FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE3141, 351 aa 1>>>pF1KE3141 351 - 351 aa - 351 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.7565+/-0.000908; mu= 9.5814+/- 0.055 mean_var=93.3470+/-18.608, 0's: 0 Z-trim(107.4): 28 B-trim: 0 in 0/50 Lambda= 0.132747 statistics sampled from 9503 (9525) to 9503 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.66), E-opt: 0.2 (0.293), width: 16 Scan time: 2.170 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS10144.1 TMOD2 gene_id:29767|Hs108|chr15 ( 351) 2226 436.4 1.7e-122 CCDS10145.1 TMOD3 gene_id:29766|Hs108|chr15 ( 352) 1739 343.1 2e-94 CCDS45260.1 TMOD2 gene_id:29767|Hs108|chr15 ( 315) 1397 277.6 9.6e-75 CCDS6726.1 TMOD1 gene_id:7111|Hs108|chr9 ( 359) 1362 270.9 1.1e-72 CCDS988.1 TMOD4 gene_id:29765|Hs108|chr1 ( 345) 1254 250.3 1.8e-66 CCDS47693.1 LMOD2 gene_id:442721|Hs108|chr7 ( 547) 607 126.4 5.5e-29 CCDS46862.1 LMOD3 gene_id:56203|Hs108|chr3 ( 560) 538 113.2 5.4e-25 CCDS53457.1 LMOD1 gene_id:25802|Hs108|chr1 ( 600) 536 112.8 7.4e-25 >>CCDS10144.1 TMOD2 gene_id:29767|Hs108|chr15 (351 aa) initn: 2226 init1: 2226 opt: 2226 Z-score: 2312.6 bits: 436.4 E(32554): 1.7e-122 Smith-Waterman score: 2226; 100.0% identity (100.0% similar) in 351 aa overlap (1-351:1-351) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 MALPFQKELEKYKNIDEDELLGKLSEEELKQLENVLDDLDPESAMLPAGFRQKDQTQKAA :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS10 MALPFQKELEKYKNIDEDELLGKLSEEELKQLENVLDDLDPESAMLPAGFRQKDQTQKAA 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE3 TGPFDREHLLMYLEKEALEQKDREDFVPFTGEKKGRVFIPKEKPIETRKEEKVTLDPELE :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS10 TGPFDREHLLMYLEKEALEQKDREDFVPFTGEKKGRVFIPKEKPIETRKEEKVTLDPELE 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KE3 EALASASDTELYDLAAVLGVHNLLNNPKFDEETANNKGGKGPVRNVVKGEKVKPVFEEPP :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS10 EALASASDTELYDLAAVLGVHNLLNNPKFDEETANNKGGKGPVRNVVKGEKVKPVFEEPP 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KE3 NPTNVEISLQQMKANDPSLQEVNLNNIKNIPIPTLREFAKALETNTHVKKFSLAATRSND :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS10 NPTNVEISLQQMKANDPSLQEVNLNNIKNIPIPTLREFAKALETNTHVKKFSLAATRSND 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 pF1KE3 PVAIAFADMLKVNKTLTSLNIESNFITGTGILALVEALKENDTLTEIKIDNQRQQLGTAV :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS10 PVAIAFADMLKVNKTLTSLNIESNFITGTGILALVEALKENDTLTEIKIDNQRQQLGTAV 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 pF1KE3 EMEIAQMLEENSRILKFGYQFTKQGPRTRVAAAITKNNDLVRKKRVEADRR ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS10 EMEIAQMLEENSRILKFGYQFTKQGPRTRVAAAITKNNDLVRKKRVEADRR 310 320 330 340 350 >>CCDS10145.1 TMOD3 gene_id:29766|Hs108|chr15 (352 aa) initn: 1805 init1: 962 opt: 1739 Z-score: 1808.6 bits: 343.1 E(32554): 2e-94 Smith-Waterman score: 1739; 75.9% identity (92.3% similar) in 352 aa overlap (1-351:1-352) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 MALPFQKELEKYKNIDEDELLGKLSEEELKQLENVLDDLDPESAMLPAGFRQKDQTQKAA :::::.:.:::::..:::::::.::: ::::::.::::::::.:.::::::::.::.:.. 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CCDS10 VELEMAKMLEENTNILKFGYQFTQQGPRTRAANAITKNNDLVRKRRVEGDHQ 310 320 330 340 350 >>CCDS45260.1 TMOD2 gene_id:29767|Hs108|chr15 (315 aa) initn: 1988 init1: 1349 opt: 1397 Z-score: 1455.4 bits: 277.6 E(32554): 9.6e-75 Smith-Waterman score: 1920; 89.7% identity (89.7% similar) in 351 aa overlap (1-351:1-315) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 MALPFQKELEKYKNIDEDELLGKLSEEELKQLENVLDDLDPESAMLPAGFRQKDQTQKAA :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS45 MALPFQKELEKYKNIDEDELLGKLSEEELKQLENVLDDLDPESAMLPAGFRQKDQTQKAA 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE3 TGPFDREHLLMYLEKEALEQKDREDFVPFTGEKKGRVFIPKEKPIETRKEEKVTLDPELE :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS45 TGPFDREHLLMYLEKEALEQKDREDFVPFTGEKKGRVFIPKEKPIETRKEEKVTLDPELE 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KE3 EALASASDTELYDLAAVLGVHNLLNNPKFDEETANNKGGKGPVRNVVKGEKVKPVFEEPP :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS45 EALASASDTELYDLAAVLGVHNLLNNPKFDEETANNKGGKGPVRNVVKGEKVKPVFEEPP 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KE3 NPTNVEISLQQMKANDPSLQEVNLNNIKNIPIPTLREFAKALETNTHVKKFSLAATRSND :::::::::::::::::::::::::::: CCDS45 NPTNVEISLQQMKANDPSLQEVNLNNIK-------------------------------- 190 200 250 260 270 280 290 300 pF1KE3 PVAIAFADMLKVNKTLTSLNIESNFITGTGILALVEALKENDTLTEIKIDNQRQQLGTAV :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS45 ----AFADMLKVNKTLTSLNIESNFITGTGILALVEALKENDTLTEIKIDNQRQQLGTAV 210 220 230 240 250 260 310 320 330 340 350 pF1KE3 EMEIAQMLEENSRILKFGYQFTKQGPRTRVAAAITKNNDLVRKKRVEADRR ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS45 EMEIAQMLEENSRILKFGYQFTKQGPRTRVAAAITKNNDLVRKKRVEADRR 270 280 290 300 310 >>CCDS6726.1 TMOD1 gene_id:7111|Hs108|chr9 (359 aa) initn: 1394 init1: 1177 opt: 1362 Z-score: 1418.2 bits: 270.9 E(32554): 1.1e-72 Smith-Waterman score: 1362; 59.8% identity (85.9% similar) in 348 aa overlap (3-349:1-346) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 MALPFQKELEKYKNIDEDELLGKLSEEELKQLENVLDDLDPESAMLPAGFRQKDQTQKAA . ...:::::...::::.:: :.::::. ::: ::.:::..:.::::.:::::: :: CCDS67 MSYRRELEKYRDLDEDEILGALTEEELRTLENELDELDPDNALLPAGLRQKDQTTKAP 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 pF1KE3 TGPFDREHLLMYLEKEALEQKDREDFVPFTGEKKGRVFIPKEKPIETRKEEKVTLDPELE :::: ::.:: .:::.: : :::::.::.::::.:.:..::.::.. : .:::.:::: CCDS67 TGPFKREELLDHLEKQAKEFKDREDLVPYTGEKRGKVWVPKQKPLDPVLE-SVTLEPELE 60 70 80 90 100 110 130 140 150 160 170 pF1KE3 EALASASDTELYDLAAVLGVHNLLNNPKFDEETANNK-GGKGPVRNVVKGEKVKPVFEEP ::::.:::.:: :.::.::.:.:..: .. . .... .: . .:.: . ::: .: CCDS67 EALANASDAELCDIAAILGMHTLMSNQQYYQALSSSSIMNKEGLNSVIKPTQYKPVPDEE 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KE3 PNPTNVEISLQQMKANDPSLQEVNLNNIKNIPIPTLREFAKALETNTHVKKFSLAATRSN :: :.:: .:...: :::.:.:::::::.:::::::. .:.::. :..:::::...:::: CCDS67 PNSTDVEETLERIKNNDPKLEEVNLNNIRNIPIPTLKAYAEALKENSYVKKFSIVGTRSN 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 pF1KE3 DPVAIAFADMLKVNKTLTSLNIESNFITGTGILALVEALKENDTLTEIKIDNQRQQLGTA :::: :.:.::: ::.: .::.:::::.:.::: ::::: : .:.:.::::: : ::. CCDS67 DPVAYALAEMLKENKVLKTLNVESNFISGAGILRLVEALPYNTSLVEMKIDNQSQPLGNK 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 pF1KE3 VEMEIAQMLEENSRILKFGYQFTKQGPRTRVAAAITKNNDLVRKKRVEADRR :::::..:::.:. .:::::.::.:::: :.. :. .:::::::.:. :: CCDS67 VEMEIVSMLEKNATLLKFGYHFTQQGPRLRASNAMMNNNDLVRKRRL-ADLTGPIIPKCR 300 310 320 330 340 350 CCDS67 SGV >>CCDS988.1 TMOD4 gene_id:29765|Hs108|chr1 (345 aa) initn: 1258 init1: 706 opt: 1254 Z-score: 1306.7 bits: 250.3 E(32554): 1.8e-66 Smith-Waterman score: 1254; 54.6% identity (83.5% similar) in 346 aa overlap (5-345:4-343) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 MALPFQKELEKYKNIDEDELLGKLSEEELKQLENVLDDLDPESAMLPAGFRQKDQTQKAA .:::::::..:::::.: :: :::.::. :...:::. .::::.::.:::.:. CCDS98 MSSYQKELEKYRDIDEDEILRTLSPEELEQLDCELQEMDPENMLLPAGLRQRDQTKKSP 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 pF1KE3 TGPFDREHLLMYLEKEALEQKDREDFVPFTGEKKGRVFIPKEKPIETRKEEKVTLDPELE :::.::: ::.:::..::: :.:.:.:::::::::. .: .. : . ::..::.:::: CCDS98 TGPLDREALLQYLEQQALEVKERDDLVPFTGEKKGKPYIQPKREIPA--EEQITLEPELE 60 70 80 90 100 110 130 140 150 160 170 pF1KE3 EALASASDTELYDLAAVLGVHNLLNNPKFDE-----ETANNKGGKGPVRNVVKGEKVKPV :::: :.:.:. :.::.: ...:..: .. . : :..: . .::. .: ::: CCDS98 EALAHATDAEMCDIAAILDMYTLMSNKQYYDALCSGEICNTEG----ISSVVQPDKYKPV 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KE3 FEEPPNPTNVEISLQQMKANDPSLQEVNLNNIKNIPIPTLREFAKALETNTHVKKFSLAA .:::::::.: :.....:: :.:::::::..:::: : :. .:...::.:..:::.: CCDS98 PDEPPNPTNIEEILKRVRSNDKELEEVNLNNIQDIPIPMLSELCEAMKANTYVRSFSLVA 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 pF1KE3 TRSNDPVAIAFADMLKVNKTLTSLNIESNFITGTGILALVEALKENDTLTEIKIDNQRQQ :::.::.: : ::::. :..: :::::::::..::..:...:..:: ::::...::::: CCDS98 TRSGDPIANAVADMLRENRSLQSLNIESNFISSTGLMAVLKAVRENATLTELRVDNQRQW 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 pF1KE3 LGTAVEMEIAQMLEENSRILKFGYQFTKQGPRTRVAAAITKNNDLVRKKRVEADRR : :::::.: .::. :..:::.::.::::.:.: :.:.::.: :... CCDS98 PGDAVEMEMATVLEQCPSIVRFGYHFTQQGPRARAAQAMTRNNELRRQQKKR 300 310 320 330 340 >>CCDS47693.1 LMOD2 gene_id:442721|Hs108|chr7 (547 aa) initn: 719 init1: 565 opt: 607 Z-score: 633.8 bits: 126.4 E(32554): 5.5e-29 Smith-Waterman score: 814; 40.5% identity (71.8% similar) in 365 aa overlap (5-351:6-365) 10 20 30 40 50 pF1KE3 MALPFQKELEKYKNIDEDELLGKLSEEELKQLENVLDDLDPESAMLPAGFRQKDQTQKA ... : ::..:::::::..:: ::::.:: :.:..:. ::.:.:::. :.:. CCDS47 MSTFGYRRGLSKYESIDEDELLASLSAEELKELERELEDIEPDRN-LPVGLRQKSLTEKT 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 pF1KE3 ATGPFDREHLLMYLEKEA--LEQKDREDFVPFTGEKKGR-----VFIPKEKPIE----TR :: :.:: :. : :::. : .:.: ..: : . .: ... . :. CCDS47 PTGTFSREALMAYWEKESQKLLEKERLGECGKVAEDKEESEEELIFTESNSEVSEEVYTE 60 70 80 90 100 110 110 120 130 140 150 160 pF1KE3 KEEKVTLDPELEEALASASDTELYDLAAVLGVHNLLNNPKFDEETANNKGGKGPVRNV-- .::. . . : :: :: : . .. :... .: . . .... : :. ..:. CCDS47 EEEEESQEEEEEED----SDEEERTIETAKGINGTVNYDSVNSDNSKPKIFKSQIENINL 120 130 140 150 160 170 170 180 190 200 210 220 pF1KE3 ---VKGEKVK-PVFEEP-PNPTNVEISLQQMKANDPSLQEVNLNNIKNIPIPTLREFAKA .:.... :. .: ::: .: .:...:.:::. :::::::.:: :: .::.: CCDS47 TNGSNGRNTESPAAIHPCGNPTVIEDALDKIKSNDPDTTEVNLNNIENITTQTLTRFAEA 180 190 200 210 220 230 230 240 250 260 270 280 pF1KE3 LETNTHVKKFSLAATRSNDPVAIAFADMLKVNKTLTSLNIESNFITGTGILALVEALKEN :. :: :: :::: :...: .:.:.:.:::::. .:..:.::::::: ::::...::..: CCDS47 LKDNTVVKTFSLANTHADDSAAMAIAEMLKVNEHITNVNVESNFITGKGILAIMRALQHN 240 250 260 270 280 290 290 300 310 320 330 340 pF1KE3 DTLTEIKIDNQRQQLGTAVEMEIAQMLEENSRILKFGYQFTKQGPRTRVAAAITKNNDLV .:::... :::. .:. :::::...:.::. .:..::.: ::: ... .:.: : CCDS47 TVLTELRFHNQRHIMGSQVEMEIVKLLKENTTLLRLGYHFELPGPRMSMTSILTRNMDKQ 300 310 320 330 340 350 350 pF1KE3 RKKRVEADRR :.::.. ... CCDS47 RQKRLQEQKQQEGYDGGPNLRTKVWQRGTPSSSPYVSPRHSPWSSPKLPKKVQTVRSRPL 360 370 380 390 400 410 >>CCDS46862.1 LMOD3 gene_id:56203|Hs108|chr3 (560 aa) initn: 726 init1: 522 opt: 538 Z-score: 562.3 bits: 113.2 E(32554): 5.4e-25 Smith-Waterman score: 597; 34.7% identity (61.4% similar) in 383 aa overlap (24-351:27-407) 10 20 30 40 50 pF1KE3 MALPFQKELEKYKNIDEDELLGKLSEEELKQLENVLDDLDPESAMLPAGFRQKDQTQ :: ::::.:.. .. . :. . ::.:. :::::. CCDS46 MSEHSRNSDQEELLDEEINEDEILANLSAEELKELQSEMEVMAPDPS-LPVGMIQKDQTD 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 pF1KE3 KAATGPFDREHLL--MYLEKEALEQKDREDFVPFTG--------------EKKGRVFIP- : :: :... :. :: :: : .. .:. :: : ::... . CCDS46 KPPTGNFNHKSLVDYMYWEK-ASRRMLEEERVPVTFVKSEEKTQEEHEEIEKRNKNMAQY 60 70 80 90 100 110 110 120 130 pF1KE3 -KEK----PIETRKEEKVT-----LDPELEEALASASDTELYDLA-------------AV ::: . ...: : . : : :: . .: : : . : CCDS46 LKEKLNNEIVANKRESKGSSNIQETDEEDEEEEDDDDDDEGEDDGEESEETNREEEGKAK 120 130 140 150 160 170 140 150 160 170 180 pF1KE3 LGVHNLLNN---------------PKFDEETANNKGGKGPVRNVVKGEKVKPVFEEPPNP ..: :: :. .:.. .. . : . .. .: . : CCDS46 EQIRNCENNCQQVTDKAFKEQRDRPEAQEQSEKKISKLDPKKLALDTSFLKVSTRPSGNQ 180 190 200 210 220 230 190 200 210 220 230 240 pF1KE3 TNVEISLQQMKANDPSLQEVNLNNIKNIPIPTLREFAKALETNTHVKKFSLAATRSNDPV :... ::.... :::...:.:::::.::: : .:..:.. : :.: :::: . ... : CCDS46 TDLDGSLRRVRKNDPDMKELNLNNIENIPKEMLLDFVNAMKKNKHIKTFSLANVGADENV 240 250 260 270 280 290 250 260 270 280 290 300 pF1KE3 AIAFADMLKVNKTLTSLNIESNFITGTGILALVEALKENDTLTEIKIDNQRQQLGTAVEM :.:.:.::. :...:.:::::::::: ::.:... :. :.::::... :::..:: .:: CCDS46 AFALANMLRENRSITTLNIESNFITGKGIVAIMRCLQFNETLTELRFHNQRHMLGHHAEM 300 310 320 330 340 350 310 320 330 340 350 pF1KE3 EIAQMLEENSRILKFGYQFTKQGPRTRVAAAITKNNDLVRKKRVEADRR :::..:. :. .::.::.: ::: :. .:.:.: :.:: : ... CCDS46 EIARLLKANNTLLKMGYHFELPGPRMVVTNLLTRNQDKQRQKRQEEQKQQQLKEQKKLIA 360 370 380 390 400 410 CCDS46 MLENGLGLPPGMWELLGGPKPDSRMQEFFQPPPPRPPNPQNVPFSQRSEMMKKPSQAPKY 420 430 440 450 460 470 >>CCDS53457.1 LMOD1 gene_id:25802|Hs108|chr1 (600 aa) initn: 648 init1: 516 opt: 536 Z-score: 559.7 bits: 112.8 E(32554): 7.4e-25 Smith-Waterman score: 545; 35.0% identity (61.2% similar) in 369 aa overlap (4-351:125-484) 10 20 30 pF1KE3 MALPFQKELEKYKNIDEDELLGKLSEEELKQLE : . :.: . :.:: :: : :. :. : CCDS53 KTDAKNGEERGRDASKKALGPRRDSDLGKEPKRGGLKKSFSRDRDEAGGK-SGEKPKE-E 100 110 120 130 140 150 40 50 60 70 80 90 pF1KE3 NVLDDLDPESAMLPAGFRQKDQTQKAATGPFDREHLLMYLEKEALEQKDREDFVPFTGEK ... .: .. . :. .:. . : . : .:. . ..: . .::. . .: CCDS53 KIIRGID--KGRVRAAVDKKE-AGKDGRG---EERAVATKKEEEKKGSDRNTGLSRDKDK 160 170 180 190 200 100 110 120 130 140 pF1KE3 KGRVF--IPKEKPIETRKEEKVTLDPELE-EALASA---SDTELYDLAAVLGVHNL---- : . . . :.. : : :. . : . : : . : .: . : . :. : CCDS53 KREEMKEVAKKEDDEKVKGERRNTDTRKEGEKMKRAGGNTDMKKEDEKVKRGTGNTDTKK 210 220 230 240 250 260 150 160 170 180 190 pF1KE3 ------LNNPKFDEETANNKGGKGPVRNVVKGEKVKPV-----FEEPPNPTNVEISLQQM :.: ..:. ... : : ... .: .:: :: :. . :... 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