FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KB7061, 655 aa 1>>>pF1KB7061 655 - 655 aa - 655 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.9802+/-0.000371; mu= -4.4908+/- 0.023 mean_var=338.6115+/-68.562, 0's: 0 Z-trim(123.9): 138 B-trim: 33 in 1/58 Lambda= 0.069698 statistics sampled from 44339 (44485) to 44339 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.788), E-opt: 0.2 (0.522), width: 16 Scan time: 13.850 The best scores are: opt bits E(85289) NP_002006 (OMIM: 136533,268220) forkhead box prote ( 655) 4467 462.9 1.6e-129 XP_011533310 (OMIM: 136533,268220) PREDICTED: fork ( 474) 3036 318.9 2.6e-86 XP_011533312 (OMIM: 136533,268220) PREDICTED: fork ( 418) 2842 299.4 1.7e-80 NP_963853 (OMIM: 602681) forkhead box protein O3 [ ( 673) 1106 125.0 8.9e-28 NP_001446 (OMIM: 602681) forkhead box protein O3 [ ( 673) 1106 125.0 8.9e-28 NP_005929 (OMIM: 300033) forkhead box protein O4 i ( 505) 944 108.6 5.7e-23 NP_001278210 (OMIM: 611457) forkhead box protein O ( 559) 936 107.8 1.1e-22 NP_001164402 (OMIM: 300033) forkhead box protein O ( 450) 838 97.9 8.4e-20 XP_005266924 (OMIM: 602681) PREDICTED: forkhead bo ( 484) 689 83.0 2.9e-15 XP_016866074 (OMIM: 602681) PREDICTED: forkhead bo ( 484) 689 83.0 2.9e-15 XP_011533928 (OMIM: 602681) PREDICTED: forkhead bo ( 506) 686 82.7 3.7e-15 XP_011533930 (OMIM: 602681) PREDICTED: forkhead bo ( 453) 602 74.2 1.2e-12 XP_011533931 (OMIM: 602681) PREDICTED: forkhead bo ( 453) 602 74.2 1.2e-12 XP_016866075 (OMIM: 602681) PREDICTED: forkhead bo ( 453) 602 74.2 1.2e-12 XP_005266925 (OMIM: 602681) PREDICTED: forkhead bo ( 453) 602 74.2 1.2e-12 XP_011529259 (OMIM: 300033) PREDICTED: forkhead bo ( 327) 416 55.4 3.9e-07 NP_001129121 (OMIM: 612351) forkhead box protein I ( 420) 373 51.1 9.5e-06 NP_005240 (OMIM: 164874,613454) forkhead box prote ( 489) 365 50.4 1.9e-05 XP_006710521 (OMIM: 616035) PREDICTED: forkhead bo ( 607) 318 45.7 0.00058 NP_001185780 (OMIM: 616035) forkhead box protein J ( 622) 318 45.7 0.00059 XP_011539328 (OMIM: 616035) PREDICTED: forkhead bo ( 622) 318 45.7 0.00059 NP_001185779 (OMIM: 616035) forkhead box protein J ( 622) 318 45.7 0.00059 NP_055762 (OMIM: 616035) forkhead box protein J3 i ( 622) 318 45.7 0.00059 XP_005270689 (OMIM: 616035) PREDICTED: forkhead bo ( 630) 318 45.7 0.0006 XP_016856182 (OMIM: 616035) PREDICTED: forkhead bo ( 573) 302 44.1 0.0017 NP_001185781 (OMIM: 616035) forkhead box protein J ( 588) 302 44.1 0.0017 XP_006710522 (OMIM: 616035) PREDICTED: forkhead bo ( 596) 302 44.1 0.0018 NP_004465 (OMIM: 602211) forkhead box protein D2 [ ( 495) 289 42.7 0.0038 NP_001443 (OMIM: 603250) forkhead box protein F2 [ ( 444) 286 42.4 0.0043 NP_710141 (OMIM: 600288) hepatocyte nuclear factor ( 457) 281 41.9 0.0062 NP_068556 (OMIM: 600288) hepatocyte nuclear factor ( 463) 281 41.9 0.0062 >>NP_002006 (OMIM: 136533,268220) forkhead box protein O (655 aa) initn: 4467 init1: 4467 opt: 4467 Z-score: 2446.4 bits: 462.9 E(85289): 1.6e-129 Smith-Waterman score: 4467; 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NP_963 LDEVQDDDAPLSPMLYSSSASLSPSVSKPCTVELPRLTDMAGTMNLNDGLTENLMDDLLD 340 350 360 370 380 390 380 390 400 410 420 430 pF1KB7 LLSSPTSLTVSTQSSP-GTMMQQTPCYSFAPPNTSLNSPSPNYQKYTYGQSSMSPLPQMP .. : : : :: : .::.. . .. ...:.::. .... ..: ::.. : : : NP_963 NITLPPS-----QPSPTGGLMQRSSSFPYTTKGSGLGSPTSSFNSTVFGPSSLNSLRQSP 400 410 420 430 440 440 450 460 470 480 490 pF1KB7 IQTLQDNK-SSYGGMSQYNCAPGLLKELLTSDSPPHNDIM-TPVDPGVAQPNSRVLGQNV .::.:.:: .....::.:. :..:::::: :.:.: : :: ..: .. : .:: NP_963 MQTIQENKPATFSSMSHYGNQT--LQDLLTSDSLSHSDVMMTQSDPLMSQASTAVSAQNS 450 460 470 480 490 500 500 510 520 530 540 550 pF1KB7 ---MMGPNSVMSTYGSQASHNKMMNPSSHTHPGHAQQTSAVNGRPLPHTVSTMPHTSGMN .: :. : ....: ......: .. : : : . ..: : ..::.: : . NP_963 RRNVMLRNDPMMSFAAQPNQGSLVN-QNLLHHQHQTQGALGGSRALSNSVSNMG-LSESS 510 520 530 540 550 560 560 570 580 590 600 610 pF1KB7 RLTQVKTPVQVPLPHPMQM--SALGGYSSVSSCNGYGRMGLLHQEKLPSDLD-GMFIERL : ..: : :. . :: ..:.: : :. . :: .::.::::: :: : NP_963 SLGSAKHQQQSPVSQSMQTLSDSLSGSSLYSTSANLPVMG---HEKFPSDLDLDMFNGSL 570 580 590 600 610 620 620 630 640 650 pF1KB7 DCDMESIIRNDLMDGDTLDFNFDNVLPNQS--------FPHSVKTTTHSWVSG .::::::::..:::.: ::::::... .:. : . .....::: : NP_963 ECDMESIIRSELMDADGLDFNFDSLISTQNVVGLNVGNFTGAKQASSQSWVPG 630 640 650 660 670 >>NP_001446 (OMIM: 602681) forkhead box protein O3 [Homo (673 aa) initn: 1474 init1: 790 opt: 1106 Z-score: 619.7 bits: 125.0 E(85289): 8.9e-28 Smith-Waterman score: 1767; 47.0% identity (69.4% similar) in 702 aa overlap (4-655:12-673) 10 20 30 40 50 pF1KB7 MAEAPQVVEIDPDFEPLPRPRSCTWPLPRPEFSQSNSATSSPA-PSGSAAAN .: ::.::.::: ::::::::: :::.. .::: ::: .::. NP_001 MAEAPASPAPLSPLEVELDPEFEPQSRPRSCTWPLQRPELQ------ASPAKPSGETAAD 10 20 30 40 50 60 70 80 90 pF1KB7 ---P-------DAAAGLPSASAAAV-----SADFMSNLSLLEESEDFPQAPGSVAAAVAA : : .: ..:: :. :. . :.: :::.: :::. . . NP_001 SMIPEEEDDEDDEDGGGRAGSAMAIGGGGGSGTLGSGL-LLEDSARV-LAPGGQDPGSGP 60 70 80 90 100 110 100 110 120 130 140 150 pF1KB7 AAAAAATGGLCGDFQGPEAGCLHPAPPQPPPPGPLSQHPPVPPAAAGPLAGQPRKSSSSR :.:: ::: : : .: :.: : ::: :.::: .::::: :: : NP_001 ATAA---GGLSG---GTQA-LLQPQQPLPPPQ----------PGAAGG-SGQPRKCSS-R 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 pF1KB7 RNAWGNLSYADLITKAIESSAEKRLTLSQIYEWMVKSVPYFKDKGDSNSSAGWKNSIRHN ::::::::::::::.::::: .:::::::::::::. ::::::::::::::::::::::: NP_001 RNAWGNLSYADLITRAIESSPDKRLTLSQIYEWMVRCVPYFKDKGDSNSSAGWKNSIRHN 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 pF1KB7 LSLHSKFIRVQNEGTGKSSWWMLNPEGGKSGKSPRRRAASMDNNSKFAKSRSRAAKKKAS :::::.:.:::::::::::::..::.::::::.:::::.::::..:..:::.:::::::. NP_001 LSLHSRFMRVQNEGTGKSSWWIINPDGGKSGKAPRRRAVSMDNSNKYTKSRGRAAKKKAA 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 pF1KB7 LQSGQEGAGDSPGSQFSKWPASPGSHSNDDFDNWSTFRPRTSSNASTISGRLSPIM--TE ::.. :.: ::: ::.::::.:: :.:.:..: :. :: ::.:::::.:::::::: :: NP_001 LQTAPESADDSP-SQLSKWPGSPTSRSSDELDAWTDFRSRTNSNASTVSGRLSPIMASTE 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 pF1KB7 QDDLGEGD--VHSMVYP------PSAAKMAST-LPSLSEISNPENM-----ENLLDNL-N :.. . : . :.: ::..: .. :: :..... :. :::.:.: . NP_001 LDEVQDDDAPLSPMLYSSSASLSPSVSKPCTVELPRLTDMAGTMNLNDGLTENLMDDLLD 340 350 360 370 380 390 380 390 400 410 420 430 pF1KB7 LLSSPTSLTVSTQSSP-GTMMQQTPCYSFAPPNTSLNSPSPNYQKYTYGQSSMSPLPQMP .. : : : :: : .::.. . .. ...:.::. .... ..: ::.. : : : NP_001 NITLPPS-----QPSPTGGLMQRSSSFPYTTKGSGLGSPTSSFNSTVFGPSSLNSLRQSP 400 410 420 430 440 440 450 460 470 480 490 pF1KB7 IQTLQDNK-SSYGGMSQYNCAPGLLKELLTSDSPPHNDIM-TPVDPGVAQPNSRVLGQNV .::.:.:: .....::.:. :..:::::: :.:.: : :: ..: .. : .:: NP_001 MQTIQENKPATFSSMSHYGNQT--LQDLLTSDSLSHSDVMMTQSDPLMSQASTAVSAQNS 450 460 470 480 490 500 500 510 520 530 540 550 pF1KB7 ---MMGPNSVMSTYGSQASHNKMMNPSSHTHPGHAQQTSAVNGRPLPHTVSTMPHTSGMN .: :. : ....: ......: .. : : : . ..: : ..::.: : . NP_001 RRNVMLRNDPMMSFAAQPNQGSLVN-QNLLHHQHQTQGALGGSRALSNSVSNMG-LSESS 510 520 530 540 550 560 560 570 580 590 600 610 pF1KB7 RLTQVKTPVQVPLPHPMQM--SALGGYSSVSSCNGYGRMGLLHQEKLPSDLD-GMFIERL : ..: : :. . :: ..:.: : :. . :: .::.::::: :: : NP_001 SLGSAKHQQQSPVSQSMQTLSDSLSGSSLYSTSANLPVMG---HEKFPSDLDLDMFNGSL 570 580 590 600 610 620 620 630 640 650 pF1KB7 DCDMESIIRNDLMDGDTLDFNFDNVLPNQS--------FPHSVKTTTHSWVSG .::::::::..:::.: ::::::... .:. : . .....::: : NP_001 ECDMESIIRSELMDADGLDFNFDSLISTQNVVGLNVGNFTGAKQASSQSWVPG 630 640 650 660 670 >>NP_005929 (OMIM: 300033) forkhead box protein O4 isofo (505 aa) initn: 1247 init1: 699 opt: 944 Z-score: 533.4 bits: 108.6 E(85289): 5.7e-23 Smith-Waterman score: 1165; 40.4% identity (59.6% similar) in 638 aa overlap (3-633:11-502) 10 20 30 40 50 pF1KB7 MAEAPQVVEIDPDFEPLPRPRSCTWPLPRPEFSQSNSATSSPAPSGSAAANP :: ....:::::: :::::::::::::.... :: ..: NP_005 MDPGNENSATEAAAIIDLDPDFEPQSRPRSCTWPLPRPEIANQ--------PSEPPEVEP 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KB7 DAAAGLPSASAAAVSADFMSNLSLLEESEDFPQAPGSVAAAVAAAAAAAATGGLCGDFQG : . : .. :. :: :. . 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NP_005 KSSWWMLNPEGGKSGKAPRRRAASMDSSSKLLRGRSKAPKKKPSVLPAPPEGATPTSPVG 180 190 200 210 220 230 300 310 320 330 340 350 pF1KB7 QFSKWPASPGSHSNDDFDNWSTFRPRTSSNASTISGRLSPIMTEQDDLGEGDVHSMVYPP .:.:: .:: :.. .. : :.:::::.:::::..: ::::. :.. :.: : NP_005 HFAKWSGSPCSRNREEADMWTTFRPRSSSNASSVSTRLSPLRPESEVLAE------EIPA 240 250 260 270 280 360 370 380 390 400 410 pF1KB7 SAAKMASTLPSLSEISNPENMENLLDNLNLLSSPTSLTVSTQSSPGTMMQQTPCYSFAPP :....:. .: . :..: :::.::: :: . :. : :. : NP_005 SVSSYAGGVPP----TLNEGLE-LLDGLNLTSSHSLLSRSGLSG------------F--- 290 300 310 320 420 430 440 450 460 470 pF1KB7 NTSLNSPSPNYQKYTYGQSSMSPLPQMPIQTLQDNKSSYGGMSQYNCAPGLLKELLTSDS ::. :. . .::..: .:: . :... . :: :: :. :::::. 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NP_005 -------QDRMPQDLDLDMYMENLECDMDNII-SDLMDEGEGLDFNFEPDP 470 480 490 500 650 pF1KB7 KTTTHSWVSG >>NP_001278210 (OMIM: 611457) forkhead box protein O6 [H (559 aa) initn: 1085 init1: 725 opt: 936 Z-score: 528.4 bits: 107.8 E(85289): 1.1e-22 Smith-Waterman score: 1133; 37.2% identity (57.1% similar) in 666 aa overlap (8-655:10-559) 10 20 30 40 50 pF1KB7 MAEAPQVVEIDPDFEPLPRPRSCTWPLPRPEFSQSNSATSSPAPSGSAAANPDAAAGL :..:::: : ::::::::::.:.. :.. :.: : NP_001 MAAKLRAHQVDVDPDFAPQSRPRSCTWPLPQPDL----------------AGDEDGALG- 10 20 30 40 60 70 80 90 100 110 pF1KB7 PSASAAAVSADFMSNLSLLEESEDFPQAPGSVAAAVAAAAAAAATGGLCGDFQGPEAGCL :.:. : .:: :: :: NP_001 -----AGVA----------EGAED------------------------CG----PERRAT 50 60 120 130 140 150 160 170 pF1KB7 HPAPPQPPPPGPLSQHPPVPPAAAGPLAGQPRKSSSSRRNAWGNLSYADLITKAIESSAE :: :: : : .::: ::..::::::::::::::::::::::. . NP_001 APAMAPAPPLG----------AEVGPL----RKAKSSRRNAWGNLSYADLITKAIESAPD 70 80 90 100 180 190 200 210 220 230 pF1KB7 KRLTLSQIYEWMVKSVPYFKDKGDSNSSAGWKNSIRHNLSLHSKFIRVQNEGTGKSSWWM :::::::::.:::. :::::::::::::::::::::::::::..:::::::::::::::: NP_001 KRLTLSQIYDWMVRYVPYFKDKGDSNSSAGWKNSIRHNLSLHTRFIRVQNEGTGKSSWWM 110 120 130 140 150 160 240 250 260 270 280 290 pF1KB7 LNPEGGKSGKSPRRRAASMDNNSKFAKSRSRAAKKKASLQSGQEGAGDS------PGS-- :::::::.::.:::::.::::..:: . ...:.::: .::. ... :: :: NP_001 LNPEGGKTGKTPRRRAVSMDNGAKFLRIKGKASKKK-QLQAPERSPDDSSPSAPAPGPVP 170 180 190 200 210 220 300 310 320 330 340 pF1KB7 QFSKWPASPGSHSNDDFDNWSTFR----PRTSSNASTISGRLSPIMTEQDDLGEGDVHSM .:: :::.::..::.. :. :: : . : . . .. .. : . : NP_001 AAAKWAASPASHASDDYEAWADFRGGGRPLLGEAAELEDDEALEALAPSSPLMYPSPASA 230 240 250 260 270 280 350 360 370 380 390 400 pF1KB7 VYPPSAAKMASTLPSLSEISNPENMENLLDNLNLLSSPTSLTVSTQSSPGTMMQQ-TPCY . : ... . :: :.:...: .... . .: : .: ..:.. : . :: : NP_001 LSPALGSRCPGELPRLAELGGPLGLHGG-GGAGL---PEGLLDGAQDAYGPRARAGTPAY 290 300 310 320 330 340 410 420 430 440 450 460 pF1KB7 SFAPPNTSLNSPSPNYQKYTYGQSSMSPLPQMPIQTLQDNKSSYGGMSQYNCAPGLLKEL :. . . . . .. : .:. : ..:.::.:.::.. . :: : : NP_001 -FGGCKGGAYGGGGGF-----GPPAMGALRRLPMQTIQENKQASFVPAAAPFRPGALPAL 350 360 370 380 390 470 480 490 500 510 520 pF1KB7 LTSDSPPHNDIMTPVDPGVAQPNSRVLGQNVMMGPNSVMSTYGSQA-SHNKMMNPSS-HT : :: : : .. :. .:. . :.. . :. : :.. . .: : : NP_001 L----PPPPPAPRP-GPVLGAPGELALAGAAAAYPGKGAAPYAPPAPSRSALAHPISLMT 400 410 420 430 440 450 530 540 550 560 570 580 pF1KB7 HPGHAQQTSAVNGRPLPHTVSTMPHTSGMNRLTQVKTPVQVPLPHPMQMSALGGYSSVSS ::.: .:.. : :... .:. . :: :. .: : ... 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NP_001 MDPGNENSATEAAAIIDLDPDFEPQSRPRSCTWPLPRPE---IANQPSE 10 20 30 40 160 170 180 190 200 210 pF1KB7 SSSSRRNAWGNLSYADLITKAIESSAEKRLTLSQIYEWMVKSVPYFKDKGDSNSSAGWKN . :: :::::. ::::::.:::::::..:::::::::::::::::: NP_001 PPEVE---------PDLGEKAIESAPEKRLTLAQIYEWMVRTVPYFKDKGDSNSSAGWKN 50 60 70 80 90 220 230 240 250 260 270 pF1KB7 SIRHNLSLHSKFIRVQNEGTGKSSWWMLNPEGGKSGKSPRRRAASMDNNSKFAKSRSRAA :::::::::::::.:.::.::::::::::::::::::.:::::::::..::. ..::.: NP_001 SIRHNLSLHSKFIKVHNEATGKSSWWMLNPEGGKSGKAPRRRAASMDSSSKLLRGRSKAP 100 110 120 130 140 150 280 290 300 310 320 pF1KB7 KKKAS-LQSGQEGAGD-SPGSQFSKWPASPGSHSNDDFDNWSTFRPRTSSNASTISGRLS ::: : : . ::: :: ..:.:: .:: :.. .. : :.:::::.:::::..: ::: NP_001 KKKPSVLPAPPEGATPTSPVGHFAKWSGSPCSRNREEADMWTTFRPRSSSNASSVSTRLS 160 170 180 190 200 210 330 340 350 360 370 380 pF1KB7 PIMTEQDDLGEGDVHSMVYPPSAAKMASTLPSLSEISNPENMENLLDNLNLLSSPTSLTV :. :.. :.: .. : :....:. .: . :..: :::.::: :: . :. 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