300 310 320 330 340 >>XP_016856578 (OMIM: 605834) PREDICTED: tropomodulin-4 (345 aa) initn: 1258 init1: 706 opt: 1254 Z-score: 1261.1 bits: 241.8 E(85289): 1.7e-63 Smith-Waterman score: 1254; 54.6% identity (83.5% similar) in 346 aa overlap (5-345:4-343) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 MALPFQKELEKYKNIDEDELLGKLSEEELKQLENVLDDLDPESAMLPAGFRQKDQTQKAA .:::::::..:::::.: :: :::.::. :...:::. .::::.::.:::.:. XP_016 MSSYQKELEKYRDIDEDEILRTLSPEELEQLDCELQEMDPENMLLPAGLRQRDQTKKSP 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 pF1KE3 TGPFDREHLLMYLEKEALEQKDREDFVPFTGEKKGRVFIPKEKPIETRKEEKVTLDPELE :::.::: ::.:::..::: :.:.:.:::::::::. .: .. : . ::..::.:::: XP_016 TGPLDREALLQYLEQQALEVKERDDLVPFTGEKKGKPYIQPKREIPA--EEQITLEPELE 60 70 80 90 100 110 130 140 150 160 170 pF1KE3 EALASASDTELYDLAAVLGVHNLLNNPKFDE-----ETANNKGGKGPVRNVVKGEKVKPV :::: :.:.:. :.::.: ...:..: .. . : :..: . .::. .: ::: XP_016 EALAHATDAEMCDIAAILDMYTLMSNKQYYDALCSGEICNTEG----ISSVVQPDKYKPV 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KE3 FEEPPNPTNVEISLQQMKANDPSLQEVNLNNIKNIPIPTLREFAKALETNTHVKKFSLAA .:::::::.: :.....:: :.:::::::..:::: : :. .:...::.:..:::.: XP_016 PDEPPNPTNIEEILKRVRSNDKELEEVNLNNIQDIPIPMLSELCEAMKANTYVRSFSLVA 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 pF1KE3 TRSNDPVAIAFADMLKVNKTLTSLNIESNFITGTGILALVEALKENDTLTEIKIDNQRQQ :::.::.: : ::::. :..: :::::::::..::..:...:..:: ::::...::::: XP_016 TRSGDPIANAVADMLRENRSLQSLNIESNFISSTGLMAVLKAVRENATLTELRVDNQRQW 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 pF1KE3 LGTAVEMEIAQMLEENSRILKFGYQFTKQGPRTRVAAAITKNNDLVRKKRVEADRR : :::::.: .::. :..:::.::.::::.:.: :.:.::.: :... XP_016 PGDAVEMEMATVLEQCPSIVRFGYHFTQQGPRARAAQAMTRNNELRRQQKKR 300 310 320 330 340 351 residues in 1 query sequences 60827320 residues in 85289 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Sun Nov 6 14:13:17 2016 done: Sun Nov 6 14:13:18 2016 Total Scan time: 6.350 Total Display time: 0.020 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]